迴歸思客聯盟總部之後，羅根繼續著自己的槍械訓練，而福克斯也繼續追尋著十字的蹤跡，一切看起來都仿佛相安無事。這樣經過了一個星期，羅根已經完全掌控了繞射技能和粗淺的時間法則，他開始了在這個世界最後的布局。
利用蘇聯人的老鼠炸彈技術，羅根如同原劇情人物韋斯利一樣製作了上千的老鼠炸彈，不要問老鼠從哪裏來，因為歐洲半個多世紀的下水道內老鼠真心不要太多。
趁著福克斯的再一次外出，羅根打暈了蘇聯人，將他安置在安全地帶後在聯盟總部釋放了全部帶著炸彈的老鼠。頓時聯盟內火光衝天，這個運行了幾個世紀的刺客組織基本上名存實亡了，隻餘下斯隆，屠夫以及製槍人等五六個身手頂尖的人員。
斯隆看到羅根後麵帶憂傷地問道：“為什麽？為什麽你要毀滅了所有的正義！”
“正義？”羅根好笑地看著斯隆，“這裏的正義僅僅代表你個人吧！為了一己之私，你暗地裏做了多少肮髒的勾當，你自己不清楚嗎？”
“你究竟是誰？”斯隆恐懼地喊道。
“我是誰重要嗎？”
“難道十字一直都和你有聯係？”斯隆怒問。
羅根看著狼狽的斯隆，譏笑道：“也隻有你這種老混蛋才會想出讓父子相殘的戲碼，不過我也不是韋斯利，我隻是一個過客而已，如果不是為了讓福克斯生活的平和安寧一些，我是不會想要毀滅這個早就應該被淘汰的聯盟。”
斯隆畢竟是梟雄似的大佬，不可能束手就縛，他拔出槍開始朝羅根射擊，他不相信自己一生的實戰經驗還比不過短短訓練不過二十天的羅根，可惜他低估了羅根的實力，注定就是個悲劇。即使不動用槍械和時間法則，僅憑羅根的自身武力也能夠擊殺斯隆。
隻見羅根擰腰彎身，斯隆射出的子彈就輕而易舉地被羅根避開，同時羅根也開始拔槍還擊，繞行的子彈在時間法則的加持下輕鬆的擊中了斯隆，屠夫以及製槍人等五六個聯盟中最後的人員。
羅根收刮了聯盟總部的所有的槍支彈藥，將所有物品都放進了時空珠當中，最後當羅根來到命運織布機前，對著這部機器凝視了許久，當他準備轉身離開時，時空珠卻跑出來罩住了命運織布機，命運織布機以肉眼可見的速度開始腐朽，直到一陣微風拂過，變成了一縷塵埃。
這時一陣巨大的壓力出現，接著是電閃雷鳴，因為有著上個世界的經驗，羅根知道自己的行為引動了天道。他馬上溝通時空珠，一陣光暈過後，羅根離開了這個時空，返迴了漫威世界。羅根不知道當他離開之後僅一秒鍾，一個巨大落雷將原地炸出了一個深度約有十米的巨坑。
這次的時空穿梭總體上羅根還是比較滿意的，不過最後的意外讓他心有餘悸的在臥室裏待了好幾天，同時也讓羅根下定決心，在不能完全控製時空珠的情況下他不會冒然進行穿越了。
當羅根靜下心來煉化時空珠時，卻讓他驚喜不已，原來命運織布機本身就帶著一絲因果法則，時空珠吸納這絲因果法則後它的禁製由三十二層增加到了三十三層，看來刺客聯盟的世界收獲還是蠻大的。
當時間來到1861年時，羅根平靜的生活被打破了，他不得不停下所有的一切，開始為自己在漫威世界的下一步生活進行規劃。
經過了十多年的努力，羅根已經成為了一方豪強，雖然自己刻意藏拙，但還是受到了剛剛當選總統不久的亞伯拉罕·林肯的重視和邀請，除了羅根自身的經紀實力外，他手裏一千多人的護衛隊也是一個重要因素，畢竟這個護衛隊是羅根收養的各種膚色的孤兒中選拔出來的，經過洗腦和羅根親自訓練，加上自家軍火公司提供的此時最先進的後裝步槍和大炮，可以說是武裝到了牙齒，忘了交代一下，羅根此時已經是北方有名的鋼鐵和煤炭以及軍火大亨。
接到林肯的邀請函，羅根並沒有前行，而是派遣了自己護衛隊長帶著二百人和可以武裝一個師的軍火去見了林肯，畢竟是美國人自己的戰爭，作為骨子裏就是華夏子孫的羅根來說，他可沒興趣參與其中，但是必要的政治投資還是要做的。
美國獨立後，南方和北方沿著兩條不同的道路發展。
在北方，資本主義經濟發展迅速，從19世紀20年代起，北部和中部各州開始了工業革命，到50年代完成。
1860年，北方工業生產居世界第四位，總產值達18.8億美元。
而在南方，則實行的是種植園黑人奴隸製度，南方1860年已有黑人奴隸400萬人。南方奴隸製度是生長在美國社會的贅瘤，它嚴重窒息了北方工商業的發展，南北矛盾和鬥爭自19世紀初起日趨激烈。
鬥爭主要圍繞西部土地展開。北方要求在西部地區發展資本主義，限製甚至禁止奴隸製度的擴大；南方則力圖在西部甚至全國擴展奴隸製度。雙方矛盾到19世紀50年代在局部地區已釀成武裝衝突。在奴隸主的進逼麵前，北方人民發起了聲勢浩大的“廢奴運動”，南方黑奴也不斷展開暴動。在人民鬥爭的推動下，北方資產階級開始主張廢除奴隸製度。
1854年在北方成立了共和黨。同年，南方奴隸主企圖用武力把奴隸製擴張到堪薩斯，於是在堪薩斯爆發了西部農民與來自自由州的移民，反對南方奴隸主的武裝鬥爭，鬥爭持續到1856年，揭開內戰序幕。
1857年奴隸主又利用斯科特判決案企圖把奴隸製擴展到美國全部領土上去，導致約翰·布朗起義。
1860年主張廢除奴隸製的共和黨人林肯當選總統，南方奴隸主發動叛亂。南方蓄奴州紛紛獨立，南方7州退出聯邦，於1861年2月組成“美利堅諸州聯盟”，定都裏士滿，戴維斯任總統。同年4月12日至14日，南方邦聯軍先發製人攻占薩姆特要塞，內戰爆發。
戰爭初期北方實力大大超過南方，北方23個州有2234萬人口，南方7個州隻有910萬，而且其中有380多萬是黑奴。北方有發達的工業，年產值15億美元，130萬工人，22000英裏的鐵路網和豐富的糧食，而南方工業薄弱，年產值1550萬美元，工人僅11萬，鐵路也隻有9000英裏。
但南方有充分的軍事準備。得益於不久前結束的美墨戰爭，南方軍隊素質較高，指揮官經驗豐富，並得到了英法等國的援助。而且，內戰前夕j.布坎南總統（奴隸主的代理人）曾設法把大量武器和金錢輸送到南方去。南方想通過速戰速決打敗北方。
1861年4月至1862年9月是“有限戰爭”階段。雙方都集中兵力於東戰場為爭奪對方首都而展開激戰。南方軍隊統帥是傑出軍事家羅伯特·李，他根據雙方力量懸殊的狀況，製定了以攻為守的戰略，集中兵力尋殲北軍主力，迫使北方簽訂城下之盟。而北方對戰爭準備不足，又采取了所謂的“大蛇計劃”，把兵力分散在8000英裏長的戰線上，加上同情奴隸主的指揮官麥克萊蘭采取消極戰術，使北軍連連受挫。
林肯政府在內戰初期進行戰爭的目的是恢複南北的統一，擔心觸動奴隸製度會把一些邊境奴隸州推向南方叛亂者一方，從而失掉邊境諸州這個重要的戰略地區。由於北方政府不肯宣布解放奴隸。因此，在內戰第一階段，北方在軍事上連遭失敗。
1861年7月東戰場舉行馬那薩斯會戰。7月21日，北方發起向南方首都裏士滿進軍的攻勢，3.5萬北方軍隊排著整齊隊形，在軍樂聲中向裏士滿進軍。由於北方事先大張聲勢，認為南軍不堪一擊，加上這一天是星期六，於是許多樺盛頓市民、國會議員、記者等身著盛裝，攜妻帶子，提著裝有野餐的籃子，有的坐馬車，有的隨軍隊步行，像過節一樣，前來戰地觀光，看熱鬧。
南方軍隊2.2萬在鐵路樞紐馬那薩斯列陣相迎。北方軍隊在觀眾的歡唿聲中向南軍發起攻擊，猛烈的炮火把南軍陣地籠罩在煙霧中。北軍繼而跨過布爾河向對岸發起衝擊。誰想南軍指揮官是名將托馬斯·傑克遜，他沉著指揮，擊退了北軍五次衝鋒，因此獲得“石牆”的美稱。戰鬥十分激烈，由於雙方軍服幾乎相同，一時敵我難辨，戰場一片混亂。不久，南軍9000援軍趕到，發起反攻。缺乏訓練的北軍一觸即潰，丟下大批槍支彈藥逃迴樺盛頓。這一仗，北軍損兵折將3000，南軍損失不到2000。
進入1862年，戰況更為激烈。林肯2月22日下令50萬大軍發起總攻擊。北軍在西線節節勝利，幾乎打通了南北大動脈密西西比河。海軍也攻克了南方最大港口新奧爾良。但在東戰場，北軍又連遭慘敗。北軍司令麥克萊蘭擁有重兵10萬，卻幾個月按兵不動，因為他把敵人的5萬人馬當成了15萬。後在林肯催促下，才發動“半島戰役”，企圖攻占裏士滿。
羅伯特·李急率南軍迎擊。6月25日至7月1日，李的9萬軍隊同北軍10萬人展開“七日會戰”，李以機動尋找戰機，調動北軍，然後尋找北軍薄弱環節發起進攻，把北軍逐出了裏士滿附近的半島，使北軍損失1.65萬人，南軍也損失2萬人，但在戰略上卻取得了保衛首都的勝利。
李乘勝北上，8月底，與北軍進行第二次馬那薩斯會戰。南軍有5.4萬人，北軍8萬人。李高超的指揮藝術發揮得淋漓盡致。他以小部隊把北軍主力吸引到陣地上，主力機動，從側翼和後方發起進攻，然後正麵、側麵夾擊，一舉擊潰了北軍。北軍傷亡1.4萬，被俘7000人。南軍兵臨樺盛頓城下。北軍9月在安提塔姆會戰中才頂住了李軍攻勢。
在海戰方麵，雖然北方海軍占壓倒優勢，但南方的裝甲戰艦也給北方帶來很大麻煩。
北軍雖然在西線取得一係列輝煌戰果，從南軍手中奪取了幾個重要戰略據點，但是這些戰果都被東線的慘敗所抵消。在北方軍事上屢次失敗的情況下，共和黨內部的激進派及社會上的廢權主義者提出解放奴隸和武裝黑人的主張。林肯也意識到解放奴隸的必要性。
1862年，北軍發動進攻，西線由格蘭特指揮，進展順利，2月攻克亨利堡和多納爾森堡，1862年4月在夏洛戰役中擊敗南軍，1862年5月攻克科林斯和孟菲斯，解放了肯塔基和田那西。東線北軍則進展遲緩，1862年7月被羅伯特·李指揮的南軍擊潰，李乘勝北進，1862年8月在布爾河再次擊敗北軍，兵臨樺盛頓，1862年9月兩軍進行安提塔姆會戰，李被擊退。12月北軍在弗雷德裏斯克堡戰役中再次被李擊敗。
1862年9月22日，林肯發表預備性的解放宣言。宣布：假如在1863年1月1日以前南方叛亂者不放下武器，叛亂諸州的奴隸將從那一天起獲得自由。消息傳到南方後，成千上萬的奴隸逃往北方。英國工人階級也展開了支持北方的運動，迫使英國政府放棄了原來的幹涉計劃。
戰爭從1862年9月進入了“革命戰爭階段”。
林肯政府還實行一係列革命措施和政策：
1862~1863年實行武裝黑人的政策。因此，成千上萬黑人報名參加北方軍隊，其中主要是南方逃亡奴隸；1862年5月頒布的《宅地法》規定：一切忠於聯邦的成年人，隻要交付10美元的登記費，就可以在西部領取64.74公頃土地，在土地上耕種5年後就可以成為這塊土地的所有者。林肯政府嚴厲鎮壓反革命分子，清洗軍隊中南方代理人。
1863年開始實行征兵法，以代替募兵製，增強了北方的兵力。同時，林肯調整了軍事領導機構，實行統一指揮，任命有卓越軍事才能的格蘭特為全軍統帥。
1863年元旦林肯頒布《解放宣言》宣布解放黑奴，允許黑人參加北方軍隊，之後又頒布“宅地法”，允許所有美國人得到西部的土地。同年5月，北軍再次進攻裏士滿，在切斯羅維爾被李擊退。5月22日北軍發動總攻，進行了長達47天的炮擊，6月李再次北進。
1863年7月1日兩軍在葛底斯堡展開決戰，7月3日南軍被擊敗。南軍損失2.8萬人，成為內戰的轉折點，戰場上的主動權轉到北方軍隊手中。在李北進的同時，格蘭特在西線包圍了南軍防守密西西比河的要塞維克斯堡，7月4日南軍投降。7月8日北軍占領哈得遜港，南軍被分割成東西兩部分。9月北軍攻克查塔努加，11月擊退南軍的反擊。
1864年，北方最高統帥采用新的戰略方針，在東、西兩線同時展開強大攻勢。在東線以消耗敵人力量為主要目標；在西線用強大兵力深入敵方腹地，切斷“南部同盟”的東北部與西南部的聯係。
1864年9月，謝爾曼將軍摩下的北軍一舉攻下亞特蘭大，兩個月後開始著名的“向海洋進軍”，在進軍中徹底摧毀了敵人的各種軍事設施，沉重地打擊了敵人的經濟力量，使南方經濟陷於癱瘓。在東線，格蘭特將軍統率北軍把敵軍驅逼到叛亂“首都”裏士滿附近。
1865年初，奴隸紛紛逃亡，種植場經濟瀕於瓦解。北方海軍實行的海上封鎖，幾乎斷絕了南方與歐洲的貿易。同時，南方內部也出現反對派，許多小農加入“聯邦派”從事反戰活動。南方逃兵與日俱增。糧食及日用品匱乏。
1865年4月9日，李的部隊陷入北方軍隊的重圍之中，被迫向格蘭特請降。南北戰爭終止。美國恢複統一。
利用蘇聯人的老鼠炸彈技術，羅根如同原劇情人物韋斯利一樣製作了上千的老鼠炸彈，不要問老鼠從哪裏來，因為歐洲半個多世紀的下水道內老鼠真心不要太多。
趁著福克斯的再一次外出，羅根打暈了蘇聯人，將他安置在安全地帶後在聯盟總部釋放了全部帶著炸彈的老鼠。頓時聯盟內火光衝天，這個運行了幾個世紀的刺客組織基本上名存實亡了，隻餘下斯隆，屠夫以及製槍人等五六個身手頂尖的人員。
斯隆看到羅根後麵帶憂傷地問道：“為什麽？為什麽你要毀滅了所有的正義！”
“正義？”羅根好笑地看著斯隆，“這裏的正義僅僅代表你個人吧！為了一己之私，你暗地裏做了多少肮髒的勾當，你自己不清楚嗎？”
“你究竟是誰？”斯隆恐懼地喊道。
“我是誰重要嗎？”
“難道十字一直都和你有聯係？”斯隆怒問。
羅根看著狼狽的斯隆，譏笑道：“也隻有你這種老混蛋才會想出讓父子相殘的戲碼，不過我也不是韋斯利，我隻是一個過客而已，如果不是為了讓福克斯生活的平和安寧一些，我是不會想要毀滅這個早就應該被淘汰的聯盟。”
斯隆畢竟是梟雄似的大佬，不可能束手就縛，他拔出槍開始朝羅根射擊，他不相信自己一生的實戰經驗還比不過短短訓練不過二十天的羅根，可惜他低估了羅根的實力，注定就是個悲劇。即使不動用槍械和時間法則，僅憑羅根的自身武力也能夠擊殺斯隆。
隻見羅根擰腰彎身，斯隆射出的子彈就輕而易舉地被羅根避開，同時羅根也開始拔槍還擊，繞行的子彈在時間法則的加持下輕鬆的擊中了斯隆，屠夫以及製槍人等五六個聯盟中最後的人員。
羅根收刮了聯盟總部的所有的槍支彈藥，將所有物品都放進了時空珠當中，最後當羅根來到命運織布機前，對著這部機器凝視了許久，當他準備轉身離開時，時空珠卻跑出來罩住了命運織布機，命運織布機以肉眼可見的速度開始腐朽，直到一陣微風拂過，變成了一縷塵埃。
這時一陣巨大的壓力出現，接著是電閃雷鳴，因為有著上個世界的經驗，羅根知道自己的行為引動了天道。他馬上溝通時空珠，一陣光暈過後，羅根離開了這個時空，返迴了漫威世界。羅根不知道當他離開之後僅一秒鍾，一個巨大落雷將原地炸出了一個深度約有十米的巨坑。
這次的時空穿梭總體上羅根還是比較滿意的，不過最後的意外讓他心有餘悸的在臥室裏待了好幾天，同時也讓羅根下定決心，在不能完全控製時空珠的情況下他不會冒然進行穿越了。
當羅根靜下心來煉化時空珠時，卻讓他驚喜不已，原來命運織布機本身就帶著一絲因果法則，時空珠吸納這絲因果法則後它的禁製由三十二層增加到了三十三層，看來刺客聯盟的世界收獲還是蠻大的。
當時間來到1861年時，羅根平靜的生活被打破了，他不得不停下所有的一切，開始為自己在漫威世界的下一步生活進行規劃。
經過了十多年的努力，羅根已經成為了一方豪強，雖然自己刻意藏拙，但還是受到了剛剛當選總統不久的亞伯拉罕·林肯的重視和邀請，除了羅根自身的經紀實力外，他手裏一千多人的護衛隊也是一個重要因素，畢竟這個護衛隊是羅根收養的各種膚色的孤兒中選拔出來的，經過洗腦和羅根親自訓練，加上自家軍火公司提供的此時最先進的後裝步槍和大炮，可以說是武裝到了牙齒，忘了交代一下，羅根此時已經是北方有名的鋼鐵和煤炭以及軍火大亨。
接到林肯的邀請函，羅根並沒有前行，而是派遣了自己護衛隊長帶著二百人和可以武裝一個師的軍火去見了林肯，畢竟是美國人自己的戰爭，作為骨子裏就是華夏子孫的羅根來說，他可沒興趣參與其中，但是必要的政治投資還是要做的。
美國獨立後，南方和北方沿著兩條不同的道路發展。
在北方，資本主義經濟發展迅速，從19世紀20年代起，北部和中部各州開始了工業革命，到50年代完成。
1860年，北方工業生產居世界第四位，總產值達18.8億美元。
而在南方，則實行的是種植園黑人奴隸製度，南方1860年已有黑人奴隸400萬人。南方奴隸製度是生長在美國社會的贅瘤，它嚴重窒息了北方工商業的發展，南北矛盾和鬥爭自19世紀初起日趨激烈。
鬥爭主要圍繞西部土地展開。北方要求在西部地區發展資本主義，限製甚至禁止奴隸製度的擴大；南方則力圖在西部甚至全國擴展奴隸製度。雙方矛盾到19世紀50年代在局部地區已釀成武裝衝突。在奴隸主的進逼麵前，北方人民發起了聲勢浩大的“廢奴運動”，南方黑奴也不斷展開暴動。在人民鬥爭的推動下，北方資產階級開始主張廢除奴隸製度。
1854年在北方成立了共和黨。同年，南方奴隸主企圖用武力把奴隸製擴張到堪薩斯，於是在堪薩斯爆發了西部農民與來自自由州的移民，反對南方奴隸主的武裝鬥爭，鬥爭持續到1856年，揭開內戰序幕。
1857年奴隸主又利用斯科特判決案企圖把奴隸製擴展到美國全部領土上去，導致約翰·布朗起義。
1860年主張廢除奴隸製的共和黨人林肯當選總統，南方奴隸主發動叛亂。南方蓄奴州紛紛獨立，南方7州退出聯邦，於1861年2月組成“美利堅諸州聯盟”，定都裏士滿，戴維斯任總統。同年4月12日至14日，南方邦聯軍先發製人攻占薩姆特要塞，內戰爆發。
戰爭初期北方實力大大超過南方，北方23個州有2234萬人口，南方7個州隻有910萬，而且其中有380多萬是黑奴。北方有發達的工業，年產值15億美元，130萬工人，22000英裏的鐵路網和豐富的糧食，而南方工業薄弱，年產值1550萬美元，工人僅11萬，鐵路也隻有9000英裏。
但南方有充分的軍事準備。得益於不久前結束的美墨戰爭，南方軍隊素質較高，指揮官經驗豐富，並得到了英法等國的援助。而且，內戰前夕j.布坎南總統（奴隸主的代理人）曾設法把大量武器和金錢輸送到南方去。南方想通過速戰速決打敗北方。
1861年4月至1862年9月是“有限戰爭”階段。雙方都集中兵力於東戰場為爭奪對方首都而展開激戰。南方軍隊統帥是傑出軍事家羅伯特·李，他根據雙方力量懸殊的狀況，製定了以攻為守的戰略，集中兵力尋殲北軍主力，迫使北方簽訂城下之盟。而北方對戰爭準備不足，又采取了所謂的“大蛇計劃”，把兵力分散在8000英裏長的戰線上，加上同情奴隸主的指揮官麥克萊蘭采取消極戰術，使北軍連連受挫。
林肯政府在內戰初期進行戰爭的目的是恢複南北的統一，擔心觸動奴隸製度會把一些邊境奴隸州推向南方叛亂者一方，從而失掉邊境諸州這個重要的戰略地區。由於北方政府不肯宣布解放奴隸。因此，在內戰第一階段，北方在軍事上連遭失敗。
1861年7月東戰場舉行馬那薩斯會戰。7月21日，北方發起向南方首都裏士滿進軍的攻勢，3.5萬北方軍隊排著整齊隊形，在軍樂聲中向裏士滿進軍。由於北方事先大張聲勢，認為南軍不堪一擊，加上這一天是星期六，於是許多樺盛頓市民、國會議員、記者等身著盛裝，攜妻帶子，提著裝有野餐的籃子，有的坐馬車，有的隨軍隊步行，像過節一樣，前來戰地觀光，看熱鬧。
南方軍隊2.2萬在鐵路樞紐馬那薩斯列陣相迎。北方軍隊在觀眾的歡唿聲中向南軍發起攻擊，猛烈的炮火把南軍陣地籠罩在煙霧中。北軍繼而跨過布爾河向對岸發起衝擊。誰想南軍指揮官是名將托馬斯·傑克遜，他沉著指揮，擊退了北軍五次衝鋒，因此獲得“石牆”的美稱。戰鬥十分激烈，由於雙方軍服幾乎相同，一時敵我難辨，戰場一片混亂。不久，南軍9000援軍趕到，發起反攻。缺乏訓練的北軍一觸即潰，丟下大批槍支彈藥逃迴樺盛頓。這一仗，北軍損兵折將3000，南軍損失不到2000。
進入1862年，戰況更為激烈。林肯2月22日下令50萬大軍發起總攻擊。北軍在西線節節勝利，幾乎打通了南北大動脈密西西比河。海軍也攻克了南方最大港口新奧爾良。但在東戰場，北軍又連遭慘敗。北軍司令麥克萊蘭擁有重兵10萬，卻幾個月按兵不動，因為他把敵人的5萬人馬當成了15萬。後在林肯催促下，才發動“半島戰役”，企圖攻占裏士滿。
羅伯特·李急率南軍迎擊。6月25日至7月1日，李的9萬軍隊同北軍10萬人展開“七日會戰”，李以機動尋找戰機，調動北軍，然後尋找北軍薄弱環節發起進攻，把北軍逐出了裏士滿附近的半島，使北軍損失1.65萬人，南軍也損失2萬人，但在戰略上卻取得了保衛首都的勝利。
李乘勝北上，8月底，與北軍進行第二次馬那薩斯會戰。南軍有5.4萬人，北軍8萬人。李高超的指揮藝術發揮得淋漓盡致。他以小部隊把北軍主力吸引到陣地上，主力機動，從側翼和後方發起進攻，然後正麵、側麵夾擊，一舉擊潰了北軍。北軍傷亡1.4萬，被俘7000人。南軍兵臨樺盛頓城下。北軍9月在安提塔姆會戰中才頂住了李軍攻勢。
在海戰方麵，雖然北方海軍占壓倒優勢，但南方的裝甲戰艦也給北方帶來很大麻煩。
北軍雖然在西線取得一係列輝煌戰果，從南軍手中奪取了幾個重要戰略據點，但是這些戰果都被東線的慘敗所抵消。在北方軍事上屢次失敗的情況下，共和黨內部的激進派及社會上的廢權主義者提出解放奴隸和武裝黑人的主張。林肯也意識到解放奴隸的必要性。
1862年，北軍發動進攻，西線由格蘭特指揮，進展順利，2月攻克亨利堡和多納爾森堡，1862年4月在夏洛戰役中擊敗南軍，1862年5月攻克科林斯和孟菲斯，解放了肯塔基和田那西。東線北軍則進展遲緩，1862年7月被羅伯特·李指揮的南軍擊潰，李乘勝北進，1862年8月在布爾河再次擊敗北軍，兵臨樺盛頓，1862年9月兩軍進行安提塔姆會戰，李被擊退。12月北軍在弗雷德裏斯克堡戰役中再次被李擊敗。
1862年9月22日，林肯發表預備性的解放宣言。宣布：假如在1863年1月1日以前南方叛亂者不放下武器，叛亂諸州的奴隸將從那一天起獲得自由。消息傳到南方後，成千上萬的奴隸逃往北方。英國工人階級也展開了支持北方的運動，迫使英國政府放棄了原來的幹涉計劃。
戰爭從1862年9月進入了“革命戰爭階段”。
林肯政府還實行一係列革命措施和政策：
1862~1863年實行武裝黑人的政策。因此，成千上萬黑人報名參加北方軍隊，其中主要是南方逃亡奴隸；1862年5月頒布的《宅地法》規定：一切忠於聯邦的成年人，隻要交付10美元的登記費，就可以在西部領取64.74公頃土地，在土地上耕種5年後就可以成為這塊土地的所有者。林肯政府嚴厲鎮壓反革命分子，清洗軍隊中南方代理人。
1863年開始實行征兵法，以代替募兵製，增強了北方的兵力。同時，林肯調整了軍事領導機構，實行統一指揮，任命有卓越軍事才能的格蘭特為全軍統帥。
1863年元旦林肯頒布《解放宣言》宣布解放黑奴，允許黑人參加北方軍隊，之後又頒布“宅地法”，允許所有美國人得到西部的土地。同年5月，北軍再次進攻裏士滿，在切斯羅維爾被李擊退。5月22日北軍發動總攻，進行了長達47天的炮擊，6月李再次北進。
1863年7月1日兩軍在葛底斯堡展開決戰，7月3日南軍被擊敗。南軍損失2.8萬人，成為內戰的轉折點，戰場上的主動權轉到北方軍隊手中。在李北進的同時，格蘭特在西線包圍了南軍防守密西西比河的要塞維克斯堡，7月4日南軍投降。7月8日北軍占領哈得遜港，南軍被分割成東西兩部分。9月北軍攻克查塔努加，11月擊退南軍的反擊。
1864年，北方最高統帥采用新的戰略方針，在東、西兩線同時展開強大攻勢。在東線以消耗敵人力量為主要目標；在西線用強大兵力深入敵方腹地，切斷“南部同盟”的東北部與西南部的聯係。
1864年9月，謝爾曼將軍摩下的北軍一舉攻下亞特蘭大，兩個月後開始著名的“向海洋進軍”，在進軍中徹底摧毀了敵人的各種軍事設施，沉重地打擊了敵人的經濟力量，使南方經濟陷於癱瘓。在東線，格蘭特將軍統率北軍把敵軍驅逼到叛亂“首都”裏士滿附近。
1865年初，奴隸紛紛逃亡，種植場經濟瀕於瓦解。北方海軍實行的海上封鎖，幾乎斷絕了南方與歐洲的貿易。同時，南方內部也出現反對派，許多小農加入“聯邦派”從事反戰活動。南方逃兵與日俱增。糧食及日用品匱乏。
1865年4月9日，李的部隊陷入北方軍隊的重圍之中，被迫向格蘭特請降。南北戰爭終止。美國恢複統一。