初，龜茲王布失畢妻阿史那氏與其相那利私通，布失畢不能禁，由是君臣猜阻，各有黨與，互來告難。上兩召之，既至，囚那利，遣左領軍郎將雷文成送布失畢歸國。至龜茲東境泥師城，龜茲大將羯獵顛發眾拒之，仍遣使降於西突厥沙缽羅可汗。布失畢據城自守，不敢進。詔左屯衛大將軍楊胄發兵討之。會布失畢病卒，胄與羯獵顛戰，大破之，擒羯獵顛及其黨，盡誅之，乃以其地為龜茲都督府。戊申，立布失畢之子素稽為龜茲王兼都督。
二月，丁巳，上發東都；甲戌，至京師。
夏，五月，癸未，徙安西都護府於龜茲，以舊安西夏為西州都督府，鎮高昌故地。
六月，營州都督兼東夷都護程名振、右領軍中郎將薛仁貴將兵攻高麗之赤烽鎮，拔之，斬首四百餘級，捕虜百餘人。高麗遣其大將豆方婁帥眾三萬拒之，名振以契丹逆擊，大破之，斬首二千五百級。
秋，八月，甲寅，播羅哀獠酋長多胡桑等帥眾內附。
冬，十月，庚申，吐蕃讚普來請婚。
中書令李義府有寵於上，諸子孩抱者並列清貴。而義府貪冒無厭，母、妻及諸子、女婿，賣官鬻獄，其門如市，多樹朋黨，傾動朝野。中書令杜正倫每以先進自處，義府恃恩，不為之下，由是有隙，與義府訟於上前。上以大臣不和，兩責之。十一月，乙酉，貶正倫橫州刺史，義府普州刺史。正倫尋卒於橫州。
阿史那賀魯既被擒，謂蕭嗣業曰：“我本亡虜，為先帝所存，先帝遇我厚而我負之，今日之敗，天所怒也。吾聞中國刑人必於市，願刑我於昭陵之前以謝先帝。”上聞而憐之。賀魯至京師，甲午，獻於昭陵。敕免其死，分其種落為六都督府，其所役屬諸國皆置州府，西盡波斯，並隸安西都護府。賀魯尋死，葬於頡利墓側。
戊戌，以許敬宗為中書令，大理卿辛茂將為兼侍中。
開府儀同三司鄂忠武公尉遲敬德薨。敬德晚年閑居，學延年術，修飾池台，奏清商樂以自奉養，不交通賓客，凡十六年。年七十四，以病終，朝廷恩禮甚厚。
是歲，愛州刺史褚遂良卒。
雍州司士許禕與來濟善，侍禦史張倫與李義府有怨，吏部尚書唐臨奏以禕為江南道巡察使，倫為劍南道巡察使。是時義府雖在外，皇後常保護之。以臨為挾私選授。
顯慶四年己未，公元六五九年春，二月，乙醜，免臨官。
三月，壬午，西突厥興昔亡可汗與真珠葉護戰於雙河，斬真珠葉護。
夏，四月，丙辰，以於誌寧為太子太師、同中書門下三品；乙醜，以黃門侍郎許圉師參知政事。
武後以太尉趙公長孫無忌受重賜而不助己，深怨之。及議廢王後，燕公於誌寧中立不言，武後亦不悅。許敬宗屢以利害說無忌，無忌每麵折之，敬宗亦怨。武後既立，無忌內不自安，後令敬宗伺其隙而陷之。
會洛陽人李奉節告太子洗馬韋季方、監察禦史李巢朋黨事，敕敬宗與辛茂將鞫之。敬宗按之急，季方自刺，不死，敬宗因誣奏季方欲與無忌構陷忠臣近戚，使權歸無忌，伺隙謀反，今事覺，故自殺。上驚曰：“豈有此邪！舅為小人所間，小生疑阻則有之，何至於反！”敬宗曰：“臣始末推究，反狀已露，陛下猶以為疑，恐非社稷之福。”上泣曰“我家不幸，親戚間屢有異誌，往年高陽公主與房遺愛謀反，今元舅複然，使朕慚見天下之人。茲事若實，如之何？”對曰：“遺愛乳臭兒，與一女子謀反，勢何所成！無忌與先帝謀取天下，天下服其智；為宰相三十年，天下畏其威；若一旦竊發，陛下遣誰當之？今賴宗廟之靈，皇天疾惡，因按小事，乃得大奸，實天下之慶也。臣竊恐無忌知季方自刺，窘急發謀，攘袂一唿，同惡雲集，必為宗廟之憂。臣昔見宇文化及父述為煬帝所親任，結以昏煙，委以朝政；述卒，化及複典禁兵，一夕於江都作亂，先殺不附己者，臣家亦豫其禍，於是大臣蘇威、裴矩之徒，皆舞蹈馬首，唯恐不及，黎明遂傾隋室。前事不遠，願陛下速決之！”上命敬宗更加審察。明日，敬宗複奏曰：“去夜季方已承與無忌同反，臣又問季方：‘無忌與國至親，累朝寵任，何恨而反？’季方答雲：韓瑗嚐語無忌雲：柳奭、褚遂良勸公立梁王為太子，今梁王既廢，上亦疑公，故出高履行於外。”自此無忌憂恐，漸為自安之計。後見長孫祥又出，韓瑗得罪，日夜與季方等謀反。臣參驗辭狀，鹹相符合，請收捕準法。上又泣曰：“舅若果爾，朕決不忍殺之；若果殺之，天下將謂朕何！後世將謂朕何！”敬宗對曰：“薄昭，漢文帝之舅也，文帝從代來，昭亦有功，所坐止於殺人，文帝遣百官素服哭而殺之，至今天下以文帝為明主。今無忌忘兩朝之大恩，謀移社稷，其罪與薄昭不可同年而語也。幸而奸狀自發，逆徒引服，陛下何疑，猶不早決！古人有言：‘當斷不斷，反受其亂。’安危之機，間不容發。無忌今之奸雄，王莽、司馬懿之流也；陛下少更遷延，臣恐變生肘腋，悔無及矣！”上以為然，竟不引問無忌。戊辰，下詔削無忌太尉及封邑，以為揚州都督，於黔州安置，準一品供給。祥，無忌之從父兄子也，前此自工部尚書出為荊州長史，故敬宗以此誣之。
敬宗又奏：“無忌謀逆，由褚遂良、柳奭、韓瑗構扇而成；奭仍潛通宮掖，謀行鴆毒，於誌寧亦黨附無忌。”於是詔追削遂良官爵，除奭、瑗名，免誌寧官。遣使發道次兵援送無忌詣黔州。無忌子秘書監駙馬都尉衝等皆除名，流嶺表。遂良子彥甫、彥衝流愛州，於道殺之。益州長史高履行累貶洪州都督。
五月，丙申，兵部尚書任雅相、度支尚書盧承慶並參知政事。承慶，思道之孫也。
涼州刺史趙持滿，多力善射，喜任俠，其從母為韓瑗妻，其舅駙馬都尉長孫銓，無忌之族弟也，銓坐無忌，流巂州。許敬宗恐持滿作難，誣雲無忌同反，驛召至京師，下獄，訊掠備至，終無異辭，曰：“身可殺也，辭不可更！”吏無如之何，乃代為獄辭結奏。戊戌，誅之，屍於城西，親戚莫敢視。友人王方翼歎曰：“欒布哭彭越，義也；文王葬枯骨，仁也。下不失義，上不失仁，不亦可乎！”乃收而葬之。上聞之，不罪也。方翼，廢後之從祖兄也。長孫銓至流所，縣令希旨杖殺之。
六月，丁卯，詔改《氏族誌》為《姓氏錄》。
初，太宗命高士廉等修《氏族誌》，升降去取，時稱允當。至是，許敬宗等以其書不敘武氏本望，奏請改之，乃命禮部郎中禮誌約等比類升降，以後族為第一等，其餘悉以仕唐官品高下為準，凡九等。於是士卒以軍功致位五品，豫士流，時人謂之“勳格”。
許敬宗議封禪儀，己巳，奏：“請以高祖、太宗俱配昊天上帝，太穆、文德二皇後俱配皇地祇。”從之。
秋，七月，命禦史往高州追長孫恩，象州追柳奭，振州追韓瑗，並枷鎖詣京師，仍命州縣簿錄其家。恩，無忌之族弟也。
壬寅，命李勣、許敬宗、辛茂將與任雅相、盧承慶更共覆按無忌事。許敬宗又遣中書舍人袁公瑜等詣黔州，再鞫無忌反狀，至則逼無忌令自縊。詔柳奭、韓瑗所至斬決。使者殺柳奭於象州。韓瑗已死，發驗而還。籍沒三家，近親皆流嶺南為奴婢。常州刺史長孫祥坐與無忌通書，處絞。長孫恩流檀州。
八月，壬子，以普州刺史李義府兼吏部尚書、同中書門下三品。義府既貴，自言本出趙郡，與諸李敘昭穆；無賴之徒藉其權勢，拜伏為兄叔者甚眾。給事中李崇德初與同譜，及義府出為普州，即除之。義府聞而銜之，及複為相，使人誣構其罪，下獄，自殺。
乙卯，長孫氏、柳氏緣無忌、奭貶降者十三人。高履行貶永州刺史。於誌寧貶榮州刺史，於氏貶者九人。自是政歸中宮矣。
九月，詔以石、米、史、大安、小安、曹、拔汗那、北拔汗那、悒怛、疏勒、朱駒半等國置州縣府百二十七。
冬，十月，丙午，太子加元服，赦天下。初，太宗疾山東士人自矜門地，昏姻多責資財，命修《氏族誌》例降一等；王妃、主婿皆取勳臣家，不議山東之族。而魏征、房玄齡、李勣家皆盛與為昏，常左右之，由是舊望不減，或一姓之中，更分某房某眷，高下懸隔。李義府為其子求昏不獲，恨之，故以先帝之旨，勸上矯其弊。壬戌，詔後魏隴西李寶、太原王瓊、滎陽鄭溫、範陽盧子遷、盧渾、盧輔、清河崔宗伯、崔元孫、前燕博陵崔懿、晉趙郡李楷等子孫，不得自為昏姻。仍定天下嫁女受財之數，毋得受陪門財。然族望為時俗所尚，終不能禁，或載女竊送夫家，或女老不嫁，終不與異姓為昏。其衰宗落譜，昭穆所不齒者，往往反自稱禁婚家，益增厚價。
閏月，戊寅，上發京師，令太子監國。太子思慕不已，上聞之，遽召赴行在。戊戌，車駕至東都。
十一月，丙午，以許圉師為散騎常侍、檢校侍中。
戊午，侍中兼左庶子辛茂將薨。
思結俟斤都曼帥疏勒、朱俱波、謁般陀三國反，擊破於闐。癸亥，以左驍衛大將軍蘇定方為安撫大使以討之。
以盧承慶同中書門下三品。
右領軍中郎將薛仁貴等與高麗將溫沙門戰於橫山，破之。
蘇定方軍至業葉水，思結保馬頭川。定方選精兵萬人、騎三千匹馳往襲之，一日一夜行三百裏，詰旦，至城下，都曼大驚。戰於城外，都曼敗，退保其城。及暮，諸軍繼至，遂圍之，都曼懼而出降。
二月，丁巳，上發東都；甲戌，至京師。
夏，五月，癸未，徙安西都護府於龜茲，以舊安西夏為西州都督府，鎮高昌故地。
六月，營州都督兼東夷都護程名振、右領軍中郎將薛仁貴將兵攻高麗之赤烽鎮，拔之，斬首四百餘級，捕虜百餘人。高麗遣其大將豆方婁帥眾三萬拒之，名振以契丹逆擊，大破之，斬首二千五百級。
秋，八月，甲寅，播羅哀獠酋長多胡桑等帥眾內附。
冬，十月，庚申，吐蕃讚普來請婚。
中書令李義府有寵於上，諸子孩抱者並列清貴。而義府貪冒無厭，母、妻及諸子、女婿，賣官鬻獄，其門如市，多樹朋黨，傾動朝野。中書令杜正倫每以先進自處，義府恃恩，不為之下，由是有隙，與義府訟於上前。上以大臣不和，兩責之。十一月，乙酉，貶正倫橫州刺史，義府普州刺史。正倫尋卒於橫州。
阿史那賀魯既被擒，謂蕭嗣業曰：“我本亡虜，為先帝所存，先帝遇我厚而我負之，今日之敗，天所怒也。吾聞中國刑人必於市，願刑我於昭陵之前以謝先帝。”上聞而憐之。賀魯至京師，甲午，獻於昭陵。敕免其死，分其種落為六都督府，其所役屬諸國皆置州府，西盡波斯，並隸安西都護府。賀魯尋死，葬於頡利墓側。
戊戌，以許敬宗為中書令，大理卿辛茂將為兼侍中。
開府儀同三司鄂忠武公尉遲敬德薨。敬德晚年閑居，學延年術，修飾池台，奏清商樂以自奉養，不交通賓客，凡十六年。年七十四，以病終，朝廷恩禮甚厚。
是歲，愛州刺史褚遂良卒。
雍州司士許禕與來濟善，侍禦史張倫與李義府有怨，吏部尚書唐臨奏以禕為江南道巡察使，倫為劍南道巡察使。是時義府雖在外，皇後常保護之。以臨為挾私選授。
顯慶四年己未，公元六五九年春，二月，乙醜，免臨官。
三月，壬午，西突厥興昔亡可汗與真珠葉護戰於雙河，斬真珠葉護。
夏，四月，丙辰，以於誌寧為太子太師、同中書門下三品；乙醜，以黃門侍郎許圉師參知政事。
武後以太尉趙公長孫無忌受重賜而不助己，深怨之。及議廢王後，燕公於誌寧中立不言，武後亦不悅。許敬宗屢以利害說無忌，無忌每麵折之，敬宗亦怨。武後既立，無忌內不自安，後令敬宗伺其隙而陷之。
會洛陽人李奉節告太子洗馬韋季方、監察禦史李巢朋黨事，敕敬宗與辛茂將鞫之。敬宗按之急，季方自刺，不死，敬宗因誣奏季方欲與無忌構陷忠臣近戚，使權歸無忌，伺隙謀反，今事覺，故自殺。上驚曰：“豈有此邪！舅為小人所間，小生疑阻則有之，何至於反！”敬宗曰：“臣始末推究，反狀已露，陛下猶以為疑，恐非社稷之福。”上泣曰“我家不幸，親戚間屢有異誌，往年高陽公主與房遺愛謀反，今元舅複然，使朕慚見天下之人。茲事若實，如之何？”對曰：“遺愛乳臭兒，與一女子謀反，勢何所成！無忌與先帝謀取天下，天下服其智；為宰相三十年，天下畏其威；若一旦竊發，陛下遣誰當之？今賴宗廟之靈，皇天疾惡，因按小事，乃得大奸，實天下之慶也。臣竊恐無忌知季方自刺，窘急發謀，攘袂一唿，同惡雲集，必為宗廟之憂。臣昔見宇文化及父述為煬帝所親任，結以昏煙，委以朝政；述卒，化及複典禁兵，一夕於江都作亂，先殺不附己者，臣家亦豫其禍，於是大臣蘇威、裴矩之徒，皆舞蹈馬首，唯恐不及，黎明遂傾隋室。前事不遠，願陛下速決之！”上命敬宗更加審察。明日，敬宗複奏曰：“去夜季方已承與無忌同反，臣又問季方：‘無忌與國至親，累朝寵任，何恨而反？’季方答雲：韓瑗嚐語無忌雲：柳奭、褚遂良勸公立梁王為太子，今梁王既廢，上亦疑公，故出高履行於外。”自此無忌憂恐，漸為自安之計。後見長孫祥又出，韓瑗得罪，日夜與季方等謀反。臣參驗辭狀，鹹相符合，請收捕準法。上又泣曰：“舅若果爾，朕決不忍殺之；若果殺之，天下將謂朕何！後世將謂朕何！”敬宗對曰：“薄昭，漢文帝之舅也，文帝從代來，昭亦有功，所坐止於殺人，文帝遣百官素服哭而殺之，至今天下以文帝為明主。今無忌忘兩朝之大恩，謀移社稷，其罪與薄昭不可同年而語也。幸而奸狀自發，逆徒引服，陛下何疑，猶不早決！古人有言：‘當斷不斷，反受其亂。’安危之機，間不容發。無忌今之奸雄，王莽、司馬懿之流也；陛下少更遷延，臣恐變生肘腋，悔無及矣！”上以為然，竟不引問無忌。戊辰，下詔削無忌太尉及封邑，以為揚州都督，於黔州安置，準一品供給。祥，無忌之從父兄子也，前此自工部尚書出為荊州長史，故敬宗以此誣之。
敬宗又奏：“無忌謀逆，由褚遂良、柳奭、韓瑗構扇而成；奭仍潛通宮掖，謀行鴆毒，於誌寧亦黨附無忌。”於是詔追削遂良官爵，除奭、瑗名，免誌寧官。遣使發道次兵援送無忌詣黔州。無忌子秘書監駙馬都尉衝等皆除名，流嶺表。遂良子彥甫、彥衝流愛州，於道殺之。益州長史高履行累貶洪州都督。
五月，丙申，兵部尚書任雅相、度支尚書盧承慶並參知政事。承慶，思道之孫也。
涼州刺史趙持滿，多力善射，喜任俠，其從母為韓瑗妻，其舅駙馬都尉長孫銓，無忌之族弟也，銓坐無忌，流巂州。許敬宗恐持滿作難，誣雲無忌同反，驛召至京師，下獄，訊掠備至，終無異辭，曰：“身可殺也，辭不可更！”吏無如之何，乃代為獄辭結奏。戊戌，誅之，屍於城西，親戚莫敢視。友人王方翼歎曰：“欒布哭彭越，義也；文王葬枯骨，仁也。下不失義，上不失仁，不亦可乎！”乃收而葬之。上聞之，不罪也。方翼，廢後之從祖兄也。長孫銓至流所，縣令希旨杖殺之。
六月，丁卯，詔改《氏族誌》為《姓氏錄》。
初，太宗命高士廉等修《氏族誌》，升降去取，時稱允當。至是，許敬宗等以其書不敘武氏本望，奏請改之，乃命禮部郎中禮誌約等比類升降，以後族為第一等，其餘悉以仕唐官品高下為準，凡九等。於是士卒以軍功致位五品，豫士流，時人謂之“勳格”。
許敬宗議封禪儀，己巳，奏：“請以高祖、太宗俱配昊天上帝，太穆、文德二皇後俱配皇地祇。”從之。
秋，七月，命禦史往高州追長孫恩，象州追柳奭，振州追韓瑗，並枷鎖詣京師，仍命州縣簿錄其家。恩，無忌之族弟也。
壬寅，命李勣、許敬宗、辛茂將與任雅相、盧承慶更共覆按無忌事。許敬宗又遣中書舍人袁公瑜等詣黔州，再鞫無忌反狀，至則逼無忌令自縊。詔柳奭、韓瑗所至斬決。使者殺柳奭於象州。韓瑗已死，發驗而還。籍沒三家，近親皆流嶺南為奴婢。常州刺史長孫祥坐與無忌通書，處絞。長孫恩流檀州。
八月，壬子，以普州刺史李義府兼吏部尚書、同中書門下三品。義府既貴，自言本出趙郡，與諸李敘昭穆；無賴之徒藉其權勢，拜伏為兄叔者甚眾。給事中李崇德初與同譜，及義府出為普州，即除之。義府聞而銜之，及複為相，使人誣構其罪，下獄，自殺。
乙卯，長孫氏、柳氏緣無忌、奭貶降者十三人。高履行貶永州刺史。於誌寧貶榮州刺史，於氏貶者九人。自是政歸中宮矣。
九月，詔以石、米、史、大安、小安、曹、拔汗那、北拔汗那、悒怛、疏勒、朱駒半等國置州縣府百二十七。
冬，十月，丙午，太子加元服，赦天下。初，太宗疾山東士人自矜門地，昏姻多責資財，命修《氏族誌》例降一等；王妃、主婿皆取勳臣家，不議山東之族。而魏征、房玄齡、李勣家皆盛與為昏，常左右之，由是舊望不減，或一姓之中，更分某房某眷，高下懸隔。李義府為其子求昏不獲，恨之，故以先帝之旨，勸上矯其弊。壬戌，詔後魏隴西李寶、太原王瓊、滎陽鄭溫、範陽盧子遷、盧渾、盧輔、清河崔宗伯、崔元孫、前燕博陵崔懿、晉趙郡李楷等子孫，不得自為昏姻。仍定天下嫁女受財之數，毋得受陪門財。然族望為時俗所尚，終不能禁，或載女竊送夫家，或女老不嫁，終不與異姓為昏。其衰宗落譜，昭穆所不齒者，往往反自稱禁婚家，益增厚價。
閏月，戊寅，上發京師，令太子監國。太子思慕不已，上聞之，遽召赴行在。戊戌，車駕至東都。
十一月，丙午，以許圉師為散騎常侍、檢校侍中。
戊午，侍中兼左庶子辛茂將薨。
思結俟斤都曼帥疏勒、朱俱波、謁般陀三國反，擊破於闐。癸亥，以左驍衛大將軍蘇定方為安撫大使以討之。
以盧承慶同中書門下三品。
右領軍中郎將薛仁貴等與高麗將溫沙門戰於橫山，破之。
蘇定方軍至業葉水，思結保馬頭川。定方選精兵萬人、騎三千匹馳往襲之，一日一夜行三百裏，詰旦，至城下，都曼大驚。戰於城外，都曼敗，退保其城。及暮，諸軍繼至，遂圍之，都曼懼而出降。