崔呈秀罷官倒台後，崇禎皇帝就開始對魏忠賢下手了。
十月初，陸澄源、錢元愨、錢嘉征等陸續彈劾彈劾魏忠賢罪狀，言辭極為激烈，列舉了“並帝”“蔑後”“弄兵”“無二祖列宗”“克削藩封”“無聖”“濫爵”“掩邊功”“朘民”“通同關節”十條“滔天之罪”，要換在以前魏忠賢根本就不擔心這些，因為他背後站著的是天啟皇帝。可現在崇禎皇帝不僅沒有訓斥陸澄源、錢元愨、錢嘉征等人，反而拿著他們的彈劾斥問魏忠賢，這讓魏忠賢惶恐不安。
為了保住自己，魏忠賢在崇禎皇帝麵前痛哭流涕，大喊冤枉，說自己根本沒有做這些事，完全是他們的汙蔑。可崇禎皇帝絲毫不為動，朝會讓人當著魏忠賢的麵宣讀這些彈劾奏折，這一態度讓魏忠賢“震恐喪魄”，再一次提出辭職。
這一次崇禎皇帝沒再挽留，直接答應了魏忠賢辭職的請求，順手也批準了徐應元養病。
說起徐應元，按理說他是崇禎皇帝的人，因為他和王承恩一樣都是信王府的老人。
崇禎皇帝繼位後，把徐應元和王承恩都放到了司禮監，其目的是為了分魏忠賢手裏的權，替自己做事。
可看不清局勢的徐應元是個徹頭徹尾的草包，到了司禮監非但沒有和魏忠賢爭奪權利，反而依附起魏忠賢來。或許是崇禎皇帝對魏忠賢的態度不僅蒙蔽的魏忠賢本人，就連徐應元也給騙了，自以為崇禎皇帝會和天啟皇帝一樣寵信魏忠賢呢，屁顛顛地直接靠了過去。
這才過了多久，局勢就發生了變化，崇禎皇帝開始出手對付魏忠賢，徐應元這才恍然大悟明白了一切。可此時再後悔已經晚了，隨著魏忠賢的辭職被批準，徐應元忐忑不安中向崇禎皇帝提出自己身體不好得了重病，需要休養，無法再勝任司禮監的職務。
看在信王府服侍自己多年的份上，崇禎皇帝還是放了徐應元一馬，同意了他養病的請求，隨後把司禮監的職務給了剛從南京迴來的曹化淳。
逼迫魏忠賢辭職後，崇禎皇帝乘勝追擊，僅過一個月不到就正式下旨將魏忠賢之罪昭告於世，貶魏忠賢至鳳陽祖陵管理香火，客氏送至浣衣局收管。
就此，權勢滔天的九千九百歲魏忠賢魏公公徹底倒台，旨意下達後，魏忠賢帶著隨從離京，離京之日魏忠賢心情複雜，迴頭眺望京師，不由得黯然淚下。
離開京師，魏忠賢一路南下，朝著鳳陽而去。三日後行至阜城，突然就有錦衣衛快馬由京師趕來，帶來了崇禎皇帝抓捕魏忠賢的旨意。
旨意中說魏忠賢“將素畜亡命之徒，身帶兇刃，不勝其數，環擁隨護，勢若叛然”為由，下令將其逮捕至京。
聽到這個消息，魏忠賢麵如死灰，明白崇禎皇帝這是要自己去死，沒有給他留半點餘地，自己一旦迴京必死無疑。
當日，魏忠賢和其黨羽李朝欽兩人痛飲一番後雙雙自縊，隨著魏忠賢這麽一死，天啟皇帝在位時威風八麵的閹黨就落下了帷幕，崇禎皇帝登基才三個月不到就弄死了哥哥留給他的親信，把這把天下對付文官集團最鋒銳的刀自毀，卻不知其作為埋下的帝國崩塌的隱患，而暗暗自得。
魏忠賢自殺的消息傳來，崇禎皇帝立即就讓人去浣衣局處死了客氏，接著下旨奪去魏良卿的寧國公爵位，再以謀反之罪名抓捕，明正典刑要殺掉魏良卿。
魏良卿被抓後還一臉茫然，他根本就不知道發生了什麽事。等關進天牢，有人告訴他自己叔叔魏忠賢已經自殺，崇禎皇帝現在要對他下手，還給他扣了謀反的罪名準備砍他腦袋時，魏良卿嚇得瑟瑟發抖，更是大喊冤枉。
明正典刑一日，魏良卿五花大綁被押上刑場，即將行刑時魏良卿哭喊叫嚷道：“我就是一個種地的普通農民，原本在老家呆的好好的，雖然臉朝黃土背朝天辛苦，但日子也能勉強過去。”
“因為自己叔叔魏忠賢的緣故，突然天上降下富貴，從家鄉被接來了京師。在京師這些年自己沒做過什麽壞事啊，安安穩穩在家呆著，無非就是吃好點喝好點，又睡了幾個漂亮女人罷了。何況這些富貴從來不是自己要的，而是你們硬塞給我的。”
“就拿自己這個寧國公來說吧，自己從沒想過當什麽國公，完全是你崇禎皇帝強行封的我。你昨天給我爵位，把我捧上天去，今天突然說我謀反？不僅奪了剛封的國公之爵，還要砍我腦袋，做人不能這樣啊！要實誠啊！就算皇帝伱也要講道理，沒你這麽幹的，我實在是冤枉啊……！”
可再喊冤也是無濟於事，魏良卿就這樣被砍了腦袋。
魏良卿伏誅後，崇禎皇帝大獲全勝，隨著閹黨的倒台一時間滿朝都是稱頌馬屁之聲，文官們評論崇禎皇帝英明神武，是大明開國以來難得的英主，更評論崇禎皇帝誅殺魏忠賢此舉“不動聲色，潛移默奪，非天縱英武，何以有此”。
登基不到三月，就扳倒了權勢滔天的魏忠賢，大獲全勝的崇禎皇帝在一陣吹捧聲中洋洋得意，自覺得當皇帝似乎也沒什麽難的，自己天生就是當皇帝的料。
要不是自己比哥哥天啟皇帝年幼幾歲，兄弟中又排名老五的話，假如把自己換成天啟皇帝當年就當了皇帝，這大明恐怕在自己手裏就興盛起來了，更不會發生什麽閹黨禍國殃民的事。
現在魏忠賢已經伏誅，接下來就是清除閹黨餘孽，一掃朝堂了。
年輕的崇禎皇帝此時此刻已被東林黨和文官吹捧的暈暈乎乎，決定做出一番事業來，當一個堪比太祖、成祖的英明君主，中興大明。
接下來，崇禎皇帝開始著手清理閹黨餘孽，對這件事他極其熱衷，隻要和魏忠賢有所聯係的人，文官集團的彈劾他無不應允，一時間朝堂上受到牽連的官員無數，打擊麵也從清楚閹黨一脈延伸到了各方麵的黨爭。
因為崇禎皇帝受到東林黨等文官集團的影響太大，他也不管那些官員和魏忠賢的牽涉有多深，更不顧這些官員是否有能力，凡是牽連到閹黨的，根本不做考慮，抓的抓貶的貶殺的殺，轉眼間朝堂上鬥爭激烈，不斷有官員落馬，時間一久崇禎皇帝也覺得有些不對勁了。
隨著閹黨的清理和許多官員的落馬，各部官職缺口極大，尤其是最重要的內閣更是如此。
要知道魏忠賢活著的時候，內閣已被閹黨把持，上上下下基本都是魏忠賢的人。現在魏忠賢完了，這些閣老自然也逃不掉罷官的結局，可沒了這些閣老，內閣就沒辦法運轉了，而且其他各部也是這樣，缺少的官員必須盡快補上，要不然大明怎麽統治？
麵對這個情況，崇禎皇帝隻能著手挑選新的內閣成員，可盯著這些位置的人不少，死灰複燃的東林黨和其他文官集團的成員都眼紅著呢，一個個巴不得馬上上位，成為下一任內閣成員。
因為這個緣故，一時間推舉的內閣人選達到了數十人，這些人中近半是東林黨推舉的，而另一半是其他派別文官們所推舉，代表著各方麵的利益。
這份推舉名單送到崇禎皇帝手上後，崇禎皇帝看後根本不知道怎麽辦，剛剛當皇帝的他對這些人絲毫不熟，恐怕連麵都沒見過，更不知道他們的能力和實際情況。
不過，這些人都是支持自己的各方推舉上來的，崇禎皇帝也不好反駁，可粥多僧少，大明的內閣人數有限，一般是三人以上，少的時候就和萬曆時期，內閣一人的情況也有。
數十人的名單，崇禎皇帝總不能全部同意吧？可不同意的話讓他從其中挑選出合適的人入閣他也毫無頭緒，因為他對這些人根本就不了解。至於詢問推舉的各方，自然也是白搭，各方當然會向自己人說話，畢竟魏忠賢倒台後原本的內閣已經完了，內閣重建等於權利的爭奪，成為閣老甚至首輔，就等於自己這邊勢力的增強，一個蘿卜一個坑，自己人不上台被別人搶了位置，這如何甘心？
無奈之下崇禎皇帝絞盡腦汁想出了一個不是辦法的辦法，這個辦法就是把誰入內閣的選擇權交給老天爺來決定。
換而言之，就是用抽簽方式來決定內閣人選。
堂堂大明帝國，僅次於皇帝，行政官員最高權利機構的內閣和其成員居然以抽簽來決定人選，這是大明開國以來從所未有的，更是曆代皇朝中極為罕見的。
這樣離譜的事的確就發生了，被吹捧成英主，更是大明中興之主的崇禎皇帝開始了他戲劇般的操作，在乾清宮當著百官的麵先是沐浴更衣，然後祭拜天地乞求上天保佑大明，接著把所有候選人名字寫在小紙條上，放進一個金甌中，雙手捧著金甌搖晃一番，嘴裏念念有詞，拿著筷子從裏麵夾出紙條，以確定最終入閣人選。
通過這個儀式，崇禎皇帝先挾出錢龍錫、李標、來宗道、楊景辰四人。群臣覺得人數太少，為了讓自己人多幾分入閣的把握，紛紛建議說時局艱難，請皇帝擴大閣臣數額，於是崇禎皇帝又挾出周道登、劉鴻訓二人。
自此，這六人就成了崇禎皇帝登基後親自選定的第一任內閣人選，其中選誰為首輔又經曆了一番波折，最終還是以同樣的方式來決定，挑選出李標作為內閣首輔。
十月初，陸澄源、錢元愨、錢嘉征等陸續彈劾彈劾魏忠賢罪狀，言辭極為激烈，列舉了“並帝”“蔑後”“弄兵”“無二祖列宗”“克削藩封”“無聖”“濫爵”“掩邊功”“朘民”“通同關節”十條“滔天之罪”，要換在以前魏忠賢根本就不擔心這些，因為他背後站著的是天啟皇帝。可現在崇禎皇帝不僅沒有訓斥陸澄源、錢元愨、錢嘉征等人，反而拿著他們的彈劾斥問魏忠賢，這讓魏忠賢惶恐不安。
為了保住自己，魏忠賢在崇禎皇帝麵前痛哭流涕，大喊冤枉，說自己根本沒有做這些事，完全是他們的汙蔑。可崇禎皇帝絲毫不為動，朝會讓人當著魏忠賢的麵宣讀這些彈劾奏折，這一態度讓魏忠賢“震恐喪魄”，再一次提出辭職。
這一次崇禎皇帝沒再挽留，直接答應了魏忠賢辭職的請求，順手也批準了徐應元養病。
說起徐應元，按理說他是崇禎皇帝的人，因為他和王承恩一樣都是信王府的老人。
崇禎皇帝繼位後，把徐應元和王承恩都放到了司禮監，其目的是為了分魏忠賢手裏的權，替自己做事。
可看不清局勢的徐應元是個徹頭徹尾的草包，到了司禮監非但沒有和魏忠賢爭奪權利，反而依附起魏忠賢來。或許是崇禎皇帝對魏忠賢的態度不僅蒙蔽的魏忠賢本人，就連徐應元也給騙了，自以為崇禎皇帝會和天啟皇帝一樣寵信魏忠賢呢，屁顛顛地直接靠了過去。
這才過了多久，局勢就發生了變化，崇禎皇帝開始出手對付魏忠賢，徐應元這才恍然大悟明白了一切。可此時再後悔已經晚了，隨著魏忠賢的辭職被批準，徐應元忐忑不安中向崇禎皇帝提出自己身體不好得了重病，需要休養，無法再勝任司禮監的職務。
看在信王府服侍自己多年的份上，崇禎皇帝還是放了徐應元一馬，同意了他養病的請求，隨後把司禮監的職務給了剛從南京迴來的曹化淳。
逼迫魏忠賢辭職後，崇禎皇帝乘勝追擊，僅過一個月不到就正式下旨將魏忠賢之罪昭告於世，貶魏忠賢至鳳陽祖陵管理香火，客氏送至浣衣局收管。
就此，權勢滔天的九千九百歲魏忠賢魏公公徹底倒台，旨意下達後，魏忠賢帶著隨從離京，離京之日魏忠賢心情複雜，迴頭眺望京師，不由得黯然淚下。
離開京師，魏忠賢一路南下，朝著鳳陽而去。三日後行至阜城，突然就有錦衣衛快馬由京師趕來，帶來了崇禎皇帝抓捕魏忠賢的旨意。
旨意中說魏忠賢“將素畜亡命之徒，身帶兇刃，不勝其數，環擁隨護，勢若叛然”為由，下令將其逮捕至京。
聽到這個消息，魏忠賢麵如死灰，明白崇禎皇帝這是要自己去死，沒有給他留半點餘地，自己一旦迴京必死無疑。
當日，魏忠賢和其黨羽李朝欽兩人痛飲一番後雙雙自縊，隨著魏忠賢這麽一死，天啟皇帝在位時威風八麵的閹黨就落下了帷幕，崇禎皇帝登基才三個月不到就弄死了哥哥留給他的親信，把這把天下對付文官集團最鋒銳的刀自毀，卻不知其作為埋下的帝國崩塌的隱患，而暗暗自得。
魏忠賢自殺的消息傳來，崇禎皇帝立即就讓人去浣衣局處死了客氏，接著下旨奪去魏良卿的寧國公爵位，再以謀反之罪名抓捕，明正典刑要殺掉魏良卿。
魏良卿被抓後還一臉茫然，他根本就不知道發生了什麽事。等關進天牢，有人告訴他自己叔叔魏忠賢已經自殺，崇禎皇帝現在要對他下手，還給他扣了謀反的罪名準備砍他腦袋時，魏良卿嚇得瑟瑟發抖，更是大喊冤枉。
明正典刑一日，魏良卿五花大綁被押上刑場，即將行刑時魏良卿哭喊叫嚷道：“我就是一個種地的普通農民，原本在老家呆的好好的，雖然臉朝黃土背朝天辛苦，但日子也能勉強過去。”
“因為自己叔叔魏忠賢的緣故，突然天上降下富貴，從家鄉被接來了京師。在京師這些年自己沒做過什麽壞事啊，安安穩穩在家呆著，無非就是吃好點喝好點，又睡了幾個漂亮女人罷了。何況這些富貴從來不是自己要的，而是你們硬塞給我的。”
“就拿自己這個寧國公來說吧，自己從沒想過當什麽國公，完全是你崇禎皇帝強行封的我。你昨天給我爵位，把我捧上天去，今天突然說我謀反？不僅奪了剛封的國公之爵，還要砍我腦袋，做人不能這樣啊！要實誠啊！就算皇帝伱也要講道理，沒你這麽幹的，我實在是冤枉啊……！”
可再喊冤也是無濟於事，魏良卿就這樣被砍了腦袋。
魏良卿伏誅後，崇禎皇帝大獲全勝，隨著閹黨的倒台一時間滿朝都是稱頌馬屁之聲，文官們評論崇禎皇帝英明神武，是大明開國以來難得的英主，更評論崇禎皇帝誅殺魏忠賢此舉“不動聲色，潛移默奪，非天縱英武，何以有此”。
登基不到三月，就扳倒了權勢滔天的魏忠賢，大獲全勝的崇禎皇帝在一陣吹捧聲中洋洋得意，自覺得當皇帝似乎也沒什麽難的，自己天生就是當皇帝的料。
要不是自己比哥哥天啟皇帝年幼幾歲，兄弟中又排名老五的話，假如把自己換成天啟皇帝當年就當了皇帝，這大明恐怕在自己手裏就興盛起來了，更不會發生什麽閹黨禍國殃民的事。
現在魏忠賢已經伏誅，接下來就是清除閹黨餘孽，一掃朝堂了。
年輕的崇禎皇帝此時此刻已被東林黨和文官吹捧的暈暈乎乎，決定做出一番事業來，當一個堪比太祖、成祖的英明君主，中興大明。
接下來，崇禎皇帝開始著手清理閹黨餘孽，對這件事他極其熱衷，隻要和魏忠賢有所聯係的人，文官集團的彈劾他無不應允，一時間朝堂上受到牽連的官員無數，打擊麵也從清楚閹黨一脈延伸到了各方麵的黨爭。
因為崇禎皇帝受到東林黨等文官集團的影響太大，他也不管那些官員和魏忠賢的牽涉有多深，更不顧這些官員是否有能力，凡是牽連到閹黨的，根本不做考慮，抓的抓貶的貶殺的殺，轉眼間朝堂上鬥爭激烈，不斷有官員落馬，時間一久崇禎皇帝也覺得有些不對勁了。
隨著閹黨的清理和許多官員的落馬，各部官職缺口極大，尤其是最重要的內閣更是如此。
要知道魏忠賢活著的時候，內閣已被閹黨把持，上上下下基本都是魏忠賢的人。現在魏忠賢完了，這些閣老自然也逃不掉罷官的結局，可沒了這些閣老，內閣就沒辦法運轉了，而且其他各部也是這樣，缺少的官員必須盡快補上，要不然大明怎麽統治？
麵對這個情況，崇禎皇帝隻能著手挑選新的內閣成員，可盯著這些位置的人不少，死灰複燃的東林黨和其他文官集團的成員都眼紅著呢，一個個巴不得馬上上位，成為下一任內閣成員。
因為這個緣故，一時間推舉的內閣人選達到了數十人，這些人中近半是東林黨推舉的，而另一半是其他派別文官們所推舉，代表著各方麵的利益。
這份推舉名單送到崇禎皇帝手上後，崇禎皇帝看後根本不知道怎麽辦，剛剛當皇帝的他對這些人絲毫不熟，恐怕連麵都沒見過，更不知道他們的能力和實際情況。
不過，這些人都是支持自己的各方推舉上來的，崇禎皇帝也不好反駁，可粥多僧少，大明的內閣人數有限，一般是三人以上，少的時候就和萬曆時期，內閣一人的情況也有。
數十人的名單，崇禎皇帝總不能全部同意吧？可不同意的話讓他從其中挑選出合適的人入閣他也毫無頭緒，因為他對這些人根本就不了解。至於詢問推舉的各方，自然也是白搭，各方當然會向自己人說話，畢竟魏忠賢倒台後原本的內閣已經完了，內閣重建等於權利的爭奪，成為閣老甚至首輔，就等於自己這邊勢力的增強，一個蘿卜一個坑，自己人不上台被別人搶了位置，這如何甘心？
無奈之下崇禎皇帝絞盡腦汁想出了一個不是辦法的辦法，這個辦法就是把誰入內閣的選擇權交給老天爺來決定。
換而言之，就是用抽簽方式來決定內閣人選。
堂堂大明帝國，僅次於皇帝，行政官員最高權利機構的內閣和其成員居然以抽簽來決定人選，這是大明開國以來從所未有的，更是曆代皇朝中極為罕見的。
這樣離譜的事的確就發生了，被吹捧成英主，更是大明中興之主的崇禎皇帝開始了他戲劇般的操作，在乾清宮當著百官的麵先是沐浴更衣，然後祭拜天地乞求上天保佑大明，接著把所有候選人名字寫在小紙條上，放進一個金甌中，雙手捧著金甌搖晃一番，嘴裏念念有詞，拿著筷子從裏麵夾出紙條，以確定最終入閣人選。
通過這個儀式，崇禎皇帝先挾出錢龍錫、李標、來宗道、楊景辰四人。群臣覺得人數太少，為了讓自己人多幾分入閣的把握，紛紛建議說時局艱難，請皇帝擴大閣臣數額，於是崇禎皇帝又挾出周道登、劉鴻訓二人。
自此，這六人就成了崇禎皇帝登基後親自選定的第一任內閣人選，其中選誰為首輔又經曆了一番波折，最終還是以同樣的方式來決定，挑選出李標作為內閣首輔。