中忍考試前，李洛克前來挑戰佐助。佐助認為自己的寫輪眼可以複製任何招數，並沒把李放在眼裏。然而李在速度和身手上有著一定優勢，雖然兩人沒戰鬥到最後，但讓李勝利的事實還是讓佐助非常不爽。在第一場筆試中，佐助發現自己一題也不會，但他很快意識到考試的重點在於考驗如何在不被發現的情況下抄襲，而是考忍者的觀察能力（找到有答案的人）以及在無人發現的情況下快速獲取情報信息的能力，而不是靠自己答題。佐助利用自己的寫輪眼，通過複製其他考生的鉛筆移動完成考題。
第二場開始後不久，佐助和櫻在死亡森林就遭到大蛇丸的攻擊。在大蛇丸的強大實力之下，佐助非常害怕。
就在佐助為保住性命，要將卷軸交給大蛇丸的時候，鳴人出現並勇敢地和大蛇丸戰鬥。鳴人的激將法激發了佐助的鬥誌，佐助使出“寫輪眼操風車·三之大刀”將大蛇丸壓製，並用火遁龍火之術燒毀了大蛇丸的臉。出於對佐助天賦的欣賞，大蛇丸給佐助種下天之咒印。佐助痛苦地倒下，而大蛇丸離開前告訴櫻，佐助遲早會來找他獲取力量。因為中咒印的緣故，佐助和鳴人一樣失去知覺，櫻在一旁照料。
正在這時，一群音忍奉大蛇丸之命來幹掉佐助，戰況十分不利。蘇醒的佐助渾身布滿咒印黑色的花紋，憤怒地向攻擊櫻的薩克攻擊。由於咒印的力量，佐助穩占上風，他憤怒地扭斷了薩克的手臂，並準備向其他兩名音忍攻擊。櫻察覺到咒印狀態的佐助失去了控製，及時抱住佐助，求他停手。櫻的舉動讓佐助恢複了正常，在一旁驚恐萬狀的音忍們留下卷軸，趕緊逃離了現場。
在第三場考試的選拔賽中，佐助的對手是音忍赤銅鎧。在比賽前，卡卡西警告佐助不要使用咒印的力量，否則可能直接被淘汰。戰鬥開始後，鎧使用他的忍術大量地吸取佐助的查克拉，幾乎占了很大優勢。在不能使用咒印的情況下，佐助將他從李那裏複製的體術加以變化，自創了體術獅子連彈，並用意誌力逼退了咒印的發作，最終一招擊敗了對手。比賽過後，卡卡西封印了佐助身上的咒印以阻止它的發作。此時大蛇丸突然出現，告訴卡卡西和佐助，咒印的力量是無法被封印後離開。
為阻止佐助經受不起力量的誘惑而使用咒印，卡卡西在接下來的一個月時間裏單獨陪佐助訓練。佐助在和卡卡西訓練期間，學會了卡卡西的成名絕技千鳥，同時還針對我愛羅練習了從李那裏複製的高速體術。雖然在正式比賽的時候遲到，但佐助的高速移動讓我愛羅陷入苦戰，不得不用沙子將自己全身包圍起來。佐助趁此機會首次使用千鳥，結果成功破解對手的絕對防禦，並打傷了對手。
與此同時，砂忍和音忍的木葉毀滅計劃開始實施。我愛羅在砂忍的掩護下從木葉撤退。佐助追擊我愛羅，一路上過關斬將，最終追上了對方。佐助一再使出千鳥，並打斷我愛羅用沙所凝成的一隻手臂。被激怒的我愛羅使用守鶴的力量來反擊，而佐助則由於咒印發作無法動彈，體力不支而倒下。千鈞一發之際鳴人趕到，經過一番苦戰後成功擊敗了我愛羅。
鼬的複返
在得知卡卡西被突然出現在木葉的鼬擊敗後，佐助去探望卡卡西並打聽消息。從看望卡卡西的人那裏得知鼬迴到木葉的目的是要尋找鳴人，他立刻前往鳴人那裏。在與鼬正式碰麵後，佐助立刻使出千鳥對付鼬，卻被鼬輕易破解並折斷手腕。雖然佐助不依不饒，但鼬似乎並不想搭理他。鼬使用月讀毫不留情地擊潰佐助並再三強調他的力量太弱。佐助精神渙散昏迷，被自來也及時救走，後被邁特凱背迴木葉醫院養傷。
綱手迴到木葉成為五代目火影後，治好了佐助。在醫院治療期間，佐助迴憶起他在第七班的曆程，覺得自己力量太弱小，無法打敗鼬，甚至被以前的吊車尾鳴人超越。心情抑鬱的他和前來探望他的鳴人在醫院進行了一次對決，雖然這次對決被趕來的卡卡西阻止，但佐助卻被鳴人螺旋丸的威力所震懾，內心更加不安。
卡卡西在事後勸說佐助不要過於追求力量，但佐助根本聽不進去。這時大蛇丸派來的音忍四人組吸引佐助的注意。佐助知道大蛇丸給予的咒印力量後，決定跟隨音忍離開木葉，追隨大蛇丸獲得更強的力量。佐助在離村時被櫻追上。盡管櫻極力勸說佐助留下，並對佐助表白，希望能幫佐助變強，但佐助的內心卻一直充滿仇恨，身為複仇者的他沒辦法留在她身邊。佐助隻是溫柔地說聲“謝謝”，然後打暈了櫻，離開村子。
在路上，佐助再次碰到音忍四人眾。音忍給佐助提升咒印狀態的藥丸，吃下藥丸進入假死狀態的佐助被封印到特製的棺桶中，四人組帶著棺桶前往大蛇丸的實驗基地。這時，鳴人等人也開始了營救佐助的任務。最終鳴人在終結之穀追上了佐助。
佐助見鳴人窮追不舍，便聲稱要殺死鳴人。鳴人雖然感覺到佐助的殺意，但決定無論用什麽手段都要把佐助帶迴村子。兩人開始戰鬥，一開始佐助穩占上風，後來鳴人使用體內九尾的力量壓製佐助，但佐助的寫輪眼升級，又再度將鳴人擊倒。這時鳴人體內的九尾查克拉環繞在鳴人周圍，並長出一條尾巴，而佐助則直接變成咒印狀態，外貌好像鷹。
兩人各自使出絕招——鳴人九尾形態的紅色螺旋丸和佐助咒印狀態的黑色千鳥在終結之穀的大瀑布上對拚。僵持狀態下，佐助擊中鳴人，而鳴人隻在佐助的護額上劃出了一條裂痕。兩種強力忍術的碰撞產生了巨大的爆炸，爆炸的威力足以山崩地裂。戰鬥以佐助的勝利而告終，但是佐助並未殺死鳴人，因為他決定用自己的方式獲得力量，而不是像鼬所希望的那樣，為了開啟萬花筒寫輪眼而殺害同伴。佐助離開了鳴人，來到大蛇丸身邊。
疾風傳開始時，佐助性格變得更加冷酷，初次見麵就用寫輪眼震懾住了佐井。他自稱斬斷了與鳴人的羈絆，全身心地追求力量。和其他音忍不同，佐助對大蛇丸既不恐懼也不尊重。他沒佩戴音忍的護額，身上唯一的標記是宇智波一族紋章。與新第七班見麵後，佐助毫不留情地攻擊鳴人和櫻。
在兩年的時間裏，佐助的實力得到提升。他使用草薙劍作為武器，並對雷遁忍術進行了各種新開發。由於大蛇丸的影響和自身的努力，佐助完全掌握了控製咒印的力量，瞳力也變得深不可測，甚至可以通過寫輪眼與鳴人體內的九尾對話。[36]九尾對佐助的出現感到吃驚，他說佐助的查克拉簡直和以前的宇智波斑一模一樣，佐助對九尾所說的事情不感興趣，並開始壓製九尾的查克拉。九尾於是威脅佐助不要殺死鳴人，否則會後悔。在打倒所有人後，佐助準備使用絕招將眾人一舉殲滅，這時大蛇丸和藥師兜出現，兜勸說佐助留下第七班，這樣可以削弱“曉”的力量，便於他對鼬的複仇，佐助勉強同意，接著三人便消失了。
佐助出現在所有被他打倒的忍者中間，他身上幹幹淨淨，一點血也沒被濺到，而且那些忍者們都沒被給予致命一擊，大蛇丸覺得即使是被稱為天才的他在當年也沒如此強大的實力。
這時候的佐助覺得自己從大蛇丸那裏已經學不到什麽了，就在大蛇丸躺床上養病的時候突然對他發起攻擊，而早有準備的大蛇丸則現出真身──白鱗大蛇，欲奪取佐助的身體。白鱗大蛇被佐助斬殺後，大蛇丸利用揮發的血液將佐助的意識轉移到自己轉生的異空間，準備奪取佐助的身體。但佐助的實力超出了大蛇丸的預計，在寫輪眼強大的瞳力下，大蛇丸遭到了和當年麵對鼬時相同的慘敗，他的異空間完全被佐助吸收了。
在擺脫大蛇丸的控製後，佐助釋放了被大蛇丸關押的水月。接著兩人來到南秘所，說服了具有特殊能力且對佐助抱有愛慕之情的香磷入夥，並釋放了所有囚犯。
之後佐助一行人來到北秘所，準備釋放咒印力量的源頭──重吾。重吾擁有雙重性格，平時性格溫和，但當咒印爆發時就抑製不住殺人的衝動。佐助利用實力震懾住了處於咒印狀態的重吾，作為君麻呂生前的好友，重吾為了知道君麻呂不惜犧牲生命抓來的佐助究竟是個什麽樣的人而決定加入。佐助的四人小隊正式組成，取名為“蛇”，目的是要殺死鼬，整個世界都將因“蛇”的出現而發生變化。
木葉收到情報，得知大蛇丸被佐助所殺，便開始進行尋找佐助的任務。佐助在尋找鼬的時候遭遇了“曉”的迪達拉和“麵具男”。迪達拉過去曾敗於宇智波鼬手下，二因佐助殺死了本該由自己幹掉的大蛇丸，而對佐助十分不滿，主動挑起戰鬥。經過一番苦戰後，二人打得兩敗俱傷，迪達拉想與佐助同歸於盡，結果佐助用寫輪眼控製萬蛇躲過迪達拉的自爆，幸免於難。
“蛇”來到“曉”的根據地，佐助再次遇上鼬，鼬指示佐助前往宇智波一族的故地來做個了斷。一開始，佐助與鼬兩人一邊交談一邊進行戰鬥。佐助從鼬口中得知一條驚人的信息──“一族原首領、木葉創立者之一的斑仍然活著，斑跟鼬聯手滅了全族”。而且斑是族中第一個開啟萬花筒寫輪眼的人，還曾以這雙眼睛馴服了九尾。佐助之前已閱讀過關於一族的石碑，了解到了萬花筒寫輪眼終有一天會失明的事實。鼬告訴佐助，本已是萬花筒寫輪眼擁有者的人，能從自己兄弟那兒取來同樣的眼後創造出帶有獨特力量的新眼睛“永恆萬花筒寫輪眼”，而這就是他當年故意留下佐助性命的原因，佐助在聽完鼬的敘述後正式開戰。
兩兄弟不斷使出絕招攻擊對手，佐助的實力早已今非昔比，在交戰過程中，先後破解了鼬最強的精神攻擊“月讀’與最強的物理攻擊“天照”，但也因此耗費了大量的查克拉。
最終，佐助決定用自己一手準備的最強技能來決勝負……原來佐助先前的豪龍火之術射向天空的目的並不是攻擊鼬，而是用來製造出積雨雲，進而產生雷電，並將自然界巨大的雷電之力通過手中雷電引導向鼬。這招“麒麟”一擊將整個據點都打得粉碎，佐助亦以為鼬已身亡，但意想不到的是鼬在麒麟劈下的瞬間開啟須佐能乎抵擋佐助的攻擊。
就在這時，本來被佐助奪去力量、吸收在其體內的大蛇丸，竟趁佐助力量耗盡之際企圖占據其身體，使出自己最強的術“八歧之術”變出八歧大蛇。但，八歧大蛇的八個頭顱被須佐之男先後斬下，而大蛇丸本人也被須佐能乎的“十拳劍”刺中而封印在葫蘆裏，佐助的天之咒印也隨著大蛇丸被封印而從此消失。
此時佐助與鼬都已到了極限，佐助連寫輪眼都使不出來了，鼬的雙眼已經快要失明，而且不斷吐血，須佐能乎也差點消失。麵對鼬強大的“須佐能乎”，佐助唯有不斷以草薙劍和引爆符進行攻擊，但都被鼬的須佐能乎所持的“八咫鏡”擋下。鼬步步逼近，佐助則節節後退。最後，鼬微笑著在佐助的額頭前輕輕點了一下，說道：“原諒我，佐助，這是最後一次了。”接著就此倒下。天空漸漸變暗，陣雨蒙蒙，天仿佛在哭泣一般，而天照之火仍在不滅地燃燒著。當佐助看見旁邊的鼬再也不動後，他明白鼬已經死亡，淒涼地笑了一下後倒在了鼬的旁邊，兄弟二人並列躺在地上，仿佛永遠隔絕的存在。
“麵具男”找到並救起已經昏迷的佐助，他對佐助宣稱自己就是“斑”，同時告訴了他宇智波一族與木葉曾經的恩怨，以及鼬的真實身份與滅族真相。佐助得知真相後開始慢慢迴憶起鼬的過往，漸漸相信了“麵具男”所說的一切，憤怒與悲傷使得他開啟了萬花筒寫輪眼。他將“蛇”改名為“鷹”，並決定殺掉逼迫鼬的幕後黑手──誌村團藏等三位木葉高層，以及摧毀對宇智波一族實行滅族政策的木葉。
佐助率領的“鷹”與“麵具男”所率的“曉”暫時聯手，作為條件，“鷹”為“曉”捕捉身處雷之國的八尾人柱力奇拉比。
在雲雷峽上，佐助與八尾人柱力·奇拉比交戰。由於咒印力量的消失，又是剛開眼的首次作戰，導致剛開始有些吃力，連續兩次被其擊倒，後“鷹”合力將奇拉比壓製。奇拉比是忍者曆史上能完美控製尾獸之力的人，他完全尾獸化並對“鷹”步步緊逼。佐助眼見身邊的隊友們為了自己不惜生命，想起了以前的第七班，遂使用萬花筒寫輪眼釋放了──“天照”。熊熊的黑色火焰在八尾身上燃燒，將八尾逐步吞噬，而八尾在掙紮期間，將帶有黑火的一條尾巴打向香磷，佐助當即使用千鳥銳槍割斷該部分，但斷尾仍然擊中香磷背部，身上也燃燒起了黑炎。佐助為了保護同伴，情急之下將香磷身上的黑火熄滅，同時也熄滅了八尾身上的火焰，“鷹”趕緊撤退。
然而八尾已經利用佐助為了救香磷而割斷的斷尾逃生，但“鷹”捕捉八尾的行動卻驚動了奇拉比的哥哥──四代目雷影。
“鷹”在經過一番休整後決定向木葉進攻，途中卻被麵具男告知木葉已被摧毀，於是轉變目標潛入五影大會，企圖刺殺代理火影的誌村團藏！“鷹”由絕帶領其前往五影大會會場，在到達後被絕出賣。絕告訴五影佐助潛入的消息，憤怒的雷影立馬開始尋找佐助，隨後找到了目標並開戰。四代目雷影·艾的實力十分強大，戰鬥中佐助使出千鳥及天照，並在此戰中首次開啟須佐能乎，但雙方實力均不相上下。為了打敗雷影，佐助使用炎遁·加具土命，可誰知雷影選擇玉石俱焚，寧可同歸於盡也要堅持攻擊佐助。此時五代目風影·我愛羅出現，使用砂之盾隔絕了二人的攻擊，雷影暫時退下治療斷掉的左手，而佐助則與我愛羅等四人對戰。戰鬥中佐助使用須佐能乎，阻擋眾人的合力攻擊，並隨即放棄與眾人繼續糾纏，直奔團藏所在的會談場所。
在會場，佐助見到了團藏，但卻被與“曉”有深仇的五代目水影·照美冥纏上，團藏亦在此時趁機逃脫。水影擁有溶遁、沸遁兩種血繼限界，而佐助因連續與多名高手交戰，導致查克拉不足，同時過度地使用須佐能乎造成全身每一個細胞都疼痛不已，無法抵擋水影的忍術。這時白絕趕來解圍，佐助雖然脫困但已筋疲力盡，此時三代目土影·大野木卻突然出現並使出塵遁。
在所有人都以為佐助已死的時候，“麵具男”帶著因查克拉消耗過量而昏迷的佐助出現了，隨即將香磷和佐助轉移至異空間，讓香磷為佐助治療。“麵具男”對著風、雷、土、水四影說出了“月之眼計劃”，並威脅其交出八尾和九尾的人柱力。四影在“麵具男”的逼迫下仍未改變決心。最後，“麵具男”宣布第四次忍界大戰開始了。
“麵具男”出現在逃離會場的團藏麵前，在打敗了團藏的兩個護衛後，“麵具男”從異空間裏放出佐助與團藏對決。佐助質問團藏關於鼬的真相，在團藏說出真相、稱鼬為木葉叛徒後徹底怒火爆發，用須佐能乎將團藏捏碎，但此時團藏卻又再次出現在佐助身後，兩人繼續對決。佐助不斷使用天照、須佐能乎等招數“殺死”團藏，但團藏仍能不斷“複活”，而團藏更抓住機會使用咒印將佐助定住。
在即將被團藏殺死之際，佐助迴憶起了鼬的事情，須佐能乎進化，衝破咒印扭轉局勢，而團藏那種不死身能力的真麵目也漸漸浮出水麵。據“麵具男”所說，那是連宇智波一族都將其列為禁術的“伊邪那岐”。在經過了一番艱苦的攻防持久戰後，佐助靈活應用幻術使得團藏誤判形式，將團藏擊倒。
瀕死狀態的團藏不甘落敗，竟挾持香磷做人質，佐助此時被仇恨衝昏了頭腦，竟用千鳥銳槍將香磷和團藏的要害一起刺穿。苟延殘喘的團藏最後發動“裏四象封印”，試圖將”麵具男“和佐助一同封印，但最終也未能成功。
佐助打敗團藏後，櫻、卡卡西、鳴人先後趕來，第七班重聚。佐助的千鳥與鳴人的螺旋丸再次對峙，雙方在精神世界裏交談，兩人始終未能達成一致，但佐助答應了鳴人的決戰約定，後和“麵具男”一起離開了現場。由於頻繁使用萬花筒寫輪眼，佐助的視力嚴重下降，他決定聽從“麵具男”的建議，移植鼬的眼睛。
佐助成功移植了鼬的眼睛，瞳力的融合讓雙眼升級為永恆萬花筒寫輪眼。他殺死了監視自己的白絕本體，準備出發上戰場。途中佐助無意間看到被穢土轉生的鼬，隨即跟了上去。佐助了解到鼬的目的是前往阻止穢土轉生，他答應會告訴佐助想知道的一切，但必須先打敗藥師兜。兄弟二人在戰鬥中互相配合，找迴了塵封已久的默契。
最終，鼬以禁術“伊邪那美”將兜控製，並讓他說出解開穢土轉生的方法，從而解開了穢土轉生。戰場上因兜操縱穢土大軍而混亂不堪的戰況得以控製，所有被轉生者開始靈魂升天。鼬將自己知道的當年所有內情，自己的想法都告訴了佐助，並承認自己因為不相信佐助的力量與意誌，而導致佐助離開木葉等行為。但這次，鼬選擇相信佐助，認為他也許能改變一族。最終鼬對佐助說：“無論將來你選擇什麽樣的道路，我都一直深愛著你。”
鼬靈魂升天，佐助在與鼬交流後重新思考“一族是何物？村子是何物？忍者又是何物？”這時，水月和重吾帶著在大蛇丸據點無意間找到的秘密卷軸來找佐助。佐助翻開卷軸，決定通過它解開心中疑惑。佐助迴憶過去卡卡西的封邪法印，反向結印使出解邪法印，通過禦手洗紅豆身上的咒印複活了大蛇丸，然後帶著水月、重吾與大蛇丸一起出發尋找答案。
在第四次忍界大戰中，大蛇丸獲取漩渦一族收納堂的死神麵具，切開腹部釋放了被死神吞掉的靈魂，恢複了雙手，利用佐助體內的四個白絕分身作為活體祭品，以穢土轉生的形式複活了曆代火影，期間曆代火影對佐助講述了鼬的生平、一族的曆史、木葉的創立過程，在知曉一切後，佐助經過思考得出了要守護木葉的決定。為了繼承哥哥的意誌，佐助決定重返戰場。途中遇到越獄逃出木葉的香磷，佐助對香磷道歉。眾人兵分兩路，佐助、重吾與曆代火影前往“麵具男”宇智波帶土以及真正的宇智波斑（穢土轉生）所在的戰場，大蛇丸則帶著水月、香磷前去支援現任五影。
忍界大戰中，四位火影及時到達戰場，使出“四赤陽陣”困住十尾，緊接著佐助也到達戰場，並且對眾人說出自己想法的改變，更說出自己要成為火影以改變村子的現狀。第七班複活後，眾多新生代忍者們對十尾發動了猛攻，忍者聯軍勢如破竹，佐助的炎遁與鳴人的風遁在戰鬥中配合產生了巨大的威力，十尾也一度被壓製。眼看著勝利在望，帶土從異空間返迴，將十尾吸收並成為了十尾人柱力。
麵對能讓所有忍術失效的強敵，眾人感受到了前所未有的壓力，而看到熟練操控九尾查克拉和仙人模式的鳴人，佐助的心中也再次冒出了不甘的念頭。帶土為了發動“無限月讀”而釋放出神樹，眼見連鳴人都差不多無法再戰，佐助主動上前劈開了神樹樹枝，重新激發了鳴人的鬥誌。為了應對十尾人柱力讓忍術失效的能力，佐助的須佐能乎吸收適應了重吾的咒印轉變成了仙術·須佐能乎，他和鳴人聯手攻擊實力最強的十尾人柱力帶土，但還是被擊倒在地。為了重拾希望，鳴人和佐助最後孤注一擲，兩人合力使用威裝·須佐能乎，時隔多年，九尾再次披上了須佐能乎之鎧。在過去同伴的合力下，帶土終於受到了重創。眾人成功解救出了被困在帶土體內的尾獸。
戰敗後的帶土決定贖罪，然而斑趁帶土虛弱之際使用黑絕控製帶土發動輪迴天生之術複活了穢土之軀的自己。佐助與鳴人、佐井對斑展開了攻擊，結果斑使用火遁灰塵隱之術擺脫三人的糾纏，佐助刺穿了斑的右臂，斑感覺到佐助的萬花筒寫輪眼和自己一樣是直勾玉，打算邀請佐助與自己聯手，但被佐助拒絕。之後斑將九大尾獸重新捕獲，準備成為十尾人柱力。
此時佐助被初代火影傳授能與仙術查克拉唿應並使用束縛住斑的術，打算以此來阻止斑，而初代選擇佐助的理由是他認為佐助很像斑的弟弟泉奈。佐助從空中對斑發起突襲，卻被斑用“輪墓·邊獄”定住，斑絲毫沒顧念同族之情刺穿了佐助的心髒。
瀕死之際佐助迴憶起了鼬的話。此時從伊邪那美中重拾自我的藥師兜來到戰場，以仙人模式出現在佐助身邊，他用自己的醫療忍術，配合已經研究完成的初代細胞加上二代提供的禁術對其進行救治。在精神世界裏，佐助見到了傳說中的六道仙人·大筒木羽衣，從六道仙人那兒佐助知道了一切的起源，得知自己是六道仙人長子因陀羅的轉世。鳴人和佐助兩人在選擇了各自的道路後，接受了六道仙人的力量。
佐助蘇醒，獲得了六道仙人贈予的“輪迴眼”和封印術式“陰之力”，能觸碰斑的黑棒而不受影響，他利用二代目火影的飛雷神之術同鳴人匯合，與斑決戰。獲得了六道仙人給予力量的二人實力今非昔比，佐助看穿了斑的輪墓·邊獄，並分析出斑的影子每隔一段時間就要迴歸本體的弱點。
後來使用“天手力”將斑移動到自己與鳴人中間，兩人合力欲將其封印，危機之中斑使用影子作為替身逃脫。為了對抗實力提升的二人，斑決定集齊自己的一對輪迴眼。他以迅雷不及掩耳之勢奪取了卡卡西的萬花筒寫輪眼，並將其放入自己的左眼處，接著斑發動神威進去異空間取迴自己的另一隻輪迴眼。
第七班機緣巧合下再次齊聚。此時，斑集齊了自己的輪迴眼，從異空間迴歸。斑同時施展輪墓和地爆天星對第七班展開了攻擊，鳴人使出六道仙術和影分身對抗輪墓，佐助開啟完全體須佐能乎飛上天空劈開地爆天星，而斑的所有攻擊其實都隻是在為自己發動無限月讀爭取時間。無限月讀即將發動，佐助意識到形勢不妙緊急返迴地麵，使用自己的須佐能乎將鳴人等人保護了起來，避免被無限月讀的光芒照到。無限月讀施放結束後，斑打算親手消滅第七班，但此時卻發生了一件令所有人匪夷所思的事情，黑絕突然從後麵將斑貫穿，並聲稱自己代表的是傳說中的“查克拉之祖”大筒木輝夜的意誌。
封印輝夜中，地麵噴射出大量高密度查克拉，斑的身體因為吸收查克拉過量而不斷膨脹。最終輝夜以斑為媒介複活了。[58]輝夜立即發動了“天之禦中”，將第七班和帶土轉移到異空間，並聲稱要消滅眾人，迴收所有的查克拉。眾人猛然發覺自己身處岩漿之上，危急中佐助通靈出鷹，抓住正在下墜的鳴人。佐助表示救鳴人是因為與其合力才能封印輝夜，而救卡卡西和櫻隻是順便的行為，鳴人則說出過去佐助舍身為他擋住白的攻擊一事，暗示佐助救他們其實出於內心本能。[59]此時，輝夜開始發起攻擊，二人聯手抗敵。黑絕對二人訴說了輝夜的過去，承認自己挑唆因陀羅對抗阿修羅、篡改羽衣留給一族石碑內容等行為，而這一切都是為複活輝夜。
輝夜強大的實力前所未見，但兩人的實力也有點超出了輝夜的預計。黑絕提議實行各個擊破，於是輝夜單獨將佐助轉移至沙漠世界。佐助使出渾身解數也無法離開異空間，而此時櫻和帶土合力開啟了空間通道唿喚佐助，佐助在最後時刻使用“天手力”瞬間與遠處空間互換位置，成功離開沙漠與鳴人重新匯合。
看到二人再度聯手，輝夜也開始擔心起來，於是她發動了超重力空間，使出絕招“共殺灰骨”打算結束戰鬥。帶土為保護二人而犧牲，但也為佐助的瞳力恢複爭取了寶貴的時間，同時激發了鳴人的鬥誌，並且還在自己死後將查克拉附著於卡卡西身上，使其短時間內擁有萬花筒的能力。最終第七班在卡卡西的指揮下，進行了最後一次完美的配合，封印了輝夜。
大筒木輝夜被封印後，六道仙人與17位已逝去的五影共同使出通靈之術，將第七班、九隻尾獸以及瀕死狀態的宇智波斑從始球空間轉移迴忍者世界。之後六道仙人解除穢土轉生與淨土召喚，17位五影的靈魂迴歸淨土。六道仙人希望鳴人與佐助兩人能同心協力解開無限月讀，但佐助卻突然宣稱自己要發動“革命”，並揚言要將現任五影處決，接著使用幻術和地爆天星封印了九大尾獸。鳴人決定出麵製止佐助，兩人前往終末之穀展開宿命之戰。
佐助否認了鳴人追求和平的方式，認為要真正實現和平，應獨自背負著全世界的仇恨，使忍界有一個公敵，才能讓人們團結起來。而鳴人是他現存唯一的羈絆。隻有親手殺死鳴人，才能完成這個目標。
兩人在終結穀展開了勢均力敵的戰鬥，最後分別使用螺旋丸與千鳥互相打斷雙方的手臂，柱間與斑的雕像也因此被產生的巨大風波所摧毀。
隨後兩人因重傷而躺在地上，望著如此堅持製止他的鳴人，佐助表示自己對於鳴人的做法感到疑惑不解，自己也想自我了結來贖罪，鳴人則告訴佐助自己早已將他視為朋友，所以無論如何都會分擔他的痛苦，阻止他身陷黑暗。佐助迴憶自己和鳴人邂逅的點點滴滴，最後笑著承認鳴人才是這場對決裏真正的贏家。
之後櫻和卡卡西抵達終末之穀，為重傷倒地的二人療傷。佐助首次坦然接受內心感情，為之前所犯下的錯誤向櫻道歉，並與鳴人一同解開了無限月讀，救出了深陷幻術中的人們。
返迴村裏休養直至康複後，佐助告知卡卡西和櫻他即將再度啟程，遠行他方看一看曾經因為自己被仇恨蒙蔽了雙眼而錯過的人和事。佐助婉拒了櫻希望與之同行的請求，並答應自己會再度歸來。才離村沒多久，鳴人出現在佐助的麵前，把當初被自己用螺旋丸劃過的木葉護額還給佐助。佐助收下護額，承諾履行忍者的職責，兩人就此告別。
多年以後，佐助與櫻結為夫妻，兩人育有一女——宇智波佐良娜。[63]成年後的佐助是一位不佩戴護額的獨立忍者，但在五大隱村中有著較高的地位。為了進一步調查輝夜之迷，佐助長期在外，自女兒懂事後便沒迴過家，這也引起了女兒的不滿。
六年後，佐良娜決定去見見自己的父親，於是跟在第七代火影——漩渦鳴人身後離開了村子，最後在峠塔見到了佐助。經過一係列的誤會、開導和諒解後，佐良娜的心終於再次與父母連在了一起。在和家人短暫相聚後，佐助帶上承載著家人之愛的便當再次出發，佐良娜則下決心要當上火影。
在輝夜的異空間執行任務的佐助，發現新的敵人大筒木桃式正在逼近，於是來到鳴人處商討對策。此時，鳴人長子博人聽聞佐助是“鳴人唯一的對手”，為了知曉父親的弱點而請求佐助收自己為徒。深明朋友狀況的佐助在提出了“先學會螺旋丸”的條件後，約定成為博人的師父。在修行過程中，佐助意外地發現了博人的巨大潛力。
博人因在中忍考試中作弊而被取消下忍資格，忍者護額也被鳴人沒收。這時桃式來襲，鳴人為保護村子而被抓。同樣曾被取消下忍資格的佐助，在博人的身上看見了鳴人的身影，於是將自己少年時期被鳴人用螺旋丸劃上叛忍象征的護額贈給博人。
接著，佐助帶著博人和四影進入異空間解救鳴人。最終在佐助與鳴人的引導下，博人成功消滅了桃式。從此博人決定要成為像佐助一樣暗中守護村子的人，協助選擇成為火影的佐良娜。
佐助，便是火影第七代的暗中火影，與鳴人一樣，都是帶給了忍者世界和平的男人。
當然了，他的和平，可能在一定程度上來說，並不是真正的可以讓他們好好安分的和平吧~
林奇有些好奇，如果真的遇見這位的話，會招惹上什麽樣的是非呢？他很期待~
第二場開始後不久，佐助和櫻在死亡森林就遭到大蛇丸的攻擊。在大蛇丸的強大實力之下，佐助非常害怕。
就在佐助為保住性命，要將卷軸交給大蛇丸的時候，鳴人出現並勇敢地和大蛇丸戰鬥。鳴人的激將法激發了佐助的鬥誌，佐助使出“寫輪眼操風車·三之大刀”將大蛇丸壓製，並用火遁龍火之術燒毀了大蛇丸的臉。出於對佐助天賦的欣賞，大蛇丸給佐助種下天之咒印。佐助痛苦地倒下，而大蛇丸離開前告訴櫻，佐助遲早會來找他獲取力量。因為中咒印的緣故，佐助和鳴人一樣失去知覺，櫻在一旁照料。
正在這時，一群音忍奉大蛇丸之命來幹掉佐助，戰況十分不利。蘇醒的佐助渾身布滿咒印黑色的花紋，憤怒地向攻擊櫻的薩克攻擊。由於咒印的力量，佐助穩占上風，他憤怒地扭斷了薩克的手臂，並準備向其他兩名音忍攻擊。櫻察覺到咒印狀態的佐助失去了控製，及時抱住佐助，求他停手。櫻的舉動讓佐助恢複了正常，在一旁驚恐萬狀的音忍們留下卷軸，趕緊逃離了現場。
在第三場考試的選拔賽中，佐助的對手是音忍赤銅鎧。在比賽前，卡卡西警告佐助不要使用咒印的力量，否則可能直接被淘汰。戰鬥開始後，鎧使用他的忍術大量地吸取佐助的查克拉，幾乎占了很大優勢。在不能使用咒印的情況下，佐助將他從李那裏複製的體術加以變化，自創了體術獅子連彈，並用意誌力逼退了咒印的發作，最終一招擊敗了對手。比賽過後，卡卡西封印了佐助身上的咒印以阻止它的發作。此時大蛇丸突然出現，告訴卡卡西和佐助，咒印的力量是無法被封印後離開。
為阻止佐助經受不起力量的誘惑而使用咒印，卡卡西在接下來的一個月時間裏單獨陪佐助訓練。佐助在和卡卡西訓練期間，學會了卡卡西的成名絕技千鳥，同時還針對我愛羅練習了從李那裏複製的高速體術。雖然在正式比賽的時候遲到，但佐助的高速移動讓我愛羅陷入苦戰，不得不用沙子將自己全身包圍起來。佐助趁此機會首次使用千鳥，結果成功破解對手的絕對防禦，並打傷了對手。
與此同時，砂忍和音忍的木葉毀滅計劃開始實施。我愛羅在砂忍的掩護下從木葉撤退。佐助追擊我愛羅，一路上過關斬將，最終追上了對方。佐助一再使出千鳥，並打斷我愛羅用沙所凝成的一隻手臂。被激怒的我愛羅使用守鶴的力量來反擊，而佐助則由於咒印發作無法動彈，體力不支而倒下。千鈞一發之際鳴人趕到，經過一番苦戰後成功擊敗了我愛羅。
鼬的複返
在得知卡卡西被突然出現在木葉的鼬擊敗後，佐助去探望卡卡西並打聽消息。從看望卡卡西的人那裏得知鼬迴到木葉的目的是要尋找鳴人，他立刻前往鳴人那裏。在與鼬正式碰麵後，佐助立刻使出千鳥對付鼬，卻被鼬輕易破解並折斷手腕。雖然佐助不依不饒，但鼬似乎並不想搭理他。鼬使用月讀毫不留情地擊潰佐助並再三強調他的力量太弱。佐助精神渙散昏迷，被自來也及時救走，後被邁特凱背迴木葉醫院養傷。
綱手迴到木葉成為五代目火影後，治好了佐助。在醫院治療期間，佐助迴憶起他在第七班的曆程，覺得自己力量太弱小，無法打敗鼬，甚至被以前的吊車尾鳴人超越。心情抑鬱的他和前來探望他的鳴人在醫院進行了一次對決，雖然這次對決被趕來的卡卡西阻止，但佐助卻被鳴人螺旋丸的威力所震懾，內心更加不安。
卡卡西在事後勸說佐助不要過於追求力量，但佐助根本聽不進去。這時大蛇丸派來的音忍四人組吸引佐助的注意。佐助知道大蛇丸給予的咒印力量後，決定跟隨音忍離開木葉，追隨大蛇丸獲得更強的力量。佐助在離村時被櫻追上。盡管櫻極力勸說佐助留下，並對佐助表白，希望能幫佐助變強，但佐助的內心卻一直充滿仇恨，身為複仇者的他沒辦法留在她身邊。佐助隻是溫柔地說聲“謝謝”，然後打暈了櫻，離開村子。
在路上，佐助再次碰到音忍四人眾。音忍給佐助提升咒印狀態的藥丸，吃下藥丸進入假死狀態的佐助被封印到特製的棺桶中，四人組帶著棺桶前往大蛇丸的實驗基地。這時，鳴人等人也開始了營救佐助的任務。最終鳴人在終結之穀追上了佐助。
佐助見鳴人窮追不舍，便聲稱要殺死鳴人。鳴人雖然感覺到佐助的殺意，但決定無論用什麽手段都要把佐助帶迴村子。兩人開始戰鬥，一開始佐助穩占上風，後來鳴人使用體內九尾的力量壓製佐助，但佐助的寫輪眼升級，又再度將鳴人擊倒。這時鳴人體內的九尾查克拉環繞在鳴人周圍，並長出一條尾巴，而佐助則直接變成咒印狀態，外貌好像鷹。
兩人各自使出絕招——鳴人九尾形態的紅色螺旋丸和佐助咒印狀態的黑色千鳥在終結之穀的大瀑布上對拚。僵持狀態下，佐助擊中鳴人，而鳴人隻在佐助的護額上劃出了一條裂痕。兩種強力忍術的碰撞產生了巨大的爆炸，爆炸的威力足以山崩地裂。戰鬥以佐助的勝利而告終，但是佐助並未殺死鳴人，因為他決定用自己的方式獲得力量，而不是像鼬所希望的那樣，為了開啟萬花筒寫輪眼而殺害同伴。佐助離開了鳴人，來到大蛇丸身邊。
疾風傳開始時，佐助性格變得更加冷酷，初次見麵就用寫輪眼震懾住了佐井。他自稱斬斷了與鳴人的羈絆，全身心地追求力量。和其他音忍不同，佐助對大蛇丸既不恐懼也不尊重。他沒佩戴音忍的護額，身上唯一的標記是宇智波一族紋章。與新第七班見麵後，佐助毫不留情地攻擊鳴人和櫻。
在兩年的時間裏，佐助的實力得到提升。他使用草薙劍作為武器，並對雷遁忍術進行了各種新開發。由於大蛇丸的影響和自身的努力，佐助完全掌握了控製咒印的力量，瞳力也變得深不可測，甚至可以通過寫輪眼與鳴人體內的九尾對話。[36]九尾對佐助的出現感到吃驚，他說佐助的查克拉簡直和以前的宇智波斑一模一樣，佐助對九尾所說的事情不感興趣，並開始壓製九尾的查克拉。九尾於是威脅佐助不要殺死鳴人，否則會後悔。在打倒所有人後，佐助準備使用絕招將眾人一舉殲滅，這時大蛇丸和藥師兜出現，兜勸說佐助留下第七班，這樣可以削弱“曉”的力量，便於他對鼬的複仇，佐助勉強同意，接著三人便消失了。
佐助出現在所有被他打倒的忍者中間，他身上幹幹淨淨，一點血也沒被濺到，而且那些忍者們都沒被給予致命一擊，大蛇丸覺得即使是被稱為天才的他在當年也沒如此強大的實力。
這時候的佐助覺得自己從大蛇丸那裏已經學不到什麽了，就在大蛇丸躺床上養病的時候突然對他發起攻擊，而早有準備的大蛇丸則現出真身──白鱗大蛇，欲奪取佐助的身體。白鱗大蛇被佐助斬殺後，大蛇丸利用揮發的血液將佐助的意識轉移到自己轉生的異空間，準備奪取佐助的身體。但佐助的實力超出了大蛇丸的預計，在寫輪眼強大的瞳力下，大蛇丸遭到了和當年麵對鼬時相同的慘敗，他的異空間完全被佐助吸收了。
在擺脫大蛇丸的控製後，佐助釋放了被大蛇丸關押的水月。接著兩人來到南秘所，說服了具有特殊能力且對佐助抱有愛慕之情的香磷入夥，並釋放了所有囚犯。
之後佐助一行人來到北秘所，準備釋放咒印力量的源頭──重吾。重吾擁有雙重性格，平時性格溫和，但當咒印爆發時就抑製不住殺人的衝動。佐助利用實力震懾住了處於咒印狀態的重吾，作為君麻呂生前的好友，重吾為了知道君麻呂不惜犧牲生命抓來的佐助究竟是個什麽樣的人而決定加入。佐助的四人小隊正式組成，取名為“蛇”，目的是要殺死鼬，整個世界都將因“蛇”的出現而發生變化。
木葉收到情報，得知大蛇丸被佐助所殺，便開始進行尋找佐助的任務。佐助在尋找鼬的時候遭遇了“曉”的迪達拉和“麵具男”。迪達拉過去曾敗於宇智波鼬手下，二因佐助殺死了本該由自己幹掉的大蛇丸，而對佐助十分不滿，主動挑起戰鬥。經過一番苦戰後，二人打得兩敗俱傷，迪達拉想與佐助同歸於盡，結果佐助用寫輪眼控製萬蛇躲過迪達拉的自爆，幸免於難。
“蛇”來到“曉”的根據地，佐助再次遇上鼬，鼬指示佐助前往宇智波一族的故地來做個了斷。一開始，佐助與鼬兩人一邊交談一邊進行戰鬥。佐助從鼬口中得知一條驚人的信息──“一族原首領、木葉創立者之一的斑仍然活著，斑跟鼬聯手滅了全族”。而且斑是族中第一個開啟萬花筒寫輪眼的人，還曾以這雙眼睛馴服了九尾。佐助之前已閱讀過關於一族的石碑，了解到了萬花筒寫輪眼終有一天會失明的事實。鼬告訴佐助，本已是萬花筒寫輪眼擁有者的人，能從自己兄弟那兒取來同樣的眼後創造出帶有獨特力量的新眼睛“永恆萬花筒寫輪眼”，而這就是他當年故意留下佐助性命的原因，佐助在聽完鼬的敘述後正式開戰。
兩兄弟不斷使出絕招攻擊對手，佐助的實力早已今非昔比，在交戰過程中，先後破解了鼬最強的精神攻擊“月讀’與最強的物理攻擊“天照”，但也因此耗費了大量的查克拉。
最終，佐助決定用自己一手準備的最強技能來決勝負……原來佐助先前的豪龍火之術射向天空的目的並不是攻擊鼬，而是用來製造出積雨雲，進而產生雷電，並將自然界巨大的雷電之力通過手中雷電引導向鼬。這招“麒麟”一擊將整個據點都打得粉碎，佐助亦以為鼬已身亡，但意想不到的是鼬在麒麟劈下的瞬間開啟須佐能乎抵擋佐助的攻擊。
就在這時，本來被佐助奪去力量、吸收在其體內的大蛇丸，竟趁佐助力量耗盡之際企圖占據其身體，使出自己最強的術“八歧之術”變出八歧大蛇。但，八歧大蛇的八個頭顱被須佐之男先後斬下，而大蛇丸本人也被須佐能乎的“十拳劍”刺中而封印在葫蘆裏，佐助的天之咒印也隨著大蛇丸被封印而從此消失。
此時佐助與鼬都已到了極限，佐助連寫輪眼都使不出來了，鼬的雙眼已經快要失明，而且不斷吐血，須佐能乎也差點消失。麵對鼬強大的“須佐能乎”，佐助唯有不斷以草薙劍和引爆符進行攻擊，但都被鼬的須佐能乎所持的“八咫鏡”擋下。鼬步步逼近，佐助則節節後退。最後，鼬微笑著在佐助的額頭前輕輕點了一下，說道：“原諒我，佐助，這是最後一次了。”接著就此倒下。天空漸漸變暗，陣雨蒙蒙，天仿佛在哭泣一般，而天照之火仍在不滅地燃燒著。當佐助看見旁邊的鼬再也不動後，他明白鼬已經死亡，淒涼地笑了一下後倒在了鼬的旁邊，兄弟二人並列躺在地上，仿佛永遠隔絕的存在。
“麵具男”找到並救起已經昏迷的佐助，他對佐助宣稱自己就是“斑”，同時告訴了他宇智波一族與木葉曾經的恩怨，以及鼬的真實身份與滅族真相。佐助得知真相後開始慢慢迴憶起鼬的過往，漸漸相信了“麵具男”所說的一切，憤怒與悲傷使得他開啟了萬花筒寫輪眼。他將“蛇”改名為“鷹”，並決定殺掉逼迫鼬的幕後黑手──誌村團藏等三位木葉高層，以及摧毀對宇智波一族實行滅族政策的木葉。
佐助率領的“鷹”與“麵具男”所率的“曉”暫時聯手，作為條件，“鷹”為“曉”捕捉身處雷之國的八尾人柱力奇拉比。
在雲雷峽上，佐助與八尾人柱力·奇拉比交戰。由於咒印力量的消失，又是剛開眼的首次作戰，導致剛開始有些吃力，連續兩次被其擊倒，後“鷹”合力將奇拉比壓製。奇拉比是忍者曆史上能完美控製尾獸之力的人，他完全尾獸化並對“鷹”步步緊逼。佐助眼見身邊的隊友們為了自己不惜生命，想起了以前的第七班，遂使用萬花筒寫輪眼釋放了──“天照”。熊熊的黑色火焰在八尾身上燃燒，將八尾逐步吞噬，而八尾在掙紮期間，將帶有黑火的一條尾巴打向香磷，佐助當即使用千鳥銳槍割斷該部分，但斷尾仍然擊中香磷背部，身上也燃燒起了黑炎。佐助為了保護同伴，情急之下將香磷身上的黑火熄滅，同時也熄滅了八尾身上的火焰，“鷹”趕緊撤退。
然而八尾已經利用佐助為了救香磷而割斷的斷尾逃生，但“鷹”捕捉八尾的行動卻驚動了奇拉比的哥哥──四代目雷影。
“鷹”在經過一番休整後決定向木葉進攻，途中卻被麵具男告知木葉已被摧毀，於是轉變目標潛入五影大會，企圖刺殺代理火影的誌村團藏！“鷹”由絕帶領其前往五影大會會場，在到達後被絕出賣。絕告訴五影佐助潛入的消息，憤怒的雷影立馬開始尋找佐助，隨後找到了目標並開戰。四代目雷影·艾的實力十分強大，戰鬥中佐助使出千鳥及天照，並在此戰中首次開啟須佐能乎，但雙方實力均不相上下。為了打敗雷影，佐助使用炎遁·加具土命，可誰知雷影選擇玉石俱焚，寧可同歸於盡也要堅持攻擊佐助。此時五代目風影·我愛羅出現，使用砂之盾隔絕了二人的攻擊，雷影暫時退下治療斷掉的左手，而佐助則與我愛羅等四人對戰。戰鬥中佐助使用須佐能乎，阻擋眾人的合力攻擊，並隨即放棄與眾人繼續糾纏，直奔團藏所在的會談場所。
在會場，佐助見到了團藏，但卻被與“曉”有深仇的五代目水影·照美冥纏上，團藏亦在此時趁機逃脫。水影擁有溶遁、沸遁兩種血繼限界，而佐助因連續與多名高手交戰，導致查克拉不足，同時過度地使用須佐能乎造成全身每一個細胞都疼痛不已，無法抵擋水影的忍術。這時白絕趕來解圍，佐助雖然脫困但已筋疲力盡，此時三代目土影·大野木卻突然出現並使出塵遁。
在所有人都以為佐助已死的時候，“麵具男”帶著因查克拉消耗過量而昏迷的佐助出現了，隨即將香磷和佐助轉移至異空間，讓香磷為佐助治療。“麵具男”對著風、雷、土、水四影說出了“月之眼計劃”，並威脅其交出八尾和九尾的人柱力。四影在“麵具男”的逼迫下仍未改變決心。最後，“麵具男”宣布第四次忍界大戰開始了。
“麵具男”出現在逃離會場的團藏麵前，在打敗了團藏的兩個護衛後，“麵具男”從異空間裏放出佐助與團藏對決。佐助質問團藏關於鼬的真相，在團藏說出真相、稱鼬為木葉叛徒後徹底怒火爆發，用須佐能乎將團藏捏碎，但此時團藏卻又再次出現在佐助身後，兩人繼續對決。佐助不斷使用天照、須佐能乎等招數“殺死”團藏，但團藏仍能不斷“複活”，而團藏更抓住機會使用咒印將佐助定住。
在即將被團藏殺死之際，佐助迴憶起了鼬的事情，須佐能乎進化，衝破咒印扭轉局勢，而團藏那種不死身能力的真麵目也漸漸浮出水麵。據“麵具男”所說，那是連宇智波一族都將其列為禁術的“伊邪那岐”。在經過了一番艱苦的攻防持久戰後，佐助靈活應用幻術使得團藏誤判形式，將團藏擊倒。
瀕死狀態的團藏不甘落敗，竟挾持香磷做人質，佐助此時被仇恨衝昏了頭腦，竟用千鳥銳槍將香磷和團藏的要害一起刺穿。苟延殘喘的團藏最後發動“裏四象封印”，試圖將”麵具男“和佐助一同封印，但最終也未能成功。
佐助打敗團藏後，櫻、卡卡西、鳴人先後趕來，第七班重聚。佐助的千鳥與鳴人的螺旋丸再次對峙，雙方在精神世界裏交談，兩人始終未能達成一致，但佐助答應了鳴人的決戰約定，後和“麵具男”一起離開了現場。由於頻繁使用萬花筒寫輪眼，佐助的視力嚴重下降，他決定聽從“麵具男”的建議，移植鼬的眼睛。
佐助成功移植了鼬的眼睛，瞳力的融合讓雙眼升級為永恆萬花筒寫輪眼。他殺死了監視自己的白絕本體，準備出發上戰場。途中佐助無意間看到被穢土轉生的鼬，隨即跟了上去。佐助了解到鼬的目的是前往阻止穢土轉生，他答應會告訴佐助想知道的一切，但必須先打敗藥師兜。兄弟二人在戰鬥中互相配合，找迴了塵封已久的默契。
最終，鼬以禁術“伊邪那美”將兜控製，並讓他說出解開穢土轉生的方法，從而解開了穢土轉生。戰場上因兜操縱穢土大軍而混亂不堪的戰況得以控製，所有被轉生者開始靈魂升天。鼬將自己知道的當年所有內情，自己的想法都告訴了佐助，並承認自己因為不相信佐助的力量與意誌，而導致佐助離開木葉等行為。但這次，鼬選擇相信佐助，認為他也許能改變一族。最終鼬對佐助說：“無論將來你選擇什麽樣的道路，我都一直深愛著你。”
鼬靈魂升天，佐助在與鼬交流後重新思考“一族是何物？村子是何物？忍者又是何物？”這時，水月和重吾帶著在大蛇丸據點無意間找到的秘密卷軸來找佐助。佐助翻開卷軸，決定通過它解開心中疑惑。佐助迴憶過去卡卡西的封邪法印，反向結印使出解邪法印，通過禦手洗紅豆身上的咒印複活了大蛇丸，然後帶著水月、重吾與大蛇丸一起出發尋找答案。
在第四次忍界大戰中，大蛇丸獲取漩渦一族收納堂的死神麵具，切開腹部釋放了被死神吞掉的靈魂，恢複了雙手，利用佐助體內的四個白絕分身作為活體祭品，以穢土轉生的形式複活了曆代火影，期間曆代火影對佐助講述了鼬的生平、一族的曆史、木葉的創立過程，在知曉一切後，佐助經過思考得出了要守護木葉的決定。為了繼承哥哥的意誌，佐助決定重返戰場。途中遇到越獄逃出木葉的香磷，佐助對香磷道歉。眾人兵分兩路，佐助、重吾與曆代火影前往“麵具男”宇智波帶土以及真正的宇智波斑（穢土轉生）所在的戰場，大蛇丸則帶著水月、香磷前去支援現任五影。
忍界大戰中，四位火影及時到達戰場，使出“四赤陽陣”困住十尾，緊接著佐助也到達戰場，並且對眾人說出自己想法的改變，更說出自己要成為火影以改變村子的現狀。第七班複活後，眾多新生代忍者們對十尾發動了猛攻，忍者聯軍勢如破竹，佐助的炎遁與鳴人的風遁在戰鬥中配合產生了巨大的威力，十尾也一度被壓製。眼看著勝利在望，帶土從異空間返迴，將十尾吸收並成為了十尾人柱力。
麵對能讓所有忍術失效的強敵，眾人感受到了前所未有的壓力，而看到熟練操控九尾查克拉和仙人模式的鳴人，佐助的心中也再次冒出了不甘的念頭。帶土為了發動“無限月讀”而釋放出神樹，眼見連鳴人都差不多無法再戰，佐助主動上前劈開了神樹樹枝，重新激發了鳴人的鬥誌。為了應對十尾人柱力讓忍術失效的能力，佐助的須佐能乎吸收適應了重吾的咒印轉變成了仙術·須佐能乎，他和鳴人聯手攻擊實力最強的十尾人柱力帶土，但還是被擊倒在地。為了重拾希望，鳴人和佐助最後孤注一擲，兩人合力使用威裝·須佐能乎，時隔多年，九尾再次披上了須佐能乎之鎧。在過去同伴的合力下，帶土終於受到了重創。眾人成功解救出了被困在帶土體內的尾獸。
戰敗後的帶土決定贖罪，然而斑趁帶土虛弱之際使用黑絕控製帶土發動輪迴天生之術複活了穢土之軀的自己。佐助與鳴人、佐井對斑展開了攻擊，結果斑使用火遁灰塵隱之術擺脫三人的糾纏，佐助刺穿了斑的右臂，斑感覺到佐助的萬花筒寫輪眼和自己一樣是直勾玉，打算邀請佐助與自己聯手，但被佐助拒絕。之後斑將九大尾獸重新捕獲，準備成為十尾人柱力。
此時佐助被初代火影傳授能與仙術查克拉唿應並使用束縛住斑的術，打算以此來阻止斑，而初代選擇佐助的理由是他認為佐助很像斑的弟弟泉奈。佐助從空中對斑發起突襲，卻被斑用“輪墓·邊獄”定住，斑絲毫沒顧念同族之情刺穿了佐助的心髒。
瀕死之際佐助迴憶起了鼬的話。此時從伊邪那美中重拾自我的藥師兜來到戰場，以仙人模式出現在佐助身邊，他用自己的醫療忍術，配合已經研究完成的初代細胞加上二代提供的禁術對其進行救治。在精神世界裏，佐助見到了傳說中的六道仙人·大筒木羽衣，從六道仙人那兒佐助知道了一切的起源，得知自己是六道仙人長子因陀羅的轉世。鳴人和佐助兩人在選擇了各自的道路後，接受了六道仙人的力量。
佐助蘇醒，獲得了六道仙人贈予的“輪迴眼”和封印術式“陰之力”，能觸碰斑的黑棒而不受影響，他利用二代目火影的飛雷神之術同鳴人匯合，與斑決戰。獲得了六道仙人給予力量的二人實力今非昔比，佐助看穿了斑的輪墓·邊獄，並分析出斑的影子每隔一段時間就要迴歸本體的弱點。
後來使用“天手力”將斑移動到自己與鳴人中間，兩人合力欲將其封印，危機之中斑使用影子作為替身逃脫。為了對抗實力提升的二人，斑決定集齊自己的一對輪迴眼。他以迅雷不及掩耳之勢奪取了卡卡西的萬花筒寫輪眼，並將其放入自己的左眼處，接著斑發動神威進去異空間取迴自己的另一隻輪迴眼。
第七班機緣巧合下再次齊聚。此時，斑集齊了自己的輪迴眼，從異空間迴歸。斑同時施展輪墓和地爆天星對第七班展開了攻擊，鳴人使出六道仙術和影分身對抗輪墓，佐助開啟完全體須佐能乎飛上天空劈開地爆天星，而斑的所有攻擊其實都隻是在為自己發動無限月讀爭取時間。無限月讀即將發動，佐助意識到形勢不妙緊急返迴地麵，使用自己的須佐能乎將鳴人等人保護了起來，避免被無限月讀的光芒照到。無限月讀施放結束後，斑打算親手消滅第七班，但此時卻發生了一件令所有人匪夷所思的事情，黑絕突然從後麵將斑貫穿，並聲稱自己代表的是傳說中的“查克拉之祖”大筒木輝夜的意誌。
封印輝夜中，地麵噴射出大量高密度查克拉，斑的身體因為吸收查克拉過量而不斷膨脹。最終輝夜以斑為媒介複活了。[58]輝夜立即發動了“天之禦中”，將第七班和帶土轉移到異空間，並聲稱要消滅眾人，迴收所有的查克拉。眾人猛然發覺自己身處岩漿之上，危急中佐助通靈出鷹，抓住正在下墜的鳴人。佐助表示救鳴人是因為與其合力才能封印輝夜，而救卡卡西和櫻隻是順便的行為，鳴人則說出過去佐助舍身為他擋住白的攻擊一事，暗示佐助救他們其實出於內心本能。[59]此時，輝夜開始發起攻擊，二人聯手抗敵。黑絕對二人訴說了輝夜的過去，承認自己挑唆因陀羅對抗阿修羅、篡改羽衣留給一族石碑內容等行為，而這一切都是為複活輝夜。
輝夜強大的實力前所未見，但兩人的實力也有點超出了輝夜的預計。黑絕提議實行各個擊破，於是輝夜單獨將佐助轉移至沙漠世界。佐助使出渾身解數也無法離開異空間，而此時櫻和帶土合力開啟了空間通道唿喚佐助，佐助在最後時刻使用“天手力”瞬間與遠處空間互換位置，成功離開沙漠與鳴人重新匯合。
看到二人再度聯手，輝夜也開始擔心起來，於是她發動了超重力空間，使出絕招“共殺灰骨”打算結束戰鬥。帶土為保護二人而犧牲，但也為佐助的瞳力恢複爭取了寶貴的時間，同時激發了鳴人的鬥誌，並且還在自己死後將查克拉附著於卡卡西身上，使其短時間內擁有萬花筒的能力。最終第七班在卡卡西的指揮下，進行了最後一次完美的配合，封印了輝夜。
大筒木輝夜被封印後，六道仙人與17位已逝去的五影共同使出通靈之術，將第七班、九隻尾獸以及瀕死狀態的宇智波斑從始球空間轉移迴忍者世界。之後六道仙人解除穢土轉生與淨土召喚，17位五影的靈魂迴歸淨土。六道仙人希望鳴人與佐助兩人能同心協力解開無限月讀，但佐助卻突然宣稱自己要發動“革命”，並揚言要將現任五影處決，接著使用幻術和地爆天星封印了九大尾獸。鳴人決定出麵製止佐助，兩人前往終末之穀展開宿命之戰。
佐助否認了鳴人追求和平的方式，認為要真正實現和平，應獨自背負著全世界的仇恨，使忍界有一個公敵，才能讓人們團結起來。而鳴人是他現存唯一的羈絆。隻有親手殺死鳴人，才能完成這個目標。
兩人在終結穀展開了勢均力敵的戰鬥，最後分別使用螺旋丸與千鳥互相打斷雙方的手臂，柱間與斑的雕像也因此被產生的巨大風波所摧毀。
隨後兩人因重傷而躺在地上，望著如此堅持製止他的鳴人，佐助表示自己對於鳴人的做法感到疑惑不解，自己也想自我了結來贖罪，鳴人則告訴佐助自己早已將他視為朋友，所以無論如何都會分擔他的痛苦，阻止他身陷黑暗。佐助迴憶自己和鳴人邂逅的點點滴滴，最後笑著承認鳴人才是這場對決裏真正的贏家。
之後櫻和卡卡西抵達終末之穀，為重傷倒地的二人療傷。佐助首次坦然接受內心感情，為之前所犯下的錯誤向櫻道歉，並與鳴人一同解開了無限月讀，救出了深陷幻術中的人們。
返迴村裏休養直至康複後，佐助告知卡卡西和櫻他即將再度啟程，遠行他方看一看曾經因為自己被仇恨蒙蔽了雙眼而錯過的人和事。佐助婉拒了櫻希望與之同行的請求，並答應自己會再度歸來。才離村沒多久，鳴人出現在佐助的麵前，把當初被自己用螺旋丸劃過的木葉護額還給佐助。佐助收下護額，承諾履行忍者的職責，兩人就此告別。
多年以後，佐助與櫻結為夫妻，兩人育有一女——宇智波佐良娜。[63]成年後的佐助是一位不佩戴護額的獨立忍者，但在五大隱村中有著較高的地位。為了進一步調查輝夜之迷，佐助長期在外，自女兒懂事後便沒迴過家，這也引起了女兒的不滿。
六年後，佐良娜決定去見見自己的父親，於是跟在第七代火影——漩渦鳴人身後離開了村子，最後在峠塔見到了佐助。經過一係列的誤會、開導和諒解後，佐良娜的心終於再次與父母連在了一起。在和家人短暫相聚後，佐助帶上承載著家人之愛的便當再次出發，佐良娜則下決心要當上火影。
在輝夜的異空間執行任務的佐助，發現新的敵人大筒木桃式正在逼近，於是來到鳴人處商討對策。此時，鳴人長子博人聽聞佐助是“鳴人唯一的對手”，為了知曉父親的弱點而請求佐助收自己為徒。深明朋友狀況的佐助在提出了“先學會螺旋丸”的條件後，約定成為博人的師父。在修行過程中，佐助意外地發現了博人的巨大潛力。
博人因在中忍考試中作弊而被取消下忍資格，忍者護額也被鳴人沒收。這時桃式來襲，鳴人為保護村子而被抓。同樣曾被取消下忍資格的佐助，在博人的身上看見了鳴人的身影，於是將自己少年時期被鳴人用螺旋丸劃上叛忍象征的護額贈給博人。
接著，佐助帶著博人和四影進入異空間解救鳴人。最終在佐助與鳴人的引導下，博人成功消滅了桃式。從此博人決定要成為像佐助一樣暗中守護村子的人，協助選擇成為火影的佐良娜。
佐助，便是火影第七代的暗中火影，與鳴人一樣，都是帶給了忍者世界和平的男人。
當然了，他的和平，可能在一定程度上來說，並不是真正的可以讓他們好好安分的和平吧~
林奇有些好奇，如果真的遇見這位的話，會招惹上什麽樣的是非呢？他很期待~