雖然穆斯lin商人於伊斯蘭時代初期即抵達東南亞，但跡象顯示穆斯lin最早於13世紀居住於蘇門答臘北部，印度尼西亞其他地區逐步采行伊斯蘭教，伊斯蘭教在爪哇及蘇門答臘地區至16世紀末才成為優勢宗教。伊斯蘭教的包容性使之在印度尼西亞的傳播具有優勢，此情形在爪哇最為顯著。
荷蘭殖民地時期
印度尼西亞人與歐洲人首次正規接觸始於1512年，由佛朗西斯科·施蘭（francisco serr?o）帶領葡萄牙商人尋找並壟斷馬魯古群島上的肉豆蔻、丁香及蓽澄茄等資源，隨後荷蘭商人也到印度尼西亞。荷蘭於1602年成立荷蘭東印度公司，並成為歐洲位於印度尼西亞的主要勢力，曾遭遇印度尼西亞人民武裝抗爭，荷蘭東印度公司於1800年破產解散，荷蘭政府續而成立荷屬東印度接管印度尼西亞殖民地。
在多數殖民統治期間，荷蘭在海岸堡壘以外的控製力相當薄弱，直到20世紀初期荷蘭統治範圍才擴張至今日印度尼西亞的版圖。第一次世界大戰完結之後，當地人開始爭取自治。雖然在印度尼西亞獨立戰爭時內部政治、社會、宗派分歧，但印度尼西亞人團結一致爭取獨立。
第二次世界大戰中1942年日本入侵印度尼西亞，荷屬東印度戰役爆發，3月日軍占領荷屬東印度全境，印度尼西亞進入印度尼西亞日治時期。最初日本推行“三亞運動”，但並未獲得認同而告失敗；轉而拉攏國族主義及伊斯蘭力量。日本訓練了年輕人武裝，成為在獨立戰爭中的軍事力量，但戰後聯合國報告指出在日本統治時期有400萬人因饑荒及強製勞動而死亡。
獨立時期
印度尼西亞獨立革命
1945年8月15日，日本投降，而盟軍東南亞戰區最高統帥路易斯·蒙巴頓命令日軍不得將權力交給印尼任何黨派。在日本投降僅兩天後，深具影響力的印尼領導人蘇加諾宣布印尼獨立，並出任總統職務。1945年9月29日，依據波茨坦會議決定，同盟國派出英國登陸印度尼西亞接受當地日軍的投降，1946年11月下旬，英國軍隊從印度尼西亞完全撤出。而荷蘭軍則在10月中重返印度尼西亞，在1947年1月，荷蘭軍攻擊了東麵爪哇。同年7月21日，12萬的荷蘭軍在印度尼西亞全境進攻，宣稱其為恢複殖民地秩序的“警察行動”（aksi polisionil）。印度尼西亞軍放棄了都市部，在農村部進行遊擊戰。在1948年12月19日，荷蘭軍在印度尼西亞全境再次進攻，讓臨時首都日惹陷落，並逮捕蘇加諾、哈達等共和國領袖。荷蘭當局則試圖重建政權，但麵對國際壓力及譴責，且與印度尼西亞戰爭消耗了荷蘭的經濟，衝突於1949年12月結束，荷蘭宣布印度尼西亞獨立（不包括荷屬新幾內亞，該地區由於1962年的《紐約協定》及1969年《自由選擇法》而並入印度尼西亞）。
自建國後，蘇加諾一直實施獨裁統治，借由平衡軍方反對勢力及印度尼西亞共產黨維持其權力。1965年9月30日印度尼西亞發生了“九·三〇”事件，部分印度尼西亞軍方高層意圖推翻蘇加諾政權，後事情敗露被處決，軍事強人蘇哈托鎮壓叛軍後掌握大權，此後蘇哈托組織部隊進行fangong清洗和推翻蘇加諾，印度尼西亞共產黨策動政變而受重創，包含華人和印尼共產黨員在內約有50萬人受害。1967年2月，蘇加諾被解除總統頭銜，蘇哈托出任代理總統。1968年，軍隊司令蘇哈托正式出任總統一職。
蘇哈托的“新秩序”獲得美國政府支持，促進對印度尼西亞的外商直接投資，成為之後30年印度尼西亞經濟實質成長的重要因素，然而獨裁傾向的“新秩序”被指責用以貪汙及壓製反對勢力。
1997年，印尼於亞洲金融風暴經濟遭受重創，引發大規模對“新秩序”政策的不滿，並引發大規模排華動亂，蘇哈托被迫於1998年5月下台，結束32年執政，政治意識形態也重新洗牌。
1999年，東帝汶舉行公投決定獨立，也結束了25年來印度尼西亞備受國際譴責的軍事占領。蘇哈托下台後，民主化進一步鞏固，包括地區自治，並於2004年進行首次總統直選。政治及經濟上不穩定、社會動蕩、貪汙延滯了民主化進程，但於近年來經濟情況有所好轉。雖然在不同宗教及種族間尚稱和諧，但仍有各教派間的不滿及暴力事件發生。與亞齊分離主義的衝突也於2005年告一段落。
2014年3月，印尼總統蘇西洛簽署2014年第12號總統決定書，正式廢除1967年第6號通告，把“支那”(cina)改稱“中華”。1967年第6號通告是印尼前總統蘇哈托時代的產物，包含對中國與華人的國格和人格的歧視與侮辱。當地華人表示，40多年來對中國和華人的歧視稱唿將一去不複返了，這是印尼民主政治進步的體現。
荷蘭殖民地時期
印度尼西亞人與歐洲人首次正規接觸始於1512年，由佛朗西斯科·施蘭（francisco serr?o）帶領葡萄牙商人尋找並壟斷馬魯古群島上的肉豆蔻、丁香及蓽澄茄等資源，隨後荷蘭商人也到印度尼西亞。荷蘭於1602年成立荷蘭東印度公司，並成為歐洲位於印度尼西亞的主要勢力，曾遭遇印度尼西亞人民武裝抗爭，荷蘭東印度公司於1800年破產解散，荷蘭政府續而成立荷屬東印度接管印度尼西亞殖民地。
在多數殖民統治期間，荷蘭在海岸堡壘以外的控製力相當薄弱，直到20世紀初期荷蘭統治範圍才擴張至今日印度尼西亞的版圖。第一次世界大戰完結之後，當地人開始爭取自治。雖然在印度尼西亞獨立戰爭時內部政治、社會、宗派分歧，但印度尼西亞人團結一致爭取獨立。
第二次世界大戰中1942年日本入侵印度尼西亞，荷屬東印度戰役爆發，3月日軍占領荷屬東印度全境，印度尼西亞進入印度尼西亞日治時期。最初日本推行“三亞運動”，但並未獲得認同而告失敗；轉而拉攏國族主義及伊斯蘭力量。日本訓練了年輕人武裝，成為在獨立戰爭中的軍事力量，但戰後聯合國報告指出在日本統治時期有400萬人因饑荒及強製勞動而死亡。
獨立時期
印度尼西亞獨立革命
1945年8月15日，日本投降，而盟軍東南亞戰區最高統帥路易斯·蒙巴頓命令日軍不得將權力交給印尼任何黨派。在日本投降僅兩天後，深具影響力的印尼領導人蘇加諾宣布印尼獨立，並出任總統職務。1945年9月29日，依據波茨坦會議決定，同盟國派出英國登陸印度尼西亞接受當地日軍的投降，1946年11月下旬，英國軍隊從印度尼西亞完全撤出。而荷蘭軍則在10月中重返印度尼西亞，在1947年1月，荷蘭軍攻擊了東麵爪哇。同年7月21日，12萬的荷蘭軍在印度尼西亞全境進攻，宣稱其為恢複殖民地秩序的“警察行動”（aksi polisionil）。印度尼西亞軍放棄了都市部，在農村部進行遊擊戰。在1948年12月19日，荷蘭軍在印度尼西亞全境再次進攻，讓臨時首都日惹陷落，並逮捕蘇加諾、哈達等共和國領袖。荷蘭當局則試圖重建政權，但麵對國際壓力及譴責，且與印度尼西亞戰爭消耗了荷蘭的經濟，衝突於1949年12月結束，荷蘭宣布印度尼西亞獨立（不包括荷屬新幾內亞，該地區由於1962年的《紐約協定》及1969年《自由選擇法》而並入印度尼西亞）。
自建國後，蘇加諾一直實施獨裁統治，借由平衡軍方反對勢力及印度尼西亞共產黨維持其權力。1965年9月30日印度尼西亞發生了“九·三〇”事件，部分印度尼西亞軍方高層意圖推翻蘇加諾政權，後事情敗露被處決，軍事強人蘇哈托鎮壓叛軍後掌握大權，此後蘇哈托組織部隊進行fangong清洗和推翻蘇加諾，印度尼西亞共產黨策動政變而受重創，包含華人和印尼共產黨員在內約有50萬人受害。1967年2月，蘇加諾被解除總統頭銜，蘇哈托出任代理總統。1968年，軍隊司令蘇哈托正式出任總統一職。
蘇哈托的“新秩序”獲得美國政府支持，促進對印度尼西亞的外商直接投資，成為之後30年印度尼西亞經濟實質成長的重要因素，然而獨裁傾向的“新秩序”被指責用以貪汙及壓製反對勢力。
1997年，印尼於亞洲金融風暴經濟遭受重創，引發大規模對“新秩序”政策的不滿，並引發大規模排華動亂，蘇哈托被迫於1998年5月下台，結束32年執政，政治意識形態也重新洗牌。
1999年，東帝汶舉行公投決定獨立，也結束了25年來印度尼西亞備受國際譴責的軍事占領。蘇哈托下台後，民主化進一步鞏固，包括地區自治，並於2004年進行首次總統直選。政治及經濟上不穩定、社會動蕩、貪汙延滯了民主化進程，但於近年來經濟情況有所好轉。雖然在不同宗教及種族間尚稱和諧，但仍有各教派間的不滿及暴力事件發生。與亞齊分離主義的衝突也於2005年告一段落。
2014年3月，印尼總統蘇西洛簽署2014年第12號總統決定書，正式廢除1967年第6號通告，把“支那”(cina)改稱“中華”。1967年第6號通告是印尼前總統蘇哈托時代的產物，包含對中國與華人的國格和人格的歧視與侮辱。當地華人表示，40多年來對中國和華人的歧視稱唿將一去不複返了，這是印尼民主政治進步的體現。