</p>
東方靈異傳：
東方靈異傳這裏是存在於東之國度的小小的神社“博麗神社”。因為這裏總發生許許多多的怪事，普通的人類都不敢接近。但是，山下的人類的村莊流傳著“不像人的什麽”的傳說。那就是，這個神社裏有個代代擁有神通力的女性，也就是巫女存在。為何，這個小神社裏有巫女的力量存在？這是因為這裏是地獄和魔界，“不像人的什麽”住在這兩個世界的交接點。很久很久以前，為了將這裏橫行的妖怪、惡魔等封印，集結在全國各地有力的修行者、退魔師，終於集合，成功地封印了它們。但這時反作用力非常巨大，將集結起來的人們也全部消滅了。就在這時，那種程度的封印的有效力也十分的微薄了。“不像人的什麽人”的這個神社的巫女，為了不能解決的事的樣子而下村莊，是希望與敵人的頭目為對手，努力地積累修行呢？還是自不量力地犧牲自己呢？大門向這邊打開了……
事實上是，有著總是被卷入異變體質巫女“博麗靈夢”，因“不像人的什麽”把神社破壞了而大怒。為了平息怒氣，將“不像人的什麽”給全部消滅了！！以上，有半句是假的，真的事實是，博麗靈夢是個十足的樂天派。這次也如所見，一時心血來潮闖入了“大門”。知道在這裏有退魔效力的，除了博麗神社最大的秘密武器“陰陽玉”的東西，暫時沒什麽辦法。靈夢：“嘛，總有一日。無論怎樣也得好好地使用陰陽玉呢。”會發生什麽呢……
東方封魔錄：
這裏是某個東之國的山中，博麗神社比較平靜。博麗神社的巫女靈夢，為了提高靈力打算暫時修行下，為此呆在了山裏。
修行雖然還算順利，但是靈夢突然說想在被窩裏睡覺了，於是她決定先迴神社。但是，當她迴到神社的時候，卻發現神社住滿了大量的妖怪，還有非人類的存在，瘋子等等。
靈夢：“這什麽呀～這樣的話叫我怎麽睡得著啊。正好，讓你們瞧瞧我修行的成果！”
但是，討厭修行的靈夢雖然是上了山，但是她的目的隻是為了山裏的溫泉和秋天的美食罷了，其實根本沒怎麽修行過。
玄爺：“主人，這次的妖怪好像被奇怪的力量控製著。也就是說他們的大頭目很可能在某個地方。還有，總覺得有一種異文化的力量……不管怎麽樣，我會跟您一起去的。”
靈夢的仆人龜爺爺，玄爺一邊擔心靈夢一邊那麽說道。
靈夢：“你不用說我也打算帶著你去。我一個人的話不會飛啊……”
於是，靈夢和玄爺一起，帶上博麗神社最大的秘寶“陰陽玉”，為了調查妖怪出沒的原因，趕往博麗神社消滅妖怪。一路上到過種種奇怪的地方，也遇見了形形色色的怪人。
靈夢：“還真是有夠怪的。”
東方夢時空：
這裏位於某個東之國的山中，博麗神社大致還是很平靜的。
因為博麗神社的巫女、靈夢實際上擁有卷入奇異事件的體質（本人也有點特別如果沒有發生奇異事件，就會閑得不得了。
靈夢「啊～啊，閑得不得了，發生什麽讓我想“怎麽辦呢”的事就好了。」
主人公有空的話，不可能不發生什麽事。
在決定打掃庭院還是從神社出去時，靈夢發現了遺跡。
靈夢「什麽嘛，在神社的附近居然有遺跡。明明直到昨日還沒有的說！！（怎麽辦」
魅魔「啊，靈夢也來了啊」
靈夢「哎哎，魅魔。話說，仔細看，有不少人都在啊」
靈夢「到底怎麽迴事，這個遺跡～」
魅魔「根據古代的傳說，在這個遺跡裏沉睡著可以給來者幸福的什麽東
西。」
靈夢「什麽嘛，就像是那種形跡可疑的宗教的勸誘一樣的傳說。而且，直到昨天還沒有這東西呢。雖說如此，這到底算什麽啊，那個所謂的傳說～。」
魅魔從口袋裏拿出一張折疊著的紙頭。靈夢展開了那張紙。
那張紙上這麽寫著。
「古代遺跡，‘夢幻遺跡’
本日10點開店
我們會為造訪遺跡的來賓，提供讓您得到幸福的禮物，
衷心期待著各位的來臨。」
靈夢「什麽っ☆」
靈夢「這算什麽啊～，這張傳單～（哪裏是古代的傳說啊～。遺跡就是開店～？而且，明明直到昨天還沒有～。你們這些家夥，居然被這種可疑的傳單欺騙了，還滿不在乎地到這裏來～！」
魔理沙「原來如此，靈夢不感興趣呢。這麽說的話···」
靈夢「···誰說沒興趣了。」
靈夢「雖說我很忙（誤，在這種地方出現了遺跡，還是有點疑惑的。我就是稍微抱怨下罷了。」
魅魔「還沒閉店啊。而且，也沒看到入口。總之先等著吧。」
靈夢（哎呀呀，為什麽會發生這種事啊，嘛，雖說一直都是如此···嗯？
靈夢「在這種地方居然有告示牌啊。」
魔理沙「咦っ、真的嗎？什麽什麽···」
－－－－－－－－－－－－－－－－－－
｜夢幻遺跡內定員1名｜
｜｜
｜人數再多的話，就不被承認了｜
｜進入人數超過規定人數的話｜
｜就不能保證這個時空的遺跡的｜
｜存在了｜
｜｜
－－－－－－－－－－－－－－－－－－
靈夢「······？」
魅魔「也就是說ー」
魔理沙「唿っ唿っ唿っ」
一同「一決勝負吧！！！」
東方幻想鄉：
這裏是東之國的山中，博麗神社向來平安無事。博麗神社的巫女，博麗靈夢也向來閑暇。
靈夢「啊～啊，怎麽沒有什麽工作（有趣的事情啊」
這麽說著的時候，突然大量的妖怪和其他什麽的把神社圍了起來，自作自受。
靈夢「嗚誒～什麽啊～」
靈夢一下子忙活起惡靈退治來。
靈夢「唔嗯～這樣下去神社會壞掉的啊，沒辦法了呢。找出原因後擒賊擒王啦！」
無意中（不要小看巫女的無意中踏足於神社後山中一片湖中奇怪地方的靈夢，趕忙向山的另一邊奔去。
（要說的話，這種時候無人的神社才會壞掉……
靈夢「果然，這裏很怪啊。數量驚人的惡靈啊。」
靈夢「久違的工作（惡靈退治，好興奮啊～！！」
——另一邊廂。
魔理沙「唔嗯～什麽啊，這魔力。」
強大魔力的持有者霧雨魔理沙，理所當然被強大的魔力所吸引。魔理沙為了把這力量據為己有而向信號源而去。
魔理沙「真走運啊。這麽大量的魔力是打哪兒來的呢？」
魔理沙瞞著靈夢向湖而去。應該是……
就這樣，兩個人各懷心事向著湖出發……嗯～
東方怪綺談：
這裏是東之國的山中，博麗神社向來平安無事。然而，博麗神社的巫女，博麗靈夢，這次看起來沒什麽閑暇。要說為什麽，這是因為有魔物少量而連續不斷地從魔界來到這裏。因為靈夢要連續不斷地退治那些家夥，所以也就連續不斷地沒有閑暇。
靈夢「最近有點異常啊～」
感到異變的靈夢，開始調查原因，以及尋找魔物們是從什麽地方出現的。
結果，知道了它們是從位於神社的後山、「相傳有魔界之扉存在的洞窯」出現的。
靈夢「果然是這裏呢。就算打到再多的雜魚也是沒用的。現在隻有進到魔界，收拾它們的頭頭了。」偷瞄到這個情況的魔理沙——
魔理沙「嗯～魔界嗎～那也不錯呢。」
決定了要去作為魔法聖地的魔界（觀光，趕緊瞞著靈夢出發了。
靈夢「說起來，怎麽才能到魔界去呢（汗」
——與此同時
住在人間界的惡靈魅魔，和妖怪幽香，兩個人都被魔界的來者弄得有些不爽。
魅魔「明明是魔界人，真自大啊。人間界可是我的東西。」
幽香「好像挺有意思的～去魔界看看吧～」
因為不太讓人理解的理由，兩人各自向著魔界出發了。嗯～
東方紅魔鄉：
這裏是東邊的深山之國，遠離人類的村落。博麗神社，就是那裏的邊境。這座山，本來就沒有住人，是就算現在也不會有人踏足的地方。人們叫這裏做幻想鄉。現在也和往常一樣，人類以外的生物和那很少數的人類在自由的四處走動著。人們盲目相信著文明開化，人類把黑暗的部分從生活中排除了。實際上，那是對棲息在宵暗的生物來說，也是和人類互不幹涉的舒適的環境。然後，在一個夏天的一天，沒有任何預兆，險惡的妖霧開始包圍幻想鄉。看起來，那簡直就象幻想鄉在討厭著陽光。
博麗神社的巫女，博麗靈夢也在過著平靜安穩的生活。就在基本上不會有人來的這間神社，無聊又充實地過著快樂的生活。那樣的夏天，靈夢稍微沒那麽無聊了。
靈夢：「真是的，到底怎麽啦？這樣不就陽光又沒曬到天氣又不晴朗了嗎？」
這樣下去，霧會蓋過神社，到達人類的村落。幻想鄉幹涉了人們的生活的話，幻想鄉也會被人類排除掉吧。
靈夢：「這樣的話，找到原因解決就是巫女的工作（嗎？總覺得，那邊的湖很奇怪，去看看吧！」
少女所能看到的隻是一片的妖霧。直覺敏銳的少女，憑著感覺向著湖的方向出發了。
住在很少人住的森林的普通的少女，霧雨魔理沙，在天空普通地飛著。發覺不知什麽時候，霧把整個湖都蓋住了，讓整個湖都看不清楚。直覺普通的少女，認為是可能在湖裏有個浮著的島之類的。
魔理沙「普通的情況下，人類也會在有水的地方聚居吧。」
怪物也是沒有水的地方就不能生存吧，這樣的想法的確象人類的思考方式。
魔理沙「差不多了，那家夥該行動了吧，稍微去看看吧。」
少女象是為了尋寶一樣出發了。或者說就是為了去尋寶。
湖被一大片妖霧包圍了。
雖然是普通的人類撐不了30分鍾的程度的妖氣，果然不普通的人類也隻能撐30分鍾。妖霧的中心地，白天經常是模糊的光亮著，夜晚的月光也是模糊地明亮著。在霧中看到的滿月也是模糊的象是變大了幾倍的樣子。如果這霧是人類弄出來的話，可以想象出那將是一個連顛茄花都咬過的人類。在中心地有一個島，那裏討厭人類的氣息，雖然不是非常的，但也不是人類會住的地方，有一個很少窗子的洋館。在不分晝夜的洋館裏麵，「她」就在那裏。
主角首先向著紅霧的疑似源頭——湖中的島飛去。還未到達目的地，主角已經先後被在正在湖邊緣的露米婭和將湖稱為自己家的琪露諾攔了下來。戰鬥之後卻發現，露米婭和琪露諾都跟霧的源頭無關。當主角剛到達島時，立即遭到了許多守衛的攻擊。這次進攻是由紅美鈴所領導，但紅美鈴沒能成功阻擋主角的闖入，反而無意中將主角帶到了紅色的洋館——紅魔館。之後，主角進入了紅魔館內部，顯然放出紅霧的人就在裏麵。主角首先去看了看灰暗的地下圖書館，館內的帕秋莉·諾蕾姬試圖阻止主角更加深入。緊接著主角到達了主要的走廊。女仆長十六夜咲夜也試圖阻止主角到達紅魔館的主人處。在長長的征程之後，主角在露台麵對了紅魔館的主人，緋紅的惡魔——蕾米莉亞·斯卡雷特。蕾米莉亞承認，放出紅霧是為了遮擋陽光，以便讓她白天的出行能更加舒服（蕾米莉亞是吸血鬼。經過激烈的戰鬥之後，蕾米莉亞被打敗。於是，蕾米莉亞把紅霧收起，讓幻想鄉恢複了正常。
東方妖妖夢：
暖和的季節結束了，邊境被銀色的幻想所封印。人們在這不知道什麽時候結束的漫長冬天中，也變得安分起來了。但是，活潑的狗還有妖怪們和這並沒有關係。沒錯，這裏，幻想鄉原本就沒多少人類，而且在冬天，冬之妖怪也會吵鬧起來。漸漸地，到了雪融化，銀白色的飛雪變成櫻花爛漫的季節。幻想鄉也並不例外地到了本該是暖和起來的季節。到了5月，春天卻沒有到來。
幻想鄉的博麗神社的巫女——博麗靈夢對寒冷最頭痛了。
靈夢：「啊～凍死我了——」
隻是，和平時不一樣的是「現在已經是5月了」。雪卻越下越大，這場雪已經持續了一周以上。
靈夢：「真是的，平常的話，這個時期櫻花都開了。今年為什麽是大雪？」
少女認為這是不用說出口也清楚的理由。所以，因為說出來更冷，還不如默默地去把這原因給毀掉。
靈夢（原因的方向是這邊沒錯吧？)
神社從以前以來就通風很好，不，不如說是四壁透風了，在家裏也住不下去了。少女和以前一樣隨自己的直覺出發了。
普通的魔法使——霧雨魔理沙和普通人類沒什麽兩樣，對於嚴寒也相應地很討厭，卻從中享受著另一種樂趣。
魔理沙：「雖說很普通，不過也不是討厭春天啦。」
霧雨宅因為有魔暖房的緣故而很暖和。不過即使不這樣魔法室也是某種暖和的地方。
魔理沙：「因為這場雪，就不能去神社玩了啊。」
少女看見了自己家門前的飛雪中，夾雜著桃色的花瓣。這是隻在這裏東方的國家才會開放的花的花瓣。對，是櫻花。
魔理沙：「難道，冬天是隻存在於這裏嗎？
不對，已經5月了啊，因為太冷而沒發現到咧」如果去上風處應該可以找到開放的櫻花。隻是，雪是從山上吹下來的。而原本山上的櫻花就應該比平地遲的……少女沿著櫻花的花瓣，為了尋找還看不見蹤影的春天而出發。
紅魔館的女仆，十六夜咲夜在溫暖的房間裏喝著咖啡。
咲夜：「準備的細炭和咖啡豆也差不多快要用光了。」
暖房燃料沒了的話，人類還是不能度過這冬天的吧。
咲夜：「實在沒想到這次的冬天會持續這麽久啊，燃料沒了的話，大小姐又要囉嗦了。」
能送東西到這裏的人類是不存在的，幻想鄉的住民們，會把所有的燃料和食品準備好一冬天的分量。這是因為以前本來就險峻的山路被大雪完全破壞，一直持續下來的習慣。
咲夜：「在燃料用完之前，冬天可以結束就好了。大小姐，春天之前請讓我休假。」
這個時候的大小姐，還確信著再過一天就到春天了。所以爽快地把咲夜送出了門。
幻想鄉真的是永遠的冬天了。過了5月，風雪卻似乎又強了一級。即使在這樣的幻想鄉，也有著花朵盛開的地方，那是不為人知的存在。如同字麵意思，「人」是不知道那裏的。這裏幻想鄉，原本「人」的數量就不多。
春天還未到來。
主角雖然出發了，可是對於異變的源頭卻毫無頭緒，於是決定先跑到山上看看。在山上，主角遇到了琪露諾和自稱黑幕的蕾迪·霍瓦特洛克，打倒之後卻發現天氣完全沒有變暖。主角在迷路的時候無意中來到了迷途之家——橙的地盤，打倒橙之後主角仍然毫無頭緒地到處亂轉。這時候，愛麗絲·瑪格特羅伊德登場了，在三番四次的交手之後，愛麗絲給主角指明了方向——天空。於是主角一直向上方的天空前進並遇到了春之妖精——莉莉懷特，最終主角到達了幽冥結界——冥界的入口前麵，發現這裏一片春意盎然。在打倒了騷靈三姐妹——露娜薩、梅露蘭和莉莉卡並強行打破幽冥結界之後，主角進入了冥界，確定了幻想鄉的春天都被收集到冥界了。在白玉樓的階梯，主角遇到了魂魄妖夢，戰鬥之後妖夢告訴主角，是大小姐命令她去收集春天的。在再次擊倒妖夢之後，主角終於麵對了此次異變的幕後黑手——西行寺幽幽子，原來幽幽子是想讓從來都不開放的冥界的櫻花樹——西行妖開放，才讓妖夢去把春天都收集迴來的。在一番漫長的戰鬥之後，幽幽子被打倒，於是幻想鄉迎來的短暫的春天。
東方萃夢想：
漫長的冬天，短暫卻盛大的春天，即將從幻想鄉度過。把山染成如此淡紫色的櫻花樹也隱藏了自己的身形，被一片深綠色所包圍……隻有人、妖怪，還有諸多其他的生物集中賞櫻的盛事，至今一直在反複。那賞櫻會，不僅僅聚集了幻想鄉的少女。隨著宴會的一次次進行，幻想鄉裏那正體不明的危險妖氣也逐漸增強了起來。
然而，雖然妖氣一直在增強，卻什麽事都還沒發生。犯人也好，動機也好，全都不清楚。連其目的也不得而知。妖氣一步步增強，卻沒有哪個人有意中止那反複的宴會。樣一來，來參加宴會的人類、妖怪看起來都很可疑也是沒有辦法的。離下次宴會隻剩下三天了。
主角：「到下次宴會前，我一定要徹底查明這個妖氣的原因！」
東方永夜抄：
夏日結束了。那是在蟬鳴聲，逐漸被鈴蟲的叫聲所掩蓋時所發生之故事。幻想鄉這裏的酷暑，到了夜晚也會完全地消散，這不管對人類還是妖怪而言，都是一個舒適的季節。一如往常的和平。至少，人類們是這麽認為的。
這裏，是存在於幻想鄉邊境的一座古老房屋。
房屋本身所散發出的曆史氣息，仿佛拒絕所有來訪者一般。這個家裏放滿了許多像是人類世界的道具，比如那用途不明的機械，無法理解內容的書本、雜誌，形形色色。於外麵那世界用作影象接收機的鐵箱子，在這裏也不過是具靈力的容器罷了。「能映照人類形態的東西很容易附上靈魂啊」，她這麽告訴自己的式神。境界的妖怪就住在這裏。她注意到幻想鄉中輕微的異變，近來一直過著白天也睡不著覺的日子。雖然未能確認敵人的身份，但既然能夠做出「這種」事情，想必是個實力強大的家夥。隻是，平常基本不怎麽出門的她，覺得由自己親自出麵解決，是一件非常麻煩的事情，因而不太情願。
「對了，去唆使“那家夥”讓“她”去做不就好了」
就這樣，紫向著同樣位於幻想鄉邊境的神社出發了。在那裏居住著一位自己認識的人類。那個人類，一直都是懶懶散散且很無聊吧。所以不管什麽工作，她都應該會接受的。
有著一股不吉的氣息，據說這個森林會吞噬生命。這裏是一般人不會主動靠近的場所，時刻充斥著令人忌諱的妖氣。魔法之森，由幻想鄉的魔物自行聚集而成的森林。在那片森林中，有一個布置著細細的人類身軀、微小的建築物以及比人類要小上一圈的小小的人偶娃娃。七色的人偶師在堆積如山的人偶中讀著一本書。
「為什麽那些人類們，就沒有注意到如此大的異變呢」
「為什麽呢？」
這樣下去的話，一直很期待的「那個」不就無法繼續了嗎。因為大家都對異變表現出不關心的態度，平常不太出門的她隻好自己展開了調查。不，是準備開始調查。
「真麻煩啊，讓習慣處理這些事情的“那些家夥們”去做不就好了嗎」
「的確的確」
既不清楚敵人的情報，也不知道究竟應該怎麽辦才好。想來想去，最後還是向著住在同一個森林中的人類那裏出發了。手中拿著幾本書……。這是人類幾乎沒有機會能得到的，珍貴的魔導書。這樣一來，那個人類就沒有理由不行動了。
座落湖畔的一座洋館，紅色的建築。今日也充滿了喧鬧聲。白色的湖與綠色的森林中，那紅色的洋館本該是很不協調的東西。但這裏卻很神奇地給人一種安心之感。這洋館——紅魔館中的時間，據說是停止的。這並非是一種比喻。吸血鬼，正在尋找自己的一名女仆。
「我拜托你的事情做好了嗎？」
「實在非常抱歉，雖然大小姐這麽說，但我實在不明白是什麽意思……」
看來和眼前這個人類，是怎麽也說不通了。
「算了！我親自跑一趟吧。咲夜你就留下來……好吧，隨便你怎樣都行」
很明顯沒有強製命令其看家。結果，女仆亦以保護者的身份跟著一同出發了。正想著，當太陽升起後，大小姐就不方便一個人行動了……眼下一派平靜，亦沒有要發生什麽事件的先兆。姑且讓大小姐稍微運動一下，待累了就會迴來吧。女仆隻以為是興之所至而沒有多想，當然這些話不可能說出口。
幻想鄉中，再沒有任何地方是如此安靜了吧。但是，這裏並不荒涼。這是一種讓靈魂得到休息的寧靜，不會聽見那些粗暴的人聲。於此迴蕩的，隻有那在廣闊的自然中，所吹起的爽朗之風聲而已。
冥府，死者的住處。這裏沒有任何具生氣的人類。不過亡靈們，卻以身為亡靈而生機勃勃的生活著。
「幽幽子小姐沒有注意到嗎？」
在此寧靜之地，這裏是最美麗而寬廣的場所——白玉樓。園丁正就是否要告訴大小姐異變之事而感到迷茫。就在那時，大小姐剛好向這邊走來了。
「啊，幽幽子小姐……。」
「妖夢，那個好像不一樣了吧？」
「哎？……那個，是指什麽呢？」
「哎呀，沒注意到嗎？
就因為你這個園丁如此遲鈍，才會被別人給貶的一文不值啊」
雖然不記得曾經被誰給貶的一文不值，不過看來大小姐也注意到異變的樣子。
「難不成是說“月亮”的事情嗎？我已經注意到了啊～。你突然就說“那個”我當然會……」
「看樣子是沒人行動呢。妖夢，去看看如何？」
「哎—？為什麽啊」
「騙你的啦，反正妖夢也靠不住。還是前一陣子的那個人類比較可靠呢……，我先走了」
「不要啊～，請不要再說這種捉弄人的話啊～，我去就是了～」
「說你靠不住是真的哦」
西行寺家的亡靈少女，正是她把妖夢給貶得一文不值的。
「不過，大小姐知道我們的目的地是哪裏嗎？」
「當然有很多可能。總之我們到處逛逛，多擊落一些東西就能找到了。」
「不可以這樣啊。幽幽子小姐每次都隻是拚命攻擊而不瞄準，結果最後都浪費好多時間。應該要對準了自己的目標才去攻擊啊，像這樣……」
「妖夢，你背後都是破綻哦。」
幽幽子其實是真的不安心交給妖夢一個人，所以才會自己行動的。如果對手是引發這場異變的家夥，兩個人會比較好吧。
很平靜。看起來似乎很和平。但是，妖怪們卻很苦惱。所謂異變，就是在沒有任何人察覺之情況下悄悄進行著的，不知道由何時候開始……，滿月從幻想鄉的夜晚中消失了。本來應該是滿月的夜晚，月亮竟也稍微有了那麽一點瑕疵，変得不再是完全的滿月了。亦難怪普通的人類沒有察覺到，因為月亮隻不過是僅僅欠缺了那麽一點點而已，隻是一點點。即使如此，對於那些妖怪而言，不再圓滿的月亮就仿如完成使命一般，與消失無異了。特別是那些害怕日光的家夥，這更是關乎生死的問題。人類與妖怪飛向了夜晚的幻想鄉理所當然，是為了尋覓月亮的碎片，以奪迴幻想鄉的滿月。於找到之前就算是令夜幕靜止即使無盡的黑夜會成為永遠
——夏日結束了，離中秋的明月已經沒有太多的時間。人類和妖怪一起，停止了夜晚。
主角出發調查之後，先後打倒了搗亂的蟲妖—莉格露奈特巴格和夜雀—米斯蒂婭蘿蕾拉。在人類村落裏，主角發現人類的村落消失了，原來知識與曆史的半獸—上白澤慧音察覺了異變，用她的能力將人類村落隱藏起來以免村落受到妖怪的襲擊。一番戰鬥之後，慧音給主角指明了道路—迷途竹林。剛進入竹林沒多久，主角就碰到了博麗靈夢/霧雨魔理沙（視玩家所選擇的自機決定，靈夢/魔理沙發現夜晚變得異常的長，於是出門調查。靈夢/魔理沙指責自機就是停止夜晚的真兇並展開了戰鬥。激戰之後，靈夢/魔理沙被打敗，在主角答應會徹底解決這次異變之後就離開了。在竹林深處，主角發現了一座大宅—永遠亭，打倒了攔路的因幡帝和鈴仙·優曇華院·因幡之後，主角終於麵對了讓月亮變成假象的元兇—八意永琳和蓬萊山輝夜，她們為了阻止月球上的使者到達幻想鄉而製作了假的月亮。經過了漫長的戰鬥，永琳和輝夜被打敗。最終，經過一番周折，滿月還是迴到了幻想鄉；同時，永琳和輝夜她們也知道了，幻想鄉有結界保護著，月球上的使者無法到達，她們可以安心的繼續在幻想鄉內生活。
東方花映塚：
春天到臨，百花盛放。這一年裏，所有不同季節盛開的花都一概在同一個季節內盛放。幻想鄉的所有少女們很快就察覺到這次異變的發生。為了解決異變，有些是因為好奇，有些是因為感到有責任，還有些因為覺得很沉悶，大家都各自出發尋找解決辦法。很快地，少女們都在紅魔館附近的“霧之湖”處出發，開始四處探求異變的解決方法。
東方文化貼：
文花帖是天狗記下新聞素材的不可思議的筆記本。
魔理沙「說起來，這段時間我撿到了本讓我感覺很不爽的筆記本，也不知道是誰的東西」
靈夢「是嗎，燒掉了？」
魔理沙「為什麽要馬上燒掉啊。然後，那本筆記本裏密密麻麻地貼著照片，每張還寫著自言自語似的解說。很不爽吧？」
霊夢「不爽呢。然後燒掉了？」
魔理沙「啊啊燒掉了呀。在心裏。盡是些妖怪和彈幕的奇怪照片，‘這張照片用不了’啦這張照片能當素材’啦，這麽寫到。呐，很不爽吧？」
烏鴉在叫。差不多快日落了。不是布穀鳥在叫真是太好了。
靈夢「然後，那本筆記本在哪了？」
魔理沙「因為感覺不爽正想帶迴去，我心裏高興地走著的時候，不知為何已經不在手上了。可惡，也許被烏鴉拿走了吧」
靈夢「那才是令人不爽的事啊。燒的不是筆記本，而是你啊」
天狗和烏鴉在幻想鄉能飛得最快。在號外亂飛時，幻想鄉的新聞記者射命丸文為了收集素材尋找著妖怪。
東方風神錄：
博麗神社。位於幻想鄉東側境界內一個寂靜的神社。忘記迴家的妖怪們仿佛把這裏當成了自己的寢室一般，一直以來這裏都因為人類以外的生物而無比的熱鬧。充滿妖怪的神社自然不會有人類的參拜客到訪，神社內的神靈因為信仰心的不足而煩惱。即便那樣的神社也會有轉機到訪。神社的巫女，博麗靈夢正煩惱著。
靈夢「怎麽樣才能把妖怪們趕迴去啊。怎麽樣才能收集人類的信仰啊」
魔理沙「噢。好象很好吃的丸子嘛」
靈夢「啊，魔理沙。嗯」
魔理沙「煩心事嗎？」
靈夢「前不久，出現個有點奇怪的訪客」
魔理沙「這個神社啊，不淨是些奇怪的訪客嗎」
對於神而言信仰心就是他們的力量。缺少參拜客的博麗神社，其力量逐漸衰退，現在已經跌落到在那據說有八百萬眾神參與的會談中其意見被大家無視的地步。即使說幻想鄉中的神社僅此一家，但不可否認和外麵的世界中擁有若幹神社的神相比其擁有的信仰心的不足，博麗神社的地位正急速下跌。
靈夢「的確妖怪也是奇怪的訪客。但前不久，來了個奇怪的人類啊」
魔理沙「人類的訪客？那還真是希奇啊」
靈夢「那家夥發出了要神社停止營業的命令呢」
魔理沙「等等，你這個神社有在營業嗎……」
博麗神社，除了提供神的住處以外，還擔當著幻想鄉中另一個不可或缺的職責。因此靈夢認為，不管再怎麽失去信仰心，停止營業也是不可能發生的事情。那個不可或缺的職責，就是守護隔絕幻想鄉和外麵世界的境界……。
魔理沙「要神社停止營業啊，真是奇怪啦。說來要怎麽處置停止營業後的神社？」
靈夢「要關門吧，那個，說要轉讓給住在山上的神」
魔理沙「嗯。雙重的奇妙感啊」
靈夢「雖然不知道那時侯出現的人類是什麽人……不過怎麽想這也不是一般的神會說出口的事情吧」
魔理沙「是啊。不過我對那個人類也比較感興趣就是……那你打算怎麽辦啊？
不會說當真要把神社轉讓給那個迷之神吧？」
靈夢「如果說山上那位神能夠收集到比現在更多的信仰心的話，那倒是有可能啦。
能幫我把妖怪趕迴去，最重要的是那樣不就更像一個神社了嗎？」
魔理沙「這樣啊。就算是神社裏的神變了，對於靈夢也沒什麽大影響是嗎」
靈夢「不過呢。怎麽想那件事都太可疑了。
想把之前的神趕走，自己趁機篡奪其位這種事情太可疑。那個人類也是，似乎擁有力量……但卻是沒見過的生麵孔。絕對是什麽妖怪，冒牌貨或者邪神之類的！」
煩惱的結果，靈夢決定親自上山去見那個所謂的神。有意避免入山的靈夢，終於認真開始考慮關於失去信仰心的神社的問題，下了一個很大的決心。這個時候，她還沒想到接下來會有戰鬥在等待著她。
雲上充滿了光芒，遠處能聽見機械傳來的聲音，是天狗的工場醒來了嗎？這裏是集落中的人類所無法踏入的世界，樹木建造的房屋，不合時令的蛙聲，數不清的蛇蛻皮後的空殼。她就在那裏，一直呆在這個地方，和一個人類一起。
角首先來到妖怪之山的山腳下，擊敗了紅葉之神秋靜葉。之後在烤紅薯的香氣裏打倒了秋靜葉的妹妹——豐饒之神秋穰子。隨後主角繼續進入山中，在樹海裏擊退了試圖將其趕走的鍵山雛。在山中的溪穀，主角偶然遇到了河童——河城荷取。荷取試圖阻止主角繼續進入，但是被擊敗。於是主角繼續前行，來到九天瀑布，將負責守衛的白狼天狗犬走椛打敗。之後受命前來勸阻的射命丸文與主角交涉失敗，與主角發生戰鬥。被打敗後，文告訴了主角山上那個剛搬來的神社的位置。來到新神社——守矢神社，主角見到了風祝——東方穀早苗。早苗被打敗後，帶領主角見到了山上的神明——八阪神奈子。八阪神奈子被擊敗後，與博麗神社達成了和解。最後靈夢在博麗神社裏建了一個守矢神社分社。
東方緋想天：
自從巫女進山以來，已經過了快1年了。博麗神社的危機也避免了，沒發生任何事，就這樣和往常一樣，炎熱的夏天來了。但是，巫女卻被這連續幹旱的異常氣象所煩惱。為何在這梅雨季節裏，神社幾乎連一場雨都沒下。不止如此，雨不間斷的森林，經常因為濃霧而看不到的洋館，不存在於這季節的雪……異常氣象到此為止，已經是非常嚴重的異變了。了解這異常氣象實情的人，一個都沒有。但是，如果仔細觀察一下的話，誰都應該看得很清楚了吧。周圍時常持續晴天，周圍時常持續細雨，周圍時常被濃霧所包圍的人……對，這氣象現象僅僅隻是在個人的身邊發生。各種各樣的氣象現象交織在一起的時候，就開始變成了真正的異常氣象吧。當窺視到異常氣象的原因時，異變解決戰爭開戰的信號在大地響起：
——足以震塌神社的大地震。正因為這個地震，隻有在神社的巫女才能感到，所以讓她出山調查異變解決的理由已經很充分了。
冬天被白雪覆蓋著的博麗神社。雖然神社一度因為地震而倒塌，但是現在已經基本恢複原貌了。有一天，突然發生了一件令博麗神社的巫女，博麗靈夢，大吃一驚的事。在博麗神社的附近，突然冒出了一股衝天的白柱，間歇泉。雖然平時碰上什麽突發事件她都會去解決，但是這次的事卻讓她在驚奇之餘更有一種驚喜。因為她覺得間歇泉一定會融化冰雪，並且噴湧出能緩解人類和妖怪疲勞的溫泉。
魔理沙「……靠近間歇泉的話不會很危險嗎？」
靈夢「畢竟是個招攬神社生意的好機會，就算來客會遇上點危險也沒關係的。如果冒出溫泉來的話村子裏的人絕對迴來參拜的。」
魔理沙「我看就算有人來也隻是衝著溫泉而已」
不過，事實卻與靈夢所期望的有點不同。因為從間歇泉裏噴湧出來不僅僅是溫泉水而已。接二連三地跑出來的還有異樣的東西。地靈——居住在地底的妖怪們。因為這個突發情況，靈夢她們也為如何處理這個間歇泉而煩惱著，最終她們決定還是把它當作溫泉來對待。
而事實上，那些地靈確實都比較老實。雖說是地靈，但主要都是地縛靈變化而來的。靈夢認為，對於妖怪啊幽靈啊一直橫行的幻想鄉，就算現在多跑出來這些地靈也不會造成多大的影響。不過，巫女的判斷卻招來了妖怪們的不滿。因為地靈的背後有著靈夢她們所不知道的秘密。住在紅魔館裏的魔法使，帕秋莉·諾蕾姬察覺到了地下的妖怪和地靈湧現到地麵上來這件事的危機。她曾經在書裏看到過，地下沉睡著不輸於地上的妖怪的強大力量。也知道地上的妖怪是不能輕易地去到地底之城的。但是，她的身邊卻沒有什麽能商討這個問題的人。靈夢遲遲不行動讓她心急如焚，於是她隻好很不情願地去找幻想鄉中最古老的妖怪商量了。古老的妖怪——八雲紫覺得地上的妖怪對於地底界的幹涉應當盡量避免。
紫「地底界屬於別的＜組織＞在管理著，所以我們不能采取太明目張膽的行動」
帕琪「如果人類再不采取行動的話那麽就會被地底的家夥們占領先機啊，即使這樣也沒關係嗎」
紫「說的也是……而且如果繼續放任不管的話你們＜又＞采取什麽魯莽的行動那也不太好呢」
帕琪「又是指的什麽……算了這個先不提，你打算行動了？好像你對地底的事也比較了解」
紫「不，我們不必行動。潛入地底的隻有人類。因為……這次的事件可能是想要引誘我們出動的陷阱」
紫隻答應了把靈夢她們送往地下，而妖怪們則在地上擔任援助的工作。被封印的妖怪們，隨著強烈的間歇泉的噴湧而覺醒了。大地的記憶一個接著一個地具體化，再過不多久幻想鄉就會轉迴到古老曆史的時代了吧。地底的妖怪們因為有著可怕的能力所以才會被囚禁在地底。這些妖怪重返地麵，不管對人類還是妖怪來說都是不希望看到的事。靜靜地閃耀著光亮的雪。被美麗的色彩包圍著的宮殿。她，就在那裏。
主角開始進入地底世界，而與其搭檔的妖怪則在地麵上支援。首先來到了昏暗的幻想風穴，在這裏主角先後擊退了琪斯美和黑穀山女。之後主角繼續前行，在洞窟的盡頭，來到連接著地底的橋。打敗了水橋帕露西，主角進入舊都。在舊都的街道上，與星熊勇儀展開比試。擊敗星熊勇儀後，主角根據她的提示來到地靈殿，期間擊退了貓形態的火焰貓燐的襲擾。之後主角見到了地靈殿的主人古明地覺，並將她打敗。覺指出間歇泉可能與她的寵物有關係，於是讓主角從中庭進入更深的地下。在灼熱地獄遺址裏，主角打敗了試探其實力的阿燐。阿燐指引主角進入地底都市最深處。在與造成了間歇泉產生的靈烏路空戰鬥並擊敗她後，主角明白了怨靈的出現其實是阿燐故意放出以引起地上人注意，而間歇泉已無法停止。不過主角對於附身在阿空體內的神靈感到不解，並對妖怪山上的兩位神明產生了懷疑……
東方星蓮船：
土地變得泥濘，曾被寒冰覆蓋的大地上，萬物開始複蘇。覆蓋著幻想鄉的少量積雪，封住了在這個冬天蘇醒的地靈們，也足以使妖精們的活動變得遲鈍。這樣安穩沉睡的季節也即將告一段落。博麗神社。遠離人類村莊的邊境之地上建起的神社。博麗神社的巫女博麗靈夢從居住在森林裏的魔法使那兒聽到了一個傳聞。據說，有人目擊到雲的縫隙中有不可思議的船在空中飛行。那艘船在雲間穿行著，似乎在尋找著什麽。
魔理沙「……那船是七福神所乘坐的寶船，據說隻要抓到它就能一輩子衣食無憂了耶。所以說它一直在躲避著**深重的人啊」
靈夢「那麽蠢的傳聞你也信啊？」住在森林的魔法使霧雨魔理沙皺起了眉頭。
魔理沙「我怎麽可能信啊？再說要是真的有這麽艘船在天上飛，在這神社就能看得見才對」
靈夢「寶船啊——」
魔理沙「去年因為夏天氣候異常農作物歉收嘛。因為人心不定才會有那樣的傳聞招搖過市。這就是所謂求神保佑，或者說是等別人來救吧」
靈夢「寶船啊——也就是說，藏著全世界的珍品和金銀財寶」
魔理沙「對了。就是據說有七福神乘坐著的寶船。」
靈夢「寶船啊——」
魔理沙「唔……」
靈夢和魔理沙的對話中斷了。枳句來巢，空穴來風。雖然不能確定到底有沒有寶船，但是說不定是真的有人類看見了天上有什麽東西在飛，才傳出了這麽個傳言。兩人都像是不願讓對方察覺自己的心思似的。一位從山上下來的訪客，打破了這靜寂。
早苗「啊，真奇怪。你怎麽還在這裏呀」
她是最近來到那座山的人類，東風穀早苗。
靈夢「你不常來這裏呢。有什麽事？」
早苗「雖說沒什麽大事啦……難道靈夢小姐沒有看見天上有一艘船在飄浮嗎？我還以為你已經行動起來了呢」
靈夢和魔理沙麵麵相覷。
靈夢「在空中飄浮的船？」
早苗「我有點事情想要找那艘船，正打算搜集一點信息……」
靈夢「誒？等等」
魔理沙「有船在天上飛，這事是真的？」
早苗「誒？你們不知道嗎？你們瞧，明明那麽明顯的」
早苗以的表情指向空中。靈夢與魔理沙跟著抬起頭。在那兒，有一個前所未見的龐大黑影，快要消失在雲中。藍天被船影所遮掩，連雲也仿佛變成了紫色。船中空空如也。曾在船中的金銀財寶早已散佚，剩下的東西也散發著陳年黴臭。僅憑凜冽春風，仍不足以將那黴味吹散。但是，隻有那位大人留下的寶物，即使變成碎片也不會失去威力吧。如果能將那碎片收集起來，說不定……
主角們首先遇到了正搜尋飛倉碎片和寶塔的納茲琳，將她打敗後又遇到了無所事事想要嚇人的多多良小傘。小傘被打敗後，主角再次看到船，於是繼續向船進發。到了船上，認為主角是前來掠奪的雲居一輪和雲山向主角發起攻擊。失敗後，暫時逃掉了。之後再次登場的一輪從雲山處聽說主角正在收集飛倉碎片（ufo。於是想要主角交出以使某人複活，但是被拒絕。被主角擊敗後，一輪以為主角想要親自將那人複活，將主角引進船內。在聖輦船內，主角遇到了船長村紗水蜜。為了使船向魔界進發，村紗拖住了持有飛寶的主角。於是主角與船一進入了魔界。在魔界裏，主角再次見到剛剛拿到寶塔的納茲琳。打敗她後，主角見到了毘沙門天的代理寅丸星。寅丸星被擊敗後，與主角一起解開了封印。在法界中，主角見到被解開封印的聖白蓮。因為無法認同白蓮對於人與妖怪平等的言論，與她發生戰鬥。後來，白蓮向守矢神社尋求幫助，一同將船改造成命蓮寺。
東方神靈廟：
博麗神社，座落於遠離村子的邊境之地。大地從皚皚白雪的冰封中複甦，幻想鄉再度恢複她原本的美貌。櫻花與神靈共同漫舞在怡人的春意之中。
靈夢「櫻花好看是好看啦」
魔理沙「櫻花好看不就好了嗎」
在幻想鄉裏沒有活著的生物會白白錯過盛開的櫻花之美。博麗靈夢和霧雨魔理沙，這兩個活人也不例外。
靈夢「但是卻有一股不好的預感呢」
魔理沙「真神奇。我也是」
落櫻繽紛春不待，如果錯過了這次機會，可能得等到紫藤綻放的春夏之際才能賞花了。但是兩人依然無心在櫻花樹下席地而宴。為何呢因為正體不明的靈體在兩人麵前倏現驟消的飄浮著。
靈夢「好像，之前也經曆過這種幽靈遍地的春天呢」
魔理沙「啊，不過當時根本沒辦法賞花啦。因為春意都被搶光光了」
靈夢「嗯，當時是冥界那兩個人在搞鬼呢」
魔理沙「對嘛，任何和靈體有關的事情肯定和她們脫不了關係」
靈夢「沒錯，隻要這麽想的話淮沒錯啦」
後來才明白這些四處飄浮的正體不明靈體，既非普通幽靈，也不是前陣子出現的怨靈。這些是神靈。本應超脫為神的靈體。一般而言，神靈多半居住在神社裡，其實它們是隨處可見的沒有固定型態的靈體。這些神靈讓她們困惑不已。
魔理沙「再這樣下去，明天就沒辦法賞花了耶。好吧」
靈夢「什麽？」
魔理沙「啊，嗯。沒什麽啦。我隻是對這些神秘的靈體感到好奇」
靈夢「是該動身了。調查一下這些靈體出現的原因吧」
眼見機不可失。兩人趁著夜色，爭先恐後的動身調查。
另一方麵，山上的神社也發生了異變。坐落於妖怪之山的守矢神社，神社的巫女東風穀早苗，身邊也出現了這些神秘的靈體。早苗覺得很不可思議，不過她察覺到這些靈體並非幽靈。這些靈體是神靈。和神奈子大人以及諏訪子大人具有相同的性質。超乎常人的強烈人欲、想法、恐懼與情感，是神靈出現的原因。一般而言，神靈很少危害人類，如果沒有強烈的**。例如祈求豐收或是除厄避邪等，是不會產生神靈的……。
早苗認為，這些神靈可以利用。收集神靈就像是收集人類的**，這和收集信仰本質上是相同的。然而，早苗也不知道為何神靈會如雨後春筍般出現。而且也沒發現足以席卷整個幻想鄉的巨大**。於是早苗決定前去調查神靈出現的原因。值此同時，冥界也出現了異變，有其他靈體混雜在幽靈中。不，正確來說，是從幽靈身上接二連三出現神靈隨即消失，然後再度出現不斷循環著。
冥界的庭師，魂魄妖夢對此大惑不解。當然，她也感覺到神靈從自己的身上出現。這些虛無飄渺的神靈轉眼間就消失，但是卻能感受到微薄的意識。不，這些剛誕生的神靈沒有什意識可言。或許就像新冒芽的植物驅光性本能一樣，一半是人類、一半是幽靈的妖夢能感受到這一點。這些靈的目標是人類村落方向。正當妖夢這麽想的時候，村子方麵隱約浮現一抹微亮。
妖夢「原來如此。不是隻有我身上會出現神靈，任何生物都會吧。」
於是妖夢放下手邊的工作，立刻前去調查，不過……。神靈似乎在尋找能接受自己的人類。
在陰暗土臭的靈廟中。神靈們幽暗的微光勉強映照著四周，但隨即被黑暗吸收，連自己的全貌都無法完整呈現。這時候神靈察覺到一件事。我們每個人都有想貪分、閃躲彈幕，或是發動符卡的**，但誰能傾聽我們這些微小的**呢？終究是幻想罷了。這一丁點**最後還是得靠自己的努力才能達成。然而神靈依然寄託這一縷微弱的希望堅定不移的朝黑暗中前進。就這樣，這些神靈連自己誕生的原因都不知道，最後化為虛無。它們沒有注意到，有人正暗自看著這些神靈竊笑。隨著複活的時機來臨，她的臉上泛起一抹微笑——同時更堅定複仇的誓言。
東方心綺樓：
再三而至的天變地異，無可反抗的天災之恐怖，這些給人類村落帶來了悲觀的厭世情緒。村落被沉悶不堪的空氣卷旋纏繞。但盡管如此，仍然看不出絲毫的絕望感。非要給個詮釋的話，差不多類似於不管怎麽做，都不會改變未來的閉塞感吧。
‘這不是挺好嘛！’
不知是誰發出的聲音，聽起來倒是有那麽點道理。對啊，若是不會改變的話，不就表示幹啥都行麽？沒錯，包括再多點瞬間性的生活，那種心跳的感覺。於是村落裏不再閉塞麻木，居民的心靈被一點點解放，與此同時，秩序也被逐漸地打亂。也有人以別的方麵看待這樣的情形，他們被稱為宗教家。
宗教家考慮的，當然是把混亂不堪的人心掌握到自己的手中。這樣在取迴秩序的同時，也是給己方收集信仰的絕好機會。
在幻想鄉建立寺院的僧侶，舍棄俗世，以不老不死為目標的道士，還有希望複權的巫女。她們下定決心喊出口號。
「這個時候就該是我出場的時候了」。
來吧，以各自的信念為武器，來場充滿魅力的戰鬥吧，寶貴的人氣正等著你們去相互爭奪！
東方輝針城：
博麗神社。建在遠離人類村莊的邊遠之地的神社。神社的巫女、博麗靈夢正困擾著。因為驅魔棒不聽話了。隨隨便便動起來的驅魔棒。沒錯，這不就是付喪神化了嗎？那麽這樣一來不就成她的敵人了嗎？但是，她並不打算行動。因為，自己動起來的道具非常方便。可能是因為感到內疚，她並沒有告訴任何人。就在這時，不曾預料的事態發生了。
魔法森林。全年都十分潮濕的森林。在其中有一個比較幹燥的空間。那就是魔法使霧雨魔理沙的家。看來隨意驅趕周圍的濕氣，讓這裏幹燥的，好像就是她引以為豪的道具，迷你八卦爐。噴火的道具迷你八卦爐厭惡濕氣。看來它是憑自己的意誌行動的。她對該如何對待隨隨便便行動起來的道具感到十分煩惱。該如何用這個妖器之火去烤焦妖怪……。
女仆長十六夜咲夜，從吸血鬼那裏接到了命令。是“霧之湖有妖怪在鬧事，給我想想辦法”這件事。雖然是平時應當不會說這種話的吸血鬼，但因為似乎有什麽內幕，也沒有深究，就直接出擊了。為什麽會這麽想呢。因為她最近發現了不可思議的劍。那是可以隨隨便便動起來的劍。暴動的妖怪與不可思議的劍。不可能毫無關聯。因為，當她一拿起那把劍，也開始想大鬧一場了。
狂暴的妖怪引發的騷動到處頻發。隨隨便便行動起來的道具也隨處可見。到底發生了什麽。無論是靈夢她們，還是狂暴的妖怪們，都不清楚。逐漸地，令人不安的陰雲開始籠罩天空。巨大的建築在強風中軋軋作響。幻想鄉中響徹著不協和的聲音。
彈幕天邪鬼：
身為天邪鬼的鬼人正邪。她使用了小人族的至寶「萬寶槌」，打算顛覆幻想鄉的社會。這個企圖以失敗告終之後，她卻仍未放棄。在得知被萬寶槌的魔力侵蝕的道具會自動動起來後，她趁著道具主人沒有察覺之際，悄悄地收集了道具。
「把殘留在這些道具裏的魔力集中起來的話或許……」
但這個企圖也不知為何泄露了。在淪為了企圖顛覆幻想鄉社會的叛逆者的她的麵前，妖怪開始接二連三地出現。妖怪們會使用無視規則的彈幕向她發動攻擊吧。無需留情，用被詛咒的道具反擊吧！
東方深秘錄：
人類村落裏出現了奇妙的流言。
「長著人臉的狗在翻肥料堆」
「有人看到老婆婆在賣人腳」
這種無聊的流言爆炸式地傳開，讓孩子們陷入了恐慌。這些流言既真相難解又陰森恐怖，和以襲擊人類為本分的妖怪完全不同。因為沒有出現實際受害者，漸漸地大人們隻把它們看作是孩子們的玩笑話。當然，她們也是不會害怕的。因為她們知道這就是外麵世界的“都市傳說編出來的故事”。
都市傳說有個很奇妙的特征。就是隨著口頭流傳的流言發生變化，怪異現象也會相應地變化。靈夢她們披上和自身相符的流言，像玩具一樣玩弄著這些怪異。隻要膽子大，敢於主動去操控流言，就能讓顯現出的怪異變得無害。不僅如此，甚至可以將其化為自己的力量。她們認為，由自己來操縱都市傳說，是防止其他人受害必要的手段。事實也的確如此，直到某一天的夜裏。
正當都市傳說的騷動剛落下帷幕…幻想鄉卻陷入了毀滅的危機…妖怪看不見的奇異機械，正在將幻想鄉一點點淨化。機械所過之處，樹木枯萎，寸草不生。在都市傳說騷動中出現的七顆靈異珠之一的月都之珠，似乎與這有莫大的關係…永琳和輝夜，似乎對這個狀況早有預料。受其委托的人類們和永琳的弟子鈴仙，在永琳的幫助之下展開調查。遭遇了月之使者的她們，決定前往月都一探究竟。在那被狂氣圍繞的月之王國，到底發生了什麽事情？
在幻想鄉的都市傳說具現化的同時，「阿波羅號並沒有到達月球」這樣的流言也在到處傳播。與此同時，在山上出現了金屬製的蜘蛛。那個蜘蛛正在慢慢地徘徊著。
靈夢「那麽，奇怪的機械在？」早苗「那個在朝靄籠罩的山裏」它有著與其他哪種幻獸都不像的、毫不累贅的外形。僅在蜘蛛經過的地方的霧氣正在消失、樹木正在腐朽。
靈夢「像蜘蛛的機械是怎麽迴事？」
早苗「雖然隻是看了一眼，但應該不是和妖怪搞混了」
靈夢「是河童的道具嗎」
機械經過之後，生物就沒有了生命的跡象。天狗在上空飛著，不知道為何沒有注意到蜘蛛。蜘蛛望向山麓，慢慢地從崖上下去了。
早苗「無論如何都有些在意啊。那種形狀，我想應該不是偶然」
早苗坐立不安。
靈夢「那是什麽啊，總覺得有些急躁」
早苗「那個倒是很像好奇號啊」
輝夜「注定的日子到了呢」
永琳「您要怎麽做呢？」
輝夜「這種事情不是早就決定了嗎。我已經做好覺悟了」
永琳對理所當然的迴答很滿意。
永琳「既然那些家夥開始行動了，人類大概根本就無法與之對抗吧。然而，如果我們出手，就中了對方的計了。而且地上的妖怪應該也無法進行幹涉吧」
輝夜「那怎麽做呢」
永琳「為此，我特地做了一劑藥。派鈴仙把這個交給巫女她們吧。」
位於魔法之森的魔理沙的家。突然出現的七個靈異珠。其中的一個、代表月之都的球到底是什麽呢，魔理沙正在調查這個。
魔理沙「可是不管怎麽看，這個都是整個都市傳說騷動的元兇啊……」
正在不知所措的時候，那裏出現了月之兔、鈴仙。
金屬製的蜘蛛不會停下淨化的腳步。轉眼間，樹就枯死了。蜘蛛走過後，連雜草也沒有留下。幻想鄉被完全淨化的時候，就會變成完美的世界了吧。成為美麗的無生物星球。
m。
東方靈異傳：
東方靈異傳這裏是存在於東之國度的小小的神社“博麗神社”。因為這裏總發生許許多多的怪事，普通的人類都不敢接近。但是，山下的人類的村莊流傳著“不像人的什麽”的傳說。那就是，這個神社裏有個代代擁有神通力的女性，也就是巫女存在。為何，這個小神社裏有巫女的力量存在？這是因為這裏是地獄和魔界，“不像人的什麽”住在這兩個世界的交接點。很久很久以前，為了將這裏橫行的妖怪、惡魔等封印，集結在全國各地有力的修行者、退魔師，終於集合，成功地封印了它們。但這時反作用力非常巨大，將集結起來的人們也全部消滅了。就在這時，那種程度的封印的有效力也十分的微薄了。“不像人的什麽人”的這個神社的巫女，為了不能解決的事的樣子而下村莊，是希望與敵人的頭目為對手，努力地積累修行呢？還是自不量力地犧牲自己呢？大門向這邊打開了……
事實上是，有著總是被卷入異變體質巫女“博麗靈夢”，因“不像人的什麽”把神社破壞了而大怒。為了平息怒氣，將“不像人的什麽”給全部消滅了！！以上，有半句是假的，真的事實是，博麗靈夢是個十足的樂天派。這次也如所見，一時心血來潮闖入了“大門”。知道在這裏有退魔效力的，除了博麗神社最大的秘密武器“陰陽玉”的東西，暫時沒什麽辦法。靈夢：“嘛，總有一日。無論怎樣也得好好地使用陰陽玉呢。”會發生什麽呢……
東方封魔錄：
這裏是某個東之國的山中，博麗神社比較平靜。博麗神社的巫女靈夢，為了提高靈力打算暫時修行下，為此呆在了山裏。
修行雖然還算順利，但是靈夢突然說想在被窩裏睡覺了，於是她決定先迴神社。但是，當她迴到神社的時候，卻發現神社住滿了大量的妖怪，還有非人類的存在，瘋子等等。
靈夢：“這什麽呀～這樣的話叫我怎麽睡得著啊。正好，讓你們瞧瞧我修行的成果！”
但是，討厭修行的靈夢雖然是上了山，但是她的目的隻是為了山裏的溫泉和秋天的美食罷了，其實根本沒怎麽修行過。
玄爺：“主人，這次的妖怪好像被奇怪的力量控製著。也就是說他們的大頭目很可能在某個地方。還有，總覺得有一種異文化的力量……不管怎麽樣，我會跟您一起去的。”
靈夢的仆人龜爺爺，玄爺一邊擔心靈夢一邊那麽說道。
靈夢：“你不用說我也打算帶著你去。我一個人的話不會飛啊……”
於是，靈夢和玄爺一起，帶上博麗神社最大的秘寶“陰陽玉”，為了調查妖怪出沒的原因，趕往博麗神社消滅妖怪。一路上到過種種奇怪的地方，也遇見了形形色色的怪人。
靈夢：“還真是有夠怪的。”
東方夢時空：
這裏位於某個東之國的山中，博麗神社大致還是很平靜的。
因為博麗神社的巫女、靈夢實際上擁有卷入奇異事件的體質（本人也有點特別如果沒有發生奇異事件，就會閑得不得了。
靈夢「啊～啊，閑得不得了，發生什麽讓我想“怎麽辦呢”的事就好了。」
主人公有空的話，不可能不發生什麽事。
在決定打掃庭院還是從神社出去時，靈夢發現了遺跡。
靈夢「什麽嘛，在神社的附近居然有遺跡。明明直到昨日還沒有的說！！（怎麽辦」
魅魔「啊，靈夢也來了啊」
靈夢「哎哎，魅魔。話說，仔細看，有不少人都在啊」
靈夢「到底怎麽迴事，這個遺跡～」
魅魔「根據古代的傳說，在這個遺跡裏沉睡著可以給來者幸福的什麽東
西。」
靈夢「什麽嘛，就像是那種形跡可疑的宗教的勸誘一樣的傳說。而且，直到昨天還沒有這東西呢。雖說如此，這到底算什麽啊，那個所謂的傳說～。」
魅魔從口袋裏拿出一張折疊著的紙頭。靈夢展開了那張紙。
那張紙上這麽寫著。
「古代遺跡，‘夢幻遺跡’
本日10點開店
我們會為造訪遺跡的來賓，提供讓您得到幸福的禮物，
衷心期待著各位的來臨。」
靈夢「什麽っ☆」
靈夢「這算什麽啊～，這張傳單～（哪裏是古代的傳說啊～。遺跡就是開店～？而且，明明直到昨天還沒有～。你們這些家夥，居然被這種可疑的傳單欺騙了，還滿不在乎地到這裏來～！」
魔理沙「原來如此，靈夢不感興趣呢。這麽說的話···」
靈夢「···誰說沒興趣了。」
靈夢「雖說我很忙（誤，在這種地方出現了遺跡，還是有點疑惑的。我就是稍微抱怨下罷了。」
魅魔「還沒閉店啊。而且，也沒看到入口。總之先等著吧。」
靈夢（哎呀呀，為什麽會發生這種事啊，嘛，雖說一直都是如此···嗯？
靈夢「在這種地方居然有告示牌啊。」
魔理沙「咦っ、真的嗎？什麽什麽···」
－－－－－－－－－－－－－－－－－－
｜夢幻遺跡內定員1名｜
｜｜
｜人數再多的話，就不被承認了｜
｜進入人數超過規定人數的話｜
｜就不能保證這個時空的遺跡的｜
｜存在了｜
｜｜
－－－－－－－－－－－－－－－－－－
靈夢「······？」
魅魔「也就是說ー」
魔理沙「唿っ唿っ唿っ」
一同「一決勝負吧！！！」
東方幻想鄉：
這裏是東之國的山中，博麗神社向來平安無事。博麗神社的巫女，博麗靈夢也向來閑暇。
靈夢「啊～啊，怎麽沒有什麽工作（有趣的事情啊」
這麽說著的時候，突然大量的妖怪和其他什麽的把神社圍了起來，自作自受。
靈夢「嗚誒～什麽啊～」
靈夢一下子忙活起惡靈退治來。
靈夢「唔嗯～這樣下去神社會壞掉的啊，沒辦法了呢。找出原因後擒賊擒王啦！」
無意中（不要小看巫女的無意中踏足於神社後山中一片湖中奇怪地方的靈夢，趕忙向山的另一邊奔去。
（要說的話，這種時候無人的神社才會壞掉……
靈夢「果然，這裏很怪啊。數量驚人的惡靈啊。」
靈夢「久違的工作（惡靈退治，好興奮啊～！！」
——另一邊廂。
魔理沙「唔嗯～什麽啊，這魔力。」
強大魔力的持有者霧雨魔理沙，理所當然被強大的魔力所吸引。魔理沙為了把這力量據為己有而向信號源而去。
魔理沙「真走運啊。這麽大量的魔力是打哪兒來的呢？」
魔理沙瞞著靈夢向湖而去。應該是……
就這樣，兩個人各懷心事向著湖出發……嗯～
東方怪綺談：
這裏是東之國的山中，博麗神社向來平安無事。然而，博麗神社的巫女，博麗靈夢，這次看起來沒什麽閑暇。要說為什麽，這是因為有魔物少量而連續不斷地從魔界來到這裏。因為靈夢要連續不斷地退治那些家夥，所以也就連續不斷地沒有閑暇。
靈夢「最近有點異常啊～」
感到異變的靈夢，開始調查原因，以及尋找魔物們是從什麽地方出現的。
結果，知道了它們是從位於神社的後山、「相傳有魔界之扉存在的洞窯」出現的。
靈夢「果然是這裏呢。就算打到再多的雜魚也是沒用的。現在隻有進到魔界，收拾它們的頭頭了。」偷瞄到這個情況的魔理沙——
魔理沙「嗯～魔界嗎～那也不錯呢。」
決定了要去作為魔法聖地的魔界（觀光，趕緊瞞著靈夢出發了。
靈夢「說起來，怎麽才能到魔界去呢（汗」
——與此同時
住在人間界的惡靈魅魔，和妖怪幽香，兩個人都被魔界的來者弄得有些不爽。
魅魔「明明是魔界人，真自大啊。人間界可是我的東西。」
幽香「好像挺有意思的～去魔界看看吧～」
因為不太讓人理解的理由，兩人各自向著魔界出發了。嗯～
東方紅魔鄉：
這裏是東邊的深山之國，遠離人類的村落。博麗神社，就是那裏的邊境。這座山，本來就沒有住人，是就算現在也不會有人踏足的地方。人們叫這裏做幻想鄉。現在也和往常一樣，人類以外的生物和那很少數的人類在自由的四處走動著。人們盲目相信著文明開化，人類把黑暗的部分從生活中排除了。實際上，那是對棲息在宵暗的生物來說，也是和人類互不幹涉的舒適的環境。然後，在一個夏天的一天，沒有任何預兆，險惡的妖霧開始包圍幻想鄉。看起來，那簡直就象幻想鄉在討厭著陽光。
博麗神社的巫女，博麗靈夢也在過著平靜安穩的生活。就在基本上不會有人來的這間神社，無聊又充實地過著快樂的生活。那樣的夏天，靈夢稍微沒那麽無聊了。
靈夢：「真是的，到底怎麽啦？這樣不就陽光又沒曬到天氣又不晴朗了嗎？」
這樣下去，霧會蓋過神社，到達人類的村落。幻想鄉幹涉了人們的生活的話，幻想鄉也會被人類排除掉吧。
靈夢：「這樣的話，找到原因解決就是巫女的工作（嗎？總覺得，那邊的湖很奇怪，去看看吧！」
少女所能看到的隻是一片的妖霧。直覺敏銳的少女，憑著感覺向著湖的方向出發了。
住在很少人住的森林的普通的少女，霧雨魔理沙，在天空普通地飛著。發覺不知什麽時候，霧把整個湖都蓋住了，讓整個湖都看不清楚。直覺普通的少女，認為是可能在湖裏有個浮著的島之類的。
魔理沙「普通的情況下，人類也會在有水的地方聚居吧。」
怪物也是沒有水的地方就不能生存吧，這樣的想法的確象人類的思考方式。
魔理沙「差不多了，那家夥該行動了吧，稍微去看看吧。」
少女象是為了尋寶一樣出發了。或者說就是為了去尋寶。
湖被一大片妖霧包圍了。
雖然是普通的人類撐不了30分鍾的程度的妖氣，果然不普通的人類也隻能撐30分鍾。妖霧的中心地，白天經常是模糊的光亮著，夜晚的月光也是模糊地明亮著。在霧中看到的滿月也是模糊的象是變大了幾倍的樣子。如果這霧是人類弄出來的話，可以想象出那將是一個連顛茄花都咬過的人類。在中心地有一個島，那裏討厭人類的氣息，雖然不是非常的，但也不是人類會住的地方，有一個很少窗子的洋館。在不分晝夜的洋館裏麵，「她」就在那裏。
主角首先向著紅霧的疑似源頭——湖中的島飛去。還未到達目的地，主角已經先後被在正在湖邊緣的露米婭和將湖稱為自己家的琪露諾攔了下來。戰鬥之後卻發現，露米婭和琪露諾都跟霧的源頭無關。當主角剛到達島時，立即遭到了許多守衛的攻擊。這次進攻是由紅美鈴所領導，但紅美鈴沒能成功阻擋主角的闖入，反而無意中將主角帶到了紅色的洋館——紅魔館。之後，主角進入了紅魔館內部，顯然放出紅霧的人就在裏麵。主角首先去看了看灰暗的地下圖書館，館內的帕秋莉·諾蕾姬試圖阻止主角更加深入。緊接著主角到達了主要的走廊。女仆長十六夜咲夜也試圖阻止主角到達紅魔館的主人處。在長長的征程之後，主角在露台麵對了紅魔館的主人，緋紅的惡魔——蕾米莉亞·斯卡雷特。蕾米莉亞承認，放出紅霧是為了遮擋陽光，以便讓她白天的出行能更加舒服（蕾米莉亞是吸血鬼。經過激烈的戰鬥之後，蕾米莉亞被打敗。於是，蕾米莉亞把紅霧收起，讓幻想鄉恢複了正常。
東方妖妖夢：
暖和的季節結束了，邊境被銀色的幻想所封印。人們在這不知道什麽時候結束的漫長冬天中，也變得安分起來了。但是，活潑的狗還有妖怪們和這並沒有關係。沒錯，這裏，幻想鄉原本就沒多少人類，而且在冬天，冬之妖怪也會吵鬧起來。漸漸地，到了雪融化，銀白色的飛雪變成櫻花爛漫的季節。幻想鄉也並不例外地到了本該是暖和起來的季節。到了5月，春天卻沒有到來。
幻想鄉的博麗神社的巫女——博麗靈夢對寒冷最頭痛了。
靈夢：「啊～凍死我了——」
隻是，和平時不一樣的是「現在已經是5月了」。雪卻越下越大，這場雪已經持續了一周以上。
靈夢：「真是的，平常的話，這個時期櫻花都開了。今年為什麽是大雪？」
少女認為這是不用說出口也清楚的理由。所以，因為說出來更冷，還不如默默地去把這原因給毀掉。
靈夢（原因的方向是這邊沒錯吧？)
神社從以前以來就通風很好，不，不如說是四壁透風了，在家裏也住不下去了。少女和以前一樣隨自己的直覺出發了。
普通的魔法使——霧雨魔理沙和普通人類沒什麽兩樣，對於嚴寒也相應地很討厭，卻從中享受著另一種樂趣。
魔理沙：「雖說很普通，不過也不是討厭春天啦。」
霧雨宅因為有魔暖房的緣故而很暖和。不過即使不這樣魔法室也是某種暖和的地方。
魔理沙：「因為這場雪，就不能去神社玩了啊。」
少女看見了自己家門前的飛雪中，夾雜著桃色的花瓣。這是隻在這裏東方的國家才會開放的花的花瓣。對，是櫻花。
魔理沙：「難道，冬天是隻存在於這裏嗎？
不對，已經5月了啊，因為太冷而沒發現到咧」如果去上風處應該可以找到開放的櫻花。隻是，雪是從山上吹下來的。而原本山上的櫻花就應該比平地遲的……少女沿著櫻花的花瓣，為了尋找還看不見蹤影的春天而出發。
紅魔館的女仆，十六夜咲夜在溫暖的房間裏喝著咖啡。
咲夜：「準備的細炭和咖啡豆也差不多快要用光了。」
暖房燃料沒了的話，人類還是不能度過這冬天的吧。
咲夜：「實在沒想到這次的冬天會持續這麽久啊，燃料沒了的話，大小姐又要囉嗦了。」
能送東西到這裏的人類是不存在的，幻想鄉的住民們，會把所有的燃料和食品準備好一冬天的分量。這是因為以前本來就險峻的山路被大雪完全破壞，一直持續下來的習慣。
咲夜：「在燃料用完之前，冬天可以結束就好了。大小姐，春天之前請讓我休假。」
這個時候的大小姐，還確信著再過一天就到春天了。所以爽快地把咲夜送出了門。
幻想鄉真的是永遠的冬天了。過了5月，風雪卻似乎又強了一級。即使在這樣的幻想鄉，也有著花朵盛開的地方，那是不為人知的存在。如同字麵意思，「人」是不知道那裏的。這裏幻想鄉，原本「人」的數量就不多。
春天還未到來。
主角雖然出發了，可是對於異變的源頭卻毫無頭緒，於是決定先跑到山上看看。在山上，主角遇到了琪露諾和自稱黑幕的蕾迪·霍瓦特洛克，打倒之後卻發現天氣完全沒有變暖。主角在迷路的時候無意中來到了迷途之家——橙的地盤，打倒橙之後主角仍然毫無頭緒地到處亂轉。這時候，愛麗絲·瑪格特羅伊德登場了，在三番四次的交手之後，愛麗絲給主角指明了方向——天空。於是主角一直向上方的天空前進並遇到了春之妖精——莉莉懷特，最終主角到達了幽冥結界——冥界的入口前麵，發現這裏一片春意盎然。在打倒了騷靈三姐妹——露娜薩、梅露蘭和莉莉卡並強行打破幽冥結界之後，主角進入了冥界，確定了幻想鄉的春天都被收集到冥界了。在白玉樓的階梯，主角遇到了魂魄妖夢，戰鬥之後妖夢告訴主角，是大小姐命令她去收集春天的。在再次擊倒妖夢之後，主角終於麵對了此次異變的幕後黑手——西行寺幽幽子，原來幽幽子是想讓從來都不開放的冥界的櫻花樹——西行妖開放，才讓妖夢去把春天都收集迴來的。在一番漫長的戰鬥之後，幽幽子被打倒，於是幻想鄉迎來的短暫的春天。
東方萃夢想：
漫長的冬天，短暫卻盛大的春天，即將從幻想鄉度過。把山染成如此淡紫色的櫻花樹也隱藏了自己的身形，被一片深綠色所包圍……隻有人、妖怪，還有諸多其他的生物集中賞櫻的盛事，至今一直在反複。那賞櫻會，不僅僅聚集了幻想鄉的少女。隨著宴會的一次次進行，幻想鄉裏那正體不明的危險妖氣也逐漸增強了起來。
然而，雖然妖氣一直在增強，卻什麽事都還沒發生。犯人也好，動機也好，全都不清楚。連其目的也不得而知。妖氣一步步增強，卻沒有哪個人有意中止那反複的宴會。樣一來，來參加宴會的人類、妖怪看起來都很可疑也是沒有辦法的。離下次宴會隻剩下三天了。
主角：「到下次宴會前，我一定要徹底查明這個妖氣的原因！」
東方永夜抄：
夏日結束了。那是在蟬鳴聲，逐漸被鈴蟲的叫聲所掩蓋時所發生之故事。幻想鄉這裏的酷暑，到了夜晚也會完全地消散，這不管對人類還是妖怪而言，都是一個舒適的季節。一如往常的和平。至少，人類們是這麽認為的。
這裏，是存在於幻想鄉邊境的一座古老房屋。
房屋本身所散發出的曆史氣息，仿佛拒絕所有來訪者一般。這個家裏放滿了許多像是人類世界的道具，比如那用途不明的機械，無法理解內容的書本、雜誌，形形色色。於外麵那世界用作影象接收機的鐵箱子，在這裏也不過是具靈力的容器罷了。「能映照人類形態的東西很容易附上靈魂啊」，她這麽告訴自己的式神。境界的妖怪就住在這裏。她注意到幻想鄉中輕微的異變，近來一直過著白天也睡不著覺的日子。雖然未能確認敵人的身份，但既然能夠做出「這種」事情，想必是個實力強大的家夥。隻是，平常基本不怎麽出門的她，覺得由自己親自出麵解決，是一件非常麻煩的事情，因而不太情願。
「對了，去唆使“那家夥”讓“她”去做不就好了」
就這樣，紫向著同樣位於幻想鄉邊境的神社出發了。在那裏居住著一位自己認識的人類。那個人類，一直都是懶懶散散且很無聊吧。所以不管什麽工作，她都應該會接受的。
有著一股不吉的氣息，據說這個森林會吞噬生命。這裏是一般人不會主動靠近的場所，時刻充斥著令人忌諱的妖氣。魔法之森，由幻想鄉的魔物自行聚集而成的森林。在那片森林中，有一個布置著細細的人類身軀、微小的建築物以及比人類要小上一圈的小小的人偶娃娃。七色的人偶師在堆積如山的人偶中讀著一本書。
「為什麽那些人類們，就沒有注意到如此大的異變呢」
「為什麽呢？」
這樣下去的話，一直很期待的「那個」不就無法繼續了嗎。因為大家都對異變表現出不關心的態度，平常不太出門的她隻好自己展開了調查。不，是準備開始調查。
「真麻煩啊，讓習慣處理這些事情的“那些家夥們”去做不就好了嗎」
「的確的確」
既不清楚敵人的情報，也不知道究竟應該怎麽辦才好。想來想去，最後還是向著住在同一個森林中的人類那裏出發了。手中拿著幾本書……。這是人類幾乎沒有機會能得到的，珍貴的魔導書。這樣一來，那個人類就沒有理由不行動了。
座落湖畔的一座洋館，紅色的建築。今日也充滿了喧鬧聲。白色的湖與綠色的森林中，那紅色的洋館本該是很不協調的東西。但這裏卻很神奇地給人一種安心之感。這洋館——紅魔館中的時間，據說是停止的。這並非是一種比喻。吸血鬼，正在尋找自己的一名女仆。
「我拜托你的事情做好了嗎？」
「實在非常抱歉，雖然大小姐這麽說，但我實在不明白是什麽意思……」
看來和眼前這個人類，是怎麽也說不通了。
「算了！我親自跑一趟吧。咲夜你就留下來……好吧，隨便你怎樣都行」
很明顯沒有強製命令其看家。結果，女仆亦以保護者的身份跟著一同出發了。正想著，當太陽升起後，大小姐就不方便一個人行動了……眼下一派平靜，亦沒有要發生什麽事件的先兆。姑且讓大小姐稍微運動一下，待累了就會迴來吧。女仆隻以為是興之所至而沒有多想，當然這些話不可能說出口。
幻想鄉中，再沒有任何地方是如此安靜了吧。但是，這裏並不荒涼。這是一種讓靈魂得到休息的寧靜，不會聽見那些粗暴的人聲。於此迴蕩的，隻有那在廣闊的自然中，所吹起的爽朗之風聲而已。
冥府，死者的住處。這裏沒有任何具生氣的人類。不過亡靈們，卻以身為亡靈而生機勃勃的生活著。
「幽幽子小姐沒有注意到嗎？」
在此寧靜之地，這裏是最美麗而寬廣的場所——白玉樓。園丁正就是否要告訴大小姐異變之事而感到迷茫。就在那時，大小姐剛好向這邊走來了。
「啊，幽幽子小姐……。」
「妖夢，那個好像不一樣了吧？」
「哎？……那個，是指什麽呢？」
「哎呀，沒注意到嗎？
就因為你這個園丁如此遲鈍，才會被別人給貶的一文不值啊」
雖然不記得曾經被誰給貶的一文不值，不過看來大小姐也注意到異變的樣子。
「難不成是說“月亮”的事情嗎？我已經注意到了啊～。你突然就說“那個”我當然會……」
「看樣子是沒人行動呢。妖夢，去看看如何？」
「哎—？為什麽啊」
「騙你的啦，反正妖夢也靠不住。還是前一陣子的那個人類比較可靠呢……，我先走了」
「不要啊～，請不要再說這種捉弄人的話啊～，我去就是了～」
「說你靠不住是真的哦」
西行寺家的亡靈少女，正是她把妖夢給貶得一文不值的。
「不過，大小姐知道我們的目的地是哪裏嗎？」
「當然有很多可能。總之我們到處逛逛，多擊落一些東西就能找到了。」
「不可以這樣啊。幽幽子小姐每次都隻是拚命攻擊而不瞄準，結果最後都浪費好多時間。應該要對準了自己的目標才去攻擊啊，像這樣……」
「妖夢，你背後都是破綻哦。」
幽幽子其實是真的不安心交給妖夢一個人，所以才會自己行動的。如果對手是引發這場異變的家夥，兩個人會比較好吧。
很平靜。看起來似乎很和平。但是，妖怪們卻很苦惱。所謂異變，就是在沒有任何人察覺之情況下悄悄進行著的，不知道由何時候開始……，滿月從幻想鄉的夜晚中消失了。本來應該是滿月的夜晚，月亮竟也稍微有了那麽一點瑕疵，変得不再是完全的滿月了。亦難怪普通的人類沒有察覺到，因為月亮隻不過是僅僅欠缺了那麽一點點而已，隻是一點點。即使如此，對於那些妖怪而言，不再圓滿的月亮就仿如完成使命一般，與消失無異了。特別是那些害怕日光的家夥，這更是關乎生死的問題。人類與妖怪飛向了夜晚的幻想鄉理所當然，是為了尋覓月亮的碎片，以奪迴幻想鄉的滿月。於找到之前就算是令夜幕靜止即使無盡的黑夜會成為永遠
——夏日結束了，離中秋的明月已經沒有太多的時間。人類和妖怪一起，停止了夜晚。
主角出發調查之後，先後打倒了搗亂的蟲妖—莉格露奈特巴格和夜雀—米斯蒂婭蘿蕾拉。在人類村落裏，主角發現人類的村落消失了，原來知識與曆史的半獸—上白澤慧音察覺了異變，用她的能力將人類村落隱藏起來以免村落受到妖怪的襲擊。一番戰鬥之後，慧音給主角指明了道路—迷途竹林。剛進入竹林沒多久，主角就碰到了博麗靈夢/霧雨魔理沙（視玩家所選擇的自機決定，靈夢/魔理沙發現夜晚變得異常的長，於是出門調查。靈夢/魔理沙指責自機就是停止夜晚的真兇並展開了戰鬥。激戰之後，靈夢/魔理沙被打敗，在主角答應會徹底解決這次異變之後就離開了。在竹林深處，主角發現了一座大宅—永遠亭，打倒了攔路的因幡帝和鈴仙·優曇華院·因幡之後，主角終於麵對了讓月亮變成假象的元兇—八意永琳和蓬萊山輝夜，她們為了阻止月球上的使者到達幻想鄉而製作了假的月亮。經過了漫長的戰鬥，永琳和輝夜被打敗。最終，經過一番周折，滿月還是迴到了幻想鄉；同時，永琳和輝夜她們也知道了，幻想鄉有結界保護著，月球上的使者無法到達，她們可以安心的繼續在幻想鄉內生活。
東方花映塚：
春天到臨，百花盛放。這一年裏，所有不同季節盛開的花都一概在同一個季節內盛放。幻想鄉的所有少女們很快就察覺到這次異變的發生。為了解決異變，有些是因為好奇，有些是因為感到有責任，還有些因為覺得很沉悶，大家都各自出發尋找解決辦法。很快地，少女們都在紅魔館附近的“霧之湖”處出發，開始四處探求異變的解決方法。
東方文化貼：
文花帖是天狗記下新聞素材的不可思議的筆記本。
魔理沙「說起來，這段時間我撿到了本讓我感覺很不爽的筆記本，也不知道是誰的東西」
靈夢「是嗎，燒掉了？」
魔理沙「為什麽要馬上燒掉啊。然後，那本筆記本裏密密麻麻地貼著照片，每張還寫著自言自語似的解說。很不爽吧？」
霊夢「不爽呢。然後燒掉了？」
魔理沙「啊啊燒掉了呀。在心裏。盡是些妖怪和彈幕的奇怪照片，‘這張照片用不了’啦這張照片能當素材’啦，這麽寫到。呐，很不爽吧？」
烏鴉在叫。差不多快日落了。不是布穀鳥在叫真是太好了。
靈夢「然後，那本筆記本在哪了？」
魔理沙「因為感覺不爽正想帶迴去，我心裏高興地走著的時候，不知為何已經不在手上了。可惡，也許被烏鴉拿走了吧」
靈夢「那才是令人不爽的事啊。燒的不是筆記本，而是你啊」
天狗和烏鴉在幻想鄉能飛得最快。在號外亂飛時，幻想鄉的新聞記者射命丸文為了收集素材尋找著妖怪。
東方風神錄：
博麗神社。位於幻想鄉東側境界內一個寂靜的神社。忘記迴家的妖怪們仿佛把這裏當成了自己的寢室一般，一直以來這裏都因為人類以外的生物而無比的熱鬧。充滿妖怪的神社自然不會有人類的參拜客到訪，神社內的神靈因為信仰心的不足而煩惱。即便那樣的神社也會有轉機到訪。神社的巫女，博麗靈夢正煩惱著。
靈夢「怎麽樣才能把妖怪們趕迴去啊。怎麽樣才能收集人類的信仰啊」
魔理沙「噢。好象很好吃的丸子嘛」
靈夢「啊，魔理沙。嗯」
魔理沙「煩心事嗎？」
靈夢「前不久，出現個有點奇怪的訪客」
魔理沙「這個神社啊，不淨是些奇怪的訪客嗎」
對於神而言信仰心就是他們的力量。缺少參拜客的博麗神社，其力量逐漸衰退，現在已經跌落到在那據說有八百萬眾神參與的會談中其意見被大家無視的地步。即使說幻想鄉中的神社僅此一家，但不可否認和外麵的世界中擁有若幹神社的神相比其擁有的信仰心的不足，博麗神社的地位正急速下跌。
靈夢「的確妖怪也是奇怪的訪客。但前不久，來了個奇怪的人類啊」
魔理沙「人類的訪客？那還真是希奇啊」
靈夢「那家夥發出了要神社停止營業的命令呢」
魔理沙「等等，你這個神社有在營業嗎……」
博麗神社，除了提供神的住處以外，還擔當著幻想鄉中另一個不可或缺的職責。因此靈夢認為，不管再怎麽失去信仰心，停止營業也是不可能發生的事情。那個不可或缺的職責，就是守護隔絕幻想鄉和外麵世界的境界……。
魔理沙「要神社停止營業啊，真是奇怪啦。說來要怎麽處置停止營業後的神社？」
靈夢「要關門吧，那個，說要轉讓給住在山上的神」
魔理沙「嗯。雙重的奇妙感啊」
靈夢「雖然不知道那時侯出現的人類是什麽人……不過怎麽想這也不是一般的神會說出口的事情吧」
魔理沙「是啊。不過我對那個人類也比較感興趣就是……那你打算怎麽辦啊？
不會說當真要把神社轉讓給那個迷之神吧？」
靈夢「如果說山上那位神能夠收集到比現在更多的信仰心的話，那倒是有可能啦。
能幫我把妖怪趕迴去，最重要的是那樣不就更像一個神社了嗎？」
魔理沙「這樣啊。就算是神社裏的神變了，對於靈夢也沒什麽大影響是嗎」
靈夢「不過呢。怎麽想那件事都太可疑了。
想把之前的神趕走，自己趁機篡奪其位這種事情太可疑。那個人類也是，似乎擁有力量……但卻是沒見過的生麵孔。絕對是什麽妖怪，冒牌貨或者邪神之類的！」
煩惱的結果，靈夢決定親自上山去見那個所謂的神。有意避免入山的靈夢，終於認真開始考慮關於失去信仰心的神社的問題，下了一個很大的決心。這個時候，她還沒想到接下來會有戰鬥在等待著她。
雲上充滿了光芒，遠處能聽見機械傳來的聲音，是天狗的工場醒來了嗎？這裏是集落中的人類所無法踏入的世界，樹木建造的房屋，不合時令的蛙聲，數不清的蛇蛻皮後的空殼。她就在那裏，一直呆在這個地方，和一個人類一起。
角首先來到妖怪之山的山腳下，擊敗了紅葉之神秋靜葉。之後在烤紅薯的香氣裏打倒了秋靜葉的妹妹——豐饒之神秋穰子。隨後主角繼續進入山中，在樹海裏擊退了試圖將其趕走的鍵山雛。在山中的溪穀，主角偶然遇到了河童——河城荷取。荷取試圖阻止主角繼續進入，但是被擊敗。於是主角繼續前行，來到九天瀑布，將負責守衛的白狼天狗犬走椛打敗。之後受命前來勸阻的射命丸文與主角交涉失敗，與主角發生戰鬥。被打敗後，文告訴了主角山上那個剛搬來的神社的位置。來到新神社——守矢神社，主角見到了風祝——東方穀早苗。早苗被打敗後，帶領主角見到了山上的神明——八阪神奈子。八阪神奈子被擊敗後，與博麗神社達成了和解。最後靈夢在博麗神社裏建了一個守矢神社分社。
東方緋想天：
自從巫女進山以來，已經過了快1年了。博麗神社的危機也避免了，沒發生任何事，就這樣和往常一樣，炎熱的夏天來了。但是，巫女卻被這連續幹旱的異常氣象所煩惱。為何在這梅雨季節裏，神社幾乎連一場雨都沒下。不止如此，雨不間斷的森林，經常因為濃霧而看不到的洋館，不存在於這季節的雪……異常氣象到此為止，已經是非常嚴重的異變了。了解這異常氣象實情的人，一個都沒有。但是，如果仔細觀察一下的話，誰都應該看得很清楚了吧。周圍時常持續晴天，周圍時常持續細雨，周圍時常被濃霧所包圍的人……對，這氣象現象僅僅隻是在個人的身邊發生。各種各樣的氣象現象交織在一起的時候，就開始變成了真正的異常氣象吧。當窺視到異常氣象的原因時，異變解決戰爭開戰的信號在大地響起：
——足以震塌神社的大地震。正因為這個地震，隻有在神社的巫女才能感到，所以讓她出山調查異變解決的理由已經很充分了。
冬天被白雪覆蓋著的博麗神社。雖然神社一度因為地震而倒塌，但是現在已經基本恢複原貌了。有一天，突然發生了一件令博麗神社的巫女，博麗靈夢，大吃一驚的事。在博麗神社的附近，突然冒出了一股衝天的白柱，間歇泉。雖然平時碰上什麽突發事件她都會去解決，但是這次的事卻讓她在驚奇之餘更有一種驚喜。因為她覺得間歇泉一定會融化冰雪，並且噴湧出能緩解人類和妖怪疲勞的溫泉。
魔理沙「……靠近間歇泉的話不會很危險嗎？」
靈夢「畢竟是個招攬神社生意的好機會，就算來客會遇上點危險也沒關係的。如果冒出溫泉來的話村子裏的人絕對迴來參拜的。」
魔理沙「我看就算有人來也隻是衝著溫泉而已」
不過，事實卻與靈夢所期望的有點不同。因為從間歇泉裏噴湧出來不僅僅是溫泉水而已。接二連三地跑出來的還有異樣的東西。地靈——居住在地底的妖怪們。因為這個突發情況，靈夢她們也為如何處理這個間歇泉而煩惱著，最終她們決定還是把它當作溫泉來對待。
而事實上，那些地靈確實都比較老實。雖說是地靈，但主要都是地縛靈變化而來的。靈夢認為，對於妖怪啊幽靈啊一直橫行的幻想鄉，就算現在多跑出來這些地靈也不會造成多大的影響。不過，巫女的判斷卻招來了妖怪們的不滿。因為地靈的背後有著靈夢她們所不知道的秘密。住在紅魔館裏的魔法使，帕秋莉·諾蕾姬察覺到了地下的妖怪和地靈湧現到地麵上來這件事的危機。她曾經在書裏看到過，地下沉睡著不輸於地上的妖怪的強大力量。也知道地上的妖怪是不能輕易地去到地底之城的。但是，她的身邊卻沒有什麽能商討這個問題的人。靈夢遲遲不行動讓她心急如焚，於是她隻好很不情願地去找幻想鄉中最古老的妖怪商量了。古老的妖怪——八雲紫覺得地上的妖怪對於地底界的幹涉應當盡量避免。
紫「地底界屬於別的＜組織＞在管理著，所以我們不能采取太明目張膽的行動」
帕琪「如果人類再不采取行動的話那麽就會被地底的家夥們占領先機啊，即使這樣也沒關係嗎」
紫「說的也是……而且如果繼續放任不管的話你們＜又＞采取什麽魯莽的行動那也不太好呢」
帕琪「又是指的什麽……算了這個先不提，你打算行動了？好像你對地底的事也比較了解」
紫「不，我們不必行動。潛入地底的隻有人類。因為……這次的事件可能是想要引誘我們出動的陷阱」
紫隻答應了把靈夢她們送往地下，而妖怪們則在地上擔任援助的工作。被封印的妖怪們，隨著強烈的間歇泉的噴湧而覺醒了。大地的記憶一個接著一個地具體化，再過不多久幻想鄉就會轉迴到古老曆史的時代了吧。地底的妖怪們因為有著可怕的能力所以才會被囚禁在地底。這些妖怪重返地麵，不管對人類還是妖怪來說都是不希望看到的事。靜靜地閃耀著光亮的雪。被美麗的色彩包圍著的宮殿。她，就在那裏。
主角開始進入地底世界，而與其搭檔的妖怪則在地麵上支援。首先來到了昏暗的幻想風穴，在這裏主角先後擊退了琪斯美和黑穀山女。之後主角繼續前行，在洞窟的盡頭，來到連接著地底的橋。打敗了水橋帕露西，主角進入舊都。在舊都的街道上，與星熊勇儀展開比試。擊敗星熊勇儀後，主角根據她的提示來到地靈殿，期間擊退了貓形態的火焰貓燐的襲擾。之後主角見到了地靈殿的主人古明地覺，並將她打敗。覺指出間歇泉可能與她的寵物有關係，於是讓主角從中庭進入更深的地下。在灼熱地獄遺址裏，主角打敗了試探其實力的阿燐。阿燐指引主角進入地底都市最深處。在與造成了間歇泉產生的靈烏路空戰鬥並擊敗她後，主角明白了怨靈的出現其實是阿燐故意放出以引起地上人注意，而間歇泉已無法停止。不過主角對於附身在阿空體內的神靈感到不解，並對妖怪山上的兩位神明產生了懷疑……
東方星蓮船：
土地變得泥濘，曾被寒冰覆蓋的大地上，萬物開始複蘇。覆蓋著幻想鄉的少量積雪，封住了在這個冬天蘇醒的地靈們，也足以使妖精們的活動變得遲鈍。這樣安穩沉睡的季節也即將告一段落。博麗神社。遠離人類村莊的邊境之地上建起的神社。博麗神社的巫女博麗靈夢從居住在森林裏的魔法使那兒聽到了一個傳聞。據說，有人目擊到雲的縫隙中有不可思議的船在空中飛行。那艘船在雲間穿行著，似乎在尋找著什麽。
魔理沙「……那船是七福神所乘坐的寶船，據說隻要抓到它就能一輩子衣食無憂了耶。所以說它一直在躲避著**深重的人啊」
靈夢「那麽蠢的傳聞你也信啊？」住在森林的魔法使霧雨魔理沙皺起了眉頭。
魔理沙「我怎麽可能信啊？再說要是真的有這麽艘船在天上飛，在這神社就能看得見才對」
靈夢「寶船啊——」
魔理沙「去年因為夏天氣候異常農作物歉收嘛。因為人心不定才會有那樣的傳聞招搖過市。這就是所謂求神保佑，或者說是等別人來救吧」
靈夢「寶船啊——也就是說，藏著全世界的珍品和金銀財寶」
魔理沙「對了。就是據說有七福神乘坐著的寶船。」
靈夢「寶船啊——」
魔理沙「唔……」
靈夢和魔理沙的對話中斷了。枳句來巢，空穴來風。雖然不能確定到底有沒有寶船，但是說不定是真的有人類看見了天上有什麽東西在飛，才傳出了這麽個傳言。兩人都像是不願讓對方察覺自己的心思似的。一位從山上下來的訪客，打破了這靜寂。
早苗「啊，真奇怪。你怎麽還在這裏呀」
她是最近來到那座山的人類，東風穀早苗。
靈夢「你不常來這裏呢。有什麽事？」
早苗「雖說沒什麽大事啦……難道靈夢小姐沒有看見天上有一艘船在飄浮嗎？我還以為你已經行動起來了呢」
靈夢和魔理沙麵麵相覷。
靈夢「在空中飄浮的船？」
早苗「我有點事情想要找那艘船，正打算搜集一點信息……」
靈夢「誒？等等」
魔理沙「有船在天上飛，這事是真的？」
早苗「誒？你們不知道嗎？你們瞧，明明那麽明顯的」
早苗以的表情指向空中。靈夢與魔理沙跟著抬起頭。在那兒，有一個前所未見的龐大黑影，快要消失在雲中。藍天被船影所遮掩，連雲也仿佛變成了紫色。船中空空如也。曾在船中的金銀財寶早已散佚，剩下的東西也散發著陳年黴臭。僅憑凜冽春風，仍不足以將那黴味吹散。但是，隻有那位大人留下的寶物，即使變成碎片也不會失去威力吧。如果能將那碎片收集起來，說不定……
主角們首先遇到了正搜尋飛倉碎片和寶塔的納茲琳，將她打敗後又遇到了無所事事想要嚇人的多多良小傘。小傘被打敗後，主角再次看到船，於是繼續向船進發。到了船上，認為主角是前來掠奪的雲居一輪和雲山向主角發起攻擊。失敗後，暫時逃掉了。之後再次登場的一輪從雲山處聽說主角正在收集飛倉碎片（ufo。於是想要主角交出以使某人複活，但是被拒絕。被主角擊敗後，一輪以為主角想要親自將那人複活，將主角引進船內。在聖輦船內，主角遇到了船長村紗水蜜。為了使船向魔界進發，村紗拖住了持有飛寶的主角。於是主角與船一進入了魔界。在魔界裏，主角再次見到剛剛拿到寶塔的納茲琳。打敗她後，主角見到了毘沙門天的代理寅丸星。寅丸星被擊敗後，與主角一起解開了封印。在法界中，主角見到被解開封印的聖白蓮。因為無法認同白蓮對於人與妖怪平等的言論，與她發生戰鬥。後來，白蓮向守矢神社尋求幫助，一同將船改造成命蓮寺。
東方神靈廟：
博麗神社，座落於遠離村子的邊境之地。大地從皚皚白雪的冰封中複甦，幻想鄉再度恢複她原本的美貌。櫻花與神靈共同漫舞在怡人的春意之中。
靈夢「櫻花好看是好看啦」
魔理沙「櫻花好看不就好了嗎」
在幻想鄉裏沒有活著的生物會白白錯過盛開的櫻花之美。博麗靈夢和霧雨魔理沙，這兩個活人也不例外。
靈夢「但是卻有一股不好的預感呢」
魔理沙「真神奇。我也是」
落櫻繽紛春不待，如果錯過了這次機會，可能得等到紫藤綻放的春夏之際才能賞花了。但是兩人依然無心在櫻花樹下席地而宴。為何呢因為正體不明的靈體在兩人麵前倏現驟消的飄浮著。
靈夢「好像，之前也經曆過這種幽靈遍地的春天呢」
魔理沙「啊，不過當時根本沒辦法賞花啦。因為春意都被搶光光了」
靈夢「嗯，當時是冥界那兩個人在搞鬼呢」
魔理沙「對嘛，任何和靈體有關的事情肯定和她們脫不了關係」
靈夢「沒錯，隻要這麽想的話淮沒錯啦」
後來才明白這些四處飄浮的正體不明靈體，既非普通幽靈，也不是前陣子出現的怨靈。這些是神靈。本應超脫為神的靈體。一般而言，神靈多半居住在神社裡，其實它們是隨處可見的沒有固定型態的靈體。這些神靈讓她們困惑不已。
魔理沙「再這樣下去，明天就沒辦法賞花了耶。好吧」
靈夢「什麽？」
魔理沙「啊，嗯。沒什麽啦。我隻是對這些神秘的靈體感到好奇」
靈夢「是該動身了。調查一下這些靈體出現的原因吧」
眼見機不可失。兩人趁著夜色，爭先恐後的動身調查。
另一方麵，山上的神社也發生了異變。坐落於妖怪之山的守矢神社，神社的巫女東風穀早苗，身邊也出現了這些神秘的靈體。早苗覺得很不可思議，不過她察覺到這些靈體並非幽靈。這些靈體是神靈。和神奈子大人以及諏訪子大人具有相同的性質。超乎常人的強烈人欲、想法、恐懼與情感，是神靈出現的原因。一般而言，神靈很少危害人類，如果沒有強烈的**。例如祈求豐收或是除厄避邪等，是不會產生神靈的……。
早苗認為，這些神靈可以利用。收集神靈就像是收集人類的**，這和收集信仰本質上是相同的。然而，早苗也不知道為何神靈會如雨後春筍般出現。而且也沒發現足以席卷整個幻想鄉的巨大**。於是早苗決定前去調查神靈出現的原因。值此同時，冥界也出現了異變，有其他靈體混雜在幽靈中。不，正確來說，是從幽靈身上接二連三出現神靈隨即消失，然後再度出現不斷循環著。
冥界的庭師，魂魄妖夢對此大惑不解。當然，她也感覺到神靈從自己的身上出現。這些虛無飄渺的神靈轉眼間就消失，但是卻能感受到微薄的意識。不，這些剛誕生的神靈沒有什意識可言。或許就像新冒芽的植物驅光性本能一樣，一半是人類、一半是幽靈的妖夢能感受到這一點。這些靈的目標是人類村落方向。正當妖夢這麽想的時候，村子方麵隱約浮現一抹微亮。
妖夢「原來如此。不是隻有我身上會出現神靈，任何生物都會吧。」
於是妖夢放下手邊的工作，立刻前去調查，不過……。神靈似乎在尋找能接受自己的人類。
在陰暗土臭的靈廟中。神靈們幽暗的微光勉強映照著四周，但隨即被黑暗吸收，連自己的全貌都無法完整呈現。這時候神靈察覺到一件事。我們每個人都有想貪分、閃躲彈幕，或是發動符卡的**，但誰能傾聽我們這些微小的**呢？終究是幻想罷了。這一丁點**最後還是得靠自己的努力才能達成。然而神靈依然寄託這一縷微弱的希望堅定不移的朝黑暗中前進。就這樣，這些神靈連自己誕生的原因都不知道，最後化為虛無。它們沒有注意到，有人正暗自看著這些神靈竊笑。隨著複活的時機來臨，她的臉上泛起一抹微笑——同時更堅定複仇的誓言。
東方心綺樓：
再三而至的天變地異，無可反抗的天災之恐怖，這些給人類村落帶來了悲觀的厭世情緒。村落被沉悶不堪的空氣卷旋纏繞。但盡管如此，仍然看不出絲毫的絕望感。非要給個詮釋的話，差不多類似於不管怎麽做，都不會改變未來的閉塞感吧。
‘這不是挺好嘛！’
不知是誰發出的聲音，聽起來倒是有那麽點道理。對啊，若是不會改變的話，不就表示幹啥都行麽？沒錯，包括再多點瞬間性的生活，那種心跳的感覺。於是村落裏不再閉塞麻木，居民的心靈被一點點解放，與此同時，秩序也被逐漸地打亂。也有人以別的方麵看待這樣的情形，他們被稱為宗教家。
宗教家考慮的，當然是把混亂不堪的人心掌握到自己的手中。這樣在取迴秩序的同時，也是給己方收集信仰的絕好機會。
在幻想鄉建立寺院的僧侶，舍棄俗世，以不老不死為目標的道士，還有希望複權的巫女。她們下定決心喊出口號。
「這個時候就該是我出場的時候了」。
來吧，以各自的信念為武器，來場充滿魅力的戰鬥吧，寶貴的人氣正等著你們去相互爭奪！
東方輝針城：
博麗神社。建在遠離人類村莊的邊遠之地的神社。神社的巫女、博麗靈夢正困擾著。因為驅魔棒不聽話了。隨隨便便動起來的驅魔棒。沒錯，這不就是付喪神化了嗎？那麽這樣一來不就成她的敵人了嗎？但是，她並不打算行動。因為，自己動起來的道具非常方便。可能是因為感到內疚，她並沒有告訴任何人。就在這時，不曾預料的事態發生了。
魔法森林。全年都十分潮濕的森林。在其中有一個比較幹燥的空間。那就是魔法使霧雨魔理沙的家。看來隨意驅趕周圍的濕氣，讓這裏幹燥的，好像就是她引以為豪的道具，迷你八卦爐。噴火的道具迷你八卦爐厭惡濕氣。看來它是憑自己的意誌行動的。她對該如何對待隨隨便便行動起來的道具感到十分煩惱。該如何用這個妖器之火去烤焦妖怪……。
女仆長十六夜咲夜，從吸血鬼那裏接到了命令。是“霧之湖有妖怪在鬧事，給我想想辦法”這件事。雖然是平時應當不會說這種話的吸血鬼，但因為似乎有什麽內幕，也沒有深究，就直接出擊了。為什麽會這麽想呢。因為她最近發現了不可思議的劍。那是可以隨隨便便動起來的劍。暴動的妖怪與不可思議的劍。不可能毫無關聯。因為，當她一拿起那把劍，也開始想大鬧一場了。
狂暴的妖怪引發的騷動到處頻發。隨隨便便行動起來的道具也隨處可見。到底發生了什麽。無論是靈夢她們，還是狂暴的妖怪們，都不清楚。逐漸地，令人不安的陰雲開始籠罩天空。巨大的建築在強風中軋軋作響。幻想鄉中響徹著不協和的聲音。
彈幕天邪鬼：
身為天邪鬼的鬼人正邪。她使用了小人族的至寶「萬寶槌」，打算顛覆幻想鄉的社會。這個企圖以失敗告終之後，她卻仍未放棄。在得知被萬寶槌的魔力侵蝕的道具會自動動起來後，她趁著道具主人沒有察覺之際，悄悄地收集了道具。
「把殘留在這些道具裏的魔力集中起來的話或許……」
但這個企圖也不知為何泄露了。在淪為了企圖顛覆幻想鄉社會的叛逆者的她的麵前，妖怪開始接二連三地出現。妖怪們會使用無視規則的彈幕向她發動攻擊吧。無需留情，用被詛咒的道具反擊吧！
東方深秘錄：
人類村落裏出現了奇妙的流言。
「長著人臉的狗在翻肥料堆」
「有人看到老婆婆在賣人腳」
這種無聊的流言爆炸式地傳開，讓孩子們陷入了恐慌。這些流言既真相難解又陰森恐怖，和以襲擊人類為本分的妖怪完全不同。因為沒有出現實際受害者，漸漸地大人們隻把它們看作是孩子們的玩笑話。當然，她們也是不會害怕的。因為她們知道這就是外麵世界的“都市傳說編出來的故事”。
都市傳說有個很奇妙的特征。就是隨著口頭流傳的流言發生變化，怪異現象也會相應地變化。靈夢她們披上和自身相符的流言，像玩具一樣玩弄著這些怪異。隻要膽子大，敢於主動去操控流言，就能讓顯現出的怪異變得無害。不僅如此，甚至可以將其化為自己的力量。她們認為，由自己來操縱都市傳說，是防止其他人受害必要的手段。事實也的確如此，直到某一天的夜裏。
正當都市傳說的騷動剛落下帷幕…幻想鄉卻陷入了毀滅的危機…妖怪看不見的奇異機械，正在將幻想鄉一點點淨化。機械所過之處，樹木枯萎，寸草不生。在都市傳說騷動中出現的七顆靈異珠之一的月都之珠，似乎與這有莫大的關係…永琳和輝夜，似乎對這個狀況早有預料。受其委托的人類們和永琳的弟子鈴仙，在永琳的幫助之下展開調查。遭遇了月之使者的她們，決定前往月都一探究竟。在那被狂氣圍繞的月之王國，到底發生了什麽事情？
在幻想鄉的都市傳說具現化的同時，「阿波羅號並沒有到達月球」這樣的流言也在到處傳播。與此同時，在山上出現了金屬製的蜘蛛。那個蜘蛛正在慢慢地徘徊著。
靈夢「那麽，奇怪的機械在？」早苗「那個在朝靄籠罩的山裏」它有著與其他哪種幻獸都不像的、毫不累贅的外形。僅在蜘蛛經過的地方的霧氣正在消失、樹木正在腐朽。
靈夢「像蜘蛛的機械是怎麽迴事？」
早苗「雖然隻是看了一眼，但應該不是和妖怪搞混了」
靈夢「是河童的道具嗎」
機械經過之後，生物就沒有了生命的跡象。天狗在上空飛著，不知道為何沒有注意到蜘蛛。蜘蛛望向山麓，慢慢地從崖上下去了。
早苗「無論如何都有些在意啊。那種形狀，我想應該不是偶然」
早苗坐立不安。
靈夢「那是什麽啊，總覺得有些急躁」
早苗「那個倒是很像好奇號啊」
輝夜「注定的日子到了呢」
永琳「您要怎麽做呢？」
輝夜「這種事情不是早就決定了嗎。我已經做好覺悟了」
永琳對理所當然的迴答很滿意。
永琳「既然那些家夥開始行動了，人類大概根本就無法與之對抗吧。然而，如果我們出手，就中了對方的計了。而且地上的妖怪應該也無法進行幹涉吧」
輝夜「那怎麽做呢」
永琳「為此，我特地做了一劑藥。派鈴仙把這個交給巫女她們吧。」
位於魔法之森的魔理沙的家。突然出現的七個靈異珠。其中的一個、代表月之都的球到底是什麽呢，魔理沙正在調查這個。
魔理沙「可是不管怎麽看，這個都是整個都市傳說騷動的元兇啊……」
正在不知所措的時候，那裏出現了月之兔、鈴仙。
金屬製的蜘蛛不會停下淨化的腳步。轉眼間，樹就枯死了。蜘蛛走過後，連雜草也沒有留下。幻想鄉被完全淨化的時候，就會變成完美的世界了吧。成為美麗的無生物星球。
m。