對哈薩克汗國的戰爭暫且不提，這時候的固始汗在經過多方試探後，終於和林丹汗開戰了。
林丹汗這邊除了他帶來的察哈爾部眾外，還有綽克圖台吉帶來的四萬帳外喀爾喀部眾（綽克圖台吉被林丹汗封為卻圖汗），以及西藏的藏巴汗、康區的白利土司月頓。反黃教聯盟共有部眾二十萬帳，控弦之士二十萬，號稱四十萬。
固始汗手下則有瓦刺精兵十五萬，這些都是跟著固始汗征戰四方的精銳之士，而且大明承認固始汗對天山南北的統治權，任命他為朵甘思宣慰司都指揮使，烏思藏宣慰司都指揮使，而大明的西北軍區則表示在戰爭出現膠著時，會無條件地支持固始汗，打擊惹事生非的林丹汗。
於是在天啟十三年五月，戰馬食物充足的時候，固始汗發動了對林丹汗的攻擊。戰場選在大草灘附近，據軍事調查統計局後來的報告說，雙方殺得天昏地暗，死傷無數，最後以固始汗慘勝收場。
這場戰爭並沒有真正的勝利者，林丹汗正好得病，結果氣急攻心，竟然一命嗚唿了。卻圖汗被瓦刺人殺死，藏巴汗見勢不妙，舍下一部後斷尾求生，主力躲迴了高原之上，白利土司月頓也帶著一部分部下，向著西方而去。至此，反黃教聰明分崩離析。
反觀固始汗這邊，固始汗自己在戰鬥中受傷，被一箭射中下巴，因為醫療條件的限製，一直纏綿病榻不能視事。長子拉特司接過了軍隊的指揮權，付出了死亡兩萬多瓦刺精騎的代價，共殺死俘虜對方約三萬多人。而在戰後因為疫病的流行，又死亡了幾千人，傷者遍地，實力因而大損，使得瓦刺人一時沒有能力進入烏思藏地區。
這時滿桂終於跳了出來，他下令張藎臣部迅速向大草灘進軍，將反黃教聯盟的殘餘部眾一網打盡，俘虜了三萬多察哈爾人，兩萬多卻圖汗的外喀爾喀人。並且占據了大草灘永固城，利用俘虜開始大修城防及永固城與古浪所之間的道路。
陝西有大量的馬鈴薯貯存，這時正好用來喂飽俘虜。這些俘虜大多都是身體強壯之輩，在食物管飽的前提下，在明軍一言不合便直接刺刀見紅的威脅下，在這陝西的邊地開展了轟轟烈烈的大修建運動。在明人的指導下，一座座水泥窯迅速地建立了起來，大量的水泥被用來修建一條八步寬的高等級公路。而在公路附近，鐵路部的吏員順便讓俘虜修建好了鐵路的路基。
這些隻需要填飽肚子就會盡心盡力幹活的俘虜讓明人非常滿意，他們又不要錢，又適應當地的氣候，而且死了以後隨便燒一下就能讓他們的同伴滿意，鐵道部的吏員向上麵報告，認為這種俘虜比印度人要好用得多，希望茅尚書能夠和軍隊交涉一下，多抓些俘虜，這樣陝西的公路和鐵路就能夠更快地修好了。
茅元儀把下麵的報告當成笑話說與皇帝聽，朱由校聽了後也笑道：“這個想法不錯，你和總參謀部接洽一下，讓他們將俘虜都交給你們處理，不過有一點要記住，同時讓他們提供監管的軍隊。這些俘虜我們可以把他們看做是工具和財產，工具如果造反的話，那就真的成笑話了。”
茅元儀大喜，他隻是試探一下，不想皇帝卻給了他這樣的答複。他謝過後轉身便去總參謀部。熊廷弼聽他說了後說道：“既然陛下已經準許，我們當然沒有問題。隻是你們用的時候，也要稍微憐惜一下，不要折損得太厲害。這俘虜的事，並不是我們想抓就能抓到的，不過曹變蛟那邊聽說倒是有大量的哈薩克汗國俘虜，除了其中的貴族是用來勒索贖金的以外，其他的俘虜反而要消耗糧食，我們和瓦刺人商量一下，看能不能把這些俘虜運迴來，支援鐵道部的建設大計。”
茅元儀笑道：“我們願意支付瓦刺人運費，反正陝西的馬鈴薯正好多得吃不完，他們運俘虜過來，然後運糧食迴去，這樣對雙方都有好處。至於那些修路的俘虜，我們可珍惜著呢，平日裏也會搭配一些其它的食物給他們吃，還專門配有醫生給他們看病。”
熊廷弼點了點頭道：“能夠幹活的當然要看病，但如果失去了勞動能力，那就處理了吧。這事交給監管的軍隊處理，我們不能白養著俘虜，即使我們的馬鈴薯有多餘，那也是大明人辛辛苦苦種出來的，總不能白白給外族人。”
茅元儀有些不忍，卻也知道熊廷弼說的是正理，總不可能用糧食養活一群不能幹活的俘虜。反正做這種事的是軍隊，他即使想反對也沒有人會聽他的。
而這時的甘肅鎮早已經破敗多年，滿桂親自坐鎮永固城後，張藎臣來到甘肅鎮（張掖），他一到甘肅鎮便召集了各方勢力開會，商量以後甘肅鎮的具體事宜，用他私下裏說的話，便是要讓這裏的人明白，到底誰才是甘肅鎮的老大。
參加會議的計有蒙古人，瓦刺人，當地的迴迴，還有藏族的土司代表。張藎臣首先便說道：“甘肅鎮是我大明軍鎮，這次我來了之後，發現我大明漢人基本上都住在城外，而且生活頗為拮據，聽說漢人種植水稻，最多的竟然要給三方勢力交稅，這是怎麽迴事呀。”
當下便有當地迴迴代表站起來說道：“自大元以來，甘肅鎮的漢人便是種植水稻，也一直交稅給大元及我們迴迴，現在隻不過是換成了交稅給瓦刺和迴迴罷了。”
張藎臣斜眼看著迴迴代表道：“大元，現在可是大明了。漢人不需要給任何民族交納賦稅，隻有大明的皇帝才有資格收取漢人的賦稅，從今以後，所有加諸於漢人頭上的賦稅全部取消。”
現在你有軍隊在手，你說什麽就是什麽，大家都明白這個道理，所以倒是沒有人反對，但是張藎臣接下來的一句話就讓所有人都炸了鍋。
林丹汗這邊除了他帶來的察哈爾部眾外，還有綽克圖台吉帶來的四萬帳外喀爾喀部眾（綽克圖台吉被林丹汗封為卻圖汗），以及西藏的藏巴汗、康區的白利土司月頓。反黃教聯盟共有部眾二十萬帳，控弦之士二十萬，號稱四十萬。
固始汗手下則有瓦刺精兵十五萬，這些都是跟著固始汗征戰四方的精銳之士，而且大明承認固始汗對天山南北的統治權，任命他為朵甘思宣慰司都指揮使，烏思藏宣慰司都指揮使，而大明的西北軍區則表示在戰爭出現膠著時，會無條件地支持固始汗，打擊惹事生非的林丹汗。
於是在天啟十三年五月，戰馬食物充足的時候，固始汗發動了對林丹汗的攻擊。戰場選在大草灘附近，據軍事調查統計局後來的報告說，雙方殺得天昏地暗，死傷無數，最後以固始汗慘勝收場。
這場戰爭並沒有真正的勝利者，林丹汗正好得病，結果氣急攻心，竟然一命嗚唿了。卻圖汗被瓦刺人殺死，藏巴汗見勢不妙，舍下一部後斷尾求生，主力躲迴了高原之上，白利土司月頓也帶著一部分部下，向著西方而去。至此，反黃教聰明分崩離析。
反觀固始汗這邊，固始汗自己在戰鬥中受傷，被一箭射中下巴，因為醫療條件的限製，一直纏綿病榻不能視事。長子拉特司接過了軍隊的指揮權，付出了死亡兩萬多瓦刺精騎的代價，共殺死俘虜對方約三萬多人。而在戰後因為疫病的流行，又死亡了幾千人，傷者遍地，實力因而大損，使得瓦刺人一時沒有能力進入烏思藏地區。
這時滿桂終於跳了出來，他下令張藎臣部迅速向大草灘進軍，將反黃教聯盟的殘餘部眾一網打盡，俘虜了三萬多察哈爾人，兩萬多卻圖汗的外喀爾喀人。並且占據了大草灘永固城，利用俘虜開始大修城防及永固城與古浪所之間的道路。
陝西有大量的馬鈴薯貯存，這時正好用來喂飽俘虜。這些俘虜大多都是身體強壯之輩，在食物管飽的前提下，在明軍一言不合便直接刺刀見紅的威脅下，在這陝西的邊地開展了轟轟烈烈的大修建運動。在明人的指導下，一座座水泥窯迅速地建立了起來，大量的水泥被用來修建一條八步寬的高等級公路。而在公路附近，鐵路部的吏員順便讓俘虜修建好了鐵路的路基。
這些隻需要填飽肚子就會盡心盡力幹活的俘虜讓明人非常滿意，他們又不要錢，又適應當地的氣候，而且死了以後隨便燒一下就能讓他們的同伴滿意，鐵道部的吏員向上麵報告，認為這種俘虜比印度人要好用得多，希望茅尚書能夠和軍隊交涉一下，多抓些俘虜，這樣陝西的公路和鐵路就能夠更快地修好了。
茅元儀把下麵的報告當成笑話說與皇帝聽，朱由校聽了後也笑道：“這個想法不錯，你和總參謀部接洽一下，讓他們將俘虜都交給你們處理，不過有一點要記住，同時讓他們提供監管的軍隊。這些俘虜我們可以把他們看做是工具和財產，工具如果造反的話，那就真的成笑話了。”
茅元儀大喜，他隻是試探一下，不想皇帝卻給了他這樣的答複。他謝過後轉身便去總參謀部。熊廷弼聽他說了後說道：“既然陛下已經準許，我們當然沒有問題。隻是你們用的時候，也要稍微憐惜一下，不要折損得太厲害。這俘虜的事，並不是我們想抓就能抓到的，不過曹變蛟那邊聽說倒是有大量的哈薩克汗國俘虜，除了其中的貴族是用來勒索贖金的以外，其他的俘虜反而要消耗糧食，我們和瓦刺人商量一下，看能不能把這些俘虜運迴來，支援鐵道部的建設大計。”
茅元儀笑道：“我們願意支付瓦刺人運費，反正陝西的馬鈴薯正好多得吃不完，他們運俘虜過來，然後運糧食迴去，這樣對雙方都有好處。至於那些修路的俘虜，我們可珍惜著呢，平日裏也會搭配一些其它的食物給他們吃，還專門配有醫生給他們看病。”
熊廷弼點了點頭道：“能夠幹活的當然要看病，但如果失去了勞動能力，那就處理了吧。這事交給監管的軍隊處理，我們不能白養著俘虜，即使我們的馬鈴薯有多餘，那也是大明人辛辛苦苦種出來的，總不能白白給外族人。”
茅元儀有些不忍，卻也知道熊廷弼說的是正理，總不可能用糧食養活一群不能幹活的俘虜。反正做這種事的是軍隊，他即使想反對也沒有人會聽他的。
而這時的甘肅鎮早已經破敗多年，滿桂親自坐鎮永固城後，張藎臣來到甘肅鎮（張掖），他一到甘肅鎮便召集了各方勢力開會，商量以後甘肅鎮的具體事宜，用他私下裏說的話，便是要讓這裏的人明白，到底誰才是甘肅鎮的老大。
參加會議的計有蒙古人，瓦刺人，當地的迴迴，還有藏族的土司代表。張藎臣首先便說道：“甘肅鎮是我大明軍鎮，這次我來了之後，發現我大明漢人基本上都住在城外，而且生活頗為拮據，聽說漢人種植水稻，最多的竟然要給三方勢力交稅，這是怎麽迴事呀。”
當下便有當地迴迴代表站起來說道：“自大元以來，甘肅鎮的漢人便是種植水稻，也一直交稅給大元及我們迴迴，現在隻不過是換成了交稅給瓦刺和迴迴罷了。”
張藎臣斜眼看著迴迴代表道：“大元，現在可是大明了。漢人不需要給任何民族交納賦稅，隻有大明的皇帝才有資格收取漢人的賦稅，從今以後，所有加諸於漢人頭上的賦稅全部取消。”
現在你有軍隊在手，你說什麽就是什麽，大家都明白這個道理，所以倒是沒有人反對，但是張藎臣接下來的一句話就讓所有人都炸了鍋。