弘光元年、清順治二年（1645年），唐王朱聿鍵在鄭芝龍等人的擁立下，在福州監國稱帝，並迅速得到各省的承認。但由於消息隔絕，朱聿鍵監國後四十天魯王朱以海也在紹興監國，並任命張國維、朱大典和宋之普為東閣大學士，不久又起用舊輔臣方逢年入閣為首輔。
此時平南大將軍勒克德渾已率兵南下，沿途所經多望風迎降。蘇州巡撫王國寶，鬆江提督吳兆勝，統遣使奉書，稱願效麾下。勒克德渾用以漢攻漢的計策，令降臣前驅，出兵略地。到了常州，擊敗鬆江水師黃蜚、吳誌葵，進略昆山，戰勝王佐才，又陷崇明，乘勝到嘉定。
侯峒曾、黃淳耀二人，激勵兵民，死守嘉定，並嘉定城樓上樹起了“嘉定恢剿義師”的大旗，在嘉定四門布置兵力。侯峒曾帶著兒子侯玄演、侯玄潔負責守衛東門、北門，並在北門倉橋炮擊清兵，殺死清將李成棟的弟弟李成林，清軍圍攻數日攻嘉定不下。此時李成棟運到大炮數尊，接連攻城。
李成棟少時跟隨李自成部下高傑為盜，號“李訶子”，後隨高傑歸附明朝，累官總兵，駐守徐州。時至豫親王多鐸奉多爾袞之命征討江南，李成棟率所部剃發投降滿清，並跟隨清軍攻打浙江、福建、廣東，參加了多鐸製造的揚州十日。
嘉定城各頭領率眾在城上日夜巡邏，嘉人士爭相執刃以從，人情頗覺鼓舞。為阻止清軍進犯，侯峒曾又下令將城外各橋毀壞，東、北二門俱用大石壘斷街路，西、南二門用圓木亂石橫塞道途。
清軍擊敗了城外各村鎮的鄉兵後，便將嘉定城四麵包圍。隨即李成棟下令，集中火炮齊轟東，西二門。清兵攻城甚急，多縛軟梯至城下，城上則磚石如雨。守城民眾雖亡失甚眾，但仍頑強不屈。若有某斷城牆被炮火轟塌，城內民眾便及時用木料和充土布袋堵塞之。黃昏時分，突然暴雨如注，狂風驟起。一陣陣的大雨，似傾盆的下，守城民眾仍毫不畏懼，冒雨抵抗。
翌日破曉時分，暴風驟雨仍然不止。時城上民眾已連續守城三晝夜，遍體淋濕，加之飲食已絕，故人人身疲力竭。李成棟遂令士兵“置燈於地穴中，炮發震城。”火炮聲“終日震撼，地裂天崩，隨著城牆一隅在炮聲中轟然倒塌，李成棟引著清兵，一擁入城。清兵悉從屋上奔馳，通行無阻。城內難民因街上磚石阻塞，不得逃生，皆紛紛投河死，水為之不流。
侯峒曾、黃淳耀二人，猶率死士巷戰，自朝至暮，候峒曾力竭與二子投葉池殉國，黃淳耀與弟黃淵耀自縊於西林庵。黃淳耀死年41歲，其弟黃淵耀僅22歲。
黃淳耀留下絕命書：“弘光元年，七月初四日，進士黃淳耀自裁於西城僧舍。嗚唿！進不能宣力皇朝，退不能潔身自隱，讀書寡益，學道無成，耿耿不昧，此心而已。異日夷氛複靖，中華士庶，在見天日，論其世者，當知予心！”
嘉定城城破，李成棟下令屠城，市民之中，懸梁者，投井者，投河者，血麵者，斷肢者，被砍未死手足猶動者，骨肉狼籍。婦女們慘遭強奸。如遇抵抗，軍隊就用長釘把抵抗婦女的雙手釘在門板上，然後再肆行奸淫。大屠殺持續了一天，直到屍體堵塞了河流，大約有三萬多人遇害。李成棟率軍離開嘉定城。
但嘉定城的劫難仍然沒有結束。李成棟大屠殺後的三四天，僥幸逃脫的嘉定的幸存者開始溜迴城裏。他們迴城後在一個叫做朱瑛的義士領導下，重新集結起來，共兩千多人。朱瑛領導著幸存者們在這座殘破的城市展開了一場反屠殺運動，處死了歸降清軍的漢奸和清軍委派的官吏。李成棟又領著軍士直殺入城裏，把許多還在睡夢中的居民殺個精光，積屍成丘，然後放火焚屍。清軍殺得興起，嘉定又慘遭“二屠”。
二十多天後，原來南明的一個名叫吳之番的將軍率餘部猛攻嘉定城，周邊民眾也紛紛響應，殺得城內清兵大潰出逃。不久，李成棟整軍反撲，把吳之番數百士兵砍殺殆盡，順帶又屠殺了近二萬剛剛到嘉定避亂的民眾，血流成渠。
後人稱為嘉定三屠，便是這場慘劇。
經過李成棟的三次屠殺令，嘉定反清運動基本平息下來，但在清軍的三次屠城中，嘉定城內民眾無一投降者。剃發令對當時的漢人而言，心理上是難以承受的。“身體發膚受之父母，不可損傷”，這是千年以來形成的倫理觀，也是一種根深蒂固的思維方式。剃發不僅有違傳統，也被視為侮辱。
在嘉定至今還能看到多處紀念侯峒曾和黃淳耀的遺跡。嘉定城西有侯黃橋，匯龍潭公園有侯黃先生紀念碑，上海大學嘉定校區的西林寺舊地址有吳玉章先生題寫的“陶庵留碧”碑，碑背鐫刻著吳玉章先生的七律詩：“長虹碧血氣衝天，愛國英雄繼千萬，且喜紀元新世界，翻天覆地換人間。”
此時平南大將軍勒克德渾已率兵南下，沿途所經多望風迎降。蘇州巡撫王國寶，鬆江提督吳兆勝，統遣使奉書，稱願效麾下。勒克德渾用以漢攻漢的計策，令降臣前驅，出兵略地。到了常州，擊敗鬆江水師黃蜚、吳誌葵，進略昆山，戰勝王佐才，又陷崇明，乘勝到嘉定。
侯峒曾、黃淳耀二人，激勵兵民，死守嘉定，並嘉定城樓上樹起了“嘉定恢剿義師”的大旗，在嘉定四門布置兵力。侯峒曾帶著兒子侯玄演、侯玄潔負責守衛東門、北門，並在北門倉橋炮擊清兵，殺死清將李成棟的弟弟李成林，清軍圍攻數日攻嘉定不下。此時李成棟運到大炮數尊，接連攻城。
李成棟少時跟隨李自成部下高傑為盜，號“李訶子”，後隨高傑歸附明朝，累官總兵，駐守徐州。時至豫親王多鐸奉多爾袞之命征討江南，李成棟率所部剃發投降滿清，並跟隨清軍攻打浙江、福建、廣東，參加了多鐸製造的揚州十日。
嘉定城各頭領率眾在城上日夜巡邏，嘉人士爭相執刃以從，人情頗覺鼓舞。為阻止清軍進犯，侯峒曾又下令將城外各橋毀壞，東、北二門俱用大石壘斷街路，西、南二門用圓木亂石橫塞道途。
清軍擊敗了城外各村鎮的鄉兵後，便將嘉定城四麵包圍。隨即李成棟下令，集中火炮齊轟東，西二門。清兵攻城甚急，多縛軟梯至城下，城上則磚石如雨。守城民眾雖亡失甚眾，但仍頑強不屈。若有某斷城牆被炮火轟塌，城內民眾便及時用木料和充土布袋堵塞之。黃昏時分，突然暴雨如注，狂風驟起。一陣陣的大雨，似傾盆的下，守城民眾仍毫不畏懼，冒雨抵抗。
翌日破曉時分，暴風驟雨仍然不止。時城上民眾已連續守城三晝夜，遍體淋濕，加之飲食已絕，故人人身疲力竭。李成棟遂令士兵“置燈於地穴中，炮發震城。”火炮聲“終日震撼，地裂天崩，隨著城牆一隅在炮聲中轟然倒塌，李成棟引著清兵，一擁入城。清兵悉從屋上奔馳，通行無阻。城內難民因街上磚石阻塞，不得逃生，皆紛紛投河死，水為之不流。
侯峒曾、黃淳耀二人，猶率死士巷戰，自朝至暮，候峒曾力竭與二子投葉池殉國，黃淳耀與弟黃淵耀自縊於西林庵。黃淳耀死年41歲，其弟黃淵耀僅22歲。
黃淳耀留下絕命書：“弘光元年，七月初四日，進士黃淳耀自裁於西城僧舍。嗚唿！進不能宣力皇朝，退不能潔身自隱，讀書寡益，學道無成，耿耿不昧，此心而已。異日夷氛複靖，中華士庶，在見天日，論其世者，當知予心！”
嘉定城城破，李成棟下令屠城，市民之中，懸梁者，投井者，投河者，血麵者，斷肢者，被砍未死手足猶動者，骨肉狼籍。婦女們慘遭強奸。如遇抵抗，軍隊就用長釘把抵抗婦女的雙手釘在門板上，然後再肆行奸淫。大屠殺持續了一天，直到屍體堵塞了河流，大約有三萬多人遇害。李成棟率軍離開嘉定城。
但嘉定城的劫難仍然沒有結束。李成棟大屠殺後的三四天，僥幸逃脫的嘉定的幸存者開始溜迴城裏。他們迴城後在一個叫做朱瑛的義士領導下，重新集結起來，共兩千多人。朱瑛領導著幸存者們在這座殘破的城市展開了一場反屠殺運動，處死了歸降清軍的漢奸和清軍委派的官吏。李成棟又領著軍士直殺入城裏，把許多還在睡夢中的居民殺個精光，積屍成丘，然後放火焚屍。清軍殺得興起，嘉定又慘遭“二屠”。
二十多天後，原來南明的一個名叫吳之番的將軍率餘部猛攻嘉定城，周邊民眾也紛紛響應，殺得城內清兵大潰出逃。不久，李成棟整軍反撲，把吳之番數百士兵砍殺殆盡，順帶又屠殺了近二萬剛剛到嘉定避亂的民眾，血流成渠。
後人稱為嘉定三屠，便是這場慘劇。
經過李成棟的三次屠殺令，嘉定反清運動基本平息下來，但在清軍的三次屠城中，嘉定城內民眾無一投降者。剃發令對當時的漢人而言，心理上是難以承受的。“身體發膚受之父母，不可損傷”，這是千年以來形成的倫理觀，也是一種根深蒂固的思維方式。剃發不僅有違傳統，也被視為侮辱。
在嘉定至今還能看到多處紀念侯峒曾和黃淳耀的遺跡。嘉定城西有侯黃橋，匯龍潭公園有侯黃先生紀念碑，上海大學嘉定校區的西林寺舊地址有吳玉章先生題寫的“陶庵留碧”碑，碑背鐫刻著吳玉章先生的七律詩：“長虹碧血氣衝天，愛國英雄繼千萬，且喜紀元新世界，翻天覆地換人間。”