妙木山是仙術的發源地，在忍界誕生前便已存在，自來也是繼六道仙人之後第一個踏足此地的人類。不過妙木山的青蛙們卻並不意外，原來大蛤蟆仙人早在千年前就預言了他的到來。
於是自來也開始在妙木山修行，實力迅速成長，即使是同班的大蛇丸和綱手都對他的表現驚歎不已。數年後，自來也不但與蛤蟆簽訂了通靈契約，而且還學會了仙術。
實力成長的同時，他的心性也發生了變化，他意識到了天降大任的使命感，作為唯一一個在妙木山習得仙術的人類，這份強大的實力自然不能僅僅用來泡妞。此時大蛤蟆仙人再次做出了預言，這次更為清晰具體。
預言中自來也收了徒弟，而他的徒弟是預言之子，將來會給世界帶來重大變革，自來也正是引導這變革之人，他的選擇會為世界帶來前所未有的和平，亦或是徹底的毀滅。自來也蒙蔽了，他當忍者隻是想招女孩子喜歡，雖然剛剛意識到了使命感，但沒想到直接就是要拯救世界。
他問蛤蟆仙人自己應該怎麽做，蛤蟆仙人隻是說“預言中你會遊曆世界各地，並且會寫書”。於是，自來也踏上了遊曆四方，尋找預言之子的旅程。這也是為什麽深愛木葉村的他常年都不在村子裏。
旅途中忍界爆發了大戰，他遇到了各色各樣的忍者，他們雖然對戰爭不滿，但沒有一個人有改變世界的魄力。之後戰火波及到了木葉，自來也返迴村子，與綱手、大蛇丸並肩作戰，在和雨隱村首領山椒魚半藏的一戰中，他們創下了木葉“三忍”的名號。關於半藏這個人，官方給予的描述是“忍界的頂點，半神級別”。
雖然自來也三人輸給了半藏，但木葉仍然取得了總體戰爭的勝利，正當他們打算返迴村子時，遇到了長門、彌彥、小南三人，他們是戰爭的孤兒，自來也決定留下來照顧他們。
彌彥說他想要改變這個國家，保護大家，希望自來也教他們忍術，自來也沒有立即答應，因為彌彥的想法是用武力進行威懾，讓敵人不敢妄動，從而獲得和平，這與他的理念並不相同。
之後，自來也看到了長門的輪迴眼，極為震驚，見多識廣的他當然知道這是最為崇高的瞳術，自六道仙人後，輪迴眼第一次現世，難道他就是那個預言之子？
自來也答應教他們忍術，並有意對長門進行引導，交流中他發現長門是個溫柔、善良的孩子，終於自來也認為他找到了預言之子，開始以自傳的形式記錄他遊曆四方的故事，書名為《毅力忍傳》，主人公叫做“鳴人”。
三年後，自來也覺得長門他們已經有了足夠自保的實力，未來的路還需要他們自己走，恰逢第三次忍界大戰爆發，他返迴木葉參戰。這一戰中，木葉“三忍”的名號成為了傳說，聞名各國，他的另一個徒弟波風水門也如新星般閃耀升起，這次戰爭木葉再次獲勝。
但此時，自來也卻收到長門他們戰死的消息，曆經半生找到的預言之子居然轉眼間就死了，他懊悔不已，再次踏上旅程。
波風水門成為了四代火影，他讀了自來也寫的《毅力忍傳》後，決定用書中主人公的名字為自己的孩子命名，自來也成了鳴人的“命名之父”。之後木葉村發生九尾之亂，四代火影陣亡，遊曆中的自來也又一次收到了自己徒弟死去的消息。
多年後，一無所獲的他返迴木葉，他遇到了長大後的鳴人，成為了他的師傅，讓他與妙木山的蛤蟆簽訂了通靈契約，為鳴人之後修行仙術創造了機緣。
之後大蛇丸入侵木葉村，待自來也趕到時，三代火影已經舍命使用了屍鬼封盡，他又一次錯過保護自己師傅的機會。
這時木葉村的高層希望他擔任火影，三代火影戰死，村子必須要有一個強大的領袖坐鎮，但自來也拒絕了，因為他發現了一個名為“曉”的組織，正在四處收集尾獸的力量，很可能已經盯上了鳴人，他決定這次一定要守護好鳴人。
不過他還是表示會找來綱手擔任火影，他帶著鳴人，一邊教他螺旋丸，一邊尋找綱手，此時曉組織的鼬和鬼鮫潛入木葉。
看到鳴人身邊的自來也後，鼬評價到“如果打起來，我們兩個都會被幹掉，最多是個平手，就算人手再多，也是枉然”，從中可以看出自來也的名號之響亮。不過這話也有鼬自己的考量，因為他並不是真的要抓鳴人，更不想與自來也交手。
為了掩人耳目，鼬控製美女色誘引開自來也，找到了鳴人，但自來也很快識破趕來。他通靈出妙木山岩宿大蛤蟆的食道，將鼬和鬼鮫困在其中，打算將他們一舉消滅，自來也表示迄今為止沒有人從這個術中逃脫過。
鼬和鬼鮫立即撤退，眼看就要被追上，鼬使用萬花筒寫輪眼的瞳術天照，打破肉壁逃走，看到天照的黑色火焰，自來也大為驚訝，原本就會噴火的岩宿大蛤蟆的食道竟然會被燒穿，他使用封印術封印了這永不熄滅的黑色火焰。
鼬那邊，鬼鮫問他以你的能力為什麽要逃走，鼬表示抓九尾不急於這一時，“自己現在必須要休息一下，不僅是月讀，連天照也用上了”，現在連寫輪眼都無法繼續維持。
不過顯然鼬這裏是誇大其詞了，從鼬後麵的戰鬥中可以看出，一次月讀和一次天照對他來說雖有負擔，但遠不至於到達極限，他隻是不願與自來也戰鬥，當然了，這不代表他一定打得過自來也。事實上鼬和自來也誰更強這個問題爭論已久，我覺得吧，關公戰秦瓊，這兩人不打一場真的不好說。
有人拿大蛇丸當參照物，說鼬曾與大蛇丸兩戰都是秒殺，而自來也跟大蛇丸打的時候看起來很費勁，但這對實力的衡量並不客觀，因為火影中的戰鬥信息是否對等尤其重要，鼬兩戰大蛇丸無論是幻術製敵還是十拳劍封印，都是開場就瞬間解決戰鬥，大蛇丸完全措手不及，根本沒機會出手，這其中還存在一定的克製。
但對上自來也就不好說了，自來也的仙人模式對幻術有天然的抵抗力，依靠幻術直接拿下應該很難，一旦雙方進入拉鋸戰，自來也可能會占上風。
鼬受製於非永恆萬花筒寫輪眼的限製，用幾個瞳術眼睛就撐不住了，而且查克拉量也不多，岸本的“者之書”設定隻有精5，非常不適合持久戰。
而自來也正好相反，查克拉量巨大，“者之術”設定高達精10，在劇中從來都是忍術隨便扔不帶喘氣的，更何況仙人模式下查克拉無限。
而且更重要的是，別的地方還不好說，起碼在這打，鼬肯定要吃虧，這裏是木葉村邊上，兩人排開架勢蛤蟆文太和須佐招出來，木葉的增援立刻就會到，到時候能不能全身而退都是問題。所以鼬無論出於何種目的，撤退都是正確的選擇。
不過鼬的戰鬥智商明顯比自來也高很多，自來也一直都是那種特別正派的正麵作戰風格，在實戰中有可能會被鼬出其不意的計策擊敗。
當然了，如果加上鬼鮫，就沒有什麽好說的了，因為當時凱就在隔壁，一旦打起來鬼鮫肯定是自顧不暇的。
之後自來也教會了鳴人螺旋丸，也找到了綱手，但是卻遇到了大蛇丸。原來大蛇丸的雙手被三代火影的屍鬼封盡封印，想找綱手治療，並以複活綱手的戀人和弟弟為誘餌，綱手不希望波及自來也，於是對他下了藥，獨自去見大蛇丸，自來也醒來後，立刻去支援綱手，但因為藥效未過隻能動用不到三成的實力。
於是這次三忍對決變得有些喜感，自來也隻能通靈出滑稽的小蛤蟆，綱手因為暈血動都動不了，大蛇丸稍微好點，雖然雙手廢了，但頭和舌頭還能動。所以變成了前半段鳴人、靜音和兜的對決，後半段三隻通靈獸的對決。
最後大蛇丸敗走，綱手還是主力，自來也全程劃水，不過這三個人的通靈獸比較有意思，妙木山的蛤蟆、濕骨林的蛞蝓、龍地洞的蛇都是仙地生物，自來也是誤入妙木山才得以與蛤蟆簽訂契約，綱手和大蛇丸是怎麽和這些召喚獸簽約的呢？
之後自來也指導鳴人修行長達三年，這期間，自來也一直試圖讓鳴人徹底掌控九尾的力量，他用四代封印的鑰匙略微打開了九尾的封印，結果鳴人瞬間被九尾的力量吞噬，進入了四尾的狀態，為了控製鳴人，他受了不輕的傷。
有人就會說了自來也怎麽打個四尾狀態的鳴人就受傷啦，大蛇丸不用手跟四尾鳴人打都全身而退，佩恩連八尾鳴人都能打。
但要知道能打和控製完全是兩種層次，自來也不會木遁，要近身貼符，同時還要顧忌不能傷到鳴人，而大蛇丸隻需要躲技能邊緣ob即可，打不過轉身就能走，佩恩嘛…人家直接打九尾也不在話下。
三年後，兩人結束修行迴到了木葉，但自來也並沒有安頓下來，而是立刻離開村子調查曉組織，終於，他查到了曉組織首領的藏身處，在雨隱村，也就是當年遇到長門等人的村子。
不過由於這個村子常年封閉，具體的情況未知，為了確認情報的真偽，自來也決定先行潛入調查，之後再製定作戰策略。
綱手非常擔心自來也的安危，為了讓她安心，自來也提議讓逢賭必輸的綱手賭自己會死，“不過等到我迴來贏得賭約的時候”，你嫁給我可好……
後半句是我加的，這句話自來也最終還是欲言又止，而綱手看起來正在等他說出口。自來也告別了綱手，告別了木葉，隻身前往雨隱村。
利用時空忍術潛入雨隱村後，自來也發現這個村子比他想象中的更為安定、繁榮，通過走訪得知，山椒魚半藏已經不是這個村子的首領，這個村子現在的首領叫做佩恩，而且這個村子的人都對佩恩非常敬仰。
自來也得知，佩恩憑借一己之力殺死了半藏，統一了這個常年戰亂的國家，自來也大為震驚，半藏的實力他是非常清楚的，他預感這次行動恐怕異常兇險，但他不想無功而返，正待進一步調查時，小南突然來襲。
原來早在自來也踏入雨隱村的那一刻，佩恩就已經掌握的他的行蹤，雨隱村常年不斷的雨，正是佩恩的感知忍術，不過小南並不是自來也的對手，而且紙片忍術被火和油克製，小南的紙片浸油後無法使用，被自來也輕易擒獲，不過佩恩很快出手，第一個出現的是精通通靈術的畜生道。
當自來也看到他的輪迴眼時，以為他是樣貌大變的長門，自來也質問他為什麽要收集尾獸？長門告訴了自來也，他是為了永久的和平，收集尾獸是為了開發出可以瞬間毀滅一個國家的禁術兵器，之後向每個國家都提供這種兵器，這樣各國之間就會彼此畏懼，不敢發動戰爭。
其實就跟現在的核威懾是一模一樣的，不過有一點做得更好，就是長門打算給所有國家都提供核武器，不會出現無核國家被肆意侵略的情況。
但是，長門的這個計劃肯定是行不通的，因為他被帶土和斑利用了，斑又被黑絕利用，最後的結果隻會是無限月讀，人類瀕臨滅絕，而且自來也追求的和平並不是武力威懾，他決定在此阻止長門。
知道對手的強大，自來也立刻準備進入仙人模式，但吸收自然力量需要時間，他通靈出蛤蟆健與對方周旋，但對方的通靈獸層出不窮，有一種可以無限分裂的狗尤為棘手，自來也用影分身把這些狗引到一起，召喚出大蛤蟆的食道將他們一舉吞噬，之後又出現一隻怪鳥，自來也用火遁將其解決，緊接著又出現一隻犀牛，被自來也的分身幹掉。
畜生道的通靈獸一隻接著一隻，但此時自來也已經準備完畢，召喚出深作、誌麻兩位蛤蟆仙人，進入了仙人模式，力量、速度以及忍術威力巨幅提升，攻擊方式也發生了變化，這些通靈獸不是他的一合之敵。
這時畜生道通靈出餓鬼道和人間道助陣，人間道被自來也一腳踢飛，但能夠吸收忍術的餓鬼道卻非常棘手，自來也和兩位蛤蟆仙人聯手使用仙法·五右衛門被完全吸收，喂喂...不是仙術不能被吸收嗎，難道那是後加的設定？之後的超大玉螺旋丸也被吸收，連攻向對方死角的體術都被擋下。
自來也猜測對方擁有同樣的眼睛，很可能共享視覺，既然忍術和體術無效，那麽就隻能用幻術了，雖然自來也完全不會用幻術，但兩位蛤蟆仙人卻可以聯手施展強大的幻術蛤蟆臨唱，而且這種幻術通過聲音傳播，輪迴眼也無法抵擋。
蛤蟆臨唱一舉束縛了三個敵人，自來也將他們一一殺死，他以為已經解決了全部敵人，放鬆了警惕，突然又一個佩恩悄無聲息從他身後偷襲，自來也措手不及，斷了一條手臂。
此時佩恩六道悉數登場，之前解決的三道也被複活，而自來也失去了左手無法結印，戰鬥力大損，單手與佩恩六道作戰，他依然把畜生道拖入時空結界，用螺旋丸將其幹掉。
這時他才發現，這個人是他以前遊曆世界時遇到過的忍者，兩隻蛤蟆勸他就此撤退，從長計議，但自來也必須出去確認一件事，如果現在撤退，以後再想接近佩恩就很難了，他再次迴到雨隱村，終於確認了佩恩六道的真麵目。
這些人竟然全都是他遊曆世界時遇到的各色忍者，也就是說佩恩六道其實是被操控的傀儡，真正的佩恩隻有一人。然而震驚中，自來也被水底的佩恩偷襲，六道同時出手，將自來也直接擊敗。
自來也終於明白，預言之子並不是長門，而是鳴人，自來也用最後的力量把佩恩的情報寫在蛤蟆的背上，在佩恩的攻擊中沉入水底，但他露出了如釋重負的笑容。
他一直以為自己對“預言之子”的引導失敗了，當年沒有培養好長門，直到最後也沒能阻止佩恩。
但事實上，他把鳴人的父親培養成了偉大的忍者，所寫的書賜予了鳴人名字，同時對鳴人的悉心教導幫助他成長，給了他家人般的溫暖，直到最後自來也才意識到，他已經在無意間正確的引導了“預言之子”。
自來也與佩恩的這一戰，前半段是占據優勢的，擊殺佩恩三道時毫發無損，而且看起來查克拉非常充足。從被修羅道背後偷襲，失去手臂開始，戰況急轉而下。
通過自來也的幾次戰鬥可以發現，他的戰鬥方式非常正派、傳統，依靠結印使用忍術、卷軸使用封印術，不像一些依靠瞳術的忍者隻需要瞪眼就能戰鬥，因此失去一條手臂無法結印的影響非常大，以至於後來隻能用單手施展螺旋丸戰鬥。
如果自來也一開始就知道敵人有六個，沒有掉以輕心，恐怕結果會有改變，佩恩後來自己也說不靠這個秘密無法戰勝自來也。
但雖然結果會有改變，自來也可能查清佩恩的真麵目後用時空忍術全身而退，卻並不意味著自來也能夠打敗佩恩，事實上最強的天道並沒怎麽出手。
後來仙人模式的鳴人實力已經超越了自來也，但對戰佩恩天道時，如果不是雛田擋刀也是要被直接擊殺的，更何況自來也對佩恩的情報一無所知，在完全不知道對方戰鬥方式的情況下隻身對敵，而鳴人那時候已經知道了佩恩的大部分情報，並且是以全村之力對敵。
對於自來也的實力如果要做一個比較客觀的評價，那應該是截止他死的時候，以當時的戰鬥力設定，他的實力幾乎一人之下，在他死後，大筒木的神仙後代們登場，戰鬥力跨次元的飆升，自來也就不行了，隻能算一個比較厲害的影級強者。
這恐怕也是岸本急於讓他謝幕的原因。如果讓自來也參與到後期的戰鬥中，以他前期木葉最強者的定位，難免開出雙萬花筒卡卡西、八門凱那樣的外掛，這對於自來也這種深沉的完美人設來說，顯得有些輕浮。
自來也的故事到此結束，之後穢土轉生的集體複活也沒有讓他再次出場，我覺得這是很好的安排，一方麵，自來也已經完成了自己的使命，很好的推動了火影的劇情，唯一的遺憾就是與綱手的情感沒有挑明，不過這樣的一層窗戶紙也有朦朧的美感。
於是自來也開始在妙木山修行，實力迅速成長，即使是同班的大蛇丸和綱手都對他的表現驚歎不已。數年後，自來也不但與蛤蟆簽訂了通靈契約，而且還學會了仙術。
實力成長的同時，他的心性也發生了變化，他意識到了天降大任的使命感，作為唯一一個在妙木山習得仙術的人類，這份強大的實力自然不能僅僅用來泡妞。此時大蛤蟆仙人再次做出了預言，這次更為清晰具體。
預言中自來也收了徒弟，而他的徒弟是預言之子，將來會給世界帶來重大變革，自來也正是引導這變革之人，他的選擇會為世界帶來前所未有的和平，亦或是徹底的毀滅。自來也蒙蔽了，他當忍者隻是想招女孩子喜歡，雖然剛剛意識到了使命感，但沒想到直接就是要拯救世界。
他問蛤蟆仙人自己應該怎麽做，蛤蟆仙人隻是說“預言中你會遊曆世界各地，並且會寫書”。於是，自來也踏上了遊曆四方，尋找預言之子的旅程。這也是為什麽深愛木葉村的他常年都不在村子裏。
旅途中忍界爆發了大戰，他遇到了各色各樣的忍者，他們雖然對戰爭不滿，但沒有一個人有改變世界的魄力。之後戰火波及到了木葉，自來也返迴村子，與綱手、大蛇丸並肩作戰，在和雨隱村首領山椒魚半藏的一戰中，他們創下了木葉“三忍”的名號。關於半藏這個人，官方給予的描述是“忍界的頂點，半神級別”。
雖然自來也三人輸給了半藏，但木葉仍然取得了總體戰爭的勝利，正當他們打算返迴村子時，遇到了長門、彌彥、小南三人，他們是戰爭的孤兒，自來也決定留下來照顧他們。
彌彥說他想要改變這個國家，保護大家，希望自來也教他們忍術，自來也沒有立即答應，因為彌彥的想法是用武力進行威懾，讓敵人不敢妄動，從而獲得和平，這與他的理念並不相同。
之後，自來也看到了長門的輪迴眼，極為震驚，見多識廣的他當然知道這是最為崇高的瞳術，自六道仙人後，輪迴眼第一次現世，難道他就是那個預言之子？
自來也答應教他們忍術，並有意對長門進行引導，交流中他發現長門是個溫柔、善良的孩子，終於自來也認為他找到了預言之子，開始以自傳的形式記錄他遊曆四方的故事，書名為《毅力忍傳》，主人公叫做“鳴人”。
三年後，自來也覺得長門他們已經有了足夠自保的實力，未來的路還需要他們自己走，恰逢第三次忍界大戰爆發，他返迴木葉參戰。這一戰中，木葉“三忍”的名號成為了傳說，聞名各國，他的另一個徒弟波風水門也如新星般閃耀升起，這次戰爭木葉再次獲勝。
但此時，自來也卻收到長門他們戰死的消息，曆經半生找到的預言之子居然轉眼間就死了，他懊悔不已，再次踏上旅程。
波風水門成為了四代火影，他讀了自來也寫的《毅力忍傳》後，決定用書中主人公的名字為自己的孩子命名，自來也成了鳴人的“命名之父”。之後木葉村發生九尾之亂，四代火影陣亡，遊曆中的自來也又一次收到了自己徒弟死去的消息。
多年後，一無所獲的他返迴木葉，他遇到了長大後的鳴人，成為了他的師傅，讓他與妙木山的蛤蟆簽訂了通靈契約，為鳴人之後修行仙術創造了機緣。
之後大蛇丸入侵木葉村，待自來也趕到時，三代火影已經舍命使用了屍鬼封盡，他又一次錯過保護自己師傅的機會。
這時木葉村的高層希望他擔任火影，三代火影戰死，村子必須要有一個強大的領袖坐鎮，但自來也拒絕了，因為他發現了一個名為“曉”的組織，正在四處收集尾獸的力量，很可能已經盯上了鳴人，他決定這次一定要守護好鳴人。
不過他還是表示會找來綱手擔任火影，他帶著鳴人，一邊教他螺旋丸，一邊尋找綱手，此時曉組織的鼬和鬼鮫潛入木葉。
看到鳴人身邊的自來也後，鼬評價到“如果打起來，我們兩個都會被幹掉，最多是個平手，就算人手再多，也是枉然”，從中可以看出自來也的名號之響亮。不過這話也有鼬自己的考量，因為他並不是真的要抓鳴人，更不想與自來也交手。
為了掩人耳目，鼬控製美女色誘引開自來也，找到了鳴人，但自來也很快識破趕來。他通靈出妙木山岩宿大蛤蟆的食道，將鼬和鬼鮫困在其中，打算將他們一舉消滅，自來也表示迄今為止沒有人從這個術中逃脫過。
鼬和鬼鮫立即撤退，眼看就要被追上，鼬使用萬花筒寫輪眼的瞳術天照，打破肉壁逃走，看到天照的黑色火焰，自來也大為驚訝，原本就會噴火的岩宿大蛤蟆的食道竟然會被燒穿，他使用封印術封印了這永不熄滅的黑色火焰。
鼬那邊，鬼鮫問他以你的能力為什麽要逃走，鼬表示抓九尾不急於這一時，“自己現在必須要休息一下，不僅是月讀，連天照也用上了”，現在連寫輪眼都無法繼續維持。
不過顯然鼬這裏是誇大其詞了，從鼬後麵的戰鬥中可以看出，一次月讀和一次天照對他來說雖有負擔，但遠不至於到達極限，他隻是不願與自來也戰鬥，當然了，這不代表他一定打得過自來也。事實上鼬和自來也誰更強這個問題爭論已久，我覺得吧，關公戰秦瓊，這兩人不打一場真的不好說。
有人拿大蛇丸當參照物，說鼬曾與大蛇丸兩戰都是秒殺，而自來也跟大蛇丸打的時候看起來很費勁，但這對實力的衡量並不客觀，因為火影中的戰鬥信息是否對等尤其重要，鼬兩戰大蛇丸無論是幻術製敵還是十拳劍封印，都是開場就瞬間解決戰鬥，大蛇丸完全措手不及，根本沒機會出手，這其中還存在一定的克製。
但對上自來也就不好說了，自來也的仙人模式對幻術有天然的抵抗力，依靠幻術直接拿下應該很難，一旦雙方進入拉鋸戰，自來也可能會占上風。
鼬受製於非永恆萬花筒寫輪眼的限製，用幾個瞳術眼睛就撐不住了，而且查克拉量也不多，岸本的“者之書”設定隻有精5，非常不適合持久戰。
而自來也正好相反，查克拉量巨大，“者之術”設定高達精10，在劇中從來都是忍術隨便扔不帶喘氣的，更何況仙人模式下查克拉無限。
而且更重要的是，別的地方還不好說，起碼在這打，鼬肯定要吃虧，這裏是木葉村邊上，兩人排開架勢蛤蟆文太和須佐招出來，木葉的增援立刻就會到，到時候能不能全身而退都是問題。所以鼬無論出於何種目的，撤退都是正確的選擇。
不過鼬的戰鬥智商明顯比自來也高很多，自來也一直都是那種特別正派的正麵作戰風格，在實戰中有可能會被鼬出其不意的計策擊敗。
當然了，如果加上鬼鮫，就沒有什麽好說的了，因為當時凱就在隔壁，一旦打起來鬼鮫肯定是自顧不暇的。
之後自來也教會了鳴人螺旋丸，也找到了綱手，但是卻遇到了大蛇丸。原來大蛇丸的雙手被三代火影的屍鬼封盡封印，想找綱手治療，並以複活綱手的戀人和弟弟為誘餌，綱手不希望波及自來也，於是對他下了藥，獨自去見大蛇丸，自來也醒來後，立刻去支援綱手，但因為藥效未過隻能動用不到三成的實力。
於是這次三忍對決變得有些喜感，自來也隻能通靈出滑稽的小蛤蟆，綱手因為暈血動都動不了，大蛇丸稍微好點，雖然雙手廢了，但頭和舌頭還能動。所以變成了前半段鳴人、靜音和兜的對決，後半段三隻通靈獸的對決。
最後大蛇丸敗走，綱手還是主力，自來也全程劃水，不過這三個人的通靈獸比較有意思，妙木山的蛤蟆、濕骨林的蛞蝓、龍地洞的蛇都是仙地生物，自來也是誤入妙木山才得以與蛤蟆簽訂契約，綱手和大蛇丸是怎麽和這些召喚獸簽約的呢？
之後自來也指導鳴人修行長達三年，這期間，自來也一直試圖讓鳴人徹底掌控九尾的力量，他用四代封印的鑰匙略微打開了九尾的封印，結果鳴人瞬間被九尾的力量吞噬，進入了四尾的狀態，為了控製鳴人，他受了不輕的傷。
有人就會說了自來也怎麽打個四尾狀態的鳴人就受傷啦，大蛇丸不用手跟四尾鳴人打都全身而退，佩恩連八尾鳴人都能打。
但要知道能打和控製完全是兩種層次，自來也不會木遁，要近身貼符，同時還要顧忌不能傷到鳴人，而大蛇丸隻需要躲技能邊緣ob即可，打不過轉身就能走，佩恩嘛…人家直接打九尾也不在話下。
三年後，兩人結束修行迴到了木葉，但自來也並沒有安頓下來，而是立刻離開村子調查曉組織，終於，他查到了曉組織首領的藏身處，在雨隱村，也就是當年遇到長門等人的村子。
不過由於這個村子常年封閉，具體的情況未知，為了確認情報的真偽，自來也決定先行潛入調查，之後再製定作戰策略。
綱手非常擔心自來也的安危，為了讓她安心，自來也提議讓逢賭必輸的綱手賭自己會死，“不過等到我迴來贏得賭約的時候”，你嫁給我可好……
後半句是我加的，這句話自來也最終還是欲言又止，而綱手看起來正在等他說出口。自來也告別了綱手，告別了木葉，隻身前往雨隱村。
利用時空忍術潛入雨隱村後，自來也發現這個村子比他想象中的更為安定、繁榮，通過走訪得知，山椒魚半藏已經不是這個村子的首領，這個村子現在的首領叫做佩恩，而且這個村子的人都對佩恩非常敬仰。
自來也得知，佩恩憑借一己之力殺死了半藏，統一了這個常年戰亂的國家，自來也大為震驚，半藏的實力他是非常清楚的，他預感這次行動恐怕異常兇險，但他不想無功而返，正待進一步調查時，小南突然來襲。
原來早在自來也踏入雨隱村的那一刻，佩恩就已經掌握的他的行蹤，雨隱村常年不斷的雨，正是佩恩的感知忍術，不過小南並不是自來也的對手，而且紙片忍術被火和油克製，小南的紙片浸油後無法使用，被自來也輕易擒獲，不過佩恩很快出手，第一個出現的是精通通靈術的畜生道。
當自來也看到他的輪迴眼時，以為他是樣貌大變的長門，自來也質問他為什麽要收集尾獸？長門告訴了自來也，他是為了永久的和平，收集尾獸是為了開發出可以瞬間毀滅一個國家的禁術兵器，之後向每個國家都提供這種兵器，這樣各國之間就會彼此畏懼，不敢發動戰爭。
其實就跟現在的核威懾是一模一樣的，不過有一點做得更好，就是長門打算給所有國家都提供核武器，不會出現無核國家被肆意侵略的情況。
但是，長門的這個計劃肯定是行不通的，因為他被帶土和斑利用了，斑又被黑絕利用，最後的結果隻會是無限月讀，人類瀕臨滅絕，而且自來也追求的和平並不是武力威懾，他決定在此阻止長門。
知道對手的強大，自來也立刻準備進入仙人模式，但吸收自然力量需要時間，他通靈出蛤蟆健與對方周旋，但對方的通靈獸層出不窮，有一種可以無限分裂的狗尤為棘手，自來也用影分身把這些狗引到一起，召喚出大蛤蟆的食道將他們一舉吞噬，之後又出現一隻怪鳥，自來也用火遁將其解決，緊接著又出現一隻犀牛，被自來也的分身幹掉。
畜生道的通靈獸一隻接著一隻，但此時自來也已經準備完畢，召喚出深作、誌麻兩位蛤蟆仙人，進入了仙人模式，力量、速度以及忍術威力巨幅提升，攻擊方式也發生了變化，這些通靈獸不是他的一合之敵。
這時畜生道通靈出餓鬼道和人間道助陣，人間道被自來也一腳踢飛，但能夠吸收忍術的餓鬼道卻非常棘手，自來也和兩位蛤蟆仙人聯手使用仙法·五右衛門被完全吸收，喂喂...不是仙術不能被吸收嗎，難道那是後加的設定？之後的超大玉螺旋丸也被吸收，連攻向對方死角的體術都被擋下。
自來也猜測對方擁有同樣的眼睛，很可能共享視覺，既然忍術和體術無效，那麽就隻能用幻術了，雖然自來也完全不會用幻術，但兩位蛤蟆仙人卻可以聯手施展強大的幻術蛤蟆臨唱，而且這種幻術通過聲音傳播，輪迴眼也無法抵擋。
蛤蟆臨唱一舉束縛了三個敵人，自來也將他們一一殺死，他以為已經解決了全部敵人，放鬆了警惕，突然又一個佩恩悄無聲息從他身後偷襲，自來也措手不及，斷了一條手臂。
此時佩恩六道悉數登場，之前解決的三道也被複活，而自來也失去了左手無法結印，戰鬥力大損，單手與佩恩六道作戰，他依然把畜生道拖入時空結界，用螺旋丸將其幹掉。
這時他才發現，這個人是他以前遊曆世界時遇到過的忍者，兩隻蛤蟆勸他就此撤退，從長計議，但自來也必須出去確認一件事，如果現在撤退，以後再想接近佩恩就很難了，他再次迴到雨隱村，終於確認了佩恩六道的真麵目。
這些人竟然全都是他遊曆世界時遇到的各色忍者，也就是說佩恩六道其實是被操控的傀儡，真正的佩恩隻有一人。然而震驚中，自來也被水底的佩恩偷襲，六道同時出手，將自來也直接擊敗。
自來也終於明白，預言之子並不是長門，而是鳴人，自來也用最後的力量把佩恩的情報寫在蛤蟆的背上，在佩恩的攻擊中沉入水底，但他露出了如釋重負的笑容。
他一直以為自己對“預言之子”的引導失敗了，當年沒有培養好長門，直到最後也沒能阻止佩恩。
但事實上，他把鳴人的父親培養成了偉大的忍者，所寫的書賜予了鳴人名字，同時對鳴人的悉心教導幫助他成長，給了他家人般的溫暖，直到最後自來也才意識到，他已經在無意間正確的引導了“預言之子”。
自來也與佩恩的這一戰，前半段是占據優勢的，擊殺佩恩三道時毫發無損，而且看起來查克拉非常充足。從被修羅道背後偷襲，失去手臂開始，戰況急轉而下。
通過自來也的幾次戰鬥可以發現，他的戰鬥方式非常正派、傳統，依靠結印使用忍術、卷軸使用封印術，不像一些依靠瞳術的忍者隻需要瞪眼就能戰鬥，因此失去一條手臂無法結印的影響非常大，以至於後來隻能用單手施展螺旋丸戰鬥。
如果自來也一開始就知道敵人有六個，沒有掉以輕心，恐怕結果會有改變，佩恩後來自己也說不靠這個秘密無法戰勝自來也。
但雖然結果會有改變，自來也可能查清佩恩的真麵目後用時空忍術全身而退，卻並不意味著自來也能夠打敗佩恩，事實上最強的天道並沒怎麽出手。
後來仙人模式的鳴人實力已經超越了自來也，但對戰佩恩天道時，如果不是雛田擋刀也是要被直接擊殺的，更何況自來也對佩恩的情報一無所知，在完全不知道對方戰鬥方式的情況下隻身對敵，而鳴人那時候已經知道了佩恩的大部分情報，並且是以全村之力對敵。
對於自來也的實力如果要做一個比較客觀的評價，那應該是截止他死的時候，以當時的戰鬥力設定，他的實力幾乎一人之下，在他死後，大筒木的神仙後代們登場，戰鬥力跨次元的飆升，自來也就不行了，隻能算一個比較厲害的影級強者。
這恐怕也是岸本急於讓他謝幕的原因。如果讓自來也參與到後期的戰鬥中，以他前期木葉最強者的定位，難免開出雙萬花筒卡卡西、八門凱那樣的外掛，這對於自來也這種深沉的完美人設來說，顯得有些輕浮。
自來也的故事到此結束，之後穢土轉生的集體複活也沒有讓他再次出場，我覺得這是很好的安排，一方麵，自來也已經完成了自己的使命，很好的推動了火影的劇情，唯一的遺憾就是與綱手的情感沒有挑明，不過這樣的一層窗戶紙也有朦朧的美感。