此時的鼬仍然以為自己可以安排佐助的命運，但他快就發現自己錯了，佐助見過鼬後，原本快要被友情壓抑的複仇之火重燃，為了盡快獲得力量，他竟然離開村子，投奔了大蛇丸。
三年後，曉組織正在抽取一尾人柱力的尾獸時，發現木葉和砂隱的忍者找到了他們的據點。聽說來者中有鳴人，鼬主動申請去攔截他們，一方麵他擔心鳴人這個木葉的柱力落入曉的其他人手中，另一方麵，他想看看鳴人這幾年的成長，是否能承受自己的托付。
自從上次見麵後，鳴人一直在自來也的指導下修行，進步神速，看到鳴人使出大玉螺旋丸，鼬知道鳴人有足夠的潛力。但他不確定鳴人對佐助的感情有多堅定，所以沒有立即把重任托付給他。
此時佐助在大蛇丸的指導下，掌握了天之咒印的力量，開發了s級忍術麒麟，之後更是吞噬了大蛇丸。雖然尚未開啟萬花筒，但佐助仍然以為自己的實力足以殺死鼬了，於是他組建了一支小隊，開始尋找鼬。而木葉村在經過支援砂忍和飛段角都的事件後，終於騰出手來，鳴人、卡卡西、大和等人組建了精銳小隊，開始了第二次佐助奪迴行動。
但鳴人還沒找到佐助，就再次遇到了鼬。鼬已經做好了去見佐助最後一麵的準備，在此之前，他有個東西要交給鳴人。鼬問鳴人：“你為什麽對我的弟弟這麽執著？那家夥是叛忍吧。”鳴人說道：“與你相比，我更把他當做兄弟。”聽到這樣的迴答，鼬笑了，這應該是他離開村子後第一次笑得如此欣慰，看到世界上還有人愛著佐助，他很高興。
鼬把止水托付給他的眼睛交給了鳴人，並設置成了一旦見到自己的萬花筒，就會自動施展別天神。為了讓佐助和木葉緊緊聯係在一起，他做了多重保險，這是最後的一重，如果最終佐助與木葉為敵，將他視為兄弟的鳴人一定會去阻止，彼時能夠改寫他人意誌的幻術別天神，就會迫使佐助“守護木葉”。隻是鼬沒有想到，最終中了這個術的人是他自己。完成這個布置後，鼬用分身告訴了佐助自己的位置，在宇智波家族的據點，靜待著自己的最後一場戲。
佐助的隊友被鬼鮫攔下，獨自赴約。他迴想著記憶中幸福的家庭，直到那個血腥的夜晚，宇智波一族的仇、父母的仇，終於到了清算的時刻。此時的鼬因為長期使用萬花筒快要失明，但他還是強撐著陪佐助戰鬥。佐助再次問他為什麽要滅族，他不信鼬做這種事會沒有理由。為了讓佐助把仇恨集中在自己身上，鼬編造了一個“真相”。
鼬：“你知道萬花筒寫輪眼的秘密嗎？”佐助不解，鼬繼續半真半假的編著：“萬花筒寫輪眼自開啟的那一刻，便走向黑暗，使用越多封印就越嚴重，直到失去光明。隻有移植親兄弟的萬花筒寫輪眼才能恢複，並獲得永恆的力量。當年之所滅族且不殺你，就是為了刺激你開啟萬花筒，然後奪取你的眼睛！兄弟相殘本就是宇智波一族的宿命佐助，你就是我的配件！而我將開啟永恆萬花筒，達到宇智波真正的巔峰！”
鼬的這段戲演到了極致，讓佐助信以為真。“全部都是為了這個麽？”，佐助再沒有疑慮，兩人正式交手。
在手裏劍和體術的較量中，他們不分勝負。但在幻術較量中，佐助中了月讀，在幻術世界中被鼬挖去了眼睛。但佐助憑借咒印的力量和心中的憎恨，竟然破解了月讀。形式看似逆轉，鼬由於月讀的消耗元氣大傷，佐助趁機使出影手裏劍之術，並用鋼絲操控手裏劍的機關，第一次擊傷了鼬。兩人從屋內打到房頂，開始了忍術較量。
在火遁對轟中，佐助憑借肺活量再次占據優勢，但鼬知道這種程度的戰鬥是無法讓佐助滿意的，於是使用了右眼的瞳術天照。天照很快吞噬了其他火焰，差點燒到了佐助，鼬趕緊關掉天照，待佐助反應過來開始躲避時，他又小心翼翼的用天照燒掉了佐助咒印化的翅膀。
佐助用大蛇丸流替身術蛻皮逃脫，“不愧是你，看來隻能用那招了”，佐助信心滿滿的準備著絕招。
他用火龍彈之術射向天空，加上之前兩人的火遁與天照的高溫，天空形成了龐大的雷雲，驟然間電閃雷鳴。佐助跳上高牆，高舉右手，仿佛一根避雷針。他用千鳥引導雷電直接劈向鼬，這飽含大自然威能的一擊，就是他自創的s級忍術麒麟。
隻可惜在忍者世界裏，大自然的威能不過爾爾，鼬也拿出全力，用須佐能乎擋下了這被佐助寄予全部希望的一擊。這是須佐能乎在劇中的第一次亮相，佐助從未見過這近乎神話般的忍術。此時的他連控製身體的力量都沒有了，而先前被他吞噬的大蛇丸乘機從咒印中掙脫，直接發動了禁術，八歧之術。
可惜八歧大蛇剛一登場，就遇到了神話中的克星，手持十拳劍的須佐之男。大蛇丸好不容易重見天日，還沒來得及說完一句話，就和八岐大蛇一同被十拳劍封印了，佐助身上的咒印也隨之消失了，鼬的另一個目的達成——將大蛇丸從佐助身上徹底祓除。
隻剩下一件事要做了，他朝著佐助走去。佐助用起爆符做著無力的抵抗，看到鼬說著：“我的眼睛…”他嚇得退縮到牆角，瑟瑟發抖，這樣的恐懼，就像迴到了那個滅族之夜。最後，鼬抬起手，放在佐助眼前。“原諒我，這是最後一次了”，他輕輕點了下佐助的額頭。
深埋心底的記憶開始浮現，眼前的鼬，一如小時候那個溫柔的哥哥。鼬的戲終於落幕，倒在了佐助麵前。
他所看到的未來，是自己死後，佐助重歸木葉，成為替家族報仇、替村子誅殺叛徒的英雄。他已經告訴了佐助永恆萬花筒寫輪眼的開啟方法，佐助將會移植自己的眼睛，達到宇智波的巔峰，然後重建家族。
他知道佐助無法看穿真相，但世上還有幾個知道真相的人存在，木葉的人不會引火燒身，唯一的風險就是那夜和自己一起滅族的帶土。
為此，鼬把天照封印在佐助的左眼，設置成隻要看見帶土的寫輪眼就會自動發動，出其不意之下，應該能幹掉那人。如果最終佐助還是得知了真相，要與木葉為敵，那麽就隻能靠埋藏在鳴人體內的止水的眼睛了。
鼬的計劃可謂萬全，連失敗的補救措施都想到了。但他萬萬沒想到的是，在之後爆發的第四次忍界大戰中，已經死去的自己竟然被穢土轉生複活，更是先於佐助遇上了鳴人，於是原本為佐助準備的別天神用在了自己身上。聽到鳴人說佐助已經加入曉，正在向木葉複仇，鼬知道自己徹底失敗了。
好在別天神沒有浪費，“守護木葉”的意誌幫助鼬擺脫了穢土轉生的控製，鼬還可以補救自己的錯誤。他和鳴人、奇拉比一起解決了穢土轉生的長門。雖然長門的輪迴眼淩駕於萬花筒之上，但力量的強弱要看是誰在使用，控製穢土轉生的兜明顯經驗不足，放出地爆天星後原地發呆，鼬和鳴人、奇拉比合力炸掉了地爆天星，在煙霧的掩護下用十拳劍封印了長門。
鼬很清楚穢土轉生的危害以及對戰局的影響，立刻前去阻止藥師兜。在路上，他冷不丁的遇到了弟弟佐助，看佐助這一副活見鬼的表情還挺喜感。此時的他已經知道了鼬滅族的真相，多年來自己一直恨錯了對象，但他仍然無法對鼬欺騙他的行為釋懷。
鼬說：“我曾想用謊言和幻術改寫路牌，引導你走上一條沒有岔路的直道。但我失敗了，到頭來害得你離開村子，成為罪人。”佐助說：“讓我獨自一人，一無所知的走在那條直道上嗎？我根本不想走那樣的路。”?鼬：“你說得沒錯，該怎麽走應該由自己來決定。”這次鼬不會再犯相同的錯誤了，而且自己的弟弟也不再是無知的少年。
兩兄弟邊走邊聊，來到了兜的麵前。鼬與佐助和兜的這戰，在我上期的藥師兜人物誌中有詳細介紹。鼬憑借無須通過視覺施加的幻術伊邪那美控製了兜，並用月讀問出了穢土轉生的解法。此時戰局正是白熱化，忍者聯軍難以應付穢土轉生大軍，五影也在穢土轉生的斑麵前命懸一線，鼬此時解開了穢土轉生，一口氣解決了除斑之外複活的全部敵人，上萬亡者大軍瞬間隻剩斑一人，徹底逆轉了戰局。但因為鼬也是由穢土轉生複活，所以也會一同消散。
在升天之前，鼬告訴了佐助他所不知道的一切真相，從宇智波計劃叛亂，到止水托付給他眼睛，再到團藏以佐助為籌碼的交易，以及他們父母死前的話語。鼬這次沒有編造任何謊言，也沒有逼佐助放棄複仇，他隻是把早該告訴弟弟的真相，全都告訴了他。
鼬：“我總是對你說慌，把你推的遠遠的，說著原諒我，下次吧。這一次，我訴說了所有真相，再沒有隱瞞。你永遠不原諒我也關係，但記住，無論你做出什麽選擇，變成什麽樣子，我都一直深愛著你！”
三代火影曾評價鼬，“七歲時的他，已經擁有了火影式的思維”。但並非每個人都想像火影那樣思考，鼬是理性的化身，而佐助是感性的化身，他不必安排弟弟的命運。
正如止水傳承給鼬的忍道：“忍者，是在黑暗中支撐和平的無名者”。加入暗部，執行見不得光的任務；調和家族和村子的矛盾，最後背負兩者的罪行；成為叛忍，加入曉監視敵人；打敗敵方首領，逆轉第四次忍界大戰。鼬所做的一切知者甚少，但他卻是岸本筆下，完美的忍者。
疾風看著麵前的自來也，疾風覺得這一次的戰鬥最後自來也一定會贏，在疾風的眼中自來也就是火影前期自來也就是最強，鼬是一個非常聰明的人，如果鼬最後輸了的話，那就證明現在的木葉還是非常的強大，
不是一般人能夠招惹的這對於木葉來講無疑不是一種非常重要的保障，不過看著現在正在被天照所控製下的自來也，誌麻和深作，疾風相信自來也一定會有辦法，就算沒有，鼬一定會采取一些方法幫助自來也逃脫，疾風現在真的是想要知道的是自來也會不會運用仙術，鼬會不會召喚出須佐能乎，兩人進行後期的那種毀天滅地的戰鬥。
疾風迴過頭看著身邊的佐助和鳴人，兩人都是異常的擔憂自來也。疾風看著佐助：“佐助，你痛恨你哥哥麽？”
佐助聽了之後非常的不屑：“如果你的父母被殺了，你會怎麽辦？”
疾風聽了之後點點頭：“如果是我，我或許比你還痛恨，還憎惡，但是佐助現在我要告訴你一些事情，有些事情說不定不是眼見為實，也不一定是被人說是就是，有些東西我無法告訴你，因為這樣會對你的成長不利，你現在要記住的你不是為了複仇而變得更加強大。”
佐助聽了之後直接無視疾風得話，疾風看著佐助，覺得在這時候自己或許可以對麵前的人進行適當的引導，或許會有不一樣的結果。
“那麽佐助我問你一個問題，如果你把鼬殺死了之後呢？鼬現在對於你來講是高不可攀，但是僅僅是現在，未來的你呢？就一定比他弱，假使你報仇了，那麽之後的事情呢？我覺得報仇並不是你生命的全部，你的生命應該會有更重要的事情需要做。”
佐助聽疾風的話之後，也是陷入了沉思，不知道該怎麽辦了，佐助自己從來沒有想過這些東西。
三年後，曉組織正在抽取一尾人柱力的尾獸時，發現木葉和砂隱的忍者找到了他們的據點。聽說來者中有鳴人，鼬主動申請去攔截他們，一方麵他擔心鳴人這個木葉的柱力落入曉的其他人手中，另一方麵，他想看看鳴人這幾年的成長，是否能承受自己的托付。
自從上次見麵後，鳴人一直在自來也的指導下修行，進步神速，看到鳴人使出大玉螺旋丸，鼬知道鳴人有足夠的潛力。但他不確定鳴人對佐助的感情有多堅定，所以沒有立即把重任托付給他。
此時佐助在大蛇丸的指導下，掌握了天之咒印的力量，開發了s級忍術麒麟，之後更是吞噬了大蛇丸。雖然尚未開啟萬花筒，但佐助仍然以為自己的實力足以殺死鼬了，於是他組建了一支小隊，開始尋找鼬。而木葉村在經過支援砂忍和飛段角都的事件後，終於騰出手來，鳴人、卡卡西、大和等人組建了精銳小隊，開始了第二次佐助奪迴行動。
但鳴人還沒找到佐助，就再次遇到了鼬。鼬已經做好了去見佐助最後一麵的準備，在此之前，他有個東西要交給鳴人。鼬問鳴人：“你為什麽對我的弟弟這麽執著？那家夥是叛忍吧。”鳴人說道：“與你相比，我更把他當做兄弟。”聽到這樣的迴答，鼬笑了，這應該是他離開村子後第一次笑得如此欣慰，看到世界上還有人愛著佐助，他很高興。
鼬把止水托付給他的眼睛交給了鳴人，並設置成了一旦見到自己的萬花筒，就會自動施展別天神。為了讓佐助和木葉緊緊聯係在一起，他做了多重保險，這是最後的一重，如果最終佐助與木葉為敵，將他視為兄弟的鳴人一定會去阻止，彼時能夠改寫他人意誌的幻術別天神，就會迫使佐助“守護木葉”。隻是鼬沒有想到，最終中了這個術的人是他自己。完成這個布置後，鼬用分身告訴了佐助自己的位置，在宇智波家族的據點，靜待著自己的最後一場戲。
佐助的隊友被鬼鮫攔下，獨自赴約。他迴想著記憶中幸福的家庭，直到那個血腥的夜晚，宇智波一族的仇、父母的仇，終於到了清算的時刻。此時的鼬因為長期使用萬花筒快要失明，但他還是強撐著陪佐助戰鬥。佐助再次問他為什麽要滅族，他不信鼬做這種事會沒有理由。為了讓佐助把仇恨集中在自己身上，鼬編造了一個“真相”。
鼬：“你知道萬花筒寫輪眼的秘密嗎？”佐助不解，鼬繼續半真半假的編著：“萬花筒寫輪眼自開啟的那一刻，便走向黑暗，使用越多封印就越嚴重，直到失去光明。隻有移植親兄弟的萬花筒寫輪眼才能恢複，並獲得永恆的力量。當年之所滅族且不殺你，就是為了刺激你開啟萬花筒，然後奪取你的眼睛！兄弟相殘本就是宇智波一族的宿命佐助，你就是我的配件！而我將開啟永恆萬花筒，達到宇智波真正的巔峰！”
鼬的這段戲演到了極致，讓佐助信以為真。“全部都是為了這個麽？”，佐助再沒有疑慮，兩人正式交手。
在手裏劍和體術的較量中，他們不分勝負。但在幻術較量中，佐助中了月讀，在幻術世界中被鼬挖去了眼睛。但佐助憑借咒印的力量和心中的憎恨，竟然破解了月讀。形式看似逆轉，鼬由於月讀的消耗元氣大傷，佐助趁機使出影手裏劍之術，並用鋼絲操控手裏劍的機關，第一次擊傷了鼬。兩人從屋內打到房頂，開始了忍術較量。
在火遁對轟中，佐助憑借肺活量再次占據優勢，但鼬知道這種程度的戰鬥是無法讓佐助滿意的，於是使用了右眼的瞳術天照。天照很快吞噬了其他火焰，差點燒到了佐助，鼬趕緊關掉天照，待佐助反應過來開始躲避時，他又小心翼翼的用天照燒掉了佐助咒印化的翅膀。
佐助用大蛇丸流替身術蛻皮逃脫，“不愧是你，看來隻能用那招了”，佐助信心滿滿的準備著絕招。
他用火龍彈之術射向天空，加上之前兩人的火遁與天照的高溫，天空形成了龐大的雷雲，驟然間電閃雷鳴。佐助跳上高牆，高舉右手，仿佛一根避雷針。他用千鳥引導雷電直接劈向鼬，這飽含大自然威能的一擊，就是他自創的s級忍術麒麟。
隻可惜在忍者世界裏，大自然的威能不過爾爾，鼬也拿出全力，用須佐能乎擋下了這被佐助寄予全部希望的一擊。這是須佐能乎在劇中的第一次亮相，佐助從未見過這近乎神話般的忍術。此時的他連控製身體的力量都沒有了，而先前被他吞噬的大蛇丸乘機從咒印中掙脫，直接發動了禁術，八歧之術。
可惜八歧大蛇剛一登場，就遇到了神話中的克星，手持十拳劍的須佐之男。大蛇丸好不容易重見天日，還沒來得及說完一句話，就和八岐大蛇一同被十拳劍封印了，佐助身上的咒印也隨之消失了，鼬的另一個目的達成——將大蛇丸從佐助身上徹底祓除。
隻剩下一件事要做了，他朝著佐助走去。佐助用起爆符做著無力的抵抗，看到鼬說著：“我的眼睛…”他嚇得退縮到牆角，瑟瑟發抖，這樣的恐懼，就像迴到了那個滅族之夜。最後，鼬抬起手，放在佐助眼前。“原諒我，這是最後一次了”，他輕輕點了下佐助的額頭。
深埋心底的記憶開始浮現，眼前的鼬，一如小時候那個溫柔的哥哥。鼬的戲終於落幕，倒在了佐助麵前。
他所看到的未來，是自己死後，佐助重歸木葉，成為替家族報仇、替村子誅殺叛徒的英雄。他已經告訴了佐助永恆萬花筒寫輪眼的開啟方法，佐助將會移植自己的眼睛，達到宇智波的巔峰，然後重建家族。
他知道佐助無法看穿真相，但世上還有幾個知道真相的人存在，木葉的人不會引火燒身，唯一的風險就是那夜和自己一起滅族的帶土。
為此，鼬把天照封印在佐助的左眼，設置成隻要看見帶土的寫輪眼就會自動發動，出其不意之下，應該能幹掉那人。如果最終佐助還是得知了真相，要與木葉為敵，那麽就隻能靠埋藏在鳴人體內的止水的眼睛了。
鼬的計劃可謂萬全，連失敗的補救措施都想到了。但他萬萬沒想到的是，在之後爆發的第四次忍界大戰中，已經死去的自己竟然被穢土轉生複活，更是先於佐助遇上了鳴人，於是原本為佐助準備的別天神用在了自己身上。聽到鳴人說佐助已經加入曉，正在向木葉複仇，鼬知道自己徹底失敗了。
好在別天神沒有浪費，“守護木葉”的意誌幫助鼬擺脫了穢土轉生的控製，鼬還可以補救自己的錯誤。他和鳴人、奇拉比一起解決了穢土轉生的長門。雖然長門的輪迴眼淩駕於萬花筒之上，但力量的強弱要看是誰在使用，控製穢土轉生的兜明顯經驗不足，放出地爆天星後原地發呆，鼬和鳴人、奇拉比合力炸掉了地爆天星，在煙霧的掩護下用十拳劍封印了長門。
鼬很清楚穢土轉生的危害以及對戰局的影響，立刻前去阻止藥師兜。在路上，他冷不丁的遇到了弟弟佐助，看佐助這一副活見鬼的表情還挺喜感。此時的他已經知道了鼬滅族的真相，多年來自己一直恨錯了對象，但他仍然無法對鼬欺騙他的行為釋懷。
鼬說：“我曾想用謊言和幻術改寫路牌，引導你走上一條沒有岔路的直道。但我失敗了，到頭來害得你離開村子，成為罪人。”佐助說：“讓我獨自一人，一無所知的走在那條直道上嗎？我根本不想走那樣的路。”?鼬：“你說得沒錯，該怎麽走應該由自己來決定。”這次鼬不會再犯相同的錯誤了，而且自己的弟弟也不再是無知的少年。
兩兄弟邊走邊聊，來到了兜的麵前。鼬與佐助和兜的這戰，在我上期的藥師兜人物誌中有詳細介紹。鼬憑借無須通過視覺施加的幻術伊邪那美控製了兜，並用月讀問出了穢土轉生的解法。此時戰局正是白熱化，忍者聯軍難以應付穢土轉生大軍，五影也在穢土轉生的斑麵前命懸一線，鼬此時解開了穢土轉生，一口氣解決了除斑之外複活的全部敵人，上萬亡者大軍瞬間隻剩斑一人，徹底逆轉了戰局。但因為鼬也是由穢土轉生複活，所以也會一同消散。
在升天之前，鼬告訴了佐助他所不知道的一切真相，從宇智波計劃叛亂，到止水托付給他眼睛，再到團藏以佐助為籌碼的交易，以及他們父母死前的話語。鼬這次沒有編造任何謊言，也沒有逼佐助放棄複仇，他隻是把早該告訴弟弟的真相，全都告訴了他。
鼬：“我總是對你說慌，把你推的遠遠的，說著原諒我，下次吧。這一次，我訴說了所有真相，再沒有隱瞞。你永遠不原諒我也關係，但記住，無論你做出什麽選擇，變成什麽樣子，我都一直深愛著你！”
三代火影曾評價鼬，“七歲時的他，已經擁有了火影式的思維”。但並非每個人都想像火影那樣思考，鼬是理性的化身，而佐助是感性的化身，他不必安排弟弟的命運。
正如止水傳承給鼬的忍道：“忍者，是在黑暗中支撐和平的無名者”。加入暗部，執行見不得光的任務；調和家族和村子的矛盾，最後背負兩者的罪行；成為叛忍，加入曉監視敵人；打敗敵方首領，逆轉第四次忍界大戰。鼬所做的一切知者甚少，但他卻是岸本筆下，完美的忍者。
疾風看著麵前的自來也，疾風覺得這一次的戰鬥最後自來也一定會贏，在疾風的眼中自來也就是火影前期自來也就是最強，鼬是一個非常聰明的人，如果鼬最後輸了的話，那就證明現在的木葉還是非常的強大，
不是一般人能夠招惹的這對於木葉來講無疑不是一種非常重要的保障，不過看著現在正在被天照所控製下的自來也，誌麻和深作，疾風相信自來也一定會有辦法，就算沒有，鼬一定會采取一些方法幫助自來也逃脫，疾風現在真的是想要知道的是自來也會不會運用仙術，鼬會不會召喚出須佐能乎，兩人進行後期的那種毀天滅地的戰鬥。
疾風迴過頭看著身邊的佐助和鳴人，兩人都是異常的擔憂自來也。疾風看著佐助：“佐助，你痛恨你哥哥麽？”
佐助聽了之後非常的不屑：“如果你的父母被殺了，你會怎麽辦？”
疾風聽了之後點點頭：“如果是我，我或許比你還痛恨，還憎惡，但是佐助現在我要告訴你一些事情，有些事情說不定不是眼見為實，也不一定是被人說是就是，有些東西我無法告訴你，因為這樣會對你的成長不利，你現在要記住的你不是為了複仇而變得更加強大。”
佐助聽了之後直接無視疾風得話，疾風看著佐助，覺得在這時候自己或許可以對麵前的人進行適當的引導，或許會有不一樣的結果。
“那麽佐助我問你一個問題，如果你把鼬殺死了之後呢？鼬現在對於你來講是高不可攀，但是僅僅是現在，未來的你呢？就一定比他弱，假使你報仇了，那麽之後的事情呢？我覺得報仇並不是你生命的全部，你的生命應該會有更重要的事情需要做。”
佐助聽疾風的話之後，也是陷入了沉思，不知道該怎麽辦了，佐助自己從來沒有想過這些東西。