三天後，自由貿易聯盟獲得消息，遠星城自毀，封住了血林走廊的出口，與感染者同歸於盡。遴選城對遠星704進行了盛大的全城追悼，並將704的商會成員與傭兵部隊追封為英雄，以紀念他們為了自由貿易聯盟安全所作出的貢獻。然而有許多流言在私下裏流傳，稱遠星704的覆滅遠非表麵上這麽簡單。感染潮爆發的那天晚上，還有不為人知的真相存在……
在拉紮羅夫融合母體細胞複生時，方舟科技會同步監測到母體病毒複蘇的波段。為了進一步追蹤這個母體波段，科技會的部分成員離開方舟重返舊大陸，並聯係上西陸的“自由貿易自由貿易聯盟”。麵對科技會同步的情報，自由貿易聯盟也意識到其中潛藏的巨大危機，雙方迅速達成協議：遴選城幫助科技會在大陸進行探索，作為交換，科技會為自由貿易聯盟提供科技防禦支持。
進駐遴選城的科技會，第一件事就是指派泰勒斯對聖托帕尼感染事件展開正式調查，被委托的商隊幸存者在海島實驗室帶迴了帝國的樣本。
經過方舟科技會與自由自由貿易自由貿易聯盟的一番調查，雙方鎖定了波動新的定位——多貝雪山的實驗室。為了不驚動帝國，雙方以尋找植物耐寒性研究資料的名義進入多貝雪山，搜尋被帝國帶走的拉紮羅夫。
然而帝國已先行一步，在多貝雪山上建立了軍工廠和駐軍營地，還在山道上布設了大量防禦設施與關卡。科技會與商隊成員正麵遭遇帝國的軍隊，
雙方發生武力衝突。交火中，拉紮羅夫意外蘇醒，母體與感染者的共鳴引發了雪山恐怖的感染潮爆發。
此後，三方勢力均失去了雪山現場的消息。自由貿易聯盟第一時間派遣了搜救隊伍，卻隻在野外找到一個古怪的幸存者。他自稱叫梅西耶，並且失去了此前的所有記憶。
搜救隊將他送迴了101駐地，並由科技會成員接手。他們試圖以梅西耶為突破口，弄清楚多貝雪山的災變，以及母體病毒的去向。
由於這個期間帝國與自由貿易自由貿易聯盟的不斷衝突，以及實驗室的多次實驗失敗，使得帝國內部產生矛盾。當初支持秋山真之的戈德曼家族，對災後新世界的安全與生活更為關注，
並不同意秋山真之耗費資源對母體的剿滅行動。而自由貿易自由貿易聯盟提供的“安全”“富足”的許諾，也造成了帝國內部間隙的加深。帝國內部出現了越來越多反對秋山真之的情緒和聲音。
在帝國內部不穩之際，遴選城下達了一個日常護送任務，讓101駐地接應一個貨物車隊。
然而車隊在途中被不明來曆的武裝人士伏擊，101駐地的商隊與傭兵得知消息後立即組織出城搜尋。商隊在科技會的協助下很快發現了劫匪蹤跡。搜尋隊伍一路循著蹤跡來到沙石堡。
就在商隊準備奪取貨物的時候，遭到了一群感染者的襲擊。商隊消滅威脅後，卻發現大量貨物已被轉移，隻在沙石堡的據點內找到一屋子被注射鎮定劑的俘虜。
搜尋隊把俘虜帶迴了101駐地，然而在對俘虜信息進行核對後發現，這群俘虜皆為帝國轄區居民，其中還有帝國元首秋山真之的妹妹：秋山光！
101駐地的市長賈斯汀嗅到陰謀的味道，預感101駐地將遭受滅頂之災。為此，他特意安排商隊幸存者前去安撫秋山光，避免不必要的爭端與誤解，
並主動聯係帝國示好，聲稱解救了秋山光，並願意將她護送迴帝國。
704的幽靈
由於遠星704自毀、阻斷了血林走廊，101駐地的護送行動隻能橫跨寶冠山脈、沿墜星海進入北陸。商會領袖之一盧卡斯作為自由貿易聯盟代表，與賈斯汀一同護送秋山光前往北陸。
然而即將到達交接儀式地點附近時，護送隊伍卻又遭遇了感染者襲擊，護送隊伍被衝散。危急時刻，賈斯汀與秋山光被一群自稱“遠星704”勢力的武裝力量搭救。這些人放走了賈斯汀，賈斯汀立刻趕去與盧卡斯匯合。帝國轄區莫名出現的感染者、死而複生的“遠星704”幽靈……這些線索組合起來，讓賈斯汀深覺此事背後醞釀著巨大陰謀。與盧卡斯匯合後，賈斯汀逼問盧卡斯這一切的緣由，卻被盧卡斯的傭兵敲暈。
盧卡斯將賈斯汀的隊伍關押，自己親自帶秋山光與帝國會麵。在與帝國的會麵時，賈斯汀和他所帶的人員已悉數被盧卡斯關押。他敏銳發現，看守自己等人的傭兵並非來自101駐地的人。他意識到，101駐地的人大概率已經被遠星704的人替換，恐要對會麵不利。為此，賈斯汀找準機會、秘密聯合部下進行了突圍，並趕到了交接儀式現場。此時，埋伏在盧卡斯身邊的遠星704戰士正舉槍射擊秋山光，帝國軍隊立即展開還擊、雙方陣營頓時大亂！賈斯汀隻來得及匆忙救下盧卡斯，帶著剩餘部隊逃迴101駐地。
在101駐地裏，盧卡斯麵對周圍荷槍實彈的商隊成員與傭兵，向賈斯汀坦白了遠星704全城“犧牲”的真相。
然而賈斯汀還未從錯綜的真相中理清頭緒，帝國的大炮已經轟向了101駐地。賈斯汀隻能率領101駐地的傭兵與商隊成員進行抵抗。有科技會陸行車的協助，他們勉強守住了101駐地的大門，戰爭進入了膠著階段。然而這樣的情況並沒有持續太久，一個神秘的男人潛入了101駐地市政廳，並徑直將梅西耶拖向戰場，一刀插進其肩膀。
這一舉動引發周圍劇變：帝國與自由貿易聯盟軍隊內部紛紛出現了變異的感染者，感染者數量無故增多，激活了陸行車的最高危機應對方案——無差別消滅生命體！帝國、自由貿易聯盟的士兵與無故變異的感染者，紛紛倒在了陸行車的炮火下。戰場上無人生還，帝國退兵，而梅西耶也不知去向。
鋼鐵入侵後，有諾貝利學院的幸存者學生聲稱，在高校內見過落單的秋山光和其秘書喀秋什卡的蹤跡，他們被一位教會的大人物帶走了。
因帝國元首的失蹤，帝國陷入了一片混亂。自由貿易聯盟內部不願放棄這個向北陸進一步拓展的好機會，於是遴選城傳來了最新消息——招募一批誌願者為先遣隊探索北陸區域，製定北陸城市的探索路線圖。而熟悉北陸的商隊成員英格麗，則被派往希望穀前去探查路線通道。糟糕的是，希望穀通往北陸城市萊文市的原通道已被損毀，
而更糟的是，英格麗在希望穀的實驗室發現了已被自由貿易聯盟認定死亡的救援隊員亞瑟。
從他口中，英格麗獲知了一個關於萊文市的可怕情報——那裏，正在醞釀著新的恐怖病毒進化。這一次，人類能活下來嗎？
在拉紮羅夫融合母體細胞複生時，方舟科技會同步監測到母體病毒複蘇的波段。為了進一步追蹤這個母體波段，科技會的部分成員離開方舟重返舊大陸，並聯係上西陸的“自由貿易自由貿易聯盟”。麵對科技會同步的情報，自由貿易聯盟也意識到其中潛藏的巨大危機，雙方迅速達成協議：遴選城幫助科技會在大陸進行探索，作為交換，科技會為自由貿易聯盟提供科技防禦支持。
進駐遴選城的科技會，第一件事就是指派泰勒斯對聖托帕尼感染事件展開正式調查，被委托的商隊幸存者在海島實驗室帶迴了帝國的樣本。
經過方舟科技會與自由自由貿易自由貿易聯盟的一番調查，雙方鎖定了波動新的定位——多貝雪山的實驗室。為了不驚動帝國，雙方以尋找植物耐寒性研究資料的名義進入多貝雪山，搜尋被帝國帶走的拉紮羅夫。
然而帝國已先行一步，在多貝雪山上建立了軍工廠和駐軍營地，還在山道上布設了大量防禦設施與關卡。科技會與商隊成員正麵遭遇帝國的軍隊，
雙方發生武力衝突。交火中，拉紮羅夫意外蘇醒，母體與感染者的共鳴引發了雪山恐怖的感染潮爆發。
此後，三方勢力均失去了雪山現場的消息。自由貿易聯盟第一時間派遣了搜救隊伍，卻隻在野外找到一個古怪的幸存者。他自稱叫梅西耶，並且失去了此前的所有記憶。
搜救隊將他送迴了101駐地，並由科技會成員接手。他們試圖以梅西耶為突破口，弄清楚多貝雪山的災變，以及母體病毒的去向。
由於這個期間帝國與自由貿易自由貿易聯盟的不斷衝突，以及實驗室的多次實驗失敗，使得帝國內部產生矛盾。當初支持秋山真之的戈德曼家族，對災後新世界的安全與生活更為關注，
並不同意秋山真之耗費資源對母體的剿滅行動。而自由貿易自由貿易聯盟提供的“安全”“富足”的許諾，也造成了帝國內部間隙的加深。帝國內部出現了越來越多反對秋山真之的情緒和聲音。
在帝國內部不穩之際，遴選城下達了一個日常護送任務，讓101駐地接應一個貨物車隊。
然而車隊在途中被不明來曆的武裝人士伏擊，101駐地的商隊與傭兵得知消息後立即組織出城搜尋。商隊在科技會的協助下很快發現了劫匪蹤跡。搜尋隊伍一路循著蹤跡來到沙石堡。
就在商隊準備奪取貨物的時候，遭到了一群感染者的襲擊。商隊消滅威脅後，卻發現大量貨物已被轉移，隻在沙石堡的據點內找到一屋子被注射鎮定劑的俘虜。
搜尋隊把俘虜帶迴了101駐地，然而在對俘虜信息進行核對後發現，這群俘虜皆為帝國轄區居民，其中還有帝國元首秋山真之的妹妹：秋山光！
101駐地的市長賈斯汀嗅到陰謀的味道，預感101駐地將遭受滅頂之災。為此，他特意安排商隊幸存者前去安撫秋山光，避免不必要的爭端與誤解，
並主動聯係帝國示好，聲稱解救了秋山光，並願意將她護送迴帝國。
704的幽靈
由於遠星704自毀、阻斷了血林走廊，101駐地的護送行動隻能橫跨寶冠山脈、沿墜星海進入北陸。商會領袖之一盧卡斯作為自由貿易聯盟代表，與賈斯汀一同護送秋山光前往北陸。
然而即將到達交接儀式地點附近時，護送隊伍卻又遭遇了感染者襲擊，護送隊伍被衝散。危急時刻，賈斯汀與秋山光被一群自稱“遠星704”勢力的武裝力量搭救。這些人放走了賈斯汀，賈斯汀立刻趕去與盧卡斯匯合。帝國轄區莫名出現的感染者、死而複生的“遠星704”幽靈……這些線索組合起來，讓賈斯汀深覺此事背後醞釀著巨大陰謀。與盧卡斯匯合後，賈斯汀逼問盧卡斯這一切的緣由，卻被盧卡斯的傭兵敲暈。
盧卡斯將賈斯汀的隊伍關押，自己親自帶秋山光與帝國會麵。在與帝國的會麵時，賈斯汀和他所帶的人員已悉數被盧卡斯關押。他敏銳發現，看守自己等人的傭兵並非來自101駐地的人。他意識到，101駐地的人大概率已經被遠星704的人替換，恐要對會麵不利。為此，賈斯汀找準機會、秘密聯合部下進行了突圍，並趕到了交接儀式現場。此時，埋伏在盧卡斯身邊的遠星704戰士正舉槍射擊秋山光，帝國軍隊立即展開還擊、雙方陣營頓時大亂！賈斯汀隻來得及匆忙救下盧卡斯，帶著剩餘部隊逃迴101駐地。
在101駐地裏，盧卡斯麵對周圍荷槍實彈的商隊成員與傭兵，向賈斯汀坦白了遠星704全城“犧牲”的真相。
然而賈斯汀還未從錯綜的真相中理清頭緒，帝國的大炮已經轟向了101駐地。賈斯汀隻能率領101駐地的傭兵與商隊成員進行抵抗。有科技會陸行車的協助，他們勉強守住了101駐地的大門，戰爭進入了膠著階段。然而這樣的情況並沒有持續太久，一個神秘的男人潛入了101駐地市政廳，並徑直將梅西耶拖向戰場，一刀插進其肩膀。
這一舉動引發周圍劇變：帝國與自由貿易聯盟軍隊內部紛紛出現了變異的感染者，感染者數量無故增多，激活了陸行車的最高危機應對方案——無差別消滅生命體！帝國、自由貿易聯盟的士兵與無故變異的感染者，紛紛倒在了陸行車的炮火下。戰場上無人生還，帝國退兵，而梅西耶也不知去向。
鋼鐵入侵後，有諾貝利學院的幸存者學生聲稱，在高校內見過落單的秋山光和其秘書喀秋什卡的蹤跡，他們被一位教會的大人物帶走了。
因帝國元首的失蹤，帝國陷入了一片混亂。自由貿易聯盟內部不願放棄這個向北陸進一步拓展的好機會，於是遴選城傳來了最新消息——招募一批誌願者為先遣隊探索北陸區域，製定北陸城市的探索路線圖。而熟悉北陸的商隊成員英格麗，則被派往希望穀前去探查路線通道。糟糕的是，希望穀通往北陸城市萊文市的原通道已被損毀，
而更糟的是，英格麗在希望穀的實驗室發現了已被自由貿易聯盟認定死亡的救援隊員亞瑟。
從他口中，英格麗獲知了一個關於萊文市的可怕情報——那裏，正在醞釀著新的恐怖病毒進化。這一次，人類能活下來嗎？