閘船艦隊開始作戰一個小時後，鄭成功率領的福船縱隊也投入戰鬥。
與閘船艦隊始終保持錐形不同，福船縱隊它劃過一條漂亮的弧線，從葡萄牙的右側劃過。
在“征東”號、“征西”號、“征北”“征南”4艘三桅福船戰艦的護衛下，鄭成功親率旗艦“大將軍”號，從葡萄牙艦隊的前頭劃過。
6點25分，“大將軍”號的左舷炮開始射擊。
第一次舷炮齊射就擊毀了蓋倫帆船“費迪南德“號的尾部，使200名水兵喪失了戰鬥力。
交火不久，“大將軍”號沿著葡萄牙艦隊的右側向後行駛，尋找敵人的旗艦。
“大將軍”號的拚命搜索中，突然發現在“若昂”號後的一艘戰艦上掛著海軍元帥霍利斯的帥棋，他就是“若奧由公爵”號。
鄭成功當即舉起寶劍指著“若奧由公爵”號，高聲喊道：“給我衝過去！”
副將黃悟聽到頓時嚇了一跳，喊道：“大將軍，這樣太危險了！你是主帥，這裏還需要你指揮，讓其艦隊殺過去！”
正殺到血氣翻騰的鄭成功哪裏聽的進去，怒噴道：“怕個鳥！給我撞過去，聽到沒有！”
在鄭成功強令下，“大將軍號”調轉船頭，冒著炮火強行朝著敵艦衝過去。
“大將軍”號利用自己的船型優勢，強行將“達伽馬”號撞開，利用左舷的18門火炮，向“達伽馬”的舷窗中猛轟，使它遭受了極大的損毀。
“大將軍”號就這樣硬生生擠進了敵艦中。
看到鄭家旗艦竟敢衝到自己的船艦中，哥丁霍高喊到：“快，快將敵人的旗艦給我擊沉！”
五六艘佛郎機的戰艦頓時調轉了炮口，狠狠的轟擊著“大將軍”號。
被射失的炮彈激蕩起的波濤海浪將“大將軍”號衝地如同過山車般上下跌蕩。
鄭成功左手死死抓著船繩防止自己被摔出船艦海，右手高舉著寶劍，渾然不顧唿嘯著穿過的火炮，怒吼著：“前進，給我衝。衝過去，用炮火將對方給撕碎！”
征東南西北四艘護衛福船看到“大將軍”號衝進敵軍中，正遭受著敵軍火炮圍攻，也顧不上其他，齊齊衝進來，護在它身邊，與敵軍對轟。
敵我雙方的距離相隔如此近，甚至對手的血都能濺到自己的臉上。
上百們火炮的炮轟下，戰艦上到處都是死屍，屍體沒有多少是能完整的。腦漿、斷腸撒的一地都是，景象非常之淒慘。
戰後收拾戰友的屍體時，久經戰場的老兵看到眼前的慘狀，很多人都忍不住嘔吐起來。
在其他船艦的護衛，“大將軍”號隻受了點輕傷就從敵軍衝出來，直朝對方的旗艦“若奧由公爵”撞過去。
來到佛郎機的旗艦“若奧由公爵”旁，“大將軍”號早已經準備好的28門火炮，立即對它展開了鋪天蓋地的炮擊。
一枚枚炮彈將“若奧裏公爵”號身上砸出了無數哥大洞，沒有多久，“若奧裏公爵”已經傷痕累累，
經過20分鍾的猛烈轟擊之後，“若奧裏公爵”號已變成了一個無法控製的空船殼，
下午7點16分，被打得千瘡百孔的“若奧裏公爵”號戰列艦沉沒，提督哥丁霍在旗艦沉沒時搭上小船逃上一艘小型蓋倫船逃走了。
此時天色已經昏暗，鄭家軍的士兵已經看不清海麵，讓哥丁霍順利逃上了一艘船。
佛郎機旗艦的沉沒，艦隊失去了統一指揮。各戰艦無人指揮，隻能各自為戰。
不占優勢佛郎機戰艦，每一艘幾乎要同時麵對三四艘鄭家艦隊的圍攻。
不到半小時，就有二十多艘佛郎機戰艦被鄭家戰艦擊毀，沉入海底。
逃上了蓋倫戰艦“馬丁內斯”號，哥丁霍看著混亂，陷入危機的佛郎機艦隊，終於知道佛郎機失敗了，已經再也挽不迴戰局了。
哥丁霍看著鋪滿佛郎機士兵屍體的海麵，流著淚下了撤退命令。
聽到撤退的命令，外圍的佛郎機戰艦根本顧不上還在奮戰的艦隊，顧不上還飄在海麵的戰友，慌忙奪路逃跑。
被鄭家戰艦包圍的佛朗機戰艦見到看到自家艦隊逃跑了，還在奮戰的他們頓時感到絕望了。
佛郎機士兵停止了抵抗，一個個扔掉了兵器。
為了活命，用能找到的白旗，諸如手帕、內衣等高高舉起，揮舞著。
看著佛郎機無數揮舞的白旗，鄭成功忍不住揚天長吼：“我們勝利了！”
聽到大將軍吼聲話，“大將軍”號上的戰士忘情地吼叫起來，“我們勝利了！”
那些奮戰的鄭家士兵聽到喊聲，看著停止抵抗的番鬼，瞬間將手中的兵器高高舉起，大聲怒道：“吼吼吼，我們勝利了！”
聲音高亢直衝雲霄。
炮火停止了，火槍聲也停止了，彌漫的硝煙、濃厚的火藥味仍籠罩在戰場上空。鮮血染紅了海麵，數十艘戰艦正在燃燒著。
澳門海戰，鄭家水師以沉沒12艘戰艦，受損28艘戰艦，死傷2107名戰士贏得了這場戰爭！
佛郎機艦隊損失慘重，137艘戰艦基本全部帶傷，當中31艘被擊沉，43艘嚴重擊損，就算拖迴也沒法修護好了。共有34艘戰艦，3000士兵做了鄭家水師的俘虜。
哥丁霍隻帶著30多艘戰艦以及4000多士兵狼狽逃走了。
此戰過後，佛郎機主力戰艦基本全部喪失，剩下的30多艘戰艦別說維護他們在東南亞的貿易商業，就連他們本土都照顧不來。
可以說佛郎機的勢力沒個三五十年是根本無法恢複了，但其他人會這麽輕易坐視他重新崛起嗎？
不要說鄭家水師不會放過這個機會，其他豪強列國也不會放過打擊佛郎機的機會。
被打懵了的佛郎機艦隊倉皇撤退，31艘戰艦逃往澳門。
到達澳門時候，哥丁霍發現他的處境是空前的惡劣。
一切的糧食，供應品都缺乏，根本不能供應給他那麽多士兵，還有1700餘人的病兵。
更加嚴重的是澳門不是葡萄牙，沒有那麽多炮彈給他補充，現在佛郎機艦隊正處在最虛弱的狀態中，炮彈嚴重匱乏。
不說現在損失慘重根本無力再戰，就算全盛時，如果沒有炮彈也不可能戰勝敵人。
哥丁霍派人將澳門搶劫一番後，連澳門總督馬士加路都顧不上，急忙上船向東帝汶逃去。
在海麵上修正了半天，將受損的船艦送迴去維修，押解佛郎機戰艦以及士兵去金門後，
鄭成功決定不給佛郎機艦隊留下生路，發出命令。“繼續攻擊敵艦！”
於是能站的艦隊鼓起風帆全速追擊逃跑的佛郎機艦隊。
佛郎機艦隊在前麵驚恐地逃跑，鄭家水師在後麵窮追猛打。有幾次，哥丁霍也試圖調過頭反擊鄭家水師，
可這不僅沒能傷害到鄭家水師，反而打亂了自己的隊形。在追追打打的過程中，7艘佛郎機戰艦遭到重創，沉入海底，鄭家戰艦卻隻受了輕微創傷。
佛郎機艦隊提督哥丁霍見大勢已去，去東帝汶無望，為了躲開鄭家水師的追擊，艦隊向南行駛，繞過馬六甲返迴葡萄牙。途中，艦隊不斷遭到風暴的襲擊，又損失了一些艦船，數千官兵因疾病、饑渴而喪命。1649年2月間，當艦隊返迴葡萄牙時，僅剩殘破艦船22艘。
追了兩天，緊追佛郎機艦隊的鄭成功發現自己的炮彈也快已打完了，隻好下令停止追擊。
至此，曆時近7天的澳門大海戰，以鄭家水師大獲全勝結束。
與閘船艦隊始終保持錐形不同，福船縱隊它劃過一條漂亮的弧線，從葡萄牙的右側劃過。
在“征東”號、“征西”號、“征北”“征南”4艘三桅福船戰艦的護衛下，鄭成功親率旗艦“大將軍”號，從葡萄牙艦隊的前頭劃過。
6點25分，“大將軍”號的左舷炮開始射擊。
第一次舷炮齊射就擊毀了蓋倫帆船“費迪南德“號的尾部，使200名水兵喪失了戰鬥力。
交火不久，“大將軍”號沿著葡萄牙艦隊的右側向後行駛，尋找敵人的旗艦。
“大將軍”號的拚命搜索中，突然發現在“若昂”號後的一艘戰艦上掛著海軍元帥霍利斯的帥棋，他就是“若奧由公爵”號。
鄭成功當即舉起寶劍指著“若奧由公爵”號，高聲喊道：“給我衝過去！”
副將黃悟聽到頓時嚇了一跳，喊道：“大將軍，這樣太危險了！你是主帥，這裏還需要你指揮，讓其艦隊殺過去！”
正殺到血氣翻騰的鄭成功哪裏聽的進去，怒噴道：“怕個鳥！給我撞過去，聽到沒有！”
在鄭成功強令下，“大將軍號”調轉船頭，冒著炮火強行朝著敵艦衝過去。
“大將軍”號利用自己的船型優勢，強行將“達伽馬”號撞開，利用左舷的18門火炮，向“達伽馬”的舷窗中猛轟，使它遭受了極大的損毀。
“大將軍”號就這樣硬生生擠進了敵艦中。
看到鄭家旗艦竟敢衝到自己的船艦中，哥丁霍高喊到：“快，快將敵人的旗艦給我擊沉！”
五六艘佛郎機的戰艦頓時調轉了炮口，狠狠的轟擊著“大將軍”號。
被射失的炮彈激蕩起的波濤海浪將“大將軍”號衝地如同過山車般上下跌蕩。
鄭成功左手死死抓著船繩防止自己被摔出船艦海，右手高舉著寶劍，渾然不顧唿嘯著穿過的火炮，怒吼著：“前進，給我衝。衝過去，用炮火將對方給撕碎！”
征東南西北四艘護衛福船看到“大將軍”號衝進敵軍中，正遭受著敵軍火炮圍攻，也顧不上其他，齊齊衝進來，護在它身邊，與敵軍對轟。
敵我雙方的距離相隔如此近，甚至對手的血都能濺到自己的臉上。
上百們火炮的炮轟下，戰艦上到處都是死屍，屍體沒有多少是能完整的。腦漿、斷腸撒的一地都是，景象非常之淒慘。
戰後收拾戰友的屍體時，久經戰場的老兵看到眼前的慘狀，很多人都忍不住嘔吐起來。
在其他船艦的護衛，“大將軍”號隻受了點輕傷就從敵軍衝出來，直朝對方的旗艦“若奧由公爵”撞過去。
來到佛郎機的旗艦“若奧由公爵”旁，“大將軍”號早已經準備好的28門火炮，立即對它展開了鋪天蓋地的炮擊。
一枚枚炮彈將“若奧裏公爵”號身上砸出了無數哥大洞，沒有多久，“若奧裏公爵”已經傷痕累累，
經過20分鍾的猛烈轟擊之後，“若奧裏公爵”號已變成了一個無法控製的空船殼，
下午7點16分，被打得千瘡百孔的“若奧裏公爵”號戰列艦沉沒，提督哥丁霍在旗艦沉沒時搭上小船逃上一艘小型蓋倫船逃走了。
此時天色已經昏暗，鄭家軍的士兵已經看不清海麵，讓哥丁霍順利逃上了一艘船。
佛郎機旗艦的沉沒，艦隊失去了統一指揮。各戰艦無人指揮，隻能各自為戰。
不占優勢佛郎機戰艦，每一艘幾乎要同時麵對三四艘鄭家艦隊的圍攻。
不到半小時，就有二十多艘佛郎機戰艦被鄭家戰艦擊毀，沉入海底。
逃上了蓋倫戰艦“馬丁內斯”號，哥丁霍看著混亂，陷入危機的佛郎機艦隊，終於知道佛郎機失敗了，已經再也挽不迴戰局了。
哥丁霍看著鋪滿佛郎機士兵屍體的海麵，流著淚下了撤退命令。
聽到撤退的命令，外圍的佛郎機戰艦根本顧不上還在奮戰的艦隊，顧不上還飄在海麵的戰友，慌忙奪路逃跑。
被鄭家戰艦包圍的佛朗機戰艦見到看到自家艦隊逃跑了，還在奮戰的他們頓時感到絕望了。
佛郎機士兵停止了抵抗，一個個扔掉了兵器。
為了活命，用能找到的白旗，諸如手帕、內衣等高高舉起，揮舞著。
看著佛郎機無數揮舞的白旗，鄭成功忍不住揚天長吼：“我們勝利了！”
聽到大將軍吼聲話，“大將軍”號上的戰士忘情地吼叫起來，“我們勝利了！”
那些奮戰的鄭家士兵聽到喊聲，看著停止抵抗的番鬼，瞬間將手中的兵器高高舉起，大聲怒道：“吼吼吼，我們勝利了！”
聲音高亢直衝雲霄。
炮火停止了，火槍聲也停止了，彌漫的硝煙、濃厚的火藥味仍籠罩在戰場上空。鮮血染紅了海麵，數十艘戰艦正在燃燒著。
澳門海戰，鄭家水師以沉沒12艘戰艦，受損28艘戰艦，死傷2107名戰士贏得了這場戰爭！
佛郎機艦隊損失慘重，137艘戰艦基本全部帶傷，當中31艘被擊沉，43艘嚴重擊損，就算拖迴也沒法修護好了。共有34艘戰艦，3000士兵做了鄭家水師的俘虜。
哥丁霍隻帶著30多艘戰艦以及4000多士兵狼狽逃走了。
此戰過後，佛郎機主力戰艦基本全部喪失，剩下的30多艘戰艦別說維護他們在東南亞的貿易商業，就連他們本土都照顧不來。
可以說佛郎機的勢力沒個三五十年是根本無法恢複了，但其他人會這麽輕易坐視他重新崛起嗎？
不要說鄭家水師不會放過這個機會，其他豪強列國也不會放過打擊佛郎機的機會。
被打懵了的佛郎機艦隊倉皇撤退，31艘戰艦逃往澳門。
到達澳門時候，哥丁霍發現他的處境是空前的惡劣。
一切的糧食，供應品都缺乏，根本不能供應給他那麽多士兵，還有1700餘人的病兵。
更加嚴重的是澳門不是葡萄牙，沒有那麽多炮彈給他補充，現在佛郎機艦隊正處在最虛弱的狀態中，炮彈嚴重匱乏。
不說現在損失慘重根本無力再戰，就算全盛時，如果沒有炮彈也不可能戰勝敵人。
哥丁霍派人將澳門搶劫一番後，連澳門總督馬士加路都顧不上，急忙上船向東帝汶逃去。
在海麵上修正了半天，將受損的船艦送迴去維修，押解佛郎機戰艦以及士兵去金門後，
鄭成功決定不給佛郎機艦隊留下生路，發出命令。“繼續攻擊敵艦！”
於是能站的艦隊鼓起風帆全速追擊逃跑的佛郎機艦隊。
佛郎機艦隊在前麵驚恐地逃跑，鄭家水師在後麵窮追猛打。有幾次，哥丁霍也試圖調過頭反擊鄭家水師，
可這不僅沒能傷害到鄭家水師，反而打亂了自己的隊形。在追追打打的過程中，7艘佛郎機戰艦遭到重創，沉入海底，鄭家戰艦卻隻受了輕微創傷。
佛郎機艦隊提督哥丁霍見大勢已去，去東帝汶無望，為了躲開鄭家水師的追擊，艦隊向南行駛，繞過馬六甲返迴葡萄牙。途中，艦隊不斷遭到風暴的襲擊，又損失了一些艦船，數千官兵因疾病、饑渴而喪命。1649年2月間，當艦隊返迴葡萄牙時，僅剩殘破艦船22艘。
追了兩天，緊追佛郎機艦隊的鄭成功發現自己的炮彈也快已打完了，隻好下令停止追擊。
至此，曆時近7天的澳門大海戰，以鄭家水師大獲全勝結束。