數碼寶貝世界其實就是人類電腦網絡世界，由主機（神）、服務器大陸，和數據之海構成。人類社會的負麵情緒傳向數碼社會，形成了數碼世界的黑暗領域和病毒，也催生了疫苗的出現。從此，數碼寶貝世界出現了數據、病毒和疫苗三種屬性的出現，這三種屬性數碼寶貝的自我進化和對抗，形成了這個世界的基本矛盾。數碼世界的第一個矛盾：不同屬性間相互的進化與對抗
由於數碼寶貝世界的基本矛盾，第一次戰爭爆發了，勝利的一方獲得了進化的權利，失敗一方將所有負麵情緒和黑暗力量封印在了防火牆一側，從此數碼世界分成了光明和黑暗兩個隔絕的部分，黑暗一直在試圖進攻光明。數碼世界的第二個矛盾：光明vs黑暗
勝利者的日子也不好過，光明一麵的數碼寶貝自我繁衍，服務器不堪重負，主機之一的世界樹開始指示手下的皇家騎士團清理多餘的數據。數碼寶貝世界冗餘的情況和世界樹破壞平衡的行為引發了另一台主機帝厲魔的關注。兩台主機一起開始了激進的清理行為。
這一行為引發了數碼寶貝的不滿，終於，數碼寶貝們開始反抗，艱苦卓絕的鬥爭後，世界樹輸了，另一台主機恆常性接管數碼寶貝世界恆常性接管後，沒有直接介入數碼寶貝世界的管理。於是，鬥爭獲勝的數碼寶貝們開始自我管理這個世界。獸類數碼寶貝的代表四聖獸接管大陸，人型數碼寶貝六翅獸管理人形世界天空。因為爭奪生存權，人獸大戰爆發，人類獲勝，六翅獸封印了黃龍獸，四聖獸退守大陸，六翅獸統治數碼世界，冊封究級天使獸、神聖天女獸和基路比獸三位協助管理世界。
但是，六翅獸隨著世界推移開始墮落，引發了十鬥士的反叛，苦戰之後，六翅獸被封印，三大天使接管世界。但是，三大天使間的狗血三角戀引發了動亂，陸地上的四聖獸也各自為戰內亂不止，神聖天女受召喚十鬥士之魂平定了基路比獸，但數碼世界陷入一片動亂中，黑暗勢力全麵入侵。
黑暗之王啟示錄獸慫恿黑暗四天王封印了四聖獸統治陸地，黑化的基露比獸統治天空。為了數碼世界失衡引發帝厲魔的清洗，主機恆常性出手拯救數碼世界。無意中落入人類世界的數碼蛋無意中的進化讓恆常性意識到可以利用人類的力量幫助數碼世界(劇場版滾球獸的誕生)，於是開始製造徽章和神聖計劃。雖然這個過程被黑暗四天王打斷，黑暗勢力也趁機統治了大陸，但恆常性還是艱難的選出了被選召的孩子，並指引他們打敗了黑暗勢力，解放了大陸上的統治和天空中的統治。
盡管打敗了黑暗勢力入侵,但是光明和黑暗的矛盾依舊存在，更糟糕的是，封印黑暗勢力的防火牆越來越脆弱，加之千年獸不斷穿梭時空引發動亂，主機恆常性不得以召喚了遠古主機世界樹時代的皇家騎士團，並不斷召喚孩子們幫助數碼寶貝世界對抗黑暗勢力和帝厲魔，努力維護數碼世界的和平與穩定。
人類終於意識到了數碼世界的問題，開始製造了人工智能主機蓋亞方舟……然而…
世界樹再一次蘇醒了，麵對在他沉睡時崛起的新主機恆常性，世界樹十分不滿。同時，他發現，一個計算之外的變數：緬銦貓獸誕生了，而這個本不該出生的數碼獸成了毀滅恆常性世界的機會。因此，他利用被宣召的孩子姬川，誘騙八神太一等人對恆常性進行了重啟，黑化了恆常性代言人玄內，讓他去刺激緬銦貓獸狂化超特急，數碼寶貝世界的危機再次降臨…
啟示錄獸的碎片孕育出了緬因貓獸這個本來不該出現的異類。緬因貓獸至此成為數碼世界平衡數碼世界固有矛盾——光明與黑暗的“天平”，恆常性為了保證天平的穩定，為緬因貓獸找到了搭檔望月芽心。然而，在世界樹的操縱下，緬因貓獸暴走並墮入黑暗，危害整個數碼世界和人類世界，第一部中被選召的八個孩子以及望月芽心對此無能為力。恆常性因此舍棄了被選召的孩子，直接派出傑斯獸清除失衡天平緬因貓……
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由於數碼寶貝世界的基本矛盾，第一次戰爭爆發了，勝利的一方獲得了進化的權利，失敗一方將所有負麵情緒和黑暗力量封印在了防火牆一側，從此數碼世界分成了光明和黑暗兩個隔絕的部分，黑暗一直在試圖進攻光明。數碼世界的第二個矛盾：光明vs黑暗
勝利者的日子也不好過，光明一麵的數碼寶貝自我繁衍，服務器不堪重負，主機之一的世界樹開始指示手下的皇家騎士團清理多餘的數據。數碼寶貝世界冗餘的情況和世界樹破壞平衡的行為引發了另一台主機帝厲魔的關注。兩台主機一起開始了激進的清理行為。
這一行為引發了數碼寶貝的不滿，終於，數碼寶貝們開始反抗，艱苦卓絕的鬥爭後，世界樹輸了，另一台主機恆常性接管數碼寶貝世界恆常性接管後，沒有直接介入數碼寶貝世界的管理。於是，鬥爭獲勝的數碼寶貝們開始自我管理這個世界。獸類數碼寶貝的代表四聖獸接管大陸，人型數碼寶貝六翅獸管理人形世界天空。因為爭奪生存權，人獸大戰爆發，人類獲勝，六翅獸封印了黃龍獸，四聖獸退守大陸，六翅獸統治數碼世界，冊封究級天使獸、神聖天女獸和基路比獸三位協助管理世界。
但是，六翅獸隨著世界推移開始墮落，引發了十鬥士的反叛，苦戰之後，六翅獸被封印，三大天使接管世界。但是，三大天使間的狗血三角戀引發了動亂，陸地上的四聖獸也各自為戰內亂不止，神聖天女受召喚十鬥士之魂平定了基路比獸，但數碼世界陷入一片動亂中，黑暗勢力全麵入侵。
黑暗之王啟示錄獸慫恿黑暗四天王封印了四聖獸統治陸地，黑化的基露比獸統治天空。為了數碼世界失衡引發帝厲魔的清洗，主機恆常性出手拯救數碼世界。無意中落入人類世界的數碼蛋無意中的進化讓恆常性意識到可以利用人類的力量幫助數碼世界(劇場版滾球獸的誕生)，於是開始製造徽章和神聖計劃。雖然這個過程被黑暗四天王打斷，黑暗勢力也趁機統治了大陸，但恆常性還是艱難的選出了被選召的孩子，並指引他們打敗了黑暗勢力，解放了大陸上的統治和天空中的統治。
盡管打敗了黑暗勢力入侵,但是光明和黑暗的矛盾依舊存在，更糟糕的是，封印黑暗勢力的防火牆越來越脆弱，加之千年獸不斷穿梭時空引發動亂，主機恆常性不得以召喚了遠古主機世界樹時代的皇家騎士團，並不斷召喚孩子們幫助數碼寶貝世界對抗黑暗勢力和帝厲魔，努力維護數碼世界的和平與穩定。
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