劉協（181年4月2日[151]-234年4月21日），即漢獻帝，字伯和，又字合。漢靈帝劉宏次子，漢少帝劉辯異母弟，其母靈懷皇後王榮。東漢最後一位皇帝。
劉協出生時母親王美人遭何皇後毒殺，於是劉協被董太後親自撫養，號稱“董侯”。中平六年（189年）四月，漢少帝劉辯登皇帝位，封劉協為勃海王，後又改封為陳留王。漢少帝被罷黜後，劉協登皇帝位，時年九歲，遷皇太後於永安宮，大赦天下。建安元年（196年），曹操控製了劉協，並遷都許縣，挾天子以令諸侯。建安十三年（208年）六月，劉協罷免三公，立曹操為丞相，後又立曹操為魏公。
建安十九年（214年），劉協封曹操在諸侯王上，授給金璽、赤緩、遠遊冠。賜伏皇後死，誅其宗族數百人。建安二十年（215年）正月，劉協立曹操中女節為皇後。建安二十五年（220年），曹操去世，其子曹丕逼劉協禪讓帝位，建立魏朝。劉協被廢為山陽公，於青龍二年（234年）去世，葬於禪陵。
劉協的母親王美人，名王榮（後來追諡為“靈懷皇後”），是前五官中郎將王苞的孫女、王章之女，出身於名門世家，舉止文雅，再加上容貌姣好，身材勻稱，深得漢靈帝劉宏的寵愛。當時主宰靈帝後宮的是何皇後，出身於屠夫之家，靠賄賂宦官被選入宮並當了皇後，對王美人非常嫉妒。因此當王美人懷著劉協時，怕招惹何皇後更深的嫉妒，就沒有告訴靈帝，而是偷偷地墮胎。但服墮胎藥沒有奏效，孩子還是生了下來。何皇後果然妒性大發，怕王美人有了兒子會進一步威脅到她的地位，指使人將毒藥偷偷地放在王美人產後服用的湯藥裏，王美人飲後當即身亡。
靈帝聞訊，親往後宮驗視，見王美人四肢青黑，知是中毒而亡，急令追查兇手，很快查出是何皇後所為。靈帝不禁勃然大怒，意欲立即將何皇後廢黜。何皇後事先已用巨金買通受靈帝信任的宦官曹節等人，宦官們一齊跪下，為何皇後求情，靈帝居然赦免了何皇後。劉協這時尚未足月，靈帝擔心將這個兒子留在後宮再遭到暗害，於是將他抱到永樂宮，請董太後撫養，因為覺得這個兒子很像自己，取名為“協”。自此，劉協就依董氏為外家，被稱為“董侯”。劉協八歲時，能讀詩書。
漢靈帝晚年，麵臨著選擇太子問題。何皇後生有皇子劉辯，從小寄養在民間一位姓史的道人家裏。劉辯比劉協年長，而且是皇後所生，論理太子位置非其莫屬。但是劉辯舉止輕浮，沒有國君應有的威嚴氣質。劉協自小在永樂宮長大，由董太後悉心撫養，舉止端莊，深得靈帝喜愛。再加上其母王美人死於非命，靈帝難免有隱惻之心，因此，他心下傾向於立劉協為太子。然而，這又有違於立嗣以嫡長子為先的皇室傳統，所以遲遲下不了決心。
中平六年（189年），漢靈帝病重，遺詔將劉協托付給宦官上軍校尉蹇碩。四月，漢靈帝去世，蹇碩欲搶先立劉協為帝並誅殺大將軍何進，被其麾下司馬潘隱出賣而未果，何進遂擁立劉辯為帝，是為漢少帝。何皇後改稱為何太後，臨朝處理政務，但國家大權實際上已為何進掌握。劉協受封為渤海王，後改封陳留王。
靈帝死後，內宮宦官和朝中重臣展開了爭權奪利的鬥爭。光熹元年（189年）八月，先是何進捕殺蹇碩，接著是宦官張讓、段珪等殺死何進，司隸校尉袁紹、虎賁中郎將袁術和何進的部將帶兵反攻，一下子又殺宦官兩千人。張讓、段珪等無力還擊，劫持劉協和少帝劉辯逃出宮外。尚書盧植、河南中部掾閔貢趕來後，張讓、段珪跳入黃河自殺。劉辯和劉協在迴宮途中，在北邙山迎麵遇上董卓率領的隴西鐵騎奔騰而來。劉辯見到這樣的情形，嚇得渾身哆哆嗦嗦，雙腿戰栗，口不能言。當董卓問劉辯禍亂緣由時，劉辯口齒不清；問劉協時，劉協卻對答如流。董卓認為劉協比劉辯賢能，又自認為和收養劉協的董太後同族。於是從這時起，董卓就想廢少帝，另立劉協為皇帝。
迴到京城後，董卓的軍隊完全控製了局勢。他先逼少帝策免司空劉弘，自己身居其位；接著，以司空的身份召集百官開會，議改立陳留王劉協為皇帝。百官大驚失色，懾於董卓的淫威，誰也不敢表示反對。九月初一日，董卓宣布廢黜少帝劉辯，立陳留王劉協為帝，是為獻帝，改元永漢（同年十二月複為中平六年，改明年為初平元年），時年九歲。從此，劉協開始了他作為傀儡皇帝的漫長生涯。
劉協登基後，董卓自封為相國，完全控製了中央政權。董卓的軍隊在洛陽劫掠財物，奸淫婦女，無惡不作。
初平元年（190年）正月，各地的州郡牧守以討伐董卓的名義紛紛起兵。由於起兵的州郡都在關東，所以史稱“關東聯軍”。許多地方豪強響應了這次起兵，帶著自己的私兵萬裏相赴，自此正式拉開了東漢末年軍閥混戰的序幕。關東軍共推渤海太守袁紹為盟主，從北、東、西三麵來包圍雒陽。董卓於是在本月十二日（190年3月6日）指使弘農國郎中令李儒毒殺弘農王劉辯。
二月十七日，董卓下令遷都長安，焚燒雒陽宮廟，令京城百姓全部遷入關中，而董卓自己仍然留在雒陽的畢圭苑中。這時，司徒王允主持具體政務。他表麵上依附董卓，暗中心向漢室，身邊聚集了一批朝中官員。三月五日，車駕到達長安。長安自赤眉之亂後，宮室焚毀，劉協當時隻能居住在高廟、京兆府舍中，後來，劉協進入未央宮。
初平二年（191年），關東諸侯為了爭奪政治上的領導權，以袁紹、韓馥為首，倡議立幽州牧劉虞為帝。但這個建議遭到袁術、曹操的反對，最後作罷。劉虞的兒子劉和在長安朝廷擔任侍中，劉協想憑借關東軍的力量還都雒陽，以擺脫董卓的控製，就派劉和潛出武關求援。這一年，董卓自封太師，孫堅率軍攻入雒陽，董卓退往長安，留下諸將分屯諸縣抵禦關東軍。董卓入長安後，僭擬車服，乘金華青蓋，又大封自己親信，宗族內外並居高位。此時關東其餘州郡牧守正熱衷於互相兼並以壯大自己的力量，擴張地盤，無意西討董卓。長安方麵就轉而依靠內部的力量來推翻董卓。
初平三年（192年），司徒王允與司隸校尉黃琬、仆射士孫瑞、中郎將呂布密謀刺殺董卓。呂布本為董卓的親信，兩人曾結過義父子關係。董卓性格暴烈，有一次呂布為一樁小事違背了董卓的意圖，董卓拔出手戟就向呂布投去。呂布慌忙躲開，事後又向董卓俯身請罪，才算作罷。由此二人有了隔閡。四月，漢獻帝患病初愈，在未央殿大會朝中百官。董卓身穿朝服，乘車入朝。從軍營到皇宮的道路兩側警衛密布，左側是步兵，右側是騎兵，戒備森嚴，由呂布等在前後侍衛。王允命士孫瑞自己書寫詔書交給呂布。呂布讓同郡人騎都尉李肅與勇士秦誼、陳衛等十餘人冒充衛士，身穿衛士的服裝，埋伏在北掖門等待董卓。董卓一進門，李肅舉戟刺去，董卓內穿鐵甲，未能刺入，隻傷了他的手臂，跌到車下。董卓迴頭喊呂布，但被呂布鐵矛刺死。董卓被刺死後，王允錄尚書事，呂布晉升為奮威將軍，二人共同主持朝政，並令張種為使撫慰山東。
王允得手後，驕傲自滿，加上氣量狹小，未能維持住關中的局勢。於是董卓部將李傕、郭汜、張濟、樊稠、賈詡等人起兵作亂，攻打京師。六月初一戊午，長安城淪陷，太常種拂、太仆魯旭、大鴻臚周奐、城門校尉崔烈、越騎校尉王頎戰死，長安一萬多吏民遇害，呂布戰敗逃走。
王允帶著劉協到宣平城門樓上，對著李傕等人問道（一說是劉協問李傕）：“臣子無作威作福，而放兵縱橫，這是想幹什麽？”
李傕迴複：“董卓忠於陛下，而無故被呂布殺害。臣等為董卓報仇，不敢作逆。等事情結束後，我們自會前往廷尉處受罰。”
於是大赦天下，拜李傕為揚武將軍，郭汜為揚烈將軍，樊稠等人皆為中郎將。李傕等人圍住門樓，共表請王允出來，又問：“太師何罪？”王允無奈，隻得下樓。
本月七日，李傕將黃琬、王允全家處死，百姓聞之莫不流涕。
當初，王允上奏：“太史令王立，說《孝經》六隱事，能消除災邪，有益於聖體。”常在吉日，王允與王立入宮，為劉協講誦孝經一章，以丈二竹簟，畫九宮其上，隨日時出入。王允遇害後，王立便不再入宮講誦。
九月，李傕升為車騎將軍、開府、領司隸校尉、假節、池陽侯，郭汜為後將軍、美陽侯，樊稠為右將軍、萬年侯，張濟被封為鎮東將軍，賈詡擔任尚書。李傕、郭汜、樊稠三人把持朝政，張濟則外出屯駐在弘農。
初平四年（193年）正月，出現日食。未晡八刻，太史令王立奏：“日晷過度，未有變化。”
朝臣都慶賀，結果未晡一刻而蝕。尚書賈詡奏：“王立伺候不明，疑誤上下。太尉周忠，職所典掌，請皆治罪。”
劉協下詔：“天道遙遠，事驗難明，況且災異應政而到，雖然能夠預見，又豈能保證萬無一失？而要歸咎於史官，更加說明我失於恩德。”於是避正殿，息兵、不理政事五天。
夏季時，大雨連下二十日，大風如同冬時。五月，劉協令侍禦史裴茂訊獄，赦免了兩百多個輕罪的人。其中有被李傕陷害而下獄之人，李傕不願赦免他們，於是上奏裴茂擅自放出囚徒，請求收捕裴茂。劉協說：“災異頻繁出現，使者奉命宣布恩澤，赦免輕罪之人，是順合天意，切勿問罪。”
七月，劉協想發太府絲織給宮人製作衣服，李傕不願，說：“宮中有衣服，何必要再做？”尚書郎吳碩素來奉承李傕，便附和道：“關東還沒平定，國家費用不足，陛下寵愛之人穿的衣服，已經遠淩駕於群僚了。”尚書梁紹上書請治吳碩之罪，劉協以他受李傕寵愛而不許。
興平元年（194年）正月十六日，劉協舉行加冠禮。二月五日，劉協追諡母親王榮為靈懷皇後。七日，將王榮改葬在文昭陵。
三月，馬騰與種邵、劉範、杜稟共同攻打李傕，劉協派人勸解，馬騰等人執意不從。李傕令郭汜、樊稠、李利出兵，在長平觀擊破馬騰軍，斬殺種邵等人。
戰後，李傕令郭汜、樊稠開府，與三公合為六府，參與選舉官吏。李傕等人各選用自己所舉之人，稍有違反就會生怒。主者深以為患，隻得按順序選用他們所舉之人，先從李傕起，郭汜次之，樊稠次之。而三公舉薦之人，始終沒有起用的機會。
六月初一丙子，分涼州河西諸郡為雍州。這一年三輔地區大旱，穀價騰貴，穀一斛五十萬，豆麥一斛二十萬，長安城中甚至發生了人吃人的事件。劉協下詔令主者賣掉廄馬一百多匹（一說兩百多匹），禦府大司農出兩萬匹雜繒，將雜繒與賣馬得來的錢一同賜給公卿、貧民，李傕說：“我邸閣裏的物資少。”於是強行把這些東西帶到自己營中。
劉協又命令侍禦史侯汶出太倉米豆煮粥救濟百姓，但因為糧食不夠仍然有很多人餓死。劉協懷疑侯汶沒有如實用全部糧食賑濟災民，而是趁機侵占公糧，於是派侍中劉艾取米、豆各五升在自己麵前熬成粥，最後可以煮出兩盆，證實是侯汶作弊，於是責打侯汶五十廷杖。之後，長安城中饑民得到了救濟。
興平二年（195年）二月，李傕殺樊稠，與郭汜在長安城中各自擁兵相攻。三月，安西將軍楊定與郭汜合謀劫持劉協，事情泄露，李傕便先派李暹率兵包圍皇宮，用三乘車迎接天子，劉協乘坐一車，貴人伏壽乘坐一車，賈詡、左靈乘坐一車，其餘人步行跟隨。當時司徒趙溫、司空張喜聽聞此事，都離開府第跟隨劉協。乘輿離開後，李傕的士兵進入殿內鈔掠宮人、禦物。同日，劉協到達李傕營中，李傕又放火焚燒宮殿、官府、民居。
劉協派太尉楊彪、司空張喜、尚書王隆、光祿勳鄧淵、衛尉士孫瑞、太仆韓融、廷尉宣璠、大鴻臚榮邵、大司農朱儁、將作大匠梁邵、屯騎校尉薑宣等十幾人前往郭汜營中勸和，郭汜卻把他們全部扣留。
四月，劉協以貴人伏壽為皇後，並拜其父伏完為執金吾。李傕手下中郎將張苞、張龍與郭汜合謀誅殺李傕。郭汜趁夜出兵，令軍隊弓弩齊發，箭矢貫穿了李傕的左耳，又射到了劉協的樓帷簾中。後來李傕手下大將楊奉前來救援，郭汜軍才退走。同日，李傕把劉協帶到北塢，隻有伏皇後、宋貴人等人跟隨劉協。李傕設反關校尉監察劉協，隔絕內外。當時盛夏酷暑，宮人、侍臣之前不得攜帶穀米跟隨劉協，入門又有禁防，不能外出購買。侍臣忍饑受渴，劉協請求李傕給五斛粳米、五具牛骨，以賜宮人、侍臣。李傕說：“朝晡之時已經上過飯了，還要米做什麽？”於是隻送來幾具放了很久的牛肉牛骨，都已經臭到不能吃了。劉協大怒，想要責備李傕，因侍中楊琦勸諫而止。
五月，李傕想把劉協遷移到黃白城。當時司徒趙溫因受到李傕猜忌而被關在塢中，他得知此事後，寫信責備李傕，李傕大怒，要斬殺趙溫，被從弟李應勸止。劉協聽聞趙溫責備李傕，對侍中常洽說：“李傕不明善惡，趙溫言語過激，實在令人擔憂。”常洽迴答：“李應已經化解此事了。”劉協方才安心。
李傕覲見時，身上帶著三把刀，手上還拿著鞭子。劉協身邊的侍中、侍郎見到李傕攜帶武器覲見，都感到擔心，也持著刀劍，先護衛在劉協身邊。李傕麵對劉協，要麽說“明陛下”，要麽說“明帝”，經常向劉協說郭汜的壞話，劉協也隻順從其意，李傕大喜，出去後說道：“明陛下真是賢主啊。”李傕雖然喜歡討好劉協，但仍然不想讓侍臣攜帶武器站在劉協身邊，便對人說道：“這幫人都握著刀，是欲圖謀害我嗎？”侍中李禎與李傕同州，兩人關係友好，李禎就對李傕說：“侍臣之所以持刀，是因為現在身在軍中，不得不持，此是國家故事。”李傕這才打消了懷疑。
閏五月，劉協令謁者仆射皇甫酈去勸和李傕、郭汜。郭汜接受詔命，而李傕不從。劉協得知皇甫酈勸說李傕時言辭過切，擔心他為李傕所害，於是讓他離開長安。十一日辛巳，劉協令左中郎將李固持節拜李傕為大司馬，位在三公之上。
六月，李傕大將楊奉與侍中楊琦、黃門侍郎丁衝、鍾繇、尚書左丞魯充、尚書郎韓斌、軍吏楊帛共同謀誅李傕，恰逢李傕因其他事殺死楊帛，楊奉便率兵投向郭汜。
同月，鎮東將軍張濟從陝縣來到長安勸和，劉協思念舊京雒陽，遣使向李傕請求東歸，前後十次方得允許。李傕、郭汜答應和解，許諾以各自的愛子做人質，李傕的妻子喜愛兒子李式，不願以他為質。議和未定，羌胡兵馬又前來幫助李傕，劉協深以為患，讓侍中劉艾對宣義將軍賈詡說：“您之前奉職盡忠，因此一直受陛下榮寵。如今羌胡為患，您應該為國家想想應對的方案。”賈詡邀請羌胡大帥前來飲食，並許諾加以封賞，羌胡滿意而離開。李傕勢力衰弱，隻得答應和解，於是李傕、郭汜各將女兒作為人質，並封為君、食邑。
七月，劉協出長安東歸，車駕到達宣平門，即將渡橋。郭汜的士兵攔住橋問：“車上是天子嗎？”
車駕不得向前，李傕的士兵皆拿戟護在乘輿左右，侍中劉艾大唿：“車上正是天子！”
讓侍中楊琦高舉車帷。劉協對士兵說：“你們不退後，怎麽還敢逼近至尊？”
郭汜士兵方才撤退。車駕成功過橋，士民皆稱萬歲。夜間，車駕到達霸陵，張濟帶著飲食供給百官，李傕引兵出屯池陽。劉協以張濟為驃騎將軍，封平陽侯，假節、開府如三公；郭汜為車騎將軍，楊定為後將軍，封列侯；楊奉為興義將軍，董承為安集將軍，又追封乳母呂貴為平氏君。張濟迴到陝縣，郭汜等人則跟隨劉協東歸。
郭汜建議讓劉協前往高陵縣，百官則認為應該前往弘農，大會商議不決。劉協讓尚書郭溥去請郭汜同意，郭汜不從，劉協感慨道：“祖宗陵墓都在雒陽，靈懷皇後的陵墓修好後，我未曾去看過一次。我夢想東歸，夜以繼日，而郭汜還想把我帶到西邊去嗎？”說罷，終日不肯吃飯。郭汜便提出：“可以先到附近的一個縣城裏。”
八月初六甲辰，車駕到達新豐。張濟指使尚書徵召在河西擔任太守的劉玄入朝，想讓自己的親信代替。劉協說：“劉玄在郡多年，若有功績，則當升遷；若無功績，則當責罰，為何無故徵召他呢？”
尚書於是向劉協謝罪。劉協將此事歸罪於尚書，又下詔：“張濟有拔車駕之功，何故不上表而請求私事呢？切勿問罪。”
張濟聞知，免冠赤足前來賠罪。後將軍楊定請求讓侍中尹忠擔任自己府中的長史，劉協說道：“侍中是天子近臣，如果擔任不合適的職位，必會被關東笑話。之前在長安，是因為李傕專政。如今朕秉持萬機，豈可再次胡亂封官賜爵呢？”劉協時年十五歲，每事出於胸懷，皆如此類。
十月初一戊戌，郭汜與黨羽夏育、高碩一同作亂，並指使其將領伍習趁夜燒毀學舍以威逼乘輿。當時火起不止，侍中劉艾建議到一個軍營裏躲避火災，楊定、董承便帶兵將劉協轉移到楊奉營。夏育等人想阻擋乘輿，楊奉與楊定率軍迎戰，擊敗叛軍，斬首五千級，郭汜敗逃南山。
初五壬寅，車駕到達華陰，寧輯將軍段煨攜帶物資迎駕，請求劉協進入他的營寨。段煨與楊定有過結，迎乘輿時不敢下馬，隻在馬上作揖。侍中種輯和楊定關係好，便聲稱段煨謀反。劉協問：“段煨前來迎駕，為何說他謀反呢？”
種輯迴答：“段煨迎駕不到邊界，拜禮不下馬，臉色有變，必有異心！”
太尉楊彪、司徒趙溫、侍中劉艾、尚書梁紹等人說：“段煨沒有反意，臣等敢以性命擔保！車駕可進入他的營中。”
董承與楊定又誣陷：“郭汜來到段煨軍營了。”
劉協問：“你們怎麽知道的？”
左靈和文禎搶答：“是弘農郡的督郵得知的！”
故而脅迫督郵說：“今天郭汜率七百騎兵進入了段煨營帳。”劉協這才相信，下令車隊停在路邊休息。
初十丁未，楊定、楊奉、董承即將進攻段煨營寨，讓種輯和左靈請求下詔，劉協說：“王者攻伐，應該上參天意、下合民心。司寇行刑時，君王尚且應該為此廢食撤樂，而你們卻要朕為此下詔嗎？”
種輯力請到夜半，劉協依舊不許，楊奉等人便擅自攻打段煨營寨，連續十多天無法攻克，而段煨依舊侍奉百官，終無二心。司隸校尉榮邵認為當以返迴雒陽為重，不宜繼續攻打段煨，楊定記恨，便讓楊奉向劉協請求榮邵擔任自己副手，想趁機殺死他，劉協知道楊定用意而不許。最後下詔告喻，楊定等人便奉詔迴營。
李傕與郭汜後悔讓劉協東歸，便以救援段煨為由引兵追擊，實欲劫迴劉協。楊定為郭汜軍所阻，轉而出逃荊州。十一月，車駕到達黃卷亭。同月初三庚午，行至弘農縣，張濟向楊奉、董承提出交換人質而將乘輿停留在弘農，二人不肯，向劉協請求繼續前進，張濟便聯合李傕共同劫駕。同日，雙方在弘農東澗大戰，漢軍大敗，衛尉士孫瑞、大長秋苗祀、步兵校尉魏傑、侍中朱展、射聲校尉沮儁遇害。此戰中，百官、士卒死者不可勝數，女眷輜重，皇室的各種器物典籍全部被丟棄。
車駕到達曹陽，楊奉、董承等人假意請和，暗中派人到河東請故白波帥胡才、李樂、韓暹及匈奴右賢王去卑護駕。韓暹、去卑等人率數千騎兵到來，與楊奉、董承大破李傕，斬首數千級，乘輿得以前進。
劉協令侍中史恃、太仆韓融攜帶詔書前去說服張濟。當時董承等人提議趁勝東進，劉協說：“李傕、郭汜自知罪惡深重，於是起兵冒犯，殘害吏民。可以等到韓融迴來，再商議進退之事。”董承則堅持認為應該立即前進。
十二月，車駕繼續前進，董承與李樂保護車駕左右，楊奉、胡才、韓暹、去卑斷後。李傕再次發動追擊，在曹陽大破漢軍，光祿勳鄧淵、衛尉宣璠、少府田芬、禦史鄧聘、大司農張義等人戰死。當時局勢混亂，李樂建議劉協上馬逃走，劉協拒絕道：“不可，舍棄百官而去，這是何等罪過！”
遭難之後，虎賁羽林衛士不滿百人，李傕、郭汜的兵士繞著營寨大聲唿喊，眾人都有離去的心思，李樂感到恐慌，想讓劉協乘船往東直接抵達孟津。
劉協說：“千金之子，坐不垂堂。孔子尚且擔心暴虎馮河之事，這並非安居之道。”
太尉楊彪說：“臣是弘農本地人，從此地向東有三十六個險灘，不能讓陛下乘船冒險。”
宗正劉艾附議：“臣以前擔任過陝縣令，也知道險灘的危險。以前這裏有船夫，乘船仍有危險，何況如今還沒有船夫？太尉所慮極是。”
董承等人讚同，於是打算渡黃河向北前往河東郡，令李樂連夜去對岸準備船隻，並約定舉火為應。
船隻準備妥當後，劉協與公卿步行出營，到達黃河邊。岸高十多丈，無法下去，公卿便商議讓韁繩係住劉協的腰放下岸邊。當時伏皇後的哥哥伏德認為韁繩不能係腰，於是提議自己手裏的細絹代替。校尉尚弘用細絹把劉協背在身上，然後下岸，其餘人或是從岸側匍匐而下，或是從岸上直接跳下，死傷數量已不得而知。到達河邊時，士卒爭相上船，不可禁製，董承與李樂便用戈擊打士卒，斬斷的手指落在船上，已經多到能用手捧起來。劉協登船後，同船共渡的僅有伏皇後、宋貴人、郭趙兩位宮人及楊彪、董承等數十人。
劉協到達河東郡大陽縣後，居住在李樂營中。行至安邑縣，河東太守王邑攜帶物資迎駕，劉協派太仆韓融迴到弘農，向李傕、郭汜請和，李傕同意和解，於是釋放了擒獲的百官、宮人婦女，並歸還劫掠到的乘輿、器服。
當時蝗災大起，幹旱無穀，後宮以棗菜為食物。劉協居住在棘籬中，門戶無關閉。劉協與群臣大會時，兵士趴在籬上觀看，互相鎮厭作笑。護駕諸將專權，有的人擅自將尚書拷打至死。司隸校尉出入時，民兵拿東西扔向他。諸將有的讓婢女前往省閣傳話，有的帶著酒食去請劉協飲用，侍中不準，就破口大罵，不能製止。又上表拜各營中民為部曲，索求饋贈。醫師、走卒皆封為校尉，禦史無力刻夠所有校尉印，諸將就自己拿錐刻印，亂刻文字，有的人仍沒有得到校尉印，就先當官後授印。上下混亂，糧食殆盡，於是楊奉、董承、韓暹等人謀劃護送乘輿到雒陽。不久後，河內太守張楊從野王前來護駕，被任命為安國將軍。
建安元年（196年），董承、張楊依舊決定護送乘輿去雒陽，楊奉、李樂則反悔，因此諸將錯亂、互相猜疑，張楊迴到野王。二月，韓暹率軍攻打董承，董承逃到野王依附張楊。韓暹屯兵在聞喜縣，楊奉與胡才又謀劃攻擊韓暹，因劉協勸解而止。
五月，劉協派人請楊奉、李樂、韓暹護送車駕到雒陽，楊奉等人聽從。六月，車駕到達聞喜，楊奉、胡才再次後悔，與李樂商議帶乘輿西還，於是假稱“應該去澠池東邊，以躲避匈奴。”劉協不從。車駕從北道出，靠著山向東麵前進，沿路並沒有匈奴出現，李樂感到羞愧，離開了護駕隊伍。當時糧食缺少，張楊從野王前來迎接乘輿，賑給百官。
建安元年（196年）七月一日，劉協在楊奉、韓暹等人的護送下迴到雒陽，居住在已故的中常侍趙忠家中，又令張楊修建宮殿，張楊以自己護駕有功，於是將殿命名為“楊安殿”。八月八日，劉協進入南宮楊安殿，張楊迴到野王，楊奉也出屯梁縣。十日，劉協拜張楊為大司馬，韓暹為大將軍、領司隸校尉，楊奉為車騎將軍。當時宮室燒盡，百官生活艱苦，依在牆壁之間。州郡各擁強兵，無人願意前來。群臣饑困，尚書郎以下親自外出采穭，有的餓死在牆壁間，有的被吏兵殺害。而韓暹等人仗著護駕之功，肆意妄為，幹亂朝政，董承深以為患，密召兗州牧曹操親自帶兵去雒陽。
同月十八日，曹操入雒陽進貢，給公卿以下分發糧食，並趁機上奏韓暹、張楊之罪，韓暹畏罪投奔楊奉。劉協以兩人有護駕之功，下詔不得問罪，又命曹操領司隸校尉，錄尚書事。同日，朝廷誅殺侯祈、馮碩、台崇三人，以討有罪之臣；封董承、伏完、丁衝、種輯、鍾繇、郭溥、董芬、劉艾、韓斌、楊眾、羅邵、伏德、趙蕤十三人為列侯，以賞有功之臣；追贈沮儁為弘農太守，以表彰死節之臣。
當時雒陽殘破，劉協在曹操的建議下，遷都到豫州潁川郡的許縣（今河南許昌）。車駕東進，楊奉、韓暹率軍追擊，卻在陽城山峽被曹操伏擊大敗。九月，劉協到達許縣，居住曹操營中，設司營宗廟社稷。自遷都長安開始，朝廷混亂，直到此時王製節度才確立起來。劉協以曹操為大將軍，封武平侯，不久後，又拜曹操為司空，行車騎將軍事。
自李傕郭汜相爭、車駕東歸後，長安城空四十餘日，強者離去，弱者相食，兩三年間，關中地區再也沒有行人的足跡。
建安三年（198年），劉協遣謁者仆射裴茂率段煨等人征關中，斬殺李傕，並夷滅其三族。李傕的首級被送到許縣，劉協下詔將它高掛示眾。
當時中原地區袁紹和曹操兩大軍閥正進行著頻繁的政治和軍事鬥爭。孫策占據了江東，劉表占據了荊州，劉璋割據益州，韓遂、馬騰占有涼州，公孫度盤踞遼東。劉協東還，無疑是一麵可利用的旗幟。曹操搶先率軍進駐洛陽，取得了“挾天子以令諸侯”的地位。
遷都許縣後，劉協是一個沒有實權的皇帝，隻能“守位”，漢廷百官也隻是“備員而已”。議郎趙彥曾為劉協陳述時局對策，曹操聽說後將趙彥殺死。其後曹操覲見劉協，劉協憤怒地說：“君若能相輔，則厚；不爾，幸垂恩相舍！”
按照漢朝製度，曹操這種“三公”帶兵覲見皇帝是有虎賁持刀挾行的，所以曹操聽到劉協這番可能含有殺機的話之後大驚失色，請求馬上離開，離開後顧視左右，汗流浹背，此後不再覲見劉協。
建安四年（199年），劉協不滿曹操大權獨攬，不甘心作為傀儡，乃暗下衣帶詔，令董貴人的父親車騎將軍董承連結天下義士設法誅殺曹操。董承遂與左將軍劉備、長水校尉種輯、議郎吳碩、偏將軍王子服等一起密謀。尚未行動，劉備因袁術北上而出征。
建安五年（200年）正月，衣帶詔事情敗露，董承等人都被曹操誅殺，董貴人也即將被處死，當時董貴人懷孕，劉協多次向曹操請求，仍不能保住貴人性命。伏皇後畏懼曹操，於是寫信給她的父親伏完，盡數曹操殘暴不仁之事，希望伏完能夠效仿董承，鏟除權臣，但伏完始終未敢行動。
建安十三年（208年），漢朝廢三公官，重新設置丞相、禦史大夫，劉協令太常徐璆持節，拜曹操為丞相。
建安十七年（212年）九月，劉協封其子劉熙為濟陰王，劉懿為山陽王，劉邈為濟北王，劉敦為東海王。
建安十八年（213年）三月，漢朝恢複九州製，將天下十四州並為九州。省去司隸、並州、幽州、涼州、交州，於是天下為兗、豫、青、徐、荊、揚、冀、益、雍九州。五月，曹操使劉協封自己為魏公，以冀州十郡為魏國，並加九錫。
七月，曹操將女兒曹憲、曹節、曹華嫁給劉協，朝廷令大司農王邑帶著束帛玄纁五萬匹出使鄴城，其中年幼的暫時留在魏國，等到長大了再入宮。第二年，三人皆被封為貴人。
建安十九年（214年），伏皇後要求其父伏完誅殺曹操的密謀敗露，曹操要挾劉協廢黜伏皇後，並代劉協寫好了廢黜伏皇後的詔書。接著，派禦史大夫郗慮拿著詔書，同尚書令華歆一起帶兵包圍皇宮搜捕皇後。伏皇後藏到宮中的夾牆裏，被華歆拖出。
伏皇後披頭散發赤腳走出，向劉協哭訴求救，劉協無奈地說：“朕也不知道自己的生命什麽時候結束！”
迴過頭來對郗慮說：“郗公！天下有這道理嗎？”伏皇後被幽禁而死，劉協與她所生的兩位皇子亦以毒酒毒殺，伏氏宗族百餘人被處死。
建安二十年（215年），曹操威逼劉協立其女曹節為皇後。
建安二十一年（216年），令宗正劉艾持節拜魏公曹操為魏王。
建安二十二年（217年）四月，劉協被迫令曹操設天子旌旗，出入稱警蹕。十月，又命曹操王冕用十二旒，乘金根車，駕六馬，設五時副車，魏國以五官中郎將曹丕為魏太子。
建安二十三年（218年）正月，漢太醫令吉本與少府耿紀、丞相府司直韋晃等人起兵於許都，被丞相長史王必與潁川典農中郎將嚴匡擊殺。
建安二十五年（220年），魏王曹操去世，曹丕繼位。其時，雖然有孫權、劉備試圖北上中原，但基本不成氣候，中原腹地的和平已成定局。除舊布新，建立新朝，已經是人心所向。各種力量都在推動曹丕采取行動。那些曹氏部屬也在設想著如何彈冠相慶，如何分新朝一杯羹。於是便有小臣去逼去勸劉協效唐虞舊例，將帝位禪讓給魏王。
延康元年十月乙卯日（220年11月25日），曹丕逼迫劉協禪讓帝位給他，劉協告祭祖廟，使張音奏璽綬詔冊，禪位於曹丕。曹丕在繁陽亭登上受禪壇，接受玉璽，即皇帝位。隨即進入許都，改延康元年為黃初元年，國號為魏。追尊曹操為武皇帝，廟號太祖。以河內郡的山陽縣，封劉協為山陽公，以山陽的濁鹿城為都，食邑一萬戶，位在諸侯王之上，奏事不稱臣，受詔不拜，並允許在封地奉漢正朔和服色，建漢宗廟以奉漢祀。劉協四個之前被封為王的皇子降為列侯。曹丕還說了句客氣話：“天下的好東西，我當與山陽公一起享受。”
當時盛傳劉協退位後被殺，身在蜀地的劉備信以為真，便下令為劉協發喪，並追諡為“孝湣皇帝”。次年，劉備以漢室宗親的身份即皇帝位，史稱“蜀漢”。
青龍二年三月庚寅日（234年4月21日），劉協壽終正寢，魏明帝曹叡率群臣親自哭祭。八月壬申日（9月30日），以漢天子禮儀葬於禪陵。諡號為孝獻皇帝。下葬時魏明帝“製錫衰弁絰，哭之慟”，並立劉協的嫡孫桂氏鄉侯劉康為山陽公。
曆史評價
董卓：陳留王仁孝，宜即尊皇祚。
袁紹：今西名有幼君，無血脈之屬。
袁術：聖主聰叡，有周成之質。
李傕：明陛下真賢聖主。
袁山鬆：獻帝崎嶇危亂之間，飄薄萬裏之衢，萍流蓬轉，險阻備經，自古帝王未之有也。觀其天性慈愛，弱而神惠，若輔之以德，真守文令主也。曹氏始於勤王，終至陷天，遂力製群雄，負鼎而趨，然因其利器，假而不反，迴山倒海，遂移天日。昔田常假湯、武而殺君，操因堯、舜而竊國，所乘不同，濟其盜賊之身一也。善乎！莊生之言：竊鉤者誅，竊國者為諸侯，諸侯之門仁義存焉。
劉協出生時母親王美人遭何皇後毒殺，於是劉協被董太後親自撫養，號稱“董侯”。中平六年（189年）四月，漢少帝劉辯登皇帝位，封劉協為勃海王，後又改封為陳留王。漢少帝被罷黜後，劉協登皇帝位，時年九歲，遷皇太後於永安宮，大赦天下。建安元年（196年），曹操控製了劉協，並遷都許縣，挾天子以令諸侯。建安十三年（208年）六月，劉協罷免三公，立曹操為丞相，後又立曹操為魏公。
建安十九年（214年），劉協封曹操在諸侯王上，授給金璽、赤緩、遠遊冠。賜伏皇後死，誅其宗族數百人。建安二十年（215年）正月，劉協立曹操中女節為皇後。建安二十五年（220年），曹操去世，其子曹丕逼劉協禪讓帝位，建立魏朝。劉協被廢為山陽公，於青龍二年（234年）去世，葬於禪陵。
劉協的母親王美人，名王榮（後來追諡為“靈懷皇後”），是前五官中郎將王苞的孫女、王章之女，出身於名門世家，舉止文雅，再加上容貌姣好，身材勻稱，深得漢靈帝劉宏的寵愛。當時主宰靈帝後宮的是何皇後，出身於屠夫之家，靠賄賂宦官被選入宮並當了皇後，對王美人非常嫉妒。因此當王美人懷著劉協時，怕招惹何皇後更深的嫉妒，就沒有告訴靈帝，而是偷偷地墮胎。但服墮胎藥沒有奏效，孩子還是生了下來。何皇後果然妒性大發，怕王美人有了兒子會進一步威脅到她的地位，指使人將毒藥偷偷地放在王美人產後服用的湯藥裏，王美人飲後當即身亡。
靈帝聞訊，親往後宮驗視，見王美人四肢青黑，知是中毒而亡，急令追查兇手，很快查出是何皇後所為。靈帝不禁勃然大怒，意欲立即將何皇後廢黜。何皇後事先已用巨金買通受靈帝信任的宦官曹節等人，宦官們一齊跪下，為何皇後求情，靈帝居然赦免了何皇後。劉協這時尚未足月，靈帝擔心將這個兒子留在後宮再遭到暗害，於是將他抱到永樂宮，請董太後撫養，因為覺得這個兒子很像自己，取名為“協”。自此，劉協就依董氏為外家，被稱為“董侯”。劉協八歲時，能讀詩書。
漢靈帝晚年，麵臨著選擇太子問題。何皇後生有皇子劉辯，從小寄養在民間一位姓史的道人家裏。劉辯比劉協年長，而且是皇後所生，論理太子位置非其莫屬。但是劉辯舉止輕浮，沒有國君應有的威嚴氣質。劉協自小在永樂宮長大，由董太後悉心撫養，舉止端莊，深得靈帝喜愛。再加上其母王美人死於非命，靈帝難免有隱惻之心，因此，他心下傾向於立劉協為太子。然而，這又有違於立嗣以嫡長子為先的皇室傳統，所以遲遲下不了決心。
中平六年（189年），漢靈帝病重，遺詔將劉協托付給宦官上軍校尉蹇碩。四月，漢靈帝去世，蹇碩欲搶先立劉協為帝並誅殺大將軍何進，被其麾下司馬潘隱出賣而未果，何進遂擁立劉辯為帝，是為漢少帝。何皇後改稱為何太後，臨朝處理政務，但國家大權實際上已為何進掌握。劉協受封為渤海王，後改封陳留王。
靈帝死後，內宮宦官和朝中重臣展開了爭權奪利的鬥爭。光熹元年（189年）八月，先是何進捕殺蹇碩，接著是宦官張讓、段珪等殺死何進，司隸校尉袁紹、虎賁中郎將袁術和何進的部將帶兵反攻，一下子又殺宦官兩千人。張讓、段珪等無力還擊，劫持劉協和少帝劉辯逃出宮外。尚書盧植、河南中部掾閔貢趕來後，張讓、段珪跳入黃河自殺。劉辯和劉協在迴宮途中，在北邙山迎麵遇上董卓率領的隴西鐵騎奔騰而來。劉辯見到這樣的情形，嚇得渾身哆哆嗦嗦，雙腿戰栗，口不能言。當董卓問劉辯禍亂緣由時，劉辯口齒不清；問劉協時，劉協卻對答如流。董卓認為劉協比劉辯賢能，又自認為和收養劉協的董太後同族。於是從這時起，董卓就想廢少帝，另立劉協為皇帝。
迴到京城後，董卓的軍隊完全控製了局勢。他先逼少帝策免司空劉弘，自己身居其位；接著，以司空的身份召集百官開會，議改立陳留王劉協為皇帝。百官大驚失色，懾於董卓的淫威，誰也不敢表示反對。九月初一日，董卓宣布廢黜少帝劉辯，立陳留王劉協為帝，是為獻帝，改元永漢（同年十二月複為中平六年，改明年為初平元年），時年九歲。從此，劉協開始了他作為傀儡皇帝的漫長生涯。
劉協登基後，董卓自封為相國，完全控製了中央政權。董卓的軍隊在洛陽劫掠財物，奸淫婦女，無惡不作。
初平元年（190年）正月，各地的州郡牧守以討伐董卓的名義紛紛起兵。由於起兵的州郡都在關東，所以史稱“關東聯軍”。許多地方豪強響應了這次起兵，帶著自己的私兵萬裏相赴，自此正式拉開了東漢末年軍閥混戰的序幕。關東軍共推渤海太守袁紹為盟主，從北、東、西三麵來包圍雒陽。董卓於是在本月十二日（190年3月6日）指使弘農國郎中令李儒毒殺弘農王劉辯。
二月十七日，董卓下令遷都長安，焚燒雒陽宮廟，令京城百姓全部遷入關中，而董卓自己仍然留在雒陽的畢圭苑中。這時，司徒王允主持具體政務。他表麵上依附董卓，暗中心向漢室，身邊聚集了一批朝中官員。三月五日，車駕到達長安。長安自赤眉之亂後，宮室焚毀，劉協當時隻能居住在高廟、京兆府舍中，後來，劉協進入未央宮。
初平二年（191年），關東諸侯為了爭奪政治上的領導權，以袁紹、韓馥為首，倡議立幽州牧劉虞為帝。但這個建議遭到袁術、曹操的反對，最後作罷。劉虞的兒子劉和在長安朝廷擔任侍中，劉協想憑借關東軍的力量還都雒陽，以擺脫董卓的控製，就派劉和潛出武關求援。這一年，董卓自封太師，孫堅率軍攻入雒陽，董卓退往長安，留下諸將分屯諸縣抵禦關東軍。董卓入長安後，僭擬車服，乘金華青蓋，又大封自己親信，宗族內外並居高位。此時關東其餘州郡牧守正熱衷於互相兼並以壯大自己的力量，擴張地盤，無意西討董卓。長安方麵就轉而依靠內部的力量來推翻董卓。
初平三年（192年），司徒王允與司隸校尉黃琬、仆射士孫瑞、中郎將呂布密謀刺殺董卓。呂布本為董卓的親信，兩人曾結過義父子關係。董卓性格暴烈，有一次呂布為一樁小事違背了董卓的意圖，董卓拔出手戟就向呂布投去。呂布慌忙躲開，事後又向董卓俯身請罪，才算作罷。由此二人有了隔閡。四月，漢獻帝患病初愈，在未央殿大會朝中百官。董卓身穿朝服，乘車入朝。從軍營到皇宮的道路兩側警衛密布，左側是步兵，右側是騎兵，戒備森嚴，由呂布等在前後侍衛。王允命士孫瑞自己書寫詔書交給呂布。呂布讓同郡人騎都尉李肅與勇士秦誼、陳衛等十餘人冒充衛士，身穿衛士的服裝，埋伏在北掖門等待董卓。董卓一進門，李肅舉戟刺去，董卓內穿鐵甲，未能刺入，隻傷了他的手臂，跌到車下。董卓迴頭喊呂布，但被呂布鐵矛刺死。董卓被刺死後，王允錄尚書事，呂布晉升為奮威將軍，二人共同主持朝政，並令張種為使撫慰山東。
王允得手後，驕傲自滿，加上氣量狹小，未能維持住關中的局勢。於是董卓部將李傕、郭汜、張濟、樊稠、賈詡等人起兵作亂，攻打京師。六月初一戊午，長安城淪陷，太常種拂、太仆魯旭、大鴻臚周奐、城門校尉崔烈、越騎校尉王頎戰死，長安一萬多吏民遇害，呂布戰敗逃走。
王允帶著劉協到宣平城門樓上，對著李傕等人問道（一說是劉協問李傕）：“臣子無作威作福，而放兵縱橫，這是想幹什麽？”
李傕迴複：“董卓忠於陛下，而無故被呂布殺害。臣等為董卓報仇，不敢作逆。等事情結束後，我們自會前往廷尉處受罰。”
於是大赦天下，拜李傕為揚武將軍，郭汜為揚烈將軍，樊稠等人皆為中郎將。李傕等人圍住門樓，共表請王允出來，又問：“太師何罪？”王允無奈，隻得下樓。
本月七日，李傕將黃琬、王允全家處死，百姓聞之莫不流涕。
當初，王允上奏：“太史令王立，說《孝經》六隱事，能消除災邪，有益於聖體。”常在吉日，王允與王立入宮，為劉協講誦孝經一章，以丈二竹簟，畫九宮其上，隨日時出入。王允遇害後，王立便不再入宮講誦。
九月，李傕升為車騎將軍、開府、領司隸校尉、假節、池陽侯，郭汜為後將軍、美陽侯，樊稠為右將軍、萬年侯，張濟被封為鎮東將軍，賈詡擔任尚書。李傕、郭汜、樊稠三人把持朝政，張濟則外出屯駐在弘農。
初平四年（193年）正月，出現日食。未晡八刻，太史令王立奏：“日晷過度，未有變化。”
朝臣都慶賀，結果未晡一刻而蝕。尚書賈詡奏：“王立伺候不明，疑誤上下。太尉周忠，職所典掌，請皆治罪。”
劉協下詔：“天道遙遠，事驗難明，況且災異應政而到，雖然能夠預見，又豈能保證萬無一失？而要歸咎於史官，更加說明我失於恩德。”於是避正殿，息兵、不理政事五天。
夏季時，大雨連下二十日，大風如同冬時。五月，劉協令侍禦史裴茂訊獄，赦免了兩百多個輕罪的人。其中有被李傕陷害而下獄之人，李傕不願赦免他們，於是上奏裴茂擅自放出囚徒，請求收捕裴茂。劉協說：“災異頻繁出現，使者奉命宣布恩澤，赦免輕罪之人，是順合天意，切勿問罪。”
七月，劉協想發太府絲織給宮人製作衣服，李傕不願，說：“宮中有衣服，何必要再做？”尚書郎吳碩素來奉承李傕，便附和道：“關東還沒平定，國家費用不足，陛下寵愛之人穿的衣服，已經遠淩駕於群僚了。”尚書梁紹上書請治吳碩之罪，劉協以他受李傕寵愛而不許。
興平元年（194年）正月十六日，劉協舉行加冠禮。二月五日，劉協追諡母親王榮為靈懷皇後。七日，將王榮改葬在文昭陵。
三月，馬騰與種邵、劉範、杜稟共同攻打李傕，劉協派人勸解，馬騰等人執意不從。李傕令郭汜、樊稠、李利出兵，在長平觀擊破馬騰軍，斬殺種邵等人。
戰後，李傕令郭汜、樊稠開府，與三公合為六府，參與選舉官吏。李傕等人各選用自己所舉之人，稍有違反就會生怒。主者深以為患，隻得按順序選用他們所舉之人，先從李傕起，郭汜次之，樊稠次之。而三公舉薦之人，始終沒有起用的機會。
六月初一丙子，分涼州河西諸郡為雍州。這一年三輔地區大旱，穀價騰貴，穀一斛五十萬，豆麥一斛二十萬，長安城中甚至發生了人吃人的事件。劉協下詔令主者賣掉廄馬一百多匹（一說兩百多匹），禦府大司農出兩萬匹雜繒，將雜繒與賣馬得來的錢一同賜給公卿、貧民，李傕說：“我邸閣裏的物資少。”於是強行把這些東西帶到自己營中。
劉協又命令侍禦史侯汶出太倉米豆煮粥救濟百姓，但因為糧食不夠仍然有很多人餓死。劉協懷疑侯汶沒有如實用全部糧食賑濟災民，而是趁機侵占公糧，於是派侍中劉艾取米、豆各五升在自己麵前熬成粥，最後可以煮出兩盆，證實是侯汶作弊，於是責打侯汶五十廷杖。之後，長安城中饑民得到了救濟。
興平二年（195年）二月，李傕殺樊稠，與郭汜在長安城中各自擁兵相攻。三月，安西將軍楊定與郭汜合謀劫持劉協，事情泄露，李傕便先派李暹率兵包圍皇宮，用三乘車迎接天子，劉協乘坐一車，貴人伏壽乘坐一車，賈詡、左靈乘坐一車，其餘人步行跟隨。當時司徒趙溫、司空張喜聽聞此事，都離開府第跟隨劉協。乘輿離開後，李傕的士兵進入殿內鈔掠宮人、禦物。同日，劉協到達李傕營中，李傕又放火焚燒宮殿、官府、民居。
劉協派太尉楊彪、司空張喜、尚書王隆、光祿勳鄧淵、衛尉士孫瑞、太仆韓融、廷尉宣璠、大鴻臚榮邵、大司農朱儁、將作大匠梁邵、屯騎校尉薑宣等十幾人前往郭汜營中勸和，郭汜卻把他們全部扣留。
四月，劉協以貴人伏壽為皇後，並拜其父伏完為執金吾。李傕手下中郎將張苞、張龍與郭汜合謀誅殺李傕。郭汜趁夜出兵，令軍隊弓弩齊發，箭矢貫穿了李傕的左耳，又射到了劉協的樓帷簾中。後來李傕手下大將楊奉前來救援，郭汜軍才退走。同日，李傕把劉協帶到北塢，隻有伏皇後、宋貴人等人跟隨劉協。李傕設反關校尉監察劉協，隔絕內外。當時盛夏酷暑，宮人、侍臣之前不得攜帶穀米跟隨劉協，入門又有禁防，不能外出購買。侍臣忍饑受渴，劉協請求李傕給五斛粳米、五具牛骨，以賜宮人、侍臣。李傕說：“朝晡之時已經上過飯了，還要米做什麽？”於是隻送來幾具放了很久的牛肉牛骨，都已經臭到不能吃了。劉協大怒，想要責備李傕，因侍中楊琦勸諫而止。
五月，李傕想把劉協遷移到黃白城。當時司徒趙溫因受到李傕猜忌而被關在塢中，他得知此事後，寫信責備李傕，李傕大怒，要斬殺趙溫，被從弟李應勸止。劉協聽聞趙溫責備李傕，對侍中常洽說：“李傕不明善惡，趙溫言語過激，實在令人擔憂。”常洽迴答：“李應已經化解此事了。”劉協方才安心。
李傕覲見時，身上帶著三把刀，手上還拿著鞭子。劉協身邊的侍中、侍郎見到李傕攜帶武器覲見，都感到擔心，也持著刀劍，先護衛在劉協身邊。李傕麵對劉協，要麽說“明陛下”，要麽說“明帝”，經常向劉協說郭汜的壞話，劉協也隻順從其意，李傕大喜，出去後說道：“明陛下真是賢主啊。”李傕雖然喜歡討好劉協，但仍然不想讓侍臣攜帶武器站在劉協身邊，便對人說道：“這幫人都握著刀，是欲圖謀害我嗎？”侍中李禎與李傕同州，兩人關係友好，李禎就對李傕說：“侍臣之所以持刀，是因為現在身在軍中，不得不持，此是國家故事。”李傕這才打消了懷疑。
閏五月，劉協令謁者仆射皇甫酈去勸和李傕、郭汜。郭汜接受詔命，而李傕不從。劉協得知皇甫酈勸說李傕時言辭過切，擔心他為李傕所害，於是讓他離開長安。十一日辛巳，劉協令左中郎將李固持節拜李傕為大司馬，位在三公之上。
六月，李傕大將楊奉與侍中楊琦、黃門侍郎丁衝、鍾繇、尚書左丞魯充、尚書郎韓斌、軍吏楊帛共同謀誅李傕，恰逢李傕因其他事殺死楊帛，楊奉便率兵投向郭汜。
同月，鎮東將軍張濟從陝縣來到長安勸和，劉協思念舊京雒陽，遣使向李傕請求東歸，前後十次方得允許。李傕、郭汜答應和解，許諾以各自的愛子做人質，李傕的妻子喜愛兒子李式，不願以他為質。議和未定，羌胡兵馬又前來幫助李傕，劉協深以為患，讓侍中劉艾對宣義將軍賈詡說：“您之前奉職盡忠，因此一直受陛下榮寵。如今羌胡為患，您應該為國家想想應對的方案。”賈詡邀請羌胡大帥前來飲食，並許諾加以封賞，羌胡滿意而離開。李傕勢力衰弱，隻得答應和解，於是李傕、郭汜各將女兒作為人質，並封為君、食邑。
七月，劉協出長安東歸，車駕到達宣平門，即將渡橋。郭汜的士兵攔住橋問：“車上是天子嗎？”
車駕不得向前，李傕的士兵皆拿戟護在乘輿左右，侍中劉艾大唿：“車上正是天子！”
讓侍中楊琦高舉車帷。劉協對士兵說：“你們不退後，怎麽還敢逼近至尊？”
郭汜士兵方才撤退。車駕成功過橋，士民皆稱萬歲。夜間，車駕到達霸陵，張濟帶著飲食供給百官，李傕引兵出屯池陽。劉協以張濟為驃騎將軍，封平陽侯，假節、開府如三公；郭汜為車騎將軍，楊定為後將軍，封列侯；楊奉為興義將軍，董承為安集將軍，又追封乳母呂貴為平氏君。張濟迴到陝縣，郭汜等人則跟隨劉協東歸。
郭汜建議讓劉協前往高陵縣，百官則認為應該前往弘農，大會商議不決。劉協讓尚書郭溥去請郭汜同意，郭汜不從，劉協感慨道：“祖宗陵墓都在雒陽，靈懷皇後的陵墓修好後，我未曾去看過一次。我夢想東歸，夜以繼日，而郭汜還想把我帶到西邊去嗎？”說罷，終日不肯吃飯。郭汜便提出：“可以先到附近的一個縣城裏。”
八月初六甲辰，車駕到達新豐。張濟指使尚書徵召在河西擔任太守的劉玄入朝，想讓自己的親信代替。劉協說：“劉玄在郡多年，若有功績，則當升遷；若無功績，則當責罰，為何無故徵召他呢？”
尚書於是向劉協謝罪。劉協將此事歸罪於尚書，又下詔：“張濟有拔車駕之功，何故不上表而請求私事呢？切勿問罪。”
張濟聞知，免冠赤足前來賠罪。後將軍楊定請求讓侍中尹忠擔任自己府中的長史，劉協說道：“侍中是天子近臣，如果擔任不合適的職位，必會被關東笑話。之前在長安，是因為李傕專政。如今朕秉持萬機，豈可再次胡亂封官賜爵呢？”劉協時年十五歲，每事出於胸懷，皆如此類。
十月初一戊戌，郭汜與黨羽夏育、高碩一同作亂，並指使其將領伍習趁夜燒毀學舍以威逼乘輿。當時火起不止，侍中劉艾建議到一個軍營裏躲避火災，楊定、董承便帶兵將劉協轉移到楊奉營。夏育等人想阻擋乘輿，楊奉與楊定率軍迎戰，擊敗叛軍，斬首五千級，郭汜敗逃南山。
初五壬寅，車駕到達華陰，寧輯將軍段煨攜帶物資迎駕，請求劉協進入他的營寨。段煨與楊定有過結，迎乘輿時不敢下馬，隻在馬上作揖。侍中種輯和楊定關係好，便聲稱段煨謀反。劉協問：“段煨前來迎駕，為何說他謀反呢？”
種輯迴答：“段煨迎駕不到邊界，拜禮不下馬，臉色有變，必有異心！”
太尉楊彪、司徒趙溫、侍中劉艾、尚書梁紹等人說：“段煨沒有反意，臣等敢以性命擔保！車駕可進入他的營中。”
董承與楊定又誣陷：“郭汜來到段煨軍營了。”
劉協問：“你們怎麽知道的？”
左靈和文禎搶答：“是弘農郡的督郵得知的！”
故而脅迫督郵說：“今天郭汜率七百騎兵進入了段煨營帳。”劉協這才相信，下令車隊停在路邊休息。
初十丁未，楊定、楊奉、董承即將進攻段煨營寨，讓種輯和左靈請求下詔，劉協說：“王者攻伐，應該上參天意、下合民心。司寇行刑時，君王尚且應該為此廢食撤樂，而你們卻要朕為此下詔嗎？”
種輯力請到夜半，劉協依舊不許，楊奉等人便擅自攻打段煨營寨，連續十多天無法攻克，而段煨依舊侍奉百官，終無二心。司隸校尉榮邵認為當以返迴雒陽為重，不宜繼續攻打段煨，楊定記恨，便讓楊奉向劉協請求榮邵擔任自己副手，想趁機殺死他，劉協知道楊定用意而不許。最後下詔告喻，楊定等人便奉詔迴營。
李傕與郭汜後悔讓劉協東歸，便以救援段煨為由引兵追擊，實欲劫迴劉協。楊定為郭汜軍所阻，轉而出逃荊州。十一月，車駕到達黃卷亭。同月初三庚午，行至弘農縣，張濟向楊奉、董承提出交換人質而將乘輿停留在弘農，二人不肯，向劉協請求繼續前進，張濟便聯合李傕共同劫駕。同日，雙方在弘農東澗大戰，漢軍大敗，衛尉士孫瑞、大長秋苗祀、步兵校尉魏傑、侍中朱展、射聲校尉沮儁遇害。此戰中，百官、士卒死者不可勝數，女眷輜重，皇室的各種器物典籍全部被丟棄。
車駕到達曹陽，楊奉、董承等人假意請和，暗中派人到河東請故白波帥胡才、李樂、韓暹及匈奴右賢王去卑護駕。韓暹、去卑等人率數千騎兵到來，與楊奉、董承大破李傕，斬首數千級，乘輿得以前進。
劉協令侍中史恃、太仆韓融攜帶詔書前去說服張濟。當時董承等人提議趁勝東進，劉協說：“李傕、郭汜自知罪惡深重，於是起兵冒犯，殘害吏民。可以等到韓融迴來，再商議進退之事。”董承則堅持認為應該立即前進。
十二月，車駕繼續前進，董承與李樂保護車駕左右，楊奉、胡才、韓暹、去卑斷後。李傕再次發動追擊，在曹陽大破漢軍，光祿勳鄧淵、衛尉宣璠、少府田芬、禦史鄧聘、大司農張義等人戰死。當時局勢混亂，李樂建議劉協上馬逃走，劉協拒絕道：“不可，舍棄百官而去，這是何等罪過！”
遭難之後，虎賁羽林衛士不滿百人，李傕、郭汜的兵士繞著營寨大聲唿喊，眾人都有離去的心思，李樂感到恐慌，想讓劉協乘船往東直接抵達孟津。
劉協說：“千金之子，坐不垂堂。孔子尚且擔心暴虎馮河之事，這並非安居之道。”
太尉楊彪說：“臣是弘農本地人，從此地向東有三十六個險灘，不能讓陛下乘船冒險。”
宗正劉艾附議：“臣以前擔任過陝縣令，也知道險灘的危險。以前這裏有船夫，乘船仍有危險，何況如今還沒有船夫？太尉所慮極是。”
董承等人讚同，於是打算渡黃河向北前往河東郡，令李樂連夜去對岸準備船隻，並約定舉火為應。
船隻準備妥當後，劉協與公卿步行出營，到達黃河邊。岸高十多丈，無法下去，公卿便商議讓韁繩係住劉協的腰放下岸邊。當時伏皇後的哥哥伏德認為韁繩不能係腰，於是提議自己手裏的細絹代替。校尉尚弘用細絹把劉協背在身上，然後下岸，其餘人或是從岸側匍匐而下，或是從岸上直接跳下，死傷數量已不得而知。到達河邊時，士卒爭相上船，不可禁製，董承與李樂便用戈擊打士卒，斬斷的手指落在船上，已經多到能用手捧起來。劉協登船後，同船共渡的僅有伏皇後、宋貴人、郭趙兩位宮人及楊彪、董承等數十人。
劉協到達河東郡大陽縣後，居住在李樂營中。行至安邑縣，河東太守王邑攜帶物資迎駕，劉協派太仆韓融迴到弘農，向李傕、郭汜請和，李傕同意和解，於是釋放了擒獲的百官、宮人婦女，並歸還劫掠到的乘輿、器服。
當時蝗災大起，幹旱無穀，後宮以棗菜為食物。劉協居住在棘籬中，門戶無關閉。劉協與群臣大會時，兵士趴在籬上觀看，互相鎮厭作笑。護駕諸將專權，有的人擅自將尚書拷打至死。司隸校尉出入時，民兵拿東西扔向他。諸將有的讓婢女前往省閣傳話，有的帶著酒食去請劉協飲用，侍中不準，就破口大罵，不能製止。又上表拜各營中民為部曲，索求饋贈。醫師、走卒皆封為校尉，禦史無力刻夠所有校尉印，諸將就自己拿錐刻印，亂刻文字，有的人仍沒有得到校尉印，就先當官後授印。上下混亂，糧食殆盡，於是楊奉、董承、韓暹等人謀劃護送乘輿到雒陽。不久後，河內太守張楊從野王前來護駕，被任命為安國將軍。
建安元年（196年），董承、張楊依舊決定護送乘輿去雒陽，楊奉、李樂則反悔，因此諸將錯亂、互相猜疑，張楊迴到野王。二月，韓暹率軍攻打董承，董承逃到野王依附張楊。韓暹屯兵在聞喜縣，楊奉與胡才又謀劃攻擊韓暹，因劉協勸解而止。
五月，劉協派人請楊奉、李樂、韓暹護送車駕到雒陽，楊奉等人聽從。六月，車駕到達聞喜，楊奉、胡才再次後悔，與李樂商議帶乘輿西還，於是假稱“應該去澠池東邊，以躲避匈奴。”劉協不從。車駕從北道出，靠著山向東麵前進，沿路並沒有匈奴出現，李樂感到羞愧，離開了護駕隊伍。當時糧食缺少，張楊從野王前來迎接乘輿，賑給百官。
建安元年（196年）七月一日，劉協在楊奉、韓暹等人的護送下迴到雒陽，居住在已故的中常侍趙忠家中，又令張楊修建宮殿，張楊以自己護駕有功，於是將殿命名為“楊安殿”。八月八日，劉協進入南宮楊安殿，張楊迴到野王，楊奉也出屯梁縣。十日，劉協拜張楊為大司馬，韓暹為大將軍、領司隸校尉，楊奉為車騎將軍。當時宮室燒盡，百官生活艱苦，依在牆壁之間。州郡各擁強兵，無人願意前來。群臣饑困，尚書郎以下親自外出采穭，有的餓死在牆壁間，有的被吏兵殺害。而韓暹等人仗著護駕之功，肆意妄為，幹亂朝政，董承深以為患，密召兗州牧曹操親自帶兵去雒陽。
同月十八日，曹操入雒陽進貢，給公卿以下分發糧食，並趁機上奏韓暹、張楊之罪，韓暹畏罪投奔楊奉。劉協以兩人有護駕之功，下詔不得問罪，又命曹操領司隸校尉，錄尚書事。同日，朝廷誅殺侯祈、馮碩、台崇三人，以討有罪之臣；封董承、伏完、丁衝、種輯、鍾繇、郭溥、董芬、劉艾、韓斌、楊眾、羅邵、伏德、趙蕤十三人為列侯，以賞有功之臣；追贈沮儁為弘農太守，以表彰死節之臣。
當時雒陽殘破，劉協在曹操的建議下，遷都到豫州潁川郡的許縣（今河南許昌）。車駕東進，楊奉、韓暹率軍追擊，卻在陽城山峽被曹操伏擊大敗。九月，劉協到達許縣，居住曹操營中，設司營宗廟社稷。自遷都長安開始，朝廷混亂，直到此時王製節度才確立起來。劉協以曹操為大將軍，封武平侯，不久後，又拜曹操為司空，行車騎將軍事。
自李傕郭汜相爭、車駕東歸後，長安城空四十餘日，強者離去，弱者相食，兩三年間，關中地區再也沒有行人的足跡。
建安三年（198年），劉協遣謁者仆射裴茂率段煨等人征關中，斬殺李傕，並夷滅其三族。李傕的首級被送到許縣，劉協下詔將它高掛示眾。
當時中原地區袁紹和曹操兩大軍閥正進行著頻繁的政治和軍事鬥爭。孫策占據了江東，劉表占據了荊州，劉璋割據益州，韓遂、馬騰占有涼州，公孫度盤踞遼東。劉協東還，無疑是一麵可利用的旗幟。曹操搶先率軍進駐洛陽，取得了“挾天子以令諸侯”的地位。
遷都許縣後，劉協是一個沒有實權的皇帝，隻能“守位”，漢廷百官也隻是“備員而已”。議郎趙彥曾為劉協陳述時局對策，曹操聽說後將趙彥殺死。其後曹操覲見劉協，劉協憤怒地說：“君若能相輔，則厚；不爾，幸垂恩相舍！”
按照漢朝製度，曹操這種“三公”帶兵覲見皇帝是有虎賁持刀挾行的，所以曹操聽到劉協這番可能含有殺機的話之後大驚失色，請求馬上離開，離開後顧視左右，汗流浹背，此後不再覲見劉協。
建安四年（199年），劉協不滿曹操大權獨攬，不甘心作為傀儡，乃暗下衣帶詔，令董貴人的父親車騎將軍董承連結天下義士設法誅殺曹操。董承遂與左將軍劉備、長水校尉種輯、議郎吳碩、偏將軍王子服等一起密謀。尚未行動，劉備因袁術北上而出征。
建安五年（200年）正月，衣帶詔事情敗露，董承等人都被曹操誅殺，董貴人也即將被處死，當時董貴人懷孕，劉協多次向曹操請求，仍不能保住貴人性命。伏皇後畏懼曹操，於是寫信給她的父親伏完，盡數曹操殘暴不仁之事，希望伏完能夠效仿董承，鏟除權臣，但伏完始終未敢行動。
建安十三年（208年），漢朝廢三公官，重新設置丞相、禦史大夫，劉協令太常徐璆持節，拜曹操為丞相。
建安十七年（212年）九月，劉協封其子劉熙為濟陰王，劉懿為山陽王，劉邈為濟北王，劉敦為東海王。
建安十八年（213年）三月，漢朝恢複九州製，將天下十四州並為九州。省去司隸、並州、幽州、涼州、交州，於是天下為兗、豫、青、徐、荊、揚、冀、益、雍九州。五月，曹操使劉協封自己為魏公，以冀州十郡為魏國，並加九錫。
七月，曹操將女兒曹憲、曹節、曹華嫁給劉協，朝廷令大司農王邑帶著束帛玄纁五萬匹出使鄴城，其中年幼的暫時留在魏國，等到長大了再入宮。第二年，三人皆被封為貴人。
建安十九年（214年），伏皇後要求其父伏完誅殺曹操的密謀敗露，曹操要挾劉協廢黜伏皇後，並代劉協寫好了廢黜伏皇後的詔書。接著，派禦史大夫郗慮拿著詔書，同尚書令華歆一起帶兵包圍皇宮搜捕皇後。伏皇後藏到宮中的夾牆裏，被華歆拖出。
伏皇後披頭散發赤腳走出，向劉協哭訴求救，劉協無奈地說：“朕也不知道自己的生命什麽時候結束！”
迴過頭來對郗慮說：“郗公！天下有這道理嗎？”伏皇後被幽禁而死，劉協與她所生的兩位皇子亦以毒酒毒殺，伏氏宗族百餘人被處死。
建安二十年（215年），曹操威逼劉協立其女曹節為皇後。
建安二十一年（216年），令宗正劉艾持節拜魏公曹操為魏王。
建安二十二年（217年）四月，劉協被迫令曹操設天子旌旗，出入稱警蹕。十月，又命曹操王冕用十二旒，乘金根車，駕六馬，設五時副車，魏國以五官中郎將曹丕為魏太子。
建安二十三年（218年）正月，漢太醫令吉本與少府耿紀、丞相府司直韋晃等人起兵於許都，被丞相長史王必與潁川典農中郎將嚴匡擊殺。
建安二十五年（220年），魏王曹操去世，曹丕繼位。其時，雖然有孫權、劉備試圖北上中原，但基本不成氣候，中原腹地的和平已成定局。除舊布新，建立新朝，已經是人心所向。各種力量都在推動曹丕采取行動。那些曹氏部屬也在設想著如何彈冠相慶，如何分新朝一杯羹。於是便有小臣去逼去勸劉協效唐虞舊例，將帝位禪讓給魏王。
延康元年十月乙卯日（220年11月25日），曹丕逼迫劉協禪讓帝位給他，劉協告祭祖廟，使張音奏璽綬詔冊，禪位於曹丕。曹丕在繁陽亭登上受禪壇，接受玉璽，即皇帝位。隨即進入許都，改延康元年為黃初元年，國號為魏。追尊曹操為武皇帝，廟號太祖。以河內郡的山陽縣，封劉協為山陽公，以山陽的濁鹿城為都，食邑一萬戶，位在諸侯王之上，奏事不稱臣，受詔不拜，並允許在封地奉漢正朔和服色，建漢宗廟以奉漢祀。劉協四個之前被封為王的皇子降為列侯。曹丕還說了句客氣話：“天下的好東西，我當與山陽公一起享受。”
當時盛傳劉協退位後被殺，身在蜀地的劉備信以為真，便下令為劉協發喪，並追諡為“孝湣皇帝”。次年，劉備以漢室宗親的身份即皇帝位，史稱“蜀漢”。
青龍二年三月庚寅日（234年4月21日），劉協壽終正寢，魏明帝曹叡率群臣親自哭祭。八月壬申日（9月30日），以漢天子禮儀葬於禪陵。諡號為孝獻皇帝。下葬時魏明帝“製錫衰弁絰，哭之慟”，並立劉協的嫡孫桂氏鄉侯劉康為山陽公。
曆史評價
董卓：陳留王仁孝，宜即尊皇祚。
袁紹：今西名有幼君，無血脈之屬。
袁術：聖主聰叡，有周成之質。
李傕：明陛下真賢聖主。
袁山鬆：獻帝崎嶇危亂之間，飄薄萬裏之衢，萍流蓬轉，險阻備經，自古帝王未之有也。觀其天性慈愛，弱而神惠，若輔之以德，真守文令主也。曹氏始於勤王，終至陷天，遂力製群雄，負鼎而趨，然因其利器，假而不反，迴山倒海，遂移天日。昔田常假湯、武而殺君，操因堯、舜而竊國，所乘不同，濟其盜賊之身一也。善乎！莊生之言：竊鉤者誅，竊國者為諸侯，諸侯之門仁義存焉。