鄂爾泰在1726(清雍正四年)的奏疏中就對四川、貴州、雲南、廣西的改土歸流提出了具體的原則和計劃。
鄂爾泰說:“雲、貴大患無如苗、蠻。欲安民必製夷、欲製夷必改土歸流”。
指出改土歸流必須進行，然後提出了對4省改土歸流的計劃:將原屬四川的東川、烏蒙、鎮雄改隸雲南，相機改流設三府一鎮。
廣西的土府、州、縣、峒、寨分隸南寧、太平、思恩、慶遠4府，並將牂牁江以北的普安州劃歸貴州，牂牁江以南的西隆州劃歸廣西，增州設營。
雲南以瀾滄江為界，江內(瀾滄江以東)的鎮源、威遠、元江、新平、普洱、茶山等地改設流官，江外(瀾滄江以西)暫不改流，即“江外宜土不直流，江內宜流不宜土”的改流原則。
貴州苗疆3000餘裏，1300餘寨的改土歸流，首先要開通黔桂道路，然後派兵深入“徧加剿撫”而後設立流官政權。
關於改土歸流的原則和方法，鄂爾泰在其奏疏中也說得很清楚:“改流之法:計擒為上，兵剿次之;令其自首為上，勒獻次之”。
就是“剿撫兼施”，“恩威並用”的政策。
明清王朝的改土歸流是在各種機會和借口下進行的。
(1)當地各民族起來反抗，被鎮壓後借機改流，如貴州的治古、答意二長官司、施秉蠻夷長官司均是因當地苗族人民反抗被鎮壓後而，改流的。
(2)土司犯罪或叛亂被鎮壓後改流，如貴州金達蠻夷長官司土官何倫父子犯死罪而被改流，還有雲南武定土司鳳氏、順寧土司猛廷瑞叛亂被鎮壓後均設流官。
(3)土司宗族爭襲時被改流，如雲南鶴慶土府因土司高氏宗族爭奪土官職位“伏誅”後改設流官知府。
廣西的左州、利州也都是因族人爭襲而改流的。
(4)土司侵掠鄰境被鎮壓後改流，如廣西養利州、永康州土司侵掠鄰境，“總兵官趙輔等擒誅之，因改流”。
(5)以不係世襲為由改流，如貴州大萬山長官司申世隆死後，其繼承人因“不係世襲”而被改流。
(6)土司絕嗣後無人承襲而改流，如貴州永從蠻夷長官司李瑛死後絕嗣，無承襲者而被改流;廣西上石西州、土田州皆因土司死後絕嗣改流。
(7)土民請求改流，如酉陽、保靖、桑植、容美等土司地區人民“迫切唿號，蠻皆改土”而被改流。
(8)土司自請改流，如貴州金築安撫司土舍金大章乞改流，遂改金築安撫司為廣順州。
(9)以新建州縣或劃州並縣為由而改流，如廣西的忻城、程縣、鎮安、西林、西隆州等地流官的設置皆以劃州並縣為由而實現的。
總之明清王朝是利用一切機會，隻要條件許可即實行改土歸流。
而明朝的話，要知道明代的改土歸流是明朝中葉前後才開始的，在一些具備改土歸流條件的地區進行，一般改流的規模較小。
在貴州地區的改土歸流是從1413年(永樂十一年)開始，廢思南、思州二宣慰司，並鄰境之地設思州、思南、鎮遠、銅仁、石阡、黎平、烏羅、新化八個流官府。
1415年(永樂十三年)因普安安撫司“土酋慈長謀為不軌”，改設普安州，歸流官管轄。
1431年(宣德六年)因永從蠻夷長官司土司死後絕嗣，無承襲者而被改為永從縣。
1444年(正統九年)因施秉蠻夷長官司地區苗族反抗被鎮壓後，改設施秉縣。
正統年間流官勢力已深入控製了安順、普定，這些地區實際上已經改流。
1497年(弘治十年)由於金容金達蠻夷長官司土官“何倫父子罪死”，改設流官。
1612年(萬曆四十年)金築安撫司土舍金大章請求改流，改金築安撫司為廣順流官州。
1628年(崇禎元年)在貴州宣慰司的宋氏洪邊十二馬頭(水東地區)地區設開州(今貴州省開陽)流官州，水西地區安氏勢力已經衰落，流官實際已控製了貴州宣慰司土司地區。
明朝在四川的改土歸流是從弘治年間開始的。
1495年(弘治八年)馬湖“土知府安鼇有罪伏誅”，遂改馬湖土府為流官知府，但知府駐地以外的泥溪、沐川、平夷、蠻夷4長官司仍然是土司的勢力範圍。
1573年(萬曆元年)明軍剿平山都掌地區的水都、山都後，改該戌縣為興文流官縣。
1600年(萬曆二十八年)明朝在鎮壓了播州宣慰使楊應龍的反叛後，“分播地為二:屬蜀者曰遵義府，屬黔者為平越府”，原屬播州宣慰司的2安撫司、6長官司亦同時全改設流官。
1623年(天啟三年)由於永寧土司奢氏長期侵奪鄰境，並發動叛亂，明朝在鎮壓了奢崇明的叛亂後，將永寧宣撫司改土歸流。
明朝在雲南的改土歸流是從正統年間開始的。
1443年(正統八年)鶴慶土府土官高氏長期“屢逞兇惡，屠殺士庶”，並不斷發生爭奪土司職位的仇殺，於是明朝便宣布高氏領地內“戶下人口收籍當差，止令流官管事”，改鶴慶土府為流官知府。
1477年(成化十三年)由於尋甸土府土司統治勢力的衰落，土官為保其統治而發動叛亂，加上土司家族長期為爭奪土司職位而仇殺，導致土官統治的滅亡，明朝借機將尋甸土府改為流官知府。
1481年(成化十七年)因廣西土知府昂貴有罪革職，改為流官知府。
1553年(嘉靖二十二年)元江土司那氏族人爭奪土司職位，被明軍鎮壓而在元江第一次設流官知府。
1567年(隆慶元年)在平定武定土知府鳳繼祖的叛亂後，改為流官知府，但又象征性地保留了土司的地位。
1597年(萬曆二十五年)順寧土知府猛廷瑞與其兄爭奪土司職位，被誣告為反叛朝廷，“官兵悉剿除之”，改為流官知府，並改大侯土州為雲州流官州，隸屬順寧府。
明代在廣西改流較早，從洪武年間就開始了。
據統計整個明朝在廣西地區改土歸流共16處。
1368年(洪武元年)將忻成土司改為流官知縣;1505年(弘治十八年)上思州黃姓土司“叛服無常”，被明軍討平後改設流官知州。
嘉靖年間因思恩土府土官岑濬屢出兵侵掠鄰境，明朝出兵征討，殺了岑濬，改設流官知府。
明朝的改土歸流主要在貴州、四川、雲南、廣西4省進行，其它地區的改流並不突出。
明代的改土歸流總的說是不徹底的，並曾遭到土司的強烈反抗，因而出現了許多反複，在許多改設流官的府、州、縣中，流官政權很不鞏固，有的土司地區設流官後，因為各種原因而出現了複流為土的現象。
這是因為明代土司製度還處在全盛時期，一方麵土司製度對明王朝的統治還能起到一定的作用。
另一方麵土司勢力還比較強大，可以利用群眾的力量起來反抗改流。
同時明代改流的土司地區，大部分處於地主經濟興起的時期，還未能徹底戰勝領主經濟，就是說土司統治的社會基礎還沒有受到根本的破壞，明王朝也沒有力量對改流地區進行完全的控製，決定了明代改土歸流的不徹底性和反複性，改土歸流就隻有在條件完全成熟的清朝才能徹底進行。
因此改土歸流貫是通於整個清朝的事情，可以說在整個清朝的統治過程都在進行，大體可以分為3個階段:
首先是初期階段，初期階段是從清初到1725年(雍正三年)。
清朝初期，清軍進入南方土司地區時即對有條件改流的土司趁軍事勝利改流。
1659年(順治十六年)吳三桂在鎮壓了雲南元江傣族土知府那嵩的抗清活動後，將元江改設流官知府。
1664年(康熙三年)貴州水西宣慰使安坤起而抗清，被討平後，吳三桂奏分其地為4府:以大方城為大定府，以利城為平遠府，以烏撒為威寧府，以水西為黔西府，水西地區第一次改流。
1665年(康熙四年)雲南新興州(今雲南省玉溪)土司王耀祖和寧州土官祿昌賢聯絡嶍峨、石屏、蒙自、陸良、彌渡、維摩、王弄山、教化等大小土官共起反抗，被吳三桂鎮壓後，廢除了這些地區的土官，改新興、寧州為流官知府，在教化、王弄山、維摩等原土司地區設立開化府，委派流官管理。
1723年(雍正元年)將雲南麗江土府改流。
1724年、1725年又將雲南威遠、姚安等地改為流官知府。
在廣西，清朝於1663年(康熙二年)將鎮安土府改置流官通判。
1719年(熙五十八年)廢思明土司黃氏，改設流官。
這是清朝改土歸流的初期階段。
其次是進階階段，1726年(雍正四年)鄂爾泰任巡撫雲南兼雲貴總督事後，向清政府提出了全麵改土歸流的計劃，開始了大規模的改土歸流活動，改流進入大規模時期。
在這一階段清政府根據不同地區、不同情況和土司的不同表現，采取了區別對待的不同策略進行改土歸流。
(1)邊遠地區與內地的區別，認為在內地的土司可改流，雖在邊遠地區但實際和內地一樣的也可改流，邊遠地區則暫時保留土司統治，即先改內地條件成熟的地區，後改邊遠地區。
(2)在雲南改流是以瀾滄江東西為分界線，瀾滄江以東必須改流，瀾滄江以西的土司暫予保留。
(3)奉法與不法的區別，清朝對罪大惡極違抗朝命的土司首先改流，對守法的能撫綏其民的與流官州縣循良相同的土司則不改流，隻使其向化。
清朝在改土歸流的高潮時期按照剿撫相兼兵威並舉和3種不同區別的策略，采用以下幾種方式改流:
首先自然是武力改流，清政府認為世代擁有土地、人民、武裝的土司，要他們“去封號、徼兵械、納土稱臣，解甲歸田，帖然受命改流，是不可能的事。
故鄂爾泰受命之日，即移兵攻貴州廣順州之長寨，終於古州，首尾用兵凡五六載”。
清朝首先對東川、烏蒙、鎮雄3地用兵，最後改置烏蒙、烏撒、鎮雄、東川4流官知府。
繼後，對雲南鎮源、威遠、恩樂、車裏、茶山、孟養等處用兵，將這些地區改設流官。
1726年(雍正四年)二月鄂爾泰出兵攻貴州廣順州長寨，長寨是滇、黔兩省苗、彝雜處之地中勢力最強大的土司，故鄂爾泰在貴州改流之始首先對長寨用兵，前後用兵3年，設流官統治地區計有1298寨，5978戶，男婦35982口，地方600公裏。
1727年(雍正五年)閏三月出兵謬衝，謬衝是黔、楚之交界處花苗中最強大者，鄂爾泰攻下謬衝之地後，將其地一部分歸黔省黎平府，另一部分歸廣西懷遠縣管轄。
從1728年至1730年(雍正六年至八年)對貴州八寨、丹江、九股、清水江、八萬古州等地用兵，爾後將這些地區改置流官。
1728年(雍正六年)清朝出兵攻下廣西八達寨改歸西隆州管轄。
1731年(雍正九年)清軍又攻下廣西鄧橫寨，將其地改流。
以土司“貪劣”、“不法”而改流。
這種情況以廣西改流為最突出，如廣西的泗城土知府岑映宸、思城州土知州趙康祚、小鎮安土巡檢岑繩武、下龍司土巡檢趙墉等人均以貪暴專橫不奉法而被廢除，改置流官。
至於土司主動請求改流的話，種情況多發生在湖北、湖南兩省土司中，原因是這些地區土司大都接近於內地，受到漢族地主經濟的影響較多，而清朝在雍正年間西南地區的大規模改土歸流對湖北、湖南的土司震動很大，在形勢所迫之下，大部分土司皆主動要求改流。
1728年(雍正六年)永順“宣慰使彭肇槐納土，請歸江西祖籍”，遂改永順司為永順府。
1727年(雍正五年)南渭州土知州彭宗和上溪州土知州張漢儒即納土，施溶州土知州田永豐亦納土，錯若峒、麥著峒、田家峒、驢遲峒等長官司土官皆納土，請求改流，清朝將以上各地歸入永順縣。
同年，白岩峒長官司土官亦納土，將其地劃歸龍山縣。
以土司因互相仇殺，互爭不息而改流。
湖南桑植土司向國棟，長年與容美、永順、茅岡各土司仇殺，民不堪命，於1726年將其地改為桑植流官縣，屬永順府，廣西上林長官司長官等人互相仇殺，被改設流官。
到1731年(雍正九年)改土歸流高潮結束，基本上完成了清政府予期改流任務，大部分土司地區皆改為流官統治，先後招撫討平貴州苗瑤寨2000餘，繳納廣西土司敕印和軍器2000餘件，雲南瀾滄江以東普遍設立流官知府，湖北、湖南大部分土司“納土”，故史稱“自四年至九年(雍正四年至九年)蠻悉改流，苗亦歸化，間有叛逆，旋即平定”。
最後就是改流的末期階段，怎麽說呢，清朝改土歸流的末期階段，是從1732年(雍正十年)經乾隆最後到清朝末年的宣統年間。
這一階段是在原改流的基礎上，對尚未改流的土司繼續不斷的改流。
在雲南對瀾滄江以西沿邊土司不斷改流。
猛緬長官司於1746年(乾隆十一年)改設流官通判。
猛猛土巡檢於公元1764年(乾隆二十九年)改設流官歸順寧府;四川、湖北、湖南在1731年(雍正九年)後改流的土司最多。
四川酉陽地區土司從1734年至1736年全部改流;石柱土司區於1760年(乾隆二十五年)改流。
川西的改流一直延續到清末，1775年(乾隆四十年)平定大、小金川開始改流，直到1911年(宣統三年)才最後完成大、小金川的改流。
1909年(宣統元年)川督趙爾豐將德格、春科、高日、靈蔥等地土司改流。
1910年(宣統二年)將巴塘、甘孜等地的土司印信收繳，改設流官，四川改流到此全部結束。
在湖北，1735年(雍正十三年)唐崖長官司覃梓桂、龍潭安撫司田貴龍“納土”，將二地並入鹹豐流官縣。
同年被改流的還有西萍長官司、施南宣撫司、忠路安撫司、沙溪安撫司、建南長官司等土司地區;此外東鄉安撫司、忠建宣撫司、忠孝安撫司、忠峒安撫司、高羅安撫司、木冊長官司、散毛宣撫司、大旺安撫司、卯峒長官司、漫水宣撫司、容美宣慰司等都先後在1733年至1735年改置流官。
在湖南，1735年(雍正十三年)上峒長官司、下峒長官司、茅岡長官司皆“納土”改流;繼後石門天平所、慈利麻寮所相繼請求改設流官。
湖北、湖南改流全部完成，“合境無土司名目”。
經過清朝3個階段的改土歸流，到1911年(宣統三年)民政部所奏各地改土歸流的情況可作為清朝改土歸流的總結，其奏雲：
湖北的施南，湖南的永順，四川的寧遠，廣西的泗城，雲南的東川，貴州的古州、威寧等府州廳縣先後建置流官，漸成內地。
乾隆以後征服大、小金川改流官。
近幾年(宣統前後)雲南富州、鎮康，四川巴塘等處先乒奏請改土歸流，而廣西一省改流尤多，所有土州縣土司皆停襲，及撤任調省。
四川尚有瞻對、察木多等處沒有改流。
除湖北、湖南已全部改流官外，廣西土州縣、貴州長官司等，名雖土官，實已漸同郡縣。
……
……
……
鄂爾泰說:“雲、貴大患無如苗、蠻。欲安民必製夷、欲製夷必改土歸流”。
指出改土歸流必須進行，然後提出了對4省改土歸流的計劃:將原屬四川的東川、烏蒙、鎮雄改隸雲南，相機改流設三府一鎮。
廣西的土府、州、縣、峒、寨分隸南寧、太平、思恩、慶遠4府，並將牂牁江以北的普安州劃歸貴州，牂牁江以南的西隆州劃歸廣西，增州設營。
雲南以瀾滄江為界，江內(瀾滄江以東)的鎮源、威遠、元江、新平、普洱、茶山等地改設流官，江外(瀾滄江以西)暫不改流，即“江外宜土不直流，江內宜流不宜土”的改流原則。
貴州苗疆3000餘裏，1300餘寨的改土歸流，首先要開通黔桂道路，然後派兵深入“徧加剿撫”而後設立流官政權。
關於改土歸流的原則和方法，鄂爾泰在其奏疏中也說得很清楚:“改流之法:計擒為上，兵剿次之;令其自首為上，勒獻次之”。
就是“剿撫兼施”，“恩威並用”的政策。
明清王朝的改土歸流是在各種機會和借口下進行的。
(1)當地各民族起來反抗，被鎮壓後借機改流，如貴州的治古、答意二長官司、施秉蠻夷長官司均是因當地苗族人民反抗被鎮壓後而，改流的。
(2)土司犯罪或叛亂被鎮壓後改流，如貴州金達蠻夷長官司土官何倫父子犯死罪而被改流，還有雲南武定土司鳳氏、順寧土司猛廷瑞叛亂被鎮壓後均設流官。
(3)土司宗族爭襲時被改流，如雲南鶴慶土府因土司高氏宗族爭奪土官職位“伏誅”後改設流官知府。
廣西的左州、利州也都是因族人爭襲而改流的。
(4)土司侵掠鄰境被鎮壓後改流，如廣西養利州、永康州土司侵掠鄰境，“總兵官趙輔等擒誅之，因改流”。
(5)以不係世襲為由改流，如貴州大萬山長官司申世隆死後，其繼承人因“不係世襲”而被改流。
(6)土司絕嗣後無人承襲而改流，如貴州永從蠻夷長官司李瑛死後絕嗣，無承襲者而被改流;廣西上石西州、土田州皆因土司死後絕嗣改流。
(7)土民請求改流，如酉陽、保靖、桑植、容美等土司地區人民“迫切唿號，蠻皆改土”而被改流。
(8)土司自請改流，如貴州金築安撫司土舍金大章乞改流，遂改金築安撫司為廣順州。
(9)以新建州縣或劃州並縣為由而改流，如廣西的忻城、程縣、鎮安、西林、西隆州等地流官的設置皆以劃州並縣為由而實現的。
總之明清王朝是利用一切機會，隻要條件許可即實行改土歸流。
而明朝的話，要知道明代的改土歸流是明朝中葉前後才開始的，在一些具備改土歸流條件的地區進行，一般改流的規模較小。
在貴州地區的改土歸流是從1413年(永樂十一年)開始，廢思南、思州二宣慰司，並鄰境之地設思州、思南、鎮遠、銅仁、石阡、黎平、烏羅、新化八個流官府。
1415年(永樂十三年)因普安安撫司“土酋慈長謀為不軌”，改設普安州，歸流官管轄。
1431年(宣德六年)因永從蠻夷長官司土司死後絕嗣，無承襲者而被改為永從縣。
1444年(正統九年)因施秉蠻夷長官司地區苗族反抗被鎮壓後，改設施秉縣。
正統年間流官勢力已深入控製了安順、普定，這些地區實際上已經改流。
1497年(弘治十年)由於金容金達蠻夷長官司土官“何倫父子罪死”，改設流官。
1612年(萬曆四十年)金築安撫司土舍金大章請求改流，改金築安撫司為廣順流官州。
1628年(崇禎元年)在貴州宣慰司的宋氏洪邊十二馬頭(水東地區)地區設開州(今貴州省開陽)流官州，水西地區安氏勢力已經衰落，流官實際已控製了貴州宣慰司土司地區。
明朝在四川的改土歸流是從弘治年間開始的。
1495年(弘治八年)馬湖“土知府安鼇有罪伏誅”，遂改馬湖土府為流官知府，但知府駐地以外的泥溪、沐川、平夷、蠻夷4長官司仍然是土司的勢力範圍。
1573年(萬曆元年)明軍剿平山都掌地區的水都、山都後，改該戌縣為興文流官縣。
1600年(萬曆二十八年)明朝在鎮壓了播州宣慰使楊應龍的反叛後，“分播地為二:屬蜀者曰遵義府，屬黔者為平越府”，原屬播州宣慰司的2安撫司、6長官司亦同時全改設流官。
1623年(天啟三年)由於永寧土司奢氏長期侵奪鄰境，並發動叛亂，明朝在鎮壓了奢崇明的叛亂後，將永寧宣撫司改土歸流。
明朝在雲南的改土歸流是從正統年間開始的。
1443年(正統八年)鶴慶土府土官高氏長期“屢逞兇惡，屠殺士庶”，並不斷發生爭奪土司職位的仇殺，於是明朝便宣布高氏領地內“戶下人口收籍當差，止令流官管事”，改鶴慶土府為流官知府。
1477年(成化十三年)由於尋甸土府土司統治勢力的衰落，土官為保其統治而發動叛亂，加上土司家族長期為爭奪土司職位而仇殺，導致土官統治的滅亡，明朝借機將尋甸土府改為流官知府。
1481年(成化十七年)因廣西土知府昂貴有罪革職，改為流官知府。
1553年(嘉靖二十二年)元江土司那氏族人爭奪土司職位，被明軍鎮壓而在元江第一次設流官知府。
1567年(隆慶元年)在平定武定土知府鳳繼祖的叛亂後，改為流官知府，但又象征性地保留了土司的地位。
1597年(萬曆二十五年)順寧土知府猛廷瑞與其兄爭奪土司職位，被誣告為反叛朝廷，“官兵悉剿除之”，改為流官知府，並改大侯土州為雲州流官州，隸屬順寧府。
明代在廣西改流較早，從洪武年間就開始了。
據統計整個明朝在廣西地區改土歸流共16處。
1368年(洪武元年)將忻成土司改為流官知縣;1505年(弘治十八年)上思州黃姓土司“叛服無常”，被明軍討平後改設流官知州。
嘉靖年間因思恩土府土官岑濬屢出兵侵掠鄰境，明朝出兵征討，殺了岑濬，改設流官知府。
明朝的改土歸流主要在貴州、四川、雲南、廣西4省進行，其它地區的改流並不突出。
明代的改土歸流總的說是不徹底的，並曾遭到土司的強烈反抗，因而出現了許多反複，在許多改設流官的府、州、縣中，流官政權很不鞏固，有的土司地區設流官後，因為各種原因而出現了複流為土的現象。
這是因為明代土司製度還處在全盛時期，一方麵土司製度對明王朝的統治還能起到一定的作用。
另一方麵土司勢力還比較強大，可以利用群眾的力量起來反抗改流。
同時明代改流的土司地區，大部分處於地主經濟興起的時期，還未能徹底戰勝領主經濟，就是說土司統治的社會基礎還沒有受到根本的破壞，明王朝也沒有力量對改流地區進行完全的控製，決定了明代改土歸流的不徹底性和反複性，改土歸流就隻有在條件完全成熟的清朝才能徹底進行。
因此改土歸流貫是通於整個清朝的事情，可以說在整個清朝的統治過程都在進行，大體可以分為3個階段:
首先是初期階段，初期階段是從清初到1725年(雍正三年)。
清朝初期，清軍進入南方土司地區時即對有條件改流的土司趁軍事勝利改流。
1659年(順治十六年)吳三桂在鎮壓了雲南元江傣族土知府那嵩的抗清活動後，將元江改設流官知府。
1664年(康熙三年)貴州水西宣慰使安坤起而抗清，被討平後，吳三桂奏分其地為4府:以大方城為大定府，以利城為平遠府，以烏撒為威寧府，以水西為黔西府，水西地區第一次改流。
1665年(康熙四年)雲南新興州(今雲南省玉溪)土司王耀祖和寧州土官祿昌賢聯絡嶍峨、石屏、蒙自、陸良、彌渡、維摩、王弄山、教化等大小土官共起反抗，被吳三桂鎮壓後，廢除了這些地區的土官，改新興、寧州為流官知府，在教化、王弄山、維摩等原土司地區設立開化府，委派流官管理。
1723年(雍正元年)將雲南麗江土府改流。
1724年、1725年又將雲南威遠、姚安等地改為流官知府。
在廣西，清朝於1663年(康熙二年)將鎮安土府改置流官通判。
1719年(熙五十八年)廢思明土司黃氏，改設流官。
這是清朝改土歸流的初期階段。
其次是進階階段，1726年(雍正四年)鄂爾泰任巡撫雲南兼雲貴總督事後，向清政府提出了全麵改土歸流的計劃，開始了大規模的改土歸流活動，改流進入大規模時期。
在這一階段清政府根據不同地區、不同情況和土司的不同表現，采取了區別對待的不同策略進行改土歸流。
(1)邊遠地區與內地的區別，認為在內地的土司可改流，雖在邊遠地區但實際和內地一樣的也可改流，邊遠地區則暫時保留土司統治，即先改內地條件成熟的地區，後改邊遠地區。
(2)在雲南改流是以瀾滄江東西為分界線，瀾滄江以東必須改流，瀾滄江以西的土司暫予保留。
(3)奉法與不法的區別，清朝對罪大惡極違抗朝命的土司首先改流，對守法的能撫綏其民的與流官州縣循良相同的土司則不改流，隻使其向化。
清朝在改土歸流的高潮時期按照剿撫相兼兵威並舉和3種不同區別的策略，采用以下幾種方式改流:
首先自然是武力改流，清政府認為世代擁有土地、人民、武裝的土司，要他們“去封號、徼兵械、納土稱臣，解甲歸田，帖然受命改流，是不可能的事。
故鄂爾泰受命之日，即移兵攻貴州廣順州之長寨，終於古州，首尾用兵凡五六載”。
清朝首先對東川、烏蒙、鎮雄3地用兵，最後改置烏蒙、烏撒、鎮雄、東川4流官知府。
繼後，對雲南鎮源、威遠、恩樂、車裏、茶山、孟養等處用兵，將這些地區改設流官。
1726年(雍正四年)二月鄂爾泰出兵攻貴州廣順州長寨，長寨是滇、黔兩省苗、彝雜處之地中勢力最強大的土司，故鄂爾泰在貴州改流之始首先對長寨用兵，前後用兵3年，設流官統治地區計有1298寨，5978戶，男婦35982口，地方600公裏。
1727年(雍正五年)閏三月出兵謬衝，謬衝是黔、楚之交界處花苗中最強大者，鄂爾泰攻下謬衝之地後，將其地一部分歸黔省黎平府，另一部分歸廣西懷遠縣管轄。
從1728年至1730年(雍正六年至八年)對貴州八寨、丹江、九股、清水江、八萬古州等地用兵，爾後將這些地區改置流官。
1728年(雍正六年)清朝出兵攻下廣西八達寨改歸西隆州管轄。
1731年(雍正九年)清軍又攻下廣西鄧橫寨，將其地改流。
以土司“貪劣”、“不法”而改流。
這種情況以廣西改流為最突出，如廣西的泗城土知府岑映宸、思城州土知州趙康祚、小鎮安土巡檢岑繩武、下龍司土巡檢趙墉等人均以貪暴專橫不奉法而被廢除，改置流官。
至於土司主動請求改流的話，種情況多發生在湖北、湖南兩省土司中，原因是這些地區土司大都接近於內地，受到漢族地主經濟的影響較多，而清朝在雍正年間西南地區的大規模改土歸流對湖北、湖南的土司震動很大，在形勢所迫之下，大部分土司皆主動要求改流。
1728年(雍正六年)永順“宣慰使彭肇槐納土，請歸江西祖籍”，遂改永順司為永順府。
1727年(雍正五年)南渭州土知州彭宗和上溪州土知州張漢儒即納土，施溶州土知州田永豐亦納土，錯若峒、麥著峒、田家峒、驢遲峒等長官司土官皆納土，請求改流，清朝將以上各地歸入永順縣。
同年，白岩峒長官司土官亦納土，將其地劃歸龍山縣。
以土司因互相仇殺，互爭不息而改流。
湖南桑植土司向國棟，長年與容美、永順、茅岡各土司仇殺，民不堪命，於1726年將其地改為桑植流官縣，屬永順府，廣西上林長官司長官等人互相仇殺，被改設流官。
到1731年(雍正九年)改土歸流高潮結束，基本上完成了清政府予期改流任務，大部分土司地區皆改為流官統治，先後招撫討平貴州苗瑤寨2000餘，繳納廣西土司敕印和軍器2000餘件，雲南瀾滄江以東普遍設立流官知府，湖北、湖南大部分土司“納土”，故史稱“自四年至九年(雍正四年至九年)蠻悉改流，苗亦歸化，間有叛逆，旋即平定”。
最後就是改流的末期階段，怎麽說呢，清朝改土歸流的末期階段，是從1732年(雍正十年)經乾隆最後到清朝末年的宣統年間。
這一階段是在原改流的基礎上，對尚未改流的土司繼續不斷的改流。
在雲南對瀾滄江以西沿邊土司不斷改流。
猛緬長官司於1746年(乾隆十一年)改設流官通判。
猛猛土巡檢於公元1764年(乾隆二十九年)改設流官歸順寧府;四川、湖北、湖南在1731年(雍正九年)後改流的土司最多。
四川酉陽地區土司從1734年至1736年全部改流;石柱土司區於1760年(乾隆二十五年)改流。
川西的改流一直延續到清末，1775年(乾隆四十年)平定大、小金川開始改流，直到1911年(宣統三年)才最後完成大、小金川的改流。
1909年(宣統元年)川督趙爾豐將德格、春科、高日、靈蔥等地土司改流。
1910年(宣統二年)將巴塘、甘孜等地的土司印信收繳，改設流官，四川改流到此全部結束。
在湖北，1735年(雍正十三年)唐崖長官司覃梓桂、龍潭安撫司田貴龍“納土”，將二地並入鹹豐流官縣。
同年被改流的還有西萍長官司、施南宣撫司、忠路安撫司、沙溪安撫司、建南長官司等土司地區;此外東鄉安撫司、忠建宣撫司、忠孝安撫司、忠峒安撫司、高羅安撫司、木冊長官司、散毛宣撫司、大旺安撫司、卯峒長官司、漫水宣撫司、容美宣慰司等都先後在1733年至1735年改置流官。
在湖南，1735年(雍正十三年)上峒長官司、下峒長官司、茅岡長官司皆“納土”改流;繼後石門天平所、慈利麻寮所相繼請求改設流官。
湖北、湖南改流全部完成，“合境無土司名目”。
經過清朝3個階段的改土歸流，到1911年(宣統三年)民政部所奏各地改土歸流的情況可作為清朝改土歸流的總結，其奏雲：
湖北的施南，湖南的永順，四川的寧遠，廣西的泗城，雲南的東川，貴州的古州、威寧等府州廳縣先後建置流官，漸成內地。
乾隆以後征服大、小金川改流官。
近幾年(宣統前後)雲南富州、鎮康，四川巴塘等處先乒奏請改土歸流，而廣西一省改流尤多，所有土州縣土司皆停襲，及撤任調省。
四川尚有瞻對、察木多等處沒有改流。
除湖北、湖南已全部改流官外，廣西土州縣、貴州長官司等，名雖土官，實已漸同郡縣。
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