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1913年“二次革命”失敗，國民黨被袁世凱解散，孫文再度逃亡日本，1914年7月中，孫文在日本召集部分國民黨員組成中華革命黨，並要求入中華革命黨者一律必須登記、立誓、蓋指模、效忠孫文一人。同時，又開始動員洪門人士一律加入，將致公堂改為中華革命黨。7月29日，孫文致函新加坡洪門義興公司並轉南洋各埠洪門，向他們通報“近年來之景況，及洪門黨務進行事宜，與夫民國危急之情形”，“望諸同誌固結團體，振起精神，再做革命工作，愛黨愛國，洪門之責任也，亦弟之厚望也”。同年冬，孫文致函各埠洪門要求他們加入中華革命黨，全部改組為中華革命黨支部。孫文自稱“文忝屬洪門一份子，以密切關係所在。意欲各埠洪門團體急起直追，共圖革命事業，並全部填寫誓約、加人中華革命黨。……望諸公極力提倡國家主義，而破除門戶各立之微嫌，迅速籌辦致複，以便正式委任。倘天佑民國，完全之目的能達，則洪門之名譽事功將來垂益無窮矣”。
南洋華僑在鄧澤如等的積極推動下，讚助中華革命黨的事業有所進展。美洲各埠致公堂接獲此函後，“大多數皆不以為然，無有遵函改組者。蓋各埠洪門人士對於孫文，已失信仰之心。因其不能為洪門立案，而有意消滅洪門，忘前日之恩，負前日之義，今窮蹙之時，又欲利用洪門，無怪洪門人士不理會也。”
美洲各埠致公堂對孫文派往加拿大溫哥華籌餉的馮自由“大起攻擊”。英屬加拿大致公堂全體發表宣言，內稱：“馮自由前在溫哥華籌餉革命，致公堂破產應之，洪門人士努力代籌軍餉，不下十數萬，悉交馮氏及孫氏之手。及南京政府成立，馮任稽勳局長，無片紙隻字答謝我加屬致公堂，此等棍徒，良心喪盡，今複假借名義，妄稱三次革命籌餉，實則徒飽私囊。馮任稽勳局長，濫勳至三萬餘人，所收私款何限。濫派歐美日學生至千數百名，每名收其學費之半，用其妻名義存款於香港匯豐銀行，至數十萬。買業在九龍油麻地亦十數萬，此等棍騙之套，壞我洪門名譽，望我洪門人士無為孫馮之邪說所惑。”不僅如此，致公堂成員還複函孫文，發泄對孫中山當年不準洪門立案的憤懣，信中說：“洪門求都督胡漢民立案，一再批斥不準，先生受洪門待遇之厚，胡漢民感謝洪門之手墨未幹，豈意忘本食言，如是之速。……今先生大炮之毀譽，騰於內外，偉人變作匪人，先生利用洪門之伎倆又出，先生衰時則倚庇於洪門，盛時則鄙屑洪門，避之若浼。今盛而複衰，又欲與洪門親密，先生休矣。”洪門對孫文已憤恨如此，孫文在美洲的籌餉活動，終未成功。雙方的結怨開始加深。
洪門與孫文的關係漸趨疏遠，與孫文以外的政治勢力則有所接近。1915年12月，護國戰爭發動後，中華討袁軍大元帥岑春煊、西南護國軍總司令唐繼堯先後委任黃三德為歐美籌餉專員，致公總堂均予以轉達並加委。黃三德為此奔走籌款，“成績尚佳”，所籌款項，直匯雲南。袁世凱倒台後，致公總堂再派黃三德迴國為洪門立案，總統黎元洪準許洪門立案，廣東省長朱慶瀾也予以同意。黃三德又提出在廣東建洪門五祖祠，其時西南護法政府“各省人士畢集於廣州，對五祖祠之倡建，無不讚成，獨孫文反對，不肯簽名”。最終，因孫文的堅決反對，洪門致公堂在廣州興建五祖祠的願望落空，致公堂與孫文之間的矛盾進一步擴大。
1919年10月10日孫文在護法運動失敗後，將中華革命黨改組為中國國民黨。孫文在親手製定的《中國國民黨海外支部通則》中規定，“原有中華革命黨支部及洪門，全部黨員加入改組者”，凡能每年擔負一千元以上之經費，均可設立海外支部。1921年1月，孫文在致陳樹人的複函中再次提及爭取致公堂成員加入中國國民黨的問題，“致公堂中不良分子常與吾黨同誌為難，亟宜設法融合，以免紛擾”，“如致公堂同人明達之士願歸附吾黨者，能照入黨手續，可準其加入吾黨，則逐漸歸並，而該黨同人自不能與吾黨為敵矣”。可見孫中山這一時期對洪門會黨還是立足於吸納，爭取歸附至“逐漸歸並”，而並不讚同其獨立組黨。
同年5月，孫文在廣州建立政府，自稱中華民國大總統。在此期間，他和黃三德的一次爭吵直接導致了其和洪門致公堂之間關係的徹底破裂。
在一次會談上，孫文再一次舊事重提，當麵對身在廣州的黃三德說道：“現在各地原中華革命黨支部和洪門都要改組後加入中國國民黨，你現在趕快通函海外致公堂，一律改稱中國國民黨，並要簽誓服從。”
黃三德不從，抗聲說道：“洪門自成立以來就一直堅持革命。事實上在沒有中華革命黨之前就早有洪門革命，又何必現在更換名稱？！”
孫文則道：“洪門若不改換名稱，就是不服從指揮。有人報告說加屬洪門每次大放洪門之夜，就以紙人做孫文而殺之，這事你知道嗎？”
黃三德坦然迴答“這事我不知道。如果真有這樣的事情，那隻能表明洪門之不肯服從你。即便我通函令其更改名稱，各部也不會聽命，那又何必多此一舉？！”
孫文聽後，勃然大怒，說道：“你是洪門大佬，你有命令，他們當然要聽！你不肯發函，就是你反對我，不是洪門反對我！”
黃三德此時也動了真怒，叫道：“現在是民國時代，人人都有自由權。我黃三德不能強迫洪門兄弟服從我，此公函我斷不發！你現在是非常大總統，有權力了！說我反對你，你想將我打靶嗎？”
孫文也知道黃三德脾氣倔強，見其發怒，加上當時參與會談的其他人也都驚訝地注視爭吵的二人，孫文便轉換成笑臉，轉換話題，改談其他事情。
經過這次爭吵，洪門致公堂和孫文之間的關係徹底決裂。黃三德也從此斷絕了同孫文一切的往來。
如果說從1912年到1921年，孫文和美洲致公堂之間因一些恩怨而使雙方的關係從疏遠走向決裂的話，那麽1924年秋天在廣州發生的商團事件則使孫文和絕大多數海外華僑團體的關係處於破裂狀態。
在1921年之後，美洲洪門致公堂雖然向海外華人社團發出不支持孫文的號召，但許多華僑團體卻依然對孫文抱有希望。隻不過，這種希望隨著1924年秋天廣州城那場大火一起化為了灰燼。
在後世，由於國共雙方的立場，不管是台灣還是大陸，都把1924年發生在廣州的商團事件定性為叛亂，認為孫文及蔣中正鎮壓有理。但實質上，這個事件不過是官逼商反，而且是商還沒反，就被國共雙方製造借口予以清除。
事件的導火索是商團向國外訂購的一批價值100萬元的武器於1924年8月10日被查扣一事。初時，大元帥府指這批槍械的進口許可證在時間上不合常理，疑為私運武器，宣布吊銷這一進口許可證。後來，經過一段時間調查，大元帥府秘書處公開承認這批武器確為商團所購，並非私運，隻是申領許可證時在時間程序上出錯。
期間為了索要迴這批武器，商團和廣州政府曾進行過多次交涉。雖曾在第一次罷市後經過談判，商團與廣州政府達成了協議，但其後又因廣州政府大幅提高價碼，索要2、3百萬元，且又將商團訂購的武器挪做北伐之用，雙方關係破裂。商團準備第二次罷市。
但這時蘇聯提供給孫文的武器運到了，加上中共廣東區委發動的遊行隊伍在向商團駐地附近開進時遭到商團殺傷為孫文提供了鎮壓的借口，孫文鎮壓商團的決心已定，且拒絕聽取一切調和手段的建議，蘇俄代表鮑羅廷即為他擬定了詳細的鎮壓商團的計劃。
10月14日，省長胡漢民下令解散商團，鮑羅廷、蔣介石、廖仲愷、譚平山等指揮黃埔學生軍、警衛軍、工團軍、農團軍等同時出動，鎮壓商團，捉拿骨幹分子，收繳商團槍械。
在鎮壓過程中，蔣中正為了減少學生軍和其他部隊的傷亡，同意使用火攻。利用煤油縱火焚燒西關商鋪及商團支持者，廣州商業最繁華的西關商業區在大火中幾乎化為一片白地。
在這場鎮壓商團的戰鬥中，因為大火和亂兵肆虐而造成的財產損失有5000多萬港元，此外，平民死傷約2000人。
鎮壓商團之後，廣州政府又向未有遭受損毀的商戶收取保護費，對參與商團的商戶收繳槍械並罰200元，否則“任兵焚劫拿人，政府不負責任”。
經過這場鎮壓，廣州城內居住的眾多僑眷，其財產和人員損失可謂慘重。也就是在這場大火中，曾為後人廣泛傳誦的“寶芝林”化為飛灰。受此打擊，半年之後，一代宗師黃飛鴻就此離世。
事件結束後，廣東商界的眾多人士開始轉而傾向於支持陳炯明的粵軍，紛紛捐資支持。不過，最終孫中山依靠蘇聯支持擊敗了陳炯明。
不過，這場大火也燒掉許多海外華人心中對孫文所抱有的幻想，認清了孫文及其黨羽的麵目，使得洪門致公堂在其後組織海外華人成立中國致公黨的過程中，順利許多。
另外，受孫文在此次鎮壓商團事件中所作所為的影響，1925年孫文在北京逝世後，北京方麵決定舉行國葬，卻遭到廣州總商會、廣東自治會聯名反對。
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1913年“二次革命”失敗，國民黨被袁世凱解散，孫文再度逃亡日本，1914年7月中，孫文在日本召集部分國民黨員組成中華革命黨，並要求入中華革命黨者一律必須登記、立誓、蓋指模、效忠孫文一人。同時，又開始動員洪門人士一律加入，將致公堂改為中華革命黨。7月29日，孫文致函新加坡洪門義興公司並轉南洋各埠洪門，向他們通報“近年來之景況，及洪門黨務進行事宜，與夫民國危急之情形”，“望諸同誌固結團體，振起精神，再做革命工作，愛黨愛國，洪門之責任也，亦弟之厚望也”。同年冬，孫文致函各埠洪門要求他們加入中華革命黨，全部改組為中華革命黨支部。孫文自稱“文忝屬洪門一份子，以密切關係所在。意欲各埠洪門團體急起直追，共圖革命事業，並全部填寫誓約、加人中華革命黨。……望諸公極力提倡國家主義，而破除門戶各立之微嫌，迅速籌辦致複，以便正式委任。倘天佑民國，完全之目的能達，則洪門之名譽事功將來垂益無窮矣”。
南洋華僑在鄧澤如等的積極推動下，讚助中華革命黨的事業有所進展。美洲各埠致公堂接獲此函後，“大多數皆不以為然，無有遵函改組者。蓋各埠洪門人士對於孫文，已失信仰之心。因其不能為洪門立案，而有意消滅洪門，忘前日之恩，負前日之義，今窮蹙之時，又欲利用洪門，無怪洪門人士不理會也。”
美洲各埠致公堂對孫文派往加拿大溫哥華籌餉的馮自由“大起攻擊”。英屬加拿大致公堂全體發表宣言，內稱：“馮自由前在溫哥華籌餉革命，致公堂破產應之，洪門人士努力代籌軍餉，不下十數萬，悉交馮氏及孫氏之手。及南京政府成立，馮任稽勳局長，無片紙隻字答謝我加屬致公堂，此等棍徒，良心喪盡，今複假借名義，妄稱三次革命籌餉，實則徒飽私囊。馮任稽勳局長，濫勳至三萬餘人，所收私款何限。濫派歐美日學生至千數百名，每名收其學費之半，用其妻名義存款於香港匯豐銀行，至數十萬。買業在九龍油麻地亦十數萬，此等棍騙之套，壞我洪門名譽，望我洪門人士無為孫馮之邪說所惑。”不僅如此，致公堂成員還複函孫文，發泄對孫中山當年不準洪門立案的憤懣，信中說：“洪門求都督胡漢民立案，一再批斥不準，先生受洪門待遇之厚，胡漢民感謝洪門之手墨未幹，豈意忘本食言，如是之速。……今先生大炮之毀譽，騰於內外，偉人變作匪人，先生利用洪門之伎倆又出，先生衰時則倚庇於洪門，盛時則鄙屑洪門，避之若浼。今盛而複衰，又欲與洪門親密，先生休矣。”洪門對孫文已憤恨如此，孫文在美洲的籌餉活動，終未成功。雙方的結怨開始加深。
洪門與孫文的關係漸趨疏遠，與孫文以外的政治勢力則有所接近。1915年12月，護國戰爭發動後，中華討袁軍大元帥岑春煊、西南護國軍總司令唐繼堯先後委任黃三德為歐美籌餉專員，致公總堂均予以轉達並加委。黃三德為此奔走籌款，“成績尚佳”，所籌款項，直匯雲南。袁世凱倒台後，致公總堂再派黃三德迴國為洪門立案，總統黎元洪準許洪門立案，廣東省長朱慶瀾也予以同意。黃三德又提出在廣東建洪門五祖祠，其時西南護法政府“各省人士畢集於廣州，對五祖祠之倡建，無不讚成，獨孫文反對，不肯簽名”。最終，因孫文的堅決反對，洪門致公堂在廣州興建五祖祠的願望落空，致公堂與孫文之間的矛盾進一步擴大。
1919年10月10日孫文在護法運動失敗後，將中華革命黨改組為中國國民黨。孫文在親手製定的《中國國民黨海外支部通則》中規定，“原有中華革命黨支部及洪門，全部黨員加入改組者”，凡能每年擔負一千元以上之經費，均可設立海外支部。1921年1月，孫文在致陳樹人的複函中再次提及爭取致公堂成員加入中國國民黨的問題，“致公堂中不良分子常與吾黨同誌為難，亟宜設法融合，以免紛擾”，“如致公堂同人明達之士願歸附吾黨者，能照入黨手續，可準其加入吾黨，則逐漸歸並，而該黨同人自不能與吾黨為敵矣”。可見孫中山這一時期對洪門會黨還是立足於吸納，爭取歸附至“逐漸歸並”，而並不讚同其獨立組黨。
同年5月，孫文在廣州建立政府，自稱中華民國大總統。在此期間，他和黃三德的一次爭吵直接導致了其和洪門致公堂之間關係的徹底破裂。
在一次會談上，孫文再一次舊事重提，當麵對身在廣州的黃三德說道：“現在各地原中華革命黨支部和洪門都要改組後加入中國國民黨，你現在趕快通函海外致公堂，一律改稱中國國民黨，並要簽誓服從。”
黃三德不從，抗聲說道：“洪門自成立以來就一直堅持革命。事實上在沒有中華革命黨之前就早有洪門革命，又何必現在更換名稱？！”
孫文則道：“洪門若不改換名稱，就是不服從指揮。有人報告說加屬洪門每次大放洪門之夜，就以紙人做孫文而殺之，這事你知道嗎？”
黃三德坦然迴答“這事我不知道。如果真有這樣的事情，那隻能表明洪門之不肯服從你。即便我通函令其更改名稱，各部也不會聽命，那又何必多此一舉？！”
孫文聽後，勃然大怒，說道：“你是洪門大佬，你有命令，他們當然要聽！你不肯發函，就是你反對我，不是洪門反對我！”
黃三德此時也動了真怒，叫道：“現在是民國時代，人人都有自由權。我黃三德不能強迫洪門兄弟服從我，此公函我斷不發！你現在是非常大總統，有權力了！說我反對你，你想將我打靶嗎？”
孫文也知道黃三德脾氣倔強，見其發怒，加上當時參與會談的其他人也都驚訝地注視爭吵的二人，孫文便轉換成笑臉，轉換話題，改談其他事情。
經過這次爭吵，洪門致公堂和孫文之間的關係徹底決裂。黃三德也從此斷絕了同孫文一切的往來。
如果說從1912年到1921年，孫文和美洲致公堂之間因一些恩怨而使雙方的關係從疏遠走向決裂的話，那麽1924年秋天在廣州發生的商團事件則使孫文和絕大多數海外華僑團體的關係處於破裂狀態。
在1921年之後，美洲洪門致公堂雖然向海外華人社團發出不支持孫文的號召，但許多華僑團體卻依然對孫文抱有希望。隻不過，這種希望隨著1924年秋天廣州城那場大火一起化為了灰燼。
在後世，由於國共雙方的立場，不管是台灣還是大陸，都把1924年發生在廣州的商團事件定性為叛亂，認為孫文及蔣中正鎮壓有理。但實質上，這個事件不過是官逼商反，而且是商還沒反，就被國共雙方製造借口予以清除。
事件的導火索是商團向國外訂購的一批價值100萬元的武器於1924年8月10日被查扣一事。初時，大元帥府指這批槍械的進口許可證在時間上不合常理，疑為私運武器，宣布吊銷這一進口許可證。後來，經過一段時間調查，大元帥府秘書處公開承認這批武器確為商團所購，並非私運，隻是申領許可證時在時間程序上出錯。
期間為了索要迴這批武器，商團和廣州政府曾進行過多次交涉。雖曾在第一次罷市後經過談判，商團與廣州政府達成了協議，但其後又因廣州政府大幅提高價碼，索要2、3百萬元，且又將商團訂購的武器挪做北伐之用，雙方關係破裂。商團準備第二次罷市。
但這時蘇聯提供給孫文的武器運到了，加上中共廣東區委發動的遊行隊伍在向商團駐地附近開進時遭到商團殺傷為孫文提供了鎮壓的借口，孫文鎮壓商團的決心已定，且拒絕聽取一切調和手段的建議，蘇俄代表鮑羅廷即為他擬定了詳細的鎮壓商團的計劃。
10月14日，省長胡漢民下令解散商團，鮑羅廷、蔣介石、廖仲愷、譚平山等指揮黃埔學生軍、警衛軍、工團軍、農團軍等同時出動，鎮壓商團，捉拿骨幹分子，收繳商團槍械。
在鎮壓過程中，蔣中正為了減少學生軍和其他部隊的傷亡，同意使用火攻。利用煤油縱火焚燒西關商鋪及商團支持者，廣州商業最繁華的西關商業區在大火中幾乎化為一片白地。
在這場鎮壓商團的戰鬥中，因為大火和亂兵肆虐而造成的財產損失有5000多萬港元，此外，平民死傷約2000人。
鎮壓商團之後，廣州政府又向未有遭受損毀的商戶收取保護費，對參與商團的商戶收繳槍械並罰200元，否則“任兵焚劫拿人，政府不負責任”。
經過這場鎮壓，廣州城內居住的眾多僑眷，其財產和人員損失可謂慘重。也就是在這場大火中，曾為後人廣泛傳誦的“寶芝林”化為飛灰。受此打擊，半年之後，一代宗師黃飛鴻就此離世。
事件結束後，廣東商界的眾多人士開始轉而傾向於支持陳炯明的粵軍，紛紛捐資支持。不過，最終孫中山依靠蘇聯支持擊敗了陳炯明。
不過，這場大火也燒掉許多海外華人心中對孫文所抱有的幻想，認清了孫文及其黨羽的麵目，使得洪門致公堂在其後組織海外華人成立中國致公黨的過程中，順利許多。
另外，受孫文在此次鎮壓商團事件中所作所為的影響，1925年孫文在北京逝世後，北京方麵決定舉行國葬，卻遭到廣州總商會、廣東自治會聯名反對。