第456章 哲學的眼光
沒參加高考怎麽了？我保送的 作者：朝著陽光追夢 投票推薦 加入書簽 留言反饋
第二天，陸時羨帶著陳依依在耶魯大學逛了一圈，一起吃過午餐，便把她送上了迴洛杉磯的飛機。
等再次迴到公寓的時候，已經是月明星稀。
結束了一天的導遊工作，陸時羨洗了個澡，倒下便睡。
當他再次清醒的時候，已經是上午九點。
這和他固有的生物鍾是極不相符的，但也能看出他最近真的透支太多了。
這次倒是可以好好休息一下。
當他租住這間單人公寓的時候，是有設計一個書房的。
但現在看來，當時的設想似乎做了無用功，自從進了實驗室，他都沒有多少時間踏入其中。
單人公寓的作用僅僅隻是一個宿舍而已。
乘著和煦的陽光，陸時羨興起拿起一本《蟻丘》，從序言看到湖畔的初次探險。
即使原野一次次地被燒盡,蟻丘始終都會活下來,它向荒原提供營養,也向荒原上的新草講述舊年的災情。
愛德華·威爾遜是那種極少的文筆極好的生物學家，在他筆下構建了一個完全由螞蟻構建的世界，揭示了一個微觀世界中的生態係統和社會結構。
可惜，他的時間並不足以將這本書細細品味一遍，隻是心中不斷暗歎，果然能夠開創一個學科的大佬所擁有的思想深度還是目前的他所不能觸及的。
下午，陸時羨準時出現在實驗室裏。
而其餘幾人也陸陸續續地抵達，最後會和到一起。
看著梅林、瑟琳和鮑勃幾人的精神狀態好了許多，陸時羨點點頭，開口說道：”大家應該都休息好了，現在是時候大幹一場了。”
這個過程非常繁瑣，特別是對植物基因組而言，因其包含有大量的基因和非編碼區域，導致處理工作複雜。
陸時羨將目光投向三人：“怎麽樣？進行處理的詳細步驟應該不用我說了吧，接下來我說一下初步安排。”
看著幾人點點頭，他繼續說道：”第一步序列質量控製鮑勃你來，而第一步基因注釋工作量也比較大，由我和梅林一起來做，瑟琳你來進行第三步的基因表達分析。”
“大家有沒有問題？”
聽到這幾句話，三人都搖搖頭。
事實上，他的安排是比較合理的。
沒有人能保證在測序過程中不存在任何錯誤，哪怕隻是一點誤差就會對測序結果帶來幹擾。
然後連帶著對後續數據分析與處理造成巨大的影響，因此對序列數據進行質量控製是減少誤差影響的必要環節。
當然，這個工作對鮑勃而言並不難的，他的生物信息學課程掌握的還是比較紮實的，對序列比對、k-mer分析、gc含量分析等方法並並不陌生。
而基因注釋是進行數據處理的關鍵環節，就如它字麵上的意思一樣，是對基因組序列中的基因和非編碼序列進行識別和注釋。
進行這個工作要麽需要對比較基因組學具有比較熟悉的了解，通過已知物種中的基因和基因組結構相似性來找到植物基因組中的相似序列。
要麽在實驗數據處理上具有極高的水準，能夠利用rna-seq和別的專業實驗數據來確定基因位置和剪接模式。
兩者工作過程看似截然不同，但最後殊途同歸。
基因表達分析是用來評估植物基因組序列中的基因在不同的生長發育階段或者是在不同環境條件下的表達級別。
可以運用差異表達分析、功能分析和通路分析等方法來幫助他們深入了解植物基因的功能和在它們在生長發育和環境響應中的作用機製。
處理基因測序信息數據的工作實際上是屬於生物信息學的範疇。
其實目前生物信息學能夠逐漸發展為一個獨立的學科並不是沒有道理的。
隨著陸時羨所學所知的加深，他已經越來越能體會到萬事萬物都是互相聯係的這句話。
也就是所謂的觸類旁通，他能夠運用哲學觀念來思考來解釋。
事物自身包含的矛盾存在於一切事物中，並且貫穿於事物發展過程的始終。
自從進入計算機時代，人們獲取數據的速度得到了巨大的提升。。
但顯然，數據並不等於信息。
一方麵是每天進入embl、genbank和ddbj的數據每天都以指數式的數量來統計。而一方麵是自然科學、生理學、醫學等領域新知識產生的匱乏。
人們對新知識新信息產生緩慢落後的不滿和飛速增長的數據速度形成了一個巨大的主要矛盾。
矛盾推動著事物的產生與發展，於是生物信息學在這種背景下產生並發展。
它的幾個主要工作恰好對應著剛剛他所說的幾個步驟。
序列比對和序列分析一個是對兩個或兩個以上符號序列進行相似性比較，一個是獲知對應的基因和基因調控序列或對基因組中的基因和基因調控序列進行自動識別。
功能基因組的任務是進行基因組功能注釋，了解基因的功能，認識基因與疾病的關係，掌握基因的產物及其在生命活動中的作用。
至於蛋白質結構預測則是生物信息學的重要應用，弄清蛋白質結構對於研究蛋白質的功能具有十分重要的作用。
近些年發展的比較快的應用是藥物設計，即運用生物信息學的方法和手段對藥物靶標基因進行發現和驗證。
所以現在的生物學家，可以不會運用生物信息學方法，但他們絕對不能不懂生物信息學手段。
現在隨著學科的邊界不斷泛化，沒有人能夠全知全能。
陸時羨其實一直認為，一個研究團隊應當配置有主修生物信息學的人才。
當然，這是條件允許的情況，他還不具備這樣奢侈的條件。
現在的處境就是，一個人他都恨不得扳成兩個人用。
接下來的幾天，所有人都沉浸在圖譜和數字的世界。
而他們也終於收到了來自階段性成果報告的組會。
關於這次組會，陸時羨並不慌，因為他們的任務早已經完成。
就是讓鮑勃幾人有些不忿的是辛苦完成的數據要轉交給菲斯的小團隊。
陸時羨倒是一如既往地淡定。
等再次迴到公寓的時候，已經是月明星稀。
結束了一天的導遊工作，陸時羨洗了個澡，倒下便睡。
當他再次清醒的時候，已經是上午九點。
這和他固有的生物鍾是極不相符的，但也能看出他最近真的透支太多了。
這次倒是可以好好休息一下。
當他租住這間單人公寓的時候，是有設計一個書房的。
但現在看來，當時的設想似乎做了無用功，自從進了實驗室，他都沒有多少時間踏入其中。
單人公寓的作用僅僅隻是一個宿舍而已。
乘著和煦的陽光，陸時羨興起拿起一本《蟻丘》，從序言看到湖畔的初次探險。
即使原野一次次地被燒盡,蟻丘始終都會活下來,它向荒原提供營養,也向荒原上的新草講述舊年的災情。
愛德華·威爾遜是那種極少的文筆極好的生物學家，在他筆下構建了一個完全由螞蟻構建的世界，揭示了一個微觀世界中的生態係統和社會結構。
可惜，他的時間並不足以將這本書細細品味一遍，隻是心中不斷暗歎，果然能夠開創一個學科的大佬所擁有的思想深度還是目前的他所不能觸及的。
下午，陸時羨準時出現在實驗室裏。
而其餘幾人也陸陸續續地抵達，最後會和到一起。
看著梅林、瑟琳和鮑勃幾人的精神狀態好了許多，陸時羨點點頭，開口說道：”大家應該都休息好了，現在是時候大幹一場了。”
這個過程非常繁瑣，特別是對植物基因組而言，因其包含有大量的基因和非編碼區域，導致處理工作複雜。
陸時羨將目光投向三人：“怎麽樣？進行處理的詳細步驟應該不用我說了吧，接下來我說一下初步安排。”
看著幾人點點頭，他繼續說道：”第一步序列質量控製鮑勃你來，而第一步基因注釋工作量也比較大，由我和梅林一起來做，瑟琳你來進行第三步的基因表達分析。”
“大家有沒有問題？”
聽到這幾句話，三人都搖搖頭。
事實上，他的安排是比較合理的。
沒有人能保證在測序過程中不存在任何錯誤，哪怕隻是一點誤差就會對測序結果帶來幹擾。
然後連帶著對後續數據分析與處理造成巨大的影響，因此對序列數據進行質量控製是減少誤差影響的必要環節。
當然，這個工作對鮑勃而言並不難的，他的生物信息學課程掌握的還是比較紮實的，對序列比對、k-mer分析、gc含量分析等方法並並不陌生。
而基因注釋是進行數據處理的關鍵環節，就如它字麵上的意思一樣，是對基因組序列中的基因和非編碼序列進行識別和注釋。
進行這個工作要麽需要對比較基因組學具有比較熟悉的了解，通過已知物種中的基因和基因組結構相似性來找到植物基因組中的相似序列。
要麽在實驗數據處理上具有極高的水準，能夠利用rna-seq和別的專業實驗數據來確定基因位置和剪接模式。
兩者工作過程看似截然不同，但最後殊途同歸。
基因表達分析是用來評估植物基因組序列中的基因在不同的生長發育階段或者是在不同環境條件下的表達級別。
可以運用差異表達分析、功能分析和通路分析等方法來幫助他們深入了解植物基因的功能和在它們在生長發育和環境響應中的作用機製。
處理基因測序信息數據的工作實際上是屬於生物信息學的範疇。
其實目前生物信息學能夠逐漸發展為一個獨立的學科並不是沒有道理的。
隨著陸時羨所學所知的加深，他已經越來越能體會到萬事萬物都是互相聯係的這句話。
也就是所謂的觸類旁通，他能夠運用哲學觀念來思考來解釋。
事物自身包含的矛盾存在於一切事物中，並且貫穿於事物發展過程的始終。
自從進入計算機時代，人們獲取數據的速度得到了巨大的提升。。
但顯然，數據並不等於信息。
一方麵是每天進入embl、genbank和ddbj的數據每天都以指數式的數量來統計。而一方麵是自然科學、生理學、醫學等領域新知識產生的匱乏。
人們對新知識新信息產生緩慢落後的不滿和飛速增長的數據速度形成了一個巨大的主要矛盾。
矛盾推動著事物的產生與發展，於是生物信息學在這種背景下產生並發展。
它的幾個主要工作恰好對應著剛剛他所說的幾個步驟。
序列比對和序列分析一個是對兩個或兩個以上符號序列進行相似性比較，一個是獲知對應的基因和基因調控序列或對基因組中的基因和基因調控序列進行自動識別。
功能基因組的任務是進行基因組功能注釋，了解基因的功能，認識基因與疾病的關係，掌握基因的產物及其在生命活動中的作用。
至於蛋白質結構預測則是生物信息學的重要應用，弄清蛋白質結構對於研究蛋白質的功能具有十分重要的作用。
近些年發展的比較快的應用是藥物設計，即運用生物信息學的方法和手段對藥物靶標基因進行發現和驗證。
所以現在的生物學家，可以不會運用生物信息學方法，但他們絕對不能不懂生物信息學手段。
現在隨著學科的邊界不斷泛化，沒有人能夠全知全能。
陸時羨其實一直認為，一個研究團隊應當配置有主修生物信息學的人才。
當然，這是條件允許的情況，他還不具備這樣奢侈的條件。
現在的處境就是，一個人他都恨不得扳成兩個人用。
接下來的幾天，所有人都沉浸在圖譜和數字的世界。
而他們也終於收到了來自階段性成果報告的組會。
關於這次組會，陸時羨並不慌，因為他們的任務早已經完成。
就是讓鮑勃幾人有些不忿的是辛苦完成的數據要轉交給菲斯的小團隊。
陸時羨倒是一如既往地淡定。