同剛果的關係
1997年，烏曾支持洛朗卡比拉推翻前紮伊爾蒙博托政權，烏同剛果（金）關係一度十分密切。後來烏指責卡庇護烏反政府武裝，兩國關係惡化。1998年8月，烏支持剛反對派與政府開戰，並直接出兵參戰。1999年7、8月間，剛衝突各方簽署盧薩卡停火協議後，剛問題轉入政治解決階段。2001年10月，烏開始撤出駐剛軍隊，並於2002年9月恢複與剛的外交關係。2003年2月，穆塞韋尼總統和剛總統約瑟夫卡比拉會晤，決定增設伊圖裏和平委員會，以便在烏從該地區撤軍後維護該地區和平與安全。4月，烏、剛和盧旺達總統在南非首都比勒陀利亞舉行剛果（金）和平進程地區峰會。5月，烏完成從剛全部撤軍。10月，剛地區合作部長訪烏，雙方決定實現關係正常化，互派大使，並承諾加強安全合作，不準對方的反政府武裝在各自領土上活動。11月，兩國總統同意就剛指控烏對其進行武裝入侵而上訴國際法院案達成庭外和解。2004年5月，兩國民航局簽署諒解備忘錄，決定恢複自1998年以來中斷的商業航班。2006年4月，剛果（金）指責烏駐剛果（金）大使曾參與掠奪剛東部資源，烏隨即召迴駐剛果（金）大使，擬新派的大使則未得到剛認可，而剛也不願向烏派出大使。2007年3月以來，烏多次要求剛果（金）對清剿其境內的烏反政府武裝予以配合。9月，兩國總統在坦桑尼亞進行會談，簽署涉及雙邊安全、外交和經濟合作等領域的多個協議，同意盡快恢複兩國大使級外交關係。12月，兩國外長簽署聯合公報，決定全麵恢複外交關係。2008年12月至2009年3月，烏幹達、剛果（金）和蘇丹三方對盤踞在剛果（金）賈蘭巴公園的上帝抵抗軍予以毀滅性打擊，科尼率殘部逃竄至中非共和國。2009年3月，穆塞韋尼總統和卡比拉總統在烏剛邊境會晤。8月，兩國互派大使，雙邊關係全麵恢複。2011年2月，烏、剛果（金）國防部長、聯合國駐剛果（金）特派團代表在烏舉行為期三天的防務與安全會議。剛果（金）和聯合國同意繼續跨境打擊上帝抵抗軍和聯合民主陣線叛軍。2012年，剛果（金）東部局勢再度緊張，烏參與斡旋，推動叛軍與剛政府和談。2017年12月，烏打擊盤踞在剛果（金）東部的烏反政府武裝民主同盟軍，烏方表示打擊行動事先經過兩國政府高層溝通協調。2018年7月，烏剛兩國軍隊因“非法捕魚”在愛德華湖上發生衝突，造成烏4名士兵死亡、30名漁民死亡或失蹤。
同肯尼亞和坦桑尼亞關係
烏與肯尼亞、坦桑尼亞關係良好，肯蒙巴薩港和坦達累斯薩拉姆港是烏貨物主要進出口港。肯是烏最大貿易夥伴和主要投資來源地之一。三國是東非共同體創始國，並在此基礎上於2005年建立關稅同盟，2010年建立共同市場，並計劃最終建立東非聯邦。烏肯正在探討攜手打造連接坎帕拉、內羅畢、蒙巴薩等兩國重要城市的東非鐵路網北部走廊，烏坦已就建設從烏幹達阿爾伯特湖區油田至坦桑尼亞坦噶港的外輸石油管線達成共識。2017年2月，穆塞韋尼對坦進行國事訪問；11月，赴肯出席肯雅塔總統就職儀式。
同盧旺達關係
1994年烏支持盧旺達愛國陣線奪取盧政權後，烏盧關係十分密切。1997年兩國共同支持洛朗卡比拉推翻蒙博托政權，1998年又聯合支持剛果（金）反政府武裝並出兵剛。但1999年8月後，雙方在剛問題上分歧加劇，兩國軍隊曾3次在剛東部發生衝突，致使關係惡化。2001年11月以來，雙邊關係趨緩。2003年9月，烏總統穆塞韋尼出席盧總統卡加梅的就職典禮。2004年1月，兩國總統在倫敦會晤。2月，烏內務部長訪盧，同盧方舉行第二屆兩國政府間聯合委員會會議。2005年9月29日，兩國就遣返在烏的多名盧難民進行了商談。兩國關係基本平穩。2011年12月22日至26日，盧總統卡加梅訪烏，其間與穆塞韋尼總統共同出席了歐盟援助的烏盧兩國邊境公路開工儀式。2012年1月25日至27日，卡加梅對烏進行國事訪問，其間烏、盧舉行兩國聯合常設委員會第十次會議。12月，穆塞韋尼總統訪問盧旺達並出席盧愛國陣線成立25周年慶典活動。2018年3月盧總統卡加梅訪烏期間，雙方否認烏盧關係緊張，同意加強在情報安全及基礎設施等發展領域的溝通。
同布隆迪的關係
雙方關係良好。1993年至2003年，烏幹達參與斡旋布隆迪國內和平談判。布隆迪是烏幹達商品主要出口市場之一。兩國均係非盟駐索馬裏特派團出兵國。2015年以來，布隆迪各黨派圍繞總統恩庫倫齊紮“第三任期”問題激烈博弈。穆塞韋尼總統被東共體任命為布隆迪問題調停人，多次赴布斡旋，但未取得實質性進展。烏認為東共體應在布問題上加強協調，堅持協商對話、政治解決。但一旦布局勢持續惡化，應考慮向布派遣維和軍隊。
同其他非洲國家的關係
2000年，穆塞韋尼總統出席了在開羅舉行的首屆非洲－歐盟首腦會議（4月）、在洛美舉行的第36屆非統首腦會議（7月）、在阿魯沙舉行的布隆迪和平會議（3月）、在阿魯沙（7月）和內羅畢（9月）召開的布隆迪和平進程地區首腦會議（9月）。穆塞韋尼總統訪問了利比亞（8月和11月）、尼日利亞（9月）、莫桑比克（11月）。布隆迪總統布約亞（1月、3月和9月）、吉布提總統古萊德（7月）、南非前總統曼德拉（10月）、剛果（布）總統薩蘇恩古索（11月）訪問了烏幹達。
1997年，烏曾支持洛朗卡比拉推翻前紮伊爾蒙博托政權，烏同剛果（金）關係一度十分密切。後來烏指責卡庇護烏反政府武裝，兩國關係惡化。1998年8月，烏支持剛反對派與政府開戰，並直接出兵參戰。1999年7、8月間，剛衝突各方簽署盧薩卡停火協議後，剛問題轉入政治解決階段。2001年10月，烏開始撤出駐剛軍隊，並於2002年9月恢複與剛的外交關係。2003年2月，穆塞韋尼總統和剛總統約瑟夫卡比拉會晤，決定增設伊圖裏和平委員會，以便在烏從該地區撤軍後維護該地區和平與安全。4月，烏、剛和盧旺達總統在南非首都比勒陀利亞舉行剛果（金）和平進程地區峰會。5月，烏完成從剛全部撤軍。10月，剛地區合作部長訪烏，雙方決定實現關係正常化，互派大使，並承諾加強安全合作，不準對方的反政府武裝在各自領土上活動。11月，兩國總統同意就剛指控烏對其進行武裝入侵而上訴國際法院案達成庭外和解。2004年5月，兩國民航局簽署諒解備忘錄，決定恢複自1998年以來中斷的商業航班。2006年4月，剛果（金）指責烏駐剛果（金）大使曾參與掠奪剛東部資源，烏隨即召迴駐剛果（金）大使，擬新派的大使則未得到剛認可，而剛也不願向烏派出大使。2007年3月以來，烏多次要求剛果（金）對清剿其境內的烏反政府武裝予以配合。9月，兩國總統在坦桑尼亞進行會談，簽署涉及雙邊安全、外交和經濟合作等領域的多個協議，同意盡快恢複兩國大使級外交關係。12月，兩國外長簽署聯合公報，決定全麵恢複外交關係。2008年12月至2009年3月，烏幹達、剛果（金）和蘇丹三方對盤踞在剛果（金）賈蘭巴公園的上帝抵抗軍予以毀滅性打擊，科尼率殘部逃竄至中非共和國。2009年3月，穆塞韋尼總統和卡比拉總統在烏剛邊境會晤。8月，兩國互派大使，雙邊關係全麵恢複。2011年2月，烏、剛果（金）國防部長、聯合國駐剛果（金）特派團代表在烏舉行為期三天的防務與安全會議。剛果（金）和聯合國同意繼續跨境打擊上帝抵抗軍和聯合民主陣線叛軍。2012年，剛果（金）東部局勢再度緊張，烏參與斡旋，推動叛軍與剛政府和談。2017年12月，烏打擊盤踞在剛果（金）東部的烏反政府武裝民主同盟軍，烏方表示打擊行動事先經過兩國政府高層溝通協調。2018年7月，烏剛兩國軍隊因“非法捕魚”在愛德華湖上發生衝突，造成烏4名士兵死亡、30名漁民死亡或失蹤。
同肯尼亞和坦桑尼亞關係
烏與肯尼亞、坦桑尼亞關係良好，肯蒙巴薩港和坦達累斯薩拉姆港是烏貨物主要進出口港。肯是烏最大貿易夥伴和主要投資來源地之一。三國是東非共同體創始國，並在此基礎上於2005年建立關稅同盟，2010年建立共同市場，並計劃最終建立東非聯邦。烏肯正在探討攜手打造連接坎帕拉、內羅畢、蒙巴薩等兩國重要城市的東非鐵路網北部走廊，烏坦已就建設從烏幹達阿爾伯特湖區油田至坦桑尼亞坦噶港的外輸石油管線達成共識。2017年2月，穆塞韋尼對坦進行國事訪問；11月，赴肯出席肯雅塔總統就職儀式。
同盧旺達關係
1994年烏支持盧旺達愛國陣線奪取盧政權後，烏盧關係十分密切。1997年兩國共同支持洛朗卡比拉推翻蒙博托政權，1998年又聯合支持剛果（金）反政府武裝並出兵剛。但1999年8月後，雙方在剛問題上分歧加劇，兩國軍隊曾3次在剛東部發生衝突，致使關係惡化。2001年11月以來，雙邊關係趨緩。2003年9月，烏總統穆塞韋尼出席盧總統卡加梅的就職典禮。2004年1月，兩國總統在倫敦會晤。2月，烏內務部長訪盧，同盧方舉行第二屆兩國政府間聯合委員會會議。2005年9月29日，兩國就遣返在烏的多名盧難民進行了商談。兩國關係基本平穩。2011年12月22日至26日，盧總統卡加梅訪烏，其間與穆塞韋尼總統共同出席了歐盟援助的烏盧兩國邊境公路開工儀式。2012年1月25日至27日，卡加梅對烏進行國事訪問，其間烏、盧舉行兩國聯合常設委員會第十次會議。12月，穆塞韋尼總統訪問盧旺達並出席盧愛國陣線成立25周年慶典活動。2018年3月盧總統卡加梅訪烏期間，雙方否認烏盧關係緊張，同意加強在情報安全及基礎設施等發展領域的溝通。
同布隆迪的關係
雙方關係良好。1993年至2003年，烏幹達參與斡旋布隆迪國內和平談判。布隆迪是烏幹達商品主要出口市場之一。兩國均係非盟駐索馬裏特派團出兵國。2015年以來，布隆迪各黨派圍繞總統恩庫倫齊紮“第三任期”問題激烈博弈。穆塞韋尼總統被東共體任命為布隆迪問題調停人，多次赴布斡旋，但未取得實質性進展。烏認為東共體應在布問題上加強協調，堅持協商對話、政治解決。但一旦布局勢持續惡化，應考慮向布派遣維和軍隊。
同其他非洲國家的關係
2000年，穆塞韋尼總統出席了在開羅舉行的首屆非洲－歐盟首腦會議（4月）、在洛美舉行的第36屆非統首腦會議（7月）、在阿魯沙舉行的布隆迪和平會議（3月）、在阿魯沙（7月）和內羅畢（9月）召開的布隆迪和平進程地區首腦會議（9月）。穆塞韋尼總統訪問了利比亞（8月和11月）、尼日利亞（9月）、莫桑比克（11月）。布隆迪總統布約亞（1月、3月和9月）、吉布提總統古萊德（7月）、南非前總統曼德拉（10月）、剛果（布）總統薩蘇恩古索（11月）訪問了烏幹達。