孫恩倒下了，但是還留下了數千手下，於是大家推選了他的妹夫盧循當了老大。其間是否發生過類似港台黑幫劇的那種爭權的狗血情節不得而知，實際上盧循一直是孫恩的重要輔佐，聲望也足夠服眾的。
此時政府軍忙什麽呢？政府軍被桓玄打敗了，司馬元顯也屍解成仙去了。桓玄入主建康之後，也需要時間來穩定政權，於是就是老一套的招安工作，封盧循為永嘉太守，就是溫州太守，可惜盧循卻沒有上當老實下來。
孫恩是三月敗亡的，五月，盧循就興兵從海上進入浙江金華一帶，攻打東陽，但被隨後趕來的劉裕痛扁一頓後，逃迴了永嘉。大家看看地圖就會發現，盧循在戰略方麵的大局觀比孫恩強多了，他把根據地放到了離南京更遠的溫州，又沒有遠離大海，進可攻、退可守，比在海島上隻能曬日光浴強太多了。
403年二月，盧循不甘心失敗又跑過來攻打東陽，然後遇上劉裕，這次更慘，被痛扁+1，老家永嘉也丟了。
同年八月，盧循迴軍攻打永嘉，想把根據地奪迴來，又遇上了劉裕，被痛扁+2。
第二年，劉裕有正事要忙了，當上了盟主，帶領一幫小弟要恢複晉室，拯救地球，也就沒時間陪盧循這種小蝦米玩了。盧循也總算知道自己不是主角，跟未來的皇帝打架哪有好果子吃，既然你沒時間玩了，那我也離你遠點。於是，十月，一路向南，打進了廣州城，然後自封平南將軍。經過幾年的經略，成為南方的大軍閥。
405年二月，晉安帝迴到建康，看著一地雞毛都發愁，哪還有心情收拾盧循，四月，就給他封了個廣州刺史，暫時換來了南方幾年的安穩，至少表麵上是安穩的。
但盧循也不是傻瓜，知道人家現在是顧不上收拾自己，等把一切捋順了，第一個就會來收拾他。所以，已經頗有勢力的大軍閥盧循準備徹底解決壓在頭上的大山，410年，趁老對手劉裕正在痛扁南燕慕容超時，和姐夫徐道覆分兵兩路，從廣州一路北上，勢如破竹，大軍逼近建康。悲劇的是，又被趕迴來的劉裕痛扁+3。年底，二人敗迴廣州，但此時的廣州老家已被抄了。又掙紮了幾個月後，411年四月，盧循最後敗走交州後，於龍編投水而亡，嗯，這個龍編在現在的越南河內東邊，所以推測盧循最後應該喝的是紅河水。
至此，孫恩、盧循的起義終結。
曆代史學家對孫恩的起義多持否定態度，雖然客觀上是反抗晉政府的暴政，是起義軍的性質，關鍵是這家夥除了禍害，沒做過一件利國利民的好事。僅就因他而死的人來說，到孫恩死的時候，第一次虜走的二十多萬人口還剩下幾千人，加上數次大戰，前後也有死了幾萬百姓，這隻是造成的直接死亡，間接死亡的就無法計算了。
從399年孫恩起兵到盧循敗亡，這次為期十二年的起義是五鬥米道的又一次大規模的起義，通過對這次起義及同期的其他起義分析可以看出，兩晉時期五鬥米道的宗教行為與漢末的五鬥米道有相同之處，也有了很多不同的地方。
總體來看，兩個時期的五鬥米道的基本教義方麵變化不大，比如，仍然是保留著關小黑屋子思過的傳統，首過、禱祝儀式等方麵也基本上一致。
長生追求方麵也沒有區別，否則孫恩也不會欣然接受手下給他的長生人的雅號，這也從側麵也證明了從下至上，大家對長生的追求依舊初心不改。
源自巴蜀巫鬼術的鬼神信仰也依舊存在，比如王凝之就是要請來鬼卒助戰，而不是請的天兵天將、四值功曹之類的。
當然保留最好的還是堅信天、地、水三官神靈的存在，由於地處多水的浙江地區，尤其信奉水官，這一點可以從孫泰、孫恩的死法上看得出來。
兩晉時期，沿海地區尤其信仰水仙，這也是五鬥米道和地方信仰相結合的一方麵，通過極力灌輸給教眾死在水裏是能成為水仙的思想，加強了宗教的思想控製，使手下人悍不畏死。當然了，萬一被人家砍了腦袋怎麽辦，是不是就沒人敢衝鋒了？放心，如果不是掉水裏淹死的也沒關係，隻要你入教了，死後就可以“屍解”、“蟬蛻”，雖然沒有成為水仙更有前途，但也比普通人死了去地府強得多，放心拚命就對了。也正因為這種洗腦似的宗教宣傳，在行軍過程中，有的婦女由於帶著嬰兒不方便，甚至舍得把孩子扔進水裏，意思是孩子先去仙界享福，等以後老娘也去的時候，照樣還是你媽，足見這種蠱惑的威力。
當然，變化也是肯定有的。經過兩百多年的曆史變遷，又經曆了兩次人口大遷移，離開了生它養它的巴蜀大地的五鬥米道，怎麽可能一點改變也沒有？除了地域、政治上的客觀因素的影響以外，五鬥米道和南方本地宗教、巫鬼方術以及殘餘的太平道的融合發展過程中，促使自身適應、改變的同時，實際上也對道教的整體發展、完善起到了積極的作用。
從孫恩等利用宗教發動起義的這些教團分析，他們為了更好得利用宗教實現個人的或一部分人的利益，取消了五鬥米道的“治”的單位，不再提倡諸如三官手書、盟威科儀等對於戰爭和統治沒有實際意義的部分。倉廩足才知禮儀，連吃的東西都要靠搶的一群人，誰和你講什麽科儀？
最大的不同之處表現在組織領導的統一性方麵。五鬥米道從南渡以來，內部便不再是一個統一的、團結的整體了，開始有了不同地域的團團夥夥，有了不同的利益圈子。除了孫恩、盧循以外，組織起義的還有諸如李特、陳瑞、張昌、丘沈、劉伯根、王始、李脫、李弘、李金根、盧悚等，這些人基本上都是有自己的小團夥，相互之間並也沒有統一的組織領導，他們還代表著不同的士族集團，有著自己的地盤、利益，相互之間甚至相互仇殺、攻伐。比如孫恩和司馬元顯這對師兄弟就是對死敵，孫恩同樣把五鬥米道的忠實信徒王凝之給哢嚓了。
考證這些參與起義的領導人可以找出很多共性之處，已故史學家田餘慶先生總結了六點：一、同為僑人；二、同為寄寓江左的次等士族；三、同奉道教；四、共為婚家；五、同活動於建康以外而不得進入東晉政治中樞；六、同有突破門閥政治限製的要求。這些起義領袖起義的動機和結局其實和孫恩沒什麽區別，本質上還是要充分利用宗教和民怨謀求改變自己小士族的地位，向大門閥、大士族爭取更多的權利，至於要推翻皇權，為天地立心，為生民立命，為往聖繼絕學，為萬世開太平，對不起，那是儒家的事，與我等道士沒有半毛錢關係。跟著拚命的百姓們怎麽辦？你想多了，那隻是工具，都管飯了，再提要求你不臉紅？
孫恩自己出身小士族，起義過程中還接納了很多小士族加入，這導致他的人生目標和底層農民意願從根本上的不同，說白了他自己就沒有個遠大理想，沒有高品位的人生追求。這可以通過他數次登陸的表現看出來，那隻是泄恨報複，暴力破壞，隻是一昧劫掠，燒殺，沒有一絲為百姓爭取社會地位的想法。另外，從他長期占據海島，而不是謀求建立穩固的根據地來發展，也可以看出他的短視。總之，這家夥就沒做過一件好事，所以學者們不承認他領導的是代表正義一方的農民起義，反而定義為流寇、海盜、作亂。
本質上看，孫恩的起義是階級鬥爭的產物，宗教意識占據主導的地位。為社會的和政治運動披上宗教的外衣，這是政客們最喜歡，用得最順手的手段，所以，從黃巾起義到大大小小數十次的五鬥米道的起義，統治階級對宗教活動一直是采取著利用、拉攏、防範、控製相結合的策略，少有一棍子徹底打殺的情況，歸根到底還是為了維持他們的統治。
當然，玩火也有被燒死的時候，孫恩的起義，對世族大地主的沉重打擊，直接動搖了東晉的根基，在客觀上為以劉裕為首的庶族地主集團力量的發展提供了有利條件，為劉宋取代東晉創造了一個契機。也由此，劉裕和兒子劉義隆才重視吸取了東晉滅亡的教訓，采取了一係列的輕徭薄役，休養民生，推行恢複社會生產的新舉措，減輕了農民負擔，給這個苦難的朝代帶來了難得的幾十年的元嘉之治。
當然，除了引起了封建統治者的高度重視以外，孫恩的起義對道教的發展同樣有著深遠的影響，直接引起了南北朝的道教的演變，這些演變，甚至是破而後立的演變，最終在這個時代，把道教推上了巔峰。
另外，孫恩和盧循的作亂可以說是開創了中原海寇之始，為後世的海盜們提供了豐富的經驗和藍本，簡直就是中國海盜的祖師爺。
一直以來，學術界多認為太平道隨著黃巾起義的失敗而消失了，最後，我們從孫恩的宗教行為中找找太平道的影子。
五鬥米道自從歸順了曹魏以後，逐漸以上層士族為中心，同下層逐漸割裂開來，而太平道則一直堅持以底層為中心，崇尚以暴製暴的太平之路。有學者提出了孫恩所信奉的應該是以江南的巫鬼方術和東部濱海地方性的信仰為主，追隨者可以跟著跳海自殺，甚至母親可以把自己的孩子扔水裏，孫恩、盧循都自稱將軍，大肆殺戮大士族等這些表現，都可以看出太平道的影響力依舊在。而王羲之等高門大族則是以五鬥米道信仰為主，從王凝之的請鬼兵助戰可以推測出來。此外，孫恩的水仙宣傳也是和太平道的有緊密關係的。在《後漢書》中，皇甫嵩大敗黃巾軍時斬首三萬，但赴河死的卻有五萬多，也就是說多數人是集體跳河自殺了。還有就是十常侍被追殺時，也有選擇投河死的，在《三國演義》裏也有這段情節。前文已經講到過，十常侍和張角是有關係的，當年也是約為內應的，所以應該也是信仰太平道的。所以選擇水裏自殺的方式，在太平道中是一種屍解成仙的方法，孫恩投海並不完全是受地方的信仰或五鬥米道的影響，還是有太平道的影子在裏麵的。
總之，完全割裂開宗教的融合發展性肯定是片麵的，我們更應該看到道教的政治性和社會性，把它放到我國文明發展、社會進步的大環境中分析它。
此時政府軍忙什麽呢？政府軍被桓玄打敗了，司馬元顯也屍解成仙去了。桓玄入主建康之後，也需要時間來穩定政權，於是就是老一套的招安工作，封盧循為永嘉太守，就是溫州太守，可惜盧循卻沒有上當老實下來。
孫恩是三月敗亡的，五月，盧循就興兵從海上進入浙江金華一帶，攻打東陽，但被隨後趕來的劉裕痛扁一頓後，逃迴了永嘉。大家看看地圖就會發現，盧循在戰略方麵的大局觀比孫恩強多了，他把根據地放到了離南京更遠的溫州，又沒有遠離大海，進可攻、退可守，比在海島上隻能曬日光浴強太多了。
403年二月，盧循不甘心失敗又跑過來攻打東陽，然後遇上劉裕，這次更慘，被痛扁+1，老家永嘉也丟了。
同年八月，盧循迴軍攻打永嘉，想把根據地奪迴來，又遇上了劉裕，被痛扁+2。
第二年，劉裕有正事要忙了，當上了盟主，帶領一幫小弟要恢複晉室，拯救地球，也就沒時間陪盧循這種小蝦米玩了。盧循也總算知道自己不是主角，跟未來的皇帝打架哪有好果子吃，既然你沒時間玩了，那我也離你遠點。於是，十月，一路向南，打進了廣州城，然後自封平南將軍。經過幾年的經略，成為南方的大軍閥。
405年二月，晉安帝迴到建康，看著一地雞毛都發愁，哪還有心情收拾盧循，四月，就給他封了個廣州刺史，暫時換來了南方幾年的安穩，至少表麵上是安穩的。
但盧循也不是傻瓜，知道人家現在是顧不上收拾自己，等把一切捋順了，第一個就會來收拾他。所以，已經頗有勢力的大軍閥盧循準備徹底解決壓在頭上的大山，410年，趁老對手劉裕正在痛扁南燕慕容超時，和姐夫徐道覆分兵兩路，從廣州一路北上，勢如破竹，大軍逼近建康。悲劇的是，又被趕迴來的劉裕痛扁+3。年底，二人敗迴廣州，但此時的廣州老家已被抄了。又掙紮了幾個月後，411年四月，盧循最後敗走交州後，於龍編投水而亡，嗯，這個龍編在現在的越南河內東邊，所以推測盧循最後應該喝的是紅河水。
至此，孫恩、盧循的起義終結。
曆代史學家對孫恩的起義多持否定態度，雖然客觀上是反抗晉政府的暴政，是起義軍的性質，關鍵是這家夥除了禍害，沒做過一件利國利民的好事。僅就因他而死的人來說，到孫恩死的時候，第一次虜走的二十多萬人口還剩下幾千人，加上數次大戰，前後也有死了幾萬百姓，這隻是造成的直接死亡，間接死亡的就無法計算了。
從399年孫恩起兵到盧循敗亡，這次為期十二年的起義是五鬥米道的又一次大規模的起義，通過對這次起義及同期的其他起義分析可以看出，兩晉時期五鬥米道的宗教行為與漢末的五鬥米道有相同之處，也有了很多不同的地方。
總體來看，兩個時期的五鬥米道的基本教義方麵變化不大，比如，仍然是保留著關小黑屋子思過的傳統，首過、禱祝儀式等方麵也基本上一致。
長生追求方麵也沒有區別，否則孫恩也不會欣然接受手下給他的長生人的雅號，這也從側麵也證明了從下至上，大家對長生的追求依舊初心不改。
源自巴蜀巫鬼術的鬼神信仰也依舊存在，比如王凝之就是要請來鬼卒助戰，而不是請的天兵天將、四值功曹之類的。
當然保留最好的還是堅信天、地、水三官神靈的存在，由於地處多水的浙江地區，尤其信奉水官，這一點可以從孫泰、孫恩的死法上看得出來。
兩晉時期，沿海地區尤其信仰水仙，這也是五鬥米道和地方信仰相結合的一方麵，通過極力灌輸給教眾死在水裏是能成為水仙的思想，加強了宗教的思想控製，使手下人悍不畏死。當然了，萬一被人家砍了腦袋怎麽辦，是不是就沒人敢衝鋒了？放心，如果不是掉水裏淹死的也沒關係，隻要你入教了，死後就可以“屍解”、“蟬蛻”，雖然沒有成為水仙更有前途，但也比普通人死了去地府強得多，放心拚命就對了。也正因為這種洗腦似的宗教宣傳，在行軍過程中，有的婦女由於帶著嬰兒不方便，甚至舍得把孩子扔進水裏，意思是孩子先去仙界享福，等以後老娘也去的時候，照樣還是你媽，足見這種蠱惑的威力。
當然，變化也是肯定有的。經過兩百多年的曆史變遷，又經曆了兩次人口大遷移，離開了生它養它的巴蜀大地的五鬥米道，怎麽可能一點改變也沒有？除了地域、政治上的客觀因素的影響以外，五鬥米道和南方本地宗教、巫鬼方術以及殘餘的太平道的融合發展過程中，促使自身適應、改變的同時，實際上也對道教的整體發展、完善起到了積極的作用。
從孫恩等利用宗教發動起義的這些教團分析，他們為了更好得利用宗教實現個人的或一部分人的利益，取消了五鬥米道的“治”的單位，不再提倡諸如三官手書、盟威科儀等對於戰爭和統治沒有實際意義的部分。倉廩足才知禮儀，連吃的東西都要靠搶的一群人，誰和你講什麽科儀？
最大的不同之處表現在組織領導的統一性方麵。五鬥米道從南渡以來，內部便不再是一個統一的、團結的整體了，開始有了不同地域的團團夥夥，有了不同的利益圈子。除了孫恩、盧循以外，組織起義的還有諸如李特、陳瑞、張昌、丘沈、劉伯根、王始、李脫、李弘、李金根、盧悚等，這些人基本上都是有自己的小團夥，相互之間並也沒有統一的組織領導，他們還代表著不同的士族集團，有著自己的地盤、利益，相互之間甚至相互仇殺、攻伐。比如孫恩和司馬元顯這對師兄弟就是對死敵，孫恩同樣把五鬥米道的忠實信徒王凝之給哢嚓了。
考證這些參與起義的領導人可以找出很多共性之處，已故史學家田餘慶先生總結了六點：一、同為僑人；二、同為寄寓江左的次等士族；三、同奉道教；四、共為婚家；五、同活動於建康以外而不得進入東晉政治中樞；六、同有突破門閥政治限製的要求。這些起義領袖起義的動機和結局其實和孫恩沒什麽區別，本質上還是要充分利用宗教和民怨謀求改變自己小士族的地位，向大門閥、大士族爭取更多的權利，至於要推翻皇權，為天地立心，為生民立命，為往聖繼絕學，為萬世開太平，對不起，那是儒家的事，與我等道士沒有半毛錢關係。跟著拚命的百姓們怎麽辦？你想多了，那隻是工具，都管飯了，再提要求你不臉紅？
孫恩自己出身小士族，起義過程中還接納了很多小士族加入，這導致他的人生目標和底層農民意願從根本上的不同，說白了他自己就沒有個遠大理想，沒有高品位的人生追求。這可以通過他數次登陸的表現看出來，那隻是泄恨報複，暴力破壞，隻是一昧劫掠，燒殺，沒有一絲為百姓爭取社會地位的想法。另外，從他長期占據海島，而不是謀求建立穩固的根據地來發展，也可以看出他的短視。總之，這家夥就沒做過一件好事，所以學者們不承認他領導的是代表正義一方的農民起義，反而定義為流寇、海盜、作亂。
本質上看，孫恩的起義是階級鬥爭的產物，宗教意識占據主導的地位。為社會的和政治運動披上宗教的外衣，這是政客們最喜歡，用得最順手的手段，所以，從黃巾起義到大大小小數十次的五鬥米道的起義，統治階級對宗教活動一直是采取著利用、拉攏、防範、控製相結合的策略，少有一棍子徹底打殺的情況，歸根到底還是為了維持他們的統治。
當然，玩火也有被燒死的時候，孫恩的起義，對世族大地主的沉重打擊，直接動搖了東晉的根基，在客觀上為以劉裕為首的庶族地主集團力量的發展提供了有利條件，為劉宋取代東晉創造了一個契機。也由此，劉裕和兒子劉義隆才重視吸取了東晉滅亡的教訓，采取了一係列的輕徭薄役，休養民生，推行恢複社會生產的新舉措，減輕了農民負擔，給這個苦難的朝代帶來了難得的幾十年的元嘉之治。
當然，除了引起了封建統治者的高度重視以外，孫恩的起義對道教的發展同樣有著深遠的影響，直接引起了南北朝的道教的演變，這些演變，甚至是破而後立的演變，最終在這個時代，把道教推上了巔峰。
另外，孫恩和盧循的作亂可以說是開創了中原海寇之始，為後世的海盜們提供了豐富的經驗和藍本，簡直就是中國海盜的祖師爺。
一直以來，學術界多認為太平道隨著黃巾起義的失敗而消失了，最後，我們從孫恩的宗教行為中找找太平道的影子。
五鬥米道自從歸順了曹魏以後，逐漸以上層士族為中心，同下層逐漸割裂開來，而太平道則一直堅持以底層為中心，崇尚以暴製暴的太平之路。有學者提出了孫恩所信奉的應該是以江南的巫鬼方術和東部濱海地方性的信仰為主，追隨者可以跟著跳海自殺，甚至母親可以把自己的孩子扔水裏，孫恩、盧循都自稱將軍，大肆殺戮大士族等這些表現，都可以看出太平道的影響力依舊在。而王羲之等高門大族則是以五鬥米道信仰為主，從王凝之的請鬼兵助戰可以推測出來。此外，孫恩的水仙宣傳也是和太平道的有緊密關係的。在《後漢書》中，皇甫嵩大敗黃巾軍時斬首三萬，但赴河死的卻有五萬多，也就是說多數人是集體跳河自殺了。還有就是十常侍被追殺時，也有選擇投河死的，在《三國演義》裏也有這段情節。前文已經講到過，十常侍和張角是有關係的，當年也是約為內應的，所以應該也是信仰太平道的。所以選擇水裏自殺的方式，在太平道中是一種屍解成仙的方法，孫恩投海並不完全是受地方的信仰或五鬥米道的影響，還是有太平道的影子在裏麵的。
總之，完全割裂開宗教的融合發展性肯定是片麵的，我們更應該看到道教的政治性和社會性，把它放到我國文明發展、社會進步的大環境中分析它。