除了關稅之外，對於朱載坖來說重要的就是商業稅收了，大明也征收商稅，主要是通過鈔關的形式加以征收的，和之前大宋實行的禁榷製度直通，大明對於商稅不甚重視，對於商業的管理也較為粗疏，僅僅是規定了一些基本的原則。
太祖皇帝對商稅的祖訓也就隻有一條，就是：凡商稅三十而取一，過者以違令論。
大明的商稅是很低的，據馬森統計，隆慶二年大明的商稅稅額是三十七萬兩，還不及鹽稅的三分之一。而且大明的商稅很多時候是定額商稅，之前方鈍擔任戶部尚書的時候就曾經指出過這種定額商稅的弊端，方鈍認為：“地有盛衰，物有盈歉。而商稅之征，率皆定額。 是使其或盈也，奸黠得以侵欺；其歉也，良善困於補納。”
這種定額商稅會使得官員有上下其手，結夥貪汙的可能性。而對於對於商人來說，也並不公平。因為大明的商稅很大程度上是地方官府來征收的，並不在上繳朝廷的起運中，這就給了地方官府以可乘之機。
商稅怎麽征，征多少，很多時候並不取決於朝廷，而是地方的州縣官員們一言而決，商稅征的多不多，主要是看地方官府的長官黑不黑了，說大明商稅少的，其實是指真正能夠進入太倉的商稅少，對於商人們來說，他們可並不覺得商稅少。
現在的商人，一般分為兩大類， 一類是從事商品販運的行商，即所謂的“行資”商人 一類是坐地經營的坐賈，即所謂的“居鬻”商人。
對於這兩種商人，大明朝廷有不同的辦法征收稅收，對於行商，大明規定，凡商賈欲販貨於四方者，必先赴所司起關券。所謂關券，就和百姓路引一樣，實際上是允許行商販運商品的營業許可證明。具有營業執照的性質。其上要注明行商的姓名、籍貫、年貌、經營範圍、資產狀況、販運地點等。要想取得這個關券，就得向地方州縣繳納一筆錢，至於這個錢有多少，就完全看官吏的良心了。
取得關券的商人，可以販運商品到異地銷售，路途所經鈔關需主動申報販運商品數量，繳納一定的關稅。販運商品到達銷售地，商人並不能徑自將商品在市場上銷售，而必須按規定將商品存入塌房、官店，交納塌房稅和免牙錢，獲得地方官府開給的納稅票據後，方能進入市場交易。
對於行商有嚴格的課稅章程，坐商一樣不能幸免。在城鎮經營店肆門攤的坐賈，欲定居城鎮開店也須向官府申請占籍，並且繳納一定的占籍錢之後，才能夠被準允營業，否則被視為無籍之徒，隨時有被驅逐的危險。
除此之外，還要承擔兩種商稅，一為商品交易稅按商 品價格合計交易額，三十稅一。這個就是太祖皇帝的規定的商稅稅率。
除此之外，還有一件就是市肆門攤稅，這個稅收到底征多少，怎麽征，也是完全看地方官府的心情的。對於朝廷來說，這些商稅都是和朝廷或者和太倉無關的，真正能夠進入太倉的，主要是鈔關的稅收。
大明在各處水路要道設置鈔關，向過往的商人收取商稅，以河西務、臨清、滸墅、九江、杭州、 淮安、揚州七處為常設的鈔關，商船到關後，先要填寫船單，寫明運載貨物的品種、數量、船隻式樣、納稅數目，完成納稅手續後，由鈔關發給稅票，方能過關。鈔關的稅收才是能夠進入太倉的稅收。
對於鈔關，大明也是十分重視，所有的鈔關都是直接歸戶部管理，由戶部派出主事負責管理鈔關，而且還有巡關禦史，加以巡察。各鈔關所在地方官府需派通判、同知之類的佐貳官一員，每日赴關監督收稅，並監督稅官將所收銀兩傾煎成錠，送庫收貯。
所以並非是大明的商稅低，而是大明的能夠解運到太倉的商稅太少。其實曆代朝廷都有很多有識之士提出這個問題，商稅解運太少，與大明的實際情況完全不符合，大量的商人依附於官僚貴戚，借以逃避朝廷課稅。
朝廷為了打擊偷逃稅款，隻有更加頻繁的設立鈔關，要求地方官府從嚴征繳稅收，但是不少臣子認為：生財本自有道，取民在於有製，人君不患財用之不足，而患用財之不節，取民之無製也。
朱載坖就此事和張居正等重臣商量，眼下大明的商稅確實是一團亂麻，地方官府、朝廷戶部、士紳貴戚，這裏麵的關係錯綜複雜，一時半會很難理清。
張居正是反對立即加征商稅的，張居正說道：“陛下，商通有無，農力本穡。商不得通有無以利農，則農病； 農不得力本穡以資商，則商病，故商農之勢常若權衡然。故臣以為，欲物力不屈，則莫若省征發以厚農而資商，欲民不困，則莫若輕關市以厚商而利農。”
但是高拱的看法則正好與張居正相反，高拱認為應該加重征收商稅，他對朱載坖說道：“陛下，征稅之法，當稅富民，不當稅貧民，蓋取之富商者，不過割其羨餘，征之微末者，則如朘其膏脂。商賈之中有開設典當者，但取子母，無賦役之煩、舟車之 榷、江湖之險，此宜重稅，反以厚賄而得輕。至於小民負擔之微，市餅、賣漿、豨毛、牛骨，終日經營不過銖兩，反以輸納而得重。此甚非平也!”
高拱認為對於這些放高利貸的，要想辦法科以重稅，因為他們利潤豐厚，甚少納稅，而對於一般的升鬥小民，他們小本經營，僅僅是糊口而已，卻要承擔地方官府的各種苛捐雜稅，稍不注意就是破產的下場，這是何等的不公平！
對於高拱的看法，朱載坖表示了支持，這幫放高利貸的，確實應當予以嚴懲，他們獲取厚利，無一分一厘之稅，百姓受其盤剝，官府枉受罵名，這確實是極為操蛋的事情。
太祖皇帝對商稅的祖訓也就隻有一條，就是：凡商稅三十而取一，過者以違令論。
大明的商稅是很低的，據馬森統計，隆慶二年大明的商稅稅額是三十七萬兩，還不及鹽稅的三分之一。而且大明的商稅很多時候是定額商稅，之前方鈍擔任戶部尚書的時候就曾經指出過這種定額商稅的弊端，方鈍認為：“地有盛衰，物有盈歉。而商稅之征，率皆定額。 是使其或盈也，奸黠得以侵欺；其歉也，良善困於補納。”
這種定額商稅會使得官員有上下其手，結夥貪汙的可能性。而對於對於商人來說，也並不公平。因為大明的商稅很大程度上是地方官府來征收的，並不在上繳朝廷的起運中，這就給了地方官府以可乘之機。
商稅怎麽征，征多少，很多時候並不取決於朝廷，而是地方的州縣官員們一言而決，商稅征的多不多，主要是看地方官府的長官黑不黑了，說大明商稅少的，其實是指真正能夠進入太倉的商稅少，對於商人們來說，他們可並不覺得商稅少。
現在的商人，一般分為兩大類， 一類是從事商品販運的行商，即所謂的“行資”商人 一類是坐地經營的坐賈，即所謂的“居鬻”商人。
對於這兩種商人，大明朝廷有不同的辦法征收稅收，對於行商，大明規定，凡商賈欲販貨於四方者，必先赴所司起關券。所謂關券，就和百姓路引一樣，實際上是允許行商販運商品的營業許可證明。具有營業執照的性質。其上要注明行商的姓名、籍貫、年貌、經營範圍、資產狀況、販運地點等。要想取得這個關券，就得向地方州縣繳納一筆錢，至於這個錢有多少，就完全看官吏的良心了。
取得關券的商人，可以販運商品到異地銷售，路途所經鈔關需主動申報販運商品數量，繳納一定的關稅。販運商品到達銷售地，商人並不能徑自將商品在市場上銷售，而必須按規定將商品存入塌房、官店，交納塌房稅和免牙錢，獲得地方官府開給的納稅票據後，方能進入市場交易。
對於行商有嚴格的課稅章程，坐商一樣不能幸免。在城鎮經營店肆門攤的坐賈，欲定居城鎮開店也須向官府申請占籍，並且繳納一定的占籍錢之後，才能夠被準允營業，否則被視為無籍之徒，隨時有被驅逐的危險。
除此之外，還要承擔兩種商稅，一為商品交易稅按商 品價格合計交易額，三十稅一。這個就是太祖皇帝的規定的商稅稅率。
除此之外，還有一件就是市肆門攤稅，這個稅收到底征多少，怎麽征，也是完全看地方官府的心情的。對於朝廷來說，這些商稅都是和朝廷或者和太倉無關的，真正能夠進入太倉的，主要是鈔關的稅收。
大明在各處水路要道設置鈔關，向過往的商人收取商稅，以河西務、臨清、滸墅、九江、杭州、 淮安、揚州七處為常設的鈔關，商船到關後，先要填寫船單，寫明運載貨物的品種、數量、船隻式樣、納稅數目，完成納稅手續後，由鈔關發給稅票，方能過關。鈔關的稅收才是能夠進入太倉的稅收。
對於鈔關，大明也是十分重視，所有的鈔關都是直接歸戶部管理，由戶部派出主事負責管理鈔關，而且還有巡關禦史，加以巡察。各鈔關所在地方官府需派通判、同知之類的佐貳官一員，每日赴關監督收稅，並監督稅官將所收銀兩傾煎成錠，送庫收貯。
所以並非是大明的商稅低，而是大明的能夠解運到太倉的商稅太少。其實曆代朝廷都有很多有識之士提出這個問題，商稅解運太少，與大明的實際情況完全不符合，大量的商人依附於官僚貴戚，借以逃避朝廷課稅。
朝廷為了打擊偷逃稅款，隻有更加頻繁的設立鈔關，要求地方官府從嚴征繳稅收，但是不少臣子認為：生財本自有道，取民在於有製，人君不患財用之不足，而患用財之不節，取民之無製也。
朱載坖就此事和張居正等重臣商量，眼下大明的商稅確實是一團亂麻，地方官府、朝廷戶部、士紳貴戚，這裏麵的關係錯綜複雜，一時半會很難理清。
張居正是反對立即加征商稅的，張居正說道：“陛下，商通有無，農力本穡。商不得通有無以利農，則農病； 農不得力本穡以資商，則商病，故商農之勢常若權衡然。故臣以為，欲物力不屈，則莫若省征發以厚農而資商，欲民不困，則莫若輕關市以厚商而利農。”
但是高拱的看法則正好與張居正相反，高拱認為應該加重征收商稅，他對朱載坖說道：“陛下，征稅之法，當稅富民，不當稅貧民，蓋取之富商者，不過割其羨餘，征之微末者，則如朘其膏脂。商賈之中有開設典當者，但取子母，無賦役之煩、舟車之 榷、江湖之險，此宜重稅，反以厚賄而得輕。至於小民負擔之微，市餅、賣漿、豨毛、牛骨，終日經營不過銖兩，反以輸納而得重。此甚非平也!”
高拱認為對於這些放高利貸的，要想辦法科以重稅，因為他們利潤豐厚，甚少納稅，而對於一般的升鬥小民，他們小本經營，僅僅是糊口而已，卻要承擔地方官府的各種苛捐雜稅，稍不注意就是破產的下場，這是何等的不公平！
對於高拱的看法，朱載坖表示了支持，這幫放高利貸的，確實應當予以嚴懲，他們獲取厚利，無一分一厘之稅，百姓受其盤剝，官府枉受罵名，這確實是極為操蛋的事情。