鑒於胡人造成的傷害過於慘痛，桓溫決定推行漢代執行的都護府製，分別設置了四個都護府用於鎮守四方的胡人部落。
其中在樂浪郡以東二百裏的漢江流域新築平壤城，以熊本城為基本設置安樂都護府，除了管理遼東、高句麗以及朝廷半島上的三韓部落等地外，也管理東北地區的渤海、契丹、庫莫奚、靺鞨、室韋等其他少數民族，首任都護為北府名將劉牢之，率軍兩萬餘人鎮守安東都護府。
以朔方郡為基礎設置安北都護府，用於管理鮮卑拓跋部、鮮卑禿發部、鮮卑越質部、匈奴鐵弗部、匈奴賀蘭部、匈奴孤獨部、高車族、柔然等少數民族，首任都護為北府名將劉軌，率軍三萬餘人鎮守安北都護府。
在西域桓溫則以前秦時期在西域設立的西域長史府為基礎，成立新的安西都護府，安西都護府以鄯善城為治所，設立西域都護、戊已校尉、伊吾都尉、玉門大護軍等職位，同時在高昌設郡的基礎上，又設立了敦煌郡、晉昌郡、鄯善郡等治所，進一步完善了行政管理，安西都護府不但負責治理西域諸國，也負責管理中亞地區的康居、大月氏等其他部落，首任都護為桓衝手下大將田洛，率軍兩萬鎮守安西都護府。
在交州地區，桓溫決定重建日南郡，並在日南郡境內的宋平城設立安南都護府，以自己的心腹舊將、原寧州刺史孫恩的兒子孫綽為首任都護，率軍兩萬鎮守安南都護府。
桓溫之所以大費周章的跑到大南邊設立安南都護府，主要是因為那裏有一個叛亂的國家－林邑國。
在桓溫發動統一全國的戰爭時期，林邑國趁機發動叛亂，屢屢侵擾交州，掠奪交州的人口和財產，因此當時桓溫正在全力征伐北方諸割據勢力，無暇顧及極南之地，所以隻得以安撫為主，並沒有大動幹戈。
但是沒想到林邑國見東晉王朝無暇顧及自己，反而變本加厲，最終將整個日南郡全部吞並，雖然桓溫有意想要討伐林邑，但終因路途太過遙遠而作罷。
但這一直是桓溫心裏的一道坎，因為後世的越南之所以在南海問題上為非作歹，處處與中國為敵，就是因為當時的統治者放棄了此地的原因。
因此本著不為後世子孫留麻煩的想法，桓溫才決意在日南郡設立安南都護府，用於鞏固在當地的統治。
林邑國是從日南郡象林縣分離出來的，而日南郡又是著名的交趾三郡之一，交趾三郡為交趾郡、九章郡、日南郡，這其中日南郡在最南部，由於全境地處熱帶，一年有2個月時間太陽是從北麵照射的，日影在南部，這是當時全國唯一一例，故曰“日南郡”。
日南郡相對於其它兩郡，有其更特殊的地方：它位置當時中國疆域的最南邊，所以當年漢朝征服這裏的時候，因此實在太過偏遠，所以開發程度和控製程度都是最低的。
漢朝雖然大力開發日南郡，鼓勵內地移民過去拓殖，但日南郡的人口因為實在太過於偏遠而始終維持在很低的一個水平，和交趾其他兩郡根本無法相比，在漢朝的一次人口統計中，僅有6.9萬，還不如現在的一個鎮的人口規模。
而且，日南郡的民族成分也相當複雜，這裏的主體民族既不是漢人，也不像其它嶺南州郡一樣是越人土著或漢越混雜，這裏主要居民是：占人！
占人是中南半島很古老的一個民族，該族群跟交趾、九真兩郡的越人土著有很大不同，他們不受漢人文化的影響，而是深受印度文化影響，這也就造成了他們與其他兩郡的很大不同。
對於漢人統治者來說，此處人文風貌實在是太過於迥異，移民到這裏的漢人根本就不可能接受他們的風俗，但是如此偏遠的地方又恰好是犯人流放的好地方，
因此在兩漢時代，日南郡是犯人流放的集中地，有記載的有就有漢和帝時陰皇後的二弟、漢安帝乳母與女婿樊嚴、侍中周廣、虎賁中郎將謝惲等都曾流放至此。
但即便如此難以統治，對於漢王朝來說，這裏也不能放棄，因此它是直屬郡縣，因此為開發此處漢朝盡了最大努力：設置政府、征收賦稅、移民實邊。
但日南郡實在是偏遠，漢人數量實在太少，土著勢力又過於強大，所以自漢人統治這裏開始，衝突就沒有停過，最終在漢光武帝的時候，交趾地方爆發了一場規模十分龐大的起義，也就是 “二征起義”，交趾三郡全部卷入其中。
東漢政府派出了著名的伏波將軍馬援前去平叛，並在平定叛亂之後，伏波將軍馬援在當地立了兩根銅柱，並以此為漢帝國最南端的邊境，這就是著名曆史典故“馬援銅柱”，並向當地發出了振聾發聵的誓言：銅柱折，交趾滅。
而這次叛亂的林邑國，則在銅柱之前，實際是就是原來的日南郡象林縣，象林縣又在日南郡的最南端，對於當時的中原王朝來說，可以說是極南中的極南了。
交趾和九真兩郡因為漢朝移民多的原因，經濟文化得到很大發展，然而日南郡則不然，這裏氣候酷熱，且多瘴氣，自然環境相當惡劣，所以漢地統治薄弱。
所以，日南郡仍然頻繁發生土著鬧事的現象，並最終發展到了政府鎮壓都鎮不住的地步，東漢順帝時，日南郡南部的象林縣就曾發生過叛亂，占族土著首領區連率領數千人叛亂， “燒城寺，殺長吏”，當時交趾刺史官兵去鎮壓，結果士兵竟然嫌棄路遠而不願前往並發生兵變。
沒有辦法，隨後日南郡便漸漸糜爛，東漢的中央政府在得知此事後，本想從本土派重兵前去平叛，但被大臣李固勸止，理由是此處實在是地處偏遠，遠征勞民傷財，且勝算不大。
於是乎，此處就脫離漢朝自立了，建立了占人的第一個國家政權——林邑，中國的南疆由北緯13度縮至北緯16度一線（即今越南順化一帶）。但是，日南郡的建製還在，不過是萎縮了而，日南郡仍然是南部重要州郡，是海上絲綢之路的交通要衝。
東漢桓帝時，西方大國羅馬帝國曾派遣使者訪華，船隻便是在日南郡登陸，這是有史以來中歐最早的官方接觸之一。
林邑國建立後，不斷往北蠶食，他們經常騷擾日南郡，殺人搶劫，在東晉穆帝的時候，占人甚至殺了日南郡太守夏侯覽，並屠殺了五六千名百姓，後來遭到了東晉寧州刺史孫恩的血腥報複，林邑全境被破壞屠殺。
不過，中原王朝雖然能打擊林邑，但卻無法控製日南郡，終於在晉廢帝司馬奕在位時期，日南郡徹底為林邑吞並，日南郡被廢除。
因此，在正式設立安南都護府後，桓溫給安南都護孫綽的第一個任務就是滅掉林邑國，孫綽從小在寧州長大，寧州離交州不遠，熟悉那裏的地形和人文，之前桓溫調孫綽為交州刺史，其實就是為了為滅掉林邑國作準備。
而孫綽也沒有辜負桓溫的期望，在調任交州刺史兼安南都護之後，便開始積極的為攻伐林邑國作準備，率領萬人深入林邑國境內，殲滅了林邑的大半士兵，奪迴先前被林邑國掠走的人口和財產，此戰痛擊林邑，林邑請降，並向朝廷致送大象、金銀、古貝等禮物 。
林邑請降之後，桓溫為了進一步控製南海地區，在林邑國境內又設立了比景郡、海陰郡、林邑郡3郡。
孫綽這次軍事征服範圍極廣，一直打到了林邑國最南端，也就是現如今湄公河的入河口位，並在入河口處設置海陰郡直接統治，比舊日南郡南境還要靠南，這也是中華五千年以來南境最遠之處。
其中在樂浪郡以東二百裏的漢江流域新築平壤城，以熊本城為基本設置安樂都護府，除了管理遼東、高句麗以及朝廷半島上的三韓部落等地外，也管理東北地區的渤海、契丹、庫莫奚、靺鞨、室韋等其他少數民族，首任都護為北府名將劉牢之，率軍兩萬餘人鎮守安東都護府。
以朔方郡為基礎設置安北都護府，用於管理鮮卑拓跋部、鮮卑禿發部、鮮卑越質部、匈奴鐵弗部、匈奴賀蘭部、匈奴孤獨部、高車族、柔然等少數民族，首任都護為北府名將劉軌，率軍三萬餘人鎮守安北都護府。
在西域桓溫則以前秦時期在西域設立的西域長史府為基礎，成立新的安西都護府，安西都護府以鄯善城為治所，設立西域都護、戊已校尉、伊吾都尉、玉門大護軍等職位，同時在高昌設郡的基礎上，又設立了敦煌郡、晉昌郡、鄯善郡等治所，進一步完善了行政管理，安西都護府不但負責治理西域諸國，也負責管理中亞地區的康居、大月氏等其他部落，首任都護為桓衝手下大將田洛，率軍兩萬鎮守安西都護府。
在交州地區，桓溫決定重建日南郡，並在日南郡境內的宋平城設立安南都護府，以自己的心腹舊將、原寧州刺史孫恩的兒子孫綽為首任都護，率軍兩萬鎮守安南都護府。
桓溫之所以大費周章的跑到大南邊設立安南都護府，主要是因為那裏有一個叛亂的國家－林邑國。
在桓溫發動統一全國的戰爭時期，林邑國趁機發動叛亂，屢屢侵擾交州，掠奪交州的人口和財產，因此當時桓溫正在全力征伐北方諸割據勢力，無暇顧及極南之地，所以隻得以安撫為主，並沒有大動幹戈。
但是沒想到林邑國見東晉王朝無暇顧及自己，反而變本加厲，最終將整個日南郡全部吞並，雖然桓溫有意想要討伐林邑，但終因路途太過遙遠而作罷。
但這一直是桓溫心裏的一道坎，因為後世的越南之所以在南海問題上為非作歹，處處與中國為敵，就是因為當時的統治者放棄了此地的原因。
因此本著不為後世子孫留麻煩的想法，桓溫才決意在日南郡設立安南都護府，用於鞏固在當地的統治。
林邑國是從日南郡象林縣分離出來的，而日南郡又是著名的交趾三郡之一，交趾三郡為交趾郡、九章郡、日南郡，這其中日南郡在最南部，由於全境地處熱帶，一年有2個月時間太陽是從北麵照射的，日影在南部，這是當時全國唯一一例，故曰“日南郡”。
日南郡相對於其它兩郡，有其更特殊的地方：它位置當時中國疆域的最南邊，所以當年漢朝征服這裏的時候，因此實在太過偏遠，所以開發程度和控製程度都是最低的。
漢朝雖然大力開發日南郡，鼓勵內地移民過去拓殖，但日南郡的人口因為實在太過於偏遠而始終維持在很低的一個水平，和交趾其他兩郡根本無法相比，在漢朝的一次人口統計中，僅有6.9萬，還不如現在的一個鎮的人口規模。
而且，日南郡的民族成分也相當複雜，這裏的主體民族既不是漢人，也不像其它嶺南州郡一樣是越人土著或漢越混雜，這裏主要居民是：占人！
占人是中南半島很古老的一個民族，該族群跟交趾、九真兩郡的越人土著有很大不同，他們不受漢人文化的影響，而是深受印度文化影響，這也就造成了他們與其他兩郡的很大不同。
對於漢人統治者來說，此處人文風貌實在是太過於迥異，移民到這裏的漢人根本就不可能接受他們的風俗，但是如此偏遠的地方又恰好是犯人流放的好地方，
因此在兩漢時代，日南郡是犯人流放的集中地，有記載的有就有漢和帝時陰皇後的二弟、漢安帝乳母與女婿樊嚴、侍中周廣、虎賁中郎將謝惲等都曾流放至此。
但即便如此難以統治，對於漢王朝來說，這裏也不能放棄，因此它是直屬郡縣，因此為開發此處漢朝盡了最大努力：設置政府、征收賦稅、移民實邊。
但日南郡實在是偏遠，漢人數量實在太少，土著勢力又過於強大，所以自漢人統治這裏開始，衝突就沒有停過，最終在漢光武帝的時候，交趾地方爆發了一場規模十分龐大的起義，也就是 “二征起義”，交趾三郡全部卷入其中。
東漢政府派出了著名的伏波將軍馬援前去平叛，並在平定叛亂之後，伏波將軍馬援在當地立了兩根銅柱，並以此為漢帝國最南端的邊境，這就是著名曆史典故“馬援銅柱”，並向當地發出了振聾發聵的誓言：銅柱折，交趾滅。
而這次叛亂的林邑國，則在銅柱之前，實際是就是原來的日南郡象林縣，象林縣又在日南郡的最南端，對於當時的中原王朝來說，可以說是極南中的極南了。
交趾和九真兩郡因為漢朝移民多的原因，經濟文化得到很大發展，然而日南郡則不然，這裏氣候酷熱，且多瘴氣，自然環境相當惡劣，所以漢地統治薄弱。
所以，日南郡仍然頻繁發生土著鬧事的現象，並最終發展到了政府鎮壓都鎮不住的地步，東漢順帝時，日南郡南部的象林縣就曾發生過叛亂，占族土著首領區連率領數千人叛亂， “燒城寺，殺長吏”，當時交趾刺史官兵去鎮壓，結果士兵竟然嫌棄路遠而不願前往並發生兵變。
沒有辦法，隨後日南郡便漸漸糜爛，東漢的中央政府在得知此事後，本想從本土派重兵前去平叛，但被大臣李固勸止，理由是此處實在是地處偏遠，遠征勞民傷財，且勝算不大。
於是乎，此處就脫離漢朝自立了，建立了占人的第一個國家政權——林邑，中國的南疆由北緯13度縮至北緯16度一線（即今越南順化一帶）。但是，日南郡的建製還在，不過是萎縮了而，日南郡仍然是南部重要州郡，是海上絲綢之路的交通要衝。
東漢桓帝時，西方大國羅馬帝國曾派遣使者訪華，船隻便是在日南郡登陸，這是有史以來中歐最早的官方接觸之一。
林邑國建立後，不斷往北蠶食，他們經常騷擾日南郡，殺人搶劫，在東晉穆帝的時候，占人甚至殺了日南郡太守夏侯覽，並屠殺了五六千名百姓，後來遭到了東晉寧州刺史孫恩的血腥報複，林邑全境被破壞屠殺。
不過，中原王朝雖然能打擊林邑，但卻無法控製日南郡，終於在晉廢帝司馬奕在位時期，日南郡徹底為林邑吞並，日南郡被廢除。
因此，在正式設立安南都護府後，桓溫給安南都護孫綽的第一個任務就是滅掉林邑國，孫綽從小在寧州長大，寧州離交州不遠，熟悉那裏的地形和人文，之前桓溫調孫綽為交州刺史，其實就是為了為滅掉林邑國作準備。
而孫綽也沒有辜負桓溫的期望，在調任交州刺史兼安南都護之後，便開始積極的為攻伐林邑國作準備，率領萬人深入林邑國境內，殲滅了林邑的大半士兵，奪迴先前被林邑國掠走的人口和財產，此戰痛擊林邑，林邑請降，並向朝廷致送大象、金銀、古貝等禮物 。
林邑請降之後，桓溫為了進一步控製南海地區，在林邑國境內又設立了比景郡、海陰郡、林邑郡3郡。
孫綽這次軍事征服範圍極廣，一直打到了林邑國最南端，也就是現如今湄公河的入河口位，並在入河口處設置海陰郡直接統治，比舊日南郡南境還要靠南，這也是中華五千年以來南境最遠之處。