駱思恭派錦衣衛指揮僉事許顯純迴去複命，其餘人繼續查探。
孔府，賓客滿棚，特別東林君子們張博、張采等圍著孔胤植侃侃而談，他們代表江南鄉紳，勸孔胤植出馬帶頭阻止新政，而孔胤植擔心家中田畝被沒收，亦如熱鍋上的螞蟻，急需同盟，雙方一拍即合。張博、張采執筆，每天一篇奏疏以孔家家主名義彈劾韓爌。
1621年10月份，紫禁城金鑾殿。兵部左侍郎郭允厚出列：“啟稟陛下，臣彈劾聖衍公血脈不存，韃虜嫌疑！”
朱由校：“可是當真？天下文人皆為聖衍公門生，愛卿不能信口開河。”
工部右侍郎張輔之：“啟稟陛下，臣認為元朝聖衍公之位頻繁廢立，孔思誠被廢後應該找其兄弟或堂兄弟，而不是孔思晦，孔思晦父親、爺爺幾乎無記載，而且孔家庶子也能繼承聖衍公，廢立十分不合理。九成可能孔思晦被掉包或者孔思晦是元王室後裔。”
部左侍郎郭允厚：“啟稟陛下，孔思晦之後，北孔家風大變，如成化時期，弘緒初非法用刑，奸淫樂婦四十餘人，勒殺無辜者四人。幾如元人做派，很遺憾未受到刑罰。而南孔則家風正直。”
禦史李應升出列：“啟稟陛下，臣聽說北孔魚肉百姓，禍害鄉裏，把佃戶當作奴隸，世世代代被孔府奴役，孔府殺人如家常便飯，百姓卻無處伸冤。孔府做法嚴重違反大明律，太祖在法律上明確規定好，如果地主打死佃農，以殺人償命處理，就算有再多的錢來賠償，也照樣要償命。另外，地主想要自己的佃農替代自己服勞役的話，要給佃農須出米一石，資其費用。臣這裏都有證據。”
朱由校：“除了證據外還要有證人？”
禦史李應升：“證人在殿外等候。”
“宣！”
劉招、夏順、郭三等幾十位證人進殿，每個人都訴說自己的冤情，不明內情的群臣聽的一愣一愣的，這是心中的聖衍公嗎？
禦史楊新期出列：“臣彈劾孔胤植，祭祀場所暗藏忽必烈牌位，孔思晦蒙人無疑，北孔被掉包。陛下派人搜查即可。”
錦衣衛指揮僉事許顯純出列：“啟稟陛下，臣派人去曲阜調查孔家違法事宜，發現祭祀場所孔思晦牌位下暗藏忽必烈牌位，定有見不得人的秘密。”
禦史李應升出列：“啟稟陛下，如若是真，臣請錦衣衛拿出證據。”
朱由校：“韓次輔，你怎麽看？”
韓爌出列：“陛下，此事非同小可，北孔不管是否蒙元血統，都需要給天下士林一個交代，跟朝廷一個交代，臣請陛下調動三千錦衣衛徹查此事。”
劉一燝出列：“啟稟陛下，此事重大，必須徹查，還孔家一個清白。”
“臣等附議。”眾臣人心惶惶，如果北孔是蒙元血統，那自己信奉的儒家學說豈不白學？
許顯純三千錦衣衛快馬加鞭，五天趕到曲阜，守城士兵看到令牌，放錦衣衛入城，與駱思恭匯合後殺向孔府。孔府來不及反應，就被錦衣衛攻進去。駱思恭大喊：“錦衣衛指揮使駱思恭在此，凡是阻擋錦衣衛查案，一律處死！”
孔胤植還未襲爵，已是孔家家主。帶著眾人攔截道：“駱指揮使，錦衣衛私闖孔府，你們就不怕得罪天下儒林？得罪所有文官？本家主定要上疏陛下彈劾你。”
駱思恭嘿嘿一笑：“請便，繼續搜！”
孔胤植大喊：“攔住他們，出了事情本家主兜著。”
啪啪啪，短銃聲響起，孔府二十餘家丁應聲而倒。其餘人再也不敢阻擋。
半個時辰的功夫，錦衣衛林韜拿迴來孔思晦牌位下麵暗藏的忽必烈的牌位，錦衣衛王鎧等搜查到孔家與建奴、察哈爾來往信件，鎧甲、火繩槍等違禁物品。看到牌位、信件、鎧甲等孔胤植等孔家人臉色大變。
經過三司會審，半個月日夜不休，調查取證，事情水落石出，孔胤植確係蒙元後裔。隻要細心，其實行的那一套佃戶世世代代為奴的奴隸製，北孔子弟的作風就能看出來端倪。
內閣和朱由校經過多方商議，定下最終處理方案。沒收孔府全部財產，土地免費分給佃戶、屯戶和附近的村民等，得到幾省百姓一致擁護。孔府未犯罪子弟遷往奴兒幹都司為奴。孔府犯罪子弟按庶人標準，該判刑的判刑，該砍頭的砍頭。張博、張采阻擋新政與孔胤植等人三日後問斬。朝廷暫時收迴聖衍公爵位，考察南孔，根據表現好壞決定是否改封南孔，考察期30年。
結果一出，天下嘩然。堂堂的聖衍公一脈竟然是蒙元之後，判決下來三日後問斬，這會審和砍頭速度亙古未有。聖衍公繼承人孔胤植被砍頭，令天下士人和書生一時懵逼，失去信仰。
孔府，賓客滿棚，特別東林君子們張博、張采等圍著孔胤植侃侃而談，他們代表江南鄉紳，勸孔胤植出馬帶頭阻止新政，而孔胤植擔心家中田畝被沒收，亦如熱鍋上的螞蟻，急需同盟，雙方一拍即合。張博、張采執筆，每天一篇奏疏以孔家家主名義彈劾韓爌。
1621年10月份，紫禁城金鑾殿。兵部左侍郎郭允厚出列：“啟稟陛下，臣彈劾聖衍公血脈不存，韃虜嫌疑！”
朱由校：“可是當真？天下文人皆為聖衍公門生，愛卿不能信口開河。”
工部右侍郎張輔之：“啟稟陛下，臣認為元朝聖衍公之位頻繁廢立，孔思誠被廢後應該找其兄弟或堂兄弟，而不是孔思晦，孔思晦父親、爺爺幾乎無記載，而且孔家庶子也能繼承聖衍公，廢立十分不合理。九成可能孔思晦被掉包或者孔思晦是元王室後裔。”
部左侍郎郭允厚：“啟稟陛下，孔思晦之後，北孔家風大變，如成化時期，弘緒初非法用刑，奸淫樂婦四十餘人，勒殺無辜者四人。幾如元人做派，很遺憾未受到刑罰。而南孔則家風正直。”
禦史李應升出列：“啟稟陛下，臣聽說北孔魚肉百姓，禍害鄉裏，把佃戶當作奴隸，世世代代被孔府奴役，孔府殺人如家常便飯，百姓卻無處伸冤。孔府做法嚴重違反大明律，太祖在法律上明確規定好，如果地主打死佃農，以殺人償命處理，就算有再多的錢來賠償，也照樣要償命。另外，地主想要自己的佃農替代自己服勞役的話，要給佃農須出米一石，資其費用。臣這裏都有證據。”
朱由校：“除了證據外還要有證人？”
禦史李應升：“證人在殿外等候。”
“宣！”
劉招、夏順、郭三等幾十位證人進殿，每個人都訴說自己的冤情，不明內情的群臣聽的一愣一愣的，這是心中的聖衍公嗎？
禦史楊新期出列：“臣彈劾孔胤植，祭祀場所暗藏忽必烈牌位，孔思晦蒙人無疑，北孔被掉包。陛下派人搜查即可。”
錦衣衛指揮僉事許顯純出列：“啟稟陛下，臣派人去曲阜調查孔家違法事宜，發現祭祀場所孔思晦牌位下暗藏忽必烈牌位，定有見不得人的秘密。”
禦史李應升出列：“啟稟陛下，如若是真，臣請錦衣衛拿出證據。”
朱由校：“韓次輔，你怎麽看？”
韓爌出列：“陛下，此事非同小可，北孔不管是否蒙元血統，都需要給天下士林一個交代，跟朝廷一個交代，臣請陛下調動三千錦衣衛徹查此事。”
劉一燝出列：“啟稟陛下，此事重大，必須徹查，還孔家一個清白。”
“臣等附議。”眾臣人心惶惶，如果北孔是蒙元血統，那自己信奉的儒家學說豈不白學？
許顯純三千錦衣衛快馬加鞭，五天趕到曲阜，守城士兵看到令牌，放錦衣衛入城，與駱思恭匯合後殺向孔府。孔府來不及反應，就被錦衣衛攻進去。駱思恭大喊：“錦衣衛指揮使駱思恭在此，凡是阻擋錦衣衛查案，一律處死！”
孔胤植還未襲爵，已是孔家家主。帶著眾人攔截道：“駱指揮使，錦衣衛私闖孔府，你們就不怕得罪天下儒林？得罪所有文官？本家主定要上疏陛下彈劾你。”
駱思恭嘿嘿一笑：“請便，繼續搜！”
孔胤植大喊：“攔住他們，出了事情本家主兜著。”
啪啪啪，短銃聲響起，孔府二十餘家丁應聲而倒。其餘人再也不敢阻擋。
半個時辰的功夫，錦衣衛林韜拿迴來孔思晦牌位下麵暗藏的忽必烈的牌位，錦衣衛王鎧等搜查到孔家與建奴、察哈爾來往信件，鎧甲、火繩槍等違禁物品。看到牌位、信件、鎧甲等孔胤植等孔家人臉色大變。
經過三司會審，半個月日夜不休，調查取證，事情水落石出，孔胤植確係蒙元後裔。隻要細心，其實行的那一套佃戶世世代代為奴的奴隸製，北孔子弟的作風就能看出來端倪。
內閣和朱由校經過多方商議，定下最終處理方案。沒收孔府全部財產，土地免費分給佃戶、屯戶和附近的村民等，得到幾省百姓一致擁護。孔府未犯罪子弟遷往奴兒幹都司為奴。孔府犯罪子弟按庶人標準，該判刑的判刑，該砍頭的砍頭。張博、張采阻擋新政與孔胤植等人三日後問斬。朝廷暫時收迴聖衍公爵位，考察南孔，根據表現好壞決定是否改封南孔，考察期30年。
結果一出，天下嘩然。堂堂的聖衍公一脈竟然是蒙元之後，判決下來三日後問斬，這會審和砍頭速度亙古未有。聖衍公繼承人孔胤植被砍頭，令天下士人和書生一時懵逼，失去信仰。