額而大蛇丸本人也被須佐能乎的“十拳劍”刺中而封禁在葫蘆裏，佐助的咒印也隨著大蛇丸被封印而從此消失。
此時佐助與鼬都已到了極限，佐助連寫
輪眼都使不出來了，鼬的雙眼已經幾近失明，而且不斷吐血，須佐能乎也差點消失。麵對鼬強大的“須佐能乎”，佐助唯有不斷以草薙劍和引爆符進行攻擊，但都被鼬的須佐能乎所持的“八咫鏡”彈開。鼬步步迫近，佐助則節節後退。最後，鼬微笑著在佐助的額頭前輕輕點了一下，說道：“原諒我，佐助，這是最後一次了。”接著就此倒下。天空漸漸變暗，陣雨迷蒙，天仿佛在哭泣一般，而天照之火仍在不滅地燃燒著。當佐助看見旁邊的鼬再也不動後，他明白鼬已經死亡，淒涼地笑了一下之後倒在了鼬的旁邊，兄弟二人並列躺在地上，仿佛永遠隔絕的存在。
“麵具男”找到並救起已經暈倒的佐助，他對佐助宣稱自己就是“宇智波斑”，同時告訴了他家族與木葉曾經的恩怨，以及鼬的真實身份。原來，鼬是木葉的雙重間諜，當年一族意圖謀反，為了防止戰爭的爆發鼬才選擇親手滅掉家族。而鼬其實一直都在暗中保護佐助，當年他以不殺佐助作為同木葉高層談判的條件，並將佐助托付給三代目，因為在鼬的心中，佐助比木葉更加重要。佐助得知真相之後開始慢慢迴憶起鼬的過往，漸漸相信了“麵具男”所說的一切，憤怒與悲傷使得他開啟了萬花筒寫輪眼。他將“蛇”改名為“鷹”，並決定刺殺逼死鼬的幕後黑手──誌村團藏等三位木葉高層，以及摧毀對家族實行滅族政策的木葉。
捕捉八尾
佐助率領的“鷹”與“麵具男”所率的“曉”暫時聯手，作為條件，“鷹”為“曉”捕捉身處雷之國的八尾人柱力。在雲雷岟上，佐助與完美八尾人柱力奇拉比交鋒。由於咒印力量的消失，又是剛開眼的首次作戰，導致前期戰鬥有些吃力，連續兩次被其擊倒，後“鷹”合力將奇拉比逼退。奇拉比是忍者曆史上罕見的能完美控製尾獸之力的人，他完全尾獸化並對“鷹”步步緊逼。佐助眼見身邊的隊友們為了自己不惜生命，想起了以前的第七班，使用萬花筒寫輪眼釋放了──“天照”。熊熊的黑色火焰在八尾身上燃燒，將八尾逐步吞噬，而八尾在掙紮間，將帶有黑火的一條尾巴打向香磷，佐助當即使用千鳥銳槍割斷該部分，但斷尾仍然擊中香磷背部，身上也燃燒起了黑炎。佐助為了保護同伴，情急之下將香磷身上的火焰熄滅，同時也熄滅了八尾身上的火焰，“鷹”返迴。然而八尾已經利用佐助為了救香磷而割斷的斷腿逃生，但“鷹”捕捉八尾的行動卻驚動了奇拉比的兄長──現任雷影艾。
五影會談
“鷹”在一番修整之後決定
向木葉進攻，不過途中被告知木葉已被摧毀，於是轉變目標，潛入五影大會，準備刺殺代理火影的團藏！“鷹”由絕帶領其前往五影大會會場，在到達之後被絕出賣。絕告知五影佐助潛入的消息，憤怒的雷影立馬開始尋找佐助，隨後找到了目標並開戰。雷影的實力異常強大，戰鬥中佐助使出千鳥及天照，並在此戰中首次開啟須佐能乎，但均相持不下。為了阻擋雷影，佐助使用炎遁·加具土命，可誰知雷影選擇玉石俱焚，寧可同歸於盡也要堅持攻擊佐助。此時五代目風影我愛羅出現，使用砂之盾隔絕了二人間的相互攻擊，雷影暫時退下治療斷掉的左手，而佐助則對上了我愛羅等四人。戰鬥中佐助使用須佐能乎，阻擋眾人的合力攻擊，並隨即放棄與眾人繼續糾纏，直奔團藏所在的會談場所。
在會場，佐助見到了團藏，但卻被與“曉”有深仇的水影照美冥纏上，團藏亦在此時趁機逃脫。水影擁有溶遁、沸遁兩種血繼限界，而佐助因連續與多名高手交戰，導致查克拉不足，同時過度地使用須佐能乎造成全身每一個細胞都疼痛不已，無法抵擋水影的忍術。這時白絕趕來解圍，佐助雖然脫困但已筋疲力盡，此時土影大野木卻突然出現並使出塵遁。在所有人都以為佐助已死的時候，“麵具男”架著因查克拉消耗過量而昏迷的佐助出現了，隨即將香磷和佐助轉移至時空間，讓香磷為佐助治療。“麵具男”對著風、雷、土、水四影說出了“月之眼計劃”，並威脅其交出八尾和九尾的人柱力。四影在“麵具男”的逼迫下仍未改變決心。最後，“麵具男”宣布第四次忍界大戰開始了。
“麵具男”出現在逃離
會場的團藏麵前，在打敗了團藏的兩個隨從後，“麵具男”從時空間裏放出佐助與團藏對決。佐助質問團藏關於鼬的真相，在團藏說出真相、稱鼬為木葉的叛徒之後佐助的怒火爆發，用須佐能乎將團藏捏碎，但此時團藏卻又再次出現在佐助身後，兩人繼續對決。佐助不斷使用天照、須佐能乎等招數“殺死”團藏，但團藏仍能不斷“複活”，而團藏更抓住機會使用咒印將佐助定住。
在即將被團藏殺死之際，佐助迴憶起了鼬的事情，須佐能乎升級，衝破咒印扭轉局勢，而團藏那種殺不死的能力的真麵目也漸漸浮出水麵。據“麵具男”所言，那是連宇智波一族都將其列為禁術的絕招“伊邪那岐”。在經過了一番艱苦的對攻持久戰之後，佐助靈活應用幻術使得團藏誤判了形式，將團藏擊倒。瀕死的團藏不甘心失敗，竟挾持香磷做人質，佐助此時被仇恨衝昏了頭腦，用千鳥銳槍將香磷和團藏的要害一起刺穿。苟延殘喘的團藏最後發動“裏四象封印”，試圖將”麵具男“和佐助一同封印進體內，但最終也未能成功。
佐助打敗團藏後，櫻、卡卡西、鳴人先後趕來，第七班重聚。佐助的千鳥與鳴人的螺旋丸再次對峙，雙方在精神世界裏交談，兩人始終未能達成一致，但佐助答應了鳴人的決戰約定，之後和“麵具男”一起離開了現場。由於頻繁使用萬花筒寫輪眼，佐助的視力嚴重下降，趨近失明，他決定聽從“麵具男”的建議，移植鼬的眼睛。
兄弟聯手
佐助成功移植了鼬的眼睛
，瞳力的融合使得雙眼升級為永恆萬花筒寫輪眼。他殺死了監視自己的白絕本體，出關上戰場。途中佐助無意間看到被穢土轉生的鼬，隨即跟了上去。佐助了解到鼬是為了前往阻止穢土轉生，鼬答應會告訴佐助想知道的一切，但必須先活捉藥師兜。兄弟二人在戰鬥中互相配合，找迴了塵封已久的默契。最終，鼬以一族的禁術“伊邪那美”將兜控製，並讓他說出解開穢土轉生的結印式，從而解開了穢土轉生。戰場上因兜操縱穢土大軍而混亂不堪的戰況得以控製，所有被轉生者開始靈魂升天。
鼬將自己所知道的當年所有內情，自己的想法都告訴了佐助，並承認自己因為不相信佐助的實力與意誌，而導致佐助離開木葉等行為。但這次，鼬選擇相信佐助的力量，認為他也許能改變一族。最終鼬對佐助說：“無論將來你選擇什麽樣的道路，我都永遠深愛著你。”
正在加載我都一直深愛著你
鼬靈魂升天，佐助在與鼬交流之後重新思考：“一族是何物？村子是何物？忍者又是何物？”這時，水月和重吾帶著在大蛇丸據點無意間找到的秘密卷軸來找佐助。佐助翻開卷軸，決定通過它解開心中疑惑。佐助迴憶過去卡卡西的封邪法印，反向結印使出解邪法印，通過禦手洗紅豆身上的咒印複活了大蛇丸，然後帶著歸隊的水月、重吾與大蛇丸一起出發尋找答案。
尋找答案
佐助與大蛇丸、水月、重吾來到木葉，進入宇智波一族南賀神社的地下室。卷軸上記載的是破解屍鬼封盡的方法。大蛇丸先帶上漩渦一族的麵具讓死神附身，然後以剖腹的方式解開了封印，釋放出曆代火影的靈魂並找迴了過去被三代目封印在死神體內的雙手，接著使用附著在佐助身上的白絕穢土轉生出了前四任火影。曆代火影對佐助講述了鼬的生平、宇智波一族的曆史、木葉的創立過程，在知曉了一切之後，佐助經過思考，得出了要守護木葉的決定。為了不讓鼬的意誌湮滅，佐助決定重返戰場。途中遇到越獄逃出木葉的香磷，對香磷道歉。眾人兵分兩路，佐助、重吾與曆代火影前往“麵具男”宇智波帶土以及真正的宇智波斑（穢土轉生）所在的十尾戰場，大蛇丸則帶著水月、香磷前去救助現任五影。
忍界大戰
四位火影悉數到達戰場，使出“四赤陽陣”困住
十尾，緊接著佐助也到達戰場，並且對眾人說出自己想法的改變，更說出自己要成為火影以改變村子的現狀。第七班複活後，眾新生代忍者們對十尾發動了猛攻，忍者聯軍勢如破竹，佐助的炎遁與鳴人的風遁在戰鬥中配合產生了巨大的威力，十尾也一度被壓製。眼看著勝利在望，帶土從異空間返迴，將十尾吸收並成為了十尾人柱力。
麵對能讓所有忍術失效的強敵，眾人感受到了前所未有的壓力，而看到熟練操控九尾查克拉和仙人模式的鳴人，佐助的心中也再次冒出了不甘的念頭。帶土為了發動無限月讀而釋放出神樹，眼見連鳴人都差不多無法再戰，佐助主動上前劈開了神樹樹枝，重新激發了鳴人的鬥誌。為了應對十尾人柱力讓忍術失效的能力，佐助的須佐能乎吸收適應了重吾的咒印轉變成了仙術·須佐能乎，他和鳴人聯手攻擊強大的十尾人柱力帶土，但還是被擊倒在地。
為了重拾希望，鳴人和佐助最後孤注一擲，兩人合力使用威裝·須佐能乎，時隔多年，九尾再次披上了須佐能乎之鎧。在過去同伴的合力下，帶土終於受到了重創。眾人成功解救出了被困在帶土體內的尾獸。
戰敗後的帶土決定
贖罪，然而斑趁帶土虛弱之際使用黑絕控製帶土使用輪迴天生之術複活了穢土之軀的自己。佐助與鳴人、佐井對斑展開了攻擊，佐助刺穿了斑的右臂，斑感覺到佐助的萬花筒寫輪眼和自己一樣是直勾玉，打算邀請佐助與自己聯手，但佐助選擇了拒絕。
之後斑將九大尾獸重新捕獲，準備成為十尾人柱力。此時佐助被初代火影傳授能與仙術查克拉唿應並束縛住斑的術，打算以此來阻止斑，而初代選擇佐助的理由是他認為佐助很像斑的弟弟宇智波泉奈。佐助從空中對斑發起突襲，卻被斑用“輪墓·邊獄”定住，斑絲毫沒有顧念同族之情刺穿了佐助的心髒。
瀕死之際佐助迴憶起了哥哥的話。此時從伊邪那美中重拾自我的藥師兜來到戰場，以仙人模式出現在佐助身邊，他用自己的醫療忍術，配合已經研究完成的初代細胞加上二代提供的禁術對其進行救治。在精神世界裏，佐助見到了傳說中的六道仙人，從六道仙人處佐助知道了一切的起源，得知自己是六道仙人長子因陀羅的轉世。鳴人和佐助兩人在選擇了各自的道路後，接受了六道仙人饋贈的力量。
佐助蘇醒，左手掌心出現月亮
的圖案，象征著六道陰之力，能觸碰斑的黑棒而不受影響，左眼開啟了勾玉輪迴眼，借二代目火影的飛雷神之術同鳴人匯合，與斑決戰。
獲得了六道仙人饋贈之力的二人實力今非昔比，戰鬥中佐助看穿了斑的輪墓·邊獄，並分析出斑的影子每隔一段時間就要迴歸本體的弱點。佐助使用“天手力”將斑移動到自己與鳴人中間，兩人合力欲將其封印，危機之中斑使用影子作為替身逃脫。為了對抗實力大進的二人，斑決定集齊自己的一對輪迴眼。他以迅雷不及掩耳之勢奪取了卡卡西的萬花筒寫輪眼，使出神威進入了時空間。
第七班機緣巧合下再次齊聚。此時，斑集齊了自己的輪迴眼，自時空間迴歸。斑同時施展輪墓和地爆天星對第七班展開了攻擊，鳴人使出六道仙術和影分身對抗輪墓，佐助開啟完成體須佐能乎飛上天空劈開地爆天星，而斑的所有攻擊其實都隻是在為自己發動無限月讀爭取時間。
無限月讀即將發動，佐助意識到形勢不妙緊急返迴地麵，使用自己的須佐能乎將鳴人等人保護了起來，避免被無限月讀的光芒照到。
無限月讀施放結束後，斑打算親手消滅第七班，但此時卻發生了一件令所有人匪夷所思的事情，黑絕突然從後麵將斑貫穿，並聲稱自己代表的是傳說中的“查克拉之祖”大筒木輝夜的意誌。
封印輝夜
地麵噴射出大量高密度查克拉，斑的身體因為吸收查克拉過量而不斷膨脹。最終輝夜以斑為媒介複活了。
輝夜立即發動了“天之禦中”，將第七班和帶土轉移到異空間，並聲稱要消滅眾人，迴收所有的查克拉。眾人猛然發覺自己身處岩漿之上，危急中佐助通靈出鷹，抓住正在下墜的鳴人。佐助表示救鳴人是因為與其合力才能封印輝夜，而救卡卡西和櫻隻是順便的行為，鳴人則說出過去佐助舍身為他擋住白的攻擊一事，暗示佐助救他們其實出於內心本能。
此時，輝夜開始發起攻擊，二人聯手抗敵，但輝夜強大的實力前所未見，兩人先後被“八十神空擊”擊退。接著，輝夜使出“黃泉比良阪”從佐助鳴人背後偷襲，將黑絕附在二人身上吸取力量。黑絕對二人訴說了輝夜的過去，承認自己挑唆因陀羅對抗阿修羅、篡改羽衣留給宇智波一族的石碑內容等等行為，而這一切的目的都是為了複活輝夜。
三人繼續纏鬥，鳴人的佯攻計劃險些得手，關鍵
時刻輝夜再次發動瞳術，將戰場轉換到冰雪世界化解了二人的攻勢。
二人的實力有點超出了輝夜的預計，黑絕建議輝夜對兩人實行各個擊破，於是輝夜單獨將佐助轉移至沙漠世界。
佐助使出渾身解數也無法離開異空間，而此時櫻和帶土合力開啟了空間通道唿喚佐助，佐助在最後時刻使用“天手力”瞬間與遠處空間互換位置，成功離開沙漠，與鳴人重新匯合。
看到二人再度聯手，輝夜也開始擔心了起來，於是她發動了超重力空間，使出絕招“共殺灰骨”打算結束戰鬥。為了保護兩人，帶土壯烈犧牲，但是也為佐助的瞳力恢複爭取了寶貴的時間，同時激發了鳴人的鬥誌，並且還在自己死後將查克拉附著於卡卡西身上，使其短時間內擁有萬花筒的能力。最終第七班在卡卡西的指揮下，進行了最後一次完美的配合，封印了輝夜。
和解之印
大戰結束，但佐助並沒有就此和鳴人一起解
除無限月讀，而是揚言要將現任五影處以極刑，接著使用幻術和地爆天星封印了九大尾獸。鳴人決定出麵製止佐助，兩人前往終末之穀展開宿命的最終決戰。佐助否認了鳴人追求和平的方式，認為要真正實現和平，應獨自背負著全世界的仇恨，使忍界有公敵，才能讓人們團結起來。而鳴人是他現存唯一的羈絆。隻有親手殺死鳴人，才能完成他的這一目標。
經過一天一夜的激烈鏖戰，二人均失去了一隻手臂（鳴人失去前端右臂，佐助則失去前端左臂），兩人均身受重傷不支倒地。麵對如此堅持製止他的鳴人，佐助表示自己對於鳴人的做法感到疑惑不解，自己也想自我了結來贖罪，鳴人則告訴佐助自己早已將他視為朋友，所以無論如何都會分擔他的痛苦，阻止他身陷泥沼。佐助繼而迴憶起迄今為止和鳴人邂逅的點點滴滴，最後笑著承認鳴人才是這場對決裏真正的贏家。
正在加載二人和解
之後，櫻和卡卡西抵達終末之穀，為重傷倒地的二人療傷。佐助首次坦然接受內心感情，為先前所鑄下的錯誤向櫻致歉，並且和鳴人一起解開了無限月讀，救出了深陷幻術中的世人。
返迴村裏休養直至康複後，佐助告知卡卡西和櫻他即將再度啟程，遠行他方看一看曾經因為自己被仇恨蒙蔽了雙眼而錯過的人和事。佐助婉拒了櫻希望與之同行的請求，並答應自己會再度歸來。才離村沒多久，鳴人出現在佐助的麵前，交還當初被自己用螺旋丸劃過的木葉護額。佐助收下護額，承諾履行忍者的職責，兩人就此告別。
大結局
多年以後，佐助與櫻成為夫妻，兩人育有一女——宇智波佐良娜。
（第二部完）
父女相聚
已經成為木葉高層的佐助，在五大國中有著舉足輕重的地位。為了調查輝夜之謎，佐助長期在外，自女兒懂事後便沒有迴過家，這引起了女兒的不滿。
某天，佐良娜決定去見見自己的父親，於是跟在第七代火影——漩渦鳴人身後離開了村子，最後在峠塔見到了佐助。經過一係列的誤會、開導和諒解後，佐良娜的心終於再次與父母連在了一起。在和家人短暫相聚後，佐助帶上承載著家人之愛的便當再次出發，佐良娜則下定決心要當上火影。
引領新一代
在輝夜的異空間執行任務的佐助，發現新的敵人——桃式正在逼近，於是來到鳴人處商討對策。此時，從佐良娜那裏聽聞佐助是“鳴人唯一的對手”的鳴人長子漩渦慕留人，為了知曉父親的弱點而請求佐助收自己為徒。深明朋友狀況的佐助，在提出了“先學會螺旋丸”的條件之後，約定成為慕留人的師父。在修行過程中，佐助意外地發現慕留人的巨大潛力。
慕留人因在中忍考試中作弊而被削除下忍資格，木葉護額也被鳴人沒收。這時桃式來襲，鳴人為了保護村子而被抓。同樣曾被削除了下忍資格的佐助，在慕留人的身上看見了鳴人的身影，於是將自己幼時被鳴人用螺旋丸劃上“叛忍”象征的護額贈給了慕留人。佐助帶著慕留人和四影進入異空間解救鳴人。最終，在佐助、鳴人、慕留人三人配合下，桃式終於被消滅了。從此，慕留人決定要成為像佐助一樣暗中守護村子的人，協助選擇成為火影的佐良娜。
此時佐助與鼬都已到了極限，佐助連寫
輪眼都使不出來了，鼬的雙眼已經幾近失明，而且不斷吐血，須佐能乎也差點消失。麵對鼬強大的“須佐能乎”，佐助唯有不斷以草薙劍和引爆符進行攻擊，但都被鼬的須佐能乎所持的“八咫鏡”彈開。鼬步步迫近，佐助則節節後退。最後，鼬微笑著在佐助的額頭前輕輕點了一下，說道：“原諒我，佐助，這是最後一次了。”接著就此倒下。天空漸漸變暗，陣雨迷蒙，天仿佛在哭泣一般，而天照之火仍在不滅地燃燒著。當佐助看見旁邊的鼬再也不動後，他明白鼬已經死亡，淒涼地笑了一下之後倒在了鼬的旁邊，兄弟二人並列躺在地上，仿佛永遠隔絕的存在。
“麵具男”找到並救起已經暈倒的佐助，他對佐助宣稱自己就是“宇智波斑”，同時告訴了他家族與木葉曾經的恩怨，以及鼬的真實身份。原來，鼬是木葉的雙重間諜，當年一族意圖謀反，為了防止戰爭的爆發鼬才選擇親手滅掉家族。而鼬其實一直都在暗中保護佐助，當年他以不殺佐助作為同木葉高層談判的條件，並將佐助托付給三代目，因為在鼬的心中，佐助比木葉更加重要。佐助得知真相之後開始慢慢迴憶起鼬的過往，漸漸相信了“麵具男”所說的一切，憤怒與悲傷使得他開啟了萬花筒寫輪眼。他將“蛇”改名為“鷹”，並決定刺殺逼死鼬的幕後黑手──誌村團藏等三位木葉高層，以及摧毀對家族實行滅族政策的木葉。
捕捉八尾
佐助率領的“鷹”與“麵具男”所率的“曉”暫時聯手，作為條件，“鷹”為“曉”捕捉身處雷之國的八尾人柱力。在雲雷岟上，佐助與完美八尾人柱力奇拉比交鋒。由於咒印力量的消失，又是剛開眼的首次作戰，導致前期戰鬥有些吃力，連續兩次被其擊倒，後“鷹”合力將奇拉比逼退。奇拉比是忍者曆史上罕見的能完美控製尾獸之力的人，他完全尾獸化並對“鷹”步步緊逼。佐助眼見身邊的隊友們為了自己不惜生命，想起了以前的第七班，使用萬花筒寫輪眼釋放了──“天照”。熊熊的黑色火焰在八尾身上燃燒，將八尾逐步吞噬，而八尾在掙紮間，將帶有黑火的一條尾巴打向香磷，佐助當即使用千鳥銳槍割斷該部分，但斷尾仍然擊中香磷背部，身上也燃燒起了黑炎。佐助為了保護同伴，情急之下將香磷身上的火焰熄滅，同時也熄滅了八尾身上的火焰，“鷹”返迴。然而八尾已經利用佐助為了救香磷而割斷的斷腿逃生，但“鷹”捕捉八尾的行動卻驚動了奇拉比的兄長──現任雷影艾。
五影會談
“鷹”在一番修整之後決定
向木葉進攻，不過途中被告知木葉已被摧毀，於是轉變目標，潛入五影大會，準備刺殺代理火影的團藏！“鷹”由絕帶領其前往五影大會會場，在到達之後被絕出賣。絕告知五影佐助潛入的消息，憤怒的雷影立馬開始尋找佐助，隨後找到了目標並開戰。雷影的實力異常強大，戰鬥中佐助使出千鳥及天照，並在此戰中首次開啟須佐能乎，但均相持不下。為了阻擋雷影，佐助使用炎遁·加具土命，可誰知雷影選擇玉石俱焚，寧可同歸於盡也要堅持攻擊佐助。此時五代目風影我愛羅出現，使用砂之盾隔絕了二人間的相互攻擊，雷影暫時退下治療斷掉的左手，而佐助則對上了我愛羅等四人。戰鬥中佐助使用須佐能乎，阻擋眾人的合力攻擊，並隨即放棄與眾人繼續糾纏，直奔團藏所在的會談場所。
在會場，佐助見到了團藏，但卻被與“曉”有深仇的水影照美冥纏上，團藏亦在此時趁機逃脫。水影擁有溶遁、沸遁兩種血繼限界，而佐助因連續與多名高手交戰，導致查克拉不足，同時過度地使用須佐能乎造成全身每一個細胞都疼痛不已，無法抵擋水影的忍術。這時白絕趕來解圍，佐助雖然脫困但已筋疲力盡，此時土影大野木卻突然出現並使出塵遁。在所有人都以為佐助已死的時候，“麵具男”架著因查克拉消耗過量而昏迷的佐助出現了，隨即將香磷和佐助轉移至時空間，讓香磷為佐助治療。“麵具男”對著風、雷、土、水四影說出了“月之眼計劃”，並威脅其交出八尾和九尾的人柱力。四影在“麵具男”的逼迫下仍未改變決心。最後，“麵具男”宣布第四次忍界大戰開始了。
“麵具男”出現在逃離
會場的團藏麵前，在打敗了團藏的兩個隨從後，“麵具男”從時空間裏放出佐助與團藏對決。佐助質問團藏關於鼬的真相，在團藏說出真相、稱鼬為木葉的叛徒之後佐助的怒火爆發，用須佐能乎將團藏捏碎，但此時團藏卻又再次出現在佐助身後，兩人繼續對決。佐助不斷使用天照、須佐能乎等招數“殺死”團藏，但團藏仍能不斷“複活”，而團藏更抓住機會使用咒印將佐助定住。
在即將被團藏殺死之際，佐助迴憶起了鼬的事情，須佐能乎升級，衝破咒印扭轉局勢，而團藏那種殺不死的能力的真麵目也漸漸浮出水麵。據“麵具男”所言，那是連宇智波一族都將其列為禁術的絕招“伊邪那岐”。在經過了一番艱苦的對攻持久戰之後，佐助靈活應用幻術使得團藏誤判了形式，將團藏擊倒。瀕死的團藏不甘心失敗，竟挾持香磷做人質，佐助此時被仇恨衝昏了頭腦，用千鳥銳槍將香磷和團藏的要害一起刺穿。苟延殘喘的團藏最後發動“裏四象封印”，試圖將”麵具男“和佐助一同封印進體內，但最終也未能成功。
佐助打敗團藏後，櫻、卡卡西、鳴人先後趕來，第七班重聚。佐助的千鳥與鳴人的螺旋丸再次對峙，雙方在精神世界裏交談，兩人始終未能達成一致，但佐助答應了鳴人的決戰約定，之後和“麵具男”一起離開了現場。由於頻繁使用萬花筒寫輪眼，佐助的視力嚴重下降，趨近失明，他決定聽從“麵具男”的建議，移植鼬的眼睛。
兄弟聯手
佐助成功移植了鼬的眼睛
，瞳力的融合使得雙眼升級為永恆萬花筒寫輪眼。他殺死了監視自己的白絕本體，出關上戰場。途中佐助無意間看到被穢土轉生的鼬，隨即跟了上去。佐助了解到鼬是為了前往阻止穢土轉生，鼬答應會告訴佐助想知道的一切，但必須先活捉藥師兜。兄弟二人在戰鬥中互相配合，找迴了塵封已久的默契。最終，鼬以一族的禁術“伊邪那美”將兜控製，並讓他說出解開穢土轉生的結印式，從而解開了穢土轉生。戰場上因兜操縱穢土大軍而混亂不堪的戰況得以控製，所有被轉生者開始靈魂升天。
鼬將自己所知道的當年所有內情，自己的想法都告訴了佐助，並承認自己因為不相信佐助的實力與意誌，而導致佐助離開木葉等行為。但這次，鼬選擇相信佐助的力量，認為他也許能改變一族。最終鼬對佐助說：“無論將來你選擇什麽樣的道路，我都永遠深愛著你。”
正在加載我都一直深愛著你
鼬靈魂升天，佐助在與鼬交流之後重新思考：“一族是何物？村子是何物？忍者又是何物？”這時，水月和重吾帶著在大蛇丸據點無意間找到的秘密卷軸來找佐助。佐助翻開卷軸，決定通過它解開心中疑惑。佐助迴憶過去卡卡西的封邪法印，反向結印使出解邪法印，通過禦手洗紅豆身上的咒印複活了大蛇丸，然後帶著歸隊的水月、重吾與大蛇丸一起出發尋找答案。
尋找答案
佐助與大蛇丸、水月、重吾來到木葉，進入宇智波一族南賀神社的地下室。卷軸上記載的是破解屍鬼封盡的方法。大蛇丸先帶上漩渦一族的麵具讓死神附身，然後以剖腹的方式解開了封印，釋放出曆代火影的靈魂並找迴了過去被三代目封印在死神體內的雙手，接著使用附著在佐助身上的白絕穢土轉生出了前四任火影。曆代火影對佐助講述了鼬的生平、宇智波一族的曆史、木葉的創立過程，在知曉了一切之後，佐助經過思考，得出了要守護木葉的決定。為了不讓鼬的意誌湮滅，佐助決定重返戰場。途中遇到越獄逃出木葉的香磷，對香磷道歉。眾人兵分兩路，佐助、重吾與曆代火影前往“麵具男”宇智波帶土以及真正的宇智波斑（穢土轉生）所在的十尾戰場，大蛇丸則帶著水月、香磷前去救助現任五影。
忍界大戰
四位火影悉數到達戰場，使出“四赤陽陣”困住
十尾，緊接著佐助也到達戰場，並且對眾人說出自己想法的改變，更說出自己要成為火影以改變村子的現狀。第七班複活後，眾新生代忍者們對十尾發動了猛攻，忍者聯軍勢如破竹，佐助的炎遁與鳴人的風遁在戰鬥中配合產生了巨大的威力，十尾也一度被壓製。眼看著勝利在望，帶土從異空間返迴，將十尾吸收並成為了十尾人柱力。
麵對能讓所有忍術失效的強敵，眾人感受到了前所未有的壓力，而看到熟練操控九尾查克拉和仙人模式的鳴人，佐助的心中也再次冒出了不甘的念頭。帶土為了發動無限月讀而釋放出神樹，眼見連鳴人都差不多無法再戰，佐助主動上前劈開了神樹樹枝，重新激發了鳴人的鬥誌。為了應對十尾人柱力讓忍術失效的能力，佐助的須佐能乎吸收適應了重吾的咒印轉變成了仙術·須佐能乎，他和鳴人聯手攻擊強大的十尾人柱力帶土，但還是被擊倒在地。
為了重拾希望，鳴人和佐助最後孤注一擲，兩人合力使用威裝·須佐能乎，時隔多年，九尾再次披上了須佐能乎之鎧。在過去同伴的合力下，帶土終於受到了重創。眾人成功解救出了被困在帶土體內的尾獸。
戰敗後的帶土決定
贖罪，然而斑趁帶土虛弱之際使用黑絕控製帶土使用輪迴天生之術複活了穢土之軀的自己。佐助與鳴人、佐井對斑展開了攻擊，佐助刺穿了斑的右臂，斑感覺到佐助的萬花筒寫輪眼和自己一樣是直勾玉，打算邀請佐助與自己聯手，但佐助選擇了拒絕。
之後斑將九大尾獸重新捕獲，準備成為十尾人柱力。此時佐助被初代火影傳授能與仙術查克拉唿應並束縛住斑的術，打算以此來阻止斑，而初代選擇佐助的理由是他認為佐助很像斑的弟弟宇智波泉奈。佐助從空中對斑發起突襲，卻被斑用“輪墓·邊獄”定住，斑絲毫沒有顧念同族之情刺穿了佐助的心髒。
瀕死之際佐助迴憶起了哥哥的話。此時從伊邪那美中重拾自我的藥師兜來到戰場，以仙人模式出現在佐助身邊，他用自己的醫療忍術，配合已經研究完成的初代細胞加上二代提供的禁術對其進行救治。在精神世界裏，佐助見到了傳說中的六道仙人，從六道仙人處佐助知道了一切的起源，得知自己是六道仙人長子因陀羅的轉世。鳴人和佐助兩人在選擇了各自的道路後，接受了六道仙人饋贈的力量。
佐助蘇醒，左手掌心出現月亮
的圖案，象征著六道陰之力，能觸碰斑的黑棒而不受影響，左眼開啟了勾玉輪迴眼，借二代目火影的飛雷神之術同鳴人匯合，與斑決戰。
獲得了六道仙人饋贈之力的二人實力今非昔比，戰鬥中佐助看穿了斑的輪墓·邊獄，並分析出斑的影子每隔一段時間就要迴歸本體的弱點。佐助使用“天手力”將斑移動到自己與鳴人中間，兩人合力欲將其封印，危機之中斑使用影子作為替身逃脫。為了對抗實力大進的二人，斑決定集齊自己的一對輪迴眼。他以迅雷不及掩耳之勢奪取了卡卡西的萬花筒寫輪眼，使出神威進入了時空間。
第七班機緣巧合下再次齊聚。此時，斑集齊了自己的輪迴眼，自時空間迴歸。斑同時施展輪墓和地爆天星對第七班展開了攻擊，鳴人使出六道仙術和影分身對抗輪墓，佐助開啟完成體須佐能乎飛上天空劈開地爆天星，而斑的所有攻擊其實都隻是在為自己發動無限月讀爭取時間。
無限月讀即將發動，佐助意識到形勢不妙緊急返迴地麵，使用自己的須佐能乎將鳴人等人保護了起來，避免被無限月讀的光芒照到。
無限月讀施放結束後，斑打算親手消滅第七班，但此時卻發生了一件令所有人匪夷所思的事情，黑絕突然從後麵將斑貫穿，並聲稱自己代表的是傳說中的“查克拉之祖”大筒木輝夜的意誌。
封印輝夜
地麵噴射出大量高密度查克拉，斑的身體因為吸收查克拉過量而不斷膨脹。最終輝夜以斑為媒介複活了。
輝夜立即發動了“天之禦中”，將第七班和帶土轉移到異空間，並聲稱要消滅眾人，迴收所有的查克拉。眾人猛然發覺自己身處岩漿之上，危急中佐助通靈出鷹，抓住正在下墜的鳴人。佐助表示救鳴人是因為與其合力才能封印輝夜，而救卡卡西和櫻隻是順便的行為，鳴人則說出過去佐助舍身為他擋住白的攻擊一事，暗示佐助救他們其實出於內心本能。
此時，輝夜開始發起攻擊，二人聯手抗敵，但輝夜強大的實力前所未見，兩人先後被“八十神空擊”擊退。接著，輝夜使出“黃泉比良阪”從佐助鳴人背後偷襲，將黑絕附在二人身上吸取力量。黑絕對二人訴說了輝夜的過去，承認自己挑唆因陀羅對抗阿修羅、篡改羽衣留給宇智波一族的石碑內容等等行為，而這一切的目的都是為了複活輝夜。
三人繼續纏鬥，鳴人的佯攻計劃險些得手，關鍵
時刻輝夜再次發動瞳術，將戰場轉換到冰雪世界化解了二人的攻勢。
二人的實力有點超出了輝夜的預計，黑絕建議輝夜對兩人實行各個擊破，於是輝夜單獨將佐助轉移至沙漠世界。
佐助使出渾身解數也無法離開異空間，而此時櫻和帶土合力開啟了空間通道唿喚佐助，佐助在最後時刻使用“天手力”瞬間與遠處空間互換位置，成功離開沙漠，與鳴人重新匯合。
看到二人再度聯手，輝夜也開始擔心了起來，於是她發動了超重力空間，使出絕招“共殺灰骨”打算結束戰鬥。為了保護兩人，帶土壯烈犧牲，但是也為佐助的瞳力恢複爭取了寶貴的時間，同時激發了鳴人的鬥誌，並且還在自己死後將查克拉附著於卡卡西身上，使其短時間內擁有萬花筒的能力。最終第七班在卡卡西的指揮下，進行了最後一次完美的配合，封印了輝夜。
和解之印
大戰結束，但佐助並沒有就此和鳴人一起解
除無限月讀，而是揚言要將現任五影處以極刑，接著使用幻術和地爆天星封印了九大尾獸。鳴人決定出麵製止佐助，兩人前往終末之穀展開宿命的最終決戰。佐助否認了鳴人追求和平的方式，認為要真正實現和平，應獨自背負著全世界的仇恨，使忍界有公敵，才能讓人們團結起來。而鳴人是他現存唯一的羈絆。隻有親手殺死鳴人，才能完成他的這一目標。
經過一天一夜的激烈鏖戰，二人均失去了一隻手臂（鳴人失去前端右臂，佐助則失去前端左臂），兩人均身受重傷不支倒地。麵對如此堅持製止他的鳴人，佐助表示自己對於鳴人的做法感到疑惑不解，自己也想自我了結來贖罪，鳴人則告訴佐助自己早已將他視為朋友，所以無論如何都會分擔他的痛苦，阻止他身陷泥沼。佐助繼而迴憶起迄今為止和鳴人邂逅的點點滴滴，最後笑著承認鳴人才是這場對決裏真正的贏家。
正在加載二人和解
之後，櫻和卡卡西抵達終末之穀，為重傷倒地的二人療傷。佐助首次坦然接受內心感情，為先前所鑄下的錯誤向櫻致歉，並且和鳴人一起解開了無限月讀，救出了深陷幻術中的世人。
返迴村裏休養直至康複後，佐助告知卡卡西和櫻他即將再度啟程，遠行他方看一看曾經因為自己被仇恨蒙蔽了雙眼而錯過的人和事。佐助婉拒了櫻希望與之同行的請求，並答應自己會再度歸來。才離村沒多久，鳴人出現在佐助的麵前，交還當初被自己用螺旋丸劃過的木葉護額。佐助收下護額，承諾履行忍者的職責，兩人就此告別。
大結局
多年以後，佐助與櫻成為夫妻，兩人育有一女——宇智波佐良娜。
（第二部完）
父女相聚
已經成為木葉高層的佐助，在五大國中有著舉足輕重的地位。為了調查輝夜之謎，佐助長期在外，自女兒懂事後便沒有迴過家，這引起了女兒的不滿。
某天，佐良娜決定去見見自己的父親，於是跟在第七代火影——漩渦鳴人身後離開了村子，最後在峠塔見到了佐助。經過一係列的誤會、開導和諒解後，佐良娜的心終於再次與父母連在了一起。在和家人短暫相聚後，佐助帶上承載著家人之愛的便當再次出發，佐良娜則下定決心要當上火影。
引領新一代
在輝夜的異空間執行任務的佐助，發現新的敵人——桃式正在逼近，於是來到鳴人處商討對策。此時，從佐良娜那裏聽聞佐助是“鳴人唯一的對手”的鳴人長子漩渦慕留人，為了知曉父親的弱點而請求佐助收自己為徒。深明朋友狀況的佐助，在提出了“先學會螺旋丸”的條件之後，約定成為慕留人的師父。在修行過程中，佐助意外地發現慕留人的巨大潛力。
慕留人因在中忍考試中作弊而被削除下忍資格，木葉護額也被鳴人沒收。這時桃式來襲，鳴人為了保護村子而被抓。同樣曾被削除了下忍資格的佐助，在慕留人的身上看見了鳴人的身影，於是將自己幼時被鳴人用螺旋丸劃上“叛忍”象征的護額贈給了慕留人。佐助帶著慕留人和四影進入異空間解救鳴人。最終，在佐助、鳴人、慕留人三人配合下，桃式終於被消滅了。從此，慕留人決定要成為像佐助一樣暗中守護村子的人，協助選擇成為火影的佐良娜。