魯王朱壽鋐發布《奉天討逆檄文》前數月，錦衣衛和影衛就已經發現了大明南方的種種異常，朱由校也敏銳地察覺到江南集團的謀反意圖，於是就開始在暗中部署。
最開始是由田爾耕主導，北鎮撫司獨立行動，大量錦衣衛潛入到江南各地，探查摸清南鎮撫司的情報人員和網絡，用各種真假情報誘導、欺騙已經被江南集團控製的情報網，潛入江南各地搜集情報，營救被叛黨拘禁的官員等。
魏忠賢啟用了大量東廠隱藏在南方的暗番搜集各種情報，查找通過各種方式渠道、明裏暗裏、直接間接參與或支持叛亂的人，不論身份地位記錄在冊。
影衛也進行了少量行動，例如探查揚州府儀真衛、潛入南京皇宮獲取兵力部署和將領人員名單、策反洪武門守衛張小明等。
西廠在平定叛亂中沒有實際行動，隻是進行了部分情報核實與傳遞的工作。
在皇帝和朝廷的故意放縱下，經過各機構長達一年多的偵查探尋，最終形成了一份多達數萬人的名單。
江南叛亂全麵平定，朝廷各種人員進入到各府州縣控製府衙監牢，拿著名單四處出擊，錦衣衛、東廠番子、軍隊官兵、衙役、捕快等等各種人不分白天黑夜到處抓人。
有的人走在路上被抓，有的人吃著飯被抓，有的人今天還在抓著人第二天自己就被抓，有的人半夜在床上正奮戰都被拔出來赤條條扔進監牢。
前期主要是在南直隸、浙江、江西、湖廣一帶抓人，一邊抓捕一邊審問，被牽連的人越來越多，逐漸波及到北直隸、山東、山西、河南、福建、廣東等地都有在抓人。
民間將這次大規模搜捕行動稱之為“天啟大清洗”。
各府州縣的監牢都人滿為患，百姓們人心惶惶，社會動蕩，正常的社會運轉都受到了影響。
天啟十一年三月，被緝捕人數突破十萬，朱由校下旨停止大規模搜捕行動，發布了量刑定罪的具體標準和細則。各地府衙或負責審理的錦衣衛根據朝廷的標準和細則來衡量定奪，重大罪犯抄奪家產押解上京，中等罪犯定罪行刑監禁，輕度罪犯則行刑受罰，輕微觸犯者繳清罰款或受刑後即可釋放。
最終經三司擬定，然後皇帝定奪後，緝捕人員中大多數都屬於輕度罪犯和輕微觸犯者，直接由當地府衙處理。重大罪犯和中等罪犯全都押迴京師。
……
天啟十一年六月一日，刑部、大理寺、都察院三司共同向天下公布了對主要叛黨的處理結果：
魯廢王朱壽鋐，犯上作亂，亂黨匪首，籍沒府庫家財，全脈斬立決；
楚王朱華奎，犯上作亂，亂黨匪首，革除楚國，籍沒府庫家財，全脈已歿；
吉王朱由楝，犯上作亂，亂黨匪首，目前在逃，革除吉國，籍沒府庫家財，待歸案處理；
荊王朱慈煙，犯上作亂，亂黨匪首，中途悔悟，革除荊國，籍沒府庫家財，廢為庶人，永守鳳陽祖陵；
岷世子朱企豊，犯上作亂，亂黨匪首，目前在逃，革除岷國，籍沒府庫家財，待歸案處理；
寧藩樂安郡王府、建安郡王府，犯上作亂，亂黨匪首，目前在逃，革除寧國，籍沒府庫家財，待歸案處理；
淮世子朱常清，犯上作亂，亂黨匪首，革除淮國，籍沒府庫家財，全脈斬立決；
忻城伯趙之龍，犯上作亂，亂黨匪首，籍沒府庫家財，誅九族；
成廢國公朱純臣，犯上作亂，亂黨匪首，籍沒府庫家財，誅九族；
魏國公世子徐文爵，犯上作亂，亂黨匪首，處淩遲，妻妾兒女斬立決；
魏國公徐弘基，疏於職守，教子無方，籍沒府庫家財，奪去爵位，廢為庶人；
安遠侯柳祚昌，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，夷三族；
隆平侯張拱日，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，夷三族；
南和伯方一元，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，夷三族；
東寧伯焦夢熊，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，夷三族；
永康侯徐錫登，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，夷三族；
撫寧侯朱國弼，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，處淩遲，夷三族；
靈璧侯湯國祚，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，處淩遲，夷三族；
成安伯郭祚永，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，處淩遲，夷三族；
定遠侯鄧文囿，犯上作亂，亂臣賊子，裏通外敵，籍沒府庫家財，先處宮刑，後處淩遲，誅九族；
錢謙益，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，夷三族；
張鳳翔，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，處淩遲，夷三族；
阮大铖，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，處淩遲，夷三族；
劉餘佑，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，處淩遲，夷三族；
王鼇永，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，處淩遲，夷三族；
……
除去上述叛黨主謀，僅在天啟十一年六月就定罪處死了三萬餘人，抄沒士紳官商數千家，所得金銀達數億兩，珍寶古董、田地房產不計其數，所獲糧食貨物更是天文數字，極大地充盈了大明國庫。
此案是為“江南亂黨案”，世稱“天啟第四大案”。
江南亂黨案的影響是空前巨大的，此後數年仍然在追查緝捕部分在逃人員，或者在審理辦案過程中又出現了新的案犯，隻是為了穩定社會人心，之後的案情辦理都是盡量低調進行，不再公之於眾。
朱由校下旨新設“南京監政院”置於南京六部之上，任命王永光為南京監政院卿，崔呈秀為少卿，直轄於皇帝，重新任命南京六部及南方各地官員，建立新的行政秩序。
由於被江南集團滲透、腐蝕得千瘡百孔，朱由校下旨裁撤了錦衣衛南鎮撫司，命戚風、楊楷暗中建立新的南鎮撫司，從此以後隱姓埋名，不再置於明麵之上。
同時仿照山東和北直隸的模式，撤除大部分地方衛所，僅保持一府或一直轄州僅設一個萬人衛所作為預備兵源、老兵退伍安置、屯田儲糧之用。
江南亂黨案給予江南士紳和文官勢力沉重打擊，使帝國的權力重新集中於皇帝之手。皇帝的一係列措施使大明朝廷得以控製南方各地，重新掌握了全國經濟命脈，帝國得到喘息時機和自我拯救的機會。
最開始是由田爾耕主導，北鎮撫司獨立行動，大量錦衣衛潛入到江南各地，探查摸清南鎮撫司的情報人員和網絡，用各種真假情報誘導、欺騙已經被江南集團控製的情報網，潛入江南各地搜集情報，營救被叛黨拘禁的官員等。
魏忠賢啟用了大量東廠隱藏在南方的暗番搜集各種情報，查找通過各種方式渠道、明裏暗裏、直接間接參與或支持叛亂的人，不論身份地位記錄在冊。
影衛也進行了少量行動，例如探查揚州府儀真衛、潛入南京皇宮獲取兵力部署和將領人員名單、策反洪武門守衛張小明等。
西廠在平定叛亂中沒有實際行動，隻是進行了部分情報核實與傳遞的工作。
在皇帝和朝廷的故意放縱下，經過各機構長達一年多的偵查探尋，最終形成了一份多達數萬人的名單。
江南叛亂全麵平定，朝廷各種人員進入到各府州縣控製府衙監牢，拿著名單四處出擊，錦衣衛、東廠番子、軍隊官兵、衙役、捕快等等各種人不分白天黑夜到處抓人。
有的人走在路上被抓，有的人吃著飯被抓，有的人今天還在抓著人第二天自己就被抓，有的人半夜在床上正奮戰都被拔出來赤條條扔進監牢。
前期主要是在南直隸、浙江、江西、湖廣一帶抓人，一邊抓捕一邊審問，被牽連的人越來越多，逐漸波及到北直隸、山東、山西、河南、福建、廣東等地都有在抓人。
民間將這次大規模搜捕行動稱之為“天啟大清洗”。
各府州縣的監牢都人滿為患，百姓們人心惶惶，社會動蕩，正常的社會運轉都受到了影響。
天啟十一年三月，被緝捕人數突破十萬，朱由校下旨停止大規模搜捕行動，發布了量刑定罪的具體標準和細則。各地府衙或負責審理的錦衣衛根據朝廷的標準和細則來衡量定奪，重大罪犯抄奪家產押解上京，中等罪犯定罪行刑監禁，輕度罪犯則行刑受罰，輕微觸犯者繳清罰款或受刑後即可釋放。
最終經三司擬定，然後皇帝定奪後，緝捕人員中大多數都屬於輕度罪犯和輕微觸犯者，直接由當地府衙處理。重大罪犯和中等罪犯全都押迴京師。
……
天啟十一年六月一日，刑部、大理寺、都察院三司共同向天下公布了對主要叛黨的處理結果：
魯廢王朱壽鋐，犯上作亂，亂黨匪首，籍沒府庫家財，全脈斬立決；
楚王朱華奎，犯上作亂，亂黨匪首，革除楚國，籍沒府庫家財，全脈已歿；
吉王朱由楝，犯上作亂，亂黨匪首，目前在逃，革除吉國，籍沒府庫家財，待歸案處理；
荊王朱慈煙，犯上作亂，亂黨匪首，中途悔悟，革除荊國，籍沒府庫家財，廢為庶人，永守鳳陽祖陵；
岷世子朱企豊，犯上作亂，亂黨匪首，目前在逃，革除岷國，籍沒府庫家財，待歸案處理；
寧藩樂安郡王府、建安郡王府，犯上作亂，亂黨匪首，目前在逃，革除寧國，籍沒府庫家財，待歸案處理；
淮世子朱常清，犯上作亂，亂黨匪首，革除淮國，籍沒府庫家財，全脈斬立決；
忻城伯趙之龍，犯上作亂，亂黨匪首，籍沒府庫家財，誅九族；
成廢國公朱純臣，犯上作亂，亂黨匪首，籍沒府庫家財，誅九族；
魏國公世子徐文爵，犯上作亂，亂黨匪首，處淩遲，妻妾兒女斬立決；
魏國公徐弘基，疏於職守，教子無方，籍沒府庫家財，奪去爵位，廢為庶人；
安遠侯柳祚昌，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，夷三族；
隆平侯張拱日，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，夷三族；
南和伯方一元，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，夷三族；
東寧伯焦夢熊，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，夷三族；
永康侯徐錫登，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，夷三族；
撫寧侯朱國弼，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，處淩遲，夷三族；
靈璧侯湯國祚，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，處淩遲，夷三族；
成安伯郭祚永，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，處淩遲，夷三族；
定遠侯鄧文囿，犯上作亂，亂臣賊子，裏通外敵，籍沒府庫家財，先處宮刑，後處淩遲，誅九族；
錢謙益，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，夷三族；
張鳳翔，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，處淩遲，夷三族；
阮大铖，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，處淩遲，夷三族；
劉餘佑，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，處淩遲，夷三族；
王鼇永，犯上作亂，亂臣賊子，籍沒府庫家財，處淩遲，夷三族；
……
除去上述叛黨主謀，僅在天啟十一年六月就定罪處死了三萬餘人，抄沒士紳官商數千家，所得金銀達數億兩，珍寶古董、田地房產不計其數，所獲糧食貨物更是天文數字，極大地充盈了大明國庫。
此案是為“江南亂黨案”，世稱“天啟第四大案”。
江南亂黨案的影響是空前巨大的，此後數年仍然在追查緝捕部分在逃人員，或者在審理辦案過程中又出現了新的案犯，隻是為了穩定社會人心，之後的案情辦理都是盡量低調進行，不再公之於眾。
朱由校下旨新設“南京監政院”置於南京六部之上，任命王永光為南京監政院卿，崔呈秀為少卿，直轄於皇帝，重新任命南京六部及南方各地官員，建立新的行政秩序。
由於被江南集團滲透、腐蝕得千瘡百孔，朱由校下旨裁撤了錦衣衛南鎮撫司，命戚風、楊楷暗中建立新的南鎮撫司，從此以後隱姓埋名，不再置於明麵之上。
同時仿照山東和北直隸的模式，撤除大部分地方衛所，僅保持一府或一直轄州僅設一個萬人衛所作為預備兵源、老兵退伍安置、屯田儲糧之用。
江南亂黨案給予江南士紳和文官勢力沉重打擊，使帝國的權力重新集中於皇帝之手。皇帝的一係列措施使大明朝廷得以控製南方各地，重新掌握了全國經濟命脈，帝國得到喘息時機和自我拯救的機會。