天啟九年二月十三日，也就是楊鶴收到朝廷旨意後，身在甘州的施鳳來也終於等到了皇帝的聖旨和密信。隨後施鳳來秘密攜聖旨前往臨洮府麵見陳崇虞和劉文琦。
後來張輦和朱童蒙受邀來到隴西，也相繼爆發了固原兵變和寧夏兵變，隴右和關中變成了陝西唯二還在朝廷掌控中的地方。
寧夏兵變後，杜弘域帶著寧夏鎮四衛殘兵退入莊浪衛，接受朱童蒙指揮。
隨後施鳳來移鎮蘭州，將皇帝旨意公之於眾，任命施鳳來為陝西三邊總督，令其全權處理陝西事務。施鳳來授命張輦為臨洮總兵官，總攬隴西各處軍務。
張輦終於得到了由朝廷確認的兵權，雖然不是夢寐以求的陝西總兵官，但好歹是可以名正言順地對隴西地區官兵進行調度安排了。
張輦首先命張顯謨率甘肅鎮各衛移師莊浪進行改編整頓。杜弘域的寧夏鎮四衛則移駐金縣進行整編。
張輦已經得到了朝廷的正式任命，杜弘域自然是服從安排。張顯謨也願意聽命，但甘肅鎮將士那是一萬個不願意。畢竟甘肅鎮大多數士卒都是甘州、肅州等地的當地人，多數是不願意離開家鄉的，其中也有人不願意上戰場去冒生命危險。
為了此事，甘州幾個衛所還差點嘩變。
無奈，張顯謨隻能采取自願招募的方式，但願意前往莊浪的士卒寥寥無幾。倒是沙州衛、罕東衛、罕東左衛、赤斤衛這幾個早年內徙的衛所有不少想要建功立業謀求封官的蒙古人願意前往莊浪。
最終有近五萬人的甘肅鎮，除了原本就在莊浪附近的莊浪衛、西寧衛、碾伯守禦千戶所，一共就隻有不到一萬人願意聽從調遣移師到莊浪。
聞訊，施鳳來大是惱怒，認為張顯謨辦事不力，要廢黜他總兵之職，被張輦給攔了下來。
張輦也很無奈，隻能接受眼下的事實，畢竟整個陝西行都指揮使司也就是甘肅軍鎮曆經二百多年其實與之前的陝西其它幾鎮無異，現在把他們逼到嘩變造反實在不是什麽明智的選擇。
但張輦還是為得到了幾千生力軍而感到高興。除了西寧衛要鎮守青海不能輕易移師外，其餘人馬中有三千名蒙古族青壯士卒，而且張顯謨還帶來兩萬多馬匹，使得張輦可以大量組建騎兵部隊。
甘肅鎮邊兵全部編入莊浪衛，移師安定縣。杜弘域寧夏四衛整編為寧夏衛和靖虜衛，靖虜衛移駐莊浪，寧夏衛留守金縣。
完成了各部人馬的整編和布防後，為了節省糧餉，應對各路義軍，施鳳來削減甘肅鎮糧餉，隻給予可以維持士卒生存的軍糧。
其實沒餉銀也沒什麽，畢竟以前甘肅鎮邊軍也長期遭受欠餉，但士兵要吃飯、要生存，不吃飯那是不行的啊。
施鳳來這邊安排人手將一定額的糧食運送到古浪守禦千戶所後就不管了，任憑甘肅鎮之人自行分配。那就出問題了，那些糧食本就剛剛夠而已，經過涼州、永昌等地一路貪官汙吏、腐敗邊軍的貪墨與漂沒之後，最後能到甘州、肅州的糧食連三分之一都不到。
這是要餓死人的！甘肅等地紛紛派遣官吏到蘭州詢問施鳳來，施鳳來拿出文檔賬冊等證據，證明糧食已經足額運送到了古浪所。
甘肅官吏就跑到古浪、涼州等地衙門質問，結果一路上遇到的官差都推諉責任，為自己洗脫罪名，在永昌被衙役打傷趕了出去，迴程路過山丹衛時，傷者乞求入城治療遭到拒絕，最終傷重不治死在了路上。
於是，甘州、肅州諸衛人馬憤怒地向永昌、涼州等地的衙門和衛所殺去，導致甘肅鎮爆發了大規模內訌，各衛之間大打出手，為了搶奪糧食相互廝殺。
杜弘域率靖虜衛鎮守莊浪，施鳳來、張顯謨、張輦等也毫不過問，全都冷眼旁觀，坐山觀虎鬥。
甘肅鎮內訌曆時數日，死傷幾千人，涼州、永昌、鎮番、山丹四衛被擊潰，潰兵部分逃到莊浪被收編，部分逃到寧夏加入劉拾遺的光複軍。
甘肅幾衛搶奪了糧草，但沒熬兩天就消耗完了，於是群情洶湧殺奔到莊浪城下要糧。
杜弘域與甘肅鎮那些人可沒什麽交情可言，便嚴詞拒絕。
甘肅邊兵憤而攻城，杜弘域督軍防守，甘肅邊兵數戰不得，在莊浪城下留下數百具屍首後悻悻離去。
隨後施鳳來停止所有供給，宣布甘肅鎮各部邊兵叛亂。
甘肅鎮邊兵失去了糧餉補給和朝廷領導徹底變成了一盤散沙，隻能和流賊一樣四處劫掠、流竄。
緊接著，各部義軍進犯關中，爆發第二次關中之戰。張輦集結隴西各部官兵，親自督師攻打占據秦州的義軍王大梁部，意圖打通去往關中的道路以策應關中戰事。
王大梁為了阻擊隴西官軍，不斷向秦州、徽州增兵。馬守應派遣部將賀雙全、興加哈利率軍出固原直逼鞏昌府。劉拾遺為了策應關中戰場也派遣人馬過靖遠威脅蘭州。
隴西官兵麵對各路義軍的巨大壓力，便再也沒有精力去顧及甘肅鎮這邊了。
此時，被鄭三兒打敗的鄂爾多斯部與被林丹汗打敗的科爾沁部正在河套會盟，獲悉陝西各地消息後，當即決定西遷。
奧巴、孔果爾、額璘臣、沙克察等率科爾沁部、鄂爾多斯部及部分土默特部共二十餘萬人組成的蒙古大軍從居延海破邊而入。
此時的涼州衛、永昌衛、鎮番衛轄地已經沒有了守軍，蒙古大軍輕鬆入塞。
蒙古大軍毫不戀戰，趁此空虛之際直往西行，經永昌翻越祁連山脈進入青海。
進入青海後，奧巴、孔果爾、額璘臣、沙克察等部與原本就生活在青海地區的青海蒙古諸部為了爭奪水源、草場等發生摩擦，爆發了多次大規模的衝突戰事，也就無暇再去招惹大明，大明西寧、河州等地免遭襲擾，使得施鳳來、張輦無需分心，可以專心對付大明內部的義軍和叛亂。
後來張輦和朱童蒙受邀來到隴西，也相繼爆發了固原兵變和寧夏兵變，隴右和關中變成了陝西唯二還在朝廷掌控中的地方。
寧夏兵變後，杜弘域帶著寧夏鎮四衛殘兵退入莊浪衛，接受朱童蒙指揮。
隨後施鳳來移鎮蘭州，將皇帝旨意公之於眾，任命施鳳來為陝西三邊總督，令其全權處理陝西事務。施鳳來授命張輦為臨洮總兵官，總攬隴西各處軍務。
張輦終於得到了由朝廷確認的兵權，雖然不是夢寐以求的陝西總兵官，但好歹是可以名正言順地對隴西地區官兵進行調度安排了。
張輦首先命張顯謨率甘肅鎮各衛移師莊浪進行改編整頓。杜弘域的寧夏鎮四衛則移駐金縣進行整編。
張輦已經得到了朝廷的正式任命，杜弘域自然是服從安排。張顯謨也願意聽命，但甘肅鎮將士那是一萬個不願意。畢竟甘肅鎮大多數士卒都是甘州、肅州等地的當地人，多數是不願意離開家鄉的，其中也有人不願意上戰場去冒生命危險。
為了此事，甘州幾個衛所還差點嘩變。
無奈，張顯謨隻能采取自願招募的方式，但願意前往莊浪的士卒寥寥無幾。倒是沙州衛、罕東衛、罕東左衛、赤斤衛這幾個早年內徙的衛所有不少想要建功立業謀求封官的蒙古人願意前往莊浪。
最終有近五萬人的甘肅鎮，除了原本就在莊浪附近的莊浪衛、西寧衛、碾伯守禦千戶所，一共就隻有不到一萬人願意聽從調遣移師到莊浪。
聞訊，施鳳來大是惱怒，認為張顯謨辦事不力，要廢黜他總兵之職，被張輦給攔了下來。
張輦也很無奈，隻能接受眼下的事實，畢竟整個陝西行都指揮使司也就是甘肅軍鎮曆經二百多年其實與之前的陝西其它幾鎮無異，現在把他們逼到嘩變造反實在不是什麽明智的選擇。
但張輦還是為得到了幾千生力軍而感到高興。除了西寧衛要鎮守青海不能輕易移師外，其餘人馬中有三千名蒙古族青壯士卒，而且張顯謨還帶來兩萬多馬匹，使得張輦可以大量組建騎兵部隊。
甘肅鎮邊兵全部編入莊浪衛，移師安定縣。杜弘域寧夏四衛整編為寧夏衛和靖虜衛，靖虜衛移駐莊浪，寧夏衛留守金縣。
完成了各部人馬的整編和布防後，為了節省糧餉，應對各路義軍，施鳳來削減甘肅鎮糧餉，隻給予可以維持士卒生存的軍糧。
其實沒餉銀也沒什麽，畢竟以前甘肅鎮邊軍也長期遭受欠餉，但士兵要吃飯、要生存，不吃飯那是不行的啊。
施鳳來這邊安排人手將一定額的糧食運送到古浪守禦千戶所後就不管了，任憑甘肅鎮之人自行分配。那就出問題了，那些糧食本就剛剛夠而已，經過涼州、永昌等地一路貪官汙吏、腐敗邊軍的貪墨與漂沒之後，最後能到甘州、肅州的糧食連三分之一都不到。
這是要餓死人的！甘肅等地紛紛派遣官吏到蘭州詢問施鳳來，施鳳來拿出文檔賬冊等證據，證明糧食已經足額運送到了古浪所。
甘肅官吏就跑到古浪、涼州等地衙門質問，結果一路上遇到的官差都推諉責任，為自己洗脫罪名，在永昌被衙役打傷趕了出去，迴程路過山丹衛時，傷者乞求入城治療遭到拒絕，最終傷重不治死在了路上。
於是，甘州、肅州諸衛人馬憤怒地向永昌、涼州等地的衙門和衛所殺去，導致甘肅鎮爆發了大規模內訌，各衛之間大打出手，為了搶奪糧食相互廝殺。
杜弘域率靖虜衛鎮守莊浪，施鳳來、張顯謨、張輦等也毫不過問，全都冷眼旁觀，坐山觀虎鬥。
甘肅鎮內訌曆時數日，死傷幾千人，涼州、永昌、鎮番、山丹四衛被擊潰，潰兵部分逃到莊浪被收編，部分逃到寧夏加入劉拾遺的光複軍。
甘肅幾衛搶奪了糧草，但沒熬兩天就消耗完了，於是群情洶湧殺奔到莊浪城下要糧。
杜弘域與甘肅鎮那些人可沒什麽交情可言，便嚴詞拒絕。
甘肅邊兵憤而攻城，杜弘域督軍防守，甘肅邊兵數戰不得，在莊浪城下留下數百具屍首後悻悻離去。
隨後施鳳來停止所有供給，宣布甘肅鎮各部邊兵叛亂。
甘肅鎮邊兵失去了糧餉補給和朝廷領導徹底變成了一盤散沙，隻能和流賊一樣四處劫掠、流竄。
緊接著，各部義軍進犯關中，爆發第二次關中之戰。張輦集結隴西各部官兵，親自督師攻打占據秦州的義軍王大梁部，意圖打通去往關中的道路以策應關中戰事。
王大梁為了阻擊隴西官軍，不斷向秦州、徽州增兵。馬守應派遣部將賀雙全、興加哈利率軍出固原直逼鞏昌府。劉拾遺為了策應關中戰場也派遣人馬過靖遠威脅蘭州。
隴西官兵麵對各路義軍的巨大壓力，便再也沒有精力去顧及甘肅鎮這邊了。
此時，被鄭三兒打敗的鄂爾多斯部與被林丹汗打敗的科爾沁部正在河套會盟，獲悉陝西各地消息後，當即決定西遷。
奧巴、孔果爾、額璘臣、沙克察等率科爾沁部、鄂爾多斯部及部分土默特部共二十餘萬人組成的蒙古大軍從居延海破邊而入。
此時的涼州衛、永昌衛、鎮番衛轄地已經沒有了守軍，蒙古大軍輕鬆入塞。
蒙古大軍毫不戀戰，趁此空虛之際直往西行，經永昌翻越祁連山脈進入青海。
進入青海後，奧巴、孔果爾、額璘臣、沙克察等部與原本就生活在青海地區的青海蒙古諸部為了爭奪水源、草場等發生摩擦，爆發了多次大規模的衝突戰事，也就無暇再去招惹大明，大明西寧、河州等地免遭襲擾，使得施鳳來、張輦無需分心，可以專心對付大明內部的義軍和叛亂。