“靖國丸”潛艇供應艦(旗艦，在誇賈林島)
“伊—168號”、“伊—169號”、“伊—17寸號”，“伊—174號”、“伊—175號”潛艇
(2)第五潛艇戰隊
(醍醐忠重海軍少將)
“裏約熱內盧丸”潛艇供應艦(旗艦，在誇賈林島)
“伊—156號”、“伊—157號”、“伊—158號”。“伊—159號”、“伊—162號”，
“伊—165號”、“伊—166號”潛艇
(3)第十三潛艇分隊
(宮崎武春海軍大佐)
“伊—121號”、“伊—122號”、“伊—123號”潛艇
(六)岸基航空部隊
(塚原二四三海軍中將)
(1)中途島派遣航空隊
(森田千裏海軍大佐)
三十六架戰鬥機(由第一、第二機動部隊的航空母艦攜帶)
十架陸上轟炸機(在威克島)
六架水上飛機(在賈魯特島)
(2)第二十四航空戰隊
(前田稔海軍少將)
(甲)千歲航空隊
(大橋富士郎海軍大佐)
三十六架戰鬥機、三十六架魚雷機(在誇賈林島和威克島)
(乙)第一航空隊
(井上左馬二海軍大佐)
三十六架戰鬥機。三十六架魚雷機(在奧爾島和沃特傑島)
(丙)第十四航空隊
(中島第三海軍大佐)
十八架水上飛機(在貿魯特島和沃特傑島)
中途島的登陸日為6月7日——即n日(原編者按：日本人用的“n日”相當於美軍的“d日”。日本人對不同的作戰曾用不同的字母。例如，他們在珍珠港作戰中曾用“x日”。)，並以n日為中心仔細安排了各部隊的行動時間表。選擇這一天是由兩個因素決定的。第一，南雲部隊和近藤海軍中將的第二艦隊剛剛在南線完成第一階段作戰任務，4月下旬才返迴本土，他們的艦隻需要進行檢修和補給。這要花費幾個星期的時間，因此，攻略作戰的日期不可能早於6月上旬。第二，需要選擇月光明亮的一天，以便於夜間行動。6月的第七天是適於登陸作戰的月夜的最後一天，過此就要推遲差不多一個月。聯合艦隊強烈反對把這次作戰推遲到7月。
為了趕上攻擊的期限，各水麵艦艇部隊將於5月26—29日出發。北方部隊從本州北端的大湊基地出發，中途島攻略部隊(近藤海軍中將指揮的主力除外)自塞班島和關島出發。近藤部隊、南雲海軍中將的第一機動部隊以及山本海軍大將的主力部隊，將從瀨戶內海西部的柱島錨地出發，直接駛往戰場。在途中，主力部隊將分成兩路，山本海軍大將直接指揮的主力繼續駛往中途島，高須海軍中將的警戒部隊向北駛往阿留申群島，以便支援阿留申攻略作戰。
因為攻擊阿留申群島的目的之一是配合中途島的主攻作戰——牽製敵兵力，所以，攻擊將首先從北方開始。n減3日，即6月4日，北方部隊的角田海軍少將的第二機動部隊對敵人在阿留申群島的主要據點荷蘭港進行壓製性空襲。n減1日，即6月6日，開始在阿達克島和基斯卡島登陸。阿達克島的登陸作戰由阿圖島攻略部隊執行，並在摧毀島上軍事設施和在港灣，荷蘭港內布雷後把部隊撤走。隨後，於n加5日，即6月12日，阿圖島攻略部隊執行其主要任務，在阿圖島登陸。登陸作戰由角田的第二機動部隊、細萱海軍中將的北方部隊主力、高須海軍中將的警戒部隊和北方部隊的部分潛艇兵力予以掩護。
對中途島的攻擊大體上也採取同樣的方式。n減2日，即6月5日，第一機動部隊的飛機從中途島北西二百五十海裏的水域對中途島實施攻略前空襲，目標是敵航空兵力、防禦設施和附近的任何水麵兵力。n減1日，即6月6日，藤田海軍少將的水上飛機母艦部隊占領中途島北西六十海裏的小島——庫雷島，以便把該島作水上飛機基地使用，直接支援中途島登陸作戰。
在進行這些初步作戰的同時，載運中途島登陸部隊的輸送船團及其護航隊將駛近目標，並於6月7日拂曉同時在中途島的珊瑚環礁桑德島和東島登陸。栗田海軍中將的重巡洋艦對登陸提供近距離支援，而近藤海軍中將的攻略部隊主力將在中途島以南或南西待機，以掩護這個方向的側翼。
預料在中途島登陸後敵艦隊才會作出大的反應。因此，聯合艦隊計劃規定，到6月7日日本部隊將進入待機陣位，以迎接最重要的決戰階段。這些部隊將在占領中途島後留在陣位上七天，除非敵艦隊提早進攻。迎擊和殲滅敵艦隊主要依靠這些部隊：(1)山本海軍大將的主力部隊的主力；(2)高須海軍中將的警戒部隊；(3)南雲海軍中將的第一機動部隊；(4)角田海軍少將的第二機動部隊；(5)小鬆海軍中將的潛艇部隊若幹潛艇。這些部隊的部署如下：
山本部隊：中途島北西六百海裏；
高須部隊：山本部隊以北五百海裏；
南雲部隊：山本部隊以東三百海裏；
角田部隊：高須部隊以東三百海裏；
潛艇部隊：n減5日，即6月2日前建立三條警戒線，以發現接近之敵。這三條警戒線的位置是：
甲警戒線(第三潛艇戰隊)：在北緯19°30′和北緯23°30′與西經167°之間；
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“伊—168號”、“伊—169號”、“伊—17寸號”，“伊—174號”、“伊—175號”潛艇
(2)第五潛艇戰隊
(醍醐忠重海軍少將)
“裏約熱內盧丸”潛艇供應艦(旗艦，在誇賈林島)
“伊—156號”、“伊—157號”、“伊—158號”。“伊—159號”、“伊—162號”，
“伊—165號”、“伊—166號”潛艇
(3)第十三潛艇分隊
(宮崎武春海軍大佐)
“伊—121號”、“伊—122號”、“伊—123號”潛艇
(六)岸基航空部隊
(塚原二四三海軍中將)
(1)中途島派遣航空隊
(森田千裏海軍大佐)
三十六架戰鬥機(由第一、第二機動部隊的航空母艦攜帶)
十架陸上轟炸機(在威克島)
六架水上飛機(在賈魯特島)
(2)第二十四航空戰隊
(前田稔海軍少將)
(甲)千歲航空隊
(大橋富士郎海軍大佐)
三十六架戰鬥機、三十六架魚雷機(在誇賈林島和威克島)
(乙)第一航空隊
(井上左馬二海軍大佐)
三十六架戰鬥機。三十六架魚雷機(在奧爾島和沃特傑島)
(丙)第十四航空隊
(中島第三海軍大佐)
十八架水上飛機(在貿魯特島和沃特傑島)
中途島的登陸日為6月7日——即n日(原編者按：日本人用的“n日”相當於美軍的“d日”。日本人對不同的作戰曾用不同的字母。例如，他們在珍珠港作戰中曾用“x日”。)，並以n日為中心仔細安排了各部隊的行動時間表。選擇這一天是由兩個因素決定的。第一，南雲部隊和近藤海軍中將的第二艦隊剛剛在南線完成第一階段作戰任務，4月下旬才返迴本土，他們的艦隻需要進行檢修和補給。這要花費幾個星期的時間，因此，攻略作戰的日期不可能早於6月上旬。第二，需要選擇月光明亮的一天，以便於夜間行動。6月的第七天是適於登陸作戰的月夜的最後一天，過此就要推遲差不多一個月。聯合艦隊強烈反對把這次作戰推遲到7月。
為了趕上攻擊的期限，各水麵艦艇部隊將於5月26—29日出發。北方部隊從本州北端的大湊基地出發，中途島攻略部隊(近藤海軍中將指揮的主力除外)自塞班島和關島出發。近藤部隊、南雲海軍中將的第一機動部隊以及山本海軍大將的主力部隊，將從瀨戶內海西部的柱島錨地出發，直接駛往戰場。在途中，主力部隊將分成兩路，山本海軍大將直接指揮的主力繼續駛往中途島，高須海軍中將的警戒部隊向北駛往阿留申群島，以便支援阿留申攻略作戰。
因為攻擊阿留申群島的目的之一是配合中途島的主攻作戰——牽製敵兵力，所以，攻擊將首先從北方開始。n減3日，即6月4日，北方部隊的角田海軍少將的第二機動部隊對敵人在阿留申群島的主要據點荷蘭港進行壓製性空襲。n減1日，即6月6日，開始在阿達克島和基斯卡島登陸。阿達克島的登陸作戰由阿圖島攻略部隊執行，並在摧毀島上軍事設施和在港灣，荷蘭港內布雷後把部隊撤走。隨後，於n加5日，即6月12日，阿圖島攻略部隊執行其主要任務，在阿圖島登陸。登陸作戰由角田的第二機動部隊、細萱海軍中將的北方部隊主力、高須海軍中將的警戒部隊和北方部隊的部分潛艇兵力予以掩護。
對中途島的攻擊大體上也採取同樣的方式。n減2日，即6月5日，第一機動部隊的飛機從中途島北西二百五十海裏的水域對中途島實施攻略前空襲，目標是敵航空兵力、防禦設施和附近的任何水麵兵力。n減1日，即6月6日，藤田海軍少將的水上飛機母艦部隊占領中途島北西六十海裏的小島——庫雷島，以便把該島作水上飛機基地使用，直接支援中途島登陸作戰。
在進行這些初步作戰的同時，載運中途島登陸部隊的輸送船團及其護航隊將駛近目標，並於6月7日拂曉同時在中途島的珊瑚環礁桑德島和東島登陸。栗田海軍中將的重巡洋艦對登陸提供近距離支援，而近藤海軍中將的攻略部隊主力將在中途島以南或南西待機，以掩護這個方向的側翼。
預料在中途島登陸後敵艦隊才會作出大的反應。因此，聯合艦隊計劃規定，到6月7日日本部隊將進入待機陣位，以迎接最重要的決戰階段。這些部隊將在占領中途島後留在陣位上七天，除非敵艦隊提早進攻。迎擊和殲滅敵艦隊主要依靠這些部隊：(1)山本海軍大將的主力部隊的主力；(2)高須海軍中將的警戒部隊；(3)南雲海軍中將的第一機動部隊；(4)角田海軍少將的第二機動部隊；(5)小鬆海軍中將的潛艇部隊若幹潛艇。這些部隊的部署如下：
山本部隊：中途島北西六百海裏；
高須部隊：山本部隊以北五百海裏；
南雲部隊：山本部隊以東三百海裏；
角田部隊：高須部隊以東三百海裏；
潛艇部隊：n減5日，即6月2日前建立三條警戒線，以發現接近之敵。這三條警戒線的位置是：
甲警戒線(第三潛艇戰隊)：在北緯19°30′和北緯23°30′與西經167°之間；
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