結果和崇禎皇帝預料的差不多，還別說崇禎皇帝這人大智慧沒有，小聰明從來不缺，他這一招的確拆散了關寧軍，導致關寧軍的指揮權由原本祖大壽一人到了祖大壽和吳襄兩人手中。
而且更重要的一點，那就是關寧軍中最強悍的關寧鐵騎落到了吳襄手裏，吳襄直接任命自己的兒子吳三桂作為關寧鐵騎的實際統兵將領，並有了守備之職。
說起吳三桂，這一次己巳之變吳三桂就在關寧軍中，祖大壽的妹妹是吳襄的續弦，從這點來說吳三桂喊祖大壽一聲舅舅絕對沒有問題。雖然不是親外甥，但祖大壽對吳三桂很好，不僅帶著年輕的吳三桂上戰場，並讓他跟隨自己左右，還讓他在關寧鐵騎中擔任前鋒委以重任。
吳三桂也不負年少英雄，他在遼東將門中的名氣不小，被許多人視為年輕一代最為傑出少年將領。
所以當吳襄成了遼東總兵，又把兒子任命為關寧鐵騎的實際統兵將領時，祖大壽絲毫沒有反對，反而幫他在關寧鐵騎中站穩腳跟，幫助良多。
在處理完祖大壽和關寧軍後，崇禎皇帝就迫不及待向袁崇煥動手了。
現在皇太極的八旗兵已經返迴遼東，祖大壽和關寧軍的問題也處置了，京畿之地戰火已經平息，崇禎皇帝可以肆無忌憚地做自己早就要做的事，朝袁崇煥下手。
對袁崇煥，崇禎皇帝已經是狠到了骨子裏，如果不殺掉袁崇煥，那麽自己這個皇帝就沒了絲毫威望，更會被天下人所恥笑。
而且因為皇太極帶兵來攻，前後好幾個月讓整個北直隸到處都是戰火，京畿之地損失更是慘重，京師附近的好些地方被八旗兵掠奪燒殺，百姓們對建奴是恨之入骨，所以在大家看來，造成這一切的罪魁禍首正是前薊遼督師袁崇煥，袁崇煥不僅是無能，而且還是國賊，如果不是他，建奴怎麽會打到大明腹地？大明百姓又怎麽會家破人亡落到如此下場？
麵對這一係列的指控，袁崇煥對許多問題根本無法解釋，尤其是朝廷中有人又一次把他擅殺毛文龍的事也拿出來說，這讓袁崇煥也沒辦法狡辯。
袁崇煥知道自己做了不少錯事，也因為這樣那樣的原因造成了一些無法挽迴的後果。可袁崇煥心裏也委屈，因為他從來沒有背叛大明的想法，而他所做的一些僅僅隻是為了遼東戰局整體著想，隻是過於急躁，能力不足，沒有做好罷了。
至於引建奴入侵大明這個罪名，袁崇煥更是矢口否認，他當場提出自己早在皇太極入侵大明之前就向朝廷指出薊州到遵化一線的問題，並且警告過朝廷建奴可能會通過這個薄弱區域進攻大明，還建議朝廷在遵化增設團練總兵，以防備建奴由蒙古南下。
結果也和袁崇煥預料的差不多，皇太極正是從這個地方打開缺口攻進大明的。如果當時朝廷能夠重視袁崇煥的提醒，提前做好安排的話，根本不會有後來的事發生。至於之後他帶著關寧軍先一步建奴來到京師更和引路沒半毛錢關係，因為他得知皇太極的八旗兵進軍速度極快，已經朝京師趕來了，為救援京師他這才拚命趕路先一步抵達，目的是要趕在皇太極抵達京師前攔住對方，做好京師防禦，如果這也算錯，他袁崇煥死也不服，打仗情況千變萬化，自己作為統帥必須先確保京師安全，難道早敵人前一步抵達京師就是罪過？
雖然袁崇煥的反駁有幾分道理，可這個時候任憑袁崇煥如何都已沒有用處了。因為最根本的原因在於崇禎皇帝要殺袁崇煥，袁崇煥是真的冤枉還是假的冤枉已經不重要了，己巳之變的起因是因為袁崇煥作為薊遼督師沒能防禦住建奴，給建奴有機可乘，僅此一點，袁崇煥就算不得冤枉。
如同走程序一般的三法司會審很快結束，朝廷最終以謀判罪判處袁崇煥死刑。
不過這個結果崇禎皇帝並不滿意，直接給與駁迴。
三法司的官員馬上領會了崇禎皇帝的想法，改判袁崇煥謀反大逆罪判處淩遲，這一次崇禎皇帝還是不滿意，繼續駁迴。
這一下就讓三法司為難了，大家都知道崇禎皇帝要殺袁崇煥的決心，可現在都已經從處斬判為淩遲了，崇禎皇帝怎麽還不滿意呢？這淩遲已是最嚴厲的罪罰，朝廷沒有比淩遲更嚴了，這如何是好？
這時候，有一個官員提議道，是不是因為罪名的緣故讓皇帝不滿意呀？這句話一出大家眼前都是一亮，頓時茅塞頓開，一拍大腿恍然大悟。
過了幾日，三法司再一次做出了判決，除了之前的罪名外，還有“市米資盜”“謀款斬帥”“縱奴入犯”“頓兵不戰”“遣散援兵”“潛攜喇嘛”“堅請入城”等罪狀及淩遲的判決遞交給崇禎皇帝。
看到這個結果，崇禎皇帝這才表示滿意，第二日早朝，他拿出三法司的判決結果向百官宣告，百官聽後都表示讚同處置袁崇煥，就此崇禎皇帝點名讓刑部侍郎塗國鼎出宮監刑，同時下旨袁崇煥的其兄弟妻子流放二千裏。
當日下午，西市行刑，被漁網綁著的袁崇煥由劊子手進行淩遲之刑，此刑可謂殘酷之極，袁崇煥被足足割了足足3543刀，不過這個刀數是淩遲之數，實際上袁崇煥從行刑開始到咽氣隻有小半日的時間，所割大約也就幾百刀而已，至於後麵的三千多刀完全就是補數了。因為京師的百姓對袁崇煥的痛恨，無數百姓自願花錢要買袁崇煥的血肉，其肉價居然賣到了一錢銀子一條，拿到手後就放進嘴裏大嚼，邊嚼邊痛罵不已。
可憐當年春風得意手握大權的薊遼督師袁崇煥，幾乎被割成了骨頭架子，血肉全被百姓給搶食一空，落到如此悲慘下場。
如果袁崇煥知道自己會是這樣下場，他會不會臨死前後悔擅殺了毛文龍？又或則後悔沒有聽孫元化的建議不帶兵救援京師，而是趁皇太極入長城後反道而行，直接進攻遼東呢？
不過這些都已經是過去了，也許他死前後悔過，也許已來不及後悔，隨著袁崇煥的死，己巳之變也算徹底平息，大明似乎也漸漸恢複了以前的平靜。
袁崇煥死後，他在寧遠的妾阮氏、兩名幼女、族侄袁兆晰以及十五名家仆被流放，老家的老母因為年齡大免流放、其妻投水殉死，其他親屬被流放福建邵武，亦不知所終。
不過有一人卻是例外，這人就是袁崇煥的弟弟袁崇煜。
袁崇煜這家夥在遼東聽到自己兄長被下獄的消息頓時感覺不妙，沒過多久這小子就做了一個決定，就是跑路。
對於自己這個兄長，袁崇煜雖然是有感情的，可感情再深也敵不過自己的性命。作為袁崇煥的白手套和代理人，袁崇煜太清楚這些年靠著自己哥哥袁崇煥的背景做了什麽事了，別說其他，僅僅偷賣軍糧給建奴，光這一件事就夠要自己腦袋了。
袁崇煥在位，一切都沒問題，袁崇煥自然可以護得住他。可現在袁崇煥本人都被皇帝下獄了，一旦查出來這些破事，自己有十個腦袋都不夠砍的。
常言說的好，夫妻本是同林鳥，大難臨頭各自飛，更何況是兄弟呢。察覺到情況不妙的袁崇煜二話不說，趁人不注意直接就給袁崇煥來了個卷包會，把袁崇煥的財產大部分全卷走了，帶著自己多年賺來的銀子直接出海，從此再也沒了下落。
有人說袁崇煜去了遼東投靠了皇太極，也有人說袁崇煜出海後掉頭南下，跑到老家廣東那邊找了個地方藏匿了起來，還有人說袁崇煜是去了海外，改姓換名去了呂宋，甚至還有傳聞袁崇煜所坐的船遭遇了風浪，連人帶船沉入海底……。
林林種種，誰也不知道究竟那個是真那個是假。反正自袁崇煜失蹤後就再也沒人見過他，更不知道他去了哪裏。
袁崇煥死後，孫承宗作為新的薊遼督師重整遼東防線，意圖按照他的戰略部署恢複之前遼東防務，避免建奴再來進攻大明。
不過孫承宗雖然有威望，也有能力，可惜現在的皇帝不是他當年的弟子天啟，而是崇禎。
和天啟皇帝相比，崇禎皇帝無論能力還是魄力都遠不如，更重要的一點天啟皇帝在位的時候手中有一個大殺器就是魏忠賢，依靠魏忠賢天啟皇帝不僅能掌控住朝野的力量，更能弄到足夠的軍費，而崇禎皇帝在殺掉魏忠賢後對誰都不信任，親自上陣事事要管，卻事事管不好，還時常被文官集團所糊弄，至於軍費就更不說了，現在大明的財政已在崩潰邊緣，崇禎皇帝根本就弄不到什麽錢，自然也拿不出足夠的軍費給孫承宗了。
在這種情況下，孫承宗再能幹也沒用，巧婦難為無米之炊，沒錢他能做什麽？在皇太極退兵之後，孫承宗一方麵調整關寧軍各部，另一方麵親自巡視遼東防務，這一視察下來發現了很多問題，為解決這些迫在眉睫的問題孫承宗給崇禎皇帝上了奏折，提出了八項條陳，並且希望朝廷能盡快撥款六十萬兩銀子給他重整遼東軍備。
可是崇禎皇帝看到這些條陳後僅僅隻是做了普通的批示，並且安撫孫承宗盡心辦事，至於銀子一兩都沒有，這樣一毛不拔的態度讓孫承宗直接無語。
而且更重要的一點，那就是關寧軍中最強悍的關寧鐵騎落到了吳襄手裏，吳襄直接任命自己的兒子吳三桂作為關寧鐵騎的實際統兵將領，並有了守備之職。
說起吳三桂，這一次己巳之變吳三桂就在關寧軍中，祖大壽的妹妹是吳襄的續弦，從這點來說吳三桂喊祖大壽一聲舅舅絕對沒有問題。雖然不是親外甥，但祖大壽對吳三桂很好，不僅帶著年輕的吳三桂上戰場，並讓他跟隨自己左右，還讓他在關寧鐵騎中擔任前鋒委以重任。
吳三桂也不負年少英雄，他在遼東將門中的名氣不小，被許多人視為年輕一代最為傑出少年將領。
所以當吳襄成了遼東總兵，又把兒子任命為關寧鐵騎的實際統兵將領時，祖大壽絲毫沒有反對，反而幫他在關寧鐵騎中站穩腳跟，幫助良多。
在處理完祖大壽和關寧軍後，崇禎皇帝就迫不及待向袁崇煥動手了。
現在皇太極的八旗兵已經返迴遼東，祖大壽和關寧軍的問題也處置了，京畿之地戰火已經平息，崇禎皇帝可以肆無忌憚地做自己早就要做的事，朝袁崇煥下手。
對袁崇煥，崇禎皇帝已經是狠到了骨子裏，如果不殺掉袁崇煥，那麽自己這個皇帝就沒了絲毫威望，更會被天下人所恥笑。
而且因為皇太極帶兵來攻，前後好幾個月讓整個北直隸到處都是戰火，京畿之地損失更是慘重，京師附近的好些地方被八旗兵掠奪燒殺，百姓們對建奴是恨之入骨，所以在大家看來，造成這一切的罪魁禍首正是前薊遼督師袁崇煥，袁崇煥不僅是無能，而且還是國賊，如果不是他，建奴怎麽會打到大明腹地？大明百姓又怎麽會家破人亡落到如此下場？
麵對這一係列的指控，袁崇煥對許多問題根本無法解釋，尤其是朝廷中有人又一次把他擅殺毛文龍的事也拿出來說，這讓袁崇煥也沒辦法狡辯。
袁崇煥知道自己做了不少錯事，也因為這樣那樣的原因造成了一些無法挽迴的後果。可袁崇煥心裏也委屈，因為他從來沒有背叛大明的想法，而他所做的一些僅僅隻是為了遼東戰局整體著想，隻是過於急躁，能力不足，沒有做好罷了。
至於引建奴入侵大明這個罪名，袁崇煥更是矢口否認，他當場提出自己早在皇太極入侵大明之前就向朝廷指出薊州到遵化一線的問題，並且警告過朝廷建奴可能會通過這個薄弱區域進攻大明，還建議朝廷在遵化增設團練總兵，以防備建奴由蒙古南下。
結果也和袁崇煥預料的差不多，皇太極正是從這個地方打開缺口攻進大明的。如果當時朝廷能夠重視袁崇煥的提醒，提前做好安排的話，根本不會有後來的事發生。至於之後他帶著關寧軍先一步建奴來到京師更和引路沒半毛錢關係，因為他得知皇太極的八旗兵進軍速度極快，已經朝京師趕來了，為救援京師他這才拚命趕路先一步抵達，目的是要趕在皇太極抵達京師前攔住對方，做好京師防禦，如果這也算錯，他袁崇煥死也不服，打仗情況千變萬化，自己作為統帥必須先確保京師安全，難道早敵人前一步抵達京師就是罪過？
雖然袁崇煥的反駁有幾分道理，可這個時候任憑袁崇煥如何都已沒有用處了。因為最根本的原因在於崇禎皇帝要殺袁崇煥，袁崇煥是真的冤枉還是假的冤枉已經不重要了，己巳之變的起因是因為袁崇煥作為薊遼督師沒能防禦住建奴，給建奴有機可乘，僅此一點，袁崇煥就算不得冤枉。
如同走程序一般的三法司會審很快結束，朝廷最終以謀判罪判處袁崇煥死刑。
不過這個結果崇禎皇帝並不滿意，直接給與駁迴。
三法司的官員馬上領會了崇禎皇帝的想法，改判袁崇煥謀反大逆罪判處淩遲，這一次崇禎皇帝還是不滿意，繼續駁迴。
這一下就讓三法司為難了，大家都知道崇禎皇帝要殺袁崇煥的決心，可現在都已經從處斬判為淩遲了，崇禎皇帝怎麽還不滿意呢？這淩遲已是最嚴厲的罪罰，朝廷沒有比淩遲更嚴了，這如何是好？
這時候，有一個官員提議道，是不是因為罪名的緣故讓皇帝不滿意呀？這句話一出大家眼前都是一亮，頓時茅塞頓開，一拍大腿恍然大悟。
過了幾日，三法司再一次做出了判決，除了之前的罪名外，還有“市米資盜”“謀款斬帥”“縱奴入犯”“頓兵不戰”“遣散援兵”“潛攜喇嘛”“堅請入城”等罪狀及淩遲的判決遞交給崇禎皇帝。
看到這個結果，崇禎皇帝這才表示滿意，第二日早朝，他拿出三法司的判決結果向百官宣告，百官聽後都表示讚同處置袁崇煥，就此崇禎皇帝點名讓刑部侍郎塗國鼎出宮監刑，同時下旨袁崇煥的其兄弟妻子流放二千裏。
當日下午，西市行刑，被漁網綁著的袁崇煥由劊子手進行淩遲之刑，此刑可謂殘酷之極，袁崇煥被足足割了足足3543刀，不過這個刀數是淩遲之數，實際上袁崇煥從行刑開始到咽氣隻有小半日的時間，所割大約也就幾百刀而已，至於後麵的三千多刀完全就是補數了。因為京師的百姓對袁崇煥的痛恨，無數百姓自願花錢要買袁崇煥的血肉，其肉價居然賣到了一錢銀子一條，拿到手後就放進嘴裏大嚼，邊嚼邊痛罵不已。
可憐當年春風得意手握大權的薊遼督師袁崇煥，幾乎被割成了骨頭架子，血肉全被百姓給搶食一空，落到如此悲慘下場。
如果袁崇煥知道自己會是這樣下場，他會不會臨死前後悔擅殺了毛文龍？又或則後悔沒有聽孫元化的建議不帶兵救援京師，而是趁皇太極入長城後反道而行，直接進攻遼東呢？
不過這些都已經是過去了，也許他死前後悔過，也許已來不及後悔，隨著袁崇煥的死，己巳之變也算徹底平息，大明似乎也漸漸恢複了以前的平靜。
袁崇煥死後，他在寧遠的妾阮氏、兩名幼女、族侄袁兆晰以及十五名家仆被流放，老家的老母因為年齡大免流放、其妻投水殉死，其他親屬被流放福建邵武，亦不知所終。
不過有一人卻是例外，這人就是袁崇煥的弟弟袁崇煜。
袁崇煜這家夥在遼東聽到自己兄長被下獄的消息頓時感覺不妙，沒過多久這小子就做了一個決定，就是跑路。
對於自己這個兄長，袁崇煜雖然是有感情的，可感情再深也敵不過自己的性命。作為袁崇煥的白手套和代理人，袁崇煜太清楚這些年靠著自己哥哥袁崇煥的背景做了什麽事了，別說其他，僅僅偷賣軍糧給建奴，光這一件事就夠要自己腦袋了。
袁崇煥在位，一切都沒問題，袁崇煥自然可以護得住他。可現在袁崇煥本人都被皇帝下獄了，一旦查出來這些破事，自己有十個腦袋都不夠砍的。
常言說的好，夫妻本是同林鳥，大難臨頭各自飛，更何況是兄弟呢。察覺到情況不妙的袁崇煜二話不說，趁人不注意直接就給袁崇煥來了個卷包會，把袁崇煥的財產大部分全卷走了，帶著自己多年賺來的銀子直接出海，從此再也沒了下落。
有人說袁崇煜去了遼東投靠了皇太極，也有人說袁崇煜出海後掉頭南下，跑到老家廣東那邊找了個地方藏匿了起來，還有人說袁崇煜是去了海外，改姓換名去了呂宋，甚至還有傳聞袁崇煜所坐的船遭遇了風浪，連人帶船沉入海底……。
林林種種，誰也不知道究竟那個是真那個是假。反正自袁崇煜失蹤後就再也沒人見過他，更不知道他去了哪裏。
袁崇煥死後，孫承宗作為新的薊遼督師重整遼東防線，意圖按照他的戰略部署恢複之前遼東防務，避免建奴再來進攻大明。
不過孫承宗雖然有威望，也有能力，可惜現在的皇帝不是他當年的弟子天啟，而是崇禎。
和天啟皇帝相比，崇禎皇帝無論能力還是魄力都遠不如，更重要的一點天啟皇帝在位的時候手中有一個大殺器就是魏忠賢，依靠魏忠賢天啟皇帝不僅能掌控住朝野的力量，更能弄到足夠的軍費，而崇禎皇帝在殺掉魏忠賢後對誰都不信任，親自上陣事事要管，卻事事管不好，還時常被文官集團所糊弄，至於軍費就更不說了，現在大明的財政已在崩潰邊緣，崇禎皇帝根本就弄不到什麽錢，自然也拿不出足夠的軍費給孫承宗了。
在這種情況下，孫承宗再能幹也沒用，巧婦難為無米之炊，沒錢他能做什麽？在皇太極退兵之後，孫承宗一方麵調整關寧軍各部，另一方麵親自巡視遼東防務，這一視察下來發現了很多問題，為解決這些迫在眉睫的問題孫承宗給崇禎皇帝上了奏折，提出了八項條陳，並且希望朝廷能盡快撥款六十萬兩銀子給他重整遼東軍備。
可是崇禎皇帝看到這些條陳後僅僅隻是做了普通的批示，並且安撫孫承宗盡心辦事，至於銀子一兩都沒有，這樣一毛不拔的態度讓孫承宗直接無語。