一、早年生涯
萬曆二十三年（1595年）十一月初七日，李倧出生於朝鮮黃海道海州。他是定遠君李\\f的長子，母親具氏是名臣具思孟的女兒，同時也是朝鮮中宗女婿綾城君具思顏的侄女，以及永膺大君之女吉安縣主與中宗反正功臣具壽永的玄孫女。當時正值壬辰倭亂期間，各王子被安置於海州，因此李倧就出生在那裏。他是宣祖李昖的第一個孫子，據說生下來後，右腿有無數黑子，翌年春被祖父宣祖看到，宣祖驚訝地說：“是漢祖之相，勿泄也！”因而對他倍加寵愛，給他取名為“倧”，小字“天胤”，撫養於宮中。“天胤”意為上天的子嗣，據說當時還是王世子的光海君對這個小字頗為不悅，這也被視為宣祖的深意所在。
李倧自幼受學於舅舅具宬，萬曆三十五年（1607年）被宣祖封為綾陽都正，不久後晉升為綾陽君。萬曆三十八年（1610年），他與南人出身的大臣韓浚謙之女完婚，這位女子後來成為了仁烈王後。然而，隨著光海君的即位，李倧的家族逐漸陷入了困境。光海君對潛在的王位威脅者展開了大規模的肅清行動，定遠君一家自然也在其列。萬曆四十三年（1615年），李倧的弟弟、定遠君第三子綾昌君李佺卷入了一起謀逆事件，最終被光海君迫害致死。不僅如此，連定遠君在塞門洞的家也因為被認為有“王氣”而被光海君奪走，用來建造慶德宮（今慶熙宮）。
在這種高壓的政治環境下，定遠君一家不得不更加戰戰兢兢，忍辱負重以保全性命。萬曆四十五年（1617年），李倧甚至被迫參加了“廢母庭請”，這是由大北派組織的一場請求光海君廢黜仁穆大妃的請願運動。盡管內心可能極為不願，但為了家族的安全，李倧不得不屈從於光海君的壓力。失去了兒子和宅邸的定遠君，最終在萬曆四十七年（1619年）底因憂懼而死。據說，李倧等人原本打算將定遠君安葬在其母仁嬪金氏之側，但因有人聲稱仁嬪墓有“王氣”，不得不臨時將其埋在別處。
二、政變即位
天啟三年（1623年）三月十二日夜二更，一場醞釀已久的政變終於爆發。李倧及其支持者們在長時間的策劃和準備後，決定推翻光海君的統治。這場政變的背後，是光海君與大北派的政治肅清令各方勢力尤其是西人惴惴不安，光海君的亂政及外交上拒絕援助明朝、秘密傳書後金的行為導致眾叛親離。在這種情況下，武人李曙及申景禛（李倧的表舅）決定發動政變，推翻光海君。
政變的策劃者不僅包括李倧及其舅舅具宏、表兄具仁垕，還有金琉、崔鳴吉、張維、李貴等失意文臣及儒生沈器遠、金自點等。這些人在暗中不斷壯大勢力，形成了一個堅定的反光海君聯盟。政變勢力內部曾產生過擁立何人的爭論，有人主張擁立桂林君李瑠的孫子懷恩君李德仁，但由於政變的主導勢力申景禛、具宏、具仁垕等都是李倧的近親，最終李倧被選定為政變成功後接替光海君的人選。
政變計劃正式啟動的時間定在了天啟三年（1623年）三月十二日夜二更。金琉、李曙等已經率從長湍等地帶來的1000多名軍隊集合在漢城西郊弘濟院，李倧也率領親兵至延曙驛與其會師。接著在三更時，政變軍攻入彰義門（漢城西北門）。由於負責漢城衛戍的訓練大將李興立在政變前已被收買，按兵不動，政變軍得以順利攻入昌德宮，並在宮中縱火，製造混亂。
李倧在仁政殿階上坐著胡床，指揮接下來的行動。他首先命令金自點、李時昉（李貴之子）去慶運宮（今德壽宮）向被幽禁在那裏的仁穆大妃啟稟“反正”之意。接著，他又派李貴等具儀仗奉迎仁穆大妃，但大妃起初不肯出來。此時，出逃宮外的光海君父子被逮捕，李倧騎馬帶著被關在轎子裏的光海君去慶運宮謁見大妃。在大妃麵前，李倧伏地痛哭，表示自己有罪，將禦寶獻給大妃，與大妃周旋至深夜，終於被大妃授予禦寶。
次日清晨，李倧在慶運宮接受百官朝賀，頒布即位教書，大赦境內。他首先以仁穆大妃的名義發表教書，廢黜光海君，立李倧為王。這一係列行動迅速穩定了局勢，標誌著李倧正式登上了朝鮮王朝的最高權力寶座。這場政變被稱為“仁祖反正”，不僅結束了光海君的暴政，也為李倧的統治奠定了堅實的基礎。
三、李適之變
仁祖繼位後，立即采取了一係列措施鞏固政權。他處決了李爾瞻、鄭仁弘等一大批大北派官僚及金介屎等光海君的寵姬寵臣，為臨海君、金悌男（仁穆大妃之父）等政治犧牲品恢複名譽，並起用了在光海君時期失勢的李元翼、鄭經世、李睟光等南人及徐渻、吳允謙等西人。接著，仁祖對政變功臣進行了論功行賞。天啟三年（1623年）閏十月十八日，仁祖策勳三等共53人，其中金琉、李貴、金自點、沈器遠、申景禛、李曙、崔鳴吉、李興立、具宏、沈命世10人為一等功臣，李適等15人為二等功臣，樸惟明等28人為三等功臣。
然而，這種論功行賞的結果並非皆大歡喜，尤其是李適。李適是政變的重要領導人之一，但在政變後僅被任命為漢城府判尹，而相比之下，訓練大將李興立隻是被臨時收買為內應，在政變時按兵不動，卻被特授為工曹判書，最終名列一等功臣，李適則屈居二等功臣。這種明顯的不公讓李適內心極度不滿。
天啟四年（1624年）正月十七日，前教授文晦等人告發李適等人心懷不軌。當時，李適以副元帥的身份出鎮平安道寧邊。仁祖決定先不動他，而是派人逮捕他的兒子李栴和同黨韓明璉等人。正月二十四日，李適殺死仁祖派人逮捕他兒子的使者，正式起兵叛亂。李適麾下有餘名精銳部隊，初期勢不可擋，直逼漢城。仁祖在二月初八日夜奉仁穆大妃並率宗親百官倉皇逃往公州避難。次日，李適入京，擁立興安君李提（仁祖叔父）為王。
然而，李適的叛亂並沒有持續太久。二月初十日，都元帥張晚率領的官軍擊潰了李適的叛軍。李適父子及韓明璉等在逃亡途中被部下所殺。二月十八日，仁祖從公州返迴漢城，重新掌控了局勢。
李適之亂平息後不久，宗主國明朝方麵也傳來了對仁祖的利好消息。仁祖在政變後立即派李慶全出使明朝，通報政變之事，並請求明朝皇帝冊封他為朝鮮國王。然而，明朝最初認定其為篡位， 延遲 不予冊封。在朝鮮使臣的懇求和駐紮朝鮮境內椵島（皮島）的明將毛文龍的幫助下，明朝從“聯鮮製奴”的戰略考慮出發，決定批準仁祖的冊封。天啟四年（1624年）四月二十日，仁祖從歸國使臣那裏獲得了明熹宗的準封聖旨，翌年六月初三日，由明朝使臣太監王敏政、胡良輔主持冊封典禮，仁祖在國內的合法性得以確固。
盡管如此，仁祖治下的形勢並不強於光海君時期。百姓生活並未明顯改善，失望情緒在朝鮮社會不斷蔓延。光海君時期權貴所掠奪的土地，仁祖不但不歸還原主，反而聽任政變功臣據為己有，人們歎息：“隻是變了下主人而已啊！”諷刺仁祖及政變功臣的歌謠也開始出現，如“嗟爾勳臣，毋庸自誇，爰處其室，乃占其田，且乘其馬，又行其事，爾與其人，顧何異哉？”“孰謂清時？今亦昏時。昔在昏時，爵人以賄。今在清時，爵人以私。”
四、兩次胡亂
仁祖即位之前，後金已經攻陷了明朝的遼東，並對遼西虎視眈眈。明將毛文龍轉進朝鮮境內的椵島（皮島），對後金後方構成了威脅。仁祖政變之際，仁祖政權斥責光海君忘恩背德，私通後金，並標榜要同明朝“協力討虜”。但實際上，仁祖采取了對後金的不刺激政策，維持了幾年的和平局麵。然而，皇太極成為後金的新任汗後，情況發生了變化。皇太極一直是對朝強硬論者，加之繼位後內部不穩，又發生饑荒，需要通過對外戰爭來轉移和緩解矛盾。
天啟七年（1627年）正月，皇太極派其堂兄二貝勒阿敏率軍進攻朝鮮，同時將明將毛文龍列為進攻目標，史稱“丁卯胡亂”。後金軍無法渡海攻擊毛文龍在島上的據點，但迅速攻陷了毛文龍在陸上的鐵山據點。對朝鮮的攻勢更是勢如破竹，從義州、安州、平壤一直打到黃海道的平山。仁祖率仁穆大妃和群臣避難於江華島，同時命昭顯世子分朝於全州。後金軍的目的並非占領朝鮮全境，而是迫使朝鮮屈服。雙方在短暫交戰後展開外交交涉，三月初三在江華島達成盟約，雙方結為兄弟之國，阿敏撤軍時又擅自在平壤與朝鮮人質原昌君李玖另立一約，規定朝鮮向後金輸歲幣。不久，後金又要求朝鮮 開 市 中江，與之貿易，朝鮮被迫一一答應。
然而，朝鮮與後金之間的關係並未因此緩和。朝鮮給後金輸送的“歲幣”質量低劣，被皇太極退迴；朝鮮答應會寧開市，卻遲遲不兌現；朝鮮放任越境采參和狩獵，以及在後金逃人問題上的爭端，使得兩國關係進一步惡化。更重要的是，朝鮮在明金之間的曖昧關係，一麵稱臣明朝，一麵與明的敵國後金修好，這種雙重立場注定不能持久。
崇禎八年（1635年），皇太極征服蒙古察哈爾部，以獲得傳國璽為借口欲稱皇帝，朝鮮自然不肯就範。崇禎九年（1636年）二月，皇太極派龍骨大（英俄爾岱）、馬夫大（馬福塔）及數十名蒙古人來朝鮮，借春信、吊祭（仁烈王後之喪）為名，勸朝鮮請皇太極進帝號，仁祖君臣對此反應強烈，堅決拒絕。三月初一日，仁祖曉諭朝鮮八道，痛斥後金“僭號”企圖，命令官民做好抵抗後金的準備。同年四月十一日，皇太極在盛京即皇帝位，改國號為大清，朝鮮春信使羅德憲、迴答使李廓雖被迫參加賀禮，但拒絕三跪九叩，被皇太極遣返迴國，清朝與朝鮮的緊張關係驟然升級。
在隨後的幾個月裏，朝鮮分化為金尚憲為首的斥和派與崔鳴吉為首的主和派，斥和派占朝鮮士大夫的絕大多數，但仁祖內心偏向主和派。十月，仁祖向清朝派遣譯官送去國書，委婉表達懇求和談之意，卻遭到皇太極拒絕，戰爭遂不可避免。仁祖一麵命令平安道等地修繕城堡，防備入侵；一麵強化對明關係，將斥絕後金之舉轉諮皮島，得到明崇禎帝的“獎敕”，並派金堉以冬至使出使明朝，請求明廷提供硝石、硫磺。
崇禎九年（1636年）十二月，皇太極統率大軍親征朝鮮，“丙子胡亂”爆發。由於朝鮮與清朝實力懸殊，加上金自點等將帥的無能，清軍不費吹灰之力就逼近漢城。十二月十四日，仁祖安排金慶征（領議政金琉之子）等護送王世子嬪、兩名大君、宮中女眷、大臣家眷等先到江華島避難，自己稍後出發。清兵先鋒已在漢城近郊活動，仁祖擔心途中被俘，選擇就近逃到南漢山城。他還對戰事抱有一絲希望，不願無條件屈服，一麵“親自巡城，慰撫三軍”，激勵將士死守；一麵命八道勤王，但各路勤王軍皆被清軍擊退。十二月二十九日，南漢山城的朝鮮守軍出擊，慘敗而歸，從此龜縮不出。次日，漢城不戰而失守。皇太極所率主力已至，將南漢山城圍得水泄不通。
仁祖見在劫難逃，隻好同清朝談判。圍繞出降問題，金尚憲為首的斥和派和崔鳴吉為首的主和派展開激烈爭論。崇禎十年（1637年）正月二十二日，清軍渡海攻陷江華島，世子嬪及兩名大君等都成了俘虜，這成為壓倒仁祖君臣的最後稻草。正月二十八日，朝鮮接受了清朝提出的斷絕對明關係、向清朝稱臣納貢的盟約。正月三十日，仁祖穿著藍染衣，騎著白馬，率世子及50多名隨從官員出南漢山城西門，在漢江南岸的三田渡向皇太極行三跪九叩之禮，然後改換穿皇太極所賜的貂裘謝恩。從此，朝鮮成為清朝的屬國。
五、坎坷而薨
丙子胡亂後，清軍撤軍，帶走了作為人質的昭顯世子、鳳林大君（後來的朝鮮孝宗）與約50萬朝鮮俘虜迴國。力主斥和的洪翼漢、尹集、吳達濟三學士也被帶到盛京處死。此後，朝鮮不僅向清朝稱臣納貢，還被迫出兵幫助清朝攻打明朝，參與了皮島海戰和鬆錦之戰。仁祖在此後盡可能順從清朝的意圖，對恥於向清朝稱臣的大臣則深惡痛絕。他認為所受之辱都是斥和派造成的，直斥斥和派“誤國”，並說：“此輩（斥和派）以國之存亡置之度外，謀占美名，黨同伐異，竟使宗國覆沒，甚可惡也！”與之相應的是重用主和派和親清派，他在丙子胡亂後拜崔鳴吉為領議政，崔鳴吉因私通明朝被清朝抓走後又起用金自點。
仁祖政權的合法性在兩次 胡 亂 後 麵臨嚴重危機。由於仁祖反正的名義本身就是親明排金，因此仁祖向滿清屈膝自然使人們倍感失望。丙子 胡 亂 後，朝中掀起了辭職和隱退的風潮，士林中的士大夫對仁祖政權的形象一落千丈。另一方麵，自丁卯 胡 亂 後，叛亂陰謀層出不窮。天啟七年（1627年），李仁居起兵江原道；崇禎元年（1628年），柳孝立等欲立仁城君；崇禎五年（1632年），柳應泂謀逆；崇禎六年（1633年），李時說欲立錦原令李倬；崇禎八年（1635年），李基安謀逆；崇德四年（1639年），貞明公主及宮人的詛咒事件；崇德八年（1643年），李挺海叛國事件；順治元年（1644年），反正功臣沈器遠欲立懷恩君；順治三年（1646年），薑嬪詛咒事件和安益信謀逆。這些謀逆事件基本在未然之時便被仁祖扼殺，其中仁祖可能毒死了他的兒子昭顯世子，並不顧大部分大臣的反對，一意孤行，親自下令賜死兒媳薑氏（湣懷嬪），並將三個孫子（昭顯世子之子）通通流放濟州島，任其自生自滅。
仁祖後期自嘲為“傷弓之鳥”，臣下也批評他“一經大亂之後，無一分振作之氣，僥幸一日之無事”。他的最後幾年就是在內外交逼中努力保住自己王位的極度缺乏安全感的心理下度過的。順治六年（1649年）五月初八日，李倧這位曆經坎坷的朝鮮國王去世於昌德宮之大造殿，享年五十五歲。死後廟號初為烈祖，後來有人說這與南唐烈祖李昪的廟號衝突，不宜使用，故很快改為仁祖，諡號憲文烈武明肅純孝大王。大韓帝國時期在諡號前追上“開天肇運正紀宣德”八字。清朝賜諡“莊穆”，但朝鮮並不把清朝當作真正的上國，因此終朝鮮王朝之世，此諡號以及清朝賜予朝鮮各王的諡號，都不為朝鮮所用。仁祖初葬於坡州北雲川裏的長陵，後在英祖年間移葬交河。
萬曆二十三年（1595年）十一月初七日，李倧出生於朝鮮黃海道海州。他是定遠君李\\f的長子，母親具氏是名臣具思孟的女兒，同時也是朝鮮中宗女婿綾城君具思顏的侄女，以及永膺大君之女吉安縣主與中宗反正功臣具壽永的玄孫女。當時正值壬辰倭亂期間，各王子被安置於海州，因此李倧就出生在那裏。他是宣祖李昖的第一個孫子，據說生下來後，右腿有無數黑子，翌年春被祖父宣祖看到，宣祖驚訝地說：“是漢祖之相，勿泄也！”因而對他倍加寵愛，給他取名為“倧”，小字“天胤”，撫養於宮中。“天胤”意為上天的子嗣，據說當時還是王世子的光海君對這個小字頗為不悅，這也被視為宣祖的深意所在。
李倧自幼受學於舅舅具宬，萬曆三十五年（1607年）被宣祖封為綾陽都正，不久後晉升為綾陽君。萬曆三十八年（1610年），他與南人出身的大臣韓浚謙之女完婚，這位女子後來成為了仁烈王後。然而，隨著光海君的即位，李倧的家族逐漸陷入了困境。光海君對潛在的王位威脅者展開了大規模的肅清行動，定遠君一家自然也在其列。萬曆四十三年（1615年），李倧的弟弟、定遠君第三子綾昌君李佺卷入了一起謀逆事件，最終被光海君迫害致死。不僅如此，連定遠君在塞門洞的家也因為被認為有“王氣”而被光海君奪走，用來建造慶德宮（今慶熙宮）。
在這種高壓的政治環境下，定遠君一家不得不更加戰戰兢兢，忍辱負重以保全性命。萬曆四十五年（1617年），李倧甚至被迫參加了“廢母庭請”，這是由大北派組織的一場請求光海君廢黜仁穆大妃的請願運動。盡管內心可能極為不願，但為了家族的安全，李倧不得不屈從於光海君的壓力。失去了兒子和宅邸的定遠君，最終在萬曆四十七年（1619年）底因憂懼而死。據說，李倧等人原本打算將定遠君安葬在其母仁嬪金氏之側，但因有人聲稱仁嬪墓有“王氣”，不得不臨時將其埋在別處。
二、政變即位
天啟三年（1623年）三月十二日夜二更，一場醞釀已久的政變終於爆發。李倧及其支持者們在長時間的策劃和準備後，決定推翻光海君的統治。這場政變的背後，是光海君與大北派的政治肅清令各方勢力尤其是西人惴惴不安，光海君的亂政及外交上拒絕援助明朝、秘密傳書後金的行為導致眾叛親離。在這種情況下，武人李曙及申景禛（李倧的表舅）決定發動政變，推翻光海君。
政變的策劃者不僅包括李倧及其舅舅具宏、表兄具仁垕，還有金琉、崔鳴吉、張維、李貴等失意文臣及儒生沈器遠、金自點等。這些人在暗中不斷壯大勢力，形成了一個堅定的反光海君聯盟。政變勢力內部曾產生過擁立何人的爭論，有人主張擁立桂林君李瑠的孫子懷恩君李德仁，但由於政變的主導勢力申景禛、具宏、具仁垕等都是李倧的近親，最終李倧被選定為政變成功後接替光海君的人選。
政變計劃正式啟動的時間定在了天啟三年（1623年）三月十二日夜二更。金琉、李曙等已經率從長湍等地帶來的1000多名軍隊集合在漢城西郊弘濟院，李倧也率領親兵至延曙驛與其會師。接著在三更時，政變軍攻入彰義門（漢城西北門）。由於負責漢城衛戍的訓練大將李興立在政變前已被收買，按兵不動，政變軍得以順利攻入昌德宮，並在宮中縱火，製造混亂。
李倧在仁政殿階上坐著胡床，指揮接下來的行動。他首先命令金自點、李時昉（李貴之子）去慶運宮（今德壽宮）向被幽禁在那裏的仁穆大妃啟稟“反正”之意。接著，他又派李貴等具儀仗奉迎仁穆大妃，但大妃起初不肯出來。此時，出逃宮外的光海君父子被逮捕，李倧騎馬帶著被關在轎子裏的光海君去慶運宮謁見大妃。在大妃麵前，李倧伏地痛哭，表示自己有罪，將禦寶獻給大妃，與大妃周旋至深夜，終於被大妃授予禦寶。
次日清晨，李倧在慶運宮接受百官朝賀，頒布即位教書，大赦境內。他首先以仁穆大妃的名義發表教書，廢黜光海君，立李倧為王。這一係列行動迅速穩定了局勢，標誌著李倧正式登上了朝鮮王朝的最高權力寶座。這場政變被稱為“仁祖反正”，不僅結束了光海君的暴政，也為李倧的統治奠定了堅實的基礎。
三、李適之變
仁祖繼位後，立即采取了一係列措施鞏固政權。他處決了李爾瞻、鄭仁弘等一大批大北派官僚及金介屎等光海君的寵姬寵臣，為臨海君、金悌男（仁穆大妃之父）等政治犧牲品恢複名譽，並起用了在光海君時期失勢的李元翼、鄭經世、李睟光等南人及徐渻、吳允謙等西人。接著，仁祖對政變功臣進行了論功行賞。天啟三年（1623年）閏十月十八日，仁祖策勳三等共53人，其中金琉、李貴、金自點、沈器遠、申景禛、李曙、崔鳴吉、李興立、具宏、沈命世10人為一等功臣，李適等15人為二等功臣，樸惟明等28人為三等功臣。
然而，這種論功行賞的結果並非皆大歡喜，尤其是李適。李適是政變的重要領導人之一，但在政變後僅被任命為漢城府判尹，而相比之下，訓練大將李興立隻是被臨時收買為內應，在政變時按兵不動，卻被特授為工曹判書，最終名列一等功臣，李適則屈居二等功臣。這種明顯的不公讓李適內心極度不滿。
天啟四年（1624年）正月十七日，前教授文晦等人告發李適等人心懷不軌。當時，李適以副元帥的身份出鎮平安道寧邊。仁祖決定先不動他，而是派人逮捕他的兒子李栴和同黨韓明璉等人。正月二十四日，李適殺死仁祖派人逮捕他兒子的使者，正式起兵叛亂。李適麾下有餘名精銳部隊，初期勢不可擋，直逼漢城。仁祖在二月初八日夜奉仁穆大妃並率宗親百官倉皇逃往公州避難。次日，李適入京，擁立興安君李提（仁祖叔父）為王。
然而，李適的叛亂並沒有持續太久。二月初十日，都元帥張晚率領的官軍擊潰了李適的叛軍。李適父子及韓明璉等在逃亡途中被部下所殺。二月十八日，仁祖從公州返迴漢城，重新掌控了局勢。
李適之亂平息後不久，宗主國明朝方麵也傳來了對仁祖的利好消息。仁祖在政變後立即派李慶全出使明朝，通報政變之事，並請求明朝皇帝冊封他為朝鮮國王。然而，明朝最初認定其為篡位， 延遲 不予冊封。在朝鮮使臣的懇求和駐紮朝鮮境內椵島（皮島）的明將毛文龍的幫助下，明朝從“聯鮮製奴”的戰略考慮出發，決定批準仁祖的冊封。天啟四年（1624年）四月二十日，仁祖從歸國使臣那裏獲得了明熹宗的準封聖旨，翌年六月初三日，由明朝使臣太監王敏政、胡良輔主持冊封典禮，仁祖在國內的合法性得以確固。
盡管如此，仁祖治下的形勢並不強於光海君時期。百姓生活並未明顯改善，失望情緒在朝鮮社會不斷蔓延。光海君時期權貴所掠奪的土地，仁祖不但不歸還原主，反而聽任政變功臣據為己有，人們歎息：“隻是變了下主人而已啊！”諷刺仁祖及政變功臣的歌謠也開始出現，如“嗟爾勳臣，毋庸自誇，爰處其室，乃占其田，且乘其馬，又行其事，爾與其人，顧何異哉？”“孰謂清時？今亦昏時。昔在昏時，爵人以賄。今在清時，爵人以私。”
四、兩次胡亂
仁祖即位之前，後金已經攻陷了明朝的遼東，並對遼西虎視眈眈。明將毛文龍轉進朝鮮境內的椵島（皮島），對後金後方構成了威脅。仁祖政變之際，仁祖政權斥責光海君忘恩背德，私通後金，並標榜要同明朝“協力討虜”。但實際上，仁祖采取了對後金的不刺激政策，維持了幾年的和平局麵。然而，皇太極成為後金的新任汗後，情況發生了變化。皇太極一直是對朝強硬論者，加之繼位後內部不穩，又發生饑荒，需要通過對外戰爭來轉移和緩解矛盾。
天啟七年（1627年）正月，皇太極派其堂兄二貝勒阿敏率軍進攻朝鮮，同時將明將毛文龍列為進攻目標，史稱“丁卯胡亂”。後金軍無法渡海攻擊毛文龍在島上的據點，但迅速攻陷了毛文龍在陸上的鐵山據點。對朝鮮的攻勢更是勢如破竹，從義州、安州、平壤一直打到黃海道的平山。仁祖率仁穆大妃和群臣避難於江華島，同時命昭顯世子分朝於全州。後金軍的目的並非占領朝鮮全境，而是迫使朝鮮屈服。雙方在短暫交戰後展開外交交涉，三月初三在江華島達成盟約，雙方結為兄弟之國，阿敏撤軍時又擅自在平壤與朝鮮人質原昌君李玖另立一約，規定朝鮮向後金輸歲幣。不久，後金又要求朝鮮 開 市 中江，與之貿易，朝鮮被迫一一答應。
然而，朝鮮與後金之間的關係並未因此緩和。朝鮮給後金輸送的“歲幣”質量低劣，被皇太極退迴；朝鮮答應會寧開市，卻遲遲不兌現；朝鮮放任越境采參和狩獵，以及在後金逃人問題上的爭端，使得兩國關係進一步惡化。更重要的是，朝鮮在明金之間的曖昧關係，一麵稱臣明朝，一麵與明的敵國後金修好，這種雙重立場注定不能持久。
崇禎八年（1635年），皇太極征服蒙古察哈爾部，以獲得傳國璽為借口欲稱皇帝，朝鮮自然不肯就範。崇禎九年（1636年）二月，皇太極派龍骨大（英俄爾岱）、馬夫大（馬福塔）及數十名蒙古人來朝鮮，借春信、吊祭（仁烈王後之喪）為名，勸朝鮮請皇太極進帝號，仁祖君臣對此反應強烈，堅決拒絕。三月初一日，仁祖曉諭朝鮮八道，痛斥後金“僭號”企圖，命令官民做好抵抗後金的準備。同年四月十一日，皇太極在盛京即皇帝位，改國號為大清，朝鮮春信使羅德憲、迴答使李廓雖被迫參加賀禮，但拒絕三跪九叩，被皇太極遣返迴國，清朝與朝鮮的緊張關係驟然升級。
在隨後的幾個月裏，朝鮮分化為金尚憲為首的斥和派與崔鳴吉為首的主和派，斥和派占朝鮮士大夫的絕大多數，但仁祖內心偏向主和派。十月，仁祖向清朝派遣譯官送去國書，委婉表達懇求和談之意，卻遭到皇太極拒絕，戰爭遂不可避免。仁祖一麵命令平安道等地修繕城堡，防備入侵；一麵強化對明關係，將斥絕後金之舉轉諮皮島，得到明崇禎帝的“獎敕”，並派金堉以冬至使出使明朝，請求明廷提供硝石、硫磺。
崇禎九年（1636年）十二月，皇太極統率大軍親征朝鮮，“丙子胡亂”爆發。由於朝鮮與清朝實力懸殊，加上金自點等將帥的無能，清軍不費吹灰之力就逼近漢城。十二月十四日，仁祖安排金慶征（領議政金琉之子）等護送王世子嬪、兩名大君、宮中女眷、大臣家眷等先到江華島避難，自己稍後出發。清兵先鋒已在漢城近郊活動，仁祖擔心途中被俘，選擇就近逃到南漢山城。他還對戰事抱有一絲希望，不願無條件屈服，一麵“親自巡城，慰撫三軍”，激勵將士死守；一麵命八道勤王，但各路勤王軍皆被清軍擊退。十二月二十九日，南漢山城的朝鮮守軍出擊，慘敗而歸，從此龜縮不出。次日，漢城不戰而失守。皇太極所率主力已至，將南漢山城圍得水泄不通。
仁祖見在劫難逃，隻好同清朝談判。圍繞出降問題，金尚憲為首的斥和派和崔鳴吉為首的主和派展開激烈爭論。崇禎十年（1637年）正月二十二日，清軍渡海攻陷江華島，世子嬪及兩名大君等都成了俘虜，這成為壓倒仁祖君臣的最後稻草。正月二十八日，朝鮮接受了清朝提出的斷絕對明關係、向清朝稱臣納貢的盟約。正月三十日，仁祖穿著藍染衣，騎著白馬，率世子及50多名隨從官員出南漢山城西門，在漢江南岸的三田渡向皇太極行三跪九叩之禮，然後改換穿皇太極所賜的貂裘謝恩。從此，朝鮮成為清朝的屬國。
五、坎坷而薨
丙子胡亂後，清軍撤軍，帶走了作為人質的昭顯世子、鳳林大君（後來的朝鮮孝宗）與約50萬朝鮮俘虜迴國。力主斥和的洪翼漢、尹集、吳達濟三學士也被帶到盛京處死。此後，朝鮮不僅向清朝稱臣納貢，還被迫出兵幫助清朝攻打明朝，參與了皮島海戰和鬆錦之戰。仁祖在此後盡可能順從清朝的意圖，對恥於向清朝稱臣的大臣則深惡痛絕。他認為所受之辱都是斥和派造成的，直斥斥和派“誤國”，並說：“此輩（斥和派）以國之存亡置之度外，謀占美名，黨同伐異，竟使宗國覆沒，甚可惡也！”與之相應的是重用主和派和親清派，他在丙子胡亂後拜崔鳴吉為領議政，崔鳴吉因私通明朝被清朝抓走後又起用金自點。
仁祖政權的合法性在兩次 胡 亂 後 麵臨嚴重危機。由於仁祖反正的名義本身就是親明排金，因此仁祖向滿清屈膝自然使人們倍感失望。丙子 胡 亂 後，朝中掀起了辭職和隱退的風潮，士林中的士大夫對仁祖政權的形象一落千丈。另一方麵，自丁卯 胡 亂 後，叛亂陰謀層出不窮。天啟七年（1627年），李仁居起兵江原道；崇禎元年（1628年），柳孝立等欲立仁城君；崇禎五年（1632年），柳應泂謀逆；崇禎六年（1633年），李時說欲立錦原令李倬；崇禎八年（1635年），李基安謀逆；崇德四年（1639年），貞明公主及宮人的詛咒事件；崇德八年（1643年），李挺海叛國事件；順治元年（1644年），反正功臣沈器遠欲立懷恩君；順治三年（1646年），薑嬪詛咒事件和安益信謀逆。這些謀逆事件基本在未然之時便被仁祖扼殺，其中仁祖可能毒死了他的兒子昭顯世子，並不顧大部分大臣的反對，一意孤行，親自下令賜死兒媳薑氏（湣懷嬪），並將三個孫子（昭顯世子之子）通通流放濟州島，任其自生自滅。
仁祖後期自嘲為“傷弓之鳥”，臣下也批評他“一經大亂之後，無一分振作之氣，僥幸一日之無事”。他的最後幾年就是在內外交逼中努力保住自己王位的極度缺乏安全感的心理下度過的。順治六年（1649年）五月初八日，李倧這位曆經坎坷的朝鮮國王去世於昌德宮之大造殿，享年五十五歲。死後廟號初為烈祖，後來有人說這與南唐烈祖李昪的廟號衝突，不宜使用，故很快改為仁祖，諡號憲文烈武明肅純孝大王。大韓帝國時期在諡號前追上“開天肇運正紀宣德”八字。清朝賜諡“莊穆”，但朝鮮並不把清朝當作真正的上國，因此終朝鮮王朝之世，此諡號以及清朝賜予朝鮮各王的諡號，都不為朝鮮所用。仁祖初葬於坡州北雲川裏的長陵，後在英祖年間移葬交河。