嘉慶八年六月之末，慶桂結束了浙江的調查之事，便即北上，阮元也因朝覲嘉慶之故，與孫星衍一路隨慶桂北行。離開杭州之前，張承勳也再次找到阮元，向阮元告知杭州八旗入學之人日漸增多，但旗人鄉試隻能在北京應考，多有不便，希望阮元上報嘉慶，建議嘉慶恩準旗員一律在本地參加鄉試，阮元也答應了他的請求。
然而這次阮元等人的北上之路，卻是異常坎坷。坐船方才抵達淮安，距離黃河尚有約百裏，突然之間，天上竟是大雨傾盆而下，一連兩日都不能停歇。而淮安的河道之上，這時竟密密麻麻的堵上了數百條漕船，阮元等人坐船在後，全然不能動彈。而且看前麵漕船模樣，這些時日下來，竟動也沒動得一下。
“你等都是這裏主辦漕運之人，那你們可知，這裏究竟發生了什麽？為什麽我們的船都這許多日過來了，竟全然不能前行？我們入京朝覲誤了時日，是你們擔待得起的嗎？”眼看漕船堵塞水道，北上或許要因此延誤多日，慶桂也不免焦躁起來，忙喚了這裏兩名巡檢過來，想著向他們問清其中緣故。
“這……請大人恕罪！”那兩名巡檢隻是九品小官，這時見了慶桂這般京中大員，自是驚恐萬狀，隻好支支吾吾的迴答道：“大人有所不知，今年夏初，黃河淤沙忽然大漲，河口頓時淤塞，已……已有一個多月了。又趕上這幾日，暴雨下個不停，黃河積水，現在……現在已有不少倒灌進了運河，水道實在危險得很，所以……所以這許多漕船才停在這裏，不敢北上……小人們誤了大人行程，實在罪該萬死！”
“行了，本官也定不了你們的罪！”慶桂怒道：“那你這裏河道、漕運總督，都幹什麽去了，河口淤沙，他們沒有去挖嗎？這裏堤壩，他們就不能及時加固一下嗎？！”
“迴大人，漕……漕帥吉大人已經前往禮壩，在那裏監修多日。河……河督吳大人也已經派了人手，前往黃河口挑挖淤沙，想來再過些時日，也就……也就……”兩名巡檢支支吾吾的答道。這時漕運總督正是當年在步軍統領衙門幫助嘉慶鏟除和珅的吉綸，南河總督則是吳璥，都是勤勉盡職之人，看來河道上能做的事，二人都已經盡力去做了。
“好了，你們先下去吧，也給本官傳個信，告訴吉大人和吳大人，本官北上事小，漕糧北運可是國家根本大事！若是隻一個月，皇上自可寬大為懷，但若是拖延時間長了，就不要怪本官沒警告你們了！”慶桂自也清楚河道疏理絕非易事，是以隻警告了兩名巡檢，便放了二人迴去。一行人眼看水路被阻，又急著北上麵聖，隻好相繼改作乘轎，繞過漕船前往黃河渡口。看著黃河之水竟成漫天之勢，先前的堤岸，一半都被淹沒不見，沿河上下，已成澤國，各人也不禁心中驚懼，可又不能違了皇命，隻得找吉綸借了幾艘還算穩固的大船，將一行人渡到了北岸。到了宿遷，雨勢漸歇，方才換迴船隻。
這日行船即將到達濟寧，阮元也知道孫星衍將要前往兗州赴任，便在舟中備了酒菜，準備和他道別。孫星衍與阮元共事四年，這時又怎能輕言離別？一時便也強打起精神，與阮元共飲了數杯。見阮元酒量本淺，多半不能再飲，忽然想起尚有些事未能告訴阮元，便道：“伯元，今日這酒，咱就別再喝了。有幾件事，我始終放心不下，還望離別之前，你能聽我再嘮叨幾句才是。”
“淵如兄，你隻管說吧，我……我一定都記著。”阮元也清楚孫星衍之言必是至關重要之事，也打起了精神，認真聽著他的叮囑。
“伯元，這一路過來，黃河泛濫成什麽樣子，你我看得清楚。我正好也想起來，咱那海塘，一樣尚有隱患。眼下海塘開支，雖說夠用，可也僅供太平無事之時。萬一有一日海潮泛濫，竟把海塘衝壞了，咱們還需要一筆備用的錢，以便日常修複。這筆錢可以從去年省下的行宮歲修銀裏麵補足，你可不要忘了跟皇上說一聲啊？”這時因嘉慶決意不再南巡，杭州行宮的維修開支也被裁去不少，是以孫星衍有此建議。
“淵如兄放心，黃河這個樣子，我看在心裏，也一樣想著海塘呢。”阮元點頭道。
“公事上就這些了，剩下的我也放心，隻是私事上……”孫星衍似乎也想到了什麽，卻沉默了半晌，並無一語，過了良久，才低聲對阮元道：“從今之後，我擔心京中官員，會對你漸生反感之念，你……你可一定要做好準備啊。”
“淵如兄所言，可是慶中堂？”阮元聽著孫星衍這般鄭重的言語，卻也不解，問道：“可是淵如兄，慶中堂我清楚啊，雖說平日有些固執，卻不是個記仇的人啊？”
“和慶中堂沒關係。”孫星衍搖了搖頭道：“慶中堂現在已經是宰相樞臣之身，他打壓你，對他有何好處？所以我想著，慶中堂未必會把牧地之事放在心上。可他下麵這些人卻不一樣了，伯元，你可能沒聽過他們暗中之言，可我知道，他們心裏，可都對你有意見呢。你這些年在浙江，對舊製多有更革，加上這次牧地本是旗務，你卻也參與其間，所以啊，在他們眼中，你早已成了好名邀功，不惜敗壞祖製的行險徼幸之徒。或許這些人本身地位也不高，對你不會有多少影響，可他們迴去，必然會對其他人這般說你。到那個時候，伯元，我就不知道竟是何人，要對你不利了。”
阮元聽著孫星衍之語，心中也不禁有些惆悵，迴想臨行之前父親神色，或許阮承信精於世故，早已料到了這一節，隻是尚未能將此事說清。而孫星衍之語雖說並無實據，卻也是未雨綢繆。可他終究不願猜忌於人，便也對孫星衍道：“淵如兄，瞧你說得，這就好似我在朝堂之中，已經為人所不容了似的，至於嗎？我在杭州辦得這些事，不說別人，皇上最清楚了，難道有皇上明斷，還怕那些個宵小之輩不成？而且這些慶中堂的隨從，連司官都不是，他們在京中說話，有幾個人會聽呢？”
“伯元，你為官升遷過速，有些司官之間的勾心鬥角，蠅營狗苟之事，你未必清楚。可我做了這許多年刑部司官，我見得多了！”孫星衍正色道：“你以為他們眼下官品不高，可你初入朝堂之時，不也隻是七品編修嗎？像你一樣兩三年就位登卿貳之人，這有清一朝的漢臣裏又有幾個？他們的確大多數人才華都不及你，隻能熬資曆逐步升遷，可正是這樣，他們之間的相互猜忌，明裏暗裏的流言蜚語、傾軋陷害之事，絕非你能輕易想象啊？的確，我看這些慶中堂的隨從，隻怕日後沒一個能當大任，可如果他們迴去，把你的事傳給其他同僚，其他人再傳幾次，沒準其中就會有日後得皇上重用之人呢？而且你在外省，其實也多有不便，眼下不少外官，也隻是因循敷衍之輩，皇上看多了，必然對你等外臣有所疑忌，到那個時候，你說憑著之前你和皇上的交情，皇上就能對你堅信不疑嗎？隻怕……也沒那麽容易啊。伯元，從今開始，你可一定要多加小心，若是有京中之人來了杭州，也務必善待他們，總是……總是不要落下話柄才好。”
阮元聽著孫星衍之語，隻覺全然發自肺腑，自也為之動容，便向孫星衍迴拜道：“淵如兄之言，小弟記下了。日後小弟在杭州辦事，總是要三思而後行才是，絕不會讓淵如兄為小弟擔心。”
“如此便好，如此便好啊。”孫星衍也點頭應道。眼看天色已晚，二人也散了酒席迴艙就寢。次日孫星衍便留在了濟寧，前往兗州上任，阮元則繼續乘船北上，到了八月之初，方才抵達京城。
入京之後，慶桂等人也須繼續準備北上之事，便即暫留一日。阮元閑來無事，想著孫星衍和父親的擔憂終究不是空穴來風，又聽聞朱珪這時留守京城，便去了朱珪府上，想著聽取一下老師的意見。正巧之前朱珪托阮元為自己刊刻文集《知足齋集》，這時也已刻畢，阮元便將此事一並告訴了朱珪。
“哈哈，伯元，當年老夫在江寧取錄了你，現在看來，真是意外之喜啊。老夫這《知足齋集》今日能夠刻成，將一生所作精華傳於後世，卻也真是知足了。”朱珪多年未與阮元相見，又聽聞文集成書，自是了結了一樁心願，心中愜意，便與阮元暢談起來。
“不過話說迴來，去年漕務之事，卻也頗為遺憾。”朱珪見阮元神色如常，也迴想起之前清齎銀改革一事，總是心中有些對不住這個得意門生，道：“老師在皇上麵前，已經將你所言之利盡數言明，可其中之弊，其他大臣也說了不少，皇上也不能隻聽你我師徒之言，否則……不就成了任人唯親嗎？隻是後來齊聚大學士九卿集議，在場之人，卻也沒幾個同意改製之事，老師也想著若是朝臣群策群力，或許支持你的人會多一些呢？可如今這個樣子……伯元，朝廷裏這些卿貳，大半都已經安於太平，若說改製，哪裏是件容易的事啊？”（按清時九卿實為六部尚書、都察院左都禦史、大理寺卿與通政使的合稱，有時也泛指各部全部堂官。）
“老師之意，學生清楚了，老師平日力主不增漕賦，這次能幫學生讓九卿集議此事，學生已經感激不盡。這清齎銀改製本就多有不足之處，學生也是眼看漕務疲弊，才不得不用此應對之法。可是……”這時他聽朱珪說起改製之事朝中幾乎無人認同，又想起了父親和孫星衍的擔憂，便也將二人先前之語，一一告訴了朱珪。
朱珪聽著阮元之語，神色亦是鄭重，沉思半晌，緩緩對阮元道：“伯元，若如此說，令尊和孫淵如之言都有道理。其中之事，老夫雖參與不多，卻也清楚外人所想，你也聽聽老夫之言如何？”
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然而這次阮元等人的北上之路，卻是異常坎坷。坐船方才抵達淮安，距離黃河尚有約百裏，突然之間，天上竟是大雨傾盆而下，一連兩日都不能停歇。而淮安的河道之上，這時竟密密麻麻的堵上了數百條漕船，阮元等人坐船在後，全然不能動彈。而且看前麵漕船模樣，這些時日下來，竟動也沒動得一下。
“你等都是這裏主辦漕運之人，那你們可知，這裏究竟發生了什麽？為什麽我們的船都這許多日過來了，竟全然不能前行？我們入京朝覲誤了時日，是你們擔待得起的嗎？”眼看漕船堵塞水道，北上或許要因此延誤多日，慶桂也不免焦躁起來，忙喚了這裏兩名巡檢過來，想著向他們問清其中緣故。
“這……請大人恕罪！”那兩名巡檢隻是九品小官，這時見了慶桂這般京中大員，自是驚恐萬狀，隻好支支吾吾的迴答道：“大人有所不知，今年夏初，黃河淤沙忽然大漲，河口頓時淤塞，已……已有一個多月了。又趕上這幾日，暴雨下個不停，黃河積水，現在……現在已有不少倒灌進了運河，水道實在危險得很，所以……所以這許多漕船才停在這裏，不敢北上……小人們誤了大人行程，實在罪該萬死！”
“行了，本官也定不了你們的罪！”慶桂怒道：“那你這裏河道、漕運總督，都幹什麽去了，河口淤沙，他們沒有去挖嗎？這裏堤壩，他們就不能及時加固一下嗎？！”
“迴大人，漕……漕帥吉大人已經前往禮壩，在那裏監修多日。河……河督吳大人也已經派了人手，前往黃河口挑挖淤沙，想來再過些時日，也就……也就……”兩名巡檢支支吾吾的答道。這時漕運總督正是當年在步軍統領衙門幫助嘉慶鏟除和珅的吉綸，南河總督則是吳璥，都是勤勉盡職之人，看來河道上能做的事，二人都已經盡力去做了。
“好了，你們先下去吧，也給本官傳個信，告訴吉大人和吳大人，本官北上事小，漕糧北運可是國家根本大事！若是隻一個月，皇上自可寬大為懷，但若是拖延時間長了，就不要怪本官沒警告你們了！”慶桂自也清楚河道疏理絕非易事，是以隻警告了兩名巡檢，便放了二人迴去。一行人眼看水路被阻，又急著北上麵聖，隻好相繼改作乘轎，繞過漕船前往黃河渡口。看著黃河之水竟成漫天之勢，先前的堤岸，一半都被淹沒不見，沿河上下，已成澤國，各人也不禁心中驚懼，可又不能違了皇命，隻得找吉綸借了幾艘還算穩固的大船，將一行人渡到了北岸。到了宿遷，雨勢漸歇，方才換迴船隻。
這日行船即將到達濟寧，阮元也知道孫星衍將要前往兗州赴任，便在舟中備了酒菜，準備和他道別。孫星衍與阮元共事四年，這時又怎能輕言離別？一時便也強打起精神，與阮元共飲了數杯。見阮元酒量本淺，多半不能再飲，忽然想起尚有些事未能告訴阮元，便道：“伯元，今日這酒，咱就別再喝了。有幾件事，我始終放心不下，還望離別之前，你能聽我再嘮叨幾句才是。”
“淵如兄，你隻管說吧，我……我一定都記著。”阮元也清楚孫星衍之言必是至關重要之事，也打起了精神，認真聽著他的叮囑。
“伯元，這一路過來，黃河泛濫成什麽樣子，你我看得清楚。我正好也想起來，咱那海塘，一樣尚有隱患。眼下海塘開支，雖說夠用，可也僅供太平無事之時。萬一有一日海潮泛濫，竟把海塘衝壞了，咱們還需要一筆備用的錢，以便日常修複。這筆錢可以從去年省下的行宮歲修銀裏麵補足，你可不要忘了跟皇上說一聲啊？”這時因嘉慶決意不再南巡，杭州行宮的維修開支也被裁去不少，是以孫星衍有此建議。
“淵如兄放心，黃河這個樣子，我看在心裏，也一樣想著海塘呢。”阮元點頭道。
“公事上就這些了，剩下的我也放心，隻是私事上……”孫星衍似乎也想到了什麽，卻沉默了半晌，並無一語，過了良久，才低聲對阮元道：“從今之後，我擔心京中官員，會對你漸生反感之念，你……你可一定要做好準備啊。”
“淵如兄所言，可是慶中堂？”阮元聽著孫星衍這般鄭重的言語，卻也不解，問道：“可是淵如兄，慶中堂我清楚啊，雖說平日有些固執，卻不是個記仇的人啊？”
“和慶中堂沒關係。”孫星衍搖了搖頭道：“慶中堂現在已經是宰相樞臣之身，他打壓你，對他有何好處？所以我想著，慶中堂未必會把牧地之事放在心上。可他下麵這些人卻不一樣了，伯元，你可能沒聽過他們暗中之言，可我知道，他們心裏，可都對你有意見呢。你這些年在浙江，對舊製多有更革，加上這次牧地本是旗務，你卻也參與其間，所以啊，在他們眼中，你早已成了好名邀功，不惜敗壞祖製的行險徼幸之徒。或許這些人本身地位也不高，對你不會有多少影響，可他們迴去，必然會對其他人這般說你。到那個時候，伯元，我就不知道竟是何人，要對你不利了。”
阮元聽著孫星衍之語，心中也不禁有些惆悵，迴想臨行之前父親神色，或許阮承信精於世故，早已料到了這一節，隻是尚未能將此事說清。而孫星衍之語雖說並無實據，卻也是未雨綢繆。可他終究不願猜忌於人，便也對孫星衍道：“淵如兄，瞧你說得，這就好似我在朝堂之中，已經為人所不容了似的，至於嗎？我在杭州辦得這些事，不說別人，皇上最清楚了，難道有皇上明斷，還怕那些個宵小之輩不成？而且這些慶中堂的隨從，連司官都不是，他們在京中說話，有幾個人會聽呢？”
“伯元，你為官升遷過速，有些司官之間的勾心鬥角，蠅營狗苟之事，你未必清楚。可我做了這許多年刑部司官，我見得多了！”孫星衍正色道：“你以為他們眼下官品不高，可你初入朝堂之時，不也隻是七品編修嗎？像你一樣兩三年就位登卿貳之人，這有清一朝的漢臣裏又有幾個？他們的確大多數人才華都不及你，隻能熬資曆逐步升遷，可正是這樣，他們之間的相互猜忌，明裏暗裏的流言蜚語、傾軋陷害之事，絕非你能輕易想象啊？的確，我看這些慶中堂的隨從，隻怕日後沒一個能當大任，可如果他們迴去，把你的事傳給其他同僚，其他人再傳幾次，沒準其中就會有日後得皇上重用之人呢？而且你在外省，其實也多有不便，眼下不少外官，也隻是因循敷衍之輩，皇上看多了，必然對你等外臣有所疑忌，到那個時候，你說憑著之前你和皇上的交情，皇上就能對你堅信不疑嗎？隻怕……也沒那麽容易啊。伯元，從今開始，你可一定要多加小心，若是有京中之人來了杭州，也務必善待他們，總是……總是不要落下話柄才好。”
阮元聽著孫星衍之語，隻覺全然發自肺腑，自也為之動容，便向孫星衍迴拜道：“淵如兄之言，小弟記下了。日後小弟在杭州辦事，總是要三思而後行才是，絕不會讓淵如兄為小弟擔心。”
“如此便好，如此便好啊。”孫星衍也點頭應道。眼看天色已晚，二人也散了酒席迴艙就寢。次日孫星衍便留在了濟寧，前往兗州上任，阮元則繼續乘船北上，到了八月之初，方才抵達京城。
入京之後，慶桂等人也須繼續準備北上之事，便即暫留一日。阮元閑來無事，想著孫星衍和父親的擔憂終究不是空穴來風，又聽聞朱珪這時留守京城，便去了朱珪府上，想著聽取一下老師的意見。正巧之前朱珪托阮元為自己刊刻文集《知足齋集》，這時也已刻畢，阮元便將此事一並告訴了朱珪。
“哈哈，伯元，當年老夫在江寧取錄了你，現在看來，真是意外之喜啊。老夫這《知足齋集》今日能夠刻成，將一生所作精華傳於後世，卻也真是知足了。”朱珪多年未與阮元相見，又聽聞文集成書，自是了結了一樁心願，心中愜意，便與阮元暢談起來。
“不過話說迴來，去年漕務之事，卻也頗為遺憾。”朱珪見阮元神色如常，也迴想起之前清齎銀改革一事，總是心中有些對不住這個得意門生，道：“老師在皇上麵前，已經將你所言之利盡數言明，可其中之弊，其他大臣也說了不少，皇上也不能隻聽你我師徒之言，否則……不就成了任人唯親嗎？隻是後來齊聚大學士九卿集議，在場之人，卻也沒幾個同意改製之事，老師也想著若是朝臣群策群力，或許支持你的人會多一些呢？可如今這個樣子……伯元，朝廷裏這些卿貳，大半都已經安於太平，若說改製，哪裏是件容易的事啊？”（按清時九卿實為六部尚書、都察院左都禦史、大理寺卿與通政使的合稱，有時也泛指各部全部堂官。）
“老師之意，學生清楚了，老師平日力主不增漕賦，這次能幫學生讓九卿集議此事，學生已經感激不盡。這清齎銀改製本就多有不足之處，學生也是眼看漕務疲弊，才不得不用此應對之法。可是……”這時他聽朱珪說起改製之事朝中幾乎無人認同，又想起了父親和孫星衍的擔憂，便也將二人先前之語，一一告訴了朱珪。
朱珪聽著阮元之語，神色亦是鄭重，沉思半晌，緩緩對阮元道：“伯元，若如此說，令尊和孫淵如之言都有道理。其中之事，老夫雖參與不多，卻也清楚外人所想，你也聽聽老夫之言如何？”
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