卡卡西是木葉的第六代火影，而之前也是說過了他因為個人的原因，成為了第七班的上忍，帶上了木葉十二小強。
在卡卡西和鳴人等人接受了c級任務，要護送建築工人達茲納迴國，但途中遇上被波之國無良商人卡多雇傭的叛忍桃地再不斬和白，卡卡西兩次與再不斬交手。
第一次，卡卡西中了再不斬的計謀，被水牢之術困住，幸好鳴人及時相救。之後卡卡西使用寫輪眼，複製再不斬的水遁·水龍彈之術，將其擊敗，但也因為查克拉消耗過大休養了一段時間。
第二次，卡卡西使出追牙術，困住再不斬，然後使用雷切，但這一招卻被白拚死擋住，見白已死，心灰意冷的再不斬犧牲了自己的性命，反過來把作惡多端的卡多殺死。根據他臨終前的托付，卡卡西把再不斬、白連同再不斬的斬首大刀葬在一起。
在中忍考試中，卡卡西一直在旁邊觀看鳴人等三個學生的比賽。當佐助在第一戰勝出後，卡卡西就把大蛇丸留在佐助脖子的天之咒印暫時封印。然而卻遇上了傳說中“三忍”之一——大蛇丸，企圖帶走佐助，卡卡西便向大蛇丸展示自創秘技--雷切及開啟寫輪眼，還警告大蛇丸如欲帶走佐助，決定與他同歸於盡。
不過大蛇丸就暗示卡卡西根本沒有這種能力殺死他，但亦沒有立刻帶走佐助，轉眼便離開了。卡卡西亦意識到自己沒有殺死大蛇丸的能力。
後來卡卡西在第三場正式考試前，努力訓練跟他有相同“雷”屬性的佐助。
卡卡西對佐助進行了多日刻苦的訓練後，終於讓佐助完成可克製我愛羅“砂防禦”的“千鳥”；並在佐助比賽資格快要被取消的那一刻，及時把佐助送到中忍考試會場內。然而，就在佐助跟我愛羅進行激戰之際，大蛇丸突然對木葉隱村發動了攻擊，而佐助亦追趕被千鳥打傷的我愛羅。
另一方麵，卡卡西則解開了音忍藥師兜對會場觀眾釋放的幻術，他命令春野櫻把中了幻術的漩渦鳴人及奈良鹿丸（實際上早已自行解了幻術）喚醒，並跟忍犬帕克一起、前往阻止佐助追擊我愛羅。大蛇丸更聯同砂忍合力進攻木葉村，我愛羅的任務之一就是在大蛇丸進攻的同時發動一尾，可惜由於他的情緒波動在中忍考試時已經提前發動了一尾，但被佐助的千鳥打傷後被手鞠和勘九郎帶走，之後他安定下來再次發動一尾，佐助趕上跟我愛羅大戰，可惜佐助始終不敵一尾，一尾正想殺佐助之時嗚人及時趕到救下佐助，更發動前所未見的力量最後和我愛羅打得兩敗俱傷。
卡卡西則聯同阿凱，應付密集如雲的音忍及砂忍。結果大蛇丸計劃失敗，但三代火影亦付出了自己的生命。就在三代目火影的喪禮進行前，卡卡西自己一人前往英雄慰靈碑處，悼念過去死去的隊友——宇智波帶土。
就在木葉崩潰戰後不久、百廢待興時，兩名隸屬於神秘組織——“曉”的s級叛忍來到了木葉村。其中一人就是佐助的哥哥宇智波鼬，另外一人是前“忍刀七人眾”之一的幹柿鬼鮫。他們前來木葉的目的，就是為了逮捕“九尾人柱力”——漩渦鳴人。中途卻遇上了兩名正在巡邏的上忍——猿飛阿斯瑪及夕日紅，並打了起來。但鼬及鬼鮫的實力實在太強，阿斯瑪跟紅不久就敗下陣來。
此時，卡卡西剛好趕到，複製鬼鮫的水鮫彈之術，並把鬼鮫逼退。他質問鼬迴來的目的，瞬間又跟鼬進行激戰，僅僅隻是短暫的交手，鼬便將卡卡西、阿斯瑪和紅逼入劣勢，同時卡卡西為了保護其他兩人以及寫輪眼的副作用而有些疲憊。
他深知鼬寫輪眼幻術的厲害，所以勸阿斯瑪及紅閉上眼睛，以免中了幻術。卡卡西認為隻有自己的寫輪眼才能對付寫輪眼，但誰不知鼬的寫輪眼是進化了的萬花筒寫輪眼，實力差距太大；再加上卡卡西沒有宇智波一族的血統，不能熟練運用寫輪眼，用了不久體力便應付不了。因此，鼬隻使出了一招幻術--月讀，就令卡卡西的精神崩潰，像是快要被鼬千刀萬剮似的，沒辦法繼續作戰。由於鼬知道卡卡西認識“曉”，所以便決定要把他帶走，並讓鬼鮫攻擊阿斯瑪及紅。幸虧好友邁特凱及時趕到，把鬼鮫踢開，成功救出卡卡西、阿斯瑪及紅。鼬知道阿凱不是個簡單的人物，不欲多戰，便跟鬼鮫離去。而卡卡西則需到醫院接受治療，直到綱手把他救醒為止。
自佐助執行任務以來，多次需要鳴人的協助才能逃過危機，於是佐助開始對鳴人的能力感到嫉妒。卡卡西對此是非常清楚的，於是當佐助跟鳴人在醫院天台對戰時，他及時阻止二人的戰鬥，並化解了他們的螺旋丸及千鳥攻擊。
之後佐助獨自在樹上沉思時，卡卡西便試圖開解他，認為失去親人固然悲痛，但卡卡西自己也曾嚐過這種滋味；卡卡西說：“現在你已經有鳴人這些朋友了，應放下複仇之事。”之後音忍四人眾來找尋佐助更向他攻擊，臨走的時候跟佐助說如果想得到力量就來找大蛇丸，此話一直被佐助記住。卡卡西的一番話並未真正令佐助茅塞頓開。為了追尋強大的力量，佐助決定跟隨音忍四人眾叛離木葉隱村。
鹿丸四人小隊出發，鳴人和佐助苦戰也沒有成功將他帶迴，佐助開啟了咒印的力量擊倒鳴人後離開。綱手向卡卡西下達了s級任務，但是被卡卡西拒絕並表示這次是認真的。卡卡西趕到終結之穀時，佐助跟鳴人的決鬥已結束，隻剩下鳴人倒在地上；他唯有把鳴人先帶迴村裏醫治，再做下一步打算。
而在曉組織捉去了擁有一尾力量的人柱力五代目風影我愛羅。砂忍向木葉求援，木葉派出卡卡西班，砂隱的千代婆婆其後一同加入。五代目火影綱手再派出凱班作增援，兩班分別在途中遇上‘曉’的成員宇智波鼬和鬼鮫（實質上隻是幻化成的替身，力量隻有本體的三成）。後來與鳴人合作，及鳴人使出螺旋丸加強版--大玉螺旋丸，將宇智波鼬的替身擊敗。之後再遇上“曉”的成員迪達拉及赤砂之蠍，迪達拉以我愛羅的屍體把性格衝動的鳴人引開。為了避免鳴人獨自行動，他從後麵追趕鳴人，留下櫻及千代婆婆暫時應付蠍。
為了節省時間，卡卡西開啟了萬花筒寫輪眼使用神威。但是此時卡卡西對他新的寫輪眼還不熟悉，還不能熟練的控製結界空間的位置和大小，瞳術打偏到了迪達拉的右手上，而且卡卡西在體力方麵亦明顯不能支撐這種術，很快就感到疲憊。掉下巨鳥的迪達拉變出分身，欲把他們全部炸死，卡卡西又用神威把他和爆炸一起轉移到了另一個空間。由於連續使用兩次萬花筒寫輪眼，卡卡西需要休息一段時間。期間由來自暗部的天藏（化名大和）暫代七班的隊長。
猿飛阿斯瑪在對決曉不死組合飛段、角都時犧牲，第十班矢誌為老師複仇。卡卡西主動請纓，暫作為第十班的隊長，去尋找飛段、角都。甫一對戰，卡卡西便用寫輪眼看出了角都的土屬性結印並以雷切破了其土遁硬化術並刺穿其心髒。誰知對方擁有多個從其他忍者搶來的心髒（連同本體的共五個）所以沒有死。並且角都能使用心髒所屬屬性的忍術。
後飛段去攻擊卡卡西，角都在後麵攻擊，企圖利用飛段的不死之身將卡卡西消滅，所幸被卡卡西及時躲開。後卡卡西發動雙手雷切替第十班成員擋去了角都的偽暗。這時候局麵以一敵二，非常不利……連續的消耗使卡卡西喘不過氣來；不過，最令卡卡西驚訝的，就是角都居然曾經跟初代火影對戰過。
這時角都欲以卡卡西的心髒填補被雷切摧毀的心髒。麵對角都的風火遁攻擊，卡卡西用水陣壁抵擋，但風火克水；趁卡卡西不注意，角都用“地怨虞”將他綁住，準備強行用血管挖出卡卡西的心髒。
然而，卡卡西在之前就取得了角都的血液並把它交給鹿丸，飛段被鹿丸所騙誤用角都的血液使用咒術，角都心髒被破倒地。但角都卻突然將全身的觸手伸出，把卡卡西他們綁著，情況不利。卡卡西欲使出萬花筒寫輪眼，這時大和，鳴人等趕到，最後角都被鳴人的風遁螺旋手裏劍擊倒。而卡卡西以雷切擊敗倒在地上、動彈不得的角都，摧毀他最後一個心髒，後把角都的屍體帶迴木葉村給綱手研究。
為得知曉的情報，追尋佐助的下落，木葉決定鎖定鼬，新七班和第八班聯手行動。
後眾人與“曉”的新成員——一個戴著麵具、自稱“宇智波斑”的神秘男子對戰。“麵具男”憑借出神入化的時空間忍術將木葉眾人玩弄於股掌之中，眾人的攻擊均對其無效。之後絕突然出現，宣告佐助和鼬的戰鬥已經結束，鼬已死亡。達到目的“斑”離開，向卡卡西顯露寫輪眼，並搶先一步趕到決戰現場，和絕一起帶走了佐助。
而突然佩恩六道突然來襲，木葉陷入混亂局麵。正當伊魯卡老師照顧受傷的木葉忍者時，遇上了佩恩天道，幸好卡卡西及時相救才沒事，卡卡西快速躲開佩恩的攻擊，並結印召喚土流壁，欲以雷切攻擊，卻被佩恩使用神羅天征彈開。卡卡西又召喚雷分身，發出雷犬試探。可是雷犬也被吸收。後修羅道也出現，聯合萬象天引，卡卡西的雷分身被破。
此時卡卡西已經了解到佩恩的部分能力就是“類似於引力和斥力”的東西。二對一的情況絕對不利……秋道父子趕到攻向佩恩，修羅道被之前破掉的雷分身擊中，無法逃脫而被“打扁”。卡卡西告知丁次父子，佩恩能力的5秒間隔時間和自己的計劃。隨後，卡卡西佯裝從地底突襲佩恩，佩恩被迫又一次使出神羅天征將卡卡西彈開，在天道走近卡卡西欲攻擊他之時，秋道父子出動肉彈戰車攻擊佩恩，實則是要借佩恩的能力將他們彈開。
佩恩以為隻是單純的攻擊，卻沒想到卡卡西在實行地麵攻擊之前就將鐵鏈布置在了地下。佩恩天道被牢牢地束縛在了中間，卡卡西用雷切準備攻擊。
可是這時，未被殺死的修羅道卻出現在卡卡西的雷切前，這為天道再次使用“神羅天征”爭取時間。天道害怕卡卡西還有其他打算，打算和卡卡西保持一定距離，用釘子射向卡在廢墟中無法動彈的卡卡西，但被卡卡西用神威轉移。
修羅道向丁次發射了跟蹤導彈，此時卡卡西的查克拉已所剩不多，但是他最後發動了神威將導彈轉移到異空間，保護丁次。因為卡卡西說：這是為了拯救木葉的最好方法——將自己好不容易得來的情報交給能離開的人。虛耗過度的卡卡西，想起了琳、帶土、四代目火影以及他父親……綱手通過通靈獸感知到卡卡西的狀況後，憤怒的破壞一根柱子……鳴人迴到木葉後，因變成仙人模式可以感覺到大家的查克拉，但沒有感覺到卡卡西的查克拉。後鳴人成功感化佩恩的本體——長門，長門運用外道·輪迴天生之術使全木葉村所有人複活。卡卡西在精神世界中見到父親後醒來。
五影會談期間，綱手在佩恩一戰後仍然昏迷，火之國召開會議推選新的火影，卡卡西被奈良鹿久提名為火影候選人，並受到火之國大名和高層認可，然而在團藏的影響下，大名任命團藏為六代火影。團藏下達了追捕佐助的命令，鳴人執意反對，卡卡西開導鳴人，並對佐井表示信任。卡卡西、大和與鳴人三人小隊暗地離開木葉，途中遇到雷影一行人。鳴人跪地懇求無效，卡卡西也幫忙勸說未果。
“麵具男宇智波斑”再次不請自來，被大和用木遁束縛，卡卡西以雷切威脅“斑”說出目的。“斑”說了一番大道理後以時空間忍術離開。我愛羅推薦旗木卡卡西，受到眾影認可。
木葉與鳴人同期的學員商議由他們解決佐助。櫻作為代表與佐井、小李、牙一行找到鳴人，向鳴人告白，鳴人不解其意，櫻憤怒離去。佐井分身出現，說明真相，向鳴人解釋了櫻的想法。眾人驚訝，卡卡西已猜出大概，櫻想自己去解決佐助。
隨後，風影我愛羅一行人來到，告知了卡卡西五影會議推薦他為火影之事。卡卡西表示他對火影之名沒有興趣，但既然需要他會擔起這個責任。
在找到剛剛殺死團藏的櫻欺騙佐助要背叛木葉加入他的隊伍，佐助開出條件是要櫻動手殺掉香磷。就在櫻準備用毒苦無刺殺佐助時，佐助早已先下手為強想殺害櫻，跟蹤許久的卡卡西飛身救下櫻，並與佐助對戰。
卡卡西明白佐助真的墮落了。想到了第七班的過去，他決定自己要背負這個重擔，於是與佐助展開戰鬥。卡卡西指出自己不想殺佐助，並勸導他放棄複仇，但這更加深了佐助的憤怒，使出了須佐能乎完全體攻擊卡卡西。卡卡西躲避不了便使出神威勉強將須佐的箭轉移到異空間。佐助因為過度使用萬花筒寫輪眼而突然失去了光明，而櫻在身後欲攻擊佐助，然而卻舉棋不定。佐助毫不留情地攻擊了櫻，而卡卡西因為使出了神威導致身體反應遲鈍，已經趕不上去救櫻，幸而鳴人及時趕到使櫻免遭其害。
五大忍國與“麵具男宇智波斑”之間的戰爭，忍者聯軍八萬忍者集結主要分為五大部隊。第三部隊是中短距離支援部隊，由兼備速度和體力的忍者組成，旗木卡卡西擔任隊長。
卡卡西結束和被藥師兜穢土轉生複活的忍刀七人眾的戰鬥後，與阿凱在“斑”欲吸收鳴人的一瞬間夾擊“斑”，但被“斑”覺並且躲過，成功救出了鳴人。
在與“斑”的對戰中因不敵“斑”，而與被“斑”控製的尾獸僵持，僵持一段時間後，尾獸集體準備發出尾獸玉攻擊卡卡西與阿凱，危急時刻，卡卡西欲使出神威將尾獸玉轉移，阿凱卻認為尾獸玉過於巨大無法全部轉移，欲犧牲自己開八門遁甲的第八門死門來抵擋尾獸玉，最終被鳴人九尾模式所救，“斑”使用九大尾獸的查克拉複活十尾，忍者聯軍抵達戰場，在忍者聯軍的接連攻擊下將十尾暫時控製住，此時卡卡西已經很累，被鳴人傳輸了九尾的查克拉以後，體力恢複。
鳴人用螺旋丸攻擊帶土，“斑”用宇智波團扇反彈。於是使出迷你尾獸玉向“斑”發動攻擊卻穿身而過。邁特凱的攻擊也是穿身而過。鳴人四人碰不到“斑”的身體。一切皆為徒勞.......
卡卡西趁機用神威試圖弄斷外道魔像的腦袋，被“斑”用時空間忍術解除。鳴人等無法對魔像下手，隻能先擊敗帶土。卡卡西扔了一隻苦無，還是穿身而過，苦無飛向鳴人。苦無被卡卡西用神威傳送走。攻擊結束後，“斑”的麵具上多了一道裂痕。卡卡西認為產生裂痕的成因是被傳送到異空間的苦無！卡卡西的神威異空間和“斑”異空間相通！隨後在異空間把“斑”炸傷的螺旋丸證明了這一點。
卡卡西質問“斑”：“你是從哪得到這個眼睛的！？”“斑”迴答：“硬說的話，是在神無毗橋之戰！”卡卡西震驚地準備說出麵具男的名字。卡卡西用神威將鳴人分身轉移到異空間，“斑”未注意。在異空間中，“斑”的麵具被鳴人的影分身用螺旋丸打碎。[22]“斑”的真麵目竟然是昔日隊友宇智波帶土。卡卡西十分驚詫，質問帶土為什麽走上這樣一條路，帶土冷冷的迴答：“我的生死已經無關緊要了，如果要問我為什麽會活下去的話，也是因為你對琳見死不救！”“我對你已經無話可說，剩下的隻有這最後的決戰！”隨後真正的宇智波斑也來到眾人麵前。
宇智波斑前去對付八尾與九尾，帶土則對戰卡卡西，帶土將查克拉變為數十個巨型手裏劍扔出，卡卡西發動土遁防禦，但被帶土穿過並砍傷了卡卡西的腿，阻止卡卡西逃跑用神威將其吸入異空間。卡卡西神威扭開異空間出來。帶土轉身跳起用膝蓋重創卡卡西，用雙十字手裏劍戳穿卡卡西胸膛，瞬間血流不止。
緊要關頭，鳴人分身保護了卡卡西。帶土使出木遁束縛住九尾鳴人，要用神威再將卡卡西吸入，但正處於虛弱的卡卡西被吸入進去後就無法發動神威的查克拉，一旦被吸入就無法出去。情急之下無法動彈的鳴人用腦門撞了帶土。帶土被撞飛。這時九尾把大量查克拉傳給了卡卡西。帶土卻趁機把卡卡西吸到異空間.......九尾攻擊帶土，帶土虛化。在異空間的卡卡西趁機襲擊帶土，將其重創。
在佐助和四影趕往戰場之際，卡卡西和帶土進入異空間展開激烈的戰鬥，兩人在雙殺的瞬間分別使用雷切與黑棒互相穿透雙方的身體，帶土也因此毀掉了斑埋入的禁錮咒符。隨後帶土發動神威離開了異空間。
在十尾人柱力帶土摧毀忍界之際，卡卡西因傷勢過重而停留在異空間中使用醫療忍術針線縫補自己的傷口，在十尾人柱力帶土被忍者聯軍、漩渦鳴人以及宇智波佐助擊倒之際，卡卡西利用神威從異空間出來手持苦無打算殺掉帶土，以親手了結二人之間的羈絆。水門不讓卡卡西動手，並對兩個人進行教誨，指出卡卡西沒有及時從內心深處改正帶土的錯誤，卡卡西第一次向水門吐露心聲。
緊接著斑也到達現場。為了取迴輪迴眼，斑開始再次勸誘帶土，為了阻止帶土走向斑，我愛羅雙手拍地使用沙漠波，卡卡西左眼釋放神威，水門向斑的腳下扔出一支三叉式苦無，緊接著，水門使用仙人模式，我愛羅的沙子在帶土的麵前變為一麵牆，打算以此阻止帶土前往斑，卡卡西的神威也企圖將帶土吸入異空間，接著，水門通過斑腳邊的三叉式苦無的術式來到斑的麵前發動螺旋丸向斑展開攻擊，然而卻被斑無視，使用六道禪杖瞬間打斷了水門的左臂，令其無法恢複。
隨後斑一腳將手持螺旋丸的左臂踢開，接著斑直接將水門踢開，隨後，手持螺旋丸的左臂與水門同時擊中在我愛羅與卡卡西的身上，因此，三人的攻擊被斑瞬間化解。
在鳴人佐助與斑的對決中，斑為了集齊自己的一對輪迴眼。他以迅雷不及掩耳之勢奪取了卡卡西的左眼萬花筒寫輪眼，並將其放入自己的左眼處，接著斑發動神威進去異空間取迴自己的輪迴眼。
隨後失去左眼的卡卡西被鳴人使用陰陽遁將其創造出一個普通的眼睛。
在斑發動無限月讀之際，卡卡西和原第七班成員（漩渦鳴人，宇智波佐助，春野櫻）被佐助的完全體須佐能乎保護，因此沒有受到無限月讀的影響。
無限月讀開啟後卡卡西提出將第七班領導權交給擁有輪迴眼的佐助，遭到了鳴人的反對、但佐助並沒有表示出自己真實的想法，之後宇智波斑遭到了黑絕的背叛，黑絕利用斑複活了大筒木輝夜。
大筒木輝夜複活後，小櫻本想衝上前去但被卡卡西製止，勸誡小櫻不經過思考的行動毫無意義。之後輝夜發動術時卡卡西、小櫻和帶土險些掉入岩漿中，卡卡西用一端係著苦無的卷軸救了自己和小櫻，另一邊用苦無定住了帶土的一隻手使他免於掉入岩漿中。最後在佐助和鳴人的幫助下成功脫險。與鳴人，佐助一同對抗大筒木輝夜。
一息尚存的帶土利用輝夜進入時空間的空檔使用神威成功與小櫻和卡卡西進入到神威的時空間中，帶迴了佐助。
佐助迴來以後輝夜打開了超重力場，企圖用屍骨脈幹掉鳴佐二人，但屍骨脈被卡卡西和帶土擋下，帶土用神威轉移掉了屍骨脈救下了他，自己卻光榮犧牲，在另一個世界裏見到了野原琳。琳為卡卡西和帶土仍然有深深的羈絆而感到高興，可是帶土說在到那個世界之前要幫助卡卡西，因為他對卡卡西跟稻草人一樣站在那裏看不過去（日文中卡卡西“和”稻草人“同音）。帶土用神威進入了卡卡西的精神世界，跟卡卡西進行了一番對白之後將雙眼給予卡卡西，卡卡西利用雙眼開啟了完全體須佐能乎救了小櫻一命，並打算和帶土等所有人一起見證這一切。最終在卡卡西的指導下，第七班合力封印了大筒木輝夜以及黑絕。
第四次忍界大戰結束後，旗木卡卡西接替綱手成為火影，因為佐助解除無限月讀的功績以及鳴人的懇求，而對佐助以前犯下的罪過不予追究。若幹年後，漩渦鳴人接替卡卡西成為火影。
在新一屆五影會談中，由奈良鹿丸擔任鳴人的護衛。鳴人在位期間，鹿丸和他是完美搭檔，他們之間的組合像極了當初的初代火影柱間與二代火影扉間；一個擁有強大實力和美好的暢想，一個擁有將其實現的頭腦。
鳴人繼承了曆代火影與木葉前輩忍者們所傳承的火之意誌，以此守護著木葉與忍界的和平。
退休後的卡卡西常常與阿凱一起，去以前戰鬥過的地方走走，迴顧一下那過去的青春。猿飛未來作為二人的隨從。
雖然很多人都是說卡卡西，不過是一個稍微沾了點木葉當時窘境而撿到了火影的男人，但是其本身，便是有著極為出色的力量跟忍術，哪怕他不是火影，也是十分強大的影級忍者。
而他在木葉當火影的那麽一點點時間，也足以證明，他配得上那個火影的名頭。
至於能不能比肩火影岩的那幾位，還是有點掙紮的，畢竟他當火影的時間也沒有多久嘛不是，算得上是一個小毛頭而已。
但他，真的是一個十分不錯的火影，至少在林奇心中他無可或缺。
在卡卡西和鳴人等人接受了c級任務，要護送建築工人達茲納迴國，但途中遇上被波之國無良商人卡多雇傭的叛忍桃地再不斬和白，卡卡西兩次與再不斬交手。
第一次，卡卡西中了再不斬的計謀，被水牢之術困住，幸好鳴人及時相救。之後卡卡西使用寫輪眼，複製再不斬的水遁·水龍彈之術，將其擊敗，但也因為查克拉消耗過大休養了一段時間。
第二次，卡卡西使出追牙術，困住再不斬，然後使用雷切，但這一招卻被白拚死擋住，見白已死，心灰意冷的再不斬犧牲了自己的性命，反過來把作惡多端的卡多殺死。根據他臨終前的托付，卡卡西把再不斬、白連同再不斬的斬首大刀葬在一起。
在中忍考試中，卡卡西一直在旁邊觀看鳴人等三個學生的比賽。當佐助在第一戰勝出後，卡卡西就把大蛇丸留在佐助脖子的天之咒印暫時封印。然而卻遇上了傳說中“三忍”之一——大蛇丸，企圖帶走佐助，卡卡西便向大蛇丸展示自創秘技--雷切及開啟寫輪眼，還警告大蛇丸如欲帶走佐助，決定與他同歸於盡。
不過大蛇丸就暗示卡卡西根本沒有這種能力殺死他，但亦沒有立刻帶走佐助，轉眼便離開了。卡卡西亦意識到自己沒有殺死大蛇丸的能力。
後來卡卡西在第三場正式考試前，努力訓練跟他有相同“雷”屬性的佐助。
卡卡西對佐助進行了多日刻苦的訓練後，終於讓佐助完成可克製我愛羅“砂防禦”的“千鳥”；並在佐助比賽資格快要被取消的那一刻，及時把佐助送到中忍考試會場內。然而，就在佐助跟我愛羅進行激戰之際，大蛇丸突然對木葉隱村發動了攻擊，而佐助亦追趕被千鳥打傷的我愛羅。
另一方麵，卡卡西則解開了音忍藥師兜對會場觀眾釋放的幻術，他命令春野櫻把中了幻術的漩渦鳴人及奈良鹿丸（實際上早已自行解了幻術）喚醒，並跟忍犬帕克一起、前往阻止佐助追擊我愛羅。大蛇丸更聯同砂忍合力進攻木葉村，我愛羅的任務之一就是在大蛇丸進攻的同時發動一尾，可惜由於他的情緒波動在中忍考試時已經提前發動了一尾，但被佐助的千鳥打傷後被手鞠和勘九郎帶走，之後他安定下來再次發動一尾，佐助趕上跟我愛羅大戰，可惜佐助始終不敵一尾，一尾正想殺佐助之時嗚人及時趕到救下佐助，更發動前所未見的力量最後和我愛羅打得兩敗俱傷。
卡卡西則聯同阿凱，應付密集如雲的音忍及砂忍。結果大蛇丸計劃失敗，但三代火影亦付出了自己的生命。就在三代目火影的喪禮進行前，卡卡西自己一人前往英雄慰靈碑處，悼念過去死去的隊友——宇智波帶土。
就在木葉崩潰戰後不久、百廢待興時，兩名隸屬於神秘組織——“曉”的s級叛忍來到了木葉村。其中一人就是佐助的哥哥宇智波鼬，另外一人是前“忍刀七人眾”之一的幹柿鬼鮫。他們前來木葉的目的，就是為了逮捕“九尾人柱力”——漩渦鳴人。中途卻遇上了兩名正在巡邏的上忍——猿飛阿斯瑪及夕日紅，並打了起來。但鼬及鬼鮫的實力實在太強，阿斯瑪跟紅不久就敗下陣來。
此時，卡卡西剛好趕到，複製鬼鮫的水鮫彈之術，並把鬼鮫逼退。他質問鼬迴來的目的，瞬間又跟鼬進行激戰，僅僅隻是短暫的交手，鼬便將卡卡西、阿斯瑪和紅逼入劣勢，同時卡卡西為了保護其他兩人以及寫輪眼的副作用而有些疲憊。
他深知鼬寫輪眼幻術的厲害，所以勸阿斯瑪及紅閉上眼睛，以免中了幻術。卡卡西認為隻有自己的寫輪眼才能對付寫輪眼，但誰不知鼬的寫輪眼是進化了的萬花筒寫輪眼，實力差距太大；再加上卡卡西沒有宇智波一族的血統，不能熟練運用寫輪眼，用了不久體力便應付不了。因此，鼬隻使出了一招幻術--月讀，就令卡卡西的精神崩潰，像是快要被鼬千刀萬剮似的，沒辦法繼續作戰。由於鼬知道卡卡西認識“曉”，所以便決定要把他帶走，並讓鬼鮫攻擊阿斯瑪及紅。幸虧好友邁特凱及時趕到，把鬼鮫踢開，成功救出卡卡西、阿斯瑪及紅。鼬知道阿凱不是個簡單的人物，不欲多戰，便跟鬼鮫離去。而卡卡西則需到醫院接受治療，直到綱手把他救醒為止。
自佐助執行任務以來，多次需要鳴人的協助才能逃過危機，於是佐助開始對鳴人的能力感到嫉妒。卡卡西對此是非常清楚的，於是當佐助跟鳴人在醫院天台對戰時，他及時阻止二人的戰鬥，並化解了他們的螺旋丸及千鳥攻擊。
之後佐助獨自在樹上沉思時，卡卡西便試圖開解他，認為失去親人固然悲痛，但卡卡西自己也曾嚐過這種滋味；卡卡西說：“現在你已經有鳴人這些朋友了，應放下複仇之事。”之後音忍四人眾來找尋佐助更向他攻擊，臨走的時候跟佐助說如果想得到力量就來找大蛇丸，此話一直被佐助記住。卡卡西的一番話並未真正令佐助茅塞頓開。為了追尋強大的力量，佐助決定跟隨音忍四人眾叛離木葉隱村。
鹿丸四人小隊出發，鳴人和佐助苦戰也沒有成功將他帶迴，佐助開啟了咒印的力量擊倒鳴人後離開。綱手向卡卡西下達了s級任務，但是被卡卡西拒絕並表示這次是認真的。卡卡西趕到終結之穀時，佐助跟鳴人的決鬥已結束，隻剩下鳴人倒在地上；他唯有把鳴人先帶迴村裏醫治，再做下一步打算。
而在曉組織捉去了擁有一尾力量的人柱力五代目風影我愛羅。砂忍向木葉求援，木葉派出卡卡西班，砂隱的千代婆婆其後一同加入。五代目火影綱手再派出凱班作增援，兩班分別在途中遇上‘曉’的成員宇智波鼬和鬼鮫（實質上隻是幻化成的替身，力量隻有本體的三成）。後來與鳴人合作，及鳴人使出螺旋丸加強版--大玉螺旋丸，將宇智波鼬的替身擊敗。之後再遇上“曉”的成員迪達拉及赤砂之蠍，迪達拉以我愛羅的屍體把性格衝動的鳴人引開。為了避免鳴人獨自行動，他從後麵追趕鳴人，留下櫻及千代婆婆暫時應付蠍。
為了節省時間，卡卡西開啟了萬花筒寫輪眼使用神威。但是此時卡卡西對他新的寫輪眼還不熟悉，還不能熟練的控製結界空間的位置和大小，瞳術打偏到了迪達拉的右手上，而且卡卡西在體力方麵亦明顯不能支撐這種術，很快就感到疲憊。掉下巨鳥的迪達拉變出分身，欲把他們全部炸死，卡卡西又用神威把他和爆炸一起轉移到了另一個空間。由於連續使用兩次萬花筒寫輪眼，卡卡西需要休息一段時間。期間由來自暗部的天藏（化名大和）暫代七班的隊長。
猿飛阿斯瑪在對決曉不死組合飛段、角都時犧牲，第十班矢誌為老師複仇。卡卡西主動請纓，暫作為第十班的隊長，去尋找飛段、角都。甫一對戰，卡卡西便用寫輪眼看出了角都的土屬性結印並以雷切破了其土遁硬化術並刺穿其心髒。誰知對方擁有多個從其他忍者搶來的心髒（連同本體的共五個）所以沒有死。並且角都能使用心髒所屬屬性的忍術。
後飛段去攻擊卡卡西，角都在後麵攻擊，企圖利用飛段的不死之身將卡卡西消滅，所幸被卡卡西及時躲開。後卡卡西發動雙手雷切替第十班成員擋去了角都的偽暗。這時候局麵以一敵二，非常不利……連續的消耗使卡卡西喘不過氣來；不過，最令卡卡西驚訝的，就是角都居然曾經跟初代火影對戰過。
這時角都欲以卡卡西的心髒填補被雷切摧毀的心髒。麵對角都的風火遁攻擊，卡卡西用水陣壁抵擋，但風火克水；趁卡卡西不注意，角都用“地怨虞”將他綁住，準備強行用血管挖出卡卡西的心髒。
然而，卡卡西在之前就取得了角都的血液並把它交給鹿丸，飛段被鹿丸所騙誤用角都的血液使用咒術，角都心髒被破倒地。但角都卻突然將全身的觸手伸出，把卡卡西他們綁著，情況不利。卡卡西欲使出萬花筒寫輪眼，這時大和，鳴人等趕到，最後角都被鳴人的風遁螺旋手裏劍擊倒。而卡卡西以雷切擊敗倒在地上、動彈不得的角都，摧毀他最後一個心髒，後把角都的屍體帶迴木葉村給綱手研究。
為得知曉的情報，追尋佐助的下落，木葉決定鎖定鼬，新七班和第八班聯手行動。
後眾人與“曉”的新成員——一個戴著麵具、自稱“宇智波斑”的神秘男子對戰。“麵具男”憑借出神入化的時空間忍術將木葉眾人玩弄於股掌之中，眾人的攻擊均對其無效。之後絕突然出現，宣告佐助和鼬的戰鬥已經結束，鼬已死亡。達到目的“斑”離開，向卡卡西顯露寫輪眼，並搶先一步趕到決戰現場，和絕一起帶走了佐助。
而突然佩恩六道突然來襲，木葉陷入混亂局麵。正當伊魯卡老師照顧受傷的木葉忍者時，遇上了佩恩天道，幸好卡卡西及時相救才沒事，卡卡西快速躲開佩恩的攻擊，並結印召喚土流壁，欲以雷切攻擊，卻被佩恩使用神羅天征彈開。卡卡西又召喚雷分身，發出雷犬試探。可是雷犬也被吸收。後修羅道也出現，聯合萬象天引，卡卡西的雷分身被破。
此時卡卡西已經了解到佩恩的部分能力就是“類似於引力和斥力”的東西。二對一的情況絕對不利……秋道父子趕到攻向佩恩，修羅道被之前破掉的雷分身擊中，無法逃脫而被“打扁”。卡卡西告知丁次父子，佩恩能力的5秒間隔時間和自己的計劃。隨後，卡卡西佯裝從地底突襲佩恩，佩恩被迫又一次使出神羅天征將卡卡西彈開，在天道走近卡卡西欲攻擊他之時，秋道父子出動肉彈戰車攻擊佩恩，實則是要借佩恩的能力將他們彈開。
佩恩以為隻是單純的攻擊，卻沒想到卡卡西在實行地麵攻擊之前就將鐵鏈布置在了地下。佩恩天道被牢牢地束縛在了中間，卡卡西用雷切準備攻擊。
可是這時，未被殺死的修羅道卻出現在卡卡西的雷切前，這為天道再次使用“神羅天征”爭取時間。天道害怕卡卡西還有其他打算，打算和卡卡西保持一定距離，用釘子射向卡在廢墟中無法動彈的卡卡西，但被卡卡西用神威轉移。
修羅道向丁次發射了跟蹤導彈，此時卡卡西的查克拉已所剩不多，但是他最後發動了神威將導彈轉移到異空間，保護丁次。因為卡卡西說：這是為了拯救木葉的最好方法——將自己好不容易得來的情報交給能離開的人。虛耗過度的卡卡西，想起了琳、帶土、四代目火影以及他父親……綱手通過通靈獸感知到卡卡西的狀況後，憤怒的破壞一根柱子……鳴人迴到木葉後，因變成仙人模式可以感覺到大家的查克拉，但沒有感覺到卡卡西的查克拉。後鳴人成功感化佩恩的本體——長門，長門運用外道·輪迴天生之術使全木葉村所有人複活。卡卡西在精神世界中見到父親後醒來。
五影會談期間，綱手在佩恩一戰後仍然昏迷，火之國召開會議推選新的火影，卡卡西被奈良鹿久提名為火影候選人，並受到火之國大名和高層認可，然而在團藏的影響下，大名任命團藏為六代火影。團藏下達了追捕佐助的命令，鳴人執意反對，卡卡西開導鳴人，並對佐井表示信任。卡卡西、大和與鳴人三人小隊暗地離開木葉，途中遇到雷影一行人。鳴人跪地懇求無效，卡卡西也幫忙勸說未果。
“麵具男宇智波斑”再次不請自來，被大和用木遁束縛，卡卡西以雷切威脅“斑”說出目的。“斑”說了一番大道理後以時空間忍術離開。我愛羅推薦旗木卡卡西，受到眾影認可。
木葉與鳴人同期的學員商議由他們解決佐助。櫻作為代表與佐井、小李、牙一行找到鳴人，向鳴人告白，鳴人不解其意，櫻憤怒離去。佐井分身出現，說明真相，向鳴人解釋了櫻的想法。眾人驚訝，卡卡西已猜出大概，櫻想自己去解決佐助。
隨後，風影我愛羅一行人來到，告知了卡卡西五影會議推薦他為火影之事。卡卡西表示他對火影之名沒有興趣，但既然需要他會擔起這個責任。
在找到剛剛殺死團藏的櫻欺騙佐助要背叛木葉加入他的隊伍，佐助開出條件是要櫻動手殺掉香磷。就在櫻準備用毒苦無刺殺佐助時，佐助早已先下手為強想殺害櫻，跟蹤許久的卡卡西飛身救下櫻，並與佐助對戰。
卡卡西明白佐助真的墮落了。想到了第七班的過去，他決定自己要背負這個重擔，於是與佐助展開戰鬥。卡卡西指出自己不想殺佐助，並勸導他放棄複仇，但這更加深了佐助的憤怒，使出了須佐能乎完全體攻擊卡卡西。卡卡西躲避不了便使出神威勉強將須佐的箭轉移到異空間。佐助因為過度使用萬花筒寫輪眼而突然失去了光明，而櫻在身後欲攻擊佐助，然而卻舉棋不定。佐助毫不留情地攻擊了櫻，而卡卡西因為使出了神威導致身體反應遲鈍，已經趕不上去救櫻，幸而鳴人及時趕到使櫻免遭其害。
五大忍國與“麵具男宇智波斑”之間的戰爭，忍者聯軍八萬忍者集結主要分為五大部隊。第三部隊是中短距離支援部隊，由兼備速度和體力的忍者組成，旗木卡卡西擔任隊長。
卡卡西結束和被藥師兜穢土轉生複活的忍刀七人眾的戰鬥後，與阿凱在“斑”欲吸收鳴人的一瞬間夾擊“斑”，但被“斑”覺並且躲過，成功救出了鳴人。
在與“斑”的對戰中因不敵“斑”，而與被“斑”控製的尾獸僵持，僵持一段時間後，尾獸集體準備發出尾獸玉攻擊卡卡西與阿凱，危急時刻，卡卡西欲使出神威將尾獸玉轉移，阿凱卻認為尾獸玉過於巨大無法全部轉移，欲犧牲自己開八門遁甲的第八門死門來抵擋尾獸玉，最終被鳴人九尾模式所救，“斑”使用九大尾獸的查克拉複活十尾，忍者聯軍抵達戰場，在忍者聯軍的接連攻擊下將十尾暫時控製住，此時卡卡西已經很累，被鳴人傳輸了九尾的查克拉以後，體力恢複。
鳴人用螺旋丸攻擊帶土，“斑”用宇智波團扇反彈。於是使出迷你尾獸玉向“斑”發動攻擊卻穿身而過。邁特凱的攻擊也是穿身而過。鳴人四人碰不到“斑”的身體。一切皆為徒勞.......
卡卡西趁機用神威試圖弄斷外道魔像的腦袋，被“斑”用時空間忍術解除。鳴人等無法對魔像下手，隻能先擊敗帶土。卡卡西扔了一隻苦無，還是穿身而過，苦無飛向鳴人。苦無被卡卡西用神威傳送走。攻擊結束後，“斑”的麵具上多了一道裂痕。卡卡西認為產生裂痕的成因是被傳送到異空間的苦無！卡卡西的神威異空間和“斑”異空間相通！隨後在異空間把“斑”炸傷的螺旋丸證明了這一點。
卡卡西質問“斑”：“你是從哪得到這個眼睛的！？”“斑”迴答：“硬說的話，是在神無毗橋之戰！”卡卡西震驚地準備說出麵具男的名字。卡卡西用神威將鳴人分身轉移到異空間，“斑”未注意。在異空間中，“斑”的麵具被鳴人的影分身用螺旋丸打碎。[22]“斑”的真麵目竟然是昔日隊友宇智波帶土。卡卡西十分驚詫，質問帶土為什麽走上這樣一條路，帶土冷冷的迴答：“我的生死已經無關緊要了，如果要問我為什麽會活下去的話，也是因為你對琳見死不救！”“我對你已經無話可說，剩下的隻有這最後的決戰！”隨後真正的宇智波斑也來到眾人麵前。
宇智波斑前去對付八尾與九尾，帶土則對戰卡卡西，帶土將查克拉變為數十個巨型手裏劍扔出，卡卡西發動土遁防禦，但被帶土穿過並砍傷了卡卡西的腿，阻止卡卡西逃跑用神威將其吸入異空間。卡卡西神威扭開異空間出來。帶土轉身跳起用膝蓋重創卡卡西，用雙十字手裏劍戳穿卡卡西胸膛，瞬間血流不止。
緊要關頭，鳴人分身保護了卡卡西。帶土使出木遁束縛住九尾鳴人，要用神威再將卡卡西吸入，但正處於虛弱的卡卡西被吸入進去後就無法發動神威的查克拉，一旦被吸入就無法出去。情急之下無法動彈的鳴人用腦門撞了帶土。帶土被撞飛。這時九尾把大量查克拉傳給了卡卡西。帶土卻趁機把卡卡西吸到異空間.......九尾攻擊帶土，帶土虛化。在異空間的卡卡西趁機襲擊帶土，將其重創。
在佐助和四影趕往戰場之際，卡卡西和帶土進入異空間展開激烈的戰鬥，兩人在雙殺的瞬間分別使用雷切與黑棒互相穿透雙方的身體，帶土也因此毀掉了斑埋入的禁錮咒符。隨後帶土發動神威離開了異空間。
在十尾人柱力帶土摧毀忍界之際，卡卡西因傷勢過重而停留在異空間中使用醫療忍術針線縫補自己的傷口，在十尾人柱力帶土被忍者聯軍、漩渦鳴人以及宇智波佐助擊倒之際，卡卡西利用神威從異空間出來手持苦無打算殺掉帶土，以親手了結二人之間的羈絆。水門不讓卡卡西動手，並對兩個人進行教誨，指出卡卡西沒有及時從內心深處改正帶土的錯誤，卡卡西第一次向水門吐露心聲。
緊接著斑也到達現場。為了取迴輪迴眼，斑開始再次勸誘帶土，為了阻止帶土走向斑，我愛羅雙手拍地使用沙漠波，卡卡西左眼釋放神威，水門向斑的腳下扔出一支三叉式苦無，緊接著，水門使用仙人模式，我愛羅的沙子在帶土的麵前變為一麵牆，打算以此阻止帶土前往斑，卡卡西的神威也企圖將帶土吸入異空間，接著，水門通過斑腳邊的三叉式苦無的術式來到斑的麵前發動螺旋丸向斑展開攻擊，然而卻被斑無視，使用六道禪杖瞬間打斷了水門的左臂，令其無法恢複。
隨後斑一腳將手持螺旋丸的左臂踢開，接著斑直接將水門踢開，隨後，手持螺旋丸的左臂與水門同時擊中在我愛羅與卡卡西的身上，因此，三人的攻擊被斑瞬間化解。
在鳴人佐助與斑的對決中，斑為了集齊自己的一對輪迴眼。他以迅雷不及掩耳之勢奪取了卡卡西的左眼萬花筒寫輪眼，並將其放入自己的左眼處，接著斑發動神威進去異空間取迴自己的輪迴眼。
隨後失去左眼的卡卡西被鳴人使用陰陽遁將其創造出一個普通的眼睛。
在斑發動無限月讀之際，卡卡西和原第七班成員（漩渦鳴人，宇智波佐助，春野櫻）被佐助的完全體須佐能乎保護，因此沒有受到無限月讀的影響。
無限月讀開啟後卡卡西提出將第七班領導權交給擁有輪迴眼的佐助，遭到了鳴人的反對、但佐助並沒有表示出自己真實的想法，之後宇智波斑遭到了黑絕的背叛，黑絕利用斑複活了大筒木輝夜。
大筒木輝夜複活後，小櫻本想衝上前去但被卡卡西製止，勸誡小櫻不經過思考的行動毫無意義。之後輝夜發動術時卡卡西、小櫻和帶土險些掉入岩漿中，卡卡西用一端係著苦無的卷軸救了自己和小櫻，另一邊用苦無定住了帶土的一隻手使他免於掉入岩漿中。最後在佐助和鳴人的幫助下成功脫險。與鳴人，佐助一同對抗大筒木輝夜。
一息尚存的帶土利用輝夜進入時空間的空檔使用神威成功與小櫻和卡卡西進入到神威的時空間中，帶迴了佐助。
佐助迴來以後輝夜打開了超重力場，企圖用屍骨脈幹掉鳴佐二人，但屍骨脈被卡卡西和帶土擋下，帶土用神威轉移掉了屍骨脈救下了他，自己卻光榮犧牲，在另一個世界裏見到了野原琳。琳為卡卡西和帶土仍然有深深的羈絆而感到高興，可是帶土說在到那個世界之前要幫助卡卡西，因為他對卡卡西跟稻草人一樣站在那裏看不過去（日文中卡卡西“和”稻草人“同音）。帶土用神威進入了卡卡西的精神世界，跟卡卡西進行了一番對白之後將雙眼給予卡卡西，卡卡西利用雙眼開啟了完全體須佐能乎救了小櫻一命，並打算和帶土等所有人一起見證這一切。最終在卡卡西的指導下，第七班合力封印了大筒木輝夜以及黑絕。
第四次忍界大戰結束後，旗木卡卡西接替綱手成為火影，因為佐助解除無限月讀的功績以及鳴人的懇求，而對佐助以前犯下的罪過不予追究。若幹年後，漩渦鳴人接替卡卡西成為火影。
在新一屆五影會談中，由奈良鹿丸擔任鳴人的護衛。鳴人在位期間，鹿丸和他是完美搭檔，他們之間的組合像極了當初的初代火影柱間與二代火影扉間；一個擁有強大實力和美好的暢想，一個擁有將其實現的頭腦。
鳴人繼承了曆代火影與木葉前輩忍者們所傳承的火之意誌，以此守護著木葉與忍界的和平。
退休後的卡卡西常常與阿凱一起，去以前戰鬥過的地方走走，迴顧一下那過去的青春。猿飛未來作為二人的隨從。
雖然很多人都是說卡卡西，不過是一個稍微沾了點木葉當時窘境而撿到了火影的男人，但是其本身，便是有著極為出色的力量跟忍術，哪怕他不是火影，也是十分強大的影級忍者。
而他在木葉當火影的那麽一點點時間，也足以證明，他配得上那個火影的名頭。
至於能不能比肩火影岩的那幾位，還是有點掙紮的，畢竟他當火影的時間也沒有多久嘛不是，算得上是一個小毛頭而已。
但他，真的是一個十分不錯的火影，至少在林奇心中他無可或缺。