司馬昱使其後改年號為鹹安，以明年為鹹安元年。
由於司馬昱與褚蒜子是叔嫂關係，稱褚蒜子為太後似有不妥，但是鑒於褚蒜子巨大的聲望，司馬昱還是保留了褚蒜子崇德太後的尊稱，並準許她繼續居住在崇德宮。
由於司馬昱為桓溫所立，司馬昱很清楚自己就是個傀儡，同時也十分清楚桓溫想要什麽，因此一登基便冊封桓溫為丞相，錄尚書事，加九錫，總攝內外朝政，同時晉封桓溫為楚王，再賜十郡給楚國，使楚王國成為一個擁有三十個郡的龐大獨立王國。
桓溫終於得到了自己夢寐以求的加九錫特權了，而且成為楚王後，他又多了一層身份，那就是楚國的君主，這是非常重要的一步，這也意思著桓溫擁有自己組建楚國官員的資格，桓溫將自己的老根據地，荊州的江陵立為楚國都城，在江陵營造宮室，封南康公主司馬興南為楚王妃，青城公主李嬌為楚王次妃，長子桓陸改名為桓熙，立為楚王世子，改封次子桓濟為臨賀郡公，三子桓歆為臨賀縣公，四子桓偉、五子桓玄由於年幼尚未得封。
鑒於桓溫巨大的權勢，之前因為拒絕將女兒嫁到桓家的王坦之擔心桓溫會報複，因此主動為長子王愷求取桓家女，桓溫也十分的大方，將長女桓伯子嫁給了王愷，同時為次子桓濟求取已成為皇帝的司馬昱之女為妻，司馬昱將三女，已封為新安公主的司馬道福嫁給桓濟為妻，桓濟因此也被封為駙馬都尉。
由於上一任皇帝司馬奕是桓溫所廢，所以桓溫擔心司馬奕日後會報複，當時為了取得群臣的同意所以桓溫才保留司馬奕東海王的爵位，現在司馬昱正式登基，木已成舟，所以桓溫上書司馬昱建議直接將已經降為東海王的司馬奕直接廢為庶人。
這讓司馬昱十分的為難，司馬奕雖然已是廢帝，但是畢竟大家都是同宗同族，而且所有人心裏都明白，司馬奕根本就沒有什麽過錯，純粹是桓溫沒事找事，所以沒有同意桓溫的請求。
桓溫見司馬昱不同意，便又退了一步，建議將司馬奕從王降為公，封為海西公。
司馬昱還是覺得不妥，畢竟司馬奕是侄子晉成帝的親兒子，都是晉元帝司馬睿的血脈，如此根正苗紅的皇室血脈降封為公實在是不妥，但是司馬昱很清楚自己隻是一個傀儡，桓溫若是硬要這樣做的話自己也沒有辦法，於是司馬昱便主動找到了褚蒜子。
褚蒜子也覺得此事桓溫做的實在是有些過份，已經把人家皇帝之位給廢了，還要想把人家的爵位給廢黜，實在是不應該，於是便主動召見桓溫，要求桓溫不得再為難司馬奕一家。
桓溫一看這事連褚蒜子都反對了，害怕會犯眾怒，所以也就沒有再堅持，但是為了防止司馬奕東山再起，桓溫雖然同意保留司馬奕東海王的爵位，但是堅持要將他流放到外地。
可能司馬昱也覺得司馬奕若是留在京城的話，早晚會被桓溫所害，所以也就同意了桓溫在不給司馬奕降爵的情況下，將司馬奕一家流放到吳縣的西柴裏居住，由吳國內史刁彝和禦史顧允領兵監管。
在將司馬奕一家監管起來之後，桓溫又以“滔亂宮閨”之名，將司馬奕的三個龐臣相龍、計好、朱炅寶以及司馬奕的兩位嬪妃田美人和孟美人，連同兩位美人所生的三個孩子全部殺死，以絕後患。
這事做的就相當不對了，本來桓溫以陽痿之名廢掉司馬奕本身理由就太過扯蛋，天下人都知道桓溫是故意找茬，不點破你也就算了，你還拿此為理由殺掉了人家的老婆跟孩子，讓人家斷子絕孫，這就有點太過份了。
盡管司馬氏統治天下不得人心，但是桓溫這樣糟蹋一個當過皇帝的人，實在是不應該，因此天下很多人都十分的同意司馬奕的遭遇，一些別有用心的人開始假借他的名義，聲稱奉他的詔命，聚眾起事，起兵反叛朝廷。
由於當時的道教勢力很大，也分了不少派別，其中一派的首領盧悚便有意借司馬奕之事起兵反叛，因此便派弟子許龍秘密來到司馬奕居處，自稱奉了太後褚蒜子的密詔來迎司馬奕迴京複辟。
司馬奕聽了有些心動，桓溫如此對待自己，不但廢了自己的皇位，還殺害了自己的老婆孩子，要說不仇恨，那是假的，司馬奕也想複仇，因此便想要答應共同起事。
但是這個司馬奕的家眷出來極力勸阻，這也司馬奕也意識到以桓溫的勢力並不是許龍之流能夠對抗得了的，若是兵變失敗肯定連他自己的性命也不保，經過反複思量，最終司馬奕還是決定當個縮頭烏龜，因此便又拒絕出門，並斥退了許龍。司馬奕雖然拒絕了，但是盧悚還是以奉迎司馬奕複位的的名義起兵造反，並且從者雲集，盧悚起兵之後，臨湘縣令朱寶、西陽太守趙嶽、廣平太守步遐、東陽太守唐寓之、長山縣令劉泓等紛紛起兵反叛，而且無一例外的都打著奉迎司馬奕複位的旗號起兵，雖然這些叛亂都無一例外的被桓溫強勢鎮壓了下來，但是畢竟都是打著司馬奕的旗號，這也讓桓溫再次對司馬奕充滿了警惕。
這麽多叛亂都打著司馬奕的旗號，這讓司馬奕十分的害怕，他害怕再遭禍端，於是便主動上書請求將自己降為縣公，同時又有意表現得平庸，他整天的裝瘋賣傻，是沉溺於酒色之中，隻求桓溫能夠放過他。
人家都主動要求降爵了，自己若是就是太不給人家麵子了，司馬奕的態度讓桓溫十分的滿意，因為力主司馬昱同意司馬奕的請求。
司馬昱也是無奈，他也很清楚司馬奕這是自保之舉，因此便同意了司馬奕的請求，將司馬奕的爵位降為海西縣公，桓溫也終於確認司馬奕生性懦弱，安於屈辱，甘心屈辱，再也翻不起大浪，也就不再理會他了。
司馬奕總算避免了殺身之禍。
前秦王苻堅在聽說了桓溫廢立皇帝的事情，十分的不屑，他對群臣們說道：“桓溫這種小人，以這樣荒誕的理由去廢黜自己的君主，年近五十歲的老頭了還做如此舉動，他將如何自容於天下呢！諺語有說：‘對妻子憤怒就對父親耍臉色！’大概說的就是桓溫這樣的人吧。”
苻堅的話傳到桓溫的耳朵裏之後，桓溫十分的生氣，此時的天下自己已經占據了三分之二，剩下的三分之一就是你前秦了，苻堅你小子先別得意，待我準備好之後就去收拾你。
在桓溫最終平定了內亂之後，便開始著手準備對前秦的攻伐，隻要再消滅掉前秦政權，那麽天下就一統了。
天下統一之時，就是桓溫篡權之日。
由於司馬昱與褚蒜子是叔嫂關係，稱褚蒜子為太後似有不妥，但是鑒於褚蒜子巨大的聲望，司馬昱還是保留了褚蒜子崇德太後的尊稱，並準許她繼續居住在崇德宮。
由於司馬昱為桓溫所立，司馬昱很清楚自己就是個傀儡，同時也十分清楚桓溫想要什麽，因此一登基便冊封桓溫為丞相，錄尚書事，加九錫，總攝內外朝政，同時晉封桓溫為楚王，再賜十郡給楚國，使楚王國成為一個擁有三十個郡的龐大獨立王國。
桓溫終於得到了自己夢寐以求的加九錫特權了，而且成為楚王後，他又多了一層身份，那就是楚國的君主，這是非常重要的一步，這也意思著桓溫擁有自己組建楚國官員的資格，桓溫將自己的老根據地，荊州的江陵立為楚國都城，在江陵營造宮室，封南康公主司馬興南為楚王妃，青城公主李嬌為楚王次妃，長子桓陸改名為桓熙，立為楚王世子，改封次子桓濟為臨賀郡公，三子桓歆為臨賀縣公，四子桓偉、五子桓玄由於年幼尚未得封。
鑒於桓溫巨大的權勢，之前因為拒絕將女兒嫁到桓家的王坦之擔心桓溫會報複，因此主動為長子王愷求取桓家女，桓溫也十分的大方，將長女桓伯子嫁給了王愷，同時為次子桓濟求取已成為皇帝的司馬昱之女為妻，司馬昱將三女，已封為新安公主的司馬道福嫁給桓濟為妻，桓濟因此也被封為駙馬都尉。
由於上一任皇帝司馬奕是桓溫所廢，所以桓溫擔心司馬奕日後會報複，當時為了取得群臣的同意所以桓溫才保留司馬奕東海王的爵位，現在司馬昱正式登基，木已成舟，所以桓溫上書司馬昱建議直接將已經降為東海王的司馬奕直接廢為庶人。
這讓司馬昱十分的為難，司馬奕雖然已是廢帝，但是畢竟大家都是同宗同族，而且所有人心裏都明白，司馬奕根本就沒有什麽過錯，純粹是桓溫沒事找事，所以沒有同意桓溫的請求。
桓溫見司馬昱不同意，便又退了一步，建議將司馬奕從王降為公，封為海西公。
司馬昱還是覺得不妥，畢竟司馬奕是侄子晉成帝的親兒子，都是晉元帝司馬睿的血脈，如此根正苗紅的皇室血脈降封為公實在是不妥，但是司馬昱很清楚自己隻是一個傀儡，桓溫若是硬要這樣做的話自己也沒有辦法，於是司馬昱便主動找到了褚蒜子。
褚蒜子也覺得此事桓溫做的實在是有些過份，已經把人家皇帝之位給廢了，還要想把人家的爵位給廢黜，實在是不應該，於是便主動召見桓溫，要求桓溫不得再為難司馬奕一家。
桓溫一看這事連褚蒜子都反對了，害怕會犯眾怒，所以也就沒有再堅持，但是為了防止司馬奕東山再起，桓溫雖然同意保留司馬奕東海王的爵位，但是堅持要將他流放到外地。
可能司馬昱也覺得司馬奕若是留在京城的話，早晚會被桓溫所害，所以也就同意了桓溫在不給司馬奕降爵的情況下，將司馬奕一家流放到吳縣的西柴裏居住，由吳國內史刁彝和禦史顧允領兵監管。
在將司馬奕一家監管起來之後，桓溫又以“滔亂宮閨”之名，將司馬奕的三個龐臣相龍、計好、朱炅寶以及司馬奕的兩位嬪妃田美人和孟美人，連同兩位美人所生的三個孩子全部殺死，以絕後患。
這事做的就相當不對了，本來桓溫以陽痿之名廢掉司馬奕本身理由就太過扯蛋，天下人都知道桓溫是故意找茬，不點破你也就算了，你還拿此為理由殺掉了人家的老婆跟孩子，讓人家斷子絕孫，這就有點太過份了。
盡管司馬氏統治天下不得人心，但是桓溫這樣糟蹋一個當過皇帝的人，實在是不應該，因此天下很多人都十分的同意司馬奕的遭遇，一些別有用心的人開始假借他的名義，聲稱奉他的詔命，聚眾起事，起兵反叛朝廷。
由於當時的道教勢力很大，也分了不少派別，其中一派的首領盧悚便有意借司馬奕之事起兵反叛，因此便派弟子許龍秘密來到司馬奕居處，自稱奉了太後褚蒜子的密詔來迎司馬奕迴京複辟。
司馬奕聽了有些心動，桓溫如此對待自己，不但廢了自己的皇位，還殺害了自己的老婆孩子，要說不仇恨，那是假的，司馬奕也想複仇，因此便想要答應共同起事。
但是這個司馬奕的家眷出來極力勸阻，這也司馬奕也意識到以桓溫的勢力並不是許龍之流能夠對抗得了的，若是兵變失敗肯定連他自己的性命也不保，經過反複思量，最終司馬奕還是決定當個縮頭烏龜，因此便又拒絕出門，並斥退了許龍。司馬奕雖然拒絕了，但是盧悚還是以奉迎司馬奕複位的的名義起兵造反，並且從者雲集，盧悚起兵之後，臨湘縣令朱寶、西陽太守趙嶽、廣平太守步遐、東陽太守唐寓之、長山縣令劉泓等紛紛起兵反叛，而且無一例外的都打著奉迎司馬奕複位的旗號起兵，雖然這些叛亂都無一例外的被桓溫強勢鎮壓了下來，但是畢竟都是打著司馬奕的旗號，這也讓桓溫再次對司馬奕充滿了警惕。
這麽多叛亂都打著司馬奕的旗號，這讓司馬奕十分的害怕，他害怕再遭禍端，於是便主動上書請求將自己降為縣公，同時又有意表現得平庸，他整天的裝瘋賣傻，是沉溺於酒色之中，隻求桓溫能夠放過他。
人家都主動要求降爵了，自己若是就是太不給人家麵子了，司馬奕的態度讓桓溫十分的滿意，因為力主司馬昱同意司馬奕的請求。
司馬昱也是無奈，他也很清楚司馬奕這是自保之舉，因此便同意了司馬奕的請求，將司馬奕的爵位降為海西縣公，桓溫也終於確認司馬奕生性懦弱，安於屈辱，甘心屈辱，再也翻不起大浪，也就不再理會他了。
司馬奕總算避免了殺身之禍。
前秦王苻堅在聽說了桓溫廢立皇帝的事情，十分的不屑，他對群臣們說道：“桓溫這種小人，以這樣荒誕的理由去廢黜自己的君主，年近五十歲的老頭了還做如此舉動，他將如何自容於天下呢！諺語有說：‘對妻子憤怒就對父親耍臉色！’大概說的就是桓溫這樣的人吧。”
苻堅的話傳到桓溫的耳朵裏之後，桓溫十分的生氣，此時的天下自己已經占據了三分之二，剩下的三分之一就是你前秦了，苻堅你小子先別得意，待我準備好之後就去收拾你。
在桓溫最終平定了內亂之後，便開始著手準備對前秦的攻伐，隻要再消滅掉前秦政權，那麽天下就一統了。
天下統一之時，就是桓溫篡權之日。