火影後，都會有實力靠血緣的感覺，誠然大部分強者都出自名門望族，傳承了強大的血繼界限或秘術。不過自來也不是這種類型，雖然他的出生和家族並沒有說明，但從他幼年時的表現來看，並沒有繼承任何特殊的能力。
雖然在動畫早期曾經跟鳴人說“通靈蛤蟆的契約卷軸是家族代代相傳的”，但事實上這是他在妙木山得到的，他頭上的油字護額，就是妙木山的象征。
幼年時的自來也無論實力還是心性都很稚嫩，他當忍者的目標居然是為了討女孩子喜歡，贏得綱手的芳心。
他的師傅三代火影教給他的第一個忍術是通靈之術，而毛躁的自來也還沒和通靈獸簽訂契約就直接使出，來了一個反向通靈，把自己傳送到了仙地妙木山。
看過我的火影編年史係列的觀眾肯定知道，妙木山是仙術的發源地，在忍界誕生前便已存在，自來也是繼六道仙人之後第一個踏足此地的人類。不過妙木山的青蛙們卻並不意外，原來大蛤蟆仙人早在千年前就預言了他的到來。
於是自來也開始在妙木山修行，實力迅速成長，即使是同班的大蛇丸和綱手都對他的表現驚歎不已。數年後，自來也不但與蛤蟆簽訂了通靈契約，而且還學會了仙術。
實力成長的同時，他的心性也發生了變化，他意識到了天降大任的使命感，作為唯一一個在妙木山習得仙術的人類，這份強大的實力自然不能僅僅用來泡妞。此時大蛤蟆仙人再次做出了預言，這次更為清晰具體。
預言中自來也收了徒弟，而他的徒弟是預言之子，將來會給世界帶來重大變革，自來也正是引導這變革之人，他的選擇會為世界帶來前所未有的和平，亦或是徹底的毀滅。自來也蒙蔽了，他當忍者隻是想招女孩子喜歡，雖然剛剛意識到了使命感，但沒想到直接就是要拯救世界。
他問蛤蟆仙人自己應該怎麽做，蛤蟆仙人隻是說“預言中你會遊曆世界各地，並且會寫書”。於是，自來也踏上了遊曆四方，尋找預言之子的旅程。這也是為什麽深愛木葉村的他常年都不在村子裏。
旅途中忍界爆發了大戰，他遇到了各色各樣的忍者，他們雖然對戰爭不滿，但沒有一個人有改變世界的魄力。之後戰火波及到了木葉，自來也返迴村子，與綱手、大蛇丸並肩作戰，在和雨隱村首領山椒魚半藏的一戰中，他們創下了木葉“三忍”的名號。關於半藏這個人，官方給予的描述是“忍界的頂點，半神級別”。
雖然自來也三人輸給了半藏，但木葉仍然取得了總體戰爭的勝利，正當他們打算返迴村子時，遇到了長門、彌彥、小南三人，他們是戰爭的孤兒，自來也決定留下來照顧他們。
彌彥說他想要改變這個國家，保護大家，希望自來也教他們忍術，自來也沒有立即答應，因為彌彥的想法是用武力進行威懾，讓敵人不敢妄動，從而獲得和平，這與他的理念並不相同。
之後，自來也看到了長門的輪迴眼，極為震驚，見多識廣的他當然知道這是最為崇高的瞳術，自六道仙人後，輪迴眼第一次現世，難道他就是那個預言之子？
自來也答應教他們忍術，並有意對長門進行引導，交流中他發現長門是個溫柔、善良的孩子，終於自來也認為他找到了預言之子，開始以自傳的形式記錄他遊曆四方的故事，書名為《毅力忍傳》，主人公叫做“鳴人”。
三年後，自來也覺得長門他們已經有了足夠自保的實力，未來的路還需要他們自己走，恰逢第三次忍界大戰爆發，他返迴木葉參戰。這一戰中，木葉“三忍”的名號成為了傳說，聞名各國，他的另一個徒弟波風水門也如新星般閃耀升起，這次戰爭木葉再次獲勝。
但此時，自來也卻收到長門他們戰死的消息，曆經半生找到的預言之子居然轉眼間就死了，他懊悔不已，再次踏上旅程。
波風水門成為了四代火影，他讀了自來也寫的《毅力忍傳》後，決定用書中主人公的名字為自己的孩子命名，自來也成了鳴人的“命名之父”。之後木葉村發生九尾之亂，四代火影陣亡，遊曆中的自來也又一次收到了自己徒弟死去的消息。
多年後，一無所獲的他返迴木葉，他遇到了長大後的鳴人，成為了他的師傅，讓他與妙木山的蛤蟆簽訂了通靈契約，為鳴人之後修行仙術創造了機緣。
之後大蛇丸入侵木葉村，待自來也趕到時，三代火影已經舍命使用了屍鬼封盡，他又一次錯過保護自己師傅的機會。
這時木葉村的高層希望他擔任火影，三代火影戰死，村子必須要有一個強大的領袖坐鎮，但自來也拒絕了，因為他發現了一個名為“曉”的組織，正在四處收集尾獸的力量，很可能已經盯上了鳴人，他決定這次一定要守護好鳴人。
不過他還是表示會找來綱手擔任火影，他帶著鳴人，一邊教他螺旋丸，一邊尋找綱手，此時曉組織的鼬和鬼鮫潛入木葉。
看到鳴人身邊的自來也後，鼬評價到“如果打起來，我們兩個都會被幹掉，最多是個平手，就算人手再多，也是枉然”，從中可以看出自來也的名號之響亮。不過這話也有鼬自己的考量，因為他並不是真的要抓鳴人，更不想與自來也交手。
為了掩人耳目，鼬控製美女色誘引開自來也，找到了鳴人，但自來也很快識破趕來。他通靈出妙木山岩宿大蛤蟆的食道，將鼬和鬼鮫困在其中，打算將他們一舉消滅，自來也表示迄今為止沒有人從這個術中逃脫過。
鼬和鬼鮫立即撤退，眼看就要被追上，鼬使用萬花筒寫輪眼的瞳術天照，打破肉壁逃走，看到天照的黑色火焰，自來也大為驚訝，原本就會噴火的岩宿大蛤蟆的食道竟然會被燒穿，他使用封印術封印了這永不熄滅的黑色火焰。
鼬那邊，鬼鮫問他以你的能力為什麽要逃走，鼬表示抓九尾不急於這一時，“自己現在必須要休息一下，不僅是月讀，連天照也用上了”，現在連寫輪眼都無法繼續維持。
不過顯然鼬這裏是誇大其詞了，從鼬後麵的戰鬥中可以看出，一次月讀和一次天照對他來說雖有負擔，但遠不至於到達極限，他隻是不願與自來也戰鬥，當然了，這不代表他一定打得過自來也。事實上鼬和自來也誰更強這個問題爭論已久，我覺得吧，關公戰秦瓊，這兩人不打一場真的不好說。
有人拿大蛇丸當參照物，說鼬曾與大蛇丸兩戰都是秒殺，而自來也跟大蛇丸打的時候看起來很費勁，但這對實力的衡量並不客觀，因為火影中的戰鬥信息是否對等尤其重要，鼬兩戰大蛇丸無論是幻術製敵還是十拳劍封印，都是開場就瞬間解決戰鬥，大蛇丸完全措手不及，根本沒機會出手，這其中還存在一定的克製。
但對上自來也就不好說了，自來也的仙人模式對幻術有天然的抵抗力，依靠幻術直接拿下應該很難，一旦雙方進入拉鋸戰，自來也可能會占上風。
鼬受製於非永恆萬花筒寫輪眼的限製，用幾個瞳術眼睛就撐不住了，而且查克拉量也不多，岸本的“者之書”設定隻有精5，非常不適合持久戰。
而自來也正好相反，查克拉量巨大，“者之術”設定高達精10，在劇中從來都是忍術隨便扔不帶喘氣的，更何況仙人模式下查克拉無限。
而且更重要的是，別的地方還不好說，起碼在這打，鼬肯定要吃虧，這裏是木葉村邊上，兩人排開架勢蛤蟆文太和須佐招出來，木葉的增援立刻就會到，到時候能不能全身而退都是問題。所以鼬無論出於何種目的，撤退都是正確的選擇。
不過鼬的戰鬥智商明顯比自來也高很多，自來也一直都是那種特別正派的正麵作戰風格，在實戰中有可能會被鼬出其不意的計策擊敗。
當然了，如果加上鬼鮫，就沒有什麽好說的了，因為當時凱就在隔壁，一旦打起來鬼鮫肯定是自顧不暇的。
之後自來也教會了鳴人螺旋丸，也找到了綱手，但是卻遇到了大蛇丸。原來大蛇丸的雙手被三代火影的屍鬼封盡封印，想找綱手治療，並以複活綱手的戀人和弟弟為誘餌，綱手不希望波及自來也，於是對他下了藥，獨自去見大蛇丸，自來也醒來後，立刻去支援綱手，但因為藥效未過隻能動用不到三成的實力。
於是這次三忍對決變得有些喜感，自來也隻能通靈出滑稽的小蛤蟆，綱手因為暈血動都動不了，大蛇丸稍微好點，雖然雙手廢了，但頭和舌頭還能動。所以變成了前半段鳴人、靜音和兜的對決，後半段三隻通靈獸的對決。
最後大蛇丸敗走，綱手還是主力，自來也全程劃水，不過這三個人的通靈獸比較有意思，妙木山的蛤蟆、濕骨林的蛞蝓、龍地洞的蛇都是仙地生物，自來也是誤入妙木山才得以與蛤蟆簽訂契約，綱手和大蛇丸是怎麽和這些召喚獸簽約的呢？
之後自來也指導鳴人修行長達三年，這期間，自來也一直試圖讓鳴人徹底掌控九尾的力量，他用四代封印的鑰匙略微打開了九尾的封印，結果鳴人瞬間被九尾的力量吞噬，進入了四尾的狀態，為了控製鳴人，他受了不輕的傷。
有人就會說了自來也怎麽打個四尾狀態的鳴人就受傷啦，大蛇丸不用手跟四尾鳴人打都全身而退，佩恩連八尾鳴人都能打。
但要知道能打和控製完全是兩種層次，自來也不會木遁，要近身貼符，同時還要顧忌不能傷到鳴人，而大蛇丸隻需要躲技能邊緣ob即可，打不過轉身就能走，佩恩嘛…人家直接打九尾也不在話下。
三年後，兩人結束修行迴到了木葉，但自來也並沒有安頓下來，而是立刻離開村子調查曉組織，終於，他查到了曉組織首領的藏身處，在雨隱村，也就是當年遇到長門等人的村子。
不過由於這個村子常年封閉，具體的情況未知，為了確認情報的真偽，自來也決定先行潛入調查，之後再製定作戰策略。
綱手非常擔心自來也的安危，為了讓她安心，自來也提議讓逢賭必輸的綱手賭自己會死，“不過等到我迴來贏得賭約的時候”，你嫁給我可好……
後半句是我加的，這句話自來也最終還是欲言又止，而綱手看起來正在等他說出口。自來也告別了綱手，告別了木葉，隻身前往雨隱村。
利用時空忍術潛入雨隱村後，自來也發現這個村子比他想象中的更為安定、繁榮，通過走訪得知，山椒魚半藏已經不是這個村子的首領，這個村子現在的首領叫做佩恩，而且這個村子的人都對佩恩非常敬仰。
自來也得知，佩恩憑借一己之力殺死了半藏，統一了這個常年戰亂的國家，自來也大為震驚，半藏的實力他是非常清楚的，他預感這次行動恐怕異常兇險，但他不想無功而返，正待進一步調查時，小南突然來襲。
原來早在自來也踏入雨隱村的那一刻，佩恩就已經掌握的他的行蹤，雨隱村常年不斷的雨，正是佩恩的感知忍術，不過小南並不是自來也的對手，而且紙片忍術被火和油克製，小南的紙片浸油後無法使用，被自來也輕易擒獲，不過佩恩很快出手，第一個出現的是精通通靈術的畜生道。
當自來也看到他的輪迴眼時，以為他是樣貌大變的長門，自來也質問他為什麽要收集尾獸？長門告訴了自來也，他是為了永久的和平，收集尾獸是為了開發出可以瞬間毀滅一個國家的禁術兵器，之後向每個國家都提供這種兵器，這樣各國之間就會彼此畏懼，不敢發動戰爭。
其實就跟現在的核威懾是一模一樣的，不過有一點做得更好，就是長門打算給所有國家都提供核武器，不會出現無核國家被肆意侵略的情況。
但是，長門的這個計劃肯定是行不通的，因為他被帶土和斑利用了，斑又被黑絕利用，最後的結果隻會是無限月讀，人類瀕臨滅絕，而且自來也追求的和平並不是武力威懾，他決定在此阻止長門。
知道對手的強大，自來也立刻準備進入仙人模式，但吸收自然力量需要時間，他通靈出蛤蟆健與對方周旋，但對方的通靈獸層出不窮，有一種可以無限分裂的狗尤為棘手，自來也用影分身把這些狗引到一起，召喚出大蛤蟆的食道將他們一舉吞噬，之後又出現一隻怪鳥，自來也用火遁將其解決，緊接著又出現一隻犀牛，被自來也的分身幹掉。
畜生道的通靈獸一隻接著一隻，但此時自來也已經準備完畢，召喚出深作、誌麻兩位蛤蟆仙人，進入了仙人模式，力量、速度以及忍術威力巨幅提升，攻擊方式也發生了變化，這些通靈獸不是他的一合之敵。
這時畜生道通靈出餓鬼道和人間道助陣，人間道被自來也一腳踢飛，但能夠吸收忍術的餓鬼道卻非常棘手，自來也和兩位蛤蟆仙人聯手使用仙法·五右衛門被完全吸收，喂喂...不是仙術不能被吸收嗎，難道那是後加的設定？之後的超大玉螺旋丸也被吸收，連攻向對方死角的體術都被擋下。
自來也猜測對方擁有同樣的眼睛，很可能共享視覺，既然忍術和體術無效，那麽就隻能用幻術了，雖然自來也完全不會用幻術，但兩位蛤蟆仙人卻可以聯手施展強大的幻術蛤蟆臨唱，而且這種幻術通過聲音傳播，輪迴眼也無法抵擋。
蛤蟆臨唱一舉束縛了三個敵人，自來也將他們一一殺死，他以為已經解決了全部敵人，放鬆了警惕，突然又一個佩恩悄無聲息從他身後偷襲，自來也措手不及，斷了一條手臂
此時佩恩六道悉數登場，之前解決的三道也被複活，而自來也失去了左手無法結印，戰鬥力大損，單手與佩恩六道作戰，他依然把畜生道拖入時空結界，用螺旋丸將其幹掉。
這時他才發現，這個人是他以前遊曆世界時遇到過的忍者，兩隻蛤蟆勸他就此撤退，從長計議，但自來也必須出去確認一件事，如果現在撤退，以後再想接近佩恩就很難了，他再次迴到雨隱村，終於確認了佩恩六道的真麵目。
這些人竟然全都是他遊曆世界時遇到的各色忍者，也就是說佩恩六道其實是被操控的傀儡，真正的佩恩隻有一人。然而震驚中，自來也被水底的佩恩偷襲，六道同時出手，將自來也直接擊敗。
自來也終於明白，預言之子並不是長門，而是鳴人，自來也用最後的力量把佩恩的情報寫在蛤蟆的背上，在佩恩的攻擊中沉入水底，但他露出了如釋重負的笑容。
他一直以為自己對“預言之子”的引導失敗了，當年沒有培養好長門，直到最後也沒能阻止佩恩。
但事實上，他把鳴人的父親培養成了偉大的忍者，所寫的書賜予了鳴人名字，同時對鳴人的悉心教導幫助他成長，給了他家人般的溫暖，直到最後自來也才意識到，他已經在無意間正確的引導了“預言之子”。
自來也與佩恩的這一戰，前半段是占據優勢的，擊殺佩恩三道時毫發無損，而且看起來查克拉非常充足。從被修羅道背後偷襲，失去手臂開始，戰況急轉而下。
通過自來也的幾次戰鬥可以發現，他的戰鬥方式非常正派、傳統，依靠結印使用忍術、卷軸使用封印術，不像一些依靠瞳術的忍者隻需要瞪眼就能戰鬥，因此失去一條手臂無法結印的影響非常大，以至於後來隻能用單手施展螺旋丸戰鬥。
如果自來也一開始就知道敵人有六個，沒有掉以輕心，恐怕結果會有改變，佩恩後來自己也說不靠這個秘密無法戰勝自來也。
但雖然結果會有改變，自來也可能查清佩恩的真麵目後用時空忍術全身而退，卻並不意味著自來也能夠打敗佩恩，事實上最強的天道並沒怎麽出手。
後來仙人模式的鳴人實力已經超越了自來也，但對戰佩恩天道時，如果不是雛田擋刀也是要被直接擊殺的，更何況自來也對佩恩的情報一無所知，在完全不知道對方戰鬥方式的情況下隻身對敵，而鳴人那時候已經知道了佩恩的大部分情報，並且是以全村之力對敵。
對於自來也的實力如果要做一個比較客觀的評價，那應該是截止他死的時候，以當時的戰鬥力設定，他的實力幾乎一人之下，在他死後，大筒木的神仙後代們登場，戰鬥力跨次元的飆升，自來也就不行了，隻能算一個比較厲害的影級強者。
這恐怕也是岸本急於讓他謝幕的原因。如果讓自來也參與到後期的戰鬥中，以他前期木葉最強者的定位，難免開出雙萬花筒卡卡西、八門凱那樣的外掛，這對於自來也這種深沉的完美人設來說，顯得有些輕浮。
自來也的故事到此結束，之後穢土轉生的集體複活也沒有讓他再次出場，我覺得這是很好的安排，一方麵，自來也已經完成了自己的使命，很好的推動了火影的劇情，唯一的遺憾就是與綱手的情感沒有挑明，不過這樣的一層窗戶紙也有朦朧的美感。
宇智波鼬的幻術造詣可以說是非常高的，再加上寫輪眼對幻術的增幅，宇智波鼬的幻術甚至超越了幻術本身。霧忍的擁有一隻白眼的青也說過鼬甚至可以使用在連感知能力都無法感知的範圍外操縱他人的幻術，就算不用寫輪眼，鼬的影分身用手指或者烏鴉都可以讓鳴人中幻術。擁有這樣幻術造詣的宇智波鼬自然也對幻術特別的了解，一般人的幻術對他是無效的，那麽鼬麵對仙人模式自來也的幻術能不能免疫甚至反彈呢？劍客覺得這恐怕是不可能的。
首先鼬的反彈幻術是有限定的。宇智波鼬反彈幻術高手夕日紅的魔幻樹縛殺使用的其實一招叫做魔幻鏡天地轉的術。根據官方設定書鬥之書的記載：這個術的效果雖然是解除幻術並且將術的效果反彈給敵人，但是反彈幻術的前提是需要利用寫輪眼的能力瞬間看透對手和對手的幻術才行。隻有不夠完美的幻術才會被反彈迴去。而以鼬的寫輪眼能夠看穿兩大仙人不需要結印的隻有蛤蟆才能看懂的特殊樂章蛤蟆二重唱嗎？恐怕是不可能的吧。
其次蛤蟆二重唱並不是一般的幻術，仙術也會對幻術有很大的加持。作為仙人模式下自來也的超強幻術，蛤蟆二重唱的效果是非常厲害的，尤其是特別的幻術結界。我們都知道一般的幻術都是利用五感控製對手查克拉使其進入幻覺之中。而能夠誕生幻術結界的幻術都是十分的厲害的，比如月讀。蛤蟆二重唱或許還比不上月讀能操控時間，但是在構建幻術結界上已經堪比月讀了。這種級別的聽覺幻術恐怕是很難免疫的，更不用說再加上仙術的加持了。就連輪迴眼都能中招，更不用說萬花筒寫輪眼的鼬了。
再次自來也和鼬的實力本來就很難分高低。雖然說在動漫中宇智波鼬說自己和自來也不是一個級別，但是從設定上看，鼬和自來也的實力還是十分相近的。那麽自然也就不可能存在自來也的大招仙法會被鼬免疫或者反彈的情況。而且就算可以反彈，自來也和兩大仙人恐怕也未必會中這個幻術。
最後魔幻蛤蟆臨唱這個術雖然也算是仙人自來也的幻術，但是其實就是兩大仙人的術。根據者之書的記載，這個術是妙木山自古以來就流傳的幻術樂譜。要知道妙木山聖地可是火影忍者中非常特殊的地方，就連六道仙人都對妙木山有一定的敬意。能被妙木山記載和流傳的術是能輕易免疫的嗎？更不用說鼬連藥師兜的聽覺幻術都無法免疫。恐怕唯一的辦法就是像天道佩恩一樣在這個幻術使用出來之前先殺死施術者。
雖然在動畫早期曾經跟鳴人說“通靈蛤蟆的契約卷軸是家族代代相傳的”，但事實上這是他在妙木山得到的，他頭上的油字護額，就是妙木山的象征。
幼年時的自來也無論實力還是心性都很稚嫩，他當忍者的目標居然是為了討女孩子喜歡，贏得綱手的芳心。
他的師傅三代火影教給他的第一個忍術是通靈之術，而毛躁的自來也還沒和通靈獸簽訂契約就直接使出，來了一個反向通靈，把自己傳送到了仙地妙木山。
看過我的火影編年史係列的觀眾肯定知道，妙木山是仙術的發源地，在忍界誕生前便已存在，自來也是繼六道仙人之後第一個踏足此地的人類。不過妙木山的青蛙們卻並不意外，原來大蛤蟆仙人早在千年前就預言了他的到來。
於是自來也開始在妙木山修行，實力迅速成長，即使是同班的大蛇丸和綱手都對他的表現驚歎不已。數年後，自來也不但與蛤蟆簽訂了通靈契約，而且還學會了仙術。
實力成長的同時，他的心性也發生了變化，他意識到了天降大任的使命感，作為唯一一個在妙木山習得仙術的人類，這份強大的實力自然不能僅僅用來泡妞。此時大蛤蟆仙人再次做出了預言，這次更為清晰具體。
預言中自來也收了徒弟，而他的徒弟是預言之子，將來會給世界帶來重大變革，自來也正是引導這變革之人，他的選擇會為世界帶來前所未有的和平，亦或是徹底的毀滅。自來也蒙蔽了，他當忍者隻是想招女孩子喜歡，雖然剛剛意識到了使命感，但沒想到直接就是要拯救世界。
他問蛤蟆仙人自己應該怎麽做，蛤蟆仙人隻是說“預言中你會遊曆世界各地，並且會寫書”。於是，自來也踏上了遊曆四方，尋找預言之子的旅程。這也是為什麽深愛木葉村的他常年都不在村子裏。
旅途中忍界爆發了大戰，他遇到了各色各樣的忍者，他們雖然對戰爭不滿，但沒有一個人有改變世界的魄力。之後戰火波及到了木葉，自來也返迴村子，與綱手、大蛇丸並肩作戰，在和雨隱村首領山椒魚半藏的一戰中，他們創下了木葉“三忍”的名號。關於半藏這個人，官方給予的描述是“忍界的頂點，半神級別”。
雖然自來也三人輸給了半藏，但木葉仍然取得了總體戰爭的勝利，正當他們打算返迴村子時，遇到了長門、彌彥、小南三人，他們是戰爭的孤兒，自來也決定留下來照顧他們。
彌彥說他想要改變這個國家，保護大家，希望自來也教他們忍術，自來也沒有立即答應，因為彌彥的想法是用武力進行威懾，讓敵人不敢妄動，從而獲得和平，這與他的理念並不相同。
之後，自來也看到了長門的輪迴眼，極為震驚，見多識廣的他當然知道這是最為崇高的瞳術，自六道仙人後，輪迴眼第一次現世，難道他就是那個預言之子？
自來也答應教他們忍術，並有意對長門進行引導，交流中他發現長門是個溫柔、善良的孩子，終於自來也認為他找到了預言之子，開始以自傳的形式記錄他遊曆四方的故事，書名為《毅力忍傳》，主人公叫做“鳴人”。
三年後，自來也覺得長門他們已經有了足夠自保的實力，未來的路還需要他們自己走，恰逢第三次忍界大戰爆發，他返迴木葉參戰。這一戰中，木葉“三忍”的名號成為了傳說，聞名各國，他的另一個徒弟波風水門也如新星般閃耀升起，這次戰爭木葉再次獲勝。
但此時，自來也卻收到長門他們戰死的消息，曆經半生找到的預言之子居然轉眼間就死了，他懊悔不已，再次踏上旅程。
波風水門成為了四代火影，他讀了自來也寫的《毅力忍傳》後，決定用書中主人公的名字為自己的孩子命名，自來也成了鳴人的“命名之父”。之後木葉村發生九尾之亂，四代火影陣亡，遊曆中的自來也又一次收到了自己徒弟死去的消息。
多年後，一無所獲的他返迴木葉，他遇到了長大後的鳴人，成為了他的師傅，讓他與妙木山的蛤蟆簽訂了通靈契約，為鳴人之後修行仙術創造了機緣。
之後大蛇丸入侵木葉村，待自來也趕到時，三代火影已經舍命使用了屍鬼封盡，他又一次錯過保護自己師傅的機會。
這時木葉村的高層希望他擔任火影，三代火影戰死，村子必須要有一個強大的領袖坐鎮，但自來也拒絕了，因為他發現了一個名為“曉”的組織，正在四處收集尾獸的力量，很可能已經盯上了鳴人，他決定這次一定要守護好鳴人。
不過他還是表示會找來綱手擔任火影，他帶著鳴人，一邊教他螺旋丸，一邊尋找綱手，此時曉組織的鼬和鬼鮫潛入木葉。
看到鳴人身邊的自來也後，鼬評價到“如果打起來，我們兩個都會被幹掉，最多是個平手，就算人手再多，也是枉然”，從中可以看出自來也的名號之響亮。不過這話也有鼬自己的考量，因為他並不是真的要抓鳴人，更不想與自來也交手。
為了掩人耳目，鼬控製美女色誘引開自來也，找到了鳴人，但自來也很快識破趕來。他通靈出妙木山岩宿大蛤蟆的食道，將鼬和鬼鮫困在其中，打算將他們一舉消滅，自來也表示迄今為止沒有人從這個術中逃脫過。
鼬和鬼鮫立即撤退，眼看就要被追上，鼬使用萬花筒寫輪眼的瞳術天照，打破肉壁逃走，看到天照的黑色火焰，自來也大為驚訝，原本就會噴火的岩宿大蛤蟆的食道竟然會被燒穿，他使用封印術封印了這永不熄滅的黑色火焰。
鼬那邊，鬼鮫問他以你的能力為什麽要逃走，鼬表示抓九尾不急於這一時，“自己現在必須要休息一下，不僅是月讀，連天照也用上了”，現在連寫輪眼都無法繼續維持。
不過顯然鼬這裏是誇大其詞了，從鼬後麵的戰鬥中可以看出，一次月讀和一次天照對他來說雖有負擔，但遠不至於到達極限，他隻是不願與自來也戰鬥，當然了，這不代表他一定打得過自來也。事實上鼬和自來也誰更強這個問題爭論已久，我覺得吧，關公戰秦瓊，這兩人不打一場真的不好說。
有人拿大蛇丸當參照物，說鼬曾與大蛇丸兩戰都是秒殺，而自來也跟大蛇丸打的時候看起來很費勁，但這對實力的衡量並不客觀，因為火影中的戰鬥信息是否對等尤其重要，鼬兩戰大蛇丸無論是幻術製敵還是十拳劍封印，都是開場就瞬間解決戰鬥，大蛇丸完全措手不及，根本沒機會出手，這其中還存在一定的克製。
但對上自來也就不好說了，自來也的仙人模式對幻術有天然的抵抗力，依靠幻術直接拿下應該很難，一旦雙方進入拉鋸戰，自來也可能會占上風。
鼬受製於非永恆萬花筒寫輪眼的限製，用幾個瞳術眼睛就撐不住了，而且查克拉量也不多，岸本的“者之書”設定隻有精5，非常不適合持久戰。
而自來也正好相反，查克拉量巨大，“者之術”設定高達精10，在劇中從來都是忍術隨便扔不帶喘氣的，更何況仙人模式下查克拉無限。
而且更重要的是，別的地方還不好說，起碼在這打，鼬肯定要吃虧，這裏是木葉村邊上，兩人排開架勢蛤蟆文太和須佐招出來，木葉的增援立刻就會到，到時候能不能全身而退都是問題。所以鼬無論出於何種目的，撤退都是正確的選擇。
不過鼬的戰鬥智商明顯比自來也高很多，自來也一直都是那種特別正派的正麵作戰風格，在實戰中有可能會被鼬出其不意的計策擊敗。
當然了，如果加上鬼鮫，就沒有什麽好說的了，因為當時凱就在隔壁，一旦打起來鬼鮫肯定是自顧不暇的。
之後自來也教會了鳴人螺旋丸，也找到了綱手，但是卻遇到了大蛇丸。原來大蛇丸的雙手被三代火影的屍鬼封盡封印，想找綱手治療，並以複活綱手的戀人和弟弟為誘餌，綱手不希望波及自來也，於是對他下了藥，獨自去見大蛇丸，自來也醒來後，立刻去支援綱手，但因為藥效未過隻能動用不到三成的實力。
於是這次三忍對決變得有些喜感，自來也隻能通靈出滑稽的小蛤蟆，綱手因為暈血動都動不了，大蛇丸稍微好點，雖然雙手廢了，但頭和舌頭還能動。所以變成了前半段鳴人、靜音和兜的對決，後半段三隻通靈獸的對決。
最後大蛇丸敗走，綱手還是主力，自來也全程劃水，不過這三個人的通靈獸比較有意思，妙木山的蛤蟆、濕骨林的蛞蝓、龍地洞的蛇都是仙地生物，自來也是誤入妙木山才得以與蛤蟆簽訂契約，綱手和大蛇丸是怎麽和這些召喚獸簽約的呢？
之後自來也指導鳴人修行長達三年，這期間，自來也一直試圖讓鳴人徹底掌控九尾的力量，他用四代封印的鑰匙略微打開了九尾的封印，結果鳴人瞬間被九尾的力量吞噬，進入了四尾的狀態，為了控製鳴人，他受了不輕的傷。
有人就會說了自來也怎麽打個四尾狀態的鳴人就受傷啦，大蛇丸不用手跟四尾鳴人打都全身而退，佩恩連八尾鳴人都能打。
但要知道能打和控製完全是兩種層次，自來也不會木遁，要近身貼符，同時還要顧忌不能傷到鳴人，而大蛇丸隻需要躲技能邊緣ob即可，打不過轉身就能走，佩恩嘛…人家直接打九尾也不在話下。
三年後，兩人結束修行迴到了木葉，但自來也並沒有安頓下來，而是立刻離開村子調查曉組織，終於，他查到了曉組織首領的藏身處，在雨隱村，也就是當年遇到長門等人的村子。
不過由於這個村子常年封閉，具體的情況未知，為了確認情報的真偽，自來也決定先行潛入調查，之後再製定作戰策略。
綱手非常擔心自來也的安危，為了讓她安心，自來也提議讓逢賭必輸的綱手賭自己會死，“不過等到我迴來贏得賭約的時候”，你嫁給我可好……
後半句是我加的，這句話自來也最終還是欲言又止，而綱手看起來正在等他說出口。自來也告別了綱手，告別了木葉，隻身前往雨隱村。
利用時空忍術潛入雨隱村後，自來也發現這個村子比他想象中的更為安定、繁榮，通過走訪得知，山椒魚半藏已經不是這個村子的首領，這個村子現在的首領叫做佩恩，而且這個村子的人都對佩恩非常敬仰。
自來也得知，佩恩憑借一己之力殺死了半藏，統一了這個常年戰亂的國家，自來也大為震驚，半藏的實力他是非常清楚的，他預感這次行動恐怕異常兇險，但他不想無功而返，正待進一步調查時，小南突然來襲。
原來早在自來也踏入雨隱村的那一刻，佩恩就已經掌握的他的行蹤，雨隱村常年不斷的雨，正是佩恩的感知忍術，不過小南並不是自來也的對手，而且紙片忍術被火和油克製，小南的紙片浸油後無法使用，被自來也輕易擒獲，不過佩恩很快出手，第一個出現的是精通通靈術的畜生道。
當自來也看到他的輪迴眼時，以為他是樣貌大變的長門，自來也質問他為什麽要收集尾獸？長門告訴了自來也，他是為了永久的和平，收集尾獸是為了開發出可以瞬間毀滅一個國家的禁術兵器，之後向每個國家都提供這種兵器，這樣各國之間就會彼此畏懼，不敢發動戰爭。
其實就跟現在的核威懾是一模一樣的，不過有一點做得更好，就是長門打算給所有國家都提供核武器，不會出現無核國家被肆意侵略的情況。
但是，長門的這個計劃肯定是行不通的，因為他被帶土和斑利用了，斑又被黑絕利用，最後的結果隻會是無限月讀，人類瀕臨滅絕，而且自來也追求的和平並不是武力威懾，他決定在此阻止長門。
知道對手的強大，自來也立刻準備進入仙人模式，但吸收自然力量需要時間，他通靈出蛤蟆健與對方周旋，但對方的通靈獸層出不窮，有一種可以無限分裂的狗尤為棘手，自來也用影分身把這些狗引到一起，召喚出大蛤蟆的食道將他們一舉吞噬，之後又出現一隻怪鳥，自來也用火遁將其解決，緊接著又出現一隻犀牛，被自來也的分身幹掉。
畜生道的通靈獸一隻接著一隻，但此時自來也已經準備完畢，召喚出深作、誌麻兩位蛤蟆仙人，進入了仙人模式，力量、速度以及忍術威力巨幅提升，攻擊方式也發生了變化，這些通靈獸不是他的一合之敵。
這時畜生道通靈出餓鬼道和人間道助陣，人間道被自來也一腳踢飛，但能夠吸收忍術的餓鬼道卻非常棘手，自來也和兩位蛤蟆仙人聯手使用仙法·五右衛門被完全吸收，喂喂...不是仙術不能被吸收嗎，難道那是後加的設定？之後的超大玉螺旋丸也被吸收，連攻向對方死角的體術都被擋下。
自來也猜測對方擁有同樣的眼睛，很可能共享視覺，既然忍術和體術無效，那麽就隻能用幻術了，雖然自來也完全不會用幻術，但兩位蛤蟆仙人卻可以聯手施展強大的幻術蛤蟆臨唱，而且這種幻術通過聲音傳播，輪迴眼也無法抵擋。
蛤蟆臨唱一舉束縛了三個敵人，自來也將他們一一殺死，他以為已經解決了全部敵人，放鬆了警惕，突然又一個佩恩悄無聲息從他身後偷襲，自來也措手不及，斷了一條手臂
此時佩恩六道悉數登場，之前解決的三道也被複活，而自來也失去了左手無法結印，戰鬥力大損，單手與佩恩六道作戰，他依然把畜生道拖入時空結界，用螺旋丸將其幹掉。
這時他才發現，這個人是他以前遊曆世界時遇到過的忍者，兩隻蛤蟆勸他就此撤退，從長計議，但自來也必須出去確認一件事，如果現在撤退，以後再想接近佩恩就很難了，他再次迴到雨隱村，終於確認了佩恩六道的真麵目。
這些人竟然全都是他遊曆世界時遇到的各色忍者，也就是說佩恩六道其實是被操控的傀儡，真正的佩恩隻有一人。然而震驚中，自來也被水底的佩恩偷襲，六道同時出手，將自來也直接擊敗。
自來也終於明白，預言之子並不是長門，而是鳴人，自來也用最後的力量把佩恩的情報寫在蛤蟆的背上，在佩恩的攻擊中沉入水底，但他露出了如釋重負的笑容。
他一直以為自己對“預言之子”的引導失敗了，當年沒有培養好長門，直到最後也沒能阻止佩恩。
但事實上，他把鳴人的父親培養成了偉大的忍者，所寫的書賜予了鳴人名字，同時對鳴人的悉心教導幫助他成長，給了他家人般的溫暖，直到最後自來也才意識到，他已經在無意間正確的引導了“預言之子”。
自來也與佩恩的這一戰，前半段是占據優勢的，擊殺佩恩三道時毫發無損，而且看起來查克拉非常充足。從被修羅道背後偷襲，失去手臂開始，戰況急轉而下。
通過自來也的幾次戰鬥可以發現，他的戰鬥方式非常正派、傳統，依靠結印使用忍術、卷軸使用封印術，不像一些依靠瞳術的忍者隻需要瞪眼就能戰鬥，因此失去一條手臂無法結印的影響非常大，以至於後來隻能用單手施展螺旋丸戰鬥。
如果自來也一開始就知道敵人有六個，沒有掉以輕心，恐怕結果會有改變，佩恩後來自己也說不靠這個秘密無法戰勝自來也。
但雖然結果會有改變，自來也可能查清佩恩的真麵目後用時空忍術全身而退，卻並不意味著自來也能夠打敗佩恩，事實上最強的天道並沒怎麽出手。
後來仙人模式的鳴人實力已經超越了自來也，但對戰佩恩天道時，如果不是雛田擋刀也是要被直接擊殺的，更何況自來也對佩恩的情報一無所知，在完全不知道對方戰鬥方式的情況下隻身對敵，而鳴人那時候已經知道了佩恩的大部分情報，並且是以全村之力對敵。
對於自來也的實力如果要做一個比較客觀的評價，那應該是截止他死的時候，以當時的戰鬥力設定，他的實力幾乎一人之下，在他死後，大筒木的神仙後代們登場，戰鬥力跨次元的飆升，自來也就不行了，隻能算一個比較厲害的影級強者。
這恐怕也是岸本急於讓他謝幕的原因。如果讓自來也參與到後期的戰鬥中，以他前期木葉最強者的定位，難免開出雙萬花筒卡卡西、八門凱那樣的外掛，這對於自來也這種深沉的完美人設來說，顯得有些輕浮。
自來也的故事到此結束，之後穢土轉生的集體複活也沒有讓他再次出場，我覺得這是很好的安排，一方麵，自來也已經完成了自己的使命，很好的推動了火影的劇情，唯一的遺憾就是與綱手的情感沒有挑明，不過這樣的一層窗戶紙也有朦朧的美感。
宇智波鼬的幻術造詣可以說是非常高的，再加上寫輪眼對幻術的增幅，宇智波鼬的幻術甚至超越了幻術本身。霧忍的擁有一隻白眼的青也說過鼬甚至可以使用在連感知能力都無法感知的範圍外操縱他人的幻術，就算不用寫輪眼，鼬的影分身用手指或者烏鴉都可以讓鳴人中幻術。擁有這樣幻術造詣的宇智波鼬自然也對幻術特別的了解，一般人的幻術對他是無效的，那麽鼬麵對仙人模式自來也的幻術能不能免疫甚至反彈呢？劍客覺得這恐怕是不可能的。
首先鼬的反彈幻術是有限定的。宇智波鼬反彈幻術高手夕日紅的魔幻樹縛殺使用的其實一招叫做魔幻鏡天地轉的術。根據官方設定書鬥之書的記載：這個術的效果雖然是解除幻術並且將術的效果反彈給敵人，但是反彈幻術的前提是需要利用寫輪眼的能力瞬間看透對手和對手的幻術才行。隻有不夠完美的幻術才會被反彈迴去。而以鼬的寫輪眼能夠看穿兩大仙人不需要結印的隻有蛤蟆才能看懂的特殊樂章蛤蟆二重唱嗎？恐怕是不可能的吧。
其次蛤蟆二重唱並不是一般的幻術，仙術也會對幻術有很大的加持。作為仙人模式下自來也的超強幻術，蛤蟆二重唱的效果是非常厲害的，尤其是特別的幻術結界。我們都知道一般的幻術都是利用五感控製對手查克拉使其進入幻覺之中。而能夠誕生幻術結界的幻術都是十分的厲害的，比如月讀。蛤蟆二重唱或許還比不上月讀能操控時間，但是在構建幻術結界上已經堪比月讀了。這種級別的聽覺幻術恐怕是很難免疫的，更不用說再加上仙術的加持了。就連輪迴眼都能中招，更不用說萬花筒寫輪眼的鼬了。
再次自來也和鼬的實力本來就很難分高低。雖然說在動漫中宇智波鼬說自己和自來也不是一個級別，但是從設定上看，鼬和自來也的實力還是十分相近的。那麽自然也就不可能存在自來也的大招仙法會被鼬免疫或者反彈的情況。而且就算可以反彈，自來也和兩大仙人恐怕也未必會中這個幻術。
最後魔幻蛤蟆臨唱這個術雖然也算是仙人自來也的幻術，但是其實就是兩大仙人的術。根據者之書的記載，這個術是妙木山自古以來就流傳的幻術樂譜。要知道妙木山聖地可是火影忍者中非常特殊的地方，就連六道仙人都對妙木山有一定的敬意。能被妙木山記載和流傳的術是能輕易免疫的嗎？更不用說鼬連藥師兜的聽覺幻術都無法免疫。恐怕唯一的辦法就是像天道佩恩一樣在這個幻術使用出來之前先殺死施術者。