當大蛇丸找到兜的時候，他正處在崩潰中，大蛇丸與團藏關係密切，自然知道內情，於是把團藏對兜的欺騙全部告訴了他，兜頓時覺得這個世界上已無自己的立足之地。這時大蛇丸對他說：“我比任何人都重視你的才能，“我們一起創造一個與‘根’截然不同，能夠找到自我的組織，一個不屬於任何國家的音忍村。從現在起，你我二人脫離了木葉，我就是你的上司、兄弟和父親。”這一番話讓兜死心塌地，而大蛇丸也確實沒有辜負他，對他視如己出，給予了最大的信任。
這時大蛇丸注意到了一個正在崛起的神秘組織“曉”，於是派兜去調查底細。兜用雙麵間諜的身份打入曉，成為了蠍的部下，並故意透露了大蛇丸的情報，吸引蠍和佩恩上鉤，其實大蛇丸打的是佩恩輪迴眼的主意。但佩恩的實力超乎想象，大蛇丸眼看玩砸，於是順勢請求加入曉，為組織效力，恰逢曉組織缺人，就收了這個危險人物，於是大蛇丸又多了個身份—曉組織的“空”。
或許是因兜的助力，或許是因曉組織的資源，這段時間，大蛇丸的科研取得了重大成果，不但穢土轉生之術接近完成，而且還開發了一種能夠奪取他人身體的禁術—“不屍轉生”，雖然這個術的cd長達數年之久，但憑借這個術，大蛇丸已然實現了永生，可以說往後隻要他自己不作死，就能夠用永恆的生命探尋他想知道的真理。
可惜理性與求知欲並存，當看到鼬的寫輪眼，他又按奈不住自己的欲望，正好擁有奪取他人身體的禁術，正好鼬又來到自己的麵前，他想要立刻領略寫輪眼的風景。結果大蛇丸低估了鼬的實力，冒然發動的攻擊被鼬輕易反製，如果不是兜趕來救援，大蛇丸的永生之路恐怕剛開始就要夭折了。
擅自對同伴出手，這曉組織顯然是待不下去了，於是大蛇丸又叛離了曉，但很快就遭到了蠍和迪達拉的追殺。這一戰可以看作大蛇丸的一次實戰演練，這是他初次嚐試穢土轉生，複活了三代風影作戰，雖然效果十分完美，被複活者不但擁有靈魂和生前的力量，而且還有不滅之軀，但控製力卻不夠，會被輕易掙脫，於是大蛇丸在蠍和迪達拉麵前遁走，進行穢土轉生之術的改良。
之後又過了數年的積累，大蛇丸實現了當年對兜說的話，他們建立了音忍村，培養了一批忍者，大多是各國流離失所的孤兒，因大蛇丸的意誌聚集在了一起。大蛇丸給其中的精銳移植了地之咒印，也就是以君麻呂為首的“音忍五人眾”，再加上北方據點的重吾，南方據點的香磷，音忍村的實力迅速壯大，甚至成為了被各國承認的村子，出現在了版圖上，當然了，人們並不知道音忍村的首領大蛇丸。
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此時大蛇丸的穢土轉生之術也已改良完成，同時找了一個年輕貌美的女性進行了不屍轉生，大蛇丸的勢力達到了巔峰期，這時，他開始打木葉村的主意了。也許是為了報父母之仇，也許是與團藏有暗中交易，也許是想引發戰爭，讓自己的勢力崛起，也許隻是想向世人展示自己的研究成果，出於種種目的，大蛇丸動用了全部力量針對木葉。他和君麻呂一起幹掉了四代風影，並用易容術偽裝，以風影的身份控製了砂忍的力量，趁著木葉中忍考試的契機，以參賽的名義，讓音忍和砂忍開進木葉村，而大蛇丸本人，喬裝打扮後，也終於出現在了鳴人、佐助的麵前。
大蛇丸此去木葉，除了守家的重吾和香磷，可以說是傾巢而出了，光是參加考試的就安插了三隊人馬，一隊音忍的炮灰，一隊偽裝成木葉的兜小隊，同時自己也易容後親自參加考試。
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這就是他在劇中第一次登場的形象，多年之後重返木葉，他果然還是惦記著自己的學生紅豆啊。至於他親自參加考試、並遇到佐助顯然不是偶然，大蛇丸的轉生術使用間隔長達三年，此時已經到期，需要尋找下一個容器。大蛇丸對寫輪眼垂涎已久，在曉時就曾對鼬出手，奈何打不過，於是目光自然鎖定到了鼬的弟弟，年幼的宇智波家幸存者佐助的身上。大蛇丸此次木葉之行，很重要的一個原因就是為了得到佐助。
中忍考試第二場，大蛇丸很快就找到了佐助一行人，僅憑眼神迸發的殺氣就讓他們無法動彈。以他的實力，要殺此時的三位主角易如反掌，但他並沒有這麽做，甚至在發現鳴人是人柱力後，看到九尾的查克拉泄露，他還在上麵加了道五行封印。雖然對鳴人來說擾亂了他的查克拉，但對木葉村來說，加固封印顯然是一個有利的做法，如果大蛇丸真心想毀滅木葉，應該解放九尾，或是帶走鳴人才對呀。
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中了封印術的鳴人失去了意識，小櫻也不是戰鬥型忍者，場上隻剩下了佐助。佐助還有家族大仇未報，不甘心束手待斃，危機之下寫輪眼進化出了雙勾玉。大蛇丸饒有興致的測試了一番佐助的實力，這一段體術較量非常精彩，2003年的作畫竟有如此水準，這種人物略微變形，動作粗放得有些抽象，同時注重技巧與忍術、忍具配合的火影式打鬥風格，在這裏第一次呈現。但佐助的體術還是太稚嫩，很快被大蛇丸打趴，最後佐助利用起爆符製造機會，拉出鋼絲，用操手裏劍之術加火遁·龍火之術將大蛇丸釘在樹上，做了一道木炭烤蛇。
但這套華麗的操作並沒有實質作用，大蛇丸麵不改色的掙脫了鋼絲，用束縛術輕易定住佐助，並在他後頸咬了一口，種下了咒印。這是理論生還率隻有十分之一，實際生還率二分之二的天之咒印，寄宿了大蛇丸的靈魂力量，甚至可以從這個咒印中複活。麵對全部倒地的三位主角，大蛇丸沒有再出手，而是離開了。
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在大蛇丸休息時，另一位天之咒印擁有者，他在木葉時的徒弟紅豆找上門來。大蛇丸跟她打了個招唿：“好久不見啊，紅豆。”但紅豆卻說：“你已經是被通緝的s級叛忍，哪怕賭上性命，我也要在這裏打敗你。”大蛇丸淡淡的說：“你辦不到。”
紅豆用潛影蛇手抓住大蛇丸，並結了雙蛇相殺之印欲與他同歸於盡，這時大蛇丸的聲音從背後響起：“紅豆，你想自殺嗎？那是替身。”紅豆這才發現自己差點與一灘爛泥同歸於盡。在咒印的壓製下，紅豆隻能跪地，大蛇丸走到她身前，親切的撫摸著她的臉頰，看來師徒久別，熱情如斯。
一番交流後，大蛇丸離開了，紅豆立刻會見三代火影商議對策，此時他們還不清楚大蛇丸籌劃了戰爭，因此隻是加強了戒備，並沒有中斷這場各國大名都來觀看的盛會。宇智波佐助，火影木葉忍村宇智波一族的後代，年幼時候親眼見證宇智波鼬屠殺族人的慘案，後來為了殺死鼬而努力修煉。但是由於宇智波鼬的錯誤誘導，佐助走上了與鼬期望相反的道路。最終在鳴人的幫助下，宇智波佐助重新迴到他原來走精神道路上，成為木葉忍者村火影鳴人身後默默的支撐者。
在宇智波佐助的一生中，前半生是為了複仇而修煉，而後半生是為木葉忍者村而修煉。佐助的前半生生活通過動漫我們已經觀看到，那麽當動漫中沒有描寫到的時候，動漫暗線中佐助都在幹些什麽呢？其實雖然動漫沒有直接描寫，也給了很多隱含的線索。佐助出門在外，第一件事就是繼續與木葉保持聯係，經常將他所流浪的地方情報教給木葉。
因為忍界大戰剛剛結束的時候佐助就已經出門在外調查各種事件，所以卡卡西當六代火影的時候才能不出門而知天下事，木葉的在忍界的權威才能有效維持下來。然後佐助出門在外，還解決了不少木葉前幾代火影時期曾經留下的戰爭隱患。必須血龍眼事件，木葉派遣宇智波一族將血龍族的族人全部封印，導致卡卡西時代血龍族族人起爆人間，所以佐助出動之後，這件事情也就被解決了。
然後在《博人傳》之前的劇場版中，佐助還在暗中保護著木葉，用自己的戰力將威脅木葉的任何事情解決掉。劇情中，當月球隕石落向地球的時候，佐助出現並用身後的長劍將隕石斬碎，這個鏡頭其實表明了佐助並未離開木葉多遠，通過輪迴眼定位，佐助可以隨時從很遠的地方來到木葉附近。
然後就是調查大筒木事件了。火影中，大筒木輝夜姬身為外星人，而且是宇智波一族和木葉的旋渦、千手一族等多個種族的祖先。但是大筒木一族對地球忍者心懷惡意，所以宇智波佐助調查在外調查大筒木一族，幫卡卡西和鳴人做了不少無法解決的問題。雖然佐助看上去並沒有起到多大作用，不過我們看完之後，還是覺得在博人時代中，他發揮的作用還是挺大的。
後在卡卡西封印佐助的咒印時，大蛇丸再次出現，可能是擔心自己未來的身體有什麽閃失。看到咒印隻是被封邪法印抑製，大蛇丸放下心來，麵對卡卡西“同歸於盡”的威脅，大蛇丸隻是說：“如果你能做到，那就試試。”便頭也不迴的離開了。其實早在大蛇丸叛逃木葉的時候，還在暗部的卡卡西就曾奉命攔截他，他們之間有過一戰，那時大蛇丸無論實力還是氣勢，都徹底碾壓了卡卡西。這麽多年過去了，麵對大蛇丸，卡卡西還是頗為忌憚。
之後，中忍考試第三場終於開始了，這也是大蛇丸計劃中發動進攻的時機。在這場考試中，大蛇丸偽裝成風影，堂而皇之的坐在三代火影身邊。大蛇丸對三代說：“您的年紀也不小了。該早點決定下一任火影的人選了。”三代大笑著說到：“我覺得自己還能再幹五年呢！”他沒有發現此時“風影”的眼神殺意已決。
比賽起初看起來一切正常，但暗中大批音忍和砂忍已在木葉村外圍集結，兜也偽裝成暗部，和其他音忍潛伏在會場，接下來到了我愛羅和佐助的比賽。
我愛羅正是大蛇丸行動的重要一環，原計劃是在比賽中釋放一尾砂之守鶴，並以此為信號，裏應外合，一舉征服木葉。可是沒想到，比賽中我愛羅竟然被佐助的千鳥所傷，導致無法解放尾獸之力，不得已，大蛇丸隻能跳過這一步，直接開始行動。隨著兜施展大範圍幻術，讓會場裏的普通人全部陷入沉睡，大蛇丸與三代火影四目相對，殺意奪眶而出。
一枚煙霧彈在看台上引爆，煙霧中，大蛇丸挾持了三代，跳上房頂，同時潛藏在四周的音忍四人眾立刻跟上，聯手施展四紫炎陣，將木葉的援兵隔絕在陣外，大蛇丸與三代形成了1v1的局麵。這時兜和會場內潛伏的其他音忍全部露麵，牽製住了卡卡西等人，而村外的砂忍通靈出三頭巨蛇，擊破了木葉的城牆，攻入村內，木葉村頓時全麵陷入戰局。
此時三代終於識破了大蛇丸的身份，當年一時仁慈放走的愛徒，現在終於迴來要取自己的性命，三代問他：“為什麽要進攻木葉？你不是個會因怨恨而行動的人。”大蛇丸說：“我看到會動的東西就覺得有趣，看到不會動的就覺得無趣。我想用摧毀木葉這陣風來轉動靜止的風車。”兩人間的決戰正式開始。
一番試探後，三代脫下了鬥篷，已是全副武裝，看來三代預料到了今天可能會有戰鬥，而大蛇丸直接使出了剛完成的穢土轉生之術。隨著對方召喚出寫有“初”和“二”的兩具棺材，三代暗道一定要阻止第三具，第三具寫著“四”的棺材果然沒有召喚成功，不過這應該不是三代的作用，而是因為四代的靈魂已被封印，無法進行穢土轉生。
雖然四代沒有召出，但光是初代和二代就不是他能對付得了的，所幸大蛇丸的這次穢土轉生精度不高，與他們生前的實力相去甚遠。不過三代已經年邁，實力也是大不如前，以一敵三，無論忍術還是體術都全麵落於下風。當三代被樹界降臨困住時，他用盡全力通靈出了猿魔王，雖然爭取到了喘息之機，但仍然毫無勝算。
這時大蛇丸露出了她的真麵目，撕下麵具，竟然是一副年輕女性的麵容。三代被震驚了，“難道你已經完成了那個禁忌之術？”大蛇丸放肆的大笑著：“沒錯，這就是長生不老之術，讓靈魂永存的方法！佐助將是我的下一個轉生目標。”看到這裏，三代下定決心，決不能讓這個人活著離開木葉，否則太可怕了。於是當機立斷，使用了那招，“屍鬼封盡”。這種直接封印靈魂的封印術，正是大蛇丸的克星。
三代先是用影分身分別鎖定了穢土轉生的初代和二代，將他們的靈魂封印在了自己體內，接著與猿魔王一起製造機會，抓住大蛇丸，就要扯出他的靈魂。感到自己的靈魂被掏出，大蛇丸大驚失色，情急之下控製草薙劍，刺向三代背部，三代沒有絲毫避讓，任憑利刃穿過。大蛇丸問他為什麽不躲？三代迴答：“我根本沒有必要躲，在封印結束時，我的靈魂也會被吞噬。這是必須要搭上性命的忍術！就讓我們的靈魂一起，在死神肚子裏永遠鬥爭下去吧。”
這當然是大蛇丸最不願意看到的局麵，自己好不容易得到了永生，怎麽能和這個風燭殘年的老頭一起死去呢！於是他拚命掙紮，超強的求生欲終於耗盡了對方的力量。眼看靈魂逐漸退迴大蛇丸體內，三代隻能退而求次，斬斷靈魂，封印了大蛇丸的雙手。小南vs帶土在長門因為複活木葉的眾人而死亡之後，為了拿迴輪迴眼，來繼續自己的“月之眼”計劃，帶土選擇去雨隱村尋找長門。而小南並不知道長門的輪迴眼是來自宇智波斑的，為了守護長門的遺體，小南選擇和前來奪取輪迴眼的帶土戰鬥。
因為小南非常清楚帶土的能力，知道帶土具有虛化瞳力而且也知道這個忍術的弱點。所以而為了這場戰鬥，小南準備了6000億張起爆符。把帶土虛化和轉移的時間都算進去了，如果不是因為伊邪那岐的存在，小南真的就成功了。可惜的是麵對這種開掛般的忍術麵前，小南真的是很不甘心啊。凱vs鬼鮫
鬼鮫的能力在“曉”組織中也是非常強大的，加上自身強大的查克拉以及大刀鮫肌的存在，因此鬼鮫也被稱為“無尾尾獸”。另外他的忍術也能夠吸收查克拉來不斷壯大自身，這樣的鬼鮫哪怕是在麵對影級強者時都是不會虛的，但是他遇到的是完全不使用忍術的凱，最終也是倒在了凱的體術之下。不得不說鬼鮫非常的不甘心了。鹿丸vs飛段
而鹿丸作為鹿久的兒子，他自身的實力不是很強。與飛段直來直往的戰鬥方式不同，鹿丸的戰鬥講究的是頭腦。所以在這場鹿丸對戰飛段的戰鬥中，飛段就被鹿丸用智商給壓製了，最終被鹿丸炸碎封印在了地底。
鳴人vs牙這場戰鬥時發生在第一次中忍考試時，由鳴人的對戰牙。當時的鳴人還是吊車尾般的存在，因為九尾查克拉的原因，此時的鳴人無論是修煉什麽忍術都是很難的。綜合實力來說是不如牙的。所以在這場戰鬥中，盡管鳴人對牙造成了一些困擾，但是按照這個局勢發展下去的話，鳴人是打不過牙的。
但是不得不說主角的光環還是厲害，我們都知道牙主要的能力是依靠嗅覺和忍犬的配合在製敵的，而嗅覺的太過敏銳也不是一件好事。在牙即將取得比賽勝利的時候，鳴人放了一個屁，正是這個屁擾亂了牙的嗅覺，導致牙在後續的發揮中露出了破綻，最終被鳴人擊敗。相信牙的內心絕對是崩潰的……宇智波斑
說起來宇智波斑也是很悲劇的人物，就在自己即將實現自己的目標的時候，卻被黑絕給偷襲了，在這種自己掌握一切的時候，突然被拉下神壇，尤其是在知道自己所做的一切不過都是假的地時候。相信斑的內心也是非常的不甘心了。一直以為自己是世界的救世主，沒想到自己也不過是一個被別人玩弄於股掌之間的悲催人物。
在宇智波斑對著月亮狂笑的時候，黑絕突然在背後給他來了一個迴手掏，於是斑急速變身，大筒木輝夜正式宣告複活。這個片段曾經遭到過無數粉絲的調侃，甚至有火迷說這是斑一生的恥辱。的確，在旁人的目光看來，六道斑是不可一世的大反派，即便真正的輝夜他也有實力比劃兩下，一個手無縛雞之力的黑絕不可能僅用一擊就真正擊敗他。但是仔細分析會發現，這個橋段或許沒有我們想象的那麽不堪。細說這個問題的話，那麽就離不開黑絕的起源。
黑絕並沒有實體，他是輝夜被封印前一刻臨時產下的胎兒，它甚至沒有自己的形體，更像是輝夜意誌的化身。黑絕的特點也決定了他沒有戰鬥力，因此他複活母親隻能借助外人的力量。封印輝夜的是她的兩個孩子，大筒木羽村與大筒木羽衣，在輝夜被封封印之後，兄弟二人分道揚鑣，大筒木羽村去月球做神靈，而羽衣則留在地球，成為了忍者們傳說當中的六道仙人。
六道仙人後育有兩子，分別是阿修羅與因陀羅，兄弟二人因繼承忍宗的事情鬧的不可開交，最終因陀羅在黑絕的蠱惑之下與父親弟弟反目反目成仇。這真是黑絕想要看到的，隻要極其雙方的查克拉黑絕便可以複活母親，遺憾的是因陀羅沒有人氣，最終敗在了阿修羅之手。而且兄弟二人的輪迴均是如此，沒辦法，黑絕隻能繼續等待下一個輪迴。
這一等便是近千年，最終在宇智波斑這一代有了轉機。斑不似前幾任轉生者那麽實誠，他先咬下柱間的一塊肉，並且通過詐死的方式躲過了二代火影的追捕，最終成功合成了輪迴眼。後來通過吸收尾獸與神樹等步驟，柱間才真正擁有接近六道仙人的體質。
而黑絕是輝夜產下的胎兒，嚴格來說是六道仙人的弟弟，擁有純正的六道血脈，因此他的攻擊完全可以對斑造成致命傷害。況且那時的黑絕附身於帶土，借助帶土的身體使得他具備了足夠的進攻能力。六道斑的身體隻不過對非致命傷免疫，直接攻擊心髒與頭部，對於他而言仍舊無法修複。因此無論從血統還是攻擊方式的角度考慮，黑絕這一擊是真實且可信的。
這時大蛇丸注意到了一個正在崛起的神秘組織“曉”，於是派兜去調查底細。兜用雙麵間諜的身份打入曉，成為了蠍的部下，並故意透露了大蛇丸的情報，吸引蠍和佩恩上鉤，其實大蛇丸打的是佩恩輪迴眼的主意。但佩恩的實力超乎想象，大蛇丸眼看玩砸，於是順勢請求加入曉，為組織效力，恰逢曉組織缺人，就收了這個危險人物，於是大蛇丸又多了個身份—曉組織的“空”。
或許是因兜的助力，或許是因曉組織的資源，這段時間，大蛇丸的科研取得了重大成果，不但穢土轉生之術接近完成，而且還開發了一種能夠奪取他人身體的禁術—“不屍轉生”，雖然這個術的cd長達數年之久，但憑借這個術，大蛇丸已然實現了永生，可以說往後隻要他自己不作死，就能夠用永恆的生命探尋他想知道的真理。
可惜理性與求知欲並存，當看到鼬的寫輪眼，他又按奈不住自己的欲望，正好擁有奪取他人身體的禁術，正好鼬又來到自己的麵前，他想要立刻領略寫輪眼的風景。結果大蛇丸低估了鼬的實力，冒然發動的攻擊被鼬輕易反製，如果不是兜趕來救援，大蛇丸的永生之路恐怕剛開始就要夭折了。
擅自對同伴出手，這曉組織顯然是待不下去了，於是大蛇丸又叛離了曉，但很快就遭到了蠍和迪達拉的追殺。這一戰可以看作大蛇丸的一次實戰演練，這是他初次嚐試穢土轉生，複活了三代風影作戰，雖然效果十分完美，被複活者不但擁有靈魂和生前的力量，而且還有不滅之軀，但控製力卻不夠，會被輕易掙脫，於是大蛇丸在蠍和迪達拉麵前遁走，進行穢土轉生之術的改良。
之後又過了數年的積累，大蛇丸實現了當年對兜說的話，他們建立了音忍村，培養了一批忍者，大多是各國流離失所的孤兒，因大蛇丸的意誌聚集在了一起。大蛇丸給其中的精銳移植了地之咒印，也就是以君麻呂為首的“音忍五人眾”，再加上北方據點的重吾，南方據點的香磷，音忍村的實力迅速壯大，甚至成為了被各國承認的村子，出現在了版圖上，當然了，人們並不知道音忍村的首領大蛇丸。
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此時大蛇丸的穢土轉生之術也已改良完成，同時找了一個年輕貌美的女性進行了不屍轉生，大蛇丸的勢力達到了巔峰期，這時，他開始打木葉村的主意了。也許是為了報父母之仇，也許是與團藏有暗中交易，也許是想引發戰爭，讓自己的勢力崛起，也許隻是想向世人展示自己的研究成果，出於種種目的，大蛇丸動用了全部力量針對木葉。他和君麻呂一起幹掉了四代風影，並用易容術偽裝，以風影的身份控製了砂忍的力量，趁著木葉中忍考試的契機，以參賽的名義，讓音忍和砂忍開進木葉村，而大蛇丸本人，喬裝打扮後，也終於出現在了鳴人、佐助的麵前。
大蛇丸此去木葉，除了守家的重吾和香磷，可以說是傾巢而出了，光是參加考試的就安插了三隊人馬，一隊音忍的炮灰，一隊偽裝成木葉的兜小隊，同時自己也易容後親自參加考試。
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這就是他在劇中第一次登場的形象，多年之後重返木葉，他果然還是惦記著自己的學生紅豆啊。至於他親自參加考試、並遇到佐助顯然不是偶然，大蛇丸的轉生術使用間隔長達三年，此時已經到期，需要尋找下一個容器。大蛇丸對寫輪眼垂涎已久，在曉時就曾對鼬出手，奈何打不過，於是目光自然鎖定到了鼬的弟弟，年幼的宇智波家幸存者佐助的身上。大蛇丸此次木葉之行，很重要的一個原因就是為了得到佐助。
中忍考試第二場，大蛇丸很快就找到了佐助一行人，僅憑眼神迸發的殺氣就讓他們無法動彈。以他的實力，要殺此時的三位主角易如反掌，但他並沒有這麽做，甚至在發現鳴人是人柱力後，看到九尾的查克拉泄露，他還在上麵加了道五行封印。雖然對鳴人來說擾亂了他的查克拉，但對木葉村來說，加固封印顯然是一個有利的做法，如果大蛇丸真心想毀滅木葉，應該解放九尾，或是帶走鳴人才對呀。
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中了封印術的鳴人失去了意識，小櫻也不是戰鬥型忍者，場上隻剩下了佐助。佐助還有家族大仇未報，不甘心束手待斃，危機之下寫輪眼進化出了雙勾玉。大蛇丸饒有興致的測試了一番佐助的實力，這一段體術較量非常精彩，2003年的作畫竟有如此水準，這種人物略微變形，動作粗放得有些抽象，同時注重技巧與忍術、忍具配合的火影式打鬥風格，在這裏第一次呈現。但佐助的體術還是太稚嫩，很快被大蛇丸打趴，最後佐助利用起爆符製造機會，拉出鋼絲，用操手裏劍之術加火遁·龍火之術將大蛇丸釘在樹上，做了一道木炭烤蛇。
但這套華麗的操作並沒有實質作用，大蛇丸麵不改色的掙脫了鋼絲，用束縛術輕易定住佐助，並在他後頸咬了一口，種下了咒印。這是理論生還率隻有十分之一，實際生還率二分之二的天之咒印，寄宿了大蛇丸的靈魂力量，甚至可以從這個咒印中複活。麵對全部倒地的三位主角，大蛇丸沒有再出手，而是離開了。
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在大蛇丸休息時，另一位天之咒印擁有者，他在木葉時的徒弟紅豆找上門來。大蛇丸跟她打了個招唿：“好久不見啊，紅豆。”但紅豆卻說：“你已經是被通緝的s級叛忍，哪怕賭上性命，我也要在這裏打敗你。”大蛇丸淡淡的說：“你辦不到。”
紅豆用潛影蛇手抓住大蛇丸，並結了雙蛇相殺之印欲與他同歸於盡，這時大蛇丸的聲音從背後響起：“紅豆，你想自殺嗎？那是替身。”紅豆這才發現自己差點與一灘爛泥同歸於盡。在咒印的壓製下，紅豆隻能跪地，大蛇丸走到她身前，親切的撫摸著她的臉頰，看來師徒久別，熱情如斯。
一番交流後，大蛇丸離開了，紅豆立刻會見三代火影商議對策，此時他們還不清楚大蛇丸籌劃了戰爭，因此隻是加強了戒備，並沒有中斷這場各國大名都來觀看的盛會。宇智波佐助，火影木葉忍村宇智波一族的後代，年幼時候親眼見證宇智波鼬屠殺族人的慘案，後來為了殺死鼬而努力修煉。但是由於宇智波鼬的錯誤誘導，佐助走上了與鼬期望相反的道路。最終在鳴人的幫助下，宇智波佐助重新迴到他原來走精神道路上，成為木葉忍者村火影鳴人身後默默的支撐者。
在宇智波佐助的一生中，前半生是為了複仇而修煉，而後半生是為木葉忍者村而修煉。佐助的前半生生活通過動漫我們已經觀看到，那麽當動漫中沒有描寫到的時候，動漫暗線中佐助都在幹些什麽呢？其實雖然動漫沒有直接描寫，也給了很多隱含的線索。佐助出門在外，第一件事就是繼續與木葉保持聯係，經常將他所流浪的地方情報教給木葉。
因為忍界大戰剛剛結束的時候佐助就已經出門在外調查各種事件，所以卡卡西當六代火影的時候才能不出門而知天下事，木葉的在忍界的權威才能有效維持下來。然後佐助出門在外，還解決了不少木葉前幾代火影時期曾經留下的戰爭隱患。必須血龍眼事件，木葉派遣宇智波一族將血龍族的族人全部封印，導致卡卡西時代血龍族族人起爆人間，所以佐助出動之後，這件事情也就被解決了。
然後在《博人傳》之前的劇場版中，佐助還在暗中保護著木葉，用自己的戰力將威脅木葉的任何事情解決掉。劇情中，當月球隕石落向地球的時候，佐助出現並用身後的長劍將隕石斬碎，這個鏡頭其實表明了佐助並未離開木葉多遠，通過輪迴眼定位，佐助可以隨時從很遠的地方來到木葉附近。
然後就是調查大筒木事件了。火影中，大筒木輝夜姬身為外星人，而且是宇智波一族和木葉的旋渦、千手一族等多個種族的祖先。但是大筒木一族對地球忍者心懷惡意，所以宇智波佐助調查在外調查大筒木一族，幫卡卡西和鳴人做了不少無法解決的問題。雖然佐助看上去並沒有起到多大作用，不過我們看完之後，還是覺得在博人時代中，他發揮的作用還是挺大的。
後在卡卡西封印佐助的咒印時，大蛇丸再次出現，可能是擔心自己未來的身體有什麽閃失。看到咒印隻是被封邪法印抑製，大蛇丸放下心來，麵對卡卡西“同歸於盡”的威脅，大蛇丸隻是說：“如果你能做到，那就試試。”便頭也不迴的離開了。其實早在大蛇丸叛逃木葉的時候，還在暗部的卡卡西就曾奉命攔截他，他們之間有過一戰，那時大蛇丸無論實力還是氣勢，都徹底碾壓了卡卡西。這麽多年過去了，麵對大蛇丸，卡卡西還是頗為忌憚。
之後，中忍考試第三場終於開始了，這也是大蛇丸計劃中發動進攻的時機。在這場考試中，大蛇丸偽裝成風影，堂而皇之的坐在三代火影身邊。大蛇丸對三代說：“您的年紀也不小了。該早點決定下一任火影的人選了。”三代大笑著說到：“我覺得自己還能再幹五年呢！”他沒有發現此時“風影”的眼神殺意已決。
比賽起初看起來一切正常，但暗中大批音忍和砂忍已在木葉村外圍集結，兜也偽裝成暗部，和其他音忍潛伏在會場，接下來到了我愛羅和佐助的比賽。
我愛羅正是大蛇丸行動的重要一環，原計劃是在比賽中釋放一尾砂之守鶴，並以此為信號，裏應外合，一舉征服木葉。可是沒想到，比賽中我愛羅竟然被佐助的千鳥所傷，導致無法解放尾獸之力，不得已，大蛇丸隻能跳過這一步，直接開始行動。隨著兜施展大範圍幻術，讓會場裏的普通人全部陷入沉睡，大蛇丸與三代火影四目相對，殺意奪眶而出。
一枚煙霧彈在看台上引爆，煙霧中，大蛇丸挾持了三代，跳上房頂，同時潛藏在四周的音忍四人眾立刻跟上，聯手施展四紫炎陣，將木葉的援兵隔絕在陣外，大蛇丸與三代形成了1v1的局麵。這時兜和會場內潛伏的其他音忍全部露麵，牽製住了卡卡西等人，而村外的砂忍通靈出三頭巨蛇，擊破了木葉的城牆，攻入村內，木葉村頓時全麵陷入戰局。
此時三代終於識破了大蛇丸的身份，當年一時仁慈放走的愛徒，現在終於迴來要取自己的性命，三代問他：“為什麽要進攻木葉？你不是個會因怨恨而行動的人。”大蛇丸說：“我看到會動的東西就覺得有趣，看到不會動的就覺得無趣。我想用摧毀木葉這陣風來轉動靜止的風車。”兩人間的決戰正式開始。
一番試探後，三代脫下了鬥篷，已是全副武裝，看來三代預料到了今天可能會有戰鬥，而大蛇丸直接使出了剛完成的穢土轉生之術。隨著對方召喚出寫有“初”和“二”的兩具棺材，三代暗道一定要阻止第三具，第三具寫著“四”的棺材果然沒有召喚成功，不過這應該不是三代的作用，而是因為四代的靈魂已被封印，無法進行穢土轉生。
雖然四代沒有召出，但光是初代和二代就不是他能對付得了的，所幸大蛇丸的這次穢土轉生精度不高，與他們生前的實力相去甚遠。不過三代已經年邁，實力也是大不如前，以一敵三，無論忍術還是體術都全麵落於下風。當三代被樹界降臨困住時，他用盡全力通靈出了猿魔王，雖然爭取到了喘息之機，但仍然毫無勝算。
這時大蛇丸露出了她的真麵目，撕下麵具，竟然是一副年輕女性的麵容。三代被震驚了，“難道你已經完成了那個禁忌之術？”大蛇丸放肆的大笑著：“沒錯，這就是長生不老之術，讓靈魂永存的方法！佐助將是我的下一個轉生目標。”看到這裏，三代下定決心，決不能讓這個人活著離開木葉，否則太可怕了。於是當機立斷，使用了那招，“屍鬼封盡”。這種直接封印靈魂的封印術，正是大蛇丸的克星。
三代先是用影分身分別鎖定了穢土轉生的初代和二代，將他們的靈魂封印在了自己體內，接著與猿魔王一起製造機會，抓住大蛇丸，就要扯出他的靈魂。感到自己的靈魂被掏出，大蛇丸大驚失色，情急之下控製草薙劍，刺向三代背部，三代沒有絲毫避讓，任憑利刃穿過。大蛇丸問他為什麽不躲？三代迴答：“我根本沒有必要躲，在封印結束時，我的靈魂也會被吞噬。這是必須要搭上性命的忍術！就讓我們的靈魂一起，在死神肚子裏永遠鬥爭下去吧。”
這當然是大蛇丸最不願意看到的局麵，自己好不容易得到了永生，怎麽能和這個風燭殘年的老頭一起死去呢！於是他拚命掙紮，超強的求生欲終於耗盡了對方的力量。眼看靈魂逐漸退迴大蛇丸體內，三代隻能退而求次，斬斷靈魂，封印了大蛇丸的雙手。小南vs帶土在長門因為複活木葉的眾人而死亡之後，為了拿迴輪迴眼，來繼續自己的“月之眼”計劃，帶土選擇去雨隱村尋找長門。而小南並不知道長門的輪迴眼是來自宇智波斑的，為了守護長門的遺體，小南選擇和前來奪取輪迴眼的帶土戰鬥。
因為小南非常清楚帶土的能力，知道帶土具有虛化瞳力而且也知道這個忍術的弱點。所以而為了這場戰鬥，小南準備了6000億張起爆符。把帶土虛化和轉移的時間都算進去了，如果不是因為伊邪那岐的存在，小南真的就成功了。可惜的是麵對這種開掛般的忍術麵前，小南真的是很不甘心啊。凱vs鬼鮫
鬼鮫的能力在“曉”組織中也是非常強大的，加上自身強大的查克拉以及大刀鮫肌的存在，因此鬼鮫也被稱為“無尾尾獸”。另外他的忍術也能夠吸收查克拉來不斷壯大自身，這樣的鬼鮫哪怕是在麵對影級強者時都是不會虛的，但是他遇到的是完全不使用忍術的凱，最終也是倒在了凱的體術之下。不得不說鬼鮫非常的不甘心了。鹿丸vs飛段
而鹿丸作為鹿久的兒子，他自身的實力不是很強。與飛段直來直往的戰鬥方式不同，鹿丸的戰鬥講究的是頭腦。所以在這場鹿丸對戰飛段的戰鬥中，飛段就被鹿丸用智商給壓製了，最終被鹿丸炸碎封印在了地底。
鳴人vs牙這場戰鬥時發生在第一次中忍考試時，由鳴人的對戰牙。當時的鳴人還是吊車尾般的存在，因為九尾查克拉的原因，此時的鳴人無論是修煉什麽忍術都是很難的。綜合實力來說是不如牙的。所以在這場戰鬥中，盡管鳴人對牙造成了一些困擾，但是按照這個局勢發展下去的話，鳴人是打不過牙的。
但是不得不說主角的光環還是厲害，我們都知道牙主要的能力是依靠嗅覺和忍犬的配合在製敵的，而嗅覺的太過敏銳也不是一件好事。在牙即將取得比賽勝利的時候，鳴人放了一個屁，正是這個屁擾亂了牙的嗅覺，導致牙在後續的發揮中露出了破綻，最終被鳴人擊敗。相信牙的內心絕對是崩潰的……宇智波斑
說起來宇智波斑也是很悲劇的人物，就在自己即將實現自己的目標的時候，卻被黑絕給偷襲了，在這種自己掌握一切的時候，突然被拉下神壇，尤其是在知道自己所做的一切不過都是假的地時候。相信斑的內心也是非常的不甘心了。一直以為自己是世界的救世主，沒想到自己也不過是一個被別人玩弄於股掌之間的悲催人物。
在宇智波斑對著月亮狂笑的時候，黑絕突然在背後給他來了一個迴手掏，於是斑急速變身，大筒木輝夜正式宣告複活。這個片段曾經遭到過無數粉絲的調侃，甚至有火迷說這是斑一生的恥辱。的確，在旁人的目光看來，六道斑是不可一世的大反派，即便真正的輝夜他也有實力比劃兩下，一個手無縛雞之力的黑絕不可能僅用一擊就真正擊敗他。但是仔細分析會發現，這個橋段或許沒有我們想象的那麽不堪。細說這個問題的話，那麽就離不開黑絕的起源。
黑絕並沒有實體，他是輝夜被封印前一刻臨時產下的胎兒，它甚至沒有自己的形體，更像是輝夜意誌的化身。黑絕的特點也決定了他沒有戰鬥力，因此他複活母親隻能借助外人的力量。封印輝夜的是她的兩個孩子，大筒木羽村與大筒木羽衣，在輝夜被封封印之後，兄弟二人分道揚鑣，大筒木羽村去月球做神靈，而羽衣則留在地球，成為了忍者們傳說當中的六道仙人。
六道仙人後育有兩子，分別是阿修羅與因陀羅，兄弟二人因繼承忍宗的事情鬧的不可開交，最終因陀羅在黑絕的蠱惑之下與父親弟弟反目反目成仇。這真是黑絕想要看到的，隻要極其雙方的查克拉黑絕便可以複活母親，遺憾的是因陀羅沒有人氣，最終敗在了阿修羅之手。而且兄弟二人的輪迴均是如此，沒辦法，黑絕隻能繼續等待下一個輪迴。
這一等便是近千年，最終在宇智波斑這一代有了轉機。斑不似前幾任轉生者那麽實誠，他先咬下柱間的一塊肉，並且通過詐死的方式躲過了二代火影的追捕，最終成功合成了輪迴眼。後來通過吸收尾獸與神樹等步驟，柱間才真正擁有接近六道仙人的體質。
而黑絕是輝夜產下的胎兒，嚴格來說是六道仙人的弟弟，擁有純正的六道血脈，因此他的攻擊完全可以對斑造成致命傷害。況且那時的黑絕附身於帶土，借助帶土的身體使得他具備了足夠的進攻能力。六道斑的身體隻不過對非致命傷免疫，直接攻擊心髒與頭部，對於他而言仍舊無法修複。因此無論從血統還是攻擊方式的角度考慮，黑絕這一擊是真實且可信的。