當崇禎皇帝初步定下了由武興伯王輔擔任後備軍都督府左都督一職之後，就讓人到保定傳旨，將王輔召到京師，在乾清宮中召見了他，不僅詳細地談了自己對於後備軍都督府的設想，而且也談了借助新軍訓練大營，進一步為邊軍、近衛軍以及海軍訓練新兵的思路。
在這次接見的最後，崇禎皇帝問了武興伯王輔對新軍訓練大營選練士卒的看法，崇禎皇帝說：
“近衛軍第一鎮、第二鎮將士，皆武興伯於涿州大營所練之兵也！居庸關之戰、紫荊關之戰，令行禁止、堅忍不拔，朕心中十分滿意！
“朕今日召卿來所談種種，想必卿心中明了。朕想知道，於練兵一事，卿有何種心得？”
崇禎皇帝知道王輔練兵以嚴厲見長，此時問他這話，就是想看看他當了近衛軍第二鎮的都統製使，得封了武興伯之後，是不是心甘情願地交出近衛軍第二鎮，然後擔任後備軍都督府的左都督，從此之後專門為其他都督府旗下的軍隊做嫁衣。
結果，武興伯王輔說：“臣自來軍法嚴酷，練兵皆以嚴字為先！數年之前，臣在東江之時，本以為臣之一生事業已到盡頭！
“未料到陛下即位以來，銳意重武，不以臣邊鄙小將出身卑微，委之涿州團練總兵官一職，將朝廷編練新軍事業托付於臣！
“此後，更以臣為新編近衛軍第二鎮都統製使，出鎮紫荊關抗擊建虜，使臣得償平生夙願！”
武興伯王輔表達了表明了態度之後，接著說：“臣以為，朝廷練兵之主旨，當以能效命於疆場為歸宿！
“欲其效命於疆場，尤宜於平時竭盡手段以修養其精神，鍛煉其體魄，嫻熟其技藝，如此臨事之際，方能有恃而不恐！
“蓋因戰爭之事，或者跋涉於冰天雪野之間，或者驅馳於酷暑惡瘴之地，或在雨雪之中露營，或是晝夜兼程行軍，常常寒冷而不得衣，饑餓而不得食，渴飲而不得水。
“更有如今火器之漸遍及，槍林彈雨之中，血肉橫飛，極人世所不見之慘烈，受常人所不經之困苦，其精神、其體力，非於平時養之有素、練之有恆，臨戰之時豈能堪用？！
“是以，常令軍中士卒習勞忍苦，乃臣治軍練兵之第一要義！而臣馭兵之道，也以使之勞苦為不二法門！”
崇禎皇帝聽了王輔這個話，想起王輔之前在涿州擔任新軍訓練大營都統製時的表現，以及在紫荊關率軍作戰時的表現，知其言行如一，當下點頭同意，將這個在崇禎皇帝心中地位不亞於邊軍都督府的重任，交給了武興伯王輔。
在崇禎皇帝的設想之中，類似涿州新軍訓練大營這樣規模的新兵訓練基地，將來還要在東西南北，乃至沿海地區，或者海島之上，分門別類再建個三到五個呢。
在將來西北平定了之後，要在西寧設立一個專門針對高原氣候的訓練大營，專門為在高原地區駐守作戰的邊軍或者近衛提供合格的兵員。
同樣的道理，北方的兵員，一時半會兒適應不了大西南地區以及安南緬甸等地的氣候，那麽就需要在西南地區的某地，設立一個類似涿州這樣的訓練大營，為南方軍隊提供經過了適應性訓練的兵員。
還有就是海軍，要想讓海軍士卒訓練有素，同樣需要在海邊或者海島之上，設立一個新兵訓練大營。
不過所有的這一切考慮，都要有一個性格堅韌的人來執行。
同時，不管是南方北方，高原或者海上，鎮守或者作戰，都需要軍中士卒能夠習勞忍苦，畏懼軍法更甚於畏懼死亡。
做不到這一點，其他不管什麽樣的訓練，都是無源之水無本之木。
崇禎皇帝將自己的這些想法，對這位新任的後備軍都督府左都督和盤托出，倒是讓武興伯王輔從心底裏對眼前這個生於深宮之中長於婦人之手的皇帝欽佩不已。
同時，對於後備軍都督府在皇帝心目中的地位也有了新的認識。
從近衛軍第二鎮都統製使的位置上，來到一個相當於是指揮管理鄉兵民勇的後備軍都督府任職，衝鋒陷陣了幾乎一輩子的王輔，心裏不可能一點想法沒有。
如今看崇禎皇帝對後備軍都督府如此重視，設想得如此長遠，再一想想，數年之後，天下之兵，九邊也好，近衛也好，都將盡出自己之手，這個成就感一下子就油然而生了。
到了六月，設在京師城中的近衛軍都督府、邊衛軍都督府、內衛軍都督府以及後備軍都督府，還有設在天津的海軍都督府，都督和護軍以上的人選，全部確定，就隻等著所有人選到任之後，然後明旨昭告天下，正式入主接管原來的五軍都督府了。
至於原來的南京五軍都督府，崇禎皇帝接受英國公張惟賢的意見，暫時予以保留，以原來的管理南方沿海衛所的南京左軍都督府，為南京行海軍都督府，以原來南京前軍都督府為南京行邊衛軍都督府，以原來南京中軍都督府為南京行近衛軍都督府，以原來南京右軍都督府為南京行內衛軍都督府，以原來南京後軍都督府為南京行後備軍都督府。
實際上，這就等於是將原來的南京五軍都督府之前加個行字而已，表示它們是京師五軍都督府在南京的代行指揮機構。
其他的並沒有什麽大的變化，不過是如同京師的五軍都督府一樣，每個都督府都多了護軍與參軍之設罷了。
盡管如此，崇禎皇帝擔心這樣的調整可能某些世家勳貴的利益，為了避免出什麽亂子，還是讓南京鎮守勳臣魏國公徐弘基擔任了南京行五軍都督府的權行大都督，令南京兵部尚書武之望出任南京行五軍都督府的權行上護軍，同時讓南京鎮守太監王之心擔任了南京行五軍都督府的監軍內臣。
好在一兩年前，崇禎皇帝曾經痛下決心，將南京勳貴之中掌權的一些害群之馬，已經清除掉了一批。
如今坐在南京五軍都督府與南京京營高位之上的勳貴，比如懷遠侯常延齡、博平侯郭振明、誠意伯劉孔昭和南寧伯毛孟龍這些人，都是當時殺了前一批勳貴之後，由崇禎皇帝親自扶起來換上去的。
而這些原本邊緣化的人物，與南京五軍都督府二百多年來形成的盤根錯節的利益關係，牽連不大，涉足也不深。
當時整頓南北兩京的世家勳貴，其中一個重要的目的，就是為了有朝一日，為重組五軍都督府預作準備。
到了這個時候，當時痛下殺手預作的那些準備，終於派上了用場。
說起來，如今這位崇禎皇帝也是忍耐了很久。
在當年整肅了南北兩京的當權勳貴之後，他就想要改革大明朝的軍事指揮製度，但是終究沒有敢於去做。
直到如今近衛軍第一鎮、第二鎮真正成軍，直到如今打退了建虜的大舉入侵，直到提拔重用一批新晉勳貴，取代了被清除的那些老勳貴，樹立起自己在朝中和軍中的權威，他才終於敢將這件事情提上日程。
在這次接見的最後，崇禎皇帝問了武興伯王輔對新軍訓練大營選練士卒的看法，崇禎皇帝說：
“近衛軍第一鎮、第二鎮將士，皆武興伯於涿州大營所練之兵也！居庸關之戰、紫荊關之戰，令行禁止、堅忍不拔，朕心中十分滿意！
“朕今日召卿來所談種種，想必卿心中明了。朕想知道，於練兵一事，卿有何種心得？”
崇禎皇帝知道王輔練兵以嚴厲見長，此時問他這話，就是想看看他當了近衛軍第二鎮的都統製使，得封了武興伯之後，是不是心甘情願地交出近衛軍第二鎮，然後擔任後備軍都督府的左都督，從此之後專門為其他都督府旗下的軍隊做嫁衣。
結果，武興伯王輔說：“臣自來軍法嚴酷，練兵皆以嚴字為先！數年之前，臣在東江之時，本以為臣之一生事業已到盡頭！
“未料到陛下即位以來，銳意重武，不以臣邊鄙小將出身卑微，委之涿州團練總兵官一職，將朝廷編練新軍事業托付於臣！
“此後，更以臣為新編近衛軍第二鎮都統製使，出鎮紫荊關抗擊建虜，使臣得償平生夙願！”
武興伯王輔表達了表明了態度之後，接著說：“臣以為，朝廷練兵之主旨，當以能效命於疆場為歸宿！
“欲其效命於疆場，尤宜於平時竭盡手段以修養其精神，鍛煉其體魄，嫻熟其技藝，如此臨事之際，方能有恃而不恐！
“蓋因戰爭之事，或者跋涉於冰天雪野之間，或者驅馳於酷暑惡瘴之地，或在雨雪之中露營，或是晝夜兼程行軍，常常寒冷而不得衣，饑餓而不得食，渴飲而不得水。
“更有如今火器之漸遍及，槍林彈雨之中，血肉橫飛，極人世所不見之慘烈，受常人所不經之困苦，其精神、其體力，非於平時養之有素、練之有恆，臨戰之時豈能堪用？！
“是以，常令軍中士卒習勞忍苦，乃臣治軍練兵之第一要義！而臣馭兵之道，也以使之勞苦為不二法門！”
崇禎皇帝聽了王輔這個話，想起王輔之前在涿州擔任新軍訓練大營都統製時的表現，以及在紫荊關率軍作戰時的表現，知其言行如一，當下點頭同意，將這個在崇禎皇帝心中地位不亞於邊軍都督府的重任，交給了武興伯王輔。
在崇禎皇帝的設想之中，類似涿州新軍訓練大營這樣規模的新兵訓練基地，將來還要在東西南北，乃至沿海地區，或者海島之上，分門別類再建個三到五個呢。
在將來西北平定了之後，要在西寧設立一個專門針對高原氣候的訓練大營，專門為在高原地區駐守作戰的邊軍或者近衛提供合格的兵員。
同樣的道理，北方的兵員，一時半會兒適應不了大西南地區以及安南緬甸等地的氣候，那麽就需要在西南地區的某地，設立一個類似涿州這樣的訓練大營，為南方軍隊提供經過了適應性訓練的兵員。
還有就是海軍，要想讓海軍士卒訓練有素，同樣需要在海邊或者海島之上，設立一個新兵訓練大營。
不過所有的這一切考慮，都要有一個性格堅韌的人來執行。
同時，不管是南方北方，高原或者海上，鎮守或者作戰，都需要軍中士卒能夠習勞忍苦，畏懼軍法更甚於畏懼死亡。
做不到這一點，其他不管什麽樣的訓練，都是無源之水無本之木。
崇禎皇帝將自己的這些想法，對這位新任的後備軍都督府左都督和盤托出，倒是讓武興伯王輔從心底裏對眼前這個生於深宮之中長於婦人之手的皇帝欽佩不已。
同時，對於後備軍都督府在皇帝心目中的地位也有了新的認識。
從近衛軍第二鎮都統製使的位置上，來到一個相當於是指揮管理鄉兵民勇的後備軍都督府任職，衝鋒陷陣了幾乎一輩子的王輔，心裏不可能一點想法沒有。
如今看崇禎皇帝對後備軍都督府如此重視，設想得如此長遠，再一想想，數年之後，天下之兵，九邊也好，近衛也好，都將盡出自己之手，這個成就感一下子就油然而生了。
到了六月，設在京師城中的近衛軍都督府、邊衛軍都督府、內衛軍都督府以及後備軍都督府，還有設在天津的海軍都督府，都督和護軍以上的人選，全部確定，就隻等著所有人選到任之後，然後明旨昭告天下，正式入主接管原來的五軍都督府了。
至於原來的南京五軍都督府，崇禎皇帝接受英國公張惟賢的意見，暫時予以保留，以原來的管理南方沿海衛所的南京左軍都督府，為南京行海軍都督府，以原來南京前軍都督府為南京行邊衛軍都督府，以原來南京中軍都督府為南京行近衛軍都督府，以原來南京右軍都督府為南京行內衛軍都督府，以原來南京後軍都督府為南京行後備軍都督府。
實際上，這就等於是將原來的南京五軍都督府之前加個行字而已，表示它們是京師五軍都督府在南京的代行指揮機構。
其他的並沒有什麽大的變化，不過是如同京師的五軍都督府一樣，每個都督府都多了護軍與參軍之設罷了。
盡管如此，崇禎皇帝擔心這樣的調整可能某些世家勳貴的利益，為了避免出什麽亂子，還是讓南京鎮守勳臣魏國公徐弘基擔任了南京行五軍都督府的權行大都督，令南京兵部尚書武之望出任南京行五軍都督府的權行上護軍，同時讓南京鎮守太監王之心擔任了南京行五軍都督府的監軍內臣。
好在一兩年前，崇禎皇帝曾經痛下決心，將南京勳貴之中掌權的一些害群之馬，已經清除掉了一批。
如今坐在南京五軍都督府與南京京營高位之上的勳貴，比如懷遠侯常延齡、博平侯郭振明、誠意伯劉孔昭和南寧伯毛孟龍這些人，都是當時殺了前一批勳貴之後，由崇禎皇帝親自扶起來換上去的。
而這些原本邊緣化的人物，與南京五軍都督府二百多年來形成的盤根錯節的利益關係，牽連不大，涉足也不深。
當時整頓南北兩京的世家勳貴，其中一個重要的目的，就是為了有朝一日，為重組五軍都督府預作準備。
到了這個時候，當時痛下殺手預作的那些準備，終於派上了用場。
說起來，如今這位崇禎皇帝也是忍耐了很久。
在當年整肅了南北兩京的當權勳貴之後，他就想要改革大明朝的軍事指揮製度，但是終究沒有敢於去做。
直到如今近衛軍第一鎮、第二鎮真正成軍，直到如今打退了建虜的大舉入侵，直到提拔重用一批新晉勳貴，取代了被清除的那些老勳貴，樹立起自己在朝中和軍中的權威，他才終於敢將這件事情提上日程。